广州市2009年新出现登革3型病毒的分子流行病学分析

目的 对广州市2009年新出现的3型登革病毒(DEN)株的E基因进行RT-PCR扩增和序列测定,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2009年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离DEN,RT-PCR扩增病毒全长E基因,测序并绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析.结果 2009年采集的19份患者血清标本中,分离到7株3型DEN株,RT-PCR扩增后测序获得E基因序列,7株DEN3病毒E基因均由1479个碱基组成,编码493个氨基酸,基因序列未见插入或缺失,分析发现7株病毒来自两个不同的亚型:09/GZ/1081、09/GZ/1483和09/GZ/10806属于东南亚/南太平洋型,09/GZ/10616、09/GZ/11144、09/GZ/11194和09/GZ/13105属于印度次大陆型,各亚型群内毒株序列同源性较高.结论 广州市2009年DEN3为输入性,分属两个基因型.     

广州市2009年新出现登革3型病毒的分子流行病学分析

目的 对广州市2009年新出现的3型登革病毒(DEN)株的E基因进行RT-PCR扩增和序列测定,探讨其来源及基因型.方法 收集广州市2009年登革热患者急性期血清,用C6/36细胞培养分离DEN,RT-PCR扩增病毒全长E基因,测序并绘制系统进化树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析.结果 2009年采集的19份患者血清标本中,分离到7株3型DEN株,RT-PCR扩增后测序获得E基因序列,7株DEN3病毒E基因均由1479个碱基组成,编码493个氨基酸,基因序列未见插入或缺失,分析发现7株病毒来自两个不同的亚型:09/GZ/1081、09/GZ/1483和09/GZ/10806属于东南亚/南太平洋型,09/GZ/10616、09/GZ/11144、09/GZ/11194和09/GZ/13105属于印度次大陆型,各亚型群内毒株序列同源性较高.结论 广州市2009年DEN3为输入性,分属两个基因型.     

福建口岸输入登革I型病毒E基因序列分析

目的研究分析福建口岸输入登革I型病毒E基因序列,为登革热诊断的分子溯源提供参考。方法收集2012—2013年福建口岸截获的7例入境Ⅰ型登革热病例资料及血清标本,用C6/36细胞培养分离病毒,提取病毒RNA,用RT-nested-PCR扩增包含E基因全长的核酸片段,扩增产物经纯化、测序,用生物学软件进行DNA序列比对分析。结果用C6/36细胞从7例登革热病例血清中成功分离出7株登革病毒株,经RT-nested-PCR证实均为DENV-Ⅰ型,构建E基因全长进化树分析发现,分离株与新加坡、越南和菲律宾等地的病毒株同源性最高,与病例入境时进行的流行病学调查资料完全吻合。结论从分子水平证明登革热病例血清中分离到的毒株为DENV-Ⅰ型病毒,结合流行病学调查资料,证实均为输入性感染病例,最有可能来源于东南亚一带。     

广州市2010年登革4型病毒的分离及其E基因进化分析

登革病毒(DEN)E蛋白在病毒与宿主细胞融合和诱导机体产生抗体等过程中发挥重要作用[1].本研究通过对分离株E基因全序列测定,从分子水平确定其型别,并与广州市历年同型DEN流行株及相关国际流行株进行同源性比较,构建系统进化树,追踪其可能输入来源.     

广东省中山市登革Ⅰ型病毒的分离鉴定及E/NS1基因序列分析

目的分离鉴定中山市2007年及2012年流行的登革病毒,从分子水平分析其地域来源和系统进化情况。方法用C6/36细胞分离10份2007年登革病毒特异性IgM抗体阳性血清和4份2012年登革病毒核酸阳性血清中的病毒,采用Real time-PCR对毒株进行血清型鉴定,RT-PCR扩增毒株E/NS1基因并进行序列测定,分析其与不同区域流行株和国际标准株的同源性和系统进化情况。结果共分离鉴定到6株登革I型病毒,其中2株为2007年流行株,4株为2012年流行株,分别命名为2007ZSDengue1-2和2012ZSDengue1-4。2012ZSDengue1-2与柬埔寨、越南等东南亚国家近年流行的登革I型毒株相似性高(大于99.0%),进化距离最短(0.011~0.012)。2012ZSDengue3-4,2007ZSDengue1-2与广东省珠海市2007年流行和新加坡、日本、泰国等亚洲国家近年流行的登革I型毒株相似性高(大于99.0%),进化距离最短(0.007~0.024)。中山流行株与登革I型国际标准株、非洲和美洲流行株相似性在90.0%~94.0%之间,进化距离较远(0.065~0.108);与登革Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ型国际标准株NGC、H87、H241相似性约为68.0%、66.0%、71.0%,进化距离最远(0.369~0.505)。结论中山市2007年及2012年流行株为登革I型病毒,可能属于东南亚国家输入性毒株,但输入源头有所不同。     

登革2型病毒浙江分离株的鉴定与分子流行病学研究

目的 为了对2004年浙江省报告的输入性疑似登革热病例查明病因，从分子水平分析流行毒株的生物学特征，追踪传染源，为疾病的预防控制提供实验室依据。方法 对疑似患者血清标本采用ELISA、IFA和荧光RT—PCR方法分别检测登革病毒IgM、IgG抗体和病毒核酸，并用C6／36和BHK-21细胞分离登革病毒。采用RT—PCR方法扩增病毒E基因和NS1基因后分别进行序列测定，并与不同国家和地区的登革热毒株进行同源性和进化树分析。结果 从患者血清中检测到登革病毒IgM、IgG抗体和登革2型病毒核酸，并分离到登革2型病毒；浙江省登革2型病毒分离株（ZJ／01／04）与登革2型国际标准株Jamaica、国内Fujian／10／99株和Saudi／92株在E基因上氨基酸的同源性分别为97．1％、99．2％和99．6％，而与登革1、3、4型毒株相同区域氨基酸同源性分别为68．7％、66．9％和63．6％。基因进化树显示ZJ／OI／04分离株与Saudi／92株亲缘关系最近，在进化树的同一分支上。结论 从病原学、血清学和分子生物学特征上均证实该输入病例是由登革2型病毒引起，该毒株最有可能来源于沙特阿拉伯。     

2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征分析

目的:分析2020年广州市登革热流行状况和病毒E基因进化特征,探讨广州市登革热的流行特征和病毒传播特点。方法:通过中国疾病预防控制信息系统传染病报告信息管理系统收集登革热病例信息,采用荧光定量PCR检测血清标本并测定登革病毒E基因序列,运用MEGA 5.05软件构建最大相似度基因树,使用SPSS 20.0软件进行统计学...     

2010年浙江省输入性登革2型病毒分子特征研究

目的:为确证2010年浙江省输入性疑似登革热病例病因,分析病原的分子特征并进行溯源。方法:对患者血清标本分别检测登革IgM抗体、病毒核酸和病毒分离。对分离株E和NS1基因测序,并进行同源性和进化分析。结果:从血清中检测到登革IgM抗体和登革2型核酸,并分离到登革2型病毒株(ZJ/02/10);浙江登革2型分离株与标准株NGC在E基因的核苷酸(nt)和氨基酸(aa)同源性分别为94.7%和97.6%,而与登革1、3、4型的nt同源性分别为65.3%、64.3%和65.9%。ZJ/02/10株与菲律宾PHI/St68/00株E基因nt和aa同源性最高,进化树显示二者亲缘关系最近。NS1基因进化树结果与E基因相似。结论:从血清学、病原学和分子特征均证实输入性疑似登革病例由登革2型病毒引起,该毒株最有可能来源于菲律宾。     

广州市2001-2015年登革病毒2型E基因进化分析

目的 了解2001-2015年广州市登革病毒2型（DENV2）的流行情况;通过对分离DENV2 E基因的进化树和分子钟分析,掌握毒株的进化情况和趋势。方法 将登革热确诊病例的血清用荧光PCR进行检测,DENV阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,利用Mega 4.0软件构建进化树,采用BEASTv1.8.2绘制分子进化钟。结果 2001-2015年共分离到26株DENV2,从基因型上分类属于全球型和亚洲1型,并与东南亚地区分离到的毒株相似率较高;BEASTv1.8.2计算出广州市DENV2全球型在46年前和35年前进一步出现亚型的分化,广州市DENV2的平均变异率为每年每位点7.1×10^-4。结论 广州市DENV2与东南亚地区的毒株有较高同源性和进化上的联系,广州市DENV的输入压力较大,存在重症登革热暴发的潜在风险。流行于广州市的全球型DENV2可能存在2个不同输入来源,广州市DENV2的变异率与周边地区基本持平。     

南宁市37例登革病毒1型E基因系统进化分析

目的 对南宁市37例登革病毒1型(DENV1)流行株E基因进行序列测定,分析其分子生物学特征,探讨其可能来源.方法 选取2014年12份、2019年25份,共37份经确证为DENV1感染者阳性血浆样本,RT-PCR扩增E基因片段,测序后进行同源性比较、系统进化分析.结果 测序后共获得37条长度为1 437 bp的E基因...     

广州市2010-2019年4型登革热病例流行特征及其病毒E基因

目的  了解2010-2019年广州市4型登革热病例的流行病学特征和4型登革病毒的分子生物学特征。方法  2010-2019年,收集广州市登革热病例相关资料及血清标本,使用RT-PCR法检测血清标本并分型,对4型登革热病例标本进行登革病毒包膜(envelope, E)蛋白基因序列测定,并进行进化树构建及基因重组分析。结果  2010-2019年,广州市共报告43 174例登革热病例,其中23例为4型登革热病例。4型登革热病例仅分布在5个区,曾在2010年出现本地流行。广州市的4型登革热输入病例主要来自东南亚国家,病毒E基因序列与东南亚国家的序列有较高相似性,病毒基因型归属于印度尼西亚基因型和东南亚基因型,未检测到基因重组。结论  应加强对广州市4型登革热病例流行状况和输入病例的监测和关注,并进一步加强对东南亚回国人员登革热常识和个人防护的健康宣传。某些区需要预防出现4型登革病毒的扩散和蔓延。登革病毒基因型转换并未引起登革热在广州市流行强度的变化,有待进一步的观察和研究其是否会发生重组。     

广州市2019年登革热确诊病例空间聚集性及登革病毒E基因进化特征分析

目的:分析2019年广州市登革热流行情况,评估登革病毒4种血清型对流行的影响。方法:在传染病报告信息管理系统中收集2019年广州市登革热确诊病例信息,使用ArcGIS 10.2软件进行空间自相关性和聚集性分析,使用荧光定量PCR对血清标本进行核酸检测,将结果为阳性的血清标本进行病毒分离并测定E基因序列,用PhyML 3...     

2019年广西7份本地感染登革病毒E基因特征分析

目的 了解2019年广西本地感染登革病毒(Dengue virus,DENV)E基因特性,探索可能的输入来源。方法 采用实时荧光定量PCR（real - time fluorescence quantitative PCR,RT - qPCR）方法对广西本地感染登革热病例急性期血清样本进行病毒核酸检测并分型,扩增登革病毒 E基因后测序,测序结果与不同地区和国家的参考株进行同源性比较和系统进化分析。结果 53份登革热病例血清标本经RT - qPCR分型,结果42份（79.2%,42/53）登革病毒核酸阳性,其中南宁9份、梧州10份、玉林17份、崇左6份,均为DENV - 1型,其余11份为登革病毒核酸阴性,42份DENV - 1型阳性核酸样本经过E基因扩增共得到7份,其中南宁市1份、梧州市1份、玉林市2份、崇左市3份,进化分析结果显示7份样本均为DENV - 1型Genotype Ⅰ基因型,其中DENV1/GXNN/007/2019、DENV1/GXWZ/009/2019、DENV1/GXYL/011/2019、DENV1/GXYL/012/2019与2019年广东株（序列号:MN921500）同源性99.94%～100.00%,DENV1/GXCZ/015/2019、DENV1/GXCZ/016/2019、DENV1/GXCZ/017/2019与 2015年印度尼西亚株（序列号:MG894852）同源性达99.60%,与1945年夏威夷参考株（序列号:AF425619）比较存在12处氨基酸位点变异。结论 2019年广西登革病毒是Genotype Ⅰ基因型,推测病毒从广东和东南亚国家输入导致的本地流行,应加强登革热跨省、跨境传播的防控。     

疏水性区域及稀有密码子对登革2型病毒E基因原核表达影响的分析

登革病毒E蛋白是病毒主要毒力蛋白,带有型特异及属特异抗原决定簇,既能诱导宿主产生保护性的中和抗体,又能诱导产生血凝抑制抗体,与登革出血热(DHF)和登革休克综合征(DSS)的致病机制有关[1].有学者已经利用包括大肠埃希菌、毕赤酵母、昆虫细胞等多种表达系统对其表达条件进行了探讨,由于受未知因素的影响,登革病毒E蛋白的原核重组表达一直不理想[2～4].本研究对登革病毒E蛋白不同区域的原核表达进行了较为系统的分析,探讨疏水性区域及稀有密码子登革病毒E蛋白表达的影响,并对部分区域进行了高效原核表达.广东省科技计划项目(20006836008005);全军医药卫生科研基金资助课题(06MA129)