单细胞转录组测序联合空间转录组测序在纤维化疾病研究中的应用进展

单细胞转录组测序联合空间转录组测序可解析组织内每一个细胞的转录组表达谱和空间位置信息,有助于探究细胞的基因表达水平和组织的三维重建,解读细胞异质性,理解细胞间的联系和相互作用,对于深入探讨疾病发生和发展的细胞与分子机制具有重要意义。纤维化疾病累及全身多个器官,病程极为复杂,缺乏有效的抗纤维化治疗方法,因此仍需加强对此类疾病的全面认识。近年来,单细胞转录组测序联合空间转录组测序已应用于纤维化疾病的病理生理机制研究中,取得了较多进展。本文简要介绍单细胞转录组测序联合空间转录组测序技术,并对其在纤维化疾病研究中的应用进展作一综述。     

单细胞转录组测序在肺部疾病中的应用进展

单细胞转录组测序又称单细胞RNA测序,是通过分离单个细胞获得它们的转录本,并将转录本映射到单个细胞的测序库,进而分析评估细胞特性的一项高通量测序技术。近年来单细胞转录组测序技术已广泛应用于肺部疾病的研究,以深入了解疾病状态下肺组织细胞的生物学特征。本文对单细胞转录组测序技术的基本原理及其在肺部疾病研究中的应用进展进行综述,为各种常见肺部疾病状态下肺组织的细胞异质性、亚群鉴定及基因表达调控机制等相关研究的开展提供参考。     

单细胞转录组测序技术及其在肿瘤研究中的应用

单细胞转录组测序是指对单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序,再进行生物信息学分析的技术。自2009年Tang等基于高通量测序平台开始单细胞转录组测序之后,该技术发展突飞猛进。由于该技术能在单细胞水平诠释细胞的异质性,因此已广泛应用于生命科学各领域尤其是肿瘤等疾病研究。本文将主要综述单细胞转录组测序技术流程和技术发展,及其在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤微环境、肿瘤药物等研究中的应用进展。     

空间转录组测序技术在肿瘤发生发展机制中的应用及前景

恶性肿瘤是一类死亡率较高的疾病, 其发生、发展机制较为复杂, 基因组测序技术对揭示肿瘤作用机制有一定意义。肿瘤组织中的细胞具有异质性, 而细胞的空间位置分布对其异质性及组织生物功能有一定的影响。近几年, 空间转录组测序技术发展迅速, 可以对组织中细胞进行高通量、高分辨率的空间转录分析, 从空间层面上展示转录组信息, 揭示生物组织的细胞构成以及细胞间的相互作用关系。本文将对空间转录组测序技术在肿瘤中的应用进行阐述、前景进行展望。     

单细胞转录组测序技术及其在肿瘤研究中的应用进展

单细胞转录组测序是指对单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序后再进行生物信息学分析的技术,近年来发展迅猛。该技术能在单细胞水平诠释细胞的异质性,已广泛应用于生命科学各领域尤其是肿瘤等疾病的研究。本文主要介绍单细胞转录组测序技术的流程和技术发展,同时分析总结其在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤微环境和抗肿瘤药物研发等方面的应用进展。     

单细胞转录组测序在哮喘研究中应用的研究进展

 哮喘是一种异质性疾病，传统转录组测序方法获得的是同一基因在所有细胞中的平均表达水平，不能完全揭示异质性哮喘的发病机制及药物疗效。单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing，scRNA-seq）是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术，能够获得每个细胞的mRNA表达信息，发现不同的细胞亚群及相关信息，揭示细胞间基因表达的异质性及鉴定稀有细胞类型，为深入研究和理解哮喘发病机制提供了新的技术手段。本文对scRNA-seq技术在哮喘研究中的应用做一概述，以期为深入研究哮喘这一异质性疾病的发病机制提供新的视角和研究思路。     

单细胞表观遗传测序技术最新进展

单细胞测序技术是目前解码组织、器官、细胞、分子异质性的重要热门工具,其主要基于二代测序技术,根据其检测对象可分为单细胞基因组学测序技术、单细胞表观组学测序技术、单细胞转录组学测序技术,以及可同时解析多个组学的单细胞多组学测序技术.表观遗传学是连接基因组学和细胞表型的重要调控环节,其可通过染色质的可及性、DNA和组蛋白的...     

单细胞转录组测序分析人类胚胎发育阻滞的潜在机制

目的 探讨胚胎发育阻滞的分子机制,为提高辅助生殖成功率提供新思路。方法 单细胞转录组测序技术研究发育阻滞胚胎（包括体外受精和胞质内单精子注射过程）及对照组的转录组情况,利用加权基因共表达网络分析(WGCNA)等生物信息学手段分析与胚胎阻滞相关的信号通路和关键基因。结果 阻滞胚胎中与细胞分裂、细胞周期等相关的信号通路表达异常。与ICSI组相比,IVF组阻滞胚胎的细胞骨架、氧化磷酸化等通路表达异常。结论 通过单细胞转录组测序技术分析阻滞胚胎转录组的结果说明细胞分裂、周期、代谢等通路可能影响胚胎正常发育,ICSI过程影响了线粒体功能、结构的变化。     

单细胞转录组测序技术在人精原干细胞研究中的应用

精原干细胞的自我更新、增殖与分化对于维持精子发生至关重要。然而,调控这一过程的分子机制尚未完全阐明。精原干细胞具有不同细胞亚型,其在精子发生过程中扮演不同角色。单细胞转录组测序技术提供有效的手段,揭示各精原细胞亚型及其转录组水平和生物学功能变化,为精原干细胞的分子机制研究提供新思路。     

转录组学研究方法在药用植物银杏中的应用

银杏素有植物界的活化石之称,具有极高的药用价值。为培育高品质的银杏种质及阐明其药用成分的生物合成机制,有关银杏的转录组研究不断深入。综述近几年新出现并成功应用于植物转录组学研究的前沿技术,如单细胞转录组测序和空间转录组,并从前沿技术的视角对银杏转录组学的研究进行讨论与展望。     

单细胞转录组测序在黑色素瘤中的研究进展

黑色素瘤是成人第五大常见的恶性肿瘤,亚洲人与其他有色人种的黑色素瘤存在明显差异,其发生发展机制复杂,具有高度侵袭性、转移性和致死性,预后差。因此,加强该病基础研究尤为重要。单细胞转录组测序作为近年来快速发展的新技术,以其特有的优势,如探索细胞亚群的异质性、鉴定稀有细胞、使用算法揭示不同组织细胞的分化轨迹等,极大地推动了包括黑色素瘤在内的肿瘤学研究发展。本文将就目前黑色素瘤单细胞转录组测序研究中,在肿瘤异质性、肿瘤微环境和细胞互作、免疫逃逸与治疗抵抗方面的研究进展做一综述。     

单细胞测序技术在肿瘤中的研究进展

肿瘤异质性是恶性肿瘤的特征之一,单细胞测序技术是在单个细胞水平上进行全基因组、转录组以及表观遗传学测序,从而为肿瘤异质群体的细胞亚群分类提供依据,进而有效揭示肿瘤细胞内有关遗传、转录和表观遗传水平复杂性改变的过程。本文介绍测序技术的进展、单细胞测序技术方法以及单细胞测序技术在具体肿瘤中的应用进展,并对其发展前景进行了展望。     

单细胞RNA测序在干细胞生物学中的应用研究进展

细胞间的变异或异质性是干细胞群的基本和内在特征。传统的组学分析是在混合细胞群体上进行,导致这些差异被掩盖。近年来,单细胞基因组、表观基因组、转录组测序等技术发展迅速,为全面解析细胞异质性和识别不同表型细胞类型提供了强有利工具。这些方法应用于不同类型的干细胞,包括多能干细胞和组织特异性干细胞,在干细胞领域取得了令人兴奋的新发现。本文综述了单细胞组学测序技术的最新进展,并对单细胞组学测序的方法和应用进行了展望。     

肺炎克雷伯菌突变株的分离和全转录组分析

目的 筛选空间环境诱变的肺炎克雷伯菌突变株及并进行全转录组分析.方法 利用Biolog生化反应板从搭载于神舟八号飞船的肺炎克雷伯菌中筛选突变株,然后采用高通量测序技术对突变株全转录组测序,原始测序数据经处理后进行基因表达注释和差异表达基因的基因本体功能及京都基因与基因组信号通路注释分析.结果 空间搭载的肺炎克雷伯菌突变株在糖类代谢上出现差异,且该菌株有232个基因表达上调,1 879个基因下调,其主要同细菌的膜蛋白、转运相关功能、糖类的运输相关.结论 获得一株空间环境诱导的肺炎克雷伯菌突变株且该菌株全转录组测序和注释清晰,为后续的功能研究奠定了基础.     

应用单细胞测序技术进行中医体质研究探讨

旨在阐述单细胞测序技术的优势，促进单细胞测序技术在中医体质研究中的应用。通过介绍单细胞测序技术概况及其在医药领域的应用，论述单细胞测序在中医体质学研究中的可应用方向。运用单细胞测序方法进行“体质可分”“体病相关”“体质可调”中医体质关键科学问题和“禀赋遗传”等中医体质基本原理的研究，拓展中医体质研究思路和方法，为探索中医体质理论的现代研究提供了新的支撑。加快传统中医药与现代生命科学技术的结合，有利于中医体质研究的发展进程。     

定向RNA—Seq技术在铜绿假单胞菌的应用

目的探讨定向转录组测序技术在铜绿假单胞菌的应用,为研究基因组的注释和表达调控提供重要手段。方法抽提菌体RNA并去除rRNA,连接接头后用特异性引物反转录成cDNA,PCR扩增后测序;所得数据采用Bowtie和rSeq软件分析。结果在所有26557654条读段中,除去无效读段209928条,与基因组匹配的读段为26347726条,测序结果能覆盖几乎99％的基因组,78．7％的基因来源于两个方向转录本映射读段,读段数最高的基因是ssrA,发现新的基因2283个。结论成功建立了铜绿假单胞菌中的定向RNA—Seq技术。