苦参碱氯化钠注射液对人冠状病毒肺炎寒湿疫毒袭肺证小鼠病证结合模型的治疗作用

"疫毒袭肺证"是北京市中医管理局对新型冠状病毒感染肺炎的中医病证分类,本研究首次建立了与新型冠状病毒中医寒湿疫毒袭肺证相吻合的病证结合小鼠模型,并基于免疫调节及炎性损伤等环节,研究了疫区临床用药苦参碱氯化钠注射液对人冠状病毒肺炎寒湿疫毒袭肺证小鼠病证结合模型的治疗作用。通过肺指数、肺指数抑制率和肺组织病理检测评价苦参碱氯化钠注射液对模型小鼠的治疗作用; RT-PCR检测肺组织病毒核酸表达量评价其抗病毒作用;流式细胞术检测CD4+T细胞、CD8+T细胞及B细胞的百分比评价其免疫调节作用; ELISA法检测白细胞介素-6 (IL-6)、IL-10、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)及γ干扰素(IFN-γ)的表达量评价其抗炎作用。实验中所有操作均遵循美国国立卫生研究院(NIH)及北京市实验动物伦理委员会的规定,并经过中国中医科学院中药研究所动物伦理委员会批准。结果显示,苦参碱氯化钠注射液高剂量组(36.67 mL·kg-1·d-1)和低剂量组(18.33 mL·kg-1·d-1)腹腔注射给药显著减轻模型小鼠肺组织病理损伤,肺指数抑制率分别为86.86%和76.53%;降低肺组织中IL-6、IL-...     

基于网络药理学探索桔梗治疗肺纤维化的作用机制

基于网络药理学和动物实验研究桔梗抗肺纤维化的作用机制。通过TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测桔梗的成分和作用靶点,并与通过GeneCards、OMIM、Disgenet、Drugbank数据库筛选出的肺纤维化的疾病靶点交集整合,获得桔梗治疗肺纤维化的潜在靶点。运用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点-疾病"的网络图和潜在靶点的相互作用关系,并联合String平台绘制PPI网络,同时进行拓扑学分析,基于R软件使用Bioconductor生物信息软件包对交集靶点进行GO和KEGG富集分析预测作用机制。采用动物实验对网络药理学分析结果进行验证,构建肺纤维化小鼠模型,进行病理染色、ELISA检测、肺功能检测、qRT-PCR及Western blot。桔梗8个潜在活性成分对应289个靶点,肺纤维化1 129个疾病靶点,得到药物-疾病共同靶点65个, GO富集分析共得到条目1 575个,KEGG富集分析得到146个条目,涉及磷脂酰肌醇3激酶-蛋白激酶B (PI3K-AKT)信号通路、肿瘤坏死因子(TNF)信号通路、白细胞介素-17 (IL-17)信号通路...     

基于网络药理学和分子对接法探索复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在分子机制

目的 通过网络药理学及分子对接技术探寻复方一枝蒿颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制。方法 应用TCMSP数据库、BATMAN-TCM数据库及文献收集复方一枝蒿颗粒活性成分及潜在靶点。通过TTD、GeneCards和OMMI数据库检索新型冠状病毒肺炎相关的靶点。将复方一枝蒿颗粒药物靶点和新型冠状病毒肺炎相关基因取交集，使用String数据库构建靶蛋白相互作用（PPI）网络。通过Cytoscape构建“药物–活性成分–靶点基因–疾病”网络。对交集靶点进行GO功能、KEGG通路富集分析。利用Autodock_vina软件对活性成分和靶点进行分子对接。结果 共筛选92个活性成分，1 627个靶点，新型冠状病毒肺炎疾病靶点464个，两者取交集筛选出87个潜在靶点。GO功能富集得到2 040个条目（P＜0.05），与病毒过程、参与共生相互作用的生物过程、活性氧代谢过程的调节、与宿主相互作用的生物过程、病毒生命周期、炎症反应的调节等生物学过程有关。KEGG通路分析共得到150条通路，与新冠肺炎密切相关的有人巨细胞病毒感染、结核、COVID-19、IL-17信号通路等。分子对接结果证实，筛选的靶点受体蛋白与活性成分可以较好地结合。结论 复方一枝蒿颗粒可通过多组分、多靶点和多途径的方式对新型冠状病毒肺炎产生治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探索血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的潜在机制

目的基于网络药理学和分子对接预测血必净注射液治疗冠状病毒肺炎潜在靶点及分子机制,为揭示血必净注射液治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在网络作用机制提供科学依据。方法检索国内外文献获取血必净注射液主要活性成分,通过ETCM、TCMSP及Targetnet在线数据库预测作用靶点;检索GeneCards、CTD及OMIM数据库获取冠状病毒肺炎相关靶点;整合分析获取血必净注射液治疗冠状病毒肺炎的靶点;采用STRING分析靶点蛋白的互作关系;通过Enrichr数据库进行基因功能及作用通路富集分析;采用Cytoscape软件进行网络可视化;最后采用iGEMDOCK软件对关键靶点进行分子对接分析。结果本研究共收集到血必净注射液中活性成分30个,可作用于222个靶点,进一步分析其治疗冠状病毒肺炎的17个核心成分与18个核心靶点,主要作用于甲型流感,NF-κB、HIF-1及VEGF等信号通路。发现与关键靶点对接较好的成分有羟基红花黄色素A、绿原酸及丹酚酸B等。结论本研究揭示了血必净注射液治疗冠状病毒肺炎多成分、多靶点、多通路的特点,可为其治疗COVID-19潜在网络作用机制提供新的线索。     

清开灵注射液联合亚胺培南西司他丁钠治疗老年重症肺炎的临床研究

目的 基于网络药理学的方法探索银翘解毒软胶囊治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 将银翘解毒软胶囊所含1 418个化合物与48个COVID-19炎症相关靶蛋白进行分子对接,构建药物-靶蛋白网络,阐明银翘解毒软胶囊的关键活性成分和潜在作用靶点。结果 通过网络分析获得银翘解毒软胶囊的活性成分有50个,主要为黄酮类和三萜类化合物;潜在作用靶点37个,主要为MTOR、JAK3、ACE、ACE2、PIK3CA、TNF、AKT2和MAP2K1等炎症靶点。分子对接结果显示连翘酯苷及牡荆素-2″-O-鼠李糖苷与新型冠状病毒（SARS-CoV-2）3CL水解酶具有较好的亲和力,甘草酸与血管紧张素转化酶II（ACE2）具有较好的亲和力。结论 银翘解毒软胶囊通过干扰SARS-CoV-2病毒复制、调节炎症信号通路表达及炎症因子分泌发挥治疗COVID-19作用。     

通过网络药理学和分子对接研究板蓝根治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的：应用网络药理学及分子对接预测板蓝根治疗新型冠状病毒肺炎的有效性和潜在机制。方法：从TCMSP数据库和文献研究中获得板蓝根的活性成分及潜在靶点;通过Gene Cards数据库检索新型冠状病毒肺炎相关靶点基因,并得到活性成分作用靶点和新型冠状病毒肺炎相关靶点基因的交集靶点,然后利用STRING数据库构建蛋白相互作用网络;使用Cytoscape3.8.2软件进行PPI网络可视化,通过MCODE插件提取核心靶点;在DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG通路富集分析;采用分子对接模拟,验证药物和靶标结合力。结果：共筛选出板蓝根的活性成分51个,对应210个靶点,与新型冠状病毒肺炎交集靶点共65个,得到34个核心靶点;经过网络分析和分子对接结果,11个靶点（PTGS2、RELA、TNF、NOS2、IL6、CASP3、MAPK14、IFNG、IL1B、TGFB1和CASP8）被认为是具有较好对接亲和力的主要治疗靶点;富集分析结果表明,其潜在机制主要集中在与免疫炎症、抗病毒和促凋亡相关的GO生物过程和KEGG通路上。此外,PI3K-AKT信号通路被认为可能是关键通路。结论：该研究表明,板蓝...     

基于UPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS整合网络药理学探讨金银花抗RSV肺炎的作用机制

目的： 基于超高效液相色谱-四极杆-静电场轨道阱高分辨质谱（UPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS）技术、网络药理学和整体动物实验药理学的方法,初步探讨金银花抗RSV肺炎的作用机制。方法： 采用滴鼻法建立呼吸道合胞病毒（respiratory syncytial virus,RSV）肺炎小鼠模型,设立空白组、模型组、阳性对照组、金银花低、中、高剂量给药组,以小鼠体质量、肛温、肺指数以及IFN-γ、TNF-α、MCP-1、IL-10、IL-6、IFN-β的变化为指标,探讨金银花抗RSV肺炎的作用机制。采用UPLC-Q-Exactive-Orbitrap-MS对金银花中成分进行表征。采用网络药理学,将已定性成分-靶点网络与RSV肺炎-靶点网络进行映射,构建成分-RSV肺炎靶点网络。同时利用STRING数据库筛选网络中核心靶点,导入Cytoscape 3.6.1软件,构建核心靶点PPI网络,计算拓扑参数,推测核心靶点。结果： 与模型组比较,各金银花给药组小鼠体质量均增加,肛温及肺指数均下降,炎性因子（IFN-γ、TNF-α、MCP-1、IL-10、IL-6）含量增加或减少,且有显著性差异;对金银花中39个成分进行表征,结合网络药理学获得成分对应靶点277个,疾病靶点390个,去重后生成PPI网络,PPI网络中根据度值确定核心靶点为TNF、AKTI、TLR4、IL-10、IL-2。结论： 通过网络药理技术和整体动物实验推测,金银花可以通过下调TLR4/NK-κB通路,减少TNF-α、IL-6、IL-10等炎性因子的表达;作用于T细胞、自然杀伤细胞进而上调免疫因子IFN-γ的表达;降低MCP-1含量,减少炎性损伤、巨噬细胞的产生来协同发挥抗RSV感染肺炎的作用。     

基于网络药理学探讨葶苈大枣泻肺汤对儿童肺炎的作用机制研究

目的通过网络药理学方法探讨葶苈大枣泻肺汤治疗儿童肺炎的潜在分子生物学机制。方法从中药系统药理学分析平台(TCMSP)及文献资料中寻找与葶苈大枣泻肺汤中中药相关的所有成分和作用靶点,并构建药物分子-靶点网络;利用疾病靶点数据库(GeneCards和OMIM)选取检索出来的所有与疾病相关的靶点,利用蛋白-蛋白相互作用网络平台STRING V11.0构建药物-疾病蛋白互作网络,利用Biocondoctor生物软件信息包进行GO和KEGG富集分析,预测其作用机制。结果最终筛选得到18个活性化合物,71个有效靶点。GO功能富集分析得到1378个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析得到127条信号通路(P<0.05)。结论葶苈大枣泻肺汤治疗儿童肺炎是多成分、多靶点共同作用的结果,为葶苈大枣泻肺汤的临床应用以及儿童肺炎的研究提供了一定理论依据。     

基于GEO数据库挖掘与网络药理学探讨刺五加治疗阿尔茨海默病的机制

目的 基于生物信息学和网络药理学方法筛选刺五加治疗阿尔茨海默病(Alzheimer’s Disease,AD)的潜在药物靶点和信号通路,初步验证其药效。方法 文献检索获取刺五加成分,利用Swiss ADME对成分进行筛选,通过Swiss Target Prediction预测潜在靶点;由GSE28146数据集筛选AD差异表达基因;对刺五加靶点和AD靶点进行映射,构建“药物-成分-潜在靶点-疾病”网络及蛋白质互作网络;利用DAVID数据库进行GO和KEGG富集分析;采用Autodock软件对关键活性成分与核心靶点进行分子对接验证。采用D-半乳糖联合氯化铝诱导AD小鼠模型,Morris水迷宫试验检测各组小鼠学习记忆能力,并观察小鼠海马体的病理学变化。结果 筛选获得刺五加治疗AD活性成分24个,潜在靶点74个;“药物-成分-潜在靶点-疾病”网络提示槲皮素、山奈酚等为刺五加治疗AD的主要成分,蛋白质互作网络提示STAT3、MAPK1、PIK3CA等为关键靶点;得到GO富集条目(P<0.01)366条,KEGG富集通路(P<0.01)109条;主要涉及PI3K-AKT、AGE-RAGE和TNF等通路。分子对接结果显示,刺五加主要活性成分与主要靶点具有较好的结合活性。体内药理实验结果表明,刺五加可显著提高小鼠学习记忆能力,减轻海马组织损伤,降低海马组织中TNF-α、IL-6、IL-1β含量。结论 刺五加可能通过抑制炎症因子表达和减少炎症损伤发挥抗AD作用。     

基于网络药理学与分子对接技术对清开灵干预病毒性感冒的作用机制研究

目的 探索清开灵干预病毒性感冒的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过TCMSP、TCMID和Pubchem数据库获得清开灵的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取病毒性感冒的相关靶点,并采用交集法筛选出与清开灵活性成分作用的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,并通过String数据库构建PPI网络;通过Bioconductor数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,运用R软件将结果进行可视化;采用Auto Dock Tools进行分子对接研究。结果 从清开灵中共筛选出潜在活性成分90个,对应靶点225个;PPI网络分析获得清开灵干预病毒性感冒的关键作用靶点34个;GO及KEGG富集分析得出：清开灵干预病毒性感冒的作用机制主要与抗炎、抗病毒有关;分子对接结果显示：清开灵中胆酸、猪去氧胆酸、黄芩苷与RELA和JUN具有一定的亲合力。结论 清开灵含有的活性成分可作用于JUN、RELA、MAPK1、IL-6、AKT1等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对病毒性感冒的干预作用。     

基于网络药理学分析宣肺败毒方治疗SARS、MERS和COVID-19的作用机制

目的 探讨宣肺败毒方对冠状病毒感染治疗作用的有效成分、作用靶点、信号通路等,从而阐释其作用机制。方法 利用Cytoscape构建了宣肺败毒方的药物–性–味–归经网络。采用TCMSP数据库、SwissADME数据库和Swiss Target Prediction数据库筛选宣肺败毒方的有效成分和相关靶点,通过GeneCards数据库和CTD数据库收集严重急性呼吸道疾病（SARS）、2012年的中东呼吸综合征（MERS）和新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的疾病靶点,将药物靶点和疾病靶点取交集,利用Cytoscape软件构建网络;运用String数据库,对潜在靶点进行蛋白相互作用（PPI）网络模型构建;通过Metascape数据库对潜在靶点进行GO和KEGG富集分析,并且用Cytoscape构建网络。结果 宣肺败毒方中有10种药材与肺经有关。从中筛选出167个活性成分和242个潜在作用靶点,核心药物为甘草、麻黄、青蒿、马鞭草、虎杖,核心成分为槲皮素、豆甾醇、山柰酚、木犀草素、异鼠李素等,核心靶点为AKT1、IL-6、TP53、VEGFA、TNF等,可能的作用机制与PI3K-Akt signaling pathway、HIF-1 signaling pathway和TNF signaling pathway等多个信号通路有关。结论 通过网络药理学探讨了宣肺败毒方对SARS、MERS和COVID-19的潜在共同作用机制,体现了中药多成分、多靶点、多途径的作用特点。     

基于网络药理学和动物实验探究黄芩茎叶总黄酮对溃疡性结肠炎的治疗作用及机制

目的 基于网络药理学和动物实验探究黄芩茎叶总黄酮治疗溃疡性结肠炎的作用机制。方法 通过文献查阅黄芩茎叶中总黄酮成分,并根据中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索黄芩茎叶总黄酮成分对应靶点,通过GeneCards数据库收集溃疡性结肠炎相关靶点。使用Venny 2.1绘图软件获取药物和疾病相关靶点的交集靶点,将其上传至STRING数据平台进行蛋白质-蛋白质相互作用网络构建,再采用DAVID数据平台进行基因本体(gene ontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclo pedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析。采用3% DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型对网络药理学结果进行验证。结果 网络药理学结果表明,黄芩茎叶总黄酮7个成分对应69个相关靶点,溃疡性结肠炎相关靶点1383个,交集靶点24个。GO和KEGG通路富集分析获得黄芩茎叶总黄酮治疗溃疡性的潜在通路,包括芳香烃受体(aryl hydrocarbon receptor,AhR)、Th17细胞分化、T细胞受体等。3% DSS诱导的溃疡性结肠炎小鼠模型结果显示,与模型组相比,黄芩茎叶总黄酮显著降低MPO、TNF-α、IL-1β、IL-17水平,增加IL-10和IL-22水平,且具有统计学差异,恢复小鼠结肠长度。激活AhR通路及其中CYP1A1和CYP1B1靶点,从而促进抗炎因子IL-22因子的水平,通过激活ZO-1蛋白表达修复肠道屏障。结论 黄芩茎叶总黄酮能够基于多成分、多靶点、多通路的特点相互协同治疗溃疡性结肠炎。     

基于网络药理学和分子对接技术探究清热药治疗COVID-19的活性成分及作用机制

目的：通过网络药理学和分子对接技术挖掘《新型冠状病毒肺炎诊疗方案（试行第七版）》中具有清热功效的中药治疗COVID-19的共有活性成分及作用机制。方法：通过TCMSP数据库及BATMAN-TCM数据库检索清热药的化学成分和作用靶点;通过UniProt数据库检索靶点对应基因,运用Cytoscape Version 3.7.2软件绘制药物-化合物-靶点网络;利用STRING数据库绘制靶点间作用关系网络;通过DAVID数据库进行GO功能富集分析及KEGG通路富集分析;利用Autodock软件对筛选出的活性成分及抗病毒化药和SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2进行分子对接。结果：药物-化合物-靶点网络共有401个节点（15个药物节点,120个化合物节点,266个靶点节点）;GO条目1 422个（P<0.05）;KEGG通路富集筛选共得到61条通路（P<0.05）;分子对接结果显示脱水淫羊藿素、木犀草素、槲皮素等关键化合物具有与抗病毒化药相近或更好的亲和力。结论：清热药通过与ACE2结合调控多条通路、与病毒特定部位的结合阻断病毒入侵及抑制炎症因子风暴等方面达到治疗COVID-19的作用。     

基于网络药理学和分子对接方法祛肺毒一号方治疗新型冠状病毒肺炎作用机制研究

目的 采用网络药理学和分子对接技术探讨祛肺毒一号方治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的物质基础和潜在作用机制.方法 检索祛肺毒一号方中各药味的归经,并构建药味-归经网络;在中药系统药理学分析平台(TCMSP)数据库检索并筛选祛肺毒一号方中各药味潜在活性成分,通过文献检索补充不满足上述条件但具有药理活性的成分;采用...     

基于网络药理学和分子对接技术清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）分子机制研究

目的 利用网络药理学技术探讨清咳平喘颗粒治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的作用机制。方法 使用TCMSP、Swiss Target Prediction等数据库预测清咳平喘颗粒的主要成分和其作用靶点,再与CTD、GeneCards数据库得到的COVID-19的疾病靶点交集整合,获得清咳平喘颗粒治疗COVID-19的潜在靶点。借助String平台绘制蛋白质相互作用（PPI）网络及筛选核心靶点,并开展基因本体（GO）注释功能与京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。依托Cytoscape软件绘制“成分-靶点-通路”的网络图。采用Autodock分子对接技术将关键靶点与清咳平喘颗粒中关键成分进行验证。结果 共获得261个药物-疾病共同靶点,包括TNF、IL6、ALB、AKT1、VEGFA在内的91个核心靶点。GO富集分析、KEGG富集分析分别共得到条目1 508个、152个,涵盖Toll-like receptor（TLR）信号通路、IL-17信号通路和HIF-1信号通路等。分子对接结果显示,麻黄碱、苦杏仁苷是清咳平喘颗粒抗COVID-19主要活性成分。结论 运用网络药理学得到了清咳平喘颗粒抗COVID-19的作用靶点和通路,为进一步探讨清咳平喘颗粒治疗COVID-19的作用机制提供依据。     

基于网络药理学探讨痰咳净方防治新型冠状病毒肺炎的可行性

目的 采用网络药理学方法探讨痰咳净方治疗呼吸系统的潜在作用机制,并对其防治新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的可能性进行评估。方法 通过TCMSP、Swiss Target Prediction、OMIM等在线数据库收集痰咳净方有效化学成分、成分作用靶点及相关疾病信息。采用Cytoscape 3.7.1构建化合物-靶点网络和靶点-疾病网络。将上述靶点用String 10.0数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络的构建并筛选出核心靶点,最后利用DAVID 6.8数据库进行基因本体（GO）功能富集分析和KEGG通路富集分析,预测其作用机制。结果 共筛选出49个主要活性成分,与呼吸系统相关靶点85个,针对疾病19种。PPI网络发现关联度较高的靶点有AKT1、IL-6、MAPK1、PTGS2、VEGFA、TNF、EGFR、STAT3、CCND1、MMP9、JUN、IL-10、ESR1等。基因本体（GO）条目1 793个,其中生物过程相关的条目1 555个,分子功能相关的条目134个,细胞组成相关的条目104个。靶点对应的信号通路为137条,涉及炎症性通路、病毒相关通路、免疫调节性通路、信号转导性通路、肿瘤相关通路及内分泌代谢通路等。结论 研究初步证明痰咳净方通过作用于ADCY2、AKT1、CASP8、CCND1、TNF、CASP8、IFNG、IL-4、IL-6等靶点调节人巨细胞病毒感染通路、IL-17信号通路、FoxO信号通路、HIF-1信号通路、人T细胞白血病病毒感染、TNF信号通路等多条信号通路,来发挥对COVID-19的防治作用。     

基于网络药理学的虎杖抗炎活性成分及作用机制研究

目的： 构建虎杖抗炎的"成分-靶点-通路"网络,探究虎杖可能的活性成分及其潜在作用机制。方法： 通过文献和TCMSP数据库查找虎杖化学成分,采用类药性（drug likeness,DL）以及口服生物利用度（oral bioactivity,OB）评估筛选活性成分;通过Drugbank、Pharmmapper数据库筛选虎杖活性成分潜在靶点基因,通过GeneCards和MalaCards数据库得到炎症相关基因靶点;将活性成分的潜在靶点基因与炎症相关基因进行比对,得到虎杖抗炎的潜在靶点基因;使用R语言和KOBAS3.0数据库对靶点基因功能和相关通路进行注释;采用Cytoscape3.6.1软件构建虎杖抗炎作用的"成分-靶点-通路"网络;将筛选得到的部分活性成分和关键靶点进行分子对接。结果： 从虎杖中共筛选出13个活性成分,涉及包括ELANE、PLG、ALB、MMP9等65个基因靶点,影响了Toxoplasmosis、IL-17 signaling pathway、Relaxin signaling pathway、TNF signaling pathway等96条信号通路;分子对接试验结果显示,筛选得到的两个活性成分与关键靶点的结合能力与阳性药物接近。结论： 构建的"成分-靶点-通路"网络图揭示了虎杖通过多成分、多靶点、多通路的形式发挥抗炎作用,分子对接试验间接证实了网络药理学预测结果的可靠性与准确性。研究结果为进一步阐释虎杖抗炎作用机制提供了科学依据。     

基于网络药理学研究柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨柴胡达胸合剂治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的潜在药理作用机制。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选柴胡达胸合剂活性成分和对应的作用靶点,并通过Uniprot数据库标准化靶点名称;在GeneCards和OMIM数据库检索冠状病毒相关基因,并与柴胡达胸合剂作用靶点取交集,筛选出治疗作用靶点;利用Cytoscape 3.7.2软件,构建和分析“药材-活性成分-靶点”网络图;通过String平台分析靶点蛋白相互作用,并使用R软件的相关包进行GO基因注释和KEGG信号通路分析。结果 筛选出165个有效成分和51个作用靶点,进一步分析发现主要活性成分为β-谷甾醇和11个黄酮类化合物,核心作用靶点为CASP3、MAPK3、IL-6、MAPK8、IL-10、CXCL8、MAPK1、IL-1B等。GO基因注释得到GO条目共1 722个（P<0.05）,其中生物学过程条目1 612个,细胞组成条目30个,分子功能条目80个。KEGG信号通路筛选出信号通路156条（P<0.05）,富集基因较多的信号通路为糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、甲型流感、IL-17信号通路、TNF信号通路和乙型肝炎。结论 该研究初步揭示了柴胡达胸合剂多成分、多靶点、多通路对COVID-19发挥治疗作用的特点,为进一步阐明柴胡达胸合剂治疗COVID-19的药理作用机制提供理论依据。     

Mechanism of regulating immune dysfunction of sepsis based on network pharmacology and experimental verification北大核心CSCD

目的验证升降散在脓毒症中的作用并探讨其分子机制。方法通过TCMSP、Disgenet等数据库搜索药物活性成分作用靶点与疾病相关靶点,并将二者取交集。采用DAVID数据库对交集靶点进行GO、KEGG通路富集分析,将药物活性成分与关键通路的核心基因进行分子对接。采用盲肠结扎穿刺(cecal ligation puncture,CLP)构建脓毒症小鼠模型,收集小鼠脾脏组织与血清,采用流式细胞术检测脾脏中不同T细胞亚群百分比,采用ELISA检测血清中IL-6、IL-10水平。结果网络药理学分析搜索获得升降散活性成分25个,活性成分作用靶点238个,疾病相关靶点2797个,活性成分与疾病相关靶点交集基因有90个,潜在靶标为AKT、JUN、EGFR、MMP9等;GO功能富集分析,得到条目数1021条,其中生物过程942条,细胞组成23条,分子功能55条。KEGG通路分析发现交集基因主要富集在PD-1/PD-L1信号通路、HIF-1信号通路、TNF信号通路、炎症介质信号通路等,表明其治疗效果可能和这些通路有关。分子对接结果显示,槲皮素、山奈酚、大黄素等核心化合物与关键基因都能较好的结合。流式细胞术结果显示,CLP 7 d后小鼠脾脏CD4^(+)T细胞比例减少,CD4^(+)PD-1^(+)T细胞比例增加,IL-6释放减少,IL-10含量增加,小鼠呈免疫抑制状态。给予升降散灌胃治疗后小鼠脾脏CD4^(+)T细胞百分比增加,CD4^(+)PD-1^(+)T细胞数量减少,IL-6释放增强,IL-10含量降低,小鼠免疫抑制得以改善。结论升降散能增加脓毒症晚期促炎症细胞因子IL-6释放,提高CD4^(+)T/CD8^(+)T细胞比值,降低抗炎性细胞因子IL-10表达,以改善脓毒症晚期免疫抑制,提高小鼠生存率。     

基于网络药理学探讨益肺降纤方防治肺尘埃沉着病的关键靶标和潜在机制

摘要：目的:采用网络药理学的方法探寻益气降纤方治疗肺尘埃沉着病的分子机制。方法:利用TCMSP数据库及SwissADME筛选出益气降纤方中的主要有效化合物及其靶点;运用Cytoscape3.8构建药物成分-靶点网络;通过Genecards、OMIM及Drugbank数据库检索肺尘埃沉着病相关靶点;通过韦恩图得到益气降纤方与肺尘埃沉着病的共同靶点;使用String平台构建化合物-疾病共同靶点的蛋白互作（PPI）网络;用Metascape数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;通过分子对接方法验证网络药理学对益肺降纤方治疗肺尘埃沉着病预测机制的准确性。结果:本研究共获得益气降纤方86个活性成分,245个相关靶点,益气降纤方调节肺尘埃沉着病的核心共同靶点34个;GO富集分析共得主要条目中涉及生物过程270条,细胞组成1条,分子功能6条;KEGG通路分析共得到核心信号通路88条;分子对接结果与网络药理学预测结果一致,即干扰素-γ（IFNG）、白细胞介素6（IL-6）、趋化因子CXCL8、基质金属蛋白酶3（MMP3）和趋化因子CCL2为益肺降纤方防治肺尘埃沉着病的潜在靶点或机制。结论:益气降纤方可能通过槲皮素、木犀草素、山奈酚等成分作用于IFNG、IL-6、CXCL8、MMP3和CCL2等靶点,通过调节细胞对脂多糖的反应及细胞对细菌起源分子的反应等反应,干预IL-17信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路及沙门菌感染等信号通路来防治肺尘埃沉着病。