新型冠状病毒E蛋白结构与免疫优势表位的信息学预测分析

目的：应用生物信息学方法预测和分析新型冠状病毒（SARS-CoV-2）包膜蛋白（E蛋白）的结构及免疫优势表位。方法：从NCBI GenBank数据库中检索SARS-CoV-2 E蛋白的氨基酸序列，通过Expas y服务器上的软件分析预测其理化性质、二级结构、跨膜区域；并结合其亲水性、表面可及性、极性、抗原性和柔韧性等综合分析，预测其可能的B细胞表位；利用Net CTL1.2 server预测CTL表位；通过Vector NTI对冠状病毒属E蛋白进行同源性分析；同时应用Swiss Model对E蛋白进行三维结构同源建模及功能结构域预测分析。结果：SARS-CoV-2 E蛋白由75个氨基酸残基组成，为跨膜蛋白，跨膜区域以α螺旋为主；E蛋白可能含有2个B细胞表位和6个CTL表位，其免疫优势表位区域分别位于其N端16-34aa和C端50-70aa区段；SARS-CoV-2与SARS-CoV和Bat-SARS-like-CoV E蛋白的免疫优势表位存在极高的同源性；其疏水性跨膜结构和PDZ结合基序分别位于N端12-34aa和C端72-75aa区段。结论：E蛋白为跨膜蛋白，其氨基酸序列的16-34和50-70区段可能为免疫优势表位。     

SARS冠状病毒M蛋白二级结构和B细胞抗原表位的稳定性分析

目的预测具有代表性的3株SARS冠状病毒M蛋白二级结构和B细胞抗原表位,探讨基因变异对M蛋白二级结构和B细胞抗原表位的影响。方法采用Chou-Fasman方法、Garnier-Robson方法和Karplus-Schulz方法预测SARS冠状病毒M蛋白二级结构;按Kyte-Doolittle方案、Emini方案和Jameson-Wolf方案预测B细胞抗原表位。结果3株SARS冠状病毒M蛋白的二级结构和B细胞抗原表位完全一致。结论SARS冠状病毒M蛋白的二级结构和抗原表位比较稳定,提示利用某一毒株的M蛋白制备单克隆抗体和疫苗可应用于SARS的诊断和防治。     

应用因特网对SARS病毒M蛋白B细胞抗原表位的预测

目的：预测SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位。方法：采用EMBOSS软件结合Hopp＆woods亲水性参数、Janin可及性参数、极性参数、柔韧性参数及二级结构方案对SARS冠状病毒M蛋白的B细胞表位进行了预测，并用吴玉章等已建立的B细胞表位预测方法进行评述。结果：SARS冠状病毒M蛋白B细胞识别的表位可能位于第3～13和153～166位氮基酸等区域内或附近，这2个被预测的表位均含有β—转角和无规卷曲结构。结论：该研究对应用合成肽抗原进行SARS早期诊断研究及相关抗体的制备具有重要指导意义。     

SARS冠状病毒S蛋白S1区多肽与SARS病人血清的免疫反应

目的 测定根据计算机预测的SARS冠状病毒S蛋白S1区的抗原表位多肽与SARS病人血清的免疫反应,以寻找和确定SARS相关冠状病毒的中和抗原表位。方法 采用多肽合成仪合成SARS冠状病毒S蛋白S1区的多肽,并用ELISA方法检测合成的多肽与SARS病人血清的免疫反应。结果 合成的8个多肽与SARS病人血清免疫反应的光密度值是其与正常人血清免疫反应的光密度值的1.5～2.6倍。结论 合成的多肽与SARS病人血清的免疫反应较低,提示这些多肽是否为SARS冠状病毒的抗原表位还要进一步研究。     

SARS冠状病毒S蛋白抗原表位串联基因的设计和表达

目的:表达严重急性呼吸综合征(SARS)冠状病毒S蛋白的抗原表位序列,为研制新型的SARS病毒疫苗提供新思路。方法:应用生物信息学分析软件分析SARS冠状病毒S蛋白的抗原表位序列,设计全新的抗原表位编码基因序列,构建表达载体并在大肠杆菌中表达该基因。结果:设计并合成了SARS冠状病毒S蛋白的抗原表位序列的新基因序列,在大肠杆菌中实现了该基因的高表达。结论:可以重新设计新基因产生新型候选重组疫苗。     

SARSN状病毒S蛋白S1区多肽与SARS病人血清的免疫反应

目的 测定根据计算机预测的SARS冠状病毒S蛋白S1区的抗原表位多肽与SARS病人血清的免疫反应．以寻找和确定SARS相关冠状病毒的中和抗原表位。方法 采用多肽合成仪合成SARS冠状病毒S蛋白S1区的多肽．并用ELISA方法检测合成的多肽与SARS病人血清的免疫反应。结果 合成的8个多肽与SARS病人血清免疫反应的光密度值是其与正常人血清免疫反应的光密度值的1．5～2．6倍。结论 合成的多肽与SARS病人血清的免疫反应较低，提示这些多肽是否为SARS冠状病毒的抗原表位还要进一步研究。     

SARS冠状病毒M蛋白B细胞抗原表位的原核表达与抗原活性检测

目的从SARS冠状病毒M蛋白的线性重叠肽链文库中筛选出5个B细胞抗原表位,通过构建原核表达载体,表达抗原表位融合蛋白,并检测其抗原活性.方法应用大肠杆菌高频密码子设计引物,通过PCR方法合成编码SARS冠状病毒M蛋白5个抗原表位(MKY1、MKY2、MKY3、MKY4和MKY5)的DNA片段,经克隆和测序分析,亚克隆至表达载体pET-CKS,转化大肠杆菌BL21;阳性菌株经IPTG诱导,SDS-PAGE分析;大量诱导表达抗原表位融合蛋白,亲和层析予以纯化;Western检测SARS病人阳性血清对融合蛋白的识别.结果成功构建SARS冠状病毒M蛋白抗原表位的表达载体,在大肠杆菌BL21中表达,融合蛋白表达量达到细菌总蛋白30%,经亲和层析纯化,融合蛋白可被SARS病人抗血清识别.结论原核表达的抗原表位融合蛋白具有良好的抗原活性,为下一步进行SARS冠状病毒诊断试剂盒的开发研究奠定基础.     

肿瘤抗原MAGE-A亚家族HLA-A2限制性CTL表位的预测及分析

目的:预测肿瘤抗原MAGE-A亚家族的HLA-A2限制性CTL表位,为肿瘤治疗选择合适的CTL表位提供依据.方法:用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式结合的预测方法进行HLA-A2限制性CTL表位预测,采用DNAstar软件提供的蛋白质核酸序列编辑、分析工具,对MAGE-A亚家族成员进行CTL序列同源性分析.结果:共预测出了50个HLA-A2限制性CTL表位,且部分CTL表位高度相似或一致.结论:SYFPEITHI超基序法和量化基序多项式法结合的预测方法是一种高效、准确的表位预测方法,结合CTL表位的同源性分析,可为肿瘤治疗性疫苗的制备中选择合适的CTL表位提供依据.     

SARS冠状病毒PUMC_2株N蛋白cDNA的克隆、表达和纯化

目的原核表达并纯化SARS冠状病毒N蛋白。方法用RT-PCR技术克隆SARS冠状病毒PUMC2株N蛋白全长cDNA,cDNA经序列分析鉴定后,克隆到pET32a表达载体,转化E.coliBL21进行原核表达并纯化出SARS冠状病毒N蛋白。结果实现了SARS冠状病毒N蛋白的表达及纯化。结论用基因重组方法表达的SARS冠状病毒N蛋白可为其进一步功能研究提供条件。     

丙型肝炎病毒NS3蛋白C末端细胞毒T细胞表位的动力学分析

为研究丙型肝炎病毒 (HCV) NS3蛋白 C末端细胞毒 T细胞 (cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位的长期演变规律 ,用血清学法检测了 2例慢性 HCV感染者的 HL A分型 ,并以 HL A结合基序为依据 ,预测了 HL A限制的 CTL表位 .血清样本中的HCV基因片段用 PCR扩增 ,Sanger法测定核苷酸序列 ,并翻译成蛋白质 .用计算机软件分析了 CTL 表位的改变 .结果 5 a和3a内预测的 HL A- A2和 HL A- A11限制的 CTL表位在 2例携带者中都未发生改变 .认为 HCV NS3蛋白 C末端的 CTL表位可能与 HCV慢性化无关 .丙型肝炎病毒NS_3蛋白C末端细胞…     

肝癌相关肿瘤抗原HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的：预测肝癌肿瘤抗原的HLA-A2限制性CTL表位。方法：选择与肝癌相关的肿瘤抗原MAGE-1，MAGE-3，MAGE-8，p53及AFP为研究目标，采用SYFPEITHI基序法远程预测系统和量化基序多项式法结合的预测方法进行HLA-A*0201限制性CTL表位预测。结果：共预测出与肝癌相关的肿瘤相关抗原的35个HLA-A2限制性CTL表位。结论：两种预测方法结果的一致性较好。所预测的35个肿瘤抗原HLA-A2限制性CTL表位经实验筛选，鉴定后，可望用于新型肝癌治疗性多肽疫苗的设计研究。为临床肝癌特异性治疗奠定基础。     

轮状病毒结构蛋白VP6 HLA-A*0201限制性CTL表位的初步鉴定

目的预测并初步鉴定轮状病毒Wa株结构蛋白VP6 HLA-A*0201限制性CTL表位,为轮状病毒免疫保护机制研究及疫苗的研制奠定基础.方法应用表位亲和力预测软件SYFPEITHI及蛋白酶切位点预测软件PAProc和Fragpredict相结合预测VP6 HLA-A*0201限制性CTL表位;用分子模拟对候选肽作进一步筛选;标准Fmoc方案合成候选肽,RP-HPLC纯化、分析,质谱进行鉴定;最后用T2细胞株测定候选肽与HLA-A*0201分子的亲和力及稳定性.结果结合SYFPEITHI、蛋白酶切位点预测结果及分子模建结果,选择分值最高同时在C-末端含有蛋白酶切位点的4条肽作为候选表位肽;标准Fmoc方案合成的各肽纯度均大于95%,质谱检测结果表明,各肽的相对分子质量与理论值基本一致;在候选的4条表位肽中,TLLANVTAV(340-348)和VLADANETL(333-341)与HLA-A*0201呈高亲和力结合,荧光系数(flurorescene index,FI)分别为2.66和2.64,同时肽-HLA-A*0201复合物半数解离时间(dissociation complex50,DC50)均大于8 h.结论TLLANVTAV(340-348)和VLADANETL(333-341)为潜在的HLA-A*0201限制性CTL表位.     

原发性胆汁性肝硬化患者中自身抗原丙酮酸脱氢酶特异性CD8+CTL表位预测及鉴定

目的鉴定原发性胆汁性肝硬化(PBC)患者中自身抗原丙酮酸脱氢酶(PDC-E2)上的HLA-A*0201限制性CD8 CTL表位,为临床探索特异性免疫治疗奠定基础.方法应用数据库SYFPEITHI预测PDC-E2上两段涵盖B细胞表位和CD4 T细胞表位的氨基酸序列(163～184aa和36～49aa)附近可能存在的HLA-A*0201限制性T细胞表位,再通过T2细胞株、细胞增殖试验和细胞毒性检测分别分析各抗原肽与HLA-A*0201的结合力、诱导患者外周血单个核细胞(PBMCs)增殖能力及抗原肽诱导的抗原特异性T细胞杀伤毒性,逐步鉴定HLA-A*0201限制性CD8 CTL细胞表位.结果数据库初步预测到5个可能性较大的HLA-A*0201限制性抗原肽,其中两个抗原肽(159～167aa和165～174aa)显示与T2细胞上HLA-A*0201分子有较高的亲和力,这两个抗原肽能刺激大部分HLA-A*0201阳性PBC患者PBMC增殖,并且由其诱导产生的CTL具有特异杀伤活性.结论位于PDC-E2内酯酰区上的KLSEGDLLA(159～167aa)和LLAEIETDKA(165～174aa)是PBC患者体内HLA-A*0201限制性的CD8 CTL表位.     

结核杆菌抗原CFP21/MTB12/Rv3881 C的HLA限制性细胞毒T淋巴细胞表位预测

目的:预测结核杆菌分泌抗原CFP21/MTB12/Rv3881c的HLA限制性细胞毒性T淋巴细胞(CTL)表位.方法:利用SYFPEITHI、BIMAS和NetCTL方法预测分析抗原CFP21/MTBl2/Rv3881c的HLA-A*0201限制性CTL表位,进一步运用NetCTL方法对抗原CFP21/MTB12/Rv3881c的HLA-A其他等位基因和HLA-B限制性CTL表位进行预测分析.结果:初步筛选出3个候选抗原HLA-A*0201限制性CTL优势表位各4条,分别为CFP21 5-13、13-21、134-142、189-197;MTB12 26-34、36-44、40-48、61-69;Rv3881c 204-212、207-215、234-242、260-268.得到3个候选抗原HLA-A3和HLA-B7限制性CTL优势表位共21条.结论:初步筛选出抗原CFP21/MTB12/Rv3881c潜在的HLA-A*0201、HLA-A3、HLA-B7限制性表位33条.     

丙型肝炎病毒NS3区C末端HLA-11限制性CTL表位的作用

目的 研究丙型肝炎病毒（ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｃ ｖｉｒｕｓ,ＨＣＶ）非结构３区（ＮＳ３）Ｃ末端ＨＬＡ－１１限制的细胞Ｔ细胞（ＣＴＬ）表位在ＨＣＶ感染中的作用。方法 血清学方法检测３例患的ＨＬＡ分型,他们均存在ＨＬＡ－Ａ１１表型,以ＨＬＡ－１１结合基序为依据,预测了ＨＬＡ－１１限制的ＣＴＬ表位。２例慢性患５ａ内３个时间点和３ａ内２个时间点及转阴患的血清样本,用反转录ＰＣＲ扩增出ＨＣＶ基因片段,     

MART-1 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测黑色素瘤分化抗原ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性细胞毒性Ｔ淋巴细胞（ＣＴＬ）表位。方法 采用超基序与量化基序多项式方案相结合的办法,对目的抗原ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位进行预测。结果 预测出了６个九肽表位。结论 两种方法预测结果的一致性较好,所预测出的６个ＭＡＲＴ－１的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位经后续实验筛选,鉴定后,可望用于新型ＭＡＲＴ－１肿瘤治疗性多肽疫苗的设计研究     

肿瘤抗原MAGE-2 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测黑色素抗原ＭＡＧＥ－２的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。方法 采用超基序法与量化基序法的联合应用。结果 发现８个ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。结论 超基序法与量化基序法联合应用可以提高预测效率。     

肿瘤抗原MAGE-3 CTL预测表位的计算机分子模拟研究

目的 从理论上分析预测表位与ＨＬＡ－Ａ２分子的结合情况及其为ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位的可能性。方法 应用计算机分子模拟的方法,建立ＭＡＧＥ－３４个ＣＴＬ预测表位的ＨＬＡ－Ａ２结合三维结构和各多肽与ＨＬＡ－Ａ２分子所形成复合的三维结构。结果 ４个预测表位的三维结构完全符合ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位的结构要求,且都能与ＨＬＡ－Ａ２分子结合。结论 ４个ＣＴＬ预测表位为ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位的     

结核分枝杆菌CFP21抗原的HLA-A*0201/*03限制性细胞毒T淋巴细胞表位预测

目的:探寻结核分枝杆菌CFP21抗原的同时针对HLA-A*0201/*03型别的广谱细胞毒T淋巴细胞(CTL)表位。方法:对结核分枝杆菌CFP21抗原的HLA-A*0201候选肽,利用在线数据库预测HLA-A*03限制性的天然表位肽,通过氨基酸置换适当修饰获得对应的改造肽。通过T2A3细胞结合力实验筛选候选肽,用于细胞毒活性实验。结果:在线数据库预测共获得4条母体肽和3条改造肽。结合力实验显示,改造肽p134-1Y2L、p134-1Y2L9L和母体肽p134与HLA-A*03分子均具有较高的结合力。改造肽p134-1Y2L9L和母体肽p134均能诱导CTL反应,但p134诱导出的CTL对靶细胞具有更强的杀伤效应。结论:p134(AVADHVAAV)是同时针对HLA-A*0201/*03型别的广谱CTL表位。     

结核分枝杆菌抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性CTL表位预测

目的:预测结核分枝杆菌(MTB)相关抗原Rv1258c、Rv1410c及Rv3425的HLA限制性细胞毒性T细胞(CTL)表位.方法:通过NCBI数据库获取各蛋白的氨基酸序列,利用BLAST分析其与人类蛋白质的同源性,利用SYFPEITHI、BIMAS和NetCTL数据库预测分析MTB相关抗原的HLA-A2与HLA-A...