从我国儿童呼吸道标本中首次检出人博卡病毒

目的 调查国内儿童急性呼吸道感染中是否存在人类博卡病毒（human Boeavirus）感染。方法 采用聚合酶链反应（PCR）技术对湖南地区急性呼吸道感染儿童的鼻咽抽吸物（NPA）进行包括HBoV等12种病毒基因筛查，然后将PCR扩增阳性产物构建到Ppbs-T载体进行TA克隆及步移法测序，获取全长cDNA，登录Gen Bank作对比研究。结果 从某儿童急性肺炎的呼吸道标本中，检获到HBoV基因，该患者11种常见呼吸道病毒PCR均为阴性，唯检出HBoV。患者表现咳嗽、低热、呼吸困难等临床症状，在儿科诊断为肺炎。结论 国内儿童急性呼吸道感染中，特别是在中国南方地区的急性呼吸道感染患儿中，有部分可能系HBoV感染引起，应引起临床医护人员重视。     

儿童下呼吸道博卡病毒混合感染的临床分析

目的 研究博卡病毒混合感染对儿童急性下呼吸道感染临床特征的影响,分析其高危因素。方法 收集2017年11月-2019年10月苏州大学附属儿童医院呼吸科因急性下呼吸道感染住院儿童的鼻咽分泌物标本3 350例,进行呼吸道多病原学检测。结果 3 350例标本中博卡病毒(hBoV)阳性167例(5.0%),其中hBoV单纯感染102例(61.1%),混合感染65例(38.9%),混合感染主要病原有病毒26例(15.6%)、肺炎支原体16例(9.6%)、细菌11例(6.6%)、混合2种以上病原12例(7.2%)。hBoV单纯感染、hBoV混合病毒、hBoV混合支原体、hBoV混合细菌和hBoV混合2种以上病原各组在咳嗽、喘息、发热、呼吸困难、肺部啰音、住院时间等方面比较,差异均无统计学意义(P＞0.05)。hBoV混合细菌感染组发生重症肺炎的比例高于hBoV混合病毒及hBoV混合支原体感染组(χ²=15.648, P＜0.05)。Logistic回归分析显示入院前病程＞7 d是混合感染的独立危险因素(OR=1.040, 95%CI:1.002~1.079)。结论 hBoV有较高的混合感染率。hBoV混合细菌感染可能会加重病情。入院前病程＞7 d的患儿应警惕hBOV混合感染。     

首次从阿拉山口口岸地区沙鼠中检测到博卡病毒

目的掌握中国-哈萨克斯坦边境阿拉山口口岸地区鼠类携带博卡病毒情况,为中哈边境口岸鼠传疾病的防控提供技术支持。方法 2016年3-11月,采用夹夜法、弓形夹法在中哈边境铁路沿线区域开展鼠类监测,利用巢式PCR法对95份鼠类样本进行博卡病毒检测。结果共捕获鼠类300只,隶属8属12种,其中大沙鼠为优势鼠种。首次从1只大沙鼠和1只红尾沙鼠的肺脏样本中检测到博卡病毒核酸,阳性率为2.11%;2个博卡病毒NS1基因序列同源性为99.5%,在遗传进化树中单独聚为一支。结论中哈边境阿拉山口铁路沿线区域鼠类存在博卡病毒感染,应加强该区域鼠类监测,保障口岸公共卫生安全。     

小儿急性呼吸道感染与人博卡病毒相关性的研究

目的:了解小儿急性呼吸道感染与人博卡病毒(Human Bocavirus,HBoV)的相关性。方法:对2008年1～5月在长春市儿童医院住院的1007例急性呼吸道感染患儿鼻咽深部分泌物样本用PCR扩增的方法进行HboV NS1基因检测。随机选取8例HBoV阳性产物进行测序,并将测到的序列与GenBank中的基因序列和HBoV阳性病例的临床资料进行分析。结果:1007例标本共检测出44例HBoV阳性,阳性率为4.37%,其中急性上呼吸道感染、急性支气管炎、毛细支气管炎和支气管肺炎患儿人博卡病毒阳性检出率分别为1.29%(2/155)、5.71%(2/35)、8.70%(2/23)和4.79%(38/794)。HboV急性呼吸道感染的年龄分布为1岁以下39例,占88.64%;1岁以上5例,占11.36%;男女性别比值是1.75∶1;临床表现咳嗽伴喘憋占97.56%,咳嗽伴腹泻占34.14%,入院时体温升高占54.55%,肺部听诊闻及干和/或湿性罗音者占95.12%,X线胸片片状影占87.80%,病程平均为13.79天。结论:人博卡病毒是引起小儿急性呼吸道感染的病原之一;HboV所致呼吸道感染部位多在下呼吸道;感染患儿以1岁以内婴儿为主。     

人类博卡病毒的检出及病原学初步研究

目的 了解粤东地区喘息性疾病患儿的感染病原中是否存在人类博卡病毒(HBoV),并探讨其感染的临床特征.方法 收集急性喘息性疾病患儿鼻咽抽吸物(NPA)246份和健康体检儿童的NPA 83份,应用针对HBoV的核衣壳蛋白基因(VP1/VP2基因)的PCR引物进行HBOV基因片段检测.随机选取HBoV基因检测阳性样本中的7份,对其PCR扩增产物直接进行核苷酸序列测定,将所测到的序列与GenBank中的基因序列进行比较分析.同时,对HBoV PCR阳性病例临床资料进行分析.结果 246份样本中HBoV基因检测阳性的有13份,阳性率为5.8%(13/246);HBoV检测阳性样本主要分布于＜1岁的患儿,占阳性病例的72.9%(10/13),尤其是＜5个月者占阳性病例的53.8%(7/13).基因序列分析表明,本研究中7份HBoV之间基因序列的同源性在99.7%～100%之间;与WLL-1株相应片段的核苷酸同源性为98.1%～100%,与HBoV st1株的同源性为97.6%～98.5%,与HBoV st2株的同源性为98.1%～99.8%.相应的患儿均表现咳嗽、呼吸困难及喘息等临床症状,除1例诊断为哮喘急性发作外,其余为喘息性肺炎(5例)和毛细支气管炎(7例).83份健康体检儿童的呼吸道样本中均未检测到HBoV特异性基因片段.结论 粤东地区儿童急性呼吸道感染引起的喘息性疾病中,有部分系HBoV感染引起;且HBoV感染在低年龄组儿童常见,其临床表现与普通的喘息性肺炎和毛细支气管炎类似.     

武汉市呼吸道感染儿童博卡病毒的检测及临床分析

目的 分析武汉市呼吸道感染儿童博卡病毒(HBoV)感染的临床特点,为临床治疗提供理论依据。方法 收集2014年12月1日-2015年12月1日期间在本院儿科住院的365例急性呼吸道感染患儿为研究对象,在疾病急性期用一次性吸痰管采集患儿鼻咽分泌物(NPA)标本液2 ml。先进行7种常见呼吸道病毒的筛查,然后采用PCR方法检测HBoV 基因,对阳性标本进行序列验证及分析。结果 1)对365份标本进行免疫荧光检测,结果显示呼吸道合胞病毒(RSV)的阳性检出率最高18.90%(69/365),其他依次为腺病毒(ADV)阳性15例(4.11%),副流感病毒Ⅲ(PIV-Ⅲ)阳性8例(2.20%),甲型流感病毒(IFV-A)阳性5例(1.37%),乙型流感病毒(IFV-B)阳性3例(0.82%),副流感病毒Ⅱ型(PIV-Ⅱ)阳性2例(0.55%)。2)365例标本中,32例(8.77%)出现HBoV 的PCR扩增产物,均为单一条带,大小约为354 bp,与预期的扩增片段大小相符合,显示为HBoV阳性。32例阳性标本进行测序后经Blast分析,HBoV1型28例(7.67%),HBoV2型3例(0.82%),HBoV3型1例(0.27%)。3)32例HBoV阳性患儿中,其中男19例,女13例,男女比例为1.47∶1;年龄3~13个月,平均6.87个月。结论 HBoV 感染是引起武汉市小儿呼吸道感染的重要病毒之一,主要以HBoV1型感染为主,而且多为混合感染。应加强对婴幼儿的预防保健工作,以便进行合理用药、早期治疗。     

2010年与2011年流感病毒广州分离株全基因组序列分析

目的 研究2010与2011年广州地区流感病毒全基因组序列的特性与变异特点,为预防控制流感暴发提供参考.方法 参照GenBank流感病毒全基因组序列设计分段扩增引物,进行RT-PCR一次扩出全基因组序列后,再分段扩增病毒各基因片段,PCR产物直接进行序列测定,用ClustalW/X、DNASTAR、MEGA5.0等软件分析基因组序列.结果 克隆了4株广州株流感病毒全基因组序列,将4株广州株流感病毒与墨西哥株和中国四川株全基因组核苷酸序列进行ClustalW比较,发现除PB2片段为98％外,其他各片段均为99％,将基因组序列与北美地区和欧亚地区的猪流感进行CLUSTALW比较,广州株GZ49号基因组的第1、2、3、4、5和第8片段与北美和亚洲地区HIN2型猪流感具有94％～95％相似性,广州株GZ49号基因组的第6和7片段与欧亚大陆的H1N1型猪流感病毒同源性分别为90％～93％和94％～95％;对4株病毒PB2、PB1、PA片段进行了点突变分析,其中4株病毒在PB2基因均出现的位点突变为D195N,R293K,V344M,I354L,V731I.结论 4株广州株新甲流病毒(H1N1)与墨西哥株和中国四川株全基因组具有很高同源性,这4株流感病毒很可能是起源于同一株病毒;PB2基因变异相对较大,这些氨基酸点突变均是新出现的突变.     

杭州地区急性呼吸道感染患儿人博卡病毒的检测及分析

目的了解杭州地区人博卡病毒(HBoV)的流行情况和基因变异情况。方法对杭州地区160例儿童急性呼吸道感染患者咽拭子样本进行HBoV检测,并对阳性样本进行常见呼吸道病毒的检测,最终选取HBoV单一阳性的HZ1株和HZ2株进行VP1基因扩增,将获得的序列上传Genbank并与其他国家和地区的8株HBoV的VP1基因进行序列比对和分析。结果杭州地区HBoV的检出率为6.9%(11/160),与其他常见呼吸道病毒的合并感染率达到45.5%(5/11),HZ1株和HZ2株与其他国家和地区的8株HBoV的VP1基因相似性达到99%以上。结论研究证明杭州地区急性呼吸道感染患儿中存在HBoV的感染,与其他呼吸道病毒有较高的合并感染,从分离到的HZ1株和HZ2株来看,杭州地区流行的是ST2基因型,其外壳蛋白VP1基因变异很小。     

中国乙型肝炎病毒基因组序列突变及进化分析

目的 了解中国乙型肝炎病毒（hepatitis B virus,HBV）基因组序列的免疫逃逸突变、耐药突变和基因组进化信息。方法 选取1998-2021年在GenBank中的中国HBV全基因组序列信息作为分析对象,采用MAFFT软件进行聚类分析,使用在线工具Gen2pheno进行免疫逃逸突变和耐药突变分析,使用BEAST 1.10.4做序列的时间进化分析。结果 5 426条序列纳入分析集,分布于我国19个省份,C型占比最高（59.1%,3 211/5 426）。其次为B型（33.7%,1 833/5 426）。有764条（14.1%,764/5 426）序列发生了免疫逃逸突变,98.1%的序列至少发生了1处反转录酶编码区域突变。中国大部分系列的进化根在公元1801年左右。结论 中国HBV耐药突变率较高,HBV基因组进化缓慢。     

儿童重症博卡病毒与呼吸道合胞病毒肺炎的临床比较

目的 通过对比分析儿童重症博卡病毒(HBoV)肺炎和最常见的呼吸道合胞病毒(RSV)肺炎,以更好地了解儿童重症HBoV肺炎的临床特征,指导临床医生鉴别诊治。方法 回顾性分析了2017年1月至2019年12月苏州大学附属儿童医院儿童重症医学科(PICU)的42例重症HBoV肺炎及110例重症RSV肺炎患儿的临床资料,比较两种肺炎的发病年龄、季节分布及临床特征等。结果 重症HBoV肺炎和重症RSV肺炎的发生率分别为1.93%(42/2 178)和2.61%(110/4 218);重症HBoV肺炎以1～3岁幼儿高发(64.29%),中位年龄在1.33(1.00,1.89)岁,显著大于重症RSV肺炎的中位年龄0.17(0.12,0.32)岁(Z=-7.765,P<0.05);重症HBoV肺炎患儿伴发热的比例为30.95%(13/42),显著高于重症RSV肺炎的11.81%(13/110)(χ²=7.848,P<0.05);重症HBoV肺炎患儿需要机械通气的比例为26.19%(11/42),显著高于重症RSV肺炎的5.45%(6/110)(χ²     

Human Bocavirus and KI/WU Polyomaviruses in Pediatric Intensive Care Patients

We evaluated the prevalence of human bocavirus and KI and WU polyomaviruses in pediatric intensive care patients with and without lower respiratory tract infection (LRTI). The prevalence of these viruses was 5.1%, 0%, and 2.6%, respectively, in children with LRTI and 4.8%, 4.8%, and 2.4%, respectively, in those without LRTI.     

Novel Human Bocavirus in Children with Acute Respiratory Tract Infection

Human bocavirus (HBoV) and HBoV2, two human bocavirus species, were found in 18 and 10 of 235 nasopharyngeal aspirates, respectively, from children hospitalized with acute respiratory tract infection. Our results suggest that, like HBoV, HBoV2 is distributed worldwide and may be associated with respiratory and enteric diseases.     

聚类技术在大样本序列进化树分析中的应用

目的 进化树分析是生物信息学研究的重要工具,但是目前结果比较精确的进化树方法计算量都很大,无法在大样本数据中直接应用.本文试图通过结合聚类分析和进化树分析的方法以解决此问题.方法 以甲型流感病毒的H3A1序列为例,首先使用两步聚类将数据进行拆分,随后按照类别分类构建进化树,并最终将其拼接为完整的进化树结果.结果 序列的聚类结果与进化树结构间呈现出高度的一致性,各类别在时间上的更替规律在进化树中则呈现为各进化树节段的交替.结论 聚类方法与进化树方法相结合可以很好地满足大样本序列的进化树分析需求,如果在模型中加入其他参数,还可以使结果更为丰富,值得在该领域中推广.     

登革3型病毒07CHLS001株全基因组序列测定和分析

目的对登革3型病毒浙江分离株07CHLS001进行了全基因组序列测定和分析，为探讨其基因组特征和来源提供依据。方法根据登革3型病毒98TW407株设计22对引物，利用RT-PCR法扩增出07CHLS001株基因组不同区段的eDNA片段，通过序列测定和拼接获得其全基因组序列。结果07CHLS001株基因组全长10707 nt，包含一个开放读码框（95-10 267nt），编码3390个氨基酸。它与登革3型病毒ThD3-1687-98株、98TW407株和80-2株的全基因组序列核苷酸相似性依次为98．7％、98．5％和94．6％。prM／M-E核苷酸序列系统发生树分析表明，07CHLS001与来自泰国的5个株系形成了一个Bootstrap支持率为90％的分枝。结论07CHLS001属于登革3型病毒的亚型Ⅱ。07CHLS001株全序列的测定，对进一步研究该株系的特性有十分重要的意义。     

Bocavirus infection in hospitalized children, South Korea

This study presents the first evidence of human bocavirus infection in South Korean children. The virus was detected in 27 (8.0%) of 336 tested specimens, including 17 (7.5%) of 225 virus-negative specimens, collected from children with acute lower respiratory tract infection.     

Absence of Detectable Replication of Human Bocavirus Species 2 in Respiratory Tract

Human bocavirus (HBoV) commonly infects young children and is associated with respiratory disease; disease associations of the divergent HBoV-2 species are unknown. Frequent HBoV-2 detection in fecal samples indicated widespread circulation in the United Kingdom and Thailand, but its lack of detection among 6,524 respiratory samples indicates likely differences from HBoV-1 in tropism/pathogenesis.     

Primary and Secondary Human Bocavirus 1 Infections in a Family,Finland

Human bocavirus 1 (HBoV1) was detected in a young child hospitalized for pneumonia and subsequently in his twin brother and other family members. The mother’s nasopharyngeal samples intermittently showed HBoV1 DNA; the grandmother had HBoV1 reinfection. Findings in this family lead to consideration of HBoV virulence, latency, and reactivation.     

Genetics,Human Genome Project and Occupational Therapy Practice

The Human Genome Project (HGP) has enabled rapid advances in healthcare practice. Medical genetics, once largely confined to relatively rare diseases seen by only a few specialists, is now becoming a central component in our understanding of most major diseases. Occupational therapy practice, without a doubt, will be changed significantly by the explosion of genetic knowledge. This article provides the basic concepts of genes and their relationship to our health. Four types of genetic disorders are introduced. The HGP and its expected gains and limitations are described. Ethical, legal and social implications (ELSI) of advances in genetics are discussed with an example of an ethical dilemma. Finally, this article also provides information on genetic counseling to assist occupational therapists in identifying the need for a referral to genetic counseling.     

Human Bocavirus in Patients with Encephalitis,Sri Lanka, 2009–2010

We identified human bocavirus (HBoV) DNA by PCR in cerebrospinal fluid from adults and children with encephalitis in Sri Lanka. HBoV types 1, 2, and 3 were identified among these cases. Phylogenetic analysis of HBoV1 strain sequences found no subclustering with strains previously identified among encephalitis cases in Bangladesh.