基于网络药理学及分子对接探讨“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的潜在作用机制。方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得“柴胡-当归”药对的活性成分及其对应靶点蛋白。在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与“柴胡-当归”作用靶点的交集基因。通过Cytoscape 3.6.0软件及STRING数据库构建药对-活性成分-作用靶点-疾病网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,根据度值大小筛选出排名前5的靶蛋白,并利用RCSB PDB数据库、Autodock Vina 1.1.2等软件预测其与“柴胡-当归”药对活性成分的结合活性。采用RStudio软件对交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-关键靶点-关键通路网络。结果 数据库中筛选获得药对活性成分共18种;其中活性成分的靶点与乳腺增生疾病的交集基因共150个,根据度值排名大小获得5个核心靶标,包括蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。经分子对接分析发现,“柴胡-当归”药对的活性成分与核心靶标结合能力较强。结论 “柴胡-当归”药对的主要活性成分可能通过调节蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等核心靶点,参与调控白介素-7(IL-7)信号通路、内分泌耐药、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路等途径,发挥对乳腺增生的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨"柴胡-当归"药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索"柴胡-当归"药对治疗乳腺增生的潜在作用机制.方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得"柴胡-当归"药对的活性成分及其对应靶点蛋白.在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与"柴胡-当归"作...     

基于网络药理学及分子对接探讨“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探索“柴胡-当归”药对治疗乳腺增生的潜在作用机制。方法 基于网络药理学,通过TCMSP、UniProt等数据库检索获得“柴胡-当归”药对的活性成分及其对应靶点蛋白。在Genecards数据库检索乳腺增生相关靶点,利用Draw Venn Diagram在线作图网站获得其与“柴胡-当归”作用靶点的交集基因。通过Cytoscape 3.6.0软件及STRING数据库构建药对-活性成分-作用靶点-疾病网络和靶点间蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,根据度值大小筛选出排名前5的靶蛋白,并利用RCSB PDB数据库、Autodock Vina 1.1.2等软件预测其与“柴胡-当归”药对活性成分的结合活性。采用RStudio软件对交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,最终构建活性成分-关键靶点-关键通路网络。结果 数据库中筛选获得药对活性成分共18种;其中活性成分的靶点与乳腺增生疾病的交集基因共150个,根据度值排名大小获得5个核心靶标,包括蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等。经分子对接分析发现,“柴胡-当归”药对的活性成分与核心靶标结合能力较强。结论 “柴胡-当归”药对的主要活性成分可能通过调节蛋白激酶、白细胞介素-6、肿瘤蛋白p53、血管内皮生长因子A及肿瘤坏死因子等核心靶点,参与调控白介素-7（IL-7）信号通路、内分泌耐药、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路等途径,发挥对乳腺增生的治疗作用。     

基于网络药理学及分子对接研究夏枯草治疗乳腺囊性增生病的药理作用机制

目的 联合运用网络药理学和分子对接技术研究夏枯草治疗乳腺囊性增生病的药理作用机制。方法 通过美国TCMSP数据库搜索夏枯草中有效成分信息及其对应的作用研究靶点,运用GeneCards、OMIM、PharmGkb、DrugBank数据库获取相关乳腺囊性增生病的临床疾病靶点。将乳腺囊性增生病对应的相关疾病靶点和夏枯草潜在作用靶点相互映射取一交集,并绘制韦恩图。运用STRING数据库和Cytoscape3.9.0软件对疾病和药物共同靶点进行蛋白质互作网络分析,并应用R软件对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;通过Cytoscape 3.9.0软件构建疾病-中药活性成分-靶点网络图。运用Sybyl软件以分子对接的形式验证夏枯草活性成分与乳腺囊性增生病核心基因靶点的相互作用。结果 共筛选出夏枯草11个活性成分及186个基因靶点,2 699个乳腺囊性增生病基因靶点。141个药物和疾病的共同靶点,24个核心基因;主要涉及氧化应激反应、抗炎、调节免疫功能等多个生物学过程,主要涉及的信号通路包括环磷酸腺苷信号通路、晚期糖化终末产物-晚期糖化终末产物受体信号...     

基于网络药理学及分子对接探讨柴胡注射液退热的分子机制

目的 采用网络药理学方法及分子对接研究柴胡注射液（CI）退热作用的潜在机制。方法 使用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）检索、文献补充获取柴胡的活性成分、潜在靶点。借助GeneCards、DurgBank以及人类在线孟德尔遗传数据库（OMMI）数据库检索发热相关靶点。运用STRING数据库将交集靶点行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析;在Cytoscape中建立“柴胡注射液-活性成分-靶点基因-发热”的网络;利用David数据库行基因本体（GO）、京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析;最后使用AutoDock Vina模拟分子对接。结果 柴胡共有活性成分17个,作用靶点210个,发热靶点1208个,交集靶点102个。GO条目747个,涉及对外来刺激的反应、炎症反应、细胞对肿瘤坏死因子的反应、对脂多糖反应等生物学过程。KEGG通路156条,涉及AGE-RAGE、TNF、IL-17等信号通路。分子对接中成分与靶点可较好结合。结论 CI通过多成分、作用于多靶点和途径对发热产生治疗作用。     

基于网络药理学探究黄芪辅助治疗肺结核的作用机制

目的 通过网络药理学方法探究黄芪治疗肺结核的作用机制.方法 运用TCMSP数据库筛选黄芪的活性成分及其作用靶点;借助GeneCard数据库筛选肺结核疾病靶点,并获得交集靶点;利用STRING数据库构建靶点蛋白相互作用网络;将交集靶点进行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto ...     

基于网络药理学探讨土茯苓防治炎症性肠病的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探讨土茯苓防治炎症性肠病（IBD）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获得土茯苓的活性成分;在TTD、OMIM、Gene Cards数据库中去重、合并多平台的IBD靶点信息;获得活性成分和疾病靶点的交集并构建蛋白互作网络图（PPI）、“药物–成分–靶点–疾病”互作网络图;利用Metascape数据库对交集靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析,获得相关生物学过程信息及疾病作用通路;利用Cytoscape获得核心靶点并使用Auto Dock Tools 1.5.7对其进行分子对接。结果 共获得15个活性成分、190个药效成分靶点、2 171个疾病靶点,整理得到137个交集靶点,通过界值筛选得到28个核心靶点,其中5个为关键核心靶点,主要涉及P53核内磷酸化蛋白（TP53）、白细胞介素-6(IL-6)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)等,并推测磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路是主要作用通路。分子对接结果显示关键核心靶点与土茯苓相关活性成分具有关键的结...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的活性成分和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台、中国台湾中医药资料库、BATMAN-TCM数据库以及文献,筛选丹灯通脑软胶囊相关成分,在成分靶点预测数据库中预测其作用靶点,结合药物与疾病数据库、人类孟德尔遗传综合数据库、治疗靶点数据库和DisGeNET数据库中得到的中风靶点构建网络,通过STRING数据库对共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接,预测核心成分和关键靶点间的结合活性。结果：共检索到丹灯通脑软胶囊相关成分161个,对应靶点856个,中风相关靶点234个,取交集得到86个共有靶点,构建PPI网络并进行拓扑学分析得到30个关键靶点,其富集分析得到2 712个GO功能进程和122条KEGG通路。分子对接结果显示,核心成分槲皮素、木犀草素可以与核心靶点前列腺素内过氧化物合酶2、蛋白激酶B、基质金属蛋白酶(MMP)9、半胱天冬酶-3和MMP...     

复方积雪草苷凝胶贴膏的制备工艺研究

摘 要 目的： 筛选复方积雪草苷凝胶贴膏的处方,确定最佳制备工艺。方法: 采用正交设计法,以凝胶贴膏的初黏力、持黏力、综合外观为考察指标,对复方积雪草苷凝胶贴膏进行综合评分,考察不同基质辅料比例对复方积雪草苷凝胶贴膏的影响,优选最佳处方工艺。结果:最佳处方基质配比为甘羟铝∶EDTA∶甘油∶CMC-Na=0.25∶0.05∶45∶1。结论: 按照最佳工艺条件制备的复方积雪草苷凝胶贴膏黏附力好,外观涂布均匀,能适应大生产的需要。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟的机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨知柏地黄丸治疗特发性中枢性性早熟(ICPP)的作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和文献研究挖掘知柏地黄丸中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,通过全球蛋白质资源(UniProt)数据库对靶点蛋白进行校正。在GeneCards、在线孟德尔遗传(OMIM)、DisGeNET数据库中获得ICPP的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.9.1软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析获取中药核心成分,利用STRING数据库构建蛋白互作网络并导入Cytoscape 3.9.1软件中筛选出核心靶点。利用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析;利用AutoDockTools和AutoDock Vina脚本将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果:筛选得到知柏地黄丸复方中活性成分114个,相关靶点233个,ICPP疾病靶点1 628个,交集靶点111个。复方核心成分包括槲皮素、山奈酚、β-谷甾醇、脱...     

基于网络药理学和分子对接探讨天花粉治疗肺癌的作用机制

目的基于网络药理学和分子对接的方法探讨天花粉治疗肺癌的作用靶点及机制。方法检索时限为建库至2022年7月。采用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)、中医药综合数据库(TCMID)结合PubChem数据库相关文献筛选出天花粉的活性成分, 通过TCMSP、TCMID、SwissTargetPrediction数据库获取活性成分的潜在靶点;检索GeneCards、人类孟德尔遗传综合数据库(OMIM)、TTD、DrugBank数据库收集肺癌疾病靶点;利用线上网站Venny 2.1将药物与疾病靶点取交集并绘制韦恩图;应用String数据库绘制交集靶点的蛋白互作网络;使用Cytoscape 3.8.2软件构建"药物-活性成分-疾病-靶点"网络图;运用Metascape数据库对共同靶点进行基因本体(GO)富集化分析和京都基因和基因组数据库(KEGG)通路富集分析;采用Autodock软件进行分子对接验证。结果天花粉通过筛选得到活性成分28种, 201个作用靶点;检索4大疾病数据库共获取肺癌靶点1 645个;药物与疾病共有37个交集靶点;根据连接度(degree)值大小, 确定雌激素受体1(E...     

正交设计优选化瘀散凝胶贴膏基质配方

目的 优选化瘀散凝胶贴膏基质配方制备工艺的最佳条件。方法 采用正交设计试验,以凝胶贴膏的初黏力、持黏力、剥离强度及追随性为考察指标,对聚丙烯酸钠、明胶、甘油和丙二醇的用量进行优选,确定基质中不同辅料的最佳配比。结果 优选出化瘀散凝胶贴膏最佳基质处方配比为聚丙烯酸钠∶明胶∶甘油∶丙二醇=4∶3∶3∶2。结论 以最优处方基质配比制备的凝胶贴膏,表面平整光滑,具有良好的黏附性和保湿性。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学及分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘的作用机制

[摘要]目的：通过网络药理学和分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘（cough variant asthma,CVA）的作用机制。方法：基于文献研究和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库挖掘定喘汤中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,借用Uniprot数据库校正靶点蛋白对应基因;通过GeneCards、OMIM数据库获得咳嗽变异性哮喘的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.7.2软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析,利用String数据库构建蛋白互作网络并筛选出核心靶点。基于DAVID对交集靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析;通过AutoDock Vina和Pymol将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果：收集定喘汤复方中活性成分218个,得到相关潜在靶点452个,CVA相关靶点689个,得到交集靶点131个。核心靶点主要为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）,共有靶点主要富集于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论：定喘汤治疗CVA具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究定喘汤治疗CVA的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨五苓散治疗肥胖2型糖尿病的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接技术探讨五苓散治疗肥胖2型糖尿病(T2DM)的作用机制。方法:利用TCMSP数据库收集五苓散各药味的化学成分及对应靶点;通过OMIM、Drungbank和Denecards数据库整理肥胖T2DM的有关靶点;在Venny平台绘制成分-疾病靶点韦恩图及下载交集靶点文件;借助Cytoscape3.7.1构建五苓散潜在活性成分-交集靶点网络,由Cyto NCA得到关键靶点;利用关键靶点反向对接得到五苓散关键成分;通过微生信网对关键靶点做GO功能与KEGG通路富集分析,再构建“成分-靶点-通路”网络;利用Sybyl-X2.0对关键成分与关键靶点进行分子对接验证。结果:得到五苓散135个潜在活性成分,包含168个潜在作用靶点,与2111个肥胖T2DM的相关靶点交集后,获得85个共有靶点;拓扑分析得到30个关键靶点,反向对接得到关键成分68个;五苓散治疗肥胖T2DM主要涉及TNF、IL6、INS、IL1B、PTGS2、JUN等靶点;涉及药物应答、细胞间的信号传递、细胞外环境和细包表面、肾上腺素结合、类固醇激素受体活性等过程以及恰加斯病(Chagas disease)、胰...     

基于网络药理学探究“CRPC治疗方”治疗CRPC的作用机制

目的 基于处方统计和网络药理学探究“CRPC治疗方”治疗去势抵抗性前列腺癌（CRPC）的作用机制。方法 检索CNKI、万方、维普以及CBM数据库中收录的已公开发表的中医药治疗CRPC的个人医案,进行处方药味统计,依据频次取前十味药物,组方为“CRPC治疗方”;后通过TCMSP数据库收集“CRPC治疗方”活性成分,利用Swiss TargetPrediction数据库预测处方活性成分作用靶点;借助GeneCards、OMIM数据库收集疾病CRPC靶点;构建交集靶点Venny图,并利用Cytoscape 3.8.2构建“CRPC治疗方”治疗CRPC的“活性成分-基因靶点”网络图,利用String平台构建PPI网络,并利用Cytoscape 3.8.2的CytoNCA插件筛选关键靶点;采用Metascape平台进行GO富集分析以及KEGG通路分析。结果 前十味药物为黄芪、熟地黄、茯苓、姜黄、白术、补骨脂、党参、炙甘草、白花蛇舌草、莪术,网络药理学筛选出“CRPC治疗方”活性成分157种及药物靶点136个,疾病靶点1396个,交集靶点99个,其中STAT3、c-jun、TP53、HIF1A、E...     

基于网络药理学探讨赤芍抗肿瘤转移的作用机制

目的 通过网络药理学的方法探究赤芍抗肿瘤转移的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Pharm Mapper数据库获取赤芍的活性成分及靶点,通过Gene Cards和在线人类孟德尔遗传（OMIM）数据库中获得肿瘤转移的相关靶点,进而获得药物活性成分治疗疾病的潜在靶点。构建蛋白质互作（PPI）网络,用DAVID数据库对潜在靶点进行富集分析,并利用Cyto Scape 3.9.0软件对核心成分和关键靶点进行筛选,同时进行分子对接验证。结果 共得到符合条件的药物活性成分29个及其作用靶点132个、交集靶点115个。主要信号通路有癌症信号通路、脂质和动脉粥样硬化、前列腺癌等。分子对接结果表明赤芍抗肿瘤转移的核心成分与疾病的核心靶点有较强的结合活性。结论 赤芍通过多成分、多靶点、多途径发挥抗肿瘤转移作用。     

基于UHPLC-Q-TOF-MS技术和网络药理学的金莲花抗炎药效物质基础及作用机制研究

目的 基于超高效液相色谱–四级杆–飞行时间串联质谱（UHPLC-Q-TOF-MS）法、网络药理学和分子对接验证探讨金莲花抗炎的药效物质及机制。方法 根据质谱信息结合对照品、文献和数据库指认金莲花中化学成分信息;借助Swiss ADME平台及查询文献来筛选金莲花潜在活性成分;通过Swiss Target Prediction数据库预测金莲花活性成分的作用靶点;采用OMIM、GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取炎症的相关靶点;利用Venn图取药物活性成分靶点与疾病靶点交集后,用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI）;用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;借助Cytoscape软件构建“活性成分–炎症靶点–富集通路”网络;采用分子对接技术进行初步验证。结果 从金莲花中共鉴别出38个化合物,包括黄酮类23个,有机酸类10个,香豆素类1个,单糖2个以及苯乙素类2个;网络药理学研究表明,金莲花可能通过鼠尾草素、蓟黄素、香叶木素、阿魏酸、槲皮素和芹菜素等成分,作用于肿瘤坏死因子（TNF...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的潜在作用机制。方法 通过检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取儿脾醒颗粒的主要活性成分及对应靶点;检索GeneCards、OMIM、DrugBank、TTD数据库得到小儿厌食症相关靶点基因;取药物靶点与疾病靶点的交集,得出儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症的有效靶点并绘制Venn图;运用Cytoscape 3.9.0软件构建药物与小儿厌食症疾病靶点互作网络图;利用STRING数据库绘制蛋白质相互作用（PPI）的可视化网络图,并进行网络拓扑分析;通过Bioconductor数据库和R语言对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,了解儿脾醒颗粒治疗小儿厌食症可能的生物过程及通路;最后运用SYBYL-x2.0软件实现分子对接验证。结果 获得儿脾醒颗粒主要活性成分46个、药物靶点蛋白236个;检索小儿厌食症疾病相关靶点共1 372个,活性成分与疾病交集靶点118个;发现儿脾醒颗粒通过作用于转录因子AP-1(JUN)、V-Rel网状内皮增生病毒癌基因同源物A(RELA)、肿瘤坏死...     

基于网络药理学及分子对接研究穿心莲抗炎的分子机制

基于网络药理学方法以及分子对接技术,研究了穿心莲抗炎作用的潜在分子机制.利用TCMSP数据库挖掘穿心莲有效活性成分及靶点,DisGeNET、GeneCards数据库挖掘疾病靶点,分别在STRING、Metascape、Reactome网站提交交集基因,进行蛋白质相互作用网络(PPI)、基因本体(GO)及通路(KEGG)...