Illumina高通量测序技术分析早产儿出生后肠道菌群变化的初步研究

目的 初步探讨NICU早产儿出生后肠道菌群变化特征及其与败血症的关系。方法 以复旦大学附属儿科医院NICU住院的早产儿为研究对象,于出生后第1天采集胎粪,之后于每周龄时或评估败血症时采集粪便样本,直至出院或生后8周。采用Illumina高通量测序技术对粪便样本中所有细菌的16S rRNA-V3区进行DNA测序,应用MG-RAST V3.3.6分析和统计样品序列数目、操作分类单元（OTU）数量,分析肠道菌群物种丰度和分布,并进行聚类分析。结果 3例早产儿共采集生后1、7、14和21 d的12份粪便样本,其中5份样本PCR扩增失败,7份样本(例1生后14、21 d;例2生后7、21 d;例3生后7、14、21 d)DNA测序成功进入分析。3例早产儿平均胎龄为（31.3±0.8）周,平均出生体重为（1 540±144） g。3例均生后应用抗生素,其中例1母亲有产前抗生素暴露史;例2在住院过程中发生全身炎症反应综合征。①7份样本稀疏曲线表明测序深度充分。物种多样性分析显示OTU值为381~608,微生物丰度较高,且与日龄呈正相关,其中例2生后7 d样本肠道菌群多样性最低;②7份样本共检测到18个菌门,均以放线菌门、拟杆菌门、厚壁菌门和变形菌门为优势菌门;变形菌门在例1生后14和21 d样本分别占97.52％和49.11％,放线菌门在例2生后7 d样本占99.46％;③共检测到172个科,其中63科为7份样本共有;相对丰度≥1％的科共检测到10个,例2生后7 d样本棒状杆菌科占97.90％,21 d样本中葡萄球菌科占27.16％;④聚类分析显示,同一研究对象不同时点肠道微生物相似性较高。结论 早产儿产前抗生素暴露及出生后早期抗生素暴露可能会显著降低肠道微生物的多样性,影响正常菌群的定植。发展为败血症的早产儿生后肠道微生物多样性较低,以致病菌占优势的肠道微生物区可能与败血症的发生相关。     

晚期早产儿喂养不耐受肠道菌群研究

目的探讨晚期早产儿发生喂养不耐受时肠道菌群的变化。方法选取2018年1月至12月,新生儿重症监护室收治的出生24小时内,母亲无产前感染及胎膜早破,胎龄34～36~(+6)周的早产儿,收集喂养不耐受(不耐受组)30例、无喂养不耐受(对照组)30例,及喂养不耐受患儿缓解后(缓解组)的粪便标本,检测并比较粪便标本菌群的差异。结果不耐受组与缓解组的拟杆菌门和放线菌门的相对丰度均低于对照组,不耐受组变形菌门的相对丰度高于对照组及缓解组,差异有统计学意义(P0.05)。不耐受组肠球菌属和拟杆菌属的相对丰度低于对照组与缓解组;不耐受组链球菌属和葡萄球菌属的相对丰度高于对照组与缓解组;不耐受组与对照组的梭菌属的相对丰度低于缓解组;不耐受组与缓解组的双歧杆菌属相对丰度低于对照组;差异均有统计学意义(P0.05)。不耐受组的Observed_otus 数值、Chao1指数和Shannon指数均低于对照组及缓解组,差异有统计学意义(P0.05)。结论喂养不耐受早产儿的肠道菌群的相对丰度及多样性降低,随着喂养不耐受症状缓解,肠道菌群的相对丰度及多样性亦在逐渐恢复。     

Intestinal and pharyngeal microbiota in early neonates: an analysis based on high-throughput sequencing北大核心CSCD

目的 初步探讨早期新生儿肠道和咽部微生物群的分布特点及相关性。 方法 选取上海市浦东新区妇幼保健院2021年9月—2022年1月出生的混合喂养的足月健康新生儿为研究对象。采用16S rRNA基因测序技术分析新生儿出生当天及出生后5~7 d的粪便和咽拭子样本,分析比较早期新生儿肠道和咽部微生物群的组成及功能差异。 结果 多样性分析表明,早期新生儿咽部微生物群的多样性高于肠道,但差异无统计学意义（P>0.05）。门水平上,出生当天肠道变形菌门相对丰度高于咽部（P<0.05）;出生后5~7 d肠道放线菌门和变形菌门相对丰度高于咽部、厚壁菌门相对丰度低于咽部（P<0.05）。属水平上,出生当天肠道和咽部的优势菌属组成差异无统计学意义（P>0.05）;出生后5~7 d肠道和咽部的链球菌属、葡萄球菌属、罗氏菌属、双歧杆菌属及埃希菌-志贺菌属等共生菌差异有统计学意义（P<0.05）。直系同源序列聚类数据库分析显示,咽部菌群更多地集中在染色质结构和动力学及细胞骨架上,而肠道菌群在RNA加工修饰、能量生成和转换、氨基酸转运代谢、碳水化合物转运代谢、辅酶转运和代谢等方面表现丰富（P<0.05）。京都基因和基因组百科全书分析显示,与咽部菌群相比,肠道菌群对细胞运动、细胞进程和信号转导、内分泌系统、排泄系统、免疫系统、代谢性疾病、神经系统和转录功能参数的预测程度更高（P<0.05）。 结论 新生儿出生时肠道和咽部的微生物群组成及多样性无显著差异,随着出生时间的推移,两个生态位的微生物群组成开始出现分化,并逐渐显现出各自不同的功能。     

Features of intestinal flora in children with food protein-induced proctocolitis based on high-throughput sequencing北大核心CSCD

目的 通过高通量测序分析食物蛋白诱导性直肠结肠炎（food protein-induced proctocolitis，FPIP）患儿肠道菌群特征。 方法 选取2018年10月至2021年2月遵义医科大学第三附属医院门诊就诊的小于6月龄纯母乳喂养发生FPIP患儿31例纳入FPIP组，正常健康婴儿31例纳入健康对照组；采集两组粪便样本提取DNA并通过PCR扩增，采用高通量测序分析粪便样品中的16S rDNA V3~V4片段并进行相关生物信息学分析。 结果 肠道菌群多样性分析示FPIP组菌群多样性Shannon指数低于健康对照组，但差异无统计学意义（P>0.05）；菌群丰富度Chao指数高于健康对照组（P<0.01）。在门水平上，两组菌群组成均主要由厚壁菌门、放线菌门、变形菌门、拟杆菌门4个菌门构成；与健康对照组相比，FPIP组中放线菌门构成比显著降低（P<0.001），变形菌门构成比明显增加（P<0.05）。在属水平上，FPIP组主要由大肠埃希氏菌属、梭状芽孢杆菌属、肠球菌属、克雷伯氏菌属和双歧杆菌属组成；健康对照组主要由双歧杆菌属、链球菌属组成；与健康对照组相比，FPIP组中双歧杆菌属和瘤胃球菌属构成比明显降低（P<0.05），梭状芽孢杆菌属和志贺氏菌属构成比明显增加（P<0.05）。 结论 FPIP组与健康对照组相比，肠道菌群多样性下降，丰富度升高；在菌群组成结构上某些细菌菌属存在差异。提示在FPIP的发生发展过程中，肠道微生物群在属水平上的构成改变可能起到了重要作用。     

妊娠期糖尿病对母乳喂养的12周龄婴儿肠道菌群影响

目的 比较妊娠期糖尿病（GDM）及正常孕妇的持续母乳喂养的12周龄婴儿肠道菌群的分布特点,以探索GDM对12周龄婴儿肠道菌群的影响。方法 选择2016年6月—2019年12月入组的母亲及其随访至12周龄的母乳喂养的婴儿,依据母亲孕期血糖检测结果将母乳喂养婴儿分为GDM组（n=13）和对照组(n=27)。采集婴儿12周龄粪便,采用16S rDNA高通量测序技术对所有粪便样本进行检测,比较两组肠道菌群分布特点。采用Spearman相关分析法分析肠道菌群与孕期血糖、婴儿体重的相关性。结果 共纳入40对研究对象,GDM组13对,对照组27对。两组的优势菌门均为放线菌门、厚壁菌门和变形菌门,GDM组的疣微菌门相对丰度高于对照组,差异有统计学意义（Z=2.233,P <0.05）。在属水平上,GDM组中肠道菌群优势菌属来自放线菌门和厚壁菌门,对照组中肠道菌群的优势菌属来自放线菌门、厚壁菌门和变形菌门。LEfSe差异分析结果显示,GDM组中疣微菌门/目/科、阿克曼氏菌、劳森氏菌、哈利真杆菌的丰度明显升高（LDA>2）,而在对照组中芽孢杆菌目、孪生球菌属、丹毒梭菌属的丰度明显升高（LDA&...     

儿童幽门螺杆菌根除治疗过程中肠道菌群的变化

目的探讨儿童幽门螺杆菌根除治疗对肠道菌群的影响,并寻找影响根除治疗效果的差异菌群。方法确诊幽门螺杆菌感染儿童进行三联标准化方案治疗14天,留取治疗前、治疗7天及14天时的粪便进行16SrDNA测序。根据取样时间分为治疗前组、治疗7天组、治疗14天组,根据治疗效果分为治疗成功组、治疗失败组,根据既往根治病史分为复治成功组、初治成功组,分析不同组别之间的菌群差异。结果幽门螺杆菌感染儿童肠道菌群优势菌门依次为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门、疣微菌门,主要优势菌属有拟杆菌、栖粪杆菌、大肠杆菌/志贺菌、双歧杆菌、Gemmiger、克雷伯菌。与治疗成功组相比,普氏菌属在治疗失败组相对丰度升高,差异有统计学意义(P0.001)。幽门螺杆菌根除治疗前、治疗7天和14天比较,各肠道菌群相对丰度均发生改变,差异有统计学意义(P0.05)。LEfSe分析及组间秩和检验发现,治疗失败组弓形杆菌属、肠道巴恩斯菌属、Coprobacter、粪球菌属、霍尔德曼菌属、假单胞菌属高于治疗成功组,差异有统计学意义(LDA2)。与初治成功组相比,复治成功组不动杆菌属、魏斯菌属、萨特菌属、普罗维登斯菌属显著升高(LDA2),另枝菌属、丹毒丝菌属、梭状芽胞杆菌属、粪杆菌属、Gemmiger显著降低(LDA2)。结论幽门螺杆菌根除治疗影响肠道菌群结构,表现为菌群多样性下降及优势菌群改变。肠道致病性细菌的生长可能影响幽门螺杆菌根除效果,导致根除治疗失败。     

基于高通量测序分析早产认知障碍大鼠肠道菌群结构特征

目的 分析早产认知障碍大鼠肠道菌群结构特征，探讨肠道菌群改变与早产认知障碍的关系。方法 给孕16~17 d Sprague-Dawley大鼠连续2 d腹腔注射脂多糖（LPS）建立认知障碍模型，以腹腔注射PBS为对照。孕21 d行剖宫术，将早产大鼠随机分配给代母鼠喂养。于生后30 d利用Morris水迷宫中的定位航行实验对早产大鼠进行认知评估，并分为早产认知障碍组（n=21）与正常对照组（n=10）。采用苏木精-伊红染色观察两组大鼠海马病理改变，提取各组大鼠粪便进行16S rRNA测序并分析。同时对两组大鼠肠道菌群进行主成分分析（PCA）。结果 与对照组相比，早产认知障碍大鼠海马可见大量神经元变性坏死；肠道菌群丰富度及多样性降低（P < 0.05）；门水平上变形菌门丰度增加（P < 0.05）；目、科、属水平上，普氏菌属、乳杆菌属等丰度显著降低，葡萄球菌科、寡养杆菌属等丰度显著增加（P < 0.05）。PCA显示两组大鼠在肠道菌群构成上差异明显。结论 早产认知障碍大鼠肠道菌群结构发生明显变化，可为早产认知障碍导致的微生态变化的治疗及干预提供依据。     

IL10RA基因突变致极早发型炎症性肠病患儿肠道菌群特征横断面调查

目的：分析IL10RA基因功能缺陷所致的极早发型炎症性肠病（VEO-IBD）患儿的肠道菌群特征。方法：以复旦大学附属儿科医院消化科病房及门诊为横断面调查现场,纳入IL10RA基因功能缺陷患儿（IL10RA组）、未检测到基因功能缺陷的类似症状患儿（症状组）及年龄匹配的健康儿童（健康组）,采用16S rRNA基因测序方法检测3组儿童粪便菌群组成及多样性。使用生物信息学软件对数据去杂,按97%相似性进行OTU聚类后计算多样性指数,并行物种差异判别分析。 结果：①共纳入IL10RA组17例 ,症状组15例及健康组22人,收集54份粪便标本。②健康组、症状组及IL10RA组平均Shannon多样性指数值分别为1.86±0.53、1.43±0.55及1.11±0.87。③健康组厚壁菌门的菌属比例均衡,放线菌门中双歧杆菌属比例97.8%;症状组及IL10RA组中,链球菌属及肠球菌属的平均丰度之和分别占厚壁菌门的61.8%及63.7%。IL10RA组放线菌门中的双歧杆菌属比例低于症状组,罗氏菌属比例高于症状组。④17种菌属在IL10RA组及健康组差异有统计学意义(P＜0.05),以丰度降低为主。结论：IL10RA基因功能缺陷致VEO-IBD患儿存在肠道菌群紊乱,表现为肠道菌群多样性降低且组内变异度大、菌群分类学结构失衡及肠道共生菌相对丰度降低。     

脐静脉置管对极低出生体质量儿早期肠道菌群影响

目的研究脐静脉置管对极低出生体质量儿早期肠道菌群的影响。方法选择2019年6月至2020年6月新生儿监护室收治的41例极低出生体质量儿作为研究对象。根据是否进行脐静脉置管,分为脐静脉置管组24例和非脐静脉置管组17例。收集新生儿生后第1、3、7天的粪便样本,应用高通量测序技术对粪便样本中的细菌16S基因全长进行测序,比较两组间各个时间段肠道菌群多样性及相对丰度。结果入选41例新生儿中,男26例、女15例,胎龄30.0(29.3～30.6)周,出生体质量(1.25±0.10)kg。第1天肠道菌群检出率低。第3天,脐静脉置管组和非脐静脉置管组之间shannon指数差异无统计学意义(P0.05),组间各个菌群相对丰度差异无统计学意义(P0.05)。第7天,与非脐静脉置管组相比,脐静脉置管组shannon指数较低,变形菌门相对丰度较大,厚壁菌门及放线菌门相对丰度较小,克雷伯菌属相对丰度较大,双歧杆菌属及肠球菌属相对丰度较小,差异均有统计学意义(P均0.05)。结论脐静脉置管可改变极低出生体质量儿早期肠道菌群的构成,降低肠道菌群多样性。     

母乳喂养新生儿早期重度高胆红素血症肠道菌群特征研究

目的探讨母乳喂养新生儿早期重度高胆红素血症的肠道菌群特征。方法以2018年1月至6月因早发型母乳性高胆红素血症入院的母乳喂养新生儿为研究对象,并以母乳喂养健康新生儿为对照组。收集粪便样本,采用16S rDNA测序方法分析比较肠道菌群。结果 6例高胆红素血症及6例健康新生儿的肠道菌群,在多样性水平上的差异无统计学意义(P0.05);在属水平上,高胆红素血症组的大肠杆菌属丰度较对照组高,差异有统计学意义(P0.05),LEfSe分析显示葡萄球菌科、葡萄球菌属、克雷伯菌属、芽孢杆菌目丰度在对照组较高。结论早期重度高胆红素血症母乳喂养新生儿与母乳喂养健康新生儿的肠道菌群在属水平上有一定差异,但在多样性上未见明显差异。     

头孢曲松对乳鼠肠道上皮组织及肠道菌群的影响

目的 探究头孢曲松对生命早期小鼠肠道上皮组织及肠道菌群的影响,以及对成年期小鼠肠上皮组织恢复及菌群再建的影响。方法 36只BALB/C新生小鼠随机分为对照组和实验组（n=18）。实验组小鼠在出生后21 d内,每日用头孢曲松（100 mg/kg）灌胃,对照组用等量生理盐水灌胃。采用免疫组化法检测小鼠肠道各部位上皮细胞相关蛋白（Ki67、Muc2、ZO-1）表达;qPCR和二代测序法分析小鼠粪便细菌总浓度及粪便细菌组成。结果 头孢曲松干预21 d时,与对照组比较,实验组小鼠体重、肠上皮细胞相关蛋白Ki67、ZO-1表达降低,Muc2表达升高（P < 0.05）;总细菌浓度下降但丰富度及多样性增高（P < 0.05）;粪便细菌以厚壁菌门为主,含较多葡萄球菌和肠球菌。生后56 d时,实验组小鼠肠道上皮组织有所恢复,但体重、菌群群落结构等仍和对照组比较差异有统计学意义（P < 0.05）。结论 早期头孢曲松干预能显著损伤机体早期肠道上皮组织的发育和肠道菌群的构建,肠道菌群在生命早期的损伤会部分地延续到成年期,有可能继续影响机体在成年期各种生长发育及生理代谢。     

高胆红素血症新生儿肠道菌群特点及与β-葡萄糖醛酸苷酶活性的相关性

目的 探讨高胆红素血症新生儿肠道菌群特点及与β-葡萄糖醛酸苷酶（β-glucuronidase,β-GD）活性的关系。方法 选取2018年1~12月入院治疗的高胆红素血症新生儿50例为高胆红素血症组,选取非高胆红素血症新生儿30例为对照组。通过16S rRNA高通量测序方法分析两组新生儿肠道菌群的差异。通过酚酞-葡萄糖醛酸底物法测定高胆红素血症新生儿治疗前后肠道内的β-GD活性。结果 对治疗前高胆红素血症组和对照组肠道菌群分布属水平进行比较,发现两组间有52种细菌的丰度差异有统计学意义（P < 0.05）。对治疗后第3天高胆红素血症组和对照组入组3 d后肠道菌群分布属水平进行比较,发现两组间有42种细菌的丰度差异有统计学意义（P < 0.05）。高胆红素血症组新生儿治疗后,埃希氏菌属和葡萄球菌属在肠道内的含量明显低于治疗前（P < 0.05）,粪便中β-GD活性较治疗前明显降低（P < 0.05）。高胆红素血症新生儿治疗前后粪便β-GD活性与葡萄球菌属和埃希氏菌属丰度均呈正相关（r_s=0.5948~0.7245,均P < 0.01）。结论 高胆红素血症新生儿和非高胆红素血症新生儿肠道菌群存在差异。高胆红素血症新生儿粪便中β-GD活性与差异菌葡萄球菌属和埃希氏菌属丰度呈正相关。肠道菌群可能通过调节β-GD活性影响新生儿高胆红素血症的发生,通过对新生儿肠道菌群和β-GD活性进行测定和分析,可能对早期评估新生儿高胆红素血症的发生有一定的临床意义。     

出生早期新生儿肠道双歧杆菌动态检测

目的 了解出生1周新生儿肠道双歧杆菌的动态变化.方法 采用16srRNA/DNA荧光定量PCR技术,分别对40例足月儿和40例早产儿生后第1(>12 h)、4、7天粪便标本中的双歧杆菌进行定量分析.结果 生后第1、4、7天足月儿粪便标本中双歧杆菌数量(拷贝数/g湿便)的对数值分别为6.52±0.52、8.30±0.48、8.89±0.48,差异有统计学意义(F=210.87,P<0.01);早产儿分别为6.28±0.44、6.97±0.48、7.34±0.49,差异有统计学意义(F=29.31,P<0.01);相同日龄两组间比较,第4、7天差异有统计学意义(t=11.56、13.98,P均<0.01).结论 新生儿肠道双歧杆菌的建立呈动态变化,早产儿落后于足月儿.     

婴儿肠道菌群与分娩方式、喂养方式及胆汁淤积性肝病的关系

目的分析分娩方式和喂养方式对健康婴儿肠道菌群的影响,探讨肠道相关分子微生态在胆汁淤积性肝病中的作用及意义。方法收集37例健康婴儿(其中阴道分娩21例,剖宫产16例;母乳喂养15例,人工喂养22例)及84例胆汁淤积性肝病婴儿粪便,提取粪便中细菌DNA并测量A260值;应用实时荧光定量PCR反应测定粪便中双歧杆菌、乳酸杆菌及大肠杆菌3种代表菌的数量。结果阴道分娩婴儿与剖宫产婴儿比较,母乳喂养婴儿与人工喂养婴儿比较,粪便标本中细菌DNA A260值和3种代表菌数量差异均无统计学意义(Pa>0.05)。健康对照组与胆汁淤积性肝病组粪便标本中细菌的DNA A260值分别为(1.94±0.47)g.L-1和(0.40±0.09)g.L-1,2组比较差异有统计学意义(t=8.91,P=0.00);健康对照组与胆汁淤积性肝病组3种细菌数(lg拷贝数/g湿便)的对数值比较差异均有统计学意义(双歧杆菌9.49±0.59 vs 7.68±0.57;t=15.96,P=0.00;乳酸杆菌8.58±0.32 vs 8.16±0.70;t=3.46,P=0.00;大肠杆菌6.87±0.67 vs 7.26±0.86;t=-2.41,P=0.02)。结论不同的分娩方式、喂养方式对婴儿期肠道菌群无影响;胆汁淤积性肝病婴儿肠道菌群与健康婴儿不同,粪便中细菌总量减少,双歧杆菌及乳酸杆菌数量明显减少,大肠杆菌的数量则明显增多,提示肠道菌群失调与婴儿胆汁淤积性肝病的发生、发展有一定关系。     

广谱抗生素疗程对极低出生体重儿粪便肠道菌群和短链脂肪酸影响的前瞻性研究

目的 探讨广谱抗生素疗程对极低出生体重儿粪便肠道菌群和短链脂肪酸的影响。 方法 前瞻性选取2020年6~12月重庆医科大学附属儿童医院新生儿诊治中心收治的29例极低出生体重儿为研究对象,根据抗生素疗程分为≤7 d组（n=9）和>7 d组（n=20）。采集患儿住院第14天和第28天的粪便标本,运用16S rDNA高通量测序法和气相色谱-质谱法分别分析粪便样本的菌群和短链脂肪酸。 结果 ≤7 d组和>7 d组早产儿第4周和第2周相比,肠道菌群的Chao指数均显著下降（P<0.05）。≤7 d组第4周菌群与第2周相比,厚壁菌门和狭窄梭菌属1的比例均显著升高,而变形菌门显著降低（P<0.05）。第4周时,>7 d组厚壁菌门和狭窄梭菌属1的比例较≤7 d组显著降低而变形菌门显著升高（P<0.05）;>7 d组异丁酸和戊酸含量较≤7 d组显著下降（P<0.05）。 结论 广谱抗生素疗程可影响极低出生体重儿肠道菌群的丰富度、定植和演化,以及其代谢产物短链脂肪酸的含量。临床上应该严格把握广谱抗生素适应证及疗程。     

基于QIIME 2平台对先天性巨结肠患儿与正常儿童肠道菌群的比较分析

目的比较先天性巨结肠患儿与正常儿童肠道菌群差异, 阐明先天性巨结肠对肠道菌群组成的影响。方法收集2019年4月至2020年12月来河北省儿童医院就诊的先天性巨结肠患儿与体检的正常儿童粪便样本。10例先天性巨结肠患儿纳入先天性巨结肠患儿组(HDB_Nor组), 其中男7例, 女3例;年龄为(1.22±0.65)岁;14例正常儿童纳入对照组, 即正常儿童组(Normal组), 其中男8例, 女6例;年龄为(1.67±0.84)岁。利用细菌16S rRNA基因序列测序, 通过QIIME 2平台对测序数据进行统计分析并绘图, 对比分析两组肠道菌群组成、多样性、菌群差异、菌群物种间相关性以及菌群与疾病之间联系。结果在肠道菌群组成、Beta多样性方面先天性巨结肠患儿与正常儿童肠道菌群差异有统计学意义;LEfSe差异分析结果显示假小链双歧杆菌、两歧双歧杆菌、瘤胃菌属等在先天性巨结肠患儿组中物种显著增加;放线菌属、粘滑罗斯菌属及弗氏柠檬酸杆菌等三个细菌种属在先天性巨结肠患儿组中显著减少。通过肠道菌群与先天性巨结肠相关性分析发现AKK菌属、大肠埃希-志贺氏菌属、肠球菌属和伯克霍尔德菌...     

神经发育损害早产儿肠道菌群变化的前瞻性队列研究

目的 探讨神经发育损害(neurodevelopmental impairment,NDI)与非NDI早产儿的肠道菌群差异。方法 该研究为前瞻性队列研究,以2019年9月1日—2021年9月30日广西壮族自治区妇幼保健院新生儿重症监护室收治的早产儿为研究对象,根据纠正胎龄1.5～2岁时格塞尔发育量表评估的结果分为正常组(n=115)和NDI组(n=100),分别收集早产儿出院前1d、添加辅食前1d和纠正胎龄1岁时的粪便样本,用高通量测序技术分析比较各组肠道菌群组成的差异。结果 NDI组早产儿肠道菌群Shannon多样性指数在纠正胎龄1岁时高于正常组(P<0.05)。主坐标分析显示两组早产儿菌群组成结构在添加辅食前1 d和纠正胎龄1岁时差异有统计学意义(P<0.05)。NDI组肠道内双歧杆菌属丰度在3个时间点均高于正常组,肠球菌属丰度在添加辅食前1 d和纠正胎龄1岁时高于正常组,嗜黏蛋白阿克曼菌属丰度在添加辅食前1d低于正常组(均P<0.05)。结论 NDI与非NDI早产儿的肠道菌群组成存在显著差异。该研究丰富了早产儿NDI的肠菌群特征数据,可为早产儿NDI的微生态治疗...     

注意缺陷多动障碍患儿的肠道菌群特征

目的探索注意缺陷多动障碍(ADHD)患儿肠道菌群分布特征,以及肠道菌群在其发病过程中的可能作用及其机制。方法采用病例对照研究方法,2019年1月至2019年6月选取6～12岁ADHD患儿17例,并征集同年龄健康儿童17例为对照,进行粪便菌群的宏基因组测序及分析,比较组间菌群α多样性及物种分类(属、种)的相对丰度等差异。结果 ADHD患儿与对照组肠道菌群的α多样性差异无统计学意义(P0.05)。在菌属水平上,ADHD患儿的粪肠杆菌属Facelibacterium及韦荣球菌属Veillonellaceae丰度降低,气味杆菌属 Odoribacter丰度增高,差异均有统计学意义(P0.05)。肠球菌属Enterococcus增高,差异有统计学意义(LDA2)。在菌种水平上,ADHD患儿普氏栖粪杆菌Faecalibacterium prausnitzii、毛螺科菌Lachnospiraceae bacterium以及活泼瘤胃球菌Ruminococcus gnavus丰度降低,而粪拟杆菌Bacteroides caccae、内脏拟杆菌Odoribacter splanchnicus、木假单胞菌Paraprevotella xylaniphila以及小韦荣球菌Veillonella parvula丰度增高,差异有统计学意义(P0.05)。结论 ADHD患儿的肠道菌群构成存在异常。     

动态监测婴儿肠道16SrDNA宏基因组5例报告

目的 探讨婴儿肠道16S rDNA 宏基因组的动态变化.方法 收集5 例健康婴儿生后3 d、1 个月、6 个月、1 岁时粪便样本共17 份,提取细菌总DNA,采用新一代高通量测序技术对16S rDNA 的V6 高变区测序并进行物种分类、丰度及多样性分析.结果 17 份样品共产生原始测序数据为2 190.66 Mbp,Operational Taxonomic Units(OTU)数量36~308;优势菌门包括变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门和放线菌门;不同婴儿间肠道菌群分布有差异;科水平>1% 的物种生后3 d 时2~4 种,1 个月、6 个月时增至最多7 种,1 岁时达10 种;4 个时间点的npShannon 和Simpson 指数均值分别为1.117、1.460、2.088、2.50 和0.443、0.408、0.229、0.143.结论 婴儿粪便中含丰富细菌基因组;细菌物种丰度及分类存在个体差异;细菌多样性随日龄而增加,婴儿肠道菌群结构出生后逐渐趋向复杂和多样.     

PCR-变性梯度凝胶电泳法初探婴儿期肠道菌群菌种演替

目的通过研究婴儿粪便菌种组成,探索婴儿期肠道菌群定植规律。方法收集15例健康婴儿出生后第0、2、4、7、10、14、28天,以及3、6、12月时的新鲜粪便,采用PCR-变性梯度凝胶电泳(DGGE)检测肠道菌群结构,对其优势菌种进行测序,分析婴儿期肠道菌群菌种演替过程。结果 DGGE指纹图谱可见,婴儿期的肠道菌群结构随出生后时间变化显著;克隆测序结果显示,变形菌门的细菌定植最早,以专性需氧菌肠杆菌、假单胞菌为主,其次是厚壁菌门的专性厌氧菌(梭状芽孢杆菌、小韦荣球菌)和兼性厌氧菌(多枝梭菌)定植,随后疣微菌门定植,放线菌门定植最晚,以双歧杆菌为主,并逐渐成为优势菌群。结论婴儿期肠道中专性需氧菌首先定植,随后是专性厌氧菌和兼性厌氧菌。变形菌门细菌定植最早,厚壁菌门细菌次之,随后是疣微菌门细菌,以双歧杆菌为主的放线菌门细菌定植最晚。