陕西省2010-2012年柯萨奇病毒A组16型VP1基因特征分析

目的 对陕西省2010-2012年来源于手足口病（hand,foot and mouth disease,HFMD）病例的科萨奇病毒A组16型（Coxsackievirus A16,CVA16）毒株的VP1基因特征进行分析,以阐明其分子流行病学特征.方法 利用特异性引物对分离鉴定为CVA16的21株病毒进行VP1编码区扩增.对阳性产物进行序列测定,并用MEGA软件进行序列的生物信息学分析.结果 根据亲缘性分析,本研究的CVA16分别属于B1a和B1b基因亚型,其中仅2011年分离自宝鸡市的10株属于B1a基因亚型,分离自其他4个地市的11株则属于B1b基因亚型.B1a和B1b基因亚型内核苷酸序列同源性分别为99.9％ ～100％和92.93％ ～ 100％.不同基因亚型毒株间核苷酸序列差异为8.43％～9.45％.结论 2010-2012年,属于B1a和B1b基因亚型的CVA16在陕西省共同循环,其中B1b基因亚型流行范围较广,可能为陕西省的优势亚型.     

西安地区2008年肠道病毒71型基因特征分析

目的 研究西安地区2008年引起手足口病病原构成及EV71的基因特征.方法 采集124例临床诊断手足口病病例标本,RT-PCR检测肠道病毒血清型别;挑选EV71阳性标本进行病毒分离,扩增7株EV71病毒,扩增其VP1区,测序并与EV71各血清型代表株序列比对,进行进化分析.结果 2008年西安地区手足口病（HFMD）的病原中CA16占49.45%,EV71占30.76%,其他肠道病毒占19.78%.7株EV71 VP1区与标准株序列比对,亲缘进化分析显示本地区EV71与中国大陆其他地区毒株相似.结论 2008年西安地区引起手足口病的病原以CA16为主,而EV71属于C4亚型.     

2008-2009年广东手足口病非CA16非EV71肠道病毒株的鉴定及其VP1基因分型研究

目的 探讨2008-2009年广东省手足口病非CAI6非EV71肠道病毒株的流行情况以及毒株型别.方法 从2008-2009年广东省手足口病粪便样本中采用RD细胞和HEp-2细胞分离病毒毒株,待出现细胞病变后收集上清采用RT-PCR进行鉴定.非CA16非EV71毒株再进行VP1测序分析,序列通过BLAST程序鉴定型别,用MEGA4.0软件进行基因进化分析.结果 共分离到22株非CA16非EV71毒株,通过BLAST程序鉴定犁别.2008年9株非CA16、非EV71的毒株有CA2型、CA4、CB3型;2009年13株有EV80、E13、E30、CB5、E24、PV1、CA10、CA6和CA2.各毒株间同源性低,各毒株分别归属CoxA、CoxB、埃可肠道病毒、新型肠道病毒和脊灰病毒组.结论 广东省2008-2009年两年来,手足口病除了CA16和EV71占主导地位外,并不存在其他的优势株,其他型肠道病毒分布比较广,既有CoxA组病毒、CoxB组,也有E13、E24、E30、新型病毒EV80和脊髓灰质炎病毒PV1,儿组病毒伴随流行.     

宁夏2009年肠道病毒71型基因特征分析

目的 分析2009年宁夏回族自治区手足口病（Hand-Foot-and-Mouth Disease,HFMD）患者中肠道病毒71型（Enterovirus 71,EV71）分离株的基因特征.方法 2009年,从宁夏自治区344例HFMD病例中采集的385份标本,用人横纹肌肉瘤（Human Rhabdomyosarcoma,RD）细胞对标本进行肠道病毒分离培养;采用型特异性RT-PCR对阳性分离物中的EV71病毒进行鉴定;对鉴定的EV71毒株VP1编码区进行核苷酸序列测定分析.结果 共分离到肠道病毒126株,其中58株为EV71（46%）,对其中46株EV71的VP1编码区序列进行测定和分析.宁夏分离株与EV71的A和B基因型代表株核苷酸序列同源性分别为81.7%～82.8%和83.1%～85.2%,氨基酸序列同源性分别为93.9%～95.9%和96.2%～97.9%;与C基因型的C1、C2、C3、C4a、C4b和C5亚型代表株核苷酸序列同源性分别为88.3%～90.6%、88.3%～90.1%、87.8%～89.0%、94.2%～98.9%、91.8%～94.1%和86.7%～89.1%;氨基酸序列同源性分别为97.9%～99.6%、97.9%～99.3%、97.6%～98.9%、97.9%～100%、98.6%～99.6%和97.9%～98.9%.在系统发生树上,这46株毒株与C4基因型代表株聚为一簇,属于C4亚型中的C4a分支.结论 2009年EV71的C4a亚型在宁夏有较广泛的流行,是宁夏流行的绝对优势基因亚型,C4a也是我国2005年以来流行的优势基因亚型.     

2011-2013年安徽省手足口病病原构成和HEV71基因特征分析

目的 了解安徽地区2011-2013年引起手足口病(hand-foot-mouth disease,HFMD)发病的病原构成情况和人肠道病毒71型(human enterovirus 71,HEV71)分离株的基因特征.方法 利用“中国疾病预防控制信息系统”,对2011-2013年报告的安徽省HFMD病例病原学特征进行统计分析.对从HFMD病例咽拭子标本中分离的26株HEV71进行VP1基因全长扩增和序列测定,使用生物软件DNASTAR 7.1比对分析同源性和应用Mega 4.1构建系统发生树.结果 安徽省2011-2013年HFMD病原构成主要为HEV71,柯萨奇病毒A组16型(coxsackie virus A16,CVA16)和其他肠道病毒,阳性检出率分别为28.74％、10.77％和15.18％.HEV71 VP1区基因序列同源性比对分析和系统发生树构建表明,26株HEV71属于C4a基因亚型,与2008年安徽阜阳流行株(EU703812)相比亲缘关系较近,VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为92.9％～98.8％和90.3％～99.7％.结论 安徽省2011-2013年HFMD的主要病原体为HEV71,其次为其他肠道病毒和CVA16.26株HEV71的基因型属C4a亚型,与中国大陆同期主要流行毒株基因型相一致.     

烟台市手足口病合并脑炎病毒分离及基因序列分析

目的 了解烟台地区手足口病合并脑炎病原谱及其基因学特征.方法 采集烟台地区手足口病合并脑炎患者粪便及脑脊液标本,通过细胞培养分离病毒,实时荧光PCR鉴定病毒型别,RT-PCR扩增VP1区基因部分序列并测序,进行序列分析.结果 10份粪便标本分离病毒3株,均为EV71.与C4a型代表株核苷酸同源性为98％～99％,氨基酸同源性98.90％～99.45％.系统发生树中,烟台分离株与C4亚型C4a簇代表株位于同一分支.结论 烟台地区手足口病合并脑炎病原主要为EV71,属于C4亚型C4a簇.     

惠州市重症手足口病病原谱及EV71型VP1区基因特征分析

目的分析惠州市手足口病重症病例的病原谱构成,了解惠州市肠道病毒71型分离株的VPl区基因特征．为科学防治手足口病提供科学依据。方法采集300例重症手足口病（HFMD）患者标本,采用实时荧光RT-PCR检测肠道病毒核酸,并对肠道病毒7l型（EV71）和柯萨奇病毒A16型（CoxA16）进行分型检测;选择8株EV71分离株进行VPl区基因全长序列测定,测序结果利用DNASTAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较。并用Mega5．0软件构建亲缘性进化树。结果通过实时荧光RT-PCR特异性检测,EV71阳性结果154份,阳性率为51．33％;CoxAl6阳性结果38份,阳性率为12．67％。测序结果表明,8株EV71之间的VPl基因核苷酸同源性为96．9％～99．2％。氨基酸同源性为99．3％～100％。VPI区基因遗传进化分析表明。8株EV71分离株与c4基因亚型的代表株处于同一分支,均属于C4基因亚型的C4a进化分支。结论惠州市手足口病疫情主要病原EV71病毒均属于C4a基因亚型,与2004年以来的中国大陆EV71病毒流行的基因型一致,未产生明显的抗原漂移及变异。     

北京市朝阳区2010-2012年麻疹野毒株分子流行特征分析

目的 了解近三年北京市朝阳区流行的麻疹野病毒分子流行特征,为本地区消除麻疹提供科学依据.方法 采集北京市朝阳区2010-2012年麻疹疑似病例的咽拭子和（或）尿液标本接种vero/SLAM细胞,对分离的麻疹病毒用逆转录及聚合酶链反应扩增麻疹病毒核蛋白（N）基因羧基末端676个核苷酸片段,对扩增产物进行核苷酸序列测定和分析,并以羧基末端450个核苷酸片段构建基因亲缘关系树,进行遗传距离及核苷酸、氨基酸同源性分析.结果 分离出18株麻疹病毒,均为H1基因型,H1a亚型.这18株野毒株之间核苷酸同源性为98.2％～100.0％（核苷酸差异为0～8bp）,氨基酸变异范围为0～2.7％（氨基酸差异为0～4AA）.与H1a亚型参考毒株Chin9322相比,核苷酸变异范围为0.7％～1.6％（核苷酸差异为3 ～7 bp）.18株野毒株共有7种基因序列,其中2010年5种、2011年1种、2012年3种基因序列.V2基因序列出现在2010和2012年的病例中,V7序列出现在2010和2011年的病例中.其余5种序列只在单一年份的病例中检出.结论 北京近年来流行的本土麻疹病毒为H1a亚型,当年相同基因序列的一组病例提示有麻疹传播链的存在.北京市朝阳区存在基因序列完全相同的麻疹野毒株在2010、2012年循环出现.     

广西狂犬病病毒野毒株的分子流行病学分析

目的 测定广西不同地区,不同时间分离的狂犬病病毒野毒株的基因型。方法 选用8株广西毒株和1株安徽株和10株国外株狂犬病病毒提取mRNA,作逆转录聚合酶链反应（RT－PCR）扩增,用377自动测序仪读取,N蛋白基因序列区间为1157－1467（320bp）。序列分析采用pileup和pretty程序作碱基配对和比较分析,种系发生采用phylip软件包。结果 广西8株狂犬病病毒呈现地域性分布,同一地区之间核苷酸序列同源性差异小于2％,而二地区间差异在15％以上;广西株与美国、南非、墨西哥毒株截然不同。8株广西株可归属与A组的A1（广西柳州地区）、A2a（玉林地区株）和A2b（广西宁明株）三个基因,其中广西10chb株与泰国的二株Thbkrb2123、Thdg2933株同属A2b组,但广西株与属B组的美国、墨西哥、南非毒株不同。结论 广西至少存在3个基因型,存在有不同来源的病毒株。     

河北省手足口病病例的病原构成及EV71病毒基因特征分析

目的了解河北省不同地区、不同严重程度手足口病病例的病原构成情况及EV71病毒的基因特征。方法采集河北省不同地区的HFMD患者粪便、疱疹液、咽拭子标本进行核酸检测和病毒分离,同时结合所收集的HFMD患病例的居住地、疾病严重程度信息加以分析。选取18株EV71阳性分离株进行VP1编码区基因扩增和核苷酸序列测定和分析,与其它38株各基因型和基因亚型的EV71代表株构建系统发生树。结果2009年河北省HFMD临床诊断病例的EV阳性率为65．13％,其中以EV71为主,占阳性病例的58．0％（752／1296）。秦皇岛、邯郸、保定、邢台地区手足口病例以EV71感染为主,而衡水、沧州等地区则以CA16为主。轻型病例中EV71阳性率为37．74％,重症病例中EV71阳性率为80．64％,死亡病例检测13例,均为EV71阳性。18株EV71分离株的VP114核苷酸同源性为94．9％～99．8％,与C4亚型代表株的VP1区核苷酸同源性最高,为91．9％～99．6％。进化树结果显示,河北省EV71分离株与c4亚型代表株处于同一分支,并在C4a进化分支的不同簇中。结论2009年引起河北省手足口病流行的病原体主要为EV71和CA16。秦皇岛、邯郸、保定、邢台地区手足口病例以EV7I感染为主,而衡水、廊坊、沧州等地区则以CA16为主。EV71是重症病例的主要致病病原体。河北省EV71分离株为c4亚型C4a进化分支。     

2010年深圳市流感流行病学分析

目的对2010年深圳市流感监测结果进行分析,了解流感的流行趋势,为流感防治提供科学依据。方法收集全市31家监测单位的流感样病例数据、病原学检测结果和暴发疫情资料进行分析。结果 2010年深圳市的流感样病例百分比（ILI%）为5.43%。2010年全市共采集日常监测ILI咽拭标本4031份,分离出445株流感病毒,阳性率为11.0%,其中14株季节性H1N1亚型（3.1%）,42株季节性H3N2亚型（9.4%）,171株甲型H1N1亚型（38.4%）,213株B（Victoria,47.9%）亚型,5株B（Yamagata,1.1%）亚型。2010年全市报告了89起ILI暴发疫情,发病总人数741人,流感PCR检测阳性79起,其中季节性甲型6起（6.8%）,乙型67起（75.3%）,甲型H1N1流感6起（6.8%）。结论 2010年深圳市流感活动较低,未出现明显的高峰。     

深圳市某地2011年正常人群手足口病隐性感染调查研究

目的了解深圳市某地2011年成人及健康儿童手足口病隐性感染情况。探讨健康人群隐性感染与儿童患手足ISl病的关系。方法随机选取该区域幼儿同学生和老师共150人,分为0～、2～、5-岁组各30人,15～、24～、〉50岁组各20人。每人采集粪便标本5～8g,进行肠道病毒通用型、肠道病毒71型（EV71）、柯萨奇病毒A16型（CA16）核酸检测。结果共采集150份样本,EV通用型阳性13份（8．67％）,其中5岁以下的有11例（84．6％）。CA16阳性2份,EV71阳性1份,均属于0-岁组。结论肠道病毒在人群中隐性感染较为普遍,5岁以内儿童为主要感染人群。健康人群中引起手足口病常见的EV71和CA16阳性肠道病毒隐性感染率低。     

Molecular characterization and complete genome analysis of human enterovirus 71 and coxsackievirus A16 from children with hand, foot and mouth disease in Thailand during 2008-2011

Hand, foot and mouth disease (HFMD) has mostly been caused by enterovirus 71 (EV71) and coxsackievirus A16 (CA16). CA 16 was the most common cause of HFMD in 2010. EV71 had a high prevalence in 2008-2009 and has been identified with a higher frequency since 2011. Nearly complete genome sequences of three EV71 strains (2008-2009 strains) and two CA16 strains (2010 strains) obtained from outbreaks in Thailand in 2008 to 2010 were characterized. Based on a phylogenetic tree of the complete VP1 region, three EV71 strains grouped into the B5, C1 and C4 genotypes, and two CA16 strains grouped into the C genotype. Based on sequence analysis, nucleotide changes were found to cluster in the internal ribosome entry site (IRES) element of the 5′-untranslated region (5′-UTR). Amino acid differences identified in all strains were located in the non-structural protein. These data also provide the molecular epidemiology of EV71 and CA16 outbreaks in Thailand.     

Biological phenotypes of HIV-1 subtypes A and B strains of diverse origins

The identification of specific biologic phenotypic traits that can be correlated with different HIV-1 genetic subtypes was sought. The genetic subtypes were determined by either sequencing (Cameroonian strains, n = 18) or by the heteroduplex mobility assay (HMA) (Belgian strains, n = 21 and lvorian strains, n = 25). Seventeen (81%) of the 21 Belgian isolates belonged to subtype B and 4 (17%) were subtype A strains. Subtype A variants were predominant in the two African countries studied; 11 (61%) of 18 strains from Cameroon and 23 (92%) of 25 strains from the Ivory Coast. Of the 64 isolates, 38 (58%) and 19 (29%) belonged to subtypes A and B, respectively. No significant difference was observed for biological phenotypes (slow/low and rapid/high) of both genetic subtypes. In symptomatic individuals, however, a significantly higher number of subtype B isolates were of rapid/high phenotype, compared with subtype A (5 of 10; 50%) vs. 2 of 22; 9%), respectively; X² = 6.7, P = 0.02). The findings suggest that overall HIV-1 isolates belonging to genetic subtype B are not distinguishable from subtype A variants on the basis of their biological phenotypes. Syncytium-inducing variants were less prevalent regardless of the geographic origin of the isolates. © Wiley-Liss, Inc.     

Molecular epidemiology of enterovirus 71, coxsackievirus A16 and A6 associated with hand,foot and mouth disease in Spain

Hand, foot and mouth disease (HFMD) is a childhood illness frequently caused by genotypes belonging to the enterovirus A species, including coxsackievirus (CV)-A16 and enterovirus (EV)-71. Between 2010 and 2012, several outbreaks and sporadic cases of HFMD occurred in different regions of Spain. The objective of the present study was to describe the enterovirus epidemiology associated with HFMD in the country. A total of 80 patients with HFMD or atypical rash were included. Detection and typing of the enteroviruses were performed directly in clinical samples using molecular methods. Enteroviruses were detected in 53 of the patients (66%). CV-A6 was the most frequent genotype, followed by CV-A16 and EV-71, but other minority types were also identified. Interestingly, during almost all of 2010, CV-A16 was the only causative agent of HFMD but by the end of the year and during 2011, CV-A6 became predominant, while CV-A16 was not detected. In 2012, however, both CV-A6 and CV-A16 circulated. EV-71 was associated with HFMD symptoms only in three cases during 2012. All Spanish CV-A6 sequences segregated into one major genetic cluster together with other European and Asian strains isolated between 2008 and 2011, most forming a particular clade. Spanish EV-71 strains belonged to subgenogroup C2, as did most of the European sequences circulated. In conclusion, the recent increase of HFMD cases in Spain and other European countries has been due to a larger incidence of circulating species A enteroviruses, mainly CV-A6 and CV-A16, and the emergence of new genetic variants of these viruses.