板桥党参基因组DNA提取方法的改进及其18S rRNA基因序列分析

目的:为研究道地药材板桥党参Codonopsis tangshen Oliv.的遗传多样性、种类鉴定等,提取高质量的基因组DNA;探讨板桥党参18S rRNA基因的序列特征,为板桥党参分子鉴定提供分子依据。方法:以板桥党参鲜嫩叶片为材料,采用自行改进的CTAB法提取出基因组DNA;采用PCR直接测序技术测定板桥党参的18S rRNA基因序列,并分析其序列组成。结果:使用改进的CTAB法从鲜叶中提取板桥党参的基因组DNA浓度较高;以其基因组DNA为模板对18S rRNA基因进行PCR克隆并测序,获得了板桥党参18S rRNA基因序列特征。结论:改进的CTAB法提取板桥党参基因组DNA效果较好;DNA测序技术可作为板桥党参基原鉴定准确而有效的分子鉴定方法。     

橐吾属药用植物5S rRNA基因间隔区序列与含HPAs植物的鉴别

目的：对橐吾属Ligularia药用植物的5S rRNA基因间隔区序列进行测定，为含肝毒吡咯里西啶生物碱(HPAs)植物的鉴别提供分子依据。方法：对12种橐吾属植物的5Sr RNA区序列进行PCR扩增、测序，并运用CLUSTAL、MEGA等软件对所测序列进行了排序、对比和分析。结果：建立了12种橐吾属药用植物的5S rRNA区序列数据库，橐吾属植物在该区间具有显著的种间差异，替代数为3～53，变异位点数128个，信息位点数58个。结论：含HPAs的橐吾属植物的5S rRNA区序列具有明显而稳定的特异性鉴别位点，可用作该类型植物鉴别的分子标记。     

塞隆骨原动物高原鼢鼠核基因18S rRNA序列测定与分析

目的 :测定仓鼠科动物高原鼢鼠Myospalaxbaileyi的核rDNA基因序列 ,为塞隆骨正品基原检定提供分子依据。方法 :采用PCR直接测序技术测定高原鼢鼠 18SrRNA基因核苷酸序列并作序列特征分析。结果 :高原鼢鼠的 18SrRNA序列长度为 185 1bp。根据排序比较 ,高原鼢鼠与 2种鼠科动物间的DNA序列同源性为 72 .0 4 %～ 72 .18%。结论 :通过基因序列分析 ,DNA测序技术可成为塞隆骨正品基原检定的准确有效手段     

塞隆骨原动物高原鼢鼠核基因18SrRNA序列测定与分析

目的 :测定仓鼠科动物高原鼢鼠Myospalax baileyi的核rDNA基因序列 ,为塞隆骨正品基原检定提供分子依据。方法 :采用PCR直接测序技术测定高原鼢鼠 18S rRNA基因核苷酸序列并作序列特征分析。结果 :高原鼢鼠的 18Sr RNA序列长度为 1851bp。根据排序比较 ,高原鼢鼠与 2种鼠科动物间的DNA序列同源性为 72.04%～72.18%。结论 :通过基因序列分析 ,DNA测序技术可成为塞隆骨正品基原检定的准确有效手段。     

中药三七根核糖体18S rRNA基因的序列分析

目的：研究中药三七根核糖体18SrRNA基因的序列特征。方法：根据模式植物拟南芥的18SrRNA的基因序列设计引物,对三七根的18SrRNA基因序列进行基因克隆、测序,并与模式植物拟南芥Arabidopsis thaliana以及人参属植物喜马拉雅人参Panax pseudoginseng Wall subsp.himalaicus var.angustifolius的相应序列进行比较。结果：通过对产于广西靖西的三七Panax pseudoginseng Wall.var.notoginseng(Bukill)Hoo et Tseng根的18SrRNA基因进行克隆测序,获得了三七根的18SrRNA基因的部分序列特征。结论：利用已完成全基因组序列测定的模式植物拟南芥的分子生物学信息来研究中药植物基源的基因组序列,将有助于加快中药植物基源的分子生物学研究进程。     

蜈蚣等5种动物类中药18S rRNA基因酶切鉴定的初步研究

目的 用基因酶切法鉴定蜈蚣等5种动物类中药，为中药生物鉴定法的构建提供基本方法。方法 PCR法（聚合酶链式反应）与酶切。结果 限制性内切酶EcoRⅡ可以一次性鉴别出5种动物中药。结论 EcoRⅡ是鉴定蜈蚣等5种动物药18S rRNA基因最佳内切酶，酶切的基本步骤为：基因片段的扩增，酶切，电泳检测，该方法可用于中药的品种鉴定，为中成药的鉴定提供方法和技术。     

16S rRNA高通量测序研究柴芪汤对代谢综合征大鼠肠道菌群的影响

目的:采用16S rRNA高通量测序技术分析柴芪汤对代谢综合征(MS)大鼠肠道菌群的影响。方法:通过Illumina Miseq PE300型高通量测序仪对大鼠粪便肠道菌群进行16S rRNA基因V3-V4可变区检测,运用Usearch、Mothur、LEfSe分析肠道菌群的组成结构及不同菌属相对丰度变化。结果:柴芪汤能够逆转MS大鼠肠道菌群物种多样性的下降,并纠正MS导致的菌群组成结构改变。研究发现MS大鼠的肠道菌群在菌属水平有57个菌属相对丰度发生显著变化,而柴芪汤能将其中的54个菌属恢复至正常水平。结论:从肠道微生态角度阐释了MS的可能病机,柴芪汤可以通过调节肠道菌群防治MS。     

基于 16S rRNA 检测分析宫颈癌患者 放射治疗前后肠道菌群变化特征

〔摘 要〕 目的：探究电离辐射对宫颈癌患者肠道菌群的影响特点及菌群变化与放射性肠炎发生的相关性。方法：选取 福建医科大学附属泉州第一医院 2019 年 1 月至 2020 年 1 月收治的 30 例宫颈癌患者,在其调强放射治疗的不同时间点收 集其粪便样本,分析肠道微生态的生物标志物,用 MoBio PowerSoil 试剂盒提取肠道菌群 DNA,用 MiniSeq 对肠道菌群 16S rRNA 的 V4 区进行测序及生物信息学分析。差异度采用 Wilcoxon 秩和检验等分析。结果：宫颈癌患者放射治疗后肠 道微生物群的 α 多样性比放疗前高,同时放疗前后微生物群落组成（即 β 多样性）存在一定差异,但差异均无统计学意义 （P ＞ 0.05）;但是在宫颈癌患者放疗后微生物组成中普雷沃氏菌和链球菌较放疗前有显著变化（P ＜ 0.05）。结论：宫颈 癌患者放疗前后微生物成分存在差异,但有待大规模的前瞻性队列研究证实。     

16S rRNA基因测序技术分析肝阳上亢型脑出血患者的肠道菌群结构

目的:探讨肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人群的肠道菌群差异。方法:选取2018年于广州中医药大学第一附属医院颅脑科病房收治的9例肝阳上亢型急性脑出血患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的6例健康人粪便样本为对照组,提取两组样本中细菌总DNA,根据16S rRNA V4区设计引物进行扩增,通过Illumina MiSeq平台进行双端测序(paired-end),通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本菌群组成和结构。结果:操作分类单元(OTU)的韦恩图分析(Venn分析)显示观察组与对照组之间OTU数目存在明显差异。偏最小二乘法-判别分析(PLS-DA)显示肝阳上亢型急性脑出血患者与健康人在肠道菌群组成上具有明显差异。物种及其丰度分析上,门分类水平上观察组厚壁菌门与拟杆菌门的相对丰度比值(F/B)较正常组明显增加,其中疣微菌门的相对丰度明显低于对照组(P 0. 05)。属分类水平上,两组的普雷沃氏菌属、拟杆菌属、阿克曼氏菌属、布劳特氏菌属、氨基酸球菌属相对丰度差异有统计学意义(P 0. 05,P 0. 01),其中观察组拟杆菌属和普雷沃氏菌属的相对丰度比值(B/P)显著高于对照组。种分类水平上两组在普氏菌、阿克曼粘细菌、卵形拟杆菌、脆弱拟杆菌、伶俐瘤胃球菌上具有明显差异(P 0. 05,P 0. 01)。主坐标分析显示两组样本被显著分开,说明两组样本菌群结构存在显著差异。结论:肝阳上亢型急性脑出血与肠道菌群结构紊乱有关,其中普氏菌和阿克曼粘细菌的相对丰度下降是其发生的主要原因。     

应用5S rRNA基因间隔鉴定川西獐芽菜和同属混淆品种

目的:采用5S rRNA间隔序列分析区分川西獐芽菜和常见同属植物混淆品种抱茎獐芽菜,华北獐芽菜及印度獐牙菜。方法:提取獐芽菜属被测样品的DNA,使用PCR扩增5S rRNA基因间隔片段,测定及比较各品种的序列。结果:川西獐芽菜和其余3种混淆品獐牙菜属植物之间DNA的5S rRNA基因间隔序列不同,差异范围为30.6%~65.0%。结论:5S rRNA基因间隔序列可以作为分子鉴定标记区别川西獐芽菜和同属其他常见混淆品种。该方法为獐芽菜属植物的鉴定提供可靠,简便的参考依据。     

基于16S rRNA测序研究葛根芩连汤对菌群失调性腹泻大鼠肠道菌群结构的影响

目的:采用16S rRNA技术研究葛根芩连汤对菌群失调性腹泻大鼠肠道菌群结构的影响.方法:将60只健康SD大鼠随机分为6组,分别为正常组、模型组、葛根芩连汤高、中、低剂量组,丽珠肠乐组,每组10只.除正常组外,每日按头孢拉定178.6 mg·kg-1,硫酸庆大霉素31.25 mg·kg-1混合抗生素进行灌胃造模,造模成...     

基于16S rRNA技术分析柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症大鼠肠道菌群多样性的影响

目的:基于16S rRNA技术研究柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症模型大鼠肠道菌群多样性的影响,并探讨该复方治疗精神分裂症的作用机制。方法:雄性SD大鼠除正常组外,每日按剂量0. 1 mg·kg~(-1)腹腔注射地卓西平马来酸盐进行造模,模型成功后,柴胡龙骨牡蛎汤高、中、低剂量组给予实验大鼠柴胡龙骨牡蛎汤(11. 2,5. 6,2. 8 g·kg~(-1)),利培酮组按0. 4 mg·kg~(-1)灌胃给予利培酮片,正常组与模型组灌胃给予蒸馏水,给药体积均为10 mL·kg~(-1),连续给药14 d,将大鼠麻醉后取大鼠盲肠内容物,以Illumina MiSeq为测序平台,对其16S rRNA V4区的肠道菌群可操作分类单元(OTUs)数量,alpha与beta多样性,丰富度指数与多样性指数以及差异菌门与菌属进行综合性分析与评价。结果:柴胡龙骨牡蛎汤可改善精神分裂模型大鼠OTUs数量及alpha与beta多样性的失调,降低菌群生物丰富度指数与多样性指数,对精神分裂症模型大鼠的5种差异菌门(上调拟杆菌门、酸杆菌门、变形菌门和TM7菌门,下调厚壁菌门)与20种差异菌属的分布结构均产生回调作用。结论:柴胡龙骨牡蛎汤对精神分裂症模型大鼠的异常菌群多样性起到治疗作用,并通过16S rRNA技术揭示了肠道菌群在精神分裂状态下的相关病理机制。     

基于16S rRNA测序比较探讨气虚证患者与健康人的肠道菌群的结构特征＊

目的 采用16S rRNA测序技术，检测比较气虚患者和健康人群的肠道菌群多样性、相对丰度及分布的差异。方法 选取在湖北省中医院就诊的气虚证患者20例为观察对象，以及同期健康志愿者10名作为对照。采用粪便基因组DNA提取试剂盒抽提HG和QD粪便样本中DNA，对V3-V4区进行PCR扩增，再进行文库构建和Illumina MiSeq测序。最后对数据进行生物信息学分析，探索气虚证人群肠道菌群的结构组成特征。结果 本研究共得到534个OTU。物种累积曲线表明本研究所收集的样本量充足。HG和QD两组alpha指数不存在明显差异（P＞0.05）。通过beta多样性分析可见，HG和QD两组肠道菌群构成存在一定差异。此外，QD组的Firmicutes/Bacteroides比值较健康人群升高。相较于HG，g_Odoribacter、蓝藻菌门、g_Anaerotruncus、c_Chloroplast、s_Clostridium_Methylpentosum和o_Streptophyta在QD中显著富集（P < 0.05）。结论 气虚证患者肠道菌群的组成结构与健康人群存在一定差异。在气虚证的发生发展中，肠道菌群的改变可能起到了重要作用。     

基于18SrRNA序列的云南大叶千斤拔与细叶千斤拔根内丛枝菌根真菌鉴定

目的:调查云南省大叶千斤拔(Flemingia macrophylla)与细叶千斤拔(Flemingia lineata)根内丛枝菌根真菌(Arbuscular Mycorrhizal Fungi,AMF)群落结构多样性。方法:使用巢式-PCR、克隆、限制性片段长度多态性(Restriction Fragment Length Polymorphism,RFLP)分析及测序技术。结果:共获得558个含有丛枝菌根真菌18S rRNA片段的克隆子,经RFLP分析后得到83个RFLP类型,DNA序列分析可将其划分为23个可操作分类单元(Operational Taxonomic Units,OTUs),分属于5个科,Glomeraceae为优势类群。在MaarjAM数据库中进行比对后,23个OTUs可鉴定为18个虚拟分类分子种,分布于13种不同的生境。经统计分析大叶千斤拔与细叶千斤拔根内丛枝菌根真菌群落组成比较,差异有统计学意义(P<0.001)。结论:比较大叶千斤拔与细叶千斤拔根内丛枝菌根真菌群落差异,结合丛枝菌根真菌在生态系统中的分布特点,为种植千斤拔属植物的选址提供有力地环境指标数据,并为筛选促生菌株提供依据。     

DNA测序建立甘肃当归、大黄种子rRNA基因图谱的研究

目的：对甘肃地道性中药材当归、大黄种子中rRNA基因内转录间隔区进行碱基序列测定，以期建立从分子水平对中草药种子进行鉴定的一种新方法。方法：提取当归、大黄种子中核DNA，利用特异性引物对其rRNA基因内转录间隔区进行套式PCR扩增，并将扩增产物进行碱基序列测定。结果：经琼脂糖凝胶电泳证实：以上述方法可获得当归、大黄种子DNA中rRNA基因内转录间隔区PCR扩增产物；并经测序后得到了当归、大黄种子rRNA基因内转录间隔区的碱基序列，且具有明显的差异和可对比性。结论：不同植物性中药材种子rRNA基因内转录间隔区碱基序列可做为从分子水平进行鉴定的标记。     

基于16S rRNA测序技术研究染料木素和大豆苷元对大鼠肠道菌群的影响

目的 探讨不同给药时间内不同比例的染料木素和大豆苷元对大鼠肠道菌群的影响,并筛选最佳给药条件。方法SD大鼠随机分为对照组、染料木素-大豆苷元（1∶1）组、染料木素-大豆苷元（2∶1）组和染料木素-大豆苷元（3∶1）组,给予药物干预28 d,收集粪便,采用16S rRNA高通量测序对对照组和不同比例染料木素-大豆苷元给药7、14、21、28 d后的大鼠肠道菌群结构进行分析测定。结果 对给药组与对照组之间的α多样性、β多样性及门或属水平上物种组成进行差异分析,发现染料木素和大豆苷元可以改变大鼠肠道菌群结构和组成,显著提高肠道中乳杆菌的丰度。结论 染料木素-大豆苷元（1∶1）给药21 d能够调控大鼠肠道菌群中乳杆菌的丰度。     

基于16S rRNA技术研究蒌连丸对2型糖尿病db/db小鼠肠道菌群的影响

目的 研究蒌连丸对2型糖尿病db/db小鼠肠道菌群的影响。方法 取4~5周龄雄性db/m+小鼠为正常组,将同周龄成模雄性db/db小鼠根据血糖、体质量随机分为模型组、二甲双胍组（0.25 g·kg^-1·d^-1）及蒌连丸组（13 g·kg^-1·d^-1）,每组6只药物干预5周,每周记录小鼠体质量、进食水量及空腹血糖（FBG）,5周后检测空腹血糖、肝脏甘油三酯（TG）、肝脏总胆固醇（TC）、糖化血清蛋白（GSP）、空腹血清胰岛素（FINS）,同时计算胰岛素抵抗指数（HOMA-IR）;收集小鼠肠道内粪便,应用16S rRNA技术检测各组小鼠粪便肠道菌群结构变化。结果 与正常组比较,模型组体质量、进食水量、FBG、肝脏TG、肝脏TC、GSP、FINS及HOMA-IR显著升高（P<0.01）;与模型组比较,蒌连丸组可显著降低db/db小鼠饮水量、FBG、肝脏TG、肝脏TC、GSP、FINS及HOMA-IR（P<0.01）;蒌连丸组肠道菌群从门到属水平均发生了变化,有益菌相对丰度增加,有害菌相对丰度减少。其中,嗜黏蛋白阿克曼菌、布劳特氏菌、瘤胃球菌、副拟杆菌丰度显著增加（P<0.01）。结论 蒌连丸可以显著改善2型糖尿db/db小鼠糖脂代谢,其机制可能与增加肠道中嗜黏蛋白阿克曼菌、布劳特氏菌、瘤胃球菌、副拟杆菌丰度有关。     

基于16S rRNA测序的肠道菌群探讨化浊解毒活血通络方对脑缺血再灌注损伤大鼠脑-肠轴的影响

目的:研究化浊解毒活血通络方对脑缺血再灌注损伤大鼠肠道菌群的影响,探讨中药调控肠道微生物群进而恢复脑-肠轴平衡的机制.方法:将50只SPF级雄性SD大鼠随机分为假手术组,模型组,化浊解毒活血通络方高(25.0 g·kg-1),中(12.5 g·kg-1),低(6.25 g·kg-1)剂量组,每组10只.参照Longa法...     

整合UFLC-Q-TOF-MS结果的蓬莪术生品及醋制品治疗子宫内膜异位症网络药理学研究

目的在对蓬莪术生品及醋制品化学成分精准识别的基础上,用网络药理学和分子对接方法研究蓬莪术生品及醋制品治疗子宫内膜异位症的作用机制。方法采用超快速液相色谱-四极杆飞行时间质谱(UFLC-Q-TOF-MS)对蓬莪术生品及醋制品乙醇提取物的化学成分进行分析,并检索子宫内膜异位症的疾病靶点,在此基础上构建成分-疾病-靶点网络,对药物和疾病的交集基因进行GO富集分析和KEGG通路富集分析,将活性成分与关键靶点进行分子对接。结果蓬莪术生品及醋制品共鉴定出20个化学成分,其中姜黄酮、姜黄素、双去甲氧基姜黄素等与子宫内膜异位症相关,分子对接表明其相关靶点为AKT1、EGFR、STAT3、RAF1等。靶点功能富集分析结果表明,蓬莪术生品及醋制品主要通过调控炎症反应、FoxO信号通路、内分泌抵抗、前列腺癌等通路实现对子宫内膜异位症的治疗。结论本研究结果可为蓬莪术生品及醋制品中治疗子宫内膜异位症有效成分的识别及潜在作用机制研究提供依据。     

基于16S rRNA基因测序的黄连对2型糖尿病大鼠肠道微生物多样性影响研究

目的探索黄连提取物对2型糖尿病模型大鼠肠道微生物多样性的影响,探讨黄连治疗消渴证的机制。方法随机选取10只SD大鼠为对照组,其余大鼠采用特殊膳食诱导与ip链脲佐菌素(STZ)联合制备2型糖尿病模型,造模成功大鼠随机分为3组:模型组、黄连提取物(4.36 g/kg)组、二甲双胍(0.097 g/kg)组,每组10只;各组均ig给药,对照组与模型组ig等体积的0.5%羟甲基纤维素钠(CMC-Na),每周监测体质量、血糖值各1次,给药4周后测定口服糖耐量以及胰岛素水平,给药4周后取其结肠内容物,进行16S rRNA基因测序。结果黄连提取物对2型糖尿病大鼠症状均有改善作用,16S rRNA基因得到了951个OTU,15个门、25个纲、43个目、69个科、182个属、357个种;门水平,模型组放线菌门(Actinobacteria)细菌的量明显高于对照组与黄连提取物组(P0.05);脱铁杆菌门(Deferribacteres)只在模型组中检出;厚壁菌门(Firmicutes)、螺旋体门(Spirochaetae)、柔膜菌门(Tenericutes)、迷踪菌门(Elusimicrobia)在模型组中的量均高于对照组,而给予黄连提取物后,丰度有所降低;同时黄连提取物组中变形菌门(Proteobacteria)、梭杆菌门(Fusobacteria)、疣微菌门(Verrucomicrobia)的丰度略高于对照组与模型组。结论经膳食联合STZ诱导的2型糖尿病大鼠中放线菌门与脱铁杆菌门可能是潜在的标志菌;给予黄连提取物后,肠道菌群多样性发生改变,提示黄连提取物可以改善2型糖尿病大鼠肠道菌群紊乱。