单核苷酸多态与乳腺癌患者的预后

单核苷酸基因多态(SNP)是指在基因组DNA序列中频率大于1%的单个核苷酸的变异.这种基因组DNA的微小变化(基因型)有时导致其编码的蛋白质结构和功能发生改变.在乳腺癌患者中,不同SNP基因型患者经过治疗后的预后不同.通过研究发现与乳腺癌患者预后密切相关的SNP,有助于实现治疗和随访的个体化,并为临床治疗决策提供重要的依据.     

单核苷酸多态与乳腺癌治疗反应相关研究进展

单核苷酸多态(SNP)指基因组DNA序列中频率大于1%的单核苷酸变异。这种变异有时导致其编码不同的蛋白从而引起生物学特征的变化,在乳腺癌的治疗上表现为不同患者出现不同的治疗反应和毒性。研究不同基因的SNP与乳腺癌治疗反应的相关性可以为实现乳腺癌个体化治疗提供坚实的理论基础。     

XRCC3单核苷酸多态性与肺癌放疗近期疗效的相关性研究

一般认为肿瘤细胞DNA损伤修复能力与放射敏感性密切相关。DNA损伤修复过程中许多基因扮演着重要角色，这些基因的单核苷酸多态性（SNP）可改变蛋白质功能，并改变DNA修复能力，从而为通过检测这些基因SNP来预测机体细胞的放射敏感性指明了方向。笔者采用TaqMan—MGB探针技术和等位基因特异适时荧光PCR技术研究XRCC3第241密码子C／TSNP与肺癌放疗疗效的相关性。     

ERCC1 基因与非小细胞肺癌关系的研究进展

切除修复交叉互补基因1（ERCCl）是核苷酸切除修复系统的关键基因,切除修复包括铂类药物导致的DNA损伤、紫外线导致的DNA损伤等各种DNA损伤。研究发现其基因表达情况及其多态性与恶性肿瘤的发病、含铂方案的疗效及预后相关,本文着重综述ERCCl与非小细胞肺癌（NSCLC）之间的关系,包括与非小细胞肺癌的发生发展的关系、与铂类药物治疗肺癌疗效及预后的关系。     

MicroRNA及SNP在非小细胞肺癌易感性和早期诊断中的作用研究进展

肺癌的发病率和病死率位居世界恶性肿瘤之首,每年新确诊肺癌患者中约有85％为非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC),探讨NSCLC发生发展的机制及寻找有效诊断方法尤为重要.MicroRNA(miRNA)是一类长度约为18～23个碱基、内源性非编码的小分子RNA,在成熟过程中其碱基可能发生突变或其对应靶基因碱基序列会发生变异,这个现象称为单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP).近年来研究发现,miRNA及其SNP可作为癌基因或抑癌基因在NSCLC的发生发展中起重要作用,在NSCLC患者血液、血清、组织、唾液、尿液、痰液和胸腔体液中都有异常表达,miRNA及其SNP有望成为新型的生物标记物.本文就近年来有关miRNA及其相关SNP在NSCLC易感性和诊断中的作用作一综述.     

DNA修复基因多态性与肺癌易感性的研究进展

肺癌的发生与个体遗传易感性有关, 其中DNA修复基因多态性可以引起不同DNA损伤反应, 而机体间DNA损伤修复能力的不同与肺癌的发生有密切联系。DNA修复基因多态性与肺癌易感性的关系已成为当前的研究热点。本文回顾了DNA修复基因的作用机制及其多态性与肺癌易感性的国内外研究现状, 就DNA损伤和修复类型、DNA不同修复途径相关基因的作用机制及其多态性与肺癌易感性的关系、DNA修复基因多态性与肺癌化疗敏感性的关系几个方面进行综述。      

人肺癌组织线粒体ATPase 6基因突变研究

目的:了解人肺癌组织ATPase6基因变异,探讨线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)突变与肿瘤发生的关系。方法:采用酚-氯仿法提取肺癌组织总DNA,用PCR产物直接测序方法,对37例肺癌组织mtDNA ATPase6基因序列进行分析,运用DNAStar软件将所得序列与mtDNA剑桥修订序列进行对照。结果:共发现28个碱基序列变异,没有检测到新的多态性位点,各亚型间在ATPase6基因碱基变异率没有显著性差异。在24例肺癌病例的ATPase6基因中检测到了碱基突变,突变率为64.8%。结论:在肺癌组织中存在ATPase6基因的高频率变异,这种变异可能在肺癌发生、发展中发挥重要作用。对ATPase6基因突变的进一步研究将有助于评价肺癌的DNA损伤和恶性程度,进一步研究这些变异对细胞功能的影响可能有助于阐明线粒体在肿瘤发生中的作用。     

人肺癌组织线粒体ATPase 6基因突变研究

目的：了解人肺癌组织ATPase6基因变异,探讨线粒体DNA（mitochondrial DNA,mtDNA）突变与肿瘤发生的关系。方法：采用酚-氯仿法提取肺癌组织总DNA,用PCR产物直接测序方法,对37例肺癌组织mtDNA ATPase6基因序列进行分析,运用DNAStar软件将所得序列与mtDNA剑桥修订序列进行对照。结果：共发现28个碱基序列变异,没有检测到新的多态性位点,各亚型间在ATPase6基因碱基变异率没有显著性差异。在24例肺癌病例的ATPase6基因中检测到了碱基突变,突变率为64.8%。结论：在肺癌组织中存在ATPase6基因的高频率变异,这种变异可能在肺癌发生、发展中发挥重要作用。对ATPase6基因突变的进一步研究将有助于评价肺癌的DNA损伤和恶性程度,进一步研究这些变异对细胞功能的影响可能有助于阐明线粒体在肿瘤发生中的作用。     

单核苷酸多态性与肿瘤遗传易感性的研究进展

目的:总结国内外关于单核苷酸多态性(SNP)与肿瘤的相关研究进展。方法:应用Medline和CNKI期刊全文数据库检索系统,以"SNP"和"肿瘤"为关键词,检索1999-01-2010-11相关肿瘤易感性分析的文献。纳入标准:1)SNP的定义和应用;2)肿瘤易感基因的分类;3)SNP的作用机制;4)SNP与环境因子在肿瘤发展过程中的协同作用。根据纳入标准纳入分析43篇文献。结果:肿瘤易感相关基因包括癌基因和抑癌基因、DNA修复基因、代谢酶基因以及免疫相关基因等几大类。这些基因上含有多个SNP位点,其中有部分SNP可导致不同个体间肿瘤易感性的差异。结论:研究SNP在恶性肿瘤发生、发展过程中的致肿瘤性作用,有助于进一步理解肿瘤的发生机制,有望在肿瘤靶向治疗上取得新的突破。     

线粒体基因组与肺癌的相关研究进展

肺癌的发生需要多因素、多基因参与，并经历多步骤、多阶段，在各个阶段中有不同癌基因的激活和(或)抑癌基因的失活。既往的研究主要集中在细胞核遗传系统的部分基因与肺癌发生、发展的相关关系上，并在肺癌病因学和治疗学等方面取得了显著的成就。由于线粒体基因组的发现，近年来关于线粒体DNA(mitochondrial DNA，mtDNA)与恶性肿瘤的关系研究得到了快速发展。本文就线粒体基因组与肺癌的相关研究进展作一概述。     

单核苷酸多态性与小细胞肺癌的研究进展

目的:基于目前多种基因的单核苷酸多态性(SNPs)在小细胞肺癌(SCLC)中的研究进展,进一步探讨基因的SNPs对SCLC易感性、化疗疗效及预后的影响.方法:应用PubMed和万方期刊全文检索系统,以“小细胞肺癌,单核苷酸多态性”等为关键词,检索2006-2011年发表的相关文献.共检索到258文献条.纳入标准:1)SNPs与SCLC易感性;2)SNPs与SCLC化疗疗效;3)SNPs与SCLC预后.根据纳入标准,共纳入分析文献39篇.结果:单核苷酸多态性是第3代分子遗传标志,SNPs决定基因的功能单位和人群遗传变异的内在特征,它反映了个体表型、疾病易感性和对药物、环境因子反应的差异.近年来国内外许多学者研究表明,许多基因位点的SNPs与SCLC的易感性、化疗疗效及预后相关,这些SNPs主要发生于DNA修复基因、致癌物质代谢基因、癌基因、抑癌基因、凋亡相关基因和药物代谢相关基因等.随着第2代高通量测序方法的应用,不仅能对高频和低频乃至稀有变异进行检测,还能发现新的突变位点,将在一定程度上推动SNPs的研究.结论:SNPs在SCLC的易感性、化疗疗效及预后的研究中发挥着潜在的重要的作用.     

胃癌差异表达miRNA及其相关基因的单核苷酸多态性与胃癌预后的相关性研究

目的：探讨胃癌差异表达微小RNA（miRNA）及其相关基因的单核苷酸多态性（SNPs）与胃癌预后的相关性，为进一步寻找胃癌预后的生物标志物提供线索。方法：应用SNP芯片联合生物信息学分析对福建省胃癌高发区仙游县96例胃腺癌患者与96例健康对照人群基因组中miRNA及其相关基因的SNPs位点进行筛检，应用飞行时间质谱生物芯片（Sequenom MassARRAY）在344例胃癌患者中对筛检出来的SNPs位点进行检测。开展现场流行病学调查，通过面对面的访谈及问卷调查取得患者的病情、治疗方法、患病后1年的生活饮食习惯，分析其预后情况。结果：共筛检出11个miRNA及其相关基因的SNPs位点，包括5个miRNA自身SNPs、5个miRNA靶序列SNPs以及1个miRNA生物合成通路基因相关SNPs。单因素分析显示miR-1297 rs9536676、MSH2 rs17502941位点的多态性与胃癌预后有关联性，其余的多态性位点均与胃癌预后无明显相关性。多因素分析显示是否手术、TNM分期、rs17502941 AA/AG基因型均是影响胃癌预后的独立危险因素。按年龄TNM分期联合分层得出，miR-1297 rs9536676、miRNA-519b rs10413288、miR-379 rs7143252、FAS基因rs1468063、EGFR基因rs10277413位点均与胃癌患者的生存分布有关联。联合作用分析结果显示患者同时携带rs9536676 AA/AG和rs17502941 GG、rs9536676 AA/AG和rs10413288 AA、rs17502941 GG和rs10413288 AA基因型可能会增加预后不良的风险（P < 0.05）。结论：胃癌差异表达miRNA及其相关基因的SNPs与胃癌病人预后密切相关，可能作为判断胃癌预后的生物标志物。     

Fatty Acid Synthesis Pathway Genetic Variants and Clinical Outcome of Non-Small Cell Lung Cancer Patients after Surgery

Over-expression of de novo lipogenesis (DNL) genes is associated with the prognosis of various types of cancers. However, the effects of single nucleotide polymorphisms (SNPs) in these genes on recurrence and survival of non-small cell lung cancer (NSCLC) patients after surgery are still unknown. In this study, a total of 500 NSCLC patients who underwent surgery treatment were included. Eight SNPs in 3 genes (ACACA, FASN and ACLY) of the DNL pathway were examined using the Sequenom iPLEX genotyping system. Multivariate Coxproportional hazards regression and Kaplan-Meier curves were used to analyze the association of SNPs with patient survival and tumour recurrence. We found that two SNPs in the FASN gene were significantly associated with the recurrence of NSCLC. SNP rs4246444 had a significant association with lung cancer recurrence under additive model (hazard ratio [HR], 0.82; 95% confidence interval [95%CI], 0.67-1.00; p=0.05). Under the dominant model, rs4485435 exhibited a significant association with recurrence (HR, 0.75; 95%CI, 0.56-1.01; p=0.05). Additionally, SNP rs9912300 in ACLY gene was significantly associated with overall survival in lung cancer patients (HR, 1.41; 95%CI, 1.02-1.94, p=0.04) under the dominant model. Further cumulative effect analysis showed moderate dose-dependent effects of unfavorable SNPs on both survival and recurrence. Ourdata suggest that the SNPs in DNL genes may serve as independent prognostic markers for NSCLC patients after surgery.     

胃癌差异表达miRNA及其相关基因的单核苷酸多态性与胃癌预后的相关性研究

目的：探讨胃癌差异表达微小RNA（miRNA）及其相关基因的单核苷酸多态性（SNPs）与胃癌预后的相关性，为进一步寻找胃癌预后的生物标志物提供线索。方法：应用SNP芯片联合生物信息学分析对福建省胃癌高发区仙游县96例胃腺癌患者与96例健康对照人群基因组中miRNA及其相关基因的SNPs位点进行筛检，应用飞行时间质谱生物芯片（Sequenom MassARRAY）在344例胃癌患者中对筛检出来的SNPs位点进行检测。开展现场流行病学调查，通过面对面的访谈及问卷调查取得患者的病情、治疗方法、患病后1年的生活饮食习惯，分析其预后情况。结果：共筛检出11个miRNA及其相关基因的SNPs位点，包括5个miRNA自身SNPs、5个miRNA靶序列SNPs以及1个miRNA生物合成通路基因相关SNPs。单因素分析显示miR-1297 rs9536676、MSH2 rs17502941位点的多态性与胃癌预后有关联性，其余的多态性位点均与胃癌预后无明显相关性。多因素分析显示是否手术、TNM分期、rs17502941 AA/AG基因型均是影响胃癌预后的独立危险因素。按年龄TNM分期联合分层得出，miR-1297 rs9536676、miRNA-519b rs10413288、miR-379 rs7143252、FAS基因rs1468063、EGFR基因rs10277413位点均与胃癌患者的生存分布有关联。联合作用分析结果显示患者同时携带rs9536676 AA/AG和rs17502941 GG、rs9536676 AA/AG和rs10413288 AA、rs17502941 GG和rs10413288 AA基因型可能会增加预后不良的风险（P < 0.05）。结论：胃癌差异表达miRNA及其相关基因的SNPs与胃癌病人预后密切相关，可能作为判断胃癌预后的生物标志物。     

SHB基因的突变与乳腺癌的关系

目的 通过对乳腺癌组织和健康人外周血中SHB(Src homology 2 domain containing adaptor protein B,SHB)基因的单核苷酸多态（single nucleotide polymorphism SNP）进行检测,研究SHB基因与乳腺癌的相关性。方法 对SHB基因的启动子、外显子以及临近的内含子区域,使用PCR扩增和DNA测序方法,分别在96例乳腺癌患者的肿瘤组织及96例健康人的外周血进行测序,比较它们之间可能存在的差异,确定该基因是否与乳腺癌相关。 结果 本研究发现SHB基因共有7个SNP,其中5个是高频SNP,2个是低频SNP,该基因的启动子区一个SNP在健康人和乳腺癌患者之间差异有统计学意义(P<0.05)。结论 SHB基因的启动子的SNP可能与乳腺癌的发生有关。     

ATM基因单核苷酸多态性与非小细胞肺癌易感性的研究

背景与目的：毛细血管扩张性共济失调症突变基因（ataxia-telangiectasia mutated,ATM）是导致毛细血管扩张性共济失调症发生的致病基因,与肿瘤的发生密切相关。ATM基因是一个重要的信号传感器,可以通过将目标蛋白磷酸化从而修复DNA双链的断裂。本研究旨在探讨ATM基因（IVS62＋60G〉A）单核苷酸多态性与非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer,NSCLC）发生的相关性。方法：收集2004年6月-2005年12月期间浙江省肿瘤医院就诊的264例NSCLC患者标本以及264例健康体检者作为正常对照组,分离外周血白细胞DNA。ATM基因单核苷酸多态性分型检测采用Taqman探针基因分型技术,应用Logistic回归统计分析ATM单核苷酸多态性与NSCLC发生相关性。结果：在NSCLC病例组中,A/A基因型占32.6%,A/G基因型占52.6%,G/G基因型占14.8%。而正常对照组中相应的数值分别为26.0%、53.0%和21.0%。在NSCLC病例组中,携带基因型G/G的比率明显低于正常对照组（14.8%vs21.0%,P〈0.08）。携带有G/G基因型者肺癌发生的风险明显低于携带有A/A基因型者（OR=0.561,95%CI为0.334～0.942,P=0.029）。结论：ATM单核苷酸多态性（IVS62＋60G〉A）与NSCLC发生密切相关,G等位基因的纯合状态可能是发生NSCLC的保护性因素。     

Polymorphisms in DNA damage binding protein 2 (DDB2) and susceptibility of primary lung cancer in the Chinese: a case-control study

DNA damage binding protein 2 (DDB2) is one of the major DNA repair proteins involved in the nucleotide excision repair (NER) pathway. Mutations in the DDB2 gene can cause a repair-deficiency syndrome xeroderma pigmentosum group E. Because tobacco carcinogens can cause DNA damage that is repaired by NER and suboptimal NER capacity is reported to be associated with lung cancer risk, we hypothesized that common variants in the DDB2 gene are associated with lung cancer risk. To test this hypothesis, we conducted a case-control study of 1010 patients with incident lung cancer and 1011 cancer-free controls and genotyped two DDB2 single nucleotide polymorphisms (SNPs) (rs830083 and rs3781620) that are in linkage disequilibrium with other untyped SNPs. We found that compared with the rs830083CC, subjects carrying the heterozygous rs830083CG genotype had a significantly 1.31-fold increased risk of lung cancer [95% confidence interval (CI) 1.08-1.60] and those carrying the homozygous rs830083GG genotype had a non-significantly 1.22-fold elevated risk (95% CI 0.89-1.67). In addition, effects of the combined rs830083CG/GG variant genotypes were more evident in young subjects, heavy smokers and subjects with a positive family history of cancer. These findings indicate, for the first time, that the DDB2 rs830083 polymorphism may contribute to the etiology of lung cancer. Further functional studies on this SNP and/or related variants are warranted to elucidate the underlying molecular mechanisms of the association.     

单核苷酸多态性与中国人群胃癌易感性和进展相关性的研究现状

单核苷酸多态性（SNP）是人类最常见的可遗传变异,是由个体间基因组水平的单个核苷酸变异所导致的DNA序列的多态性。作为一种新兴的遗传标记,SNP与疾病之间的关系受到了广泛关注。每个个体拥有的不同基因型决定了个体对疾病的不同易感性或对药物等的不同反应性。不同人群的SNP分布频率存在差异,如果同一人群的不同样本间可通过少量SNP位点即可反映整个群体样本主要的遗传信息,那这类SNP就可以作为标签SNP（Tag SNP）。近年来的相关研究已经证实了一些SNP位点在包括胃癌在内的多种类型肿瘤的发生发展中发挥重要作用,不同个体间或群体间的SNP差异对胃癌易感性及其进展和预后都有很大差别。本文综述了SNP、Tag SNP与胃癌的易感性及其进展的关系以及不同检测方法对结果的影响,旨在为胃癌的个体化预防和精准治疗策略提供新思路。