MassARRAY Assay高通量技术检测胃癌LTA单核苷酸多态性及其临床应用

目的探讨LTA基因单核苷酸多态性与胃癌易感性的相关性。方法选择60例胃癌患者和60例健康人群为研究对象。采用Mass ARRAY Assay高通量技术检测淋巴毒素-α(LTA)基因单核苷酸(SNP)位点rs909253基因多态性,分析其出现频率及与胃癌易感性的相关性。结果胃癌组与正常组在AA基因频率(20.00%vs.21.67%)差异无统计学意义;G等位基因、GA、GG+GA基因型或变异基因型与胃癌易感风险相关[OR(95%CI):1.48(1.15~1.99)、1.36(1.05~1.68、1.32(1.22~1.65)]。结论 LTA基因rs909253位点单核苷酸多态性与胃癌易感性相关,G等位基因、GG、GA、GG+GA基因型或变异基因型可能是胃癌发病的危险因素。     

Caspase-7(rs7907519,rs3127075)和IL1A(rs1800587)基因多态性与类风湿关节炎遗传易感性研究

目的研究中国汉族人群中Caspase-7 rs7907519 C/A,rs3127075 G/C以及IL1A rs1800587 G/A 3个基因位点多态性与类风湿关节炎(RA)发病危险因素的关系。方法采用以医院为基础的病例-对照研究,自定义48-SNP体系,SNPscanTM高通量SNP分型技术,分析615例RA患者与839例对照组Caspase-7 rs7907519 C/A,rs3127075 G/C以及IL1A rs1800587 G/A基因多态性,计算各基因型RA的发生风险及其95%可信区间。结果依据Logistic回归分析以及亚组分析的结果,发现RA患者和对照组中Caspase-7 rs7907519,rs312707和IL1A rs1800587 3个基因多态性位点频率间均无显著性差异。结论 Caspase-7 rs7907519 C/A,rs3127075 G/C和IL1A rs1800587 G/A基因多态性可能不是RA发病的危险因素。     

NINJ2基因5'上游单核苷酸多态性与脑梗死的相关性

目的分析粤西地区汉族人群NINJ2基因5'上游rs11833579G/A、rs4980959C/A单核苷酸多态性(SNPs)与脑梗死及亚型的关联性。方法采用联合聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)和直接测序方法,对278例脑梗死患者(病例组)和120例正常人(对照组)进行rs11833579G/A和rs4980959C/A多态位点基因型检测并进行关联分析。结果病例组rs11833579G/A与rs4980959C/A基因型频率和等位基因频率与对照组相比无显著性差异(P0.05)。小动脉闭塞型卒中rs4980959C/A位点AA基因型频率高于对照组(18.3%vs 9.2%,P=0.041),A等位基因频率高于对照组(35.4%vs 46.1%,P=0.019)。多元Logistic回归分析结果显示,rs4980959C/A位点含AA基因型发生小动脉闭塞型脑梗死的可能性高于G等位基因携带者(OR=4.012,95%CI:1.209~14.939,P=0.027)。结论 NINJ2基因5'上游非编码区SNPrs11833579G/A多态性与缺血性脑卒中无关;SNPrs4980959C/A的A等位基因是小动脉闭塞型脑梗死的危险因素;AA基因型是小动脉闭塞型的易感基因型。     

LTA基因单核苷酸多态位点与胃癌易感性的研究

目的通过对江西地区汉族胃癌患者和正常人群中淋巴毒素-α（LTA）基因单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism,SNP）位点rs909253基因型的检测,探讨rs909253位点与胃癌患者易感性的关系。方法利用Sequenom-MassArray-IPLEX检测194例胃癌和250例对照LTA基因多态位点rs909253的基因分型,并利用非条件logistic回归对检测结果进行相关统计。结果 LTA rs909253多态位点GG、GA、AA三种基因型在胃癌的频率分别为26.4%、52.0%和21.6%,与对照组（35.6%、46.4%和18.0%）相比,统计学上无显著意义（χ2=4.403,P=0.111）;但胃癌组和正常组的等位基因频率分布差异临近显著,P值达0.059;对年龄和性别进行校正后,携带等位基因G的胃癌发病风险有所增加（OR=1.315,95%CI：1.001~1.728）。结论江西汉族人群胃癌的遗传易感性可能与LTA基因rs909253位点的单核苷酸多态性有关,G等位基因为其发病的危险因素。     

淋巴毒素α基因rs2239704 A>C位点多态性与川崎病的关联性研究

目的探讨淋巴毒素α(LTA)基因rs2239704 A>C位点多态性与儿童川崎病(KD)及其并发冠状动脉损伤(CAL)的关联性。方法收集2000至2015年间100例川崎病病例与92例健康儿童血样本,提取外周血基因组DNA,应用基因测序方法检测LTA基因rs2239704 A>C位点多态性;采用χ~2检验比较各组间的差异。结果 KD组LTA基因rs2239704 A>C位点的AC、AA、CC基因型分布和A、C等位基因频率与健康对照组比较差异无统计学意义(χ~2=3.3、0.81,均P>0.05),川崎病组合并CAL组与无CAL组LTA基因rs2239704 A>C位点的基因型和等位基因频率比较差异亦无统计学意义(χ~2=0.71、0.04,均P>0.05)。结论未发现LTA基因rs2239704 A>C位点多态性与川崎病的发病及其CAL存在明显关联性。     

散发性乳癌WIF-1基因启动子区多态性研究

目的探讨WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T位点单核苷酸多态性与散发性乳癌发生的关系。方法采用等位基因特异性扩增（ASA）法对200例乳癌病人和200例正常对照者的WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T位点单核苷酸多态性进行分析,PCR产物进行测序。结果乳癌病人WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T位点基因型频率与正常对照者比较差异具有显著性（χ2=117.475、38.798,P〈0.001）;乳癌病人rs58172684 G等位基因频率显著高于正常对照者（χ2=11.620,P〈0.001）。rs58172684 A/G位点AA、AG、GG等3种基因型和rs2336433 C/T位点CC、CT、TT等3种基因型与年龄、病理分级、组织分型及淋巴结转移无关（P〉0.05）。结论乳癌病人WIF-1基因启动子区rs58172684 A/G与rs2336433 C/T单核苷酸多态性可能与散发性乳癌的发生相关,G等位基因可能为其发生的遗传危险因素。     

白介素33基因多态性与脓毒症的关联研究

目的 探讨中国汉族人群中白介素33(IL-33,interleukin-33)基因单核苷酸多态性(SNP,single nucleotide polymorphism)与脓毒症发生风险及疾病严重程度的相关性.方法 采用病例-对照研究设计,通过白介素33基因的连锁不平衡结构选择标签SNP(tagging SNP,tagSNP),应用Sequenom MassARRAY SNP检测技术完成对IL-33基因的标签SNP分型.采用非条件Logistic回归分析,并对性别、年龄、吸烟、饮酒、APACHEⅡ评分和慢性病状态等混杂因素进行校正后,评估IL-33单核苷酸多态性与脓毒症易感性的关系,以及脓毒症继发的严重脓毒症、脓毒症休克、死亡等表型的相关性.结果 在所选的7个IL-33标签SNP (rs10118795 C/T,rs16924159 G/A,rs1891385 A/C,rs2210463 A/G,rs72614079 A/G,rs76864631 G/A,rs7849201 C/T)中,rs76864631不符合HaZy-Weinberg平衡定律,其余6个多态位点及单体型与脓毒症的发生风险和疾病的严重程度均无明显相关性(P＞0.0 125).结论 IL-33基因多态性可能与中国汉族人群脓毒症的发生、发展和病程转归无关.     

骨保护素基因rs2073617T/C、rs2073618G/C多态性在东南沿海地区汉族人群中分布及与急性冠状动脉综合征相关性研究

目的 探讨骨保护素(OPG)基因启动子rs2073617T/C和第一外显子rs2073618G/C位点基因多态性在福建地区汉族人群中的分布及与急性冠状动脉综合征(ACS)的相关性.方法 纳入720例福建地区无血缘关系的汉族人为研究对象,分成ACS 360例(ACS组)和对照组360例(对照组),采用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术,对OPG基因rs2073617T/C和rs2073618G/C多态性位点进行基因型分型,同时采用DNA测序对酶切产物进行鉴定.结果 (1)在福建地区汉族人群中,OPG基因rs2073617T/C多态性位点存在TC、TT、CC三种基因型;rs2073618G/C多态性位点也存在GG、GC、CC三种基因型.(2)对ACS组与正常对照组OPG基因rs2073617T/C、rs2073618G/C基因型及等位基因频率分布进行比较均无统计学差异(P均>0.05).(3)ACS组患者单支病变、双支病变及三支以上病变组之间比较OPG基因rs2073617T/C、rs2073618G/C各基因型差异无统计学意义(P均>0.05).结论 福建地区汉族人群OPG rs2073617T/C、rs2073618G/C位点基因多态性与ACS发生无明确相关性.     

广西百色地区壮族人群红细胞补体受体I型基因遗传多态性研究

目的探讨红细胞补体受体I型(CR1)基因单核苷酸多态性(SNP)在广西百色地区壮族人群中的分布频率以及其在不同种族间分布的差异。方法用TaqMan荧光探针定量PCR和DNA测序技术检测503例壮族人群CR1基因rs2296160 C/T、rs2274567 G/A和rs4844600 G/A位点,并结合人类基因组计划公布的欧洲人、非洲人、日本人和北京人群的SNP分型数据,比较分析各人群的基因型及等位基因的分布频率。结果广西壮族人群中CR1基因rs2296160 C/T、rs2274567 G/A和rs4844600 G/A位点存在多态性,3个位点基因型频率在男女性别间比较,P分别为0.591、0.293和0.525;而等位基因分布频率在男女性别间比较,P分别为0.310、0.122和0.268,差异均无统计学意义(P0.05)。rs2296160 C/T、rs2274567 G/A和rs4844600 G/A 3个位点的基因型和等位基因分布频率与欧洲和非洲人群比较,差异均有统计学意义(P均0.05);而与日本人及北京人比较,差异无统计学意义(P0.05)。结论广西百色地区壮族人群中存在CR1基因多态性,与欧洲及非洲人群比较存在显著性差异,为人类学及群体遗传学研究提供了实验数据。     

调控miRNA成熟通路的相关基因多态性与四川汉族人群胃癌的相关性研究

目的探讨调控微小RNAs(miRNAs)成熟通路相关基因与四川汉族人群胃癌易感的相关性。方法纳入207名四川汉族胃癌患者(病例组)和219名性别与年龄和病例组匹配的四川汉族人群(健康对照组)。运用高分辨率熔点曲线法(HRM)做基因分型,分别检测探讨调控mi RNAs成熟通路相关基因的2个SNP位点(DGCR8基因内的rs3757 G/A和AGO1基因内的rs636832A/G)的基因型和等位基因,比较2组人群基因及等位基因频率分布。结果病例组与对照组的基因分布均符合Hardy-Weinberg平衡;2个位点的基因型频率在病例组和对照组之间无明显差异:rs3757G/A为χ2=4.31,P=0.12;rs636832A/G为χ2=0.65,P=0.72。同时,这2个位点的等位基因频率在2组之间亦无明显差异:rs3757G/A为χ2=1.22,P=0.27,OR=1.22,95%CI为0.85-1.77;rs636832A/G为χ2=0.65,P=0.42,OR=0.88,95%CI=0.65为1.19。结论本组数据并未发现调控mi RNA成熟通路的相关基因的rs3757G/A和rs636832A/G位点的基因多态性与四川汉族人群胃癌的易感相关。     

中国广西人群Nogo—A基因3’-非翻译区遗传多态性的研究

目的研究Nogo—A基因3’-非翻译区单核苷酸多态性（SNP）各等位基因及基因型在中国广西地区人群中的分布频率,比较其在不同种族间分布的差异。方法采用单碱基延伸的PCR技术和DNA测序法检测199例中国广西人的Nogo—A基因3’-非翻译区rs2588510C／T、rs887G／A多态性,并结合人类基因组计划（Hapmap）公布的四个人群（欧洲人、非洲人、Et本人和中国北京人）的SNP分型数据,比较分析这五个人群的基因型及等位基因的分布频率。结果在中国广西人群中存在Nogo—A基因3’-非翻译区rs2588510C／T、rs887G／A多态性。与欧洲及非洲人群相比,Nogo—A基因多态性的分布频率均存在显著性差异（P〈0．05）;而与日本人及北京人相比,差异无显著性（P〉0．05）。结论在中国广西人群中存在Nogo—A基因多态性,但与其他种族人群比较存在显著性差异,这种差异可能是导致一些疾病在不同种族间的发病率和临床表现存在显著不同的因素之一。     

探讨MUC1基因多态性与胃癌遗传易感性的关系

目的：探讨 MUC1基因多态性与胃癌遗传易感性的关系。方法采用病例对照研究对150例胃癌患者（胃癌组）和150名健康查体正常者（对照组）的MUC1基因rs2070803单核苷酸多态性进行检测,并分析其与胃癌易感性之间的关系。结果 MUC1基因rs2070803位点3种基因型GG、GA、AA在胃癌病例组中频率分别为80.7%、16.0%和3.3%,而在对照组中分别为64.7%、32.0%和3.3%。与GG型比较,GA/AA型基因型者胃癌发生的危险性降低,OR值为0.439（0.259～0.742）。结论 MUC1基因rs2070803位点GG、GA基因型降低汉族人群的胃癌易感性。     

Haplotype-based association of four lymphotoxin-alpha gene polymorphisms with the risk of coronary artery disease in Han Chinese

Lymphotoxin-alpha (LTA), a pro-inflammatory cytokine, has been implicated in the pathogenesis of coronary atherosclerosis. Meanwhile, association of some single nucleotide polymorphisms (SNPs) of LTA gene with coronary artery disease (CAD) has been evaluated; however, the results are irreproducible. We therefore investigated the relationship between four SNPs of LTA gene and CAD in Han Chinese: G+10A (rs1800683, 5'-untranslated region), A+80C (rs2239704, 5'-untranslated region), T+496C (Cys13Arg, rs2229094, exon 2), and C+804A (Thr26Asn, rs1041981, exon 3). Genotyping was performed in 438 CAD patients and 330 healthy controls. Single-locus analysis showed that the genotype and allele frequencies of G+10A polymorphism exhibited marginal differences between CAD patients and controls, although no statistical significance was observed after the Bonferroni correction. Logistic regression analysis revealed that GG genotype of G+10A polymorphism was significantly associated with the risk of CAD under the dominant mode, whereas no significant association was detected between A+80C polymorphism and CAD. In contrast, individuals carrying TT or TC genotype of T+496C polymorphism showed a decreased CAD risk relative to those with CC genotype under the recessive mode. Likewise, CC genotype of C+804A polymorphism was associated with a protective effect on CAD under the dominant mode. Further, in haplotype analysis, the haplotype G-C-T-C (in order of rs1800683, rs2239704, rs2229094 and rs1041981) was significantly associated with a decreased risk of CAD after assigning the most common haplotype A-C-T-A as a reference. In conclusion, we show a protective effect of the haplotype G-C-T-C on the occurrence of CAD, suggesting the involvement of LTA in CAD pathogenesis.     

Nogo-A基因3＇-侧翼区多态性与缺血性脑卒中患者的遗传易感性

目的探讨Nogo—A基因3＇-侧翼区单核苷酸多态性（SNP）各等位基因及基因型在缺血性脑卒中（Ischemicstroke,IS）患者中的分布频率,并初步分析其基因型与Is的关系及其对血脂、脂蛋白水平的影响。方法采用单碱基延伸的PCR技术和DNA测序法检测202例Is患者及199例对照者的Nogo．A基因3I_侧翼区rs2588510C／T、rs887G／A多态性,分析各基因型及等位基因的分布频率;同时按常规方法测定血浆脂质、脂蛋白水平。结果Is病例组和正常组中Nogo-A基因3’．侧翼区rs2588510CC、CT和TT三种基因型的分布频率分别为19．3％和18．6％,48．5％和41．2％,32．2％和40．2％。rs887AA、GA和GG三种基因型的分布频率分别为64．9％和71．4%,31．7％和24．6％,3．5％和4．O％。Nogo—A基因3-则翼区rs2588510CFF、rs887G／A基因型频率和等位基因频率在IS组和对照组比较差异无显著性（P〉0．05）。结论Nogo-A基因3f-1则翼区rs2588510C／T、rs887G／A的多态性可能与1s的易感性无相关。     

自噬相关基因5基因多态性及其单倍体型与帕金森病的相关性研究

目的 探讨自噬相关基因5( Atg5)基因3个标签单核苷酸多态性(Tag SNP,rs17587319C/G、rs573775C/T、rs9486315C/T)及其单倍体型与帕金森病(PD)发病的关系.方法 采用病例-对照研究,PD患者80例(病例组)和健康体检者87例(对照组)为对象,应用聚合酶链反应-限制性酶切片段长度多态性分析方法(PCR-RFLP)检测Atg5 Tag SNP rs17587319C/G、rs573775C/T、rs9486315C/T,并分析其基因型及等位基因频率在正常人群及PD患者中的分布特点.结果 Atg5 Tag SNP rs17587319C/G的C等位基因频率病例组为89.4％ (143/160),对照组为74.7％(130/174),差异有统计学意义(P＜0.01);病例组CC基因型频率为78.7％ (63/80),对照组为58.6％(51/87),差异有统计学意义(P＜0.01).SNP rs573775C/T和rs9486315C/T的等位基因频率及基因型频率在两组问的差异无统计学意义(P＞0.05).Logistic回归分析结果SNP rs17587319C/G的CC基因型与PD的发病有独立相关性(P＜0.01).单倍体型分析结果病例组中H1、H2单倍体型的频率高于对照组(P＜0.05和＜0.01).结论 H1,H2单倍体型和Atg5 Tag SNP rs17587319C/G的C等位基因可能是PD的危险因素.     

vWF基因A1381T和-1793G/C多态性对中国裕固、藏及汉族人血浆vWF水平的影响

本研究旨在探讨vWF基因A1381T(rs216311)和-1793G/C(rs7966230)单核苷酸多态性(SNP)在中国裕固族、藏族、汉族之间的异同及其对血浆vWF浓度的影响,了解3个民族对vWF相关疾病的易感性。抽取322位裕固族、399位藏族及120位汉族正常人的外周静脉血,提取DNA,采用PCR-限制性酶切片段长度分析vWF基因A1381T、-1793G/C SNP,测序验证。用ELISA试剂盒测定血浆vWF水平。结果表明,vWF基因A1381T位点和-1793G/C位点的基因型分布在裕固族、藏族和汉族中均有差异(P<0.05),其中A1381T位点中的G G基因型在裕固族中占69.9%,远高于藏族和汉族中的56.6%及53.3%(P<0.01),A1381T AA型表达vWF水平较低。-1793G/C中CG型在裕固族中所占的比例远高于汉族,CC型基因型表达较高vWF水平。血浆vWF水平随民族和vWF基因多态性的不同而明显不同。结论:vWF基因A1381T和-1793G/C位点基因多态性分布在中国裕固族、藏族和汉族中有明显差异;基因多态性影响血浆vWF表达水平;裕固族和藏族血浆vWF水平比汉族高,这与环境和生活习惯因素也有关系。     

白细胞介素-18基因多态性与慢性乙型病毒性肝炎病毒感染关系的研究

目的 探讨白介素-18(IL-18)基因启动子区-137G/C(rs187238)和-607C/A(rs1946518)单核苷酸多态性(SNP)与慢性乙型病毒性肝炎(乙肝)病毒感染之间的关系。 方法 选取2007年3月至2010年10月期间就诊于桂林市疾病预防控制中心和桂林医学院附属医院的慢性乙肝患者作为病例组,共264例;另外选取同期在上述两个单位进行体检,均无慢性乙肝病史的健康者作为对照组,共300例。采用序列特异性引物-聚合酶链反应技术(SSP-PCR),检测上述二组研究对象IL-18基因启动子-137G/C(rs187238)、-607C/A(rs1946518)单核苷酸多态性位点基因型,分析病例组和对照组基因型和等位基因频率分布。 结果 病例组IL-18基因多态性位点rs1946518的基因型和等位基因的频率与对照组相比差异无统计学意义(P0.05)。但是,病例组IL-18基因SNP位点rs187238 G等位基因的频率高于对照组(OR=1.353,95%CI:1.009~1.815,P=0.043)。携带rs187238 GG基因型的患者发生慢性乙肝的风险较高(OR=1.629,95%CI:1.152~2.305,P=0.006)。分层分析发现,rs187238位点上GC基因型和C等位基因的频率与慢性乙肝的关联在乙肝e抗原(HBeAg)阳性组的患者中更加显著(P=0.022,P=0.011)。 结论 IL-18基因启动子区-137G/C(rs187238)多态性与慢性乙肝易感性具有相关性,而且,rs187238位点上GC基因型和C等位基因的频率与HBeAg阳性的慢性乙肝患者具有相关性。     

PARP1单核苷酸多态性对晚期胃癌奥沙利铂化疗反应及预后的影响

目的 探讨多聚腺苷二磷酸核糖聚合酶(PARP-1)单核苷酸多态性(SNP)与晚期胃癌患者化疗反应及生存时间的关联性.方法 选择2016年5月至2019年12月于苏州科技城医院肿瘤内科收治的161例晚期胃癌患者,给予奥沙利铂联合替吉奥化疗,化疗前抽空腹静脉血5 ml用于提取基因组DNA.TaqMan探针法鉴别PARP1基...