乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白4基因剪切体HBeBP4A的克隆与原核表达

目的:克隆乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白未知功能新基因HBeBP4的剪切体基因HBeBP4A,构建其原核表达载体,诱导在大肠埃希菌中表达。方法:应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术及生物信息学(bioinformat-ics)技术从HepG2细胞提取的cDNA模板中扩增获得HBeBP4基因的剪切体基因HBeBP4A,选用pGEM-T-easy载体进行TA克隆,通过PCR、限制性酶切分析及测序进行鉴定,再将其亚克隆到原核表达载体pET-32a( )中,转化进BL21(DE3)宿主菌,IPTG诱导HBeBP4A融合蛋白的表达,表达产物进行十二烷基磺酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)分析,考马斯亮蓝染色,以抗-His的单克隆抗体进行Western blotting免疫印迹分析鉴定证实表达蛋白的特异性。结果:成功扩增出HBeBP4剪切体基因HBeBP4A,并将其插入pET-32a( )原核表达载体,经BL21(DE3)受体菌转化、IPTG诱导、SDS-PAGE分析获得了HBeBP4A重组蛋白的表达,Western blotting证实了重组蛋白表达的特异性。结论:发现了乙型肝炎病毒e抗原结合蛋白4(HBeBP4)基因的剪切体HBeBP4A,构建了pET-32a( )-HBeBP4A原核表达载体,并利用大肠埃希菌原核表达系统成功获得了pET-32a( )-HBeBP4A重组蛋白的表达。     

墨西哥利什曼原虫无鞭毛体蛋白的基因克隆化与序列分析

目的 克隆墨西哥利什曼原虫（Ｌ．ｍｅｘ）ＷＲ９７２株的无鞭毛体蛋白（ａｍａｓｔｉｎ）的编码基因,并对其同源核苷酸序列进行分析。方法 根据已克隆的亚马逊利什曼原虫无鞭毛体蛋白的编码基因序列,设计并合成成无鞭毛体蛋白基因特异性引物,以墨西哥利什曼原虫ＷＲ９７２株的基因组ＤＮＡ作为模板,进行多聚酶链反应（ＰＣＲ）扩增。将扩增的ＤＮＡ片段克隆到ｐＣＲ２．１Ｔ载体中,进行测序,并对同源的核苷酸序列分析、比较     

牛丙型肝炎病毒核心蛋白结合蛋白6同源基因的克隆化研究

目的　利用不同种属动物之间重要基因序列高度同源的理论 ,应用生物信息学技术和方法 ,克隆牛丙型肝炎病毒 (HCV)核心蛋白结合蛋白 6 (HCBP6 )的同源基因。方法　首先应用酵母双杂交技术 ,以表达HCV核心蛋白的表达载体为诱饵 ,对于百万级的肝细胞cDNA文库酵母进行配合、筛选 ,首先获得人HCBP6的全长编码基因 ,然后应用美国国立生物信息学中心 (NCBI)建立的核苷酸序列数据库 (GenBank)的同源基因的检索 ,搜索与之同源的来源于牛的表达序列标签 (EST)。然后根据基因同源性的原则 ,确定牛HCBP6的同源基因。结果　获得了与HCV核心蛋白结合蛋白的 36个基因片段 ,其中之一命名为HCBP6。根据基因同源性搜索 ,获得了来源于牛的EST基因序列片段 ,最终确立了牛HCBP6的同源基因。结论　利用不同物种之间基因同源性的原理 ,NCBI数据库GenBank同源基因的搜索 ,获得了牛HCBP6同源基因。生物信息学技术在后基因组时代具有重要地位和作用。     

NS5A-TP5蛋白结合蛋白1的基因克隆化研究

目的 :应用酵母双杂交技术及生物信息学 (bioinformatics)技术筛选并克隆NS5A TP5蛋白结合蛋白基因1(NBP1)。方法 :应用酵母双杂交系统 3 ,构建NS5A TP5诱饵质粒 ,转化酵母AH10 9,与含人肝细胞cDNA文库质粒的酵母Y 187进行配合 ,于涂有x α gal营养缺陷型培养基 (SD/Trp Leu His Ade)上筛选生长。 结果 :挑选蓝色克隆 ,提取此酵母克隆的质粒转化大肠杆菌提取质粒DNA后进行测序 ,然后进行生物信息学分析 ,新基因的开放读码框架长度为 2 40个核苷酸 (nt) ,编码产物由 79个氨基酸残基 (aa)组成 ,命名为NBP1,GenBank注册号为AY 45 92 91。结论 :NBP1的筛选与克隆 ,可为进一步研究HCVNS5A TP5蛋白相互作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础     

墨西哥利什曼原虫无鞭毛体蛋囟的基因克隆化与序列分析

目的　克隆墨西哥利什曼原虫(L.mer)WR972株的无鞭毛体蛋白(amastin)的编码基因,并对其同源核苷酸序列进行分析。方法　根据已克隆的亚马逊利什曼原虫无鞭毛体蛋白的编码基因序列,设计并合成无鞭毛体蛋白基因特异性引物,以墨西哥利什曼原虫VR972株的基因组DNA作为模板,进行多聚酶链反应(PCR)扩增。将扩增的DNA片段克隆到pCR2.1T载体中,进行测序,并对同源的核苷酸序列分析、比较。结果　从体外培养的墨西哥利什曼原虫WR972株提取基因组DNA,以无鞭毛体蛋白基因特异性引物进行PCR扩增获得550bp的DNA片段。克隆到pCR2.1T载体片段进行的序列测定结果　表明,获得了墨西哥利什曼原虫的无鞭毛体蛋白编码基因片段,与亚马逊利什曼原虫的无鞭毛体蛋白基因之间具有高度的同源性。结论　实现了墨西哥利什曼原虫无鞭毛体蛋白基因的克隆化,为进一步研究其表达及作为疫苗研究的候选基因奠定了基础。     

HCV p7蛋白反式调节新基因3及其剪切体克隆化和生物信息学分析

目的:筛选HCV p7病毒蛋白反式调节的新靶基因p7TP3,克隆p7TP3基因及其不同剪切体基因序列,并进行功能分析,探讨丙型肝炎病毒(HCV)p7病毒蛋白在HCV致病过程中的作用．方法:依据我们构建的真核表达载体pcDNA 3．1(-)-p7转染肝母细胞瘤细胞系HepG2,提取总RNA,逆转录为cDNA后进行基因表达谱芯片分析,利用生物信息学技术获得新基因 p7TP3及其可变剪切体的编码序列,设计特异性引物,并对其进行克隆化研究. 结果:经测序鉴定获得新基因p7TP3的编码序列,并发现了p7TP3的不同剪切体,对 D7TP3基因组进行分析,获得剪切体的编码序列,并进行了克隆化研究及生物信息学分析．p7TP3(416 bp)编码蛋白质序列比 p7TP3(477 bp)少TQNTDVYPGLAVFFQNAL IFFSTLIY 26个氨基酸残基,其余序列相同．结论:HCV p7蛋白是一种典型的病毒基因组编码的具有反式调节作用的蛋白．利用分子生物学技术与生物信息学分析,发现并鉴定了HCV p7TP3反式调节作用的新的靶基因 p7TP3及其剪切体,为阐明HCV p7蛋白的反式调节作用及其机制开辟了新的研究方向．     

丙型肝炎病毒F蛋白反式激活基因2的克隆化研究

目的:应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学(bioinformatics)技术筛选并克隆丙型肝炎病毒(HCV)F蛋白反式激活新型靶基因,进一步阐明HCV感染相关疾病的发病机制.方法:以HCV F蛋白表达质粒pcDNA3.1(-)-F转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析.应用分子生物学技术,结合生物信息学技术,克隆HCV F蛋白反式激活作用的新的靶基因.结果:对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段.从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,因其可以被F蛋白反式激活,故命名为F蛋白反式激活蛋白2(HCV FTP2),已在GenBank中注册,注册号:AY740522.HCV FTP2基因的编码序列全长为177个核苷酸(nt),编码产物由58个氨基酸残基(aa)组成.结论:HCV F蛋白在病毒的自然感染过程中有明显的表达,最近的研究表明蛋白还具有反式激活的作用,上调宿主细胞某些基因的表达,可能参与HCV致癌.HCV F反式激活新靶基因的发现,为进一步研究HCV F蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定了基础.     

HBV X蛋白反式调节基因XTP11的克隆化研究

目的:应用寡核苷酸基因芯片技术及生物信息学分析,筛选并克隆乙肝病毒X蛋白(HBxAg)反式激活新型靶基因.方法:以HBxAg表达质粒pcDNA 3.1(-)-X转染HepG2细胞,以空载体pcDNA 3.1(-)为平行对照,提取mRNA并进行寡核苷酸基因芯片分析.对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性.通过序列同源性搜索和比对和电子拼接,根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列.从转染了pcDNA 3.1(-)-X的HepG2细胞提取总RNA,以逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)技术,扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实.结果:该新基因命名为XTP11,在GenBank中注册,注册号为AY740520.该基因的编码序列全长为1 344个核苷酸(nt),编码产物由448个氨基酸残基(aa)组成.结论:HBxAg反式激活新型靶基因XTP11的筛选与克隆,为进一步研究HBxAg反式激活作用的分子生物学机制奠定基础.     

乙型肝炎病毒前-S1蛋白反式激活蛋白3基因的克隆化研究

目的应用抑制性消减杂交技术(SSH)及生物信息学技术(bioinformatics)筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)前-S1蛋白(Pre-S1)反式激活新型靶基因，进一步阐明HBV感染相关疾病的发病机制。方法以HBV前-S1蛋白表达质粒pcDNA3．1(-)-PreS1转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。并应用分子生物学技术，结合生物信息学技术，克隆HBV前-S1反式激活作用的新的靶基因。结果对于所获基因片段序列分析表明，其中之一为新型基因片段。从HepG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应(RT—PCR)技术扩增获得该新基因的全长序列，并测序证实，因其可以被前-S1蛋白反式激活，故命名为前-S1反式激活蛋白3(PSITP3)，已在GenBank中注册，注册号：AY446274。PSITP3基因的编码序列全长为1173个核苷酸(nt)，编码产物由390个氨基酸残基(aa)组成。结论HBV前-S1蛋白在HBV进入宿主细胞的过程中起着重要的作用，最近的研究表明前-S1蛋白还具有反式激活的作用，上调宿主细胞某些基因的表达，从而改变宿主正常的免疫应答水平，引起病变。HBV前-S1反式激活新靶基因的发现，为进一步研究HBV前-S1蛋白的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

乙型肝炎病毒X蛋白反式激活基因XTP3的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术筛选乙型肝炎病毒(HBV)x蛋白(HBxAg)反式激活基因，克隆HBxAg反式激活相关靶基因。方法以HBxAg表达质粒PcDNA3．1(-)-x转染HepG2细胞，以空载体PcDNA3．1(-)为对照；制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为cDNA，经RsaI酶切后，将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性PCR，将产物与PGEM-Teasy载体连接，构建cDNA消减文库，并转染大肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析，发现其中之一为未知基因片段，与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性。通过序列同源性搜索比对，电子拼接成功，根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷信号序列，初步确定新型基因序列。从转染了pcDNA3．1(-)-x的HePG2细胞提取总RNA，以RT-PCR技术扩增获得该新基因的全长序列，并测序加以证实。结果 发现的新基因命名为XTP3，在GenBank中注册，注册号为AF490252。xTP3基因的编码序列全长为1020个核苷酸(nt)，编码产物由340个氨基酸残基(aa)组成。结论 应用抑制性消减杂交技术成功筛选与克隆HBxAg反式激活新型靶基因XTP3，为进一步阐明HBxAg反式调节作用及其在HBV感染中的分子生物学机制提供理论依据和研究方法。     

乙型肝炎病毒X蛋白反式调节基因11剪切体的京核表达及蛋白纯化

目的克隆乙型肝炎病毒X蛋白反式调节基因11（XTP11）剪切体,构建其原核表达载体,表达并纯化该蛋白。方法应用逆转录聚合酶链反应及生物信息学技术从HepG2细胞中提取cDNA为模板并扩增,意外获得XTP11基因的剪切体基因,选用pGEM—T载体进行T—A克隆,通过限制性酶切分析及测序鉴定,再将其亚克隆到原核表达载体pET-32a（＋）中,转化BL21（DE3）宿主菌,经异丙基-B—D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导XTP11剪切体融合蛋白的表达,表达产物进行SDS—PAGE分析,考马斯亮蓝染色,以鼠Hisprobe单克隆抗体进行Western blot分析鉴定证实表达蛋白的特异性,并纯化蛋白。结果成功扩增出XTP11剪切体基因,构建了pET-32a（＋）XTP11剪切体原核表达载体,经IPTG诱导获得了大小约为69kD的重组蛋白。结论发现的HBV XTP11剪切体及其融合蛋白,为进一步研究其生物学功能奠定了基础。     

乙型肝炎病毒e抗原真核表达载体的构建及在酵母中的表达

为探讨乙型肝炎病毒(HBV)e抗原(HBeAg)的功能，用多聚酶链反应(PCR)的方法以HBV ayw亚型全序质粒pCP10为模板扩增HBeAg基因，克隆到pGEM—T载体中扩增并测序，鉴定符合GenBank报告序列。用EcoRI和Pstl双酶切后回收片段，连接到真核表达载体pGBK17中并转化酵母AH109，在色氨酸缺陷型培养基(SD／—Trp)上筛选阳性菌落。提取阳性酵母菌的蛋白质，进行十二烷基磺酸钠—聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS—PAGE)和Western免疫印迹分析，显示HBeAg基因在酵母细胞中表达，表达产物在胞内存在，相对分子质量(MT)为43000左右。     

应用抑制性消减杂交技术筛选乙型肝炎病毒e抗原调节基因

目的 筛选与克隆HBeAg激活基因，了解其在体内的凋节功能线索。方法 以HBeAg表达质粒pcDNA3．1(-)-HBeAg转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照，制备转染后的细胞裂解液，提取mRNA并逆转录为eDNA，经RsaⅠ酶切后，将实验组cDNA分成两组，分别与两种不同的接头衔接，再与对照组cDNA进行两次消减杂交及两次抑制性聚合酶链反应(PCR)，将产物与T／A载体连接，构建cDNA消减文库，并转染人肠杆菌进行文库扩增，随机挑选克隆PCR扩增后进行测序及同源性分析。结果 成功构建人HBeAg激活基因差异表达的cDNA消减文库。文库扩增后得到40个阳性克隆，进行菌落PCR分析，均得到200～800bp插入片段。对插入片段测序，并通过生物信息学分析获得其全长基因序列，结果共获得12种编码基因，包括11种已知基因和1种未知基因。结论 筛选到的cDNA全长序列，包括一些与细胞生长调节、信号转导、肿瘤免疫发生及物质代谢密切相关的蛋白编码基因，推测了HBeAg在体内可能存在的调控机制的线索，尚需进一步的实验证明。     

乙型肝炎病毒HBeAg上调S100钙结合蛋白A11基因启动子表达活性的研究

目的 探讨乙型肝炎病毒e抗原(HBeAg)对S100钙结合蛋白A11(calgizzarin S100A11)启动子转录的激活作用。方法 以我室构建的HBeAg反式调节基因的cDNA文库抑制性消减杂交(SSH)筛选结果为基础，利用生物信息学技术确定S100A11的启动子区域(S100A11-P)，聚合酶链反应(PCR)扩增S100A11-P，克隆至真核报告载体PCAT3中，构建pCAT3-S100-p报告载体，以该质粒转染肝癌细胞系HepG2细胞系，用酶联免疫吸附法(ELISA)检测氯霉素乙酰转移酶(CAT)的表达活性，并与pcDNA3．1(-)-HBeAg共转染HepG2细胞系，用ELISA法检测CAT的表达活性。结果pCAT3-S100-P在HepG2细胞中能够指导CAT的表达；共转染实验中pCAT3-S100-P-pcDNA3.1(-)-HBeAg组CAT的表达活性是pCAT3-S100-P组的6．1倍。结论 我室克隆的S100A11启动子有顺式激活下游基因的活性，HBeAg具有对S100A11的反式激活作用。本实验进一步验证了我室利用SSH技术研究HBeAg反式激活作用的结果。     

一种新的HBeAg阴性慢性乙型肝炎病毒变异机制

目的 检测HBV核心启动子区(CP)基因变异方式.方法 自HBV慢性感染患者血清中提取HBV DNA,扩增CP区域序列,克隆入pMD19 T载体,选择阳性克隆进行DNA测序,与已知HBV基因相应序列比较患者体内HBV基因变异位点以及变异形式.结果 自21例患者中共挑选74个克隆测序,54个克隆中病毒基因序列CP区发生大段缺失突变,长度达234个核苷酸,另有1个克隆发生245个核苷酸缺失突变.缺失突变区域包括CP区、HBeAg起始密码子和直接重复序列(DR)Ⅰ区,命名为CP缺失突变,发生CP缺失突变的病毒株同时存在A1585T替换突变,这两个部位的突变具有联动特征.结论 观察到一种导致HBeAg阴性慢性乙型肝炎的新方式,即CP、HBeAg起始密码子缺失突变,并提出一种简明的CP缺失检测方式.     

乙型肝炎病毒核心质粒的构建及原核表达

目的构建乙型肝炎病毒核心区原核表达质粒并进行原核蛋白表达、纯化和鉴定。方法应用基因工程技术将编码截短型乙型肝炎病毒核心蛋白(HBcAg1～144aa)的基因片段装入原核表达载体pRSET-B内，在宿主菌B121(DE3)plysS内进行诱导表达，运用Ni—NTA方法纯化日的蛋白。采用酶联免疫吸附实验(ELISA)及Western blot检测蛋白的灵敏度和特异性。结果成功地构建了含截短型乙型肝炎病毒核心区基因的质粒，并纯化得到了分子量约为19．5kD的目的蛋白：结论本方法所获得的重组截短型乙型肝炎病毒核心抗原(1～144a)纯度高，免疫反应性强：     

乙型肝炎病毒E抗原反式激活靶基因的克隆化研究

目的 应用抑制性消减杂交(SSH)技术及生物信息学技术(bioinfonnatics)筛选并克隆乙型肝炎病毒(HBV)e抗原(HBeAg)反式激活新型靶基因。方法 以HBeAg表达质粒pcDNA3．1(-)-HBeAg转染HepG2细胞,以空载体pcDNA3．1(-)为平行对照,提取mRNA并进行抑制性消减杂交(SSH)分析。对于所获基因片段序列分析表明,其中之一为新型基因片段,与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性,利表达序列标签(EST)序列的搜索和比对,进行电子拼接,根据基因起始密码子的KozaK规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列,确定新型基因序列。从HepG2细胞提取总RNA,以逆转录多聚酶链反应(RTPCR)技术扩增获得该新基因的全长序列,并测序证实,命名为HBeAgTP,在GenBank中注册,注册号为AY423624。结果 HBeAg TP基因的编码序列全长为324个核苷酸(nt),编码产物由107个氨基酸残基(aa)组成。结论 HBeAg反式激活新型靶基因HBeAg TP的筛选与克隆,为进一步研究。HBeAg在体内激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

一种新的HBeAg阴性慢性乙型肝炎病毒变异机制

Objective To investigate mutation patterns in core promoter(CP)region of hepatitis B virus(HBV).Methods HBV DNA was extracted from sera of patients with chronic HBV infection.The CP sequence was amplified by polymerase chain reaction(PCR)and cloned into pMD19 T vector.The positive clones were then sequenced.The sequences were compared with known HBV genome in GenBank to identify the mutation sites and patterns of patients with chronic HBV infection.Results There were 74 clones from 21 patients with chronic HBV infection which were sequenced.The sequence comparisons showed that there was a 234-nucleotide deletion in CP region of HBV genome in 54 clones and a 245-nucleotide deletion in one clone.These deletion regions included CP,HBeAg initiation codon and direct repeat sequence(DR)Ⅰ regions,which named CP deletion(CPD).A1585T replacement mutation was also found in HBV strain with CPD,which indicated that there was linkage between these two mutations.Conclusions A novel mechanism of HBeAg negative chronic hepatitis B is observed,which includes deletions of CP and HBeAg initiation codon.Meanwhile,a simple and useful PCR method is developed to detect CPD.