一种新的基因芯片检测荧光标记技术：通用引物U2联合标记法

目的报告一种新的基因芯片荧光标记技术:通用引物U2联合标记技术(universal primer U2 labeling,UPL);比较UPL与随机引物等其他标记方法的效率和可重复性.方法流感病毒RNA用四种标记方法处理后与流感病毒寡核苷酸检测芯片杂交,用Spss10.0对杂交结果进行分析.结果UPL方法在标记物杂交的荧光强度、信噪比、探针真阳性率和可重复性等方面均高于随机引物逆转录掺入标记法,而与其他两种RD标记方法相当,但标记过程相对更加简单.结论UPL方法可用于基因芯片研究和应用.     

两种限制性标记方法提高基因芯片杂交结果的信噪比

目的研究采用荧光标记的通用引物扩增或在扩增中掺入荧光标记dNTP两种限制性荧光标记方法标记探针对提高表达谱基因芯片杂交结果信噪比的作用。方法酵母mRNA经常规逆转录标记方法及两种限制性标记方法进行标记,探针纯化后与酵母表达谱基因芯片进行杂交,在同等条件下进行杂交后清洗和芯片扫描检测。结果两种限制性标记方法与直接逆转录标记相比杂交结果背景低,信噪比及灵敏度高,其中以荧光标记的通用引物扩增效果最佳。结论采用限制性标记方法后杂交结果信噪比提高,有利于基因芯片技术的应用。     

两种限制性标记方法提高基因芯片杂交结果的信噪比

目的 研究采用荧光标记的通用引物扩增或在扩增中掺人荧光标记dNTP两种限制性荧光标记方法标记探针对提高表达谱基因芯片杂交结果信噪比的作用。方法 酵母mRNA经常规逆转录标记方法及两种限制性标记方法进行标记，探针纯化后与酵母表达谱基因芯片进行杂交，在同等条件下进行杂交后清洗和芯片扫描检测。结果 两种限制性标记方法与直接逆转录标记相比杂交结果背景低，信噪比及灵敏度高，其中以荧光标记的通用引物扩增效果最佳。结论 采用限制性标记方法后杂交结果信噪比提高，有利于基因芯片技术的应用。     

利用荧光标记的通用引物检测基因芯片的制备质量

【目的】报告一种新的基因芯片质量控制方法。【方法】采用限制性显示技术制备一种两端具有1段特异通用引物互补序列的探针,分别以不同浓度梯度的荧光标记通用引物（Cy3-UP）和随机引物（Cy3-RP）与芯片杂交,比较两者杂交效率。【结果】Cy3-UP的杂交结果显著优于Cy3-RP的杂交结果,在较低浓度就可显示较强的荧光信号。【结论】这种新的基因芯片质量控制方法具有较好的敏感性和特异性,可以用于基因芯片的质量控制。     

HIV基因芯片的初步研究

目的建立HIV基因检测芯片的分析技术。方法分离HIV1U26942基因限制性显示片段作探针,应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片。然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交,以分析限制性显示基因片段的杂交动力学。经杂交后清洗和干燥,扫描芯片进行检测。结果对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

HIV基因芯片的初步研究

目的：建立HIV基因检测芯片的分析技术，方法：分离HIV 1U26942基因限制性显示片段作探针，应用PixSys 5500点样仪将探针打印在氨基包被的玻片上制作基因芯片，然后与随机引物荧光标记的HIV样品进行杂交，以分析限制性显示基因片段的杂交动力学，经杂交后清洗和干燥，扫描芯片进行检测。结果：对基因检测芯片的制作与检测的实验条件进行了初步研究并筛选了12个限制性显示基因探针。结论：建立的检测芯片的实验方法可行且较特异。     

三种基因芯片杂交体系的实验比较

目的 探讨基因芯片3种不同的杂交体系对杂交后得到的探针荧光信号强度的影响.方法 提取人慢性髓系白血病IC562细胞株的mRNA,经荧光标记后与K562表达谱芯片杂交,杂交分别在Corning"三明治"式芯片杂交盒、Agilent基因芯片杂交仪和Gene TAC基因芯片工作站进行,在同等条件下清洗和扫描杂交后的芯片,得到探针的荧光信号强度予以分析研究.结果 不同芯片杂交体系下荧光信号强度的差异具有显著性,多重比较进一步发现差异最明显的存在于第一种杂交体系与其他两种之间.结论 样品在流动体系中与芯片上探针杂交的效果要好于传统的"三明治"式杂交法.     

基因芯片用于鼠疫快速诊断的初步研究

目的将基因芯片技术用于鼠疫的快速诊断。方法分别采用RD标记技术对鼠疫耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌和假结核耶尔森菌的DNA样品进行标记,与芯片上的探针进行杂交。结果芯片能将鼠疫耶尔森菌与同属的2种致病性细菌鉴别开。结论基因芯片是一种有效的诊断工具,可用于鼠疫的诊断。     

基因芯片用于鼠疫快速诊断的初步研究

目的 将基因芯片技术用于鼠疫的快速诊断。方法 分别采用RD标记技术对鼠疫耶尔森菌、小肠结肠炎耶尔森菌和假结核耶尔森菌的DNA样品进行标记，与芯片上的探针进行杂交。结果 芯片能将鼠疫耶尔森菌与同属的2种致病性细菌鉴别开。结论 基因芯片是一种有效的诊断工具，可用于鼠疫的诊断。     

三种荧光标记法对寡核苷酸芯片杂交信号的影响

目的 观察标记引物法、随机渗入标记法、末端转移标记法三种荧光标记法对寡核苷酸芯片杂交信号的影响。方法 将淋球菌gyrA基因91位密码子突变型探针倍比稀释成终浓度为1000／μmol／L～0．25μmol／L的梯度浓度点样并制作寡核苷酸芯片，PCR扩增荧光标记包含gyrA基因突变的目的DNA片段，与芯片杂交，分别记录三种标记方法的杂交信号强度。结果 标记引物法的荧光信号最强，随机渗入标记法的荧光信号强度次之，其Cy5—duTP最佳浓度为0．1mmol／L(dTTP：Cy5—dUTP=10：1)，末端转移标记法反应时间在60min和120min时荧光信号值相近。点样的探针浓度达到31μmol／L，以上，荧光信号为平台期。结论 明确了三种荧光标记法对寡核苷酸芯片杂交信号的影响，有助于选择寡核苷酸芯片的荧光标记方法。     

限制性显示技术作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法的初步研究

目的 初步研究限制性显示技术(RD-PCR)作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法对芯片杂交信号的影响。方法 收集3个健康人外周血单核细胞,提取RNA后分为两组,采用RD-PCR进行样本双色(Cy3/Cy5)荧光标记,与3张Agilent60mer高密度(22K)人1B寡核苷酸芯片进行杂交。排除阴性和阳性对照信号值、Cy3和(或)Cy5的前景与背景间无统计显著性差异点的信号值,进一步排除两种荧光标记间存在统计显著性差异点的信号值,将3张芯片的共同信号值用于分析。SPSS软件进行常规统计分析和作图,R语言环境下的VSN统计包排除芯片间和两种不同荧光标记间的系统误差。结果 3张芯片的8744个共同点用于本研究。芯片间及两种荧光标记间存在明显的可校正的系统误差。芯片间杂交信号值相关显著。RD-PCR样本标记方法对较低表达基因信号值较为敏感。结论 初步的统计分析结果表明,RD-PCR是一种潜在的有用的高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法。     

限制性显示技术作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法的初步研究

目的初步研究限制性显示技术（RD-PCR）作为一种高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法对芯片杂交信号的影响。方法收集3个健康人外周血单核细胞，提取RNA后分为两组，采用RD-PCR进行样本双色（Cy3／Cy5）荧光标记，与3张Agilent 60 mer高密度（22K）人1B寡核苷酸芯片进行杂交。排除阴性和阳性对照信号值、Cy3和（或）Cy5的前景与背景间无统计显著性差异点的信号值，进一步排除两种荧光标记间存在统计显著性差异点的信号值，将3张芯片的共同信号值用于分析。SPSS软件进行常规统计分析和作图，R语言环境下的VSN统计包排除芯片间和两种不同荧光标记间的系统误差。结果3张芯片的8744个共同点用于本研究。芯片间及两种荧光标记间存在明显的可校正的系统误差。芯片间杂交信号值相关显著。RD-PCR样本标记方法对较低表达基因信号值较为敏感。结论初步的统计分析结果表明，RD-PCR是一种潜在的有用的高密度长链寡核苷酸芯片样本标记方法。     

高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法的优化及应用

目的:建立一种较优的高通量测序H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法,用于H7N9禽流感病毒基因组监测?方法:分别以6碱基随机引物反转录生成单链cDNA,合成双链cDNA;流感病毒通用反转录引物U12反转录生成单链cDNA,6碱基随机引物合成双链cDNA;U12引物反转录生成单链cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备高通量测序模板?构建测序文库?测序并分析数据,比较3种方法对高通量测序效率的影响,并与传统Sanger测序方法比较其测序的准确性,选择其中较优的方法用于高通量测序?结果:以U12引物反转录cDNA,通用流感病毒全基因扩增引物混合物生成双链cDNA制备的高通量测序模板,在测序族生成数?覆盖率?单核苷酸多态性及读长等方面均优于另外两种方法?结论:本研究建立的H7N9禽流感病毒基因组模板制备方法用于高通量测序具有准确性高,周期短,成本相对较低,可同时检测多个样本等特点,可用于大规模H7N9禽流感病毒基因组监测?     

PRINS技术标记绒毛细胞间期核21号染色体的研究

目的 探索妊娠早期诊断唐氏综合征的新方法。方法 应用21号染色体特异的α-卫星DNA序列引物对7份早孕绒毛间期细胞标本进行了引物原位标记反应。结果 7份标本中，平均93％的细胞核显示2个标记信号。荧光信号清晰明亮，整个反应在4－内完成。结论 引物原位标记技术可于妊娠早期快速检测绒毛间期细胞21号染色体数目异常，可用于唐氏综合征的产前诊断。     

一种用于生物芯片标记效率的研究方法

目的利用自杂交的方法对芯片杂交样品的标记效率进行检测和实验质控。方法提取人红白血病K562细胞RNA后,将核酸样品等分成两等份,分别应用通用引物标记Cy3和Cy5荧光物质,然后和制备的K562芯片进行杂交,通过比较杂交后探针上Cy3和Cy5的荧光信号强度,对样品的标记效率和杂交流程进行实验分析和质控。结果杂交后的芯片探针显示为等量的Cy3和Cy5重叠后的黄色荧光,由于样品是等量的同一种核酸物质,从而证明了样品标记的效率一致性较好。结论通过自身杂交方法来比较相同样品两种荧光标记物的信号强度,对芯片本身的质量进行检测,分析标记物的标记效率,可以应用于生物芯片实验的质量控制。     

Primed <Emphasis Type="Italic">in situ</Emphasis> labeling technique for subtelomeric rearrangements in 70 children with idiopathic mental retardation

Subtelomeric rearrangements contribute to idiopathic mental retardation (MR),but most children with idiopathic MR do not show any chromosome abnormalities with standard cytogenetic analysis.The primed ...