鼠疫诊断芯片的探针制备

目的 探索制备鼠疫诊断芯片特异性探针的新方法。方法 直接采用限制性核酸内切酶Sau3A Ⅰ消化鼠疫耶尔森菌3个致病性质粒，克隆在T载体上，再经巢式PCR扩增制备成打印芯片的探针。结果 该法收集到250条探针用于打印芯片。分别与鼠疫耶尔森菌，同属的假结核耶尔森菌和小肠结肠炎耶尔森菌杂交，可筛选出杂交信号强阳性的特异点阵。结论 该法简便可行，适于制备鼠疫诊断芯片的探针。     

我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌基因组序列测定及分析

目的 测定和分析我国新发现的鼠疫自然疫源地鼠疫菌株（耶尔森菌）的全基因组序列,探讨玉龙疫情菌株(D106004)与邻近两个疫源地剑川菌株(D182038)和西藏菌株(Z176003)的亲缘关系。方法 采用全基因鸟枪法及Solexa方法对3株鼠疫菌株进行全基因组测序,并进行比较基因组学分析。基因组间编码序列比较分析采用BLAST软件进行,基因组间重排分析采用MAUVE软件进行。结果 鼠疫菌株D106004、D 182038、Z176003均具有1个染色体和3个质粒,菌株间染色体、质粒特征基本相似;3株菌株间编码序列的蛋白相邻类的聚簇(COG)功能分类及插入序列数目比较差异无统计学意义(x2值分别为3.03、0.257,P均＞0.05)。菌株间编码序列、单核苷酸多态性(SNPs)和基因组重排结果显示,在3株菌株中,有2882个基因具有100％的同源性。其中D106004菌株预测的3636个基因中与D182038菌株一致的基因有2994个,90％以上相似的基因有240个;与Z176003菌株一致的基因有3113个,90％以上相似的基因有200个;D106004菌株与Z176003、D182038菌株的同义SNPs数为59、68个,非同义SNPs数为104、203个;D106004与Z176003菌株之间可分为11个重排片段,较之D106004与D182038菌株之间的16个重排片段数目明显减少。结论 3株鼠疫菌株基因之间具有高度同源性,D106004与Z176003菌株之间的亲缘关系较之与D182038菌株更为接近,玉龙疫源地菌株可能是由西藏疫源地菌株进化而来。     

鼠疫耶尔森氏菌质粒提取方法的改进

大多数鼠疫耶尔林菌均含有三种质粒，分子量分别为６５，４５和６Ｍｄａｌ。其中两种属大质粒，分离提取较困难。本实验在参照Ｃａｓｓｅ法基础上对质粒提取中诸多影响因素逐一进行测试比较，选择出质粒提以的最适条件：细菌培养于２８℃，１８－２２小时，菌液浓度为２００ｍｇ／ｍｌ，溶菌液ＳＤＳ终浓度２％，每１０ｍｌ溶菌液加０．１ＮＮａＯＨ１．３５ｍｌ，４５℃温育３０－４０分钟。建立了一种简便，快速且重复性较高的提取     

6种抗菌中药对鼠疫菌抑菌作用观察

目的 观察6种抗菌中药对鼠疫菌的抑菌活性作用.方法 选择6种(黄连、苦参、连翘、大黄、生地、知母)常用抗菌中药,分别采用水提法制备至质量浓度1 mg/L的药液.应用液体稀释法测定上述中药对鼠疫菌201株与EV76株的最低抑菌浓度(MIC).结果 黄连、大黄与连翘抑制鼠疫菌的作用均较强,MIC值均≤0.050 00 mg/L,其中大黄的抑菌作用最强(MIC值为0/025 00 mg/L).同一种中药对鼠疫菌不同菌株的MIC值相同.结论 常用抗菌中药对鼠疫菌有一定的抑菌作用.     

鼠疫耶尔森菌的分子生物学研究进展

1 基因组结构、基因转移系统和调控 野生型鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)和假结核耶尔森菌的染色体高度相关,而与小肠炎耶尔森菌关系并非如此密切。Y.pestis的基因组大小约为4 380±135Kb,GC比为46％～47％,尽管有噬菌体存在,但尚未发现原噬菌体和质粒的接合与转导能力。绝大多数分子生物学技术适用于Y.pestis已经可以用结合质粒和一些噬菌体完成遗传转移试验。已用标准技术完成了质粒的分离、转座子和噬菌体插入及融合突变。尽管Y.pestis的一般转化效率非常低,但电转移质粒是极为成功的。根据λ噬     

大黄抑制鼠疫耶尔森菌的基因芯片检测

目的 研究基因组芯片检测大黄抑制鼠疫耶尔森菌分子机制的方法 .方法 使用的鼠疫耶尔森菌全基因组芯片包含4005条鼠疫耶尔森菌基囚.应用液体稀释法测定大黄对鼠疫耶尔森菌的最小抑菌浓度(MIC),基因芯片表达谱实验中,大黄作用鼠疫耶尔森菌的浓度为10×MIC,作用时间为30 min,提取并纯化鼠疫耶尔森菌总RNA,反转录合成cDNA,用Cy3,Cy5染料标记后,与鼠疫耶尔森菌全基因组芯片杂交,通过芯片扫描仪获得表达谱分析结果 .应用实时定量PCR技术对芯片结果 进行验证.结果 大黄对鼠疫耶尔森菌的MIC为0.02500 kg/L.获得了大黄作用鼠疫耶尔森菌的基因芯片表达谱.大黄作用鼠疫菌的明显差异表达基凶共有498个,上渊基闪358个,下凋基因140个.结论 应用鼠疫耶尔森菌全基因组DNA芯片可以进行大黄抑制鼠疫耶尔森菌的分子作用机制研究.     

鼠疫菌对抗生素的敏感性综合评价

目的 建立鼠疫菌对抗生素敏感性综合评价方法,并用该方法就鼠疫菌对6种抗生素的敏感性进行综合评价。方法 通过查阅文献,收集鼠疫菌对抗生素敏感性实验数据,以抗生素对强毒141菌株、弱毒EV76paris菌株和云南分离菌株的抑菌情况,即抑菌环直径作为评价指标,用层次分析法综合评价鼠疫菌对所选6种抗生素（头孢他啶、氨苄青霉素、头孢唑啉、环丙沙星、诺佛沙星、链霉素）的敏感性。结果 鼠疫菌对不同抗生素的敏感性存在差异,鼠疫菌对所选6种抗生素的敏感性由高到低依次为头孢他啶、氨苄青霉素、头孢唑啉、环丙沙星、诺佛沙星、链霉素,综合评分指数分别为1.730 77、1.631 77、1.581 95、1.567 80、1.449 48、0.999 99。结论 运用层次分析法评价鼠疫菌对不同抗生素的敏感性可以取得合理、客观和较为准确的评价结果,可以利用该方法及其评价结果为进一步筛选适宜的鼠疫治疗药物提供参考依据。     

鼠疫菌fra基因探针的研究

利用ＰＣＲ的方法，由鼠疫菌的ＤＮＡ中扩增获得了单一的，长２４９ｂｐ的基因片段。这一反应的特异性良好，可以作为鼠疫菌的一种鉴定标志。将这一片段地高辛标记制成探针，与国外已经试用过的，来自９．５ｋｂ质粒的９００ｂｐ探针相比较，表明该探针的特异性优良，可用于鼠疫的监测与对鼠疫菌分子生物学的进一步研究。     

青海省鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌的基因型分布

目的研究青海省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)基因型分布特征。方法对分离到的青海省148株鼠疫菌,根据已经证实的22个差异区段设计引物,每株鼠疫菌的每个基因差异区段都采用PCR技术进行验证。结果148株青海省鼠疫菌共包括8个基因型,即1、5、7、8、14型、新基因组型和Ype-ancestor型,其中以5型和8型为主。祁连山南麓和青海湖环湖地区的祁连、门源、刚察、海晏、共和、天峻等的菌株绝大多数属于基因型8型,占40．5％(60／148);位于青南高原的格尔木、玉树、扎多、治多、称多、囊谦和曲麻莱等的菌株,其基因型主要为5型,占31．8％(47／148)。青藏高原青海田鼠鼠疫疫源地鼠疫菌基因型全部为14型,占8．1％(12／148)。结论在青海省分离的鼠疫菌中,喜马托雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫菌的基因型以5型和8型为主,青海田鼠疫源地鼠疫菌以基因型14型为主。     

鼠疫耶尔森菌Ⅲ型分泌系统的研究现状

目前，已知耶尔森菌属包括11个菌种，其中只有3种对人类和啮齿类动物致病：鼠疫耶尔森菌（Yersinia pestis．以下简称鼠疫菌）、假结核耶尔森菌（Yersinia pseudotuberculosis）和小肠结肠炎耶尔森菌（Yersinia enterocolitica）。鼠疫（Plague）是由鼠疫菌引起的一种自然疫源性传染病，主要通过跳蚤叮咬而引起疾病的传播；而其他2种致病菌则主要通过食物进行传播（粪-口途径）．假结核菌可导致肠系膜淋巴结炎和败血症：     

大黄抑制鼠疫耶尔森菌的体外转录组学研究

目的应用鼠疫菌全基因组芯片研究大黄抑制鼠疫菌的分子作用机制。方法液体稀释法测定大黄对鼠疫菌的最低抑菌浓度(MIC),以10倍MIC作用鼠疫菌30min,提取鼠疫菌总RNA,逆转录合成cDNA,荧光素标记,与芯片杂交,扫描仪扫描,应用SAM软件分析结果。结果获得了大黄作用鼠疫菌的表达谱。大黄作用鼠疫菌的明显差异基因为498个,其中上调基因358个,下调140个。结论蛋白质合成基因、细胞膜相关基因、转运结合蛋白基因以及部分热休克基因的改变是大黄抑制鼠疫菌的主要作用机制。     

我国鼠疫菌pYC质粒PCR检测分析

目的分析全国其他类型鼠疫菌是否存在pYC质粒。方法设计yd1和yd2两对引物通过PCR 进行检查。结果共检查全国11块疫源地18个生态型鼠疫菌802份DNA,其中云南6份、广西5份、贵州6 份扩增阳性,云南另外的163份和全国其他菌株扩增结果均为阴性。结论 yd1和yd2基因仅存在于贵州、广西的菌株和云南的部分菌株中,可作为具有pYC质粒鼠疫菌的PCR诊断和标识基因;全国其他类型鼠疫菌无 6×103(pYC)新质粒。     

蛋白质芯片在鼠疫患者血清抗体谱检测中的应用

目的检测鼠疫患者血清抗体谱,为鼠疫的疫苗研究奠定基础。方法利用鼠疫耶尔森氏菌毒流力相关蛋白的蛋白质芯片检测鼠疫患者血清抗体谱。结果利用一个包含145个鼠疫菌毒力相关蛋白的蛋白质芯片,在鼠疫患者血清中检测到37种鼠疫菌蛋白相应的抗体。结论通过对鼠疫患者血清抗体谱的分析,寻找到新的能在人体内产生体液免疫的蛋白。     

Diagnostic performance of DNA microarray for detecting rifampicin and isoniazid resistance in Mycobacterium tuberculosis

BackgroundWhile rifampicin (RFP) and isoniazid (INH) are the most commonly used first-line antituberculosis drugs, multidrug resistance in Mycobacterium tuberculosis poses a threat to the success of tuberculosis (TB) control programs. Clinical practice guidelines and expert consensuses recommend drug susceptibility testing (DST) before the initiation of antituberculosis treatment. However, traditional DST is time-consuming and has high requirements for laboratory conditions. The recently developed molecular diagnostic techniques, such as DNA microarray, offer new options. We thus investigated the diagnostic value of DNA microarray in detecting RFP + INH-resistant TB, with an attempt to identify simple, efficient, and accurate drug-resistant TB testing methods.MethodsThe clinical features and DST results of patients diagnosed with pulmonary tuberculosis by Bactec MGIT 960 liquid culture system (Becton, Dickinson and Company, Franklin Lakes, NJ, USA) who received DNA microarray analysis in our center from July 2019 to July 2020 were retrospectively analyzed. Level of agreement between liquid culture and DNA microarray technology was assessed by using the Cohen kappa coefficient. With the results of liquid culture as the gold standard, the sensitivity and specificity of the DNA microarray were calculated, and the receiver operating characteristic (ROC) curves were used to assess the diagnostic values of the DNA microarray in detecting RFP + INH-resistant TB.ResultsA total of 825 patients were enrolled. The sensitivity and specificity of DNA microarray were 0.84 and 0.94, respectively, in the detection of RFP resistance, with an area under the curve (AUC) of 0.89 [95% confidence interval (CI): 0.87–0.91)] and a Cohen kappa coefficient of 0.78 (95% CI: 0.72–0.83). For INH resistance, the sensitivity and specificity of the DNA microarray were 0.73 and 0.97, respectively, with an AUC of 0.85 (95% CI: 0.82–0.87) and a Cohen kappa coefficient of 0.75 (95% CI: 0.70–0.80).ConclusionsThe DNA microarray had high specificity and sensitivity in detecting RFP + INH-resistant TB. As a rapid, accurate, and practical technique, it can be routinely performed in clinical laboratories.     

DNA微点阵分析丙型肝炎病毒非结构蛋白NS4B对信号传导相关基因表达的影响

目的 采用DNA微点阵（DNA microarray）技术检测致癌相关基因的表达水平，研究丙型肝炎病毒（hepatitisCvirus，HCV）非结构蛋白NS4B在HCV致癌中的作用。方法 通过建立稳定表达NS4B的细胞系，用微点阵技术研究NS4B对细胞基因表达的影响，实时定量RT—PCR分析微点阵结果中的两个上调基因（DKK1，FYN）和两个下调基因（AKR1C1，v—fos）的表达，对细胞中AKR1C1的活性进行酶学分析。结果 在2308个信号途径相关的基因中，34个基因表达上调，56个基因表达下调。在表达有明显差异的基因中，大部分原癌基因表达上调，而大部分抑癌基因的表达下调；一些基因与细胞压力有关。实时定量RT—PCR和AKR1C1的酶学分析进一步证实了DNA微点阵的结果。结论 HCV—NS4B在HCV的致癌过程中起一定作用。