3株H9N2亚型禽流感病毒广西分离株全基因组序列的测定与分析

目的对3株H9N2亚型禽流感病毒进行全基因序列的测定与分析。方法根据GenBank公布的H9N2亚型禽流感病毒(AIV)的全基因序列,设计了8对引物,运用RT-PCR方法获取了3株H9N2亚型AIV广西地方分离株A/Chick-en/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/00的全基因序列,并对所得序列进行了比较分析。结果同源性分析及遗传进化分析发现,所分离的3个毒株的各基因与A/Chicken/Guangdong/4/00和A/Chicken/Jiangsu/1/00的相应基因的核苷酸序列有着较高的同源性和较近的亲缘关系,可能起源于同一种系。所分离毒株中每个毒株的8个基因,在遗传进化树上的分支不具有统一性,说明此3个毒株可能为不同基因亚系间发生自然重排的产物。氨基酸序列比较发现,A/Chicken/Guangxi/1/00、A/Chicken/Guangxi/14/00和A/Chicken/Guangxi/17/003株AIV的na基因核苷酸序列在开放性阅读框架的187～195位均缺失了ACAGAGATA共9个核苷酸,它们所编码的氨基酸为T、E、I。3个分离株的HA蛋白第226位氨基酸均为Gln,证明它们为人类非易感性的H9N2亚型AIV。结论此3株H9N2亚型流感病毒为基因自然重排的产物,其na基因均存在缺失,且从分子水平上证明它们对人类不具有易感性。     

4株野鸭源H5N1亚型禽流感病毒的全基因组鉴定

目的为了解H5N1病毒对基因进化情况,方法对4株野鸭源的H5N1禽流感病毒(A/mallard/Huadong/S/2005(S),A/mallard/Huadong/lk/2005(lk),A/mallard/Huadong/Y/2003(Y),A/mallard/Huadong/hn/2005(hn))进行全基因组测序分析,并鉴定对非免疫麻鸭的毒力。结果4株病毒全基因组序列及其氨基酸序列无明显差异,仅在HA裂解位点区,S和lk病毒的322位是Leu,329位缺失,而Y和hn在此两处分别是Gln和Lys。在遗传距离上,Y和hn比较接近,S与lk比较接近。结论根据H5亚型病毒最新分类规则,S和lk的与clade 2.3.4一致,而Y属于clade 2,hn位于clade 3。对麻鸭致病性试验表明,Y和hn是低致病性病毒,而S及lk是高致病性病毒。HA的322位的Leu和329位缺失可能是clade 2.3.4这类病毒的一个遗传进化标志。     

DG01株H5N1亚型禽流感病毒全基因组序列分析

根据国内外已公布的AIV H5N1亚型全基因组序列设计了8对引物,对H5N1亚型高致病力禽流感病毒毒株A/Duck/Guangdong/DG01/05(简称DG01)毒株进行了全基因组RT-PCR、测序及序列分析。DG01株基因组由PB22 341bp,PB1 2 341bp,PA2 233bp,HA1 779bp,NP 1 565bp,NA1 398 bp,M1 027bp,NS 875 bp 8个节段组成,与往年及同年一些流行株比较分析结果显示,DG01株具有高致病性禽流感病毒基因特征,NA基因及NS1基因均有部分缺失,从基因特点分析属于2005年流行代表株。     

1株重组H6N2禽流感病毒全基因组特征分析

目的 掌握广州地区禽类市场H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征,为禽流感的科学防控提供研究数据.方法 对禽类市场外环境分离株A/EN/Guangzhou/13565/2018(H6N2)进行全基因组序列测定,应用生物信息软件分析分子遗传特征.结果 A/EN/Guangzho u/13 5 6 5/2018(H6 N2)...     

石蜡切片研究H9N2亚型禽流感病毒的免疫原性

目的 用石蜡切片评估龠流感病毒A／Chicken／Guangdong／SS／94(H9N2)株的免疫原性，以获得免疫原性良好的疫苗候选株。方法 以A／CKcken／Guangdong／SS／94(H9N2)株为抗原制备油乳剂灭活疫苗免疫1Od龄SPF鸡，免疫21d后，以该毒株静脉注射免疫组与非免疫对照组，定期剖杀试验鸡并取脑、心肌、肺、胰腺、肝、肾、脾、气管和法氏囊等组织用石蜡切片进行病理组织学检查。结果 两组试验鸡的的病理组织学变化有明显差异，免疫组试验鸡获得保护，而对照组病变明显。结论 A／CKcken／Guangdong／SS／94(H9N2)株的免疫原性良好，可作为制备油乳剂灭活疫苗的候选株。     

我国鸡源H9N2亚型禽流感病毒NS基因的分子进化分析

目的为了明确国内鸡群中H9N2亚型AIV中非结构蛋白(NS)基因系统进化情况,对1998-2008年间分离自发病鸡群中的14株H9N2亚型禽流感病毒(AIV)进行了非结构蛋白(NS)基因的克隆和序列测定,得到了NS1和NS2蛋白的完整编码序列。将NS核甘酸序列及推定的氨基酸序列与GenBank中已有的参考序列作比对,结果14株AIV的NS基因同源性在92.9%～99.9%,在系统进化上均属于NS基因A等位基因群中的A/Chicken/Beijing/1/1994分支。综合已有的研究结果,表明尽管A/Quail/Hongkong/G1/1997分支和A/Duck/Hongkong/Y439/1997分支的NS基因曾偶尔传入鸡群,但并未在我国鸡群中建立稳定的亚系。国内的H9亚型AIV的NS基因仅稳定存在着A/Chicken/Beijing/1/1994分支。     

黑龙江省活禽市场6株H9N2亚型禽流感病毒全基因组序列分析

目的了解2018年黑龙江省活禽市场H9N2亚型禽流感病毒变异特点和进化规律。方法采集黑龙江省禽流感监测点活禽市场的环境标本进行H9N2亚型的核酸检测,阳性标本进行病毒分离,对分离的禽流感病毒毒株进行全基因组序列测定,应用生物信息学软件分析其基因特征。结果 6株H9N2亚型禽流感病毒HA基因裂解位点附近氨基酸序列均为PSRSSRGLF,符合典型低致病性禽流感病毒基因的特征,HA蛋白受体结合位点第226位Q→L,具有与α-2,6唾液酸受体亲和力增强的特性,第183位突变为天冬酰氨;NA蛋白中63-65位茎部全部缺失,使病毒的生长受到抑制,在3个可能的血凝素结合位点中,6株病毒发生变异(368N,369G,402D);另外,HA和NA基因潜在糖基化位点也存在增加或缺失的现象;与参考序列相比,PB1、PB2蛋白有3处发生突变,增强了病毒的致病性;M2蛋白发生V27G和S31N突变,对金刚烷类药物产生耐药;NP和NS基因在几个关键位点上均未发生变异。遗传进化分析显示,6株H9N2亚型禽流感病毒在NA、M和NP基因中相似度更高,HA、NA基因位于Y280/97-like分支,PB2、M基因位于G1/97-like分支,PB1、PA、NP和NS基因均位于F/98-like分支。结论 6株H9N2亚型禽流感病毒发生了3配体重组,可能成为高致病性禽流感病毒H5、H7亚型部分基因的供体。因此,应加强对H9N2亚型禽流感病毒的监测,密切关注其变异情况及重组趋势。     

人感染H7N9禽流感病毒全基因组扩增与测序方法的建立北大核心CSCD

目的为了解人感染H7N9禽流感病毒基因特征从而更有效地防控疫情,需建立获得人感染H7N9禽流感病毒全基因序列的扩增和测序方法。方法采用鸡胚分离H7N9禽流感病毒,提取标本和毒株病毒RNA,自行设计引物,通过一步法RT-PCR扩增其全基因组片段,纯化PCR产物后测定核苷酸序列,利用生物信息学软件拼接各节段序列并初步分析其特征。结果本研究中的引物能特异地扩增各基因的目的片段,通过序列拼接可以获得H7N9禽流感全基因组序列。经分析8个节段序列与近期国内流行的人感染H7N9禽流感病毒序列高度同源。结论该方法能有效地获得人感染H7N9禽流感病毒全基因组序列,可为进一步分析其基因特征奠定基础。     

DG01株HSN1亚型禽流感病毒全基因组序列分析

根据国内外已公布的AIVH5N1亚型全基因组序列设计了8对引物，对H5N1亚型高致病力禽流感病毒毒株A／Duck／Guangdong／DG01／05（简称DG01）毒株进行了全基因组RT-PCR、测序及序列分析。DG01株基因组由PB22341bp，PB1 2341bp，PA2 233bp，HA1 779bp。NP1 565bp，NA1 398bp，M1 027bp。NS 875bp8个节段组成，与往年及同年一些流行株比较分析结果显示。DG01株具有高致病性禽流感病毒基因特征，NA基因及NS1基因均有部分缺失，从基因特点分析属于2005年流行代表株。     

1株H6N6亚型禽流感病毒A/duck/Jiangsu/022/2009的全基因测序及遗传进化分析

目的对2009年分离自华东地区某活禽交易市场的1株国内未见报道的H6N6亚型禽流感病毒进行了全基因序列的测定,以探讨该病毒各基因片段的可能来源。方法通过常规的血清学试验确定病毒HA亚型,经RT-PCR方法扩增出各基因片段,连接到pGEM-Teasy载体上进行序列测定,利用BLAST进行序列的同源性分析,并结合GenBank中已收录的H6N6亚型流感病毒及其它相关序列进行遗传进化分析。结果 BLAST结果显示该H6N6病毒的HA基因与近年台湾分离株A/duck/Kingmen/E322/2004(H6N2)的核苷酸一致性最高(94.0%),推导的氨基酸剪切位点序列为P-Q-I-E-T-R-G,是典型低致病性禽流感病毒的特征序列;NA基因与华东地区分离株A/duck/EasternChina/160/2002(H4N6)的亲缘关系最近(核苷酸一致性91.0%);而PB1基因与荷兰2003年间分离的H7N7亚型流感病毒关系密切;PA基因则与1999-2000年间意大利分离的H7N1亚型流感病毒亲缘关系较近;NS1蛋白在第218位提前引入终止密码子致使C末端缺失13个氨基酸。结论国内首次分离到的H6N6亚型禽流感病毒的基因组构成较为复杂,但8个基因片段均属于欧亚系,与分离自北美地区的H6N6病毒的遗传距离较远,分别位于不同的进化分支。     

安徽省人感染H7N9禽流感病毒基因组特征分析

目的 分析安徽省2013年分离的5株人感染H7N9禽流感病毒全基因组特征。方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)中下载具有代表性的H7N9、H7N3、H7N7和H9N2等毒株序列,运用分子生物信息学软件分析病毒全基因组特征。结果 我省流行的H7N9病毒HA基因与A/duck/Fujian/6390/2010(H7N3)相似度最高,NA基因与A/northern shoveler/Hong Kong/MPL133/2010(H2N9)株相似度最高,6个内部基因片段与中国北京、香港、湖南、江苏地区分离的H9N2毒株相似度接近。氨基酸序列比对发现NS1蛋白218~230位氨基酸缺失、M2蛋白的N31S突变、HA蛋白的G186V 、Q226L突变以及NA蛋白69~73位的删除,并且我省人感染H7N9病毒均带有PB2的E627K突变,同时PA-100A、PA-356R、PA-409N这些易感人类的特征氨基酸也在本次流行的H7N9病毒中发现;此外HA蛋白裂解位点仅有1个碱性氨基酸、糖基化位点高度保守以及未发现NA蛋白R294K突变也是我省H7N9病毒主要特征。结论 我省人感染H7N9病毒与中国其他省份流行株高度同源,该病毒获得跨种传播、毒力增强、耐药等能力均与病毒蛋白功能域有关。     

2014年长沙市禽类场所环境H9N2亚型禽流感病毒分子流行特征分析

目的 了解2014年长沙市禽类场所环境中H9N2亚型禽流感病毒(Avian influenza virus,AIV)血凝素(Hemag-glutinin,HA)、神经氨酸酶(Neuraminidase,NA)和非结构蛋白(ron-structural,NS)基因的分子进化特征,为人感染H9N2亚型AIV防控提供实验室科学证据支持.方法 对2014年长沙市禽类场所中采集的501份环境标本(禽类饮水263份,污水221份,其他标本17份)利用real-time PCR方法进行A型、H5、H7和H9亚型流感病毒核酸检测,然后对单独H9阳性标本利用HA和NA基因通用引物进行RT-PCR扩增和核苷酸测序,病毒HA、NA及NS基因测序结果在线BLAST分析,利用Bioedit和Mega5软件进行氨基酸比对和进化树构建.结果 从501份环境标本中检出A型AIV核酸阳性标本350份,H9亚型核酸阳性标本191份,占总标本数量的38.12％,H5亚型核酸阳性标本177份(35.33％),H7亚型核酸阳性11份(2.20％),H5和H9亚型混合核酸阳性标本68份(13.57％).部分单独H9亚型核酸阳性标本经RT-PCR和核苷酸测序鉴定出阳性H9N2亚型病毒核酸标本23份,分子进化分析表明2014年长沙市禽类场所环境中的绝大部分H9N2亚型AIVHA、NA、NS基因来源于A/Chicken/Shanghai/F/98 (F98)类似株病毒,属于新的S基因型,HA蛋白受体结合位点(Receptorbinding site,RBS)第235位(对应H3流感第226位)氨基酸为Leu (L),表现为特异性结合人流感病毒受体特征,病毒HA、NA及NS蛋白关键分子位点表现为低致病性的分子特征.结论 2014年长沙市禽类场所环境中H9亚型AIV核酸阳性率最高,H9N2亚型AIV的HA、NA和NS基因表现为低致病性的分子特征,但具有容易感染人类的特征,需要迸一步加强监测.     

2007--2008年上海市H9N2亚型禽流感病毒的遗传演化

目的对分离自上海活禽批发市场的11株H9N2亚型AIV（2007年5株、2008年6株）进行了PB2,PBl,HA,NP和NA的测序,以阐明2007年至2008年上海地区H9N2亚型禽流感病毒分离株的遗传变异及分子特征。方法采集鸡气管和泄殖腔样品,将H9亚型荧光RT—PCR试剂盒检测的阳性样品处理后,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,HI进一步确定HA亚型,通过RT-PCR方法分别扩增了这11个毒株的PB2,PBl,HA,NP和NA并进行了序列测定。结果对HA基因进行遗传发生关系分析,这11株分离株均属于Ck／Bei／1／94系。这11个毒株的5个片段的组成有两种方式。结论上海活禽批发市场的1l株H9N2亚型AIV毒株中已包含了H5的片段,所以在今后的工作中加强H9N2亚型禽流感流行病学监测是非常必要的。     

H7N9亚型禽流感病毒研究进展

H7N9亚型禽流感病毒(H7N9 AIV)是危害家禽养殖的主要病原体之一,其不仅制约家禽养殖业的健康发展,而且表现出对人类较强的传染性和较高的致死率,严重威胁公共卫生安全。2013年我国首次报道人类感染H7N9 AIV事件,病毒溯源发现家禽体内存在H7N9 AIV,但无明显症状。2017年,H7N9 AIV出现变异株,表现出对家禽的高致病性,随后我国推出H5/H7二价苗,并在全国实施家禽强制免疫接种,有效控制了H7N9 AIV在我国家禽中的流行以及人类感染事件的发生,成为我国控制人兽共患传染病的成功案例。由于我国家禽养殖和AIV的复杂性,全面和持续的流行病学监测对于H7N9禽流感的防控仍然至关重要。本文针对2013年至今H7N9 AIV的流行特征、遗传变异特点及疫苗研究等内容作简要论述,以期为禽流感的预防和控制提供参考。     

H9N2亚型禽流感病毒纤突蛋白基因的分析

目的　克隆禽流感病毒A/Chicken/Guangxi/KMⅢ / 99(H9N2 )纤突蛋白血凝素基因和神经氨酸酶基因 ,并与同一亚型不同毒株的病毒进行比较。方法　本研究以自行设计的引物 ,一次性成功地扩增出KMⅢ毒株HA和NA全长基因cD NA ,并将它们克隆和测序。以获得的核苷酸序列和氨基酸序列与其它毒株的HA蛋白和NA蛋白比较。结果　HA基因由16 83bp组成 ,编码 5 6 0个氨基酸 ;NA全基因为 14 0 7bp、编码 4 6 9个氨基酸残基 ;HA1羧基端的氨基酸组成是 :R -S -S -R ,符合低致病力毒株的分子特征。它们的氨基酸组成虽有差异 ,但与血凝素和神经氨酸酶功能关系密切的氨基酸残基却高度保守。联机检索表明 ,KMⅢ的HA基因cDNA与其它H9N2亚型HA基因最大同源性在 82 %～ 96 %之间。NA基因cDNA与其它H9N2亚型NA基因的最大同源性在 88%～ 97%之间。结论　我们首次克隆和测序了KMⅢ毒株的HA基因和NA基因 ,并对它们进行了分析     

H5N1亚型和H3N2亚型禽流感病毒广西株NS基因的克隆和序列分析

目的对3株分离自广西的禽流感病毒的NS基因进行序列分析,试图从分子水平分析和了解广西地区禽流感病毒NS基因的变异特点和进化规律。方法根据GenBank上登录的已知禽流感病毒的NS基因全序列设计引物,对3株2004-2005年分离自广西的禽流感病毒株A/DK/GX/1566/04(H3N2)、A/Goose/GX/737/05(H5N1)、A/Goose/GX/2775/05(H5N1)的cDNA进行PCR扩增NS基因,并将其克隆到pMD-18T载体上,分别获得全长为855bp、834bp、837bp的NS基因全序列。结果2株H5N1亚型禽流感病毒广西株间NS基因序列的同源性为95.3%,而2株H5N1亚型禽流感病毒株与H3N2亚型禽流感病毒株之间NS基因序列的同源性为94.0%～94.1%。H5N1亚型禽流感病毒广西株的NS基因在第238-253位核苷酸处均发生了15个核苷酸缺失,与我国广东、香港、云南、湖南、湖北及东南亚等不同地区的毒株比较,NS基因的核苷酸同源性为70.2%～97.6%。在NS基因系统进化树中,3株禽流感病毒广西株都属于A亚群,但处在不同的分支上,其中A/DK/GX/1566/04(H3N2)与广东、香港2001-2003年分离株处于同一分支;A/Goose/GX/737/05(H5N1)、A/Goose/GX/2775/05(H5N1)与我国华南地区以及韩国、越南、泰国等亚洲东南部国家的2003年以后的分离株有共同起源。结论3株2004-2005年分离自广西的禽流感病毒株NS基因之间的同源性均高于94%,都属于A亚群。     

H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99株基因组的分子特征

目的测定H9N2亚型禽流感病毒A/Chicken/Gansu/2/99(CK/GS/2/99)分离株的基因组序列并与参考毒株进行同源性分析,阐明该毒株的遗传变异及分子特征。方法采集发病鸡泄殖腔样品,经鸡胚尿囊腔接种分离病毒,采用RT-PCR方法对CK/GS/2/99株的8个分节段基因进行扩增,分别将其克隆到pGEM-T easy载体后进行序列测定与同源性分析。结果CK/GS/2/99株PB2、PB1、PA、HA、NP、NA、M、NS基因的开放阅读框分别由2280、2274、2151、1683、1497、1401、759、864个碱基组成,分别编码759、757、716、560、498、466、252/97、231/122个氨基酸残基。该毒株HA上HA1和HA2裂解位点序列为PARSSR↓GLF,具有典型的低致病性禽流感病毒的特征。同源性分析显示,CK/GS/2/99株与1998-2002年间大部分中国大陆分离株遗传关系较近,尤其与CK/NX/4/99和CK/HB/31/00株遗传关系密切。结论CK/GS/2/99与大部分流行于中国内陆的H9N2亚型毒株均来源于共同的祖先毒株CK/BJ/1/94,这为了解中国H9N2亚型禽流感病毒的分子流行病学提供了资料。     

广州市禽H9N2亚型流感病毒监测结果分析

1997年5月香港特别行政区首次发生了禽流感（HSN1）疫情,发病18例,死亡6例,震惊了全世界。一般认为人与禽流感病毒不易在相互宿主间直接传播,香港这次禽流感疫情属全球首次发现禽流感病毒能感染人,打破了人鸟宿主的界限。我市毗邻香港,与香港交往频繁,为防止波及,了解禽流感病毒在我市人群中的感染和分布情况,1997年9月起我市加强了流感监测,增加了监测内容,扩大了监测面,增加了禽流感方面的监测,现将1997—2003年禽H9N2亚型流感病毒监测情况报告如下。     

微载体规模化培养MDCK细胞增殖H9N2亚型禽流感病毒的研究

目的探索H9N2亚型禽流感病毒株(A/Chiken/NX/9/99)在微载体大规模培养的MDCK细胞中的增殖规律,确定最佳增殖条件。方法将H9N2亚型禽流感病毒株接种到生长在24孔培养板上的MDCK细胞中进行增殖试验,检测接种不同感染剂量病毒、添加不同浓度TPCK-胰酶、在不同pH值的培养液中培养,接毒后不同时间的病毒血凝素滴度(HA)。根据最佳增殖条件将病毒接种至生长在微载体上的MDCK细胞中,利用250 mL和5L转瓶逐级进行大规模增殖。结果最佳病毒增殖条件为TPCK-胰酶终浓度为10μg/mL,接毒剂量为MOI=0.025,培养液pH值为7.4,在此条件下,H9N2亚型禽流感病毒株(A/Chiken/NX/9/99)适应在250 mL和5L转瓶中微载体培养的MDCK细胞内大量增殖,病毒的最高血凝价均可达到9log2(1∶512)。结论本研究为以哺乳动物细胞为基质规模化生产禽流感疫苗奠定了基础。     

2株欧亚与北美谱系重排H6N8亚型禽流感病毒的遗传进化及分子特征分析北大核心CSCD

目的解析监测中发现的欧亚与北美谱系重组H6N8亚型禽流感病毒的遗传进化及分子特征,为禽流感病毒跨洲际传播及基因重排研究提供支持。方法2019年秋季在图牧吉地区采集雁鸭类粪便样品,分离H6N8亚型禽流感病毒并进行全基因序列测定,分析其遗传进化及分子特征。结果共采集雁鸭类粪便及拭子样品5062份,分离到2株H6N8LPAIV(TMJ43、TMJ120)。遗传进化分析显示,分离株病毒NA与北美的阿拉斯加地区所分离的H3N8亚型AIV的NA节片聚集在同一进化分支,HA和其它6个内部基因节片均属于欧亚进化分支,且两株禽流感病毒分别有不同的重配发生。2株H6N8亚型禽流感病毒为欧亚谱系与北美谱系基因重排毒株,其中N8基因最近一次欧亚与北美基因节片重排发生在2016年。分子特征分析显示,HA蛋白的碱性裂解位点为PQIETR↓GLF,符合低致病性禽流感病毒的特征。在NP蛋白,发生了具有增强鸡禽流感毒力的A184K突变。在TMJ43,NS1蛋白发生了能增强哺乳动物毒力的A/P42S突变。结论在我国内蒙古地区分离的2株H6N8亚型禽流感病毒为欧亚谱系和北美谱系的重排毒株,两毒株均发生了增强家禽和哺乳动物感染能力的突变。表明北美毒株通过候鸟迁徙进入我国,与欧亚谱系毒株发生重配并在野鸟中频繁出现,可为禽流感病毒的跨洲际传播研究提供信息支持。