基于TCGA数据库的食管鳞状细胞癌差异表达焦亡相关基因的筛选及GSDMC基因的验证

目的 通过对TCGA数据库中食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)组织基因表达谱RNA测序数据进行生物信息学分析,探讨与ESCC预后有关的焦亡基因,并通过体外实验对筛选出的基因进行验证和功能研究。方法 下载TCGA和GTEx数据库中ESCC和正常食管样本中mRNA数据及临床数据。从文献中获得细胞焦亡相关基因(pyroptosis-related genes, PRG),使用R语言及DESeq2软件获取差异表达的PRG。采用Cox单因素、多因素回归分析,筛选出与预后相关的基因。应用qRT-PCR验证差异表达的PRG在ESCC和正常食管上皮细胞的表达水平;运用siRNA干扰ESCC细胞中已筛基因的表达,qRT-PCR检测siRNA的干扰效率。干扰成功后分别采用CCK-8、平板克隆和qRT-PCR实验,检测干扰已筛基因后ESCC细胞的活力、克隆形成能力和凋亡。运用肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库,分析gasdermin家族蛋白C(GSMDC)的mRNA表达与食管癌免疫细胞浸润水平的相关性。结果 33个PRG中与ESCC相关的差异...     

乳酸代谢相关基因预测肝细胞癌预后的风险评分模型的构建

目的 鉴定肝细胞癌相关乳酸代谢基因,并基于相关基因构建风险评分模型预测肝细胞癌预后。方法 使用TCGA数据库收集了377例肝细胞癌患者的临床信息和转录组数据,通过Cox单因素分析、Lasso回归筛选乳酸代谢相关基因,构建肝细胞癌患者预后多因素风险评分模型,采用TCGA内部验证数据集验证一致性。结果 在获取的303个乳酸代谢相关基因中,从肿瘤组和正常组中筛选了91个差异表达大于2倍的基因;训练组中通过Cox单因素分析、Lasso回归筛选出3个差异表达基因ACTN3、DTYMK和HTRA2,3个基因的高表达均与HCC患者不良预后相关,基于3个代谢基因的表达构建肝细胞癌患者预后预测模型对各肿瘤样本评分,其中年龄、分期和风险评分均为HCC患者OS的独立预测因素,TCGA内部验证数据集(n=192)验证不同风险评分对患者生存的影响,结果与训练集一致。进一步分析发现高风险评分组患者的IFN反应力更低。结论 基于乳酸代谢相关基因构建的风险评分模型可较好地预测HCC患者预后,乳酸代谢基因的研究有助于深入理解HCC发生发展的分子机制,为HCC患者治疗提供新的潜在靶点。     

生物信息学预测与肝细胞肝癌患者预后相关的免疫相关基因

目的 通过生物信息学分析预测肝细胞肝癌(HCC)患者预后免疫相关基因并建立预后预测模型。方法 通过差异分析鉴定HCC组织中的免疫相关基因,使用单因素、多因素比例风险回归模型(Cox)、套索算法(LASSO)建立风险预后预测模型。使用C指数、受试者工作特征(ROC)曲线、校准曲线和决策曲线评价预后模型的预测效能。此外,将风险评分用于患者分层进而评估不同风险水平患者的预后差异。结果 通过生物信息学分析,发现HCC患者至少存在1403个免疫相关基因,主要集中在免疫反应、适应性免疫反应、免疫球蛋白产生等生物过程以及细胞因子相互作用、趋化因子信号通路和同种异体移植排斥等通路。单因素Cox分析发现,53个免疫相关基因与预后相关,进一步通过LASSO和多因素Cox回归分析筛选出8个预后免疫相关基因,包括长链非编码RNA AC125238.1、细胞色素P450氧化酶1A2(CYP1A2)、纤胶凝蛋白3(FCN3)、肝癌衍生生长因子样蛋白1(HDGFL1)、脂质运载蛋白2(LCN2)、线粒体编码的细胞色素C氧化酶Ⅱ假基因12(MTCO2P12)、肽基精氨酸脱亚氨酶3(PADI3)和G蛋白信号调节因子16...     

基于生物信息学构建宫颈鳞癌预后相关的免疫基因风险模型

目的:寻找宫颈鳞状细胞癌(CSCC)特异性免疫相关基因(IRGs),为患者预后预测及个性化治疗提供依据.方法:基于TCGA和GTEx数据集,分析268例CSCC患者IRGs差异表达及潜在分子机制.采用多因素COX回归筛选预后相关IRGs,根据风险模型将患者分为高、低风险组,并验证模型有效性和生存期(OS).结果:CSC...     

椎间盘退变相关焦亡基因的综合分析

背景：椎间盘退变早期诊断和治疗尤为重要,髓核细胞焦亡在早期椎间盘退变过程中发挥着重要作用,但髓核细胞焦亡相关分子在早期椎间盘退变中发挥的作用及相关分子标志物仍不明确。目的：探讨焦亡相关差异表达基因在椎间盘退变过程中的诊断及治疗价值。方法：整合GEO数据库椎间盘退变的公开数据集进行差异分析,与之前报道的33个焦亡基因取交集;使用基因本体论、京都基因和基因组百科全书对椎间盘退变焦亡相关基因进行通路富集分析,并使用基因集富集分析对椎间盘退变数据集进行富集分析;构建椎间盘退变样本中的免疫细胞谱,并将差异表达的细胞焦亡相关基因与免疫细胞进行相关性分析;构建蛋白质互作网络,筛选Hub基因以鉴定蛋白质相互作用网络中与椎间盘退变相关的关键基因;整合数据集绘制差异表达焦亡基因的受试者工作特征曲线,计算曲线下面积,探索目标基因的临床诊断价值;qRT-PCR验证正常人髓核细胞与椎间盘退变人髓核细胞之间焦亡相关基因的表达差异。结果与结论：(1)获得4 426个与椎间盘退变相关的差异表达基因,交集后获得14个差异表达的焦亡相关基因;(2)基因本体论、京都基因和基因组百科全书分析揭示了重要的富集途径,主要与炎症、...     

基于自噬相关基因的肝细胞癌患者预后预测模型的构建EI北大核心CSCD

自噬是一种程序性细胞降解过程,与包括恶性肿瘤在内的多种生理和病理过程有关。自噬的异常诱导在肝细胞癌的发展中起着关键作用,因此我们基于自噬相关基因进行了肝细胞癌患者预后预测模型的构建。从癌症基因组图谱数据库中检索到204个差异表达的自噬相关基因以及377例已登记的肝细胞癌患者的基本信息和临床特征。采用Cox风险回归分析确定与生存相关的自噬相关基因,并在此基础上构建预后相关预测模型。在肝细胞癌患者中总共鉴定出64个差异表达的自噬相关基因。经单因素和多因素Cox回归分析后确定5个与肝细胞癌患者预后相关的危险因子,包括TMEM74、BIRC5、SQSTM1、CAPN10和HSPB8。将年龄、性别、肿瘤分级和分期以及风险评分作为变量纳入多因素Cox回归分析,结果显示风险评分是肝细胞癌患者的独立预后危险因素(HR=1.475,95%CI=1.280~1.699,P<0.001)。此外,预后风险模型的曲线下面积为0.739,表明该模型在预测肝细胞癌预后方面具有较高准确性。结果表明我们将肝细胞癌患者的分子特征和临床参数相结合所建立的新的预后风险模型,可以有效地预测肝癌患者预后。     

膀胱移行细胞癌免疫相关基因的研究

目的 探讨人膀胱移行细胞癌组织中免疫功能相关基因的表达变化。方法使用人肿瘤基因表达谱芯片检测11例膀胱移行细胞癌组织基因表达谱的变化，以寻找与免疫功能相关的差异表达的基因。结果以正常膀胱黏膜组织为对照，膀胱肿瘤组织中有87个基因表达明显下调，102个基因表达明显上调。其中与免疫功能相关的基因有17个，明显上调基因8个，明显下调基因9个。结论膀胱肿瘤的发生、发展与多种免疫功能相关基因的异常表达有关。     

糖尿病与细胞焦亡

细胞焦亡是不同于坏死与凋亡的另一种细胞死亡形式。对于机体而言细胞焦亡有助于维持内环境稳态,但是过度的细胞焦亡会引发机体疾病状态,糖尿病就是其中之一。糖尿病前期、糖尿病的代谢产物和肠道菌群变化会引起细胞焦亡的发生,而细胞焦亡进一步促使胰岛β细胞数量减少和胰岛素靶器官的胰岛素抵抗形成,加重糖尿病病情的发展和并发症的发生。以细胞焦亡为基础的治疗方法虽然越来越被关注,但有待进一步研究。     

HIV感染与细胞焦亡

目前艾滋病(AIDS)被认为是一种慢性疾病。炎症和免疫活化在疾病进展中起了重要作用。细胞焦亡是HIV感染过程中造成CD4^+T细胞死亡的主要程序性细胞死亡方式,并伴随着IL-1β等促炎因子和细胞内容物的释放,引起机体炎症反应。细胞焦亡联系起了HIV感染过程中的CD4^+T细胞死亡和炎症反应发生这2个最主要的病理事件。因此,抑制细胞焦亡可能对艾滋患者的治疗有重要意义。本文综述了HIV感染过程中细胞焦亡的发生及其引起的病理性事件,为探索艾滋病患者治疗新策略提供线索。     

基于WGCNA构建食管鳞癌免疫相关基因预后模型北大核心CSCD

目的:采用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选食管鳞癌(ESCC)预后相关免疫相关基因(IRG),构建预后模型,为ESCC患者预后预测提供依据。方法:从TCGA数据库下载81例ESCC及11例正常食管组织的全转录组数据及对应样本临床数据,筛选差异表达IRGs。采用WGCNA、单因素Cox回归和多因素Cox回归分析构建ESCC预后模型,绘制受试者工作特征曲线(ROC)及Kaplan-Meier(K-M)曲线评价模型,单因素Cox回归和多因素Cox回归分析评价模型是否可成为独立预测因子。结果:筛选出545个差异表达IRGs,其中383个上调,162个下调。单因素Cox回归分析得到6个预后相关IRGs,多因素Cox回归分析得到4个预后相关IRGs(SLC40A1、IGHA2、STC2、NR2F2)用于构建预后风险模型。K-M曲线显示,高风险组患者总生存期(OS)显著低于低风险组(P<0.01)。多因素Cox回归分析表明,预后风险模型可作为一个独立预后因素(HR=1.133,P<0.01)。结论:本模型具有较高的准确性,可作为ESCC患者预后的独立预测因子。     

肝细胞癌相关基因的研究进展

肝细胞癌（HCC）是死亡率仅次于胃癌、食道癌的第3大常见恶性肿瘤,其发病率呈逐年上升趋势.HCC属于多因素复杂疾病,是病毒因素、环境因素和机体的遗传因素交互作用,经过多个阶段的发展而产生的.尽管近年来HCC的治疗有了很大的进展,但在临床上肿瘤的复发和转移频繁发生,HCC患者的5年生存率依然很低[1].肿瘤相关基因（癌基因或抑癌基因）是在肿瘤中突变或表达异常的一类分子,它们的改变会引起细胞过度增殖、凋亡抑制等生物学效应,从而导致肿瘤的发生.研究特定基因及其表达产物与HCC发病的关系,对于更好的了解HCC发病机制及进行诊疗,有着重要的意义.     

原发性肝细胞癌的免疫标志物

原发性肝细胞癌是威胁人类生命健康的常见恶性肿瘤之一。肝细胞在长期诱癌因素的诱导下发生一系列改变,由肝细胞再生结节、低级别异型增生结节、高级别异型增生结节、早期肝细胞癌到进展期肝细胞癌。患者的预后及生存质量随着这一系列病变的发生、发展逐渐降低。因此,肝细胞癌的早期诊断显得尤为重要。但是由于这些病变的形态多样,具有一定的重叠,仅仅依靠形态学有时很难进行鉴别与诊断。临床工作中,有选择性的联合应用多种免疫标志物,可以有效提高肝细胞癌的检出率。本文将对Glypican-3、HepPar-1、AFP、CD34、Arg-1、CENPF、IMP-2和HSP 60等免疫标志物进行阐述,便于临床工作者选择性的进行组合,寻找个体化的组化Pannel。肝细胞癌术后复发率高是困扰医学界的难题之一。本文介绍了目前热门的相关免疫标志物,如SLeX、SUZ12、HP1BP3、CCR1、DCP。临床检测这些免疫标志物的表达情况,可以预测患者的预后情况,针对性的选择辅助治疗方法,提高患者的无瘤生存时间及生活质量。     

结肠癌免疫相关基因对预后模型构建及预后的相关性分析

目的 结肠癌作为常见的消化道恶性肿瘤,越来越多的证据表明结肠癌预后与免疫系统之间存在相关性.实验目的是建立一个稳健的免疫相关基因对(IRGP)预后模型来评估结肠癌患者的总生存期(OS).方法 从TCGA、GEO 2个数据库下载结肠癌患者的基因表达谱和临床信息,将两组数据分别规定为Training组和Testing组.按...     

细胞焦亡及相关疾病的研究进展

细胞焦亡是由Gasdermin蛋白介导的一种程序性炎性细胞死亡方式,分为依赖caspase-1的经典途径和依赖caspase-4/5/11的非经典途径。炎性小体的激活在此过程中扮演重要角色。细胞焦亡参与肾脏疾病、动脉粥样硬化、神经系统疾病、感染性疾病等的发生发展,并发挥重要作用。通过对细胞焦亡作用机制及相关疾病的研究,为临床疾病的防治提供新思路。     

非小细胞肺癌中免疫相关基因的预后作用

目的 构建非小细胞肺癌免疫基因预后模型,验证其与预后的相关性.方法 通过ssGSEA对TCGA数据库中非小细胞肺癌样本进行免疫细胞浸润相关性的分析,将肿瘤样本分为高免疫组和低免疫细胞浸润组,并经过ESTIMATE算法、免疫基因相关性分析及CIBERSORT算法进一步验证分组效果.使用R软件"limma"包筛选高、低免疫...     

程序性细胞坏死及细胞焦亡信号通路研究进展概述

细胞死亡是生命活动中一个非常重要的事件,真核生物可因物理损伤刺激导致细胞死亡,因特异信号通路介导的程序性细胞死亡近年来得到越来越多的关注。目前程序性细胞死亡主要存在以下3种方式:凋亡(apoptosis)、程序性坏死(necroptosis)、细胞焦亡(pyroptosis)。程序性坏死和细胞焦亡是近年来才发现的新的细胞程序性死亡方式,在细菌或病毒感染宿主细胞过程中起着关键作用。这两种细胞死亡都是细胞裂解型死亡,但其信号通路存在明显差异。本文就这两种程序性细胞死亡的形态学特征、信号转导通路及其在病原体感染过程中的作用等方面的研究进展作一综述。