基于GEO数据库的环状RNA差异表达及其在膀胱癌中的功能和通路研究

目的 探讨膀胱癌中差异表达的circRNA及其相互作用网络,分析其富集的通路和参与的功能.方法 在基因表达数据库(GEO)查询并下载膀胱癌circRNA表达谱数据集GSE92675的数据,并对circRNA的命名进行整合和统一,在R.4.0.3环境下应用Limma包筛选差异表达circRNA.利用聚类分析热图和火山图筛...     

circRNA在动脉粥样硬化中的相关研究进展

动脉粥样硬化(atherosclerosis, AS)是导致心血管系统疾病的主要原因,也是引起国内外心血管疾病死亡的关键因素之一。近年来随着人们对环状RNA(circRNA)的高度关注和大量探索,发现其在AS的诊断和治疗中发挥着重要作用,本文就circRNA在动脉粥样硬化中的研究进展予以综述。     

基于GEO数据库筛选巴雷特食管的关键基因及通路

目的 通过生物信息学方法筛选巴雷特食管的关键基因及信号通路。方法 从GEO数据库中下载GSE39491、GSE36223、GSE13083三组数据集,获得差异表达基因（|Log2FC|>1,调整后的P<0.01）并绘制火山图,并筛选出差异共表达基因,使用Web Gestalt数据库对差异共表达基因进行GO和KEGG分析,并使用String和Cytoscape构成蛋白-蛋白互作网络图,筛选显著模块和关键基因。结果 筛选出327个差异共表达基因,其中表达上调181个,表达下调146个,GO和KEGG分析提示基因在角质化、角化细胞分化、视黄醛脱氢酶的激活、白介素-1受体的结合、药物代谢、细胞色素P450的异生物质代谢等方面富集。利用Cytoscape筛选出的关键基因为PPL、EVPL、IVL、TGM1、PI3、DSG3、PKP1、SPRR1A、FLG、DSC3。结论 关键基因与巴雷特食管的发生发展相关,有望成为其生物标志物。     

circRNA CPT1A在2型糖尿病患者外周血的差异表达

目的：通过观察circRNA CPT1A在2型糖尿病患者外周血中的相对表达水平,探讨circRNA CPT1A在2型糖尿病中的临床价值。方法：收集石河子大学医学院第一附属医院就诊的20例2型糖尿病患者及20例健康体检者的外周血以及一般资料,完善糖耐量试验,检测糖尿病及健康对照组外周血的相关生化指标,通过qRT-PCR技术检测circRNA CPT1A的相对表达水平;采用ROC曲线评价circRNA CPT1A在T2DM中的诊断价值;采用相关性分析探讨目标circRNA与糖脂代谢指标之间的相关性;采用Logistic回归模型分析circRNA CPT1A对T2DM患病风险的影响。结果：2型糖尿病组circRNA CPT1A相对表达水平均高于健康对照组（P<0.001）。ROC曲线显示circRNA CPT1A在2型糖尿病中具有一定的诊断价值。相关性分析中显示circRNA CPT1A的表达水平与空腹血糖、糖负荷后2 h血糖、HOMA-IR、HOMA-β、甘油三酯存在着相关关系（P<0.05）。Logistic回归分析显示circRNA CPT1A相对表达水平可升高2型糖尿病的...     

基于GEO数据库筛选狼疮性肾炎的关键基因和信号通路

目的·利用生物信息学分析方法筛选狼疮性肾炎相关差异表达基因及相关信号通路.方法·从GEO公共数据库中下载GSE32591数据集矩阵数据,应用R软件limma包进行标准化以及筛选差异表达基因,应用ggpubr和pheatmap包对差异基因绘制火山图及热图.应用DAVID在线数据库对差异表达基因进行GO(Gene Onto...     

基于GEO数据库筛选滤泡性甲状腺癌关键基因及生物信息学分析

目的 滤泡性甲状腺癌（follicular thyroid carcinoma,FTC）临床上较少见,其在疾病早期即可发生血行转移。本研究利用生物信息学方法探索FTC发生发展的关键基因、发掘FTC的致病机制及治疗靶点。方法 从基因表达综合数据库（gene expression omnibus,GEO）下载基因芯片GSE82208,利用R软件分析以获得差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,利用数据库注释、可视化和综合发现（database for annotation,visualization and integrated discovery,DAVID）在线网站对DEGs进行基因本体论（gene ontology,GO）功能分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）富集分析。对DEGs行蛋白质–蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）分析,并筛选核心基因,对核心基因进行生存分析。结果 共筛选获得74个DEGs,其中表...     

基于GEO数据库筛选心脏肥大差异表达mRNA及其网络构建

目的 基于GEO数据库筛选心脏肥大的差异表达mRNA,构建其相关的长链非编码RNA(lncRNA)的竞争内源性RNA(ceRNA)调控网络。方法 检索GEO数据库中心脏肥大的相关芯片数据集GSE60291,通过R语言分析差异表达mRNA;采用GO功能和KEGG富集分析差异表达mRNA的功能与机制;在lncRNA相关疾病中检索与心脏肥大相关的lncRNA,通过Starbase数据库预测lncRNA的靶向miRNA,构建lncRNA-miRNA ceRNA网络,在miRNet预测相关miRNA的靶向mRNA并构建miRNA-mRNA ceRNA调控网络,在此基础上构建lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA调控网络。结果 获得心脏肥大的差异mRNA 104个、lncRNA 6个及其关联miRNA 37个和靶向mRNA 16 724个;差异mRNA与靶向mRNA中获得86个相同的差异表达mRNA;GO分析及KEGG富集分析显示差异基因主要通过ATP酶活性、肌肉组织发育、前突触、黏着斑、MAPK信号通路、细胞周期、细胞凋亡等生物过程参与心脏肥大的发病。结论 筛选获得心脏肥大的差异表达mRNA并成功构建其调控网络,将为心脏肥大的防治提供潜在的新靶点。     

使用GEO数据库筛选哮喘患者气道平滑肌细胞中差异表达的关键基因

目的:基于GEO数据库初步分析健康人和哮喘患者气道平滑肌细胞的差异表达基因,为治疗哮喘提供更多的可能.方法:检索GEO数据库中关于哮喘患者气道平滑肌细胞的相关基因芯片数据(Microarray),借助R语言分析差异基因,利用DAVID数据库对关键差异基因进行GO富集分析和KEGG通路分析,构建差异基因蛋白质-蛋白质相互...     

基于生物信息学方法分析影响胆管癌发生发展的差异基因

目的：通过生物信息学的方法挖掘基因综合表达数据库（GEO）中影响胆管癌（cholangiocarcinoma,CCA）发生发展的核心基因,并分析其生物学功能,为CCA的诊断、治疗和评估预后提供理论依据。方法：分析来自GEO数据库中的3个微阵列数据集（GSE32879、GSE45001和GSE76297）。使用GEO2R进行在线差异基因的分析,DAVID进行差异基因的GO和KEGG通路分析。使用STRING和Cytoscape进行蛋白互作网络分析（PPI）和枢纽基因（HUB）的筛选。结果：共筛选出151个上调基因,通过PPI筛选出连接度最高的10个基因,分析发现APOA1、AGXT、F13B、FETUB、FERPINC1、SLC2A2这些枢纽基因过度表达与胆管癌的不良预后相关。结论：通过生物信息学探索的枢纽基因可能在胆管癌的发生发展中起着重要作用,并为进一步研究胆管癌的分子机制提供了一定的理论依据。     

基于GEO数据库分析支气管肺发育不良发生的关键基因及通路

目的:采用生物信息学方法分析支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)发生的关键基因和信号通路.方法:在基因表达综合数据库(GEO)中筛选数据集,使用GEO2R工具筛选出BPD与非BPD极早早产儿之间的差异表达基因.使用DAVID数据库进行功能注释和通路分析,使用STRING在线工...     

环状RNA在三阴乳腺癌中的研究进展

三阴乳腺癌(TNBC)是乳腺癌中恶性程度最高的亚型,其特征为不表达雌激素受体、孕激素受体和人表皮生长因子受体2。TNBC具有易侵袭和转移、预后不良、对常规化疗或靶向治疗效果不佳的临床特点。研究表明,环状RNA(circRNA)在TNBC组织表达异常,并与TNBC患者的临床病理特征和预后相关。circRNA可通过调控转录和剪接、作为微小RNA海绵、与蛋白质结合以及作为翻译模板,参与TNBC肿瘤细胞增殖、转移和耐药过程。因此,circRNA在TNBC的早期诊断、临床治疗和预后监测方面有广泛的应用前景。本文阐述了circRNA的形成和作用机制,并总结了circRNA在TNBC中的生物学功能和临床意义。     

基于GEO数据库研究结肠癌的生物标志物

目的:通过生物信息学筛选出结肠癌中的关键基因,为结肠癌分子生物研究及早期诊断相关生物标志物筛选提供理论依据。方法:从GEO数据库中选择编号为GSE10950、GSE74602和GSE110224的基因芯片,利用R语言下载评估芯片质量,对样本进行规范化处理并筛选出差异基因(DEG),通过TCGA下载结肠癌的表达数据,验证DEG的准确性,通过DAVID在线网站对DEG进行GO分析和KEGG富集分析,通过STRING在线网站得到DEG的蛋白互作网络,利用Cytoscape软件筛选出枢纽基因(hub基因),Oncomine数据库从基因层面验证hub基因的表达,cBioPortal数据库分析hub基因在结肠癌中的突变情况,最后通过UALCAN及TCGA数据库评估hub基因在结肠癌诊断方面的价值。结果:通过GEO数据库共筛选出结肠癌132个DEG,经TCGA数据库验证后最终得到131个DEG,其中表达下调DEG 78个,表达上调DEG 53个,通过STRING、Cytoscape筛选出10个hub基因,选取排名靠前的DTL等4个hub基因进一步分析,最终证明了DTL、CCNA2、BUB1、KIF23基因在结肠癌中的高表达并可能作为早期诊断结肠癌的标志物。结论:通过生物信息学分析研究筛选出结肠癌的关键基因,并证明蛋白编码基因DTL、CCNA2、BUB1、KIF23有可能作为早期诊断结肠癌的生物标志物。     

基于GEO数据库和生物信息学分析筛选小鼠心肌缺血再灌注损伤相关的潜在枢纽基因

目的 ·基于基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)运用生物信息学分析筛选与小鼠心肌缺血再灌注损伤(myocardium ischemia-reperfusion injury,MIRI)相关的潜在枢纽(hub)基因.方法 ·从GEO数据库中获取小鼠MIRI数据集GSE61592、GSE...     

基于高通量基因表达数据库开发骨肉瘤预后相关的微小RNA研究

目的 筛选骨肉瘤失调微小RNA(microRNA),构建多基因预后模型,探索骨肉瘤的关键microRNA治疗靶标.方法 通过高通量基因表达数据库(gene expression omnibus,GEO)中的GSE28423数据集,筛选相对于癌旁正常组织和骨肉瘤组织中的差异microRNA,并利用GSE39040数据集中...     

circRNAs对结直肠癌的抑制作用及其生物信息学分析

探讨结直肠癌组织与癌旁组织的差异表达circRNAs,阐明hsa_circ_0043278对结直肠癌抑制作用的潜在机制。     

基于GEO数据库的脑卒中相关靶点挖掘及与瓜子金皂苷己分子对接研究

目的:基于GEO数据库挖掘脑缺血再灌注损伤(Cerebral ischemia-reperfusion inju-ry,CIRI)中的关键靶点,并通过分子对接探讨瓜子金皂苷己(Polygalasaponin F,PGSF)抗CIRI的作用机制.方法:选择GEO数据库中CIRI芯片,应用R语言分析芯片的矩阵文件,筛选表达差异靶点,对结果进行可视化处理;将差异显著的靶点进行蛋白-蛋白相互作用分析,构建网络并根据拓扑参数筛选关键靶点.采用AutoDock Tools软件对PGSF与上述关键靶点进行分子对接,计算结合能.结果:通过GEO数据库筛选出CIRI差异表达靶点137个,在蛋白-蛋白相互作用网络中筛选得到关键靶点为:白细胞介素6(Interleukin-6,IL-6)、基质金属蛋白酶9(Ma-trix Metallopeptidase 9,MMP9)、CC型趋化因子配体2(C-C motif chemokine 2,CCL2)、细胞间黏附分子1(Intercellular adhesion molecule,ICAM1)和前列腺素G/H合酶2(Prostaglandin G/H synthase 2,PTGS2),PGSF与关键靶点对接得分为:-8.8、-7.3、-8.9、-7.9、-9.4 Kj/mol,说明PGSF可能与关键靶点结合,且具有较强的亲和力.结论:PGSF抗CIRI的作用机制可能与调控IL-6、MMP9、CCL2、ICAM1和PTGS2发挥抗炎、抑制血脑屏障破坏和减轻脑水肿有关.     

基于GEO数据库生物信息学方法分析子宫内膜癌相关基因和候选通路

目的：通过生物信息学方法分析与子宫内膜癌（EC）发生发展相关的关键基因和候选通路,探讨EC的发病机制和治疗靶点。方法：自公共基因芯片数据库（GEO）下载EC芯片数据集GSE17025和GSE63678,使用GEO2R在线分析工具和R软件筛选EC癌组织与癌旁组织的差异表达基因（DEGs）,并对DEGs进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析,采用String数据库进行蛋白质-蛋白质互作网络（PPI）分析,最后采用Cytoscape软件对PPI网络进行可视化并进行模块分析。结果：对芯片数据集GSE17025和GSE63678进行DEGs分析后共获取100个共同上调基因和106个共同下调基因。GO富集分析DEGs主要富集于有丝分裂染色体分离、核分裂和细胞器分裂等生物学过程;KEGG信号通路分析DEGs主要富集于细胞周期、miRNA、p53信号通路和2型糖尿病等信号通路。通过Cytoscape软件分析,PPI网络中细胞分裂周期基因20（CDC20）、极光激酶A（AURKA）、细胞周期蛋白B1（CCNB1）、泛素E3连接酶（DTL）、中心体相关蛋白55（CEP55）、细胞周期蛋白依赖性激酶1（CDK1）、驱动蛋白家族成员11（KIF11）、母体胚胎亮氨酸拉链激酶（MELK）、细胞周期蛋白B2（CCNB2）和苯并咪唑出芽抑制解除同源物蛋白1（BUB1）被筛选为关键基因。结论：细胞周期相关基因与通路调控网络的失调可能是EC发病的主要机制。