筛选三阴型乳腺癌差异表达 microRNA 的临床转化研究

目的：应用 microRNAs（miRNAs）芯片技术筛选成球培养法及贴壁培养法培养细胞系 MDA-MB-231差异表达的 miRNA,发现三阴型乳腺癌（TNBC）相关的 miRNA。方法用干细胞培养基成球培养法筛选 TNBC 干细胞,应用 miRNAs 芯片技术筛选成球培养法及贴壁培养法培养细胞系 MDA-MB-231差异表达的 miRNA,同时选取5例新鲜 TNBC 癌组织及其癌旁组织运用荧光定量 RT-PCR 对差异表达的 miRNAs 进行验证。运用靶基因预测软件预测差异表达 miRNAs 可能的调控靶基因。结果通过 miRNAs 芯片的检测及 SAM 软件分析,选取细胞培养数据中筛选得到 TNBC 干细胞较 TNBC 细胞表达上调的5个 miRNA（ hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-1231、hsa-miR-489-3p）,下调的4个 miRNA（ hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-18a-3p、U25）。荧光定量 RT-PCR 结果是 hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-18a-3p、U25表达上调,hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p、hsa-miR-489-3p、hsa-miR-1231表达下调。芯片检测结果及荧光定量 RT-PCR 结果一致的 miRNA 为 hsa-miR-297、hsa-miR-8063、hsa-miR-6768-5p、hsa-miR-30c-5p、hsa-miR-25-3p,并对其进行生物信息学分析;分析出 MicroRNA-297所对应靶基因为 SLC7A6、SLC7A5、SLC25A44、7A5、AAK1、SMYD1、NDE1、PDE3B、STC1、SUSD1。结论 MicroRNA-297及其靶基因SLC7A5可能在乳腺癌发生发展及干性形成过程中发挥重要作用。     

脑神经胶质瘤替莫唑胺耐药 circRNA-miRNA-mRNA调控网络的构建

目的 筛选脑神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞株U87/TR与亲本细胞株U87的环状RNA(circRNA)差异表达谱以及构建关键环状RNA(circRNA)-微小RNA(miRNA)-信使RNA(mRNA)调控网络.方法 2020年1—6月,应用circRNAs芯片检测神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞circRNAs差异表达谱,并进行RT-PCR验证.用miRanda数据库预测circRNA-miRNA靶向结合关系,通过miRanda v5、TargetScan、miBase数据库预测靶基因,Cytoscape软件构建circRNA-miRNA-mRNA调控网络.结果 circRNA芯片结果显示,与U87细胞比较,U87/TR细胞有313个差异有统计学意义表达的circRNAs(P<0.05),其中145个显著上调,168个明显下调;RT-qPCR验证结果与芯片结果相符.miRNA靶位点预测结果显示,关键上调人环状RNAhsa_circRNA_009054,hsa_circRNA_104338(n=3,t=12.09、9.52,P=0.007、0.011)以及下调hsa_circRNA_016459,hsa_circRNA_101975(n=3,t=13.86、7.75,P=0.005、0.016)可与hsa-miR-33a-5p,hsa-miR-15b-3p以及hsa-miR-193b-5p,hsa-miR-23a-5p等多个miRNAs靶向结合,关键circRNA-miRNA-mRNA调控网络包括4个关键circRNAs,20个关键miRNAs,以及278个关键mRNAs.结论 cir?cRNA在脑神经胶质瘤替莫唑胺耐药细胞中异常表达,hsa_circRNA_009054,hsa_circRNA_104338以及hsa_circRNA_016459,hsa_circRNA_101975等关键circRNA可能通过circRNA-miRNA-mRNA调控网络参与脑神经胶质瘤替莫唑胺的耐药过程.     

缺氧预处理诱导大鼠心肌细胞差异表达microRNA的芯片筛选与生物信息学分析

目的筛选缺氧预处理(hypoxia preconditioning,HPC)诱导成年大鼠心肌细胞差异表达的microRNA(miRNA),并预测分析miRNA调控的靶基因与功能。方法体外分离培养成年大鼠心室肌细胞,分为对照组(CON)和缺氧预处理组(HPC),CON组细胞正常培养,HPC组细胞经历10 min缺氧和30 min再给氧,提取心肌细胞总RNA,行miRNA芯片筛选,qRT-PCR验证芯片结果。利用软件预测差异表达miRNA调控的靶基因,分析靶基因富集的基因功能(gene ontology,GO)和信号通路(pathway)。结果与CON组相比,HPC可诱导大鼠心肌细胞miRNA表达谱发生明显改变,共有12个miRNA上调,14个miRNA下调(P<0.01,FDR<0.05);选择其中荧光信号值>500的7个miRNA,用于生物信息学分析。qRT-PCR检测miR-133b-5p、miR-664-1-5p、miR-6216水平,变化趋势与芯片结果一致。生物信息学分析显示差异表达miRNA所调控的靶基因功能明显富集于27个GO和6条信号通路。结论 HPC可诱导成年大鼠心肌细胞miRNA表达谱明显改变,这些差异表达miRNA可能通过调控靶基因参与HPC介导的心肌细胞保护作用。     

阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs靶基因信号通路调控分析

目的:探索口腔扁平苔藓(Oral Lichen Panus,OLP)的中医证候研究方法,探寻阴虚火旺型OLP的miRNAs表达特征,分析实验获得的阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs的靶基因信号通路。方法:选取3例阴虚火旺型口腔扁平苔藓患者及3例正常人血液,分离提取miRNA,荧光标记后与miRNA基因芯片杂交,SAM软件筛选阴虚火旺型OLP患者和正常人有表达差异的miRNA,运用Targetscan软件及Kegg和Biocarta数据库分析阴虚火旺型OLP差异表达miRNAs靶基因信号通路。结果:获得5个口腔扁平苔藓特异表达miRNA,3个下调,2个上调,其中hsa-miR-18a miRNA相关的有统计学意义的信号通路共12条(P<0.01);hsa-miR-99bmiRNA基因相关的有统计学意义的信号通路有2条(P<0.05)。结论:基因芯片技术可用于口腔扁平苔藓中医证候研究,hsa-miR-18a上调和hsa-miR-99b下调可能是阴虚火旺型口腔扁平苔藓的标志性mi RNA,并且hsa-miR-18a可能通过12条信号通路调控OLP的发生发展,以及hsa-miR-99b可能通过2条信号通路调控OLP的发生发展。     

基于生物信息学分析关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及意义

目的 应用生物信息学方法探究关键miRNAs在肺鳞癌发生发展中的功能及临床意义。方法 利用GEO2R在线工具分析GSE17681数据集中肺癌样本和对照样本的差异表达miRNA。利用miRTarBase数据库预测排在前3位的上调和下调miRNA的靶基因。利用DAVID数据库对靶基因进行GO和KEGG富集分析。通过STRING数据库构建靶基因间的蛋白互作网络及miRNA-基因互作网络，然后利用Cytoscape软件的cytoHubba插件分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因。利用UALCAN数据库分析关键miRNA及其调控的Hub靶基因在肺鳞癌中的表达。最后利用Kaplan-Meier Plotter工具分析关键miRNA对肺鳞癌生存状况的影响。结果 共筛选出116个差异表达的miRNA,包括93个上调miRNA,23个下调miRNA。预测了前3位上调和下调miRNA的1282个靶基因，参与了肺鳞癌的相关通路，如癌症途径、MAPK信号通路等。通过miRNA-基因互作网络筛选到上调和下调的关键miRNA为hsa-miR-19a和hsa-miR-126,其调控的Hub靶基因分别为TNF、P...     

CSC诱导BEAS-2B细胞恶性转化中miRNA表达谱变化

目的通过烟草烟雾凝集物(cigarette smoke condensate, CSC)慢性染毒永生化人支气管上皮细胞BEAS-2B体外构建恶性转化细胞模型,miRNA芯片技术筛选模型中差异表达的miRNAs,发现与恶性转化相关的miRNAs,为进一步研究CSC诱导恶性转化的作用机制提供实验基础。方法 CCK-8检测细胞存活率,确定CSC染毒终浓度。划痕实验、克隆形成实验、MTT实验及凋亡检测评估细胞恶性转化情况。MiRNAs芯片检测BEAS-2B和CSC30组细胞,明确差异表达谱。表达下调的hsa-miR-2115-3p和hsa-miR-4521进行RT-PCR验证。结果 CSC诱导的恶性转化细胞迁移能力、克隆形成能力和增殖活力明显增强,凋亡率明显下降。相对于BEAS-2B组,CSC30组细胞中有78种miRANs差异表达,其中52种表达上调,26种表达下调。RT-PCR验证hsa-miR-2115-3p和hsa-miR-4521表达下调与芯片结果一致。结论 CSC可诱导BEAS-2B细胞发生恶性转化,采用miRNA芯片技术筛选到miRNA差异表达谱,其可能与CSC诱导恶行转化的发生发展有关。     

脂肪干细胞分化成血管内皮细胞前后miRNA的差异表达

目的：探讨人脂肪间充质干细胞向血管内皮细胞诱导分化前后microRNA （miRNA ）的差异表达,预测其靶基因。方法对人脂肪间充质干细胞诱导成的血管内皮细胞进行鉴定后,提取人脂肪间充质干细胞向血管内皮细胞诱导分化前后的 miRNA ,微阵列芯片检测表达谱的变化,对有显著差异的miRNA进行实时荧光定量PCR验证,通过TargetScan、Miranda、PITA 、RNAhybrid和microTar五个数据库预测靶基因。结果筛选、验证出四个显著差异表达的miRNA。其中,miR‐29b‐3p和miR‐5096为显著上调,miR‐143‐3p和 miR‐145‐5p为显著下调。预测到 OCT4、SOX2、KLF4、TGFB2、IGF1、TAF11、TMEM169、UHRF1和OSBPL6等相关靶基因。结论人脂肪间充质干细胞向血管内皮细胞诱导分化前后存在显著差异性表达的miRNA ,提示这些miRNA在其分化中有重要的调控作用。     

MicroRNA在山楂酸诱导A549细胞凋亡中的作用研究

目的探讨MicroRNA在山楂酸诱导肺癌细胞A549凋亡过程中发挥的生物学作用。方法将人的肺癌细胞系A549经过山楂酸干预,并提取处理后A549细胞的总RNA,通过AFFX miRNA表达谱芯片,检测山楂酸作用前后A549细胞中miRNA表达差异情况。通过生物信息学,分析预测miRNA作用的靶蛋白。结果山楂酸作用前后肺癌细胞A549中59个miRNA表达差异显著,其中23个miRNA的表达上调,36个miRNA的表达下调。生物信息学分析预测,由miRNA调控的细胞增殖相关靶蛋白400余个,细胞凋亡相关靶蛋白300余个,其中XIAP是miR-630下游调控的靶蛋白。结论山楂酸可能通过调控miRNA的表达发挥对A549细胞的抑制作用。     

应用基因微矩阵芯片筛选胰腺癌的相关基因

目的 应用基因微矩阵芯片筛选胰腺癌的相关基因.方法 按一步法提取胰腺正常组织及胰腺癌组织总RNA,以包含4096个DNA的基因微矩阵芯片对正常胰腺组织及胰腺癌基因表达谱进行分析.结果 胰腺癌与正常胰腺组织中表达差别有显著意义的基因共有949条,其中胰腺癌下调基因468条,上调基因381条,按其功能分类共有15类.结论 基因微矩阵芯片可有效筛选出胰腺癌的相关基因;胰腺癌的发生发展由多个类型的基因参与调控,而非单一因素所致.     

基于转录组的华法林作用后肝细胞miRNA表达谱的分析

目的 探究miRNA与华法林药物反应性的关系。方法 用Illumina测序平台对华法林干预不同时间后的LO2肝细胞系进行全转录组测序,通过数据清理、质控、比对,与新miRNA预测,筛选组间差异基因,预测miRNA靶基因,从而发现新的华法林变异基因及其信号通路。结果 运用生物信息学分析方法预测到359个新miRNA,3组组间差异miRNA共220个,其中168个差异miRNA为上调趋势,52个差异miRNA为下调趋势。差异miRNA通过韦恩图取交集,在3组对比分析中均存在差异的miRNA共有7个,分别是19＿42692、5＿15895、4＿13863、2＿6317、2＿3682、X＿46770和hsa-miR-3656。用实时荧光定量聚合酶链反应验证的表达趋势与测序结果均为上调表达,说明测序结果准确性较高,可以用于后续的功能分析。结论 本研究基于全转录组测序方法经过鉴定及筛选出的miRNAs可能在华法林耐药机制中发挥显著作用,这些可能为华法林剂量的研究提供了新的见解和策略。