基于HIF-1信号通路研究芪参益气滴丸治疗心肌缺血的分子机制

芪参益气滴丸临床上用于治疗心绞痛、心肌梗死、心力衰竭等多种心肌缺血类疾病,但其治疗的分子机制尚不明确,复方配伍科学内涵也未系统阐释。该研究拟以网络药理学为基础筛选芪参益气滴丸治疗心肌缺血的特征通路,并结合糖氧剥夺细胞模型进行药效验证,揭示芪参益气滴丸基于特征通路的分子机制。首先开展复方活性成分筛选和靶点预测,确定芪参益气滴丸治疗心肌缺血的关键靶点;利用DAVID数据库对关键靶点进行通路富集分析和功能注释,揭示芪参益气滴丸发挥药效的生物作用及其特征通路;最后利用糖氧剥夺模型对高含量活性成分进行cell counting kit-8(CCK-8)、乳酸脱氢酶(LDH)、蛋白免疫印迹(Western blot)药效实验,基于特征通路揭示芪参益气滴丸治疗心肌缺血的分子机制。网络药理学研究表明芪参益气滴丸含有18个活性成分及82个关键靶点,通过TNF信号通路、HIF-1信号通路、PI3K-Akt信号通路等,调节机体的一氧化氮生物合成、细胞凋亡、炎症反应、血管生成等多种生物功能,进而达到保护心肌细胞的作用,其中HIF-1信号通路为特征通路。CCK-8与LDH实验结果表明,复方中的黄芪甲苷、丹参素、人参皂苷Rg_1能浓度依赖性增强细胞生存活力、降低细胞上清液中LDH含量(P0.05)。Western blot实验表明黄芪甲苷能显著下调HIF-1信号通路中丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(Akt1)、低氧诱导因子1α(HIF-1α)蛋白表达,上调血管内皮因子A(VEGFA)蛋白表达,丹参素能显著下调Akt1上游靶点磷脂酰肌醇3-激酶110-α亚基(PIK3CA)、下游靶点HIF-1α蛋白表达,人参皂苷能显著下调HIF-1α蛋白表达、上调VEGFA蛋白表达。故芪参益气滴丸可多靶点多途径治疗心肌缺血,HIF-1信号通路为特征通路。芪参益气滴丸活性成分能协同调控HIF-1信号通路中的靶点以抑制该信号通路的表达,保护心肌细胞。     

寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学研究

目的:探讨寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的网络药理学特征。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医分子机制生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)、GeneCards数据库获得寿胎丸活性成分及疾病靶点,利用Venn在线工具筛选二者交集基因,依托STRING数据库,采用Cytoscape 3.7.0软件构建活性成分-靶点网络图和靶点间蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图;通过DAVID数据库对交集基因进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,构建活性成分-靶点-关键通路网络图来展示寿胎丸治疗早发性卵巢功能不全的相关作用机制。结果:筛选出寿胎丸活性成分21个,成分靶点591个及疾病靶点2 438个,主要化合物有槲皮素、赖氨酸等。获得交集基因共67个,寿胎丸可能通过过氧化氢酶(CAT)、表皮生长因子(EGF)等靶点发挥作用,GO分析结果显示,其生物过程主要是药物反应,细胞组分主要是血红素结合反应,分子功能主要集中在线粒体基质。主要涉及的相关信号通路有缺氧诱导因子1(HIF-1)信号通路,磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B(PI3K-AKT)信号通路。结论:寿胎丸的多种活性成分可能作用于CAT、EGF等相关靶点,通过HIF-1、PI3K/AKT等主要信号通路,多靶点、多通路的发挥治疗早发性卵巢功能不全的作用。     

维药罗欧咳祖帕抗哮喘活性评价和作用机制研究

目的：通过药效学评价、网络药理学和分子对接等研究方法探讨维药罗欧咳祖帕(LKZP)治疗哮喘的潜在功效成分和作用机制。方法：采用卵蛋白(OVA)诱导的哮喘模型小鼠研究LKZP抗哮喘的活性；整理出文献中LKZP的化学成分，预测其符合Lipinski规则化合物的作用靶点，并与哮喘疾病靶点进行交集分析，从而确定LKZP抗哮喘的治疗靶点。采用String数据库构建治疗靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络，确定该网络中的核心靶点，并利用DAVID平台对核心靶点进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析，采用Cytoscape软件构建成分-靶点-信号通路的网络，采用分子对接的方法计算关键活性成分与靶点之间的结合能。结果：LKZP中共有潜在的活性化合物136个和841个作用靶点，而其核心靶点共66个。网络拓扑结构分析表明，LOKZP的核心治疗靶点为MAPK1、EGFR、MAPK3、PIK3CA、AKT1、PIK3CB、PIK3CD、PIK3R1和PRKCA等，而其作用的信号通路主要包含与调节气道炎症相关的PI3K-AKT信号通路、ErbB信号通路和雌激素信号通路，以及与调节气道重塑相关的HIF-1信号通路、VEGF信号通路和钙信号通路。分子对接的结果表明关键活性成分与靶点之间能较强结合。结论：LKZP中的关键活性成分倍半萜类、黄酮类和苯丙素类成分通过多靶点和多通路的方式调节气道炎症和气道重塑，从而发挥治疗哮喘的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨鸦胆子治疗结直肠癌的作用机制

目的 采用网络药理学结合分子对接及体内验证,探究鸦胆子Brucea javanica治疗结直肠癌的活性成分、关键作用靶点及潜在的分子机制。方法 从公共数据库中检索并收集鸦胆子的活性成分和对应的靶点以及结直肠癌相关的靶点,通过网络药理学分析出鸦胆子治疗结直肠癌的活性成分、成分-疾病的交集靶点以及可能的信号通路。通过分子对接预测活性成分与靶点蛋白的结合能力。通过体内实验进一步验证鸦胆子活性成分治疗结直肠癌的作用和作用机制。结果 在满足筛选条件的15个成分中共筛出鸦胆子苦醇、木犀草素、鸦胆子苷B、β-谷甾醇4个鸦胆子生物活性成分及32个鸦胆子治疗结直肠癌的作用靶点,表皮因子生长受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(cysteinasparate protease-3,Caspase-3)及细胞周期蛋白D1(cyclin D1)是鸦胆子治疗结直肠癌的关键靶点,EGFR/磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K）/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)信号通路...     

交趾黄檀心材中一个新天然产物化学成分研究

目的：研究交趾黄檀Dalbergia cochinchinensis Pierre.ex Laness心材的化学成分。方法：采用硅胶柱、Sephadex LH-20葡聚糖凝胶柱、制备液相等色谱方法对交趾黄檀心材醇提物的二氯甲烷部位进行分离纯化,并采用现代波谱学方法对化合物进行结构鉴定。结果：从交趾黄檀心材醇提物的二氯甲烷部位中分离得到8个化合物,分别鉴定为：obtusafuran methyl ether(1)、5,6-dimethoxy-3-methyl-2-phenylbenzofuran(2)、豆甾醇(3)、2-(2-甲基丁酰氧基)乙基-十四酸酯(4)、latinone(5)、2-[5-hydroxy-4-methoxy-2-(3-phenyl-trans-allyloxy)benzyl]-5-hydroxy-6-methoxy-3-phenylbenzofuran(6)、7-羟基-6-甲氧基黄酮(7)、2-[4,5-dimethoxy-2-(3-phenyl-trans-allyloxy)benzyl]-5-hydroxy-6-methoxy-3-phenylbenzofura...     

基于网络药理学和分子对接研究牡丹皮-丹参药对治疗银屑病的作用机制

目的：本文借助计算机网络药理学和分子对接技术预测牡丹皮、丹参治疗银屑病的潜在分子作用机制。方法：首先将中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)平台筛选到的疾病和药对成分靶点取交集,获得交集靶点后进行基因本体(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,利用Cytoscape 3.8.2构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络和“成分-靶点-通路”图,最后使用Schr9dinger Maestro 11.8进行分子对接试验。结果：共得到牡丹皮、丹参治疗银屑病的活性成分58个和靶点95个,主要参与脂多糖应答、炎症反应、营养水平、氧化应激等方面的生物过程,调控白细胞介素-17(IL-17)、肿瘤坏死因子(TNF)、辅助性T17(Th17)细胞分化、缺氧诱导因子-1(HIF-1)等信号通路。分子对接结果证实主要活性成分和核心靶点亲和力高。结论：牡丹皮-丹参配伍可从多成分、多靶点、多通路治疗银屑病。     

基于网络药理学和药理实验的活血祛湿方治疗脂肪肝作用机制研究

目的：分析活血祛湿方的有效活性成分及其治疗脂肪肝的分子机制。方法：分别通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、GeneCards数据库查找活血祛湿方中10味中药的有效活性成分及其靶点蛋白和人类脂肪肝相关的作用靶点,构建有效活性成分-疾病靶点的网络图;通过String数据库进行构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Metascape数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析;最后使用分子对接技术和药理实验对有效活性成分和靶点进行验证。结果：经过筛选,活血祛湿方中的槲皮素、山柰酚、木犀草素、柚皮素以及异鼠李素等多个关键活性成分,可能通过作用在信号转导与转录激活因子3、RAC-α丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、细胞肿瘤抗原p53、转录因子AP-1等核心基因表达的蛋白上参与脂肪肝的治疗。KEGG富集分析所涉及的信号通路包括白细胞介素-17(IL-17)、前列腺癌、缺氧诱导因子-1(HIF-1)、非酒精性脂肪肝、促分裂原活化的蛋白激酶(MAPK)信号通路等。结论：活血祛湿方可通过多成分、多靶点、多通路的复杂作用机制发挥抗炎和应对氧化应激的作用,进而...     

基于UPLC-Q-TOF-MS/MS技术快速鉴定交趾黄檀心材中化学成分

目的:应用超高效液相色谱-四极杆-飞行时间高分辨率质谱(UPLC-Q-TOF-MS/MS)技术快速分析与鉴定黄檀属植物交趾黄檀心材甲醇提取物中的化学成分。方法:采用UPLC RRHD SB-C_(18)色谱柱(3. 0 mm×100 mm,1. 8μm),流速0. 3 mL·min~(-1),进样量1μL,流动相0. 1%甲酸水溶液(A)-乙腈(B)梯度洗脱(0～0. 01 min,5%B;0. 01～2 min,5%～22%B;2～28 min,22%～35%B;28～45 min,35%～44%B;45～55 min,44%～100%B;55～57 min,100%B;57～57. 10 min,100%～5%B);选择电喷雾离子源,负离子模式采集数据,采集范围m/z 100～1 500。结果:从交趾黄檀心材的甲醇提取物中初步鉴定了101个化学成分,包括22个黄酮类,34个异黄酮类,15个新黄酮类,18个其他类型黄酮和12个其他类成分。结论:UPLC-Q-TOF-MS/MS技术方法可快捷、准确、较全面地鉴定交趾黄檀心材中的化学成分,交趾黄檀心材中主要化学成分为异黄酮类、黄酮类和新黄酮类成分,对揭示其内在物质基础具有重要意义,也为其作为潜在的中药新资源开发提供了实验依据。     

大黄抗肾脏纤维化的网络药理学及其活性成分的作用机制

目的:通过网络药理学方法,预测中药大黄抗肾脏纤维化的活性成分、潜在靶点及通路,选取活性成分,对筛选出的靶基因进行体外实验验证。方法:检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)与中药分子机制分析综合数据库(TCMID)获取并筛选大黄主要活性成分,利用相似度系综算法数据库(SEA),瑞士生物信息学研究所(SIB),Gene Cards数据库预测和筛选大黄抗肾脏纤维化的潜在作用靶点。采用String Version 10.5数据库构建靶点蛋白相互作用(PPI)网络;运用David 6.8软件对关键靶点进行基因本体论(GO)富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。采用Cytoscape Version 3.6.0软件对关键蛋白相互作用网络、活性成分-关键靶点网络、活性成分-靶点-信号通路网络进行可视化分析。结合Malarcards数据库筛选出与肾脏纤维化高关联性信号通路。进一步采用细胞实验验证:选取HK-2细胞,利用转化生长因子-β1(TGF-β1)诱导细胞纤维化模型,予大黄酸干预细胞48 h,蛋白免疫印迹法(Western blot)检测缺氧诱导因子1α(HIF-1α),血管内皮生长因子(VEGF),血小板衍生生长因子受体-α(PDGFR-α),免疫荧光检测E-钙黏蛋白(E-cadherin),α-平滑肌肌动蛋白(α-SMA)蛋白表达,流式细胞术检测细胞凋亡。结果:筛选得到大黄活性成分17个,大黄抗肾脏纤维化潜在靶点424个,关键靶点5个,依次为蛋白激酶B(Akt)1,丝裂原激活的蛋白激酶(MAPK)3,EGFR,白细胞介素-6(IL-6),VEGFA;GO富集生物学过程主要涉及信号转导、细胞增殖、凋亡等生物过程;KEGG通路富集结果发现磷脂酰肌醇3-激酶(PI3K)/Akt,HIF-1α,VEGF,叉头转录因子(FoxO)等通路与大黄抗肾脏纤维化作用机制相关。体外实验验证表明,大黄酸抑制E-cadherin,α-SMA,HIF-1α,VEGF,PDGFR-α的表达水平,同时抑制肾小管上皮细胞凋亡,验证了网络药理学部分预测结果。结论:本研究体现了大黄多成分、多靶点、多途径的作用特点,其抗肾脏纤维化的作用机制可能与其抑制HIF-1α/VEGF/PDGFR-α信号转导途径,抑制细胞凋亡及肾小管上皮细胞上皮间质转化(EMT)有关。     

基于网络药理学和分子对接探讨丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的:通过网络药理学和分子对接探究丹参-郁金治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法:获取丹参、郁金的中药活性成分及其作用靶点,检索PCOS疾病相关靶点,将二者取交集后利用Cytoscape 372构建“药物-成分-共同靶点”网络。并将共同靶点导入string数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络图。再将共同靶点基因导入DAVID数据库进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析。最后根据活性成分、作用靶点的相关节点参数进行排序,使用AutoDock Tools将核心活性成分和筛选出的靶基因编码的蛋白进行分子对接。结果:丹参、郁金共筛选出潜在活性成分80个,其中木犀草素、丹参酮Ⅱa、β谷甾醇等19种为主要活性成分,活性成分的作用靶点共157个。PCOS疾病相关靶点1 847个,交集靶点为93个,PPI网络及拓扑学分析显示AKT1、TP53、IL6、VEGFA、MAPK3、MAPK1是丹参、郁金治疗PCOS的核心靶点。GO功能富集分析显示丹参-郁金主要参与RNA信号转导、酶的调控等生物过程,KEGG通路富集分析得到了癌症信号通路、PI3K/AKT、FoxO、HIF-1等20条相关性最高的通路。将核心靶点编码的蛋白作为靶点分别与对应的药物核心活性成分对接,结果良好。结论:通过网络药理学研究及分子对接验证,显示丹参-郁金可通过多靶点、多信号通路对PCOS的疾病发生及进展起到一定的治疗、干预作用。     

基于网络药理学探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制

目的 探讨雷公藤多苷治疗桥本病的潜在作用机制。方法 利用TCMSP数据库、文献挖掘获得雷公藤多苷活性成分,PharmMapper数据库预测活性成分靶点,GeneCards、OMIM数据库获得桥本病相关靶点,利用Venn在线工具筛选两者的交集基因,STRING平台构建蛋白相互作用(PPI)网络,DAVID数据库对交集基因进行GO功能、KEGG通路富集分析,构建活性成分-靶点-通路网络。最后通过分子对接工具SYBYL X2.0进行分子对接。结果 筛选出雷公藤多苷活性成分30种,成分靶点82个,疾病靶点1 373个,交集靶点38个,GO分析8个条目,KEGG分析46条通路,成分-靶点网络的重要靶点与成分-桥本病靶点-通路网络的重要靶点的交集是CASP3、EGFR、MAPK1、MAPK8,雷公藤弗定B1是唯一与4个靶点均有关联的化合物。分子对接结果显示,雷公藤弗定B1与交集靶点结合良好。结论 雷公藤多苷中多种活性成分通过调控NF-κB、MAPK、PI3K/Akt等信号通路作用于介导细胞凋亡的CASP3、EGFR等多个靶点来治疗桥本病。     

基于网络药理学的黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤机制研究

目的:采用网络药理学方法探讨黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤的可能作用机制。方法:利用中国系统药理学平台检索获取黄蛭口服液中主要药物活性成分,采用DRAR-CPI服务器、GeneCards和DisGeNET数据库筛选出与黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤相关的作用靶标,用Cytoscape 3.5.1软件构建黄蛭口服液活性成分-心肌缺血再灌注损伤靶标网络并进行相关分析,结合String数据库和Cytoscape 3.5.1的NetworkAnalyzer工具绘制蛋白相互作用关系,通过Systems Dock Web Site对作用靶点与活性成分进行分子对接,利用GO和KEGG富集分析研究黄蛭口服液的作用机制,并绘制活性成分-作用靶标-生物通路多维网络。结果:筛选出黄蛭口服液活性成分13个作用于73个靶标,主要通过改变蛋白结合作用和调节PI3K-AKT、HIF-1、TNF等信号通路来发挥治疗心肌缺血再灌注损伤的作用。结论:本研究初步验证了黄蛭口服液治疗心肌缺血再灌注损伤通过多种活性成分和靶点来发挥作用,为后续机制研究提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接探究肠炎宁颗粒治疗功能性腹泻和腹泻型肠易激综合征的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接方法探究肠炎宁颗粒治疗功能性腹泻(functional diarrhea,FD)和腹泻型肠易激综合征(diarrhea irritable bowel syndrome,IBS-D)的作用机制。方法 通过TCMSP数据库、文献检索肠炎宁颗粒5味药材的成分;SwissADME平台筛选肠炎宁颗粒活性成分;SwissTargetPrediction平台反向靶标预测肠炎宁颗粒活性成分作用靶点;GeneCards数据库预测FD和IBS-D靶点;Venny 2.1.0获取肠炎宁颗粒治疗FD和IBS-D的交集靶点;STRING数据库获取蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络后导入Cytoscape3.9.1软件获取核心靶点;OmicsBean数据库对核心靶点进行基因本体(geneontology,GO)功能和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)通路富集分析;Cytoscape 3.9.1软件构建"药材-活性成分-靶点"及"关键活性成分-核心靶点-通路"网络;Schrödinger-Maestro对关键活性成分和核心靶点进行分子对接。结果 从肠炎宁颗粒中筛选得到治疗FD和IBS-D的活性成分30个,其中10个关键活性成分为甲基异茜草素、槲皮素、4'',5-二羟基黄酮、山柰酚、鞣花酸、焦性没食子酸、金圣草黄素、咖啡酸、木犀草素、芹菜素;24个核心靶点为蛋白激酶B1(protein kinase B1,AKT1)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)、基质金属蛋白酶2(matrix metal loproteinase 2,MMP2)、MMP9等。KEGG通路富集分析发现其主要涉及内分泌抵抗、磷脂酰肌醇3-激酶(phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K)/蛋白激酶B(protein kinase B,Akt)信号通路、前列腺癌等通路。分子对接表明关键活性成分与核心靶点均可自发结合。结论 肠炎宁颗粒可能通过多成分、多靶点和多通路,降低内脏敏感、减少炎性反应、调节肠道菌群,从而治疗FD和IBS-D。     

湖南一号方通过作用于ACE2防治新型冠状病毒肺炎的网络药理学研究

目的:基于新型冠状病毒主要受体—血管紧张素转化酶2(ACE2)应用网络药理学方法探究湖南一号方防治新型冠状病毒肺炎的作用与机制。方法:应用中药系统药理分析平台(TCMSP)检索湖南一号方中活性成分,结合药物靶点数据库搜索新型冠状病毒肺炎相关靶点,采用Cytoscape平台构建中药-活性成分-靶点-疾病网络,运用STRING和DAVID数据库对靶点的相互作用网络、GO功能和KEGG通路进行分析。结果:湖南一号方中药-活性成分-靶点-疾病网络包括8味中药,120种活性成分和90个疾病靶点。其中湖南一号方防治新型冠状病毒肺炎的靶点主要包括ALB、IL-6、VEGFA、CASP3、MAPK3、MMP9和CXCL8等。主要涉及生物过程中的氧化应激反应、活性氧代谢等,分子功能主要涉及细胞因子受体结合、细胞因子活性等,细胞组分主要涉及膜筏、膜微区等。上述靶点主要是参与HIF-1信号通路、IL-17信号通路、TNF信号通路等多条信号通路的调控。结论:湖南一号方可能通过介导HIF-1、IL-17等信号通路影响ALB、IL-6、VEGFA、CASP3等靶蛋白的表达,进而调节氧化应激反应、细胞因子活性等生物功能,发挥多成分-多靶点-多途径防治新型冠状病毒肺炎的作用。     

基于网络药理学预测苦参治疗肝癌的分子机制

目的:运用网络药理学的方法,探讨苦参治疗肝癌的作用机制。方法:通过中医药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)筛选出苦参活性成分及作用靶点;在OMIM和Genecards中获取疾病靶点。通过R语言对基因进行匹配并绘制韦恩图;在String网站构建活性成分-蛋白质-蛋白质相互作用网络图;Cytoscape 3.6.1软件构建成分-靶点网络;通过R软件进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出45个活性成分和176个潜在作用靶点;GO及KEGG功能富集显示苦参主要影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路。结论:苦参可能通过影响PI3K/Akt/mTOR通路及HIF-1a等信号通路,从而调控肝癌细胞侵袭及转移。     

基于网络药理学与分子对接技术的金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎的潜在药效物质研究

目的探究金花清感颗粒防治新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在物质基础。方法采用中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索金花清感颗粒中11味药材所含化学成分与作用靶点。借助Uniprot数据库查询靶点对应基因,采用Cytoscape软件构建"药材-成分-靶点"网络,运用DAVID对相关靶点进行GO功能与KEGG通路富集分析。通过分子对接评价"药材-成分-靶点"网络中核心成分与新型冠状病毒(SARS-CoV-2)3CL水解酶及血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)的结合作用。结果金花清感颗粒"药材-成分-靶点"网络包含154个化合物和276个相关靶点,关键靶点涉及PTGS2、HSP90AB1、HSP90AA1、PTGS1、NCOA2等。GO功能富集分析得到278个条目,主要涉及ATP结合、转录因子活化、细胞凋亡进程调控等。KEGG通路富集得到127条信号通路,涉及TNF、PI3K/Akt及HIF-1等与肺损伤保护相关通路。分子对接显示金花清感颗粒中芒柄花黄素、豆甾醇、β-谷甾醇、脱水淫羊藿素等核心成分与SARS-CoV-2 3CL水解酶及ACE2的亲和作用较好。结论金花清感颗粒可能通过多成分...     

麻黄-白果药对“异病同治”支气管哮喘和慢性阻塞性肺疾病药理作用研究

目的:采用网络药理学方法预测麻黄-白果药对治疗支气管哮喘(简称哮喘)和慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)的活性成分、靶点与信号通路,以探讨此药对“异病同治”的共同作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台获取麻黄-白果药对的活性化学成分及其对应靶点,通过Genecards数据库获取哮喘和慢阻肺相关靶点,将药对靶点与疾病靶点映射得到麻黄-白果药对作用于哮喘和慢阻肺的共同靶点。在Cytoscape软件中构建药对-活性成分-靶点-疾病网络,采用STRING在线数据库获取蛋白相互作用(PPI)数据。利用Bioconductor生物信息软件包对共同作用靶点进行KEGG通路富集分析。利用Auto Dock进行分子对接验证“异病同治”关键靶点和活性成分的相互作用。结果:通过筛选获得25个麻黄-白果药对的活性成分,108个麻黄-白果药对作用于哮喘和慢阻肺的共同靶点。富集分析结果表明麻黄-白果药对主要通过调节TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路和Toll样受体信号通路等通路发挥对哮喘和慢阻肺的治疗作用。分子对接结果显示,“异病同治”关键靶点和活性成分之间具有较强的结合性。结论:麻黄-白果药对通过多成分、多靶点、多通路发挥了对哮喘和慢性阻塞性肺疾病“异病同治”的药效作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制

目的:运用网络药理学及分子对接探索瓜蒌-薤白治疗冠心病的作用机制。方法:应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)和BATMAN-TCM筛选符合口服生物利用度(OB)≥30%、类药性(DL)≥018的瓜蒌-薤白活性成分及作用靶点;使用GeneCards数据库在线获取冠心病相关靶点;将瓜蒌-薤白与冠心病的交集靶点导入STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,使用Cytoscape分析网络的核心靶点,运用ClueGO及DAVID在线数据库对交集靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用Autodock软件对核心活性成分及作用靶点进行分子对接验证。结果:瓜蒌-薤白中共得到22种活性成分,201个靶点,与冠心病相关靶点116个,在构建核心靶点PPI网络后得到包括肿瘤坏死因子（TNF）、苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、丝裂原活化蛋白激酶3（MAPK3）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤蛋白P53（TP53）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、上皮生长因子A（EGFA）等核心靶点,涉及生物学过程对缺氧的反应、对药物的反应、聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控和衰老等,KEGG通路包括HIF-1信号通路、TNF信号通路和cancer信号通路等,分子对接表明活性成分中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素活性成分可作用于磷酸肌醇3激酶（PIK3CG）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、环加氧酶2(PTGS2）、MAPK3、TNF和AKT1等核心靶点。结论:瓜蒌-薤白中槲皮素、β-谷甾醇、香叶木素、柚皮素、羟基芜花素可能作用于PIK3CG、MAPK1、PTGS2、MAPK3、TNF和AKT1而影响TNF、HIF-1和晚期糖基化终产物及受体（AGE/RAGE）等通路发挥治疗冠心病的作用。     

基于网络药理学探究痤疮合剂治疗痤疮作用机制

目的 基于网络药理学技术探索痤疮合剂治疗痤疮的作用机制。方法 依托中药系统药理学数据库(TCMSP)和中药分子机制的生物信息学分析工具(BATMAN-TCM)筛选痤疮合剂的活性化合物和作用靶点;通过人类基因信息数据库(GeneCards)检索痤疮的疾病靶点;应用Cytoscape软件构建药物活性化合物-疾病-靶点互作网络;运用STRING平台搭建蛋白质间相互作用网络(PPI);利用DAVID数据库预测靶点的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;通过Autodock vina 1.1.2软件进行活性成分与核心靶点之间的分子对接。结果 筛选得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇等176个化合物,主要涉及白细胞介素-6(IL-6),血管内皮生长因子A(VEGFA)等56个核心靶点,通过癌症信号通路(Pathways in cancer)、肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway)、低氧诱导性因子1信号通路(HIF-1 signaling pathway)等通路发挥治疗作用。结论 基于网络药理学的方法,该研究初步探究了痤疮合剂...     

基于生物信息学、网络药理学与分子对接研究八桂天龙散治疗阿尔茨海默病的机制

目的 基于生物信息学、网络药理学与分子对接探讨八桂天龙散治疗阿尔茨海默病(alzheimer’s disease, AD)的作用靶点与分子机制。方法 从TCMSP、HIT、HERB数据库检索八桂天龙散活性成分,通过Swiss Target Prediction平台预测潜在作用靶点。采用GEO2R分析AD的差异基因,应用GeneCards、OMIM、DisGeNET数据库筛选AD靶点,交集获得八桂天龙散治疗AD的可能潜在作用靶点。采用STRING平台构建PPI网络,Cytoscape软件网络拓扑计算筛选潜在关键靶点,R语言进行GO及KEGG通路富集分析,构建“中药-活性成分-靶点-信号通路-疾病”网络。分子对接预测潜在活性成分和靶点的结合性能。结果 筛选八桂天龙散有效活性成分115种,相应基因靶点1666个。AD差异基因2725个,靶点2236个。八桂天龙散治疗AD的潜在靶点99个,其中关键靶点为MAPK1、FN1、EGFR。KEGG富集分析显示关键信号通路包括PI3K-Akt、MAPK、Rap1、Ras、HIF-1、LTP等信号通路。分子对接结果显示人参二醇、次甲丹参醌可能是八桂天龙散...