基于LC-MS和分子对接策略分析金芪降糖片治疗2型糖尿病的药效物质基础

目的:基于LC-MS和分子对接策略,探讨金芪降糖片治疗2型糖尿病的药效物质基础。方法:该研究采用UPLC-Q-TOF-MS技术鉴定其化学成分,在此基础上,结合在线疾病数据库和蛋白互作筛选疾病靶点,采用分子对接技术验证金芪降糖片中化学成分与疾病靶点的相互关系,寻找金芪降糖片治疗2型糖尿病的潜在药效物质基础。结果:基于UPLC-QTOF-MS,金芪降糖片共鉴定出51个化学成分,其中黄芪31个,黄连16个,金银花4个;通过CTD数据库、拓扑学分析以及相关文献,确定过氧化氢酶(CAT)受体,过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARG)受体和胰岛素(INS)受体为关键靶点;通过分子对接技术发现木兰花碱,黄连碱,表小檗碱,黄芪甲苷,咖啡酸,巴马汀,小檗碱,药根碱,小檗红碱,berberastine,groenlandicine,lycoranine B,demethyleneberberine,isomucronulatol-7-O-glucoside和calycosin-7-O-glucoside为金芪降糖片治疗2型糖尿病潜在的药效物质基础。结论:蛋白互作与网络拓扑学分析有助于实现核心靶点的快速定位;分子对接技术可实现大规模的虚拟筛选具有潜力的候选化合物;该文整合LC-MS和分子对接技术可方便快捷的寻找中药复方中的潜在药效物质基础,为后续的药物活性筛选实验提供参考。     

基于分子对接技术的常用降糖中药有效成分虚拟筛选

目的: 运用分子对接技术分析常用降糖中药效应物质基础及其作用机制,为降糖中药现代研究提供理论依据。 方法: 基于文献搜集降糖中药化学成分并构建其结构数据库,以二肽基肽酶-Ⅳ等7个糖尿病治疗靶标为分子对接的研究对象,通过Sybyl软件的Surflex-Dock分子对接模块进行虚拟筛选,以打分函数Total-Score为标准评价中药成分与靶标间相互作用,以Total-Score等于7为阈值,筛选出与各靶标结合较好的化学成分,并与已上市降糖西药进行类药性比较。 结果: 与二肽基肽酶-Ⅳ,糖原合酶激酶-3,过氧化酶增殖因子活化受体γ,α-葡萄糖苷酶,葡萄糖激酶,钠-葡萄糖共转运蛋白2和血管紧张素转化酶能较好结合的化学成分分别有52,28,32,150,47,41,33个。通过虚拟筛选得到的这些小分子化合物与已上市降糖西药具有相似的类药性性质。 结论: 分子对接技术在一定程度上解释了降糖中药的效应物质基础与作用机制,为降糖中药现代研究提供了线索。     

作用于β2-AR高频降压中药成分的虚拟筛选研究

目的:发现治疗高血压的高频应用中药中作用于β2肾上腺素能受体的潜在有效化学成分,对新型药物的研制提供参考。方法:网络检索治疗高血压的高频应用中药的化学成分,并采用基于分子对接的方法筛选出有效成分,然后采用基于配体共同特征的算法合成药效团。结果:构建中药化学小分子数据库1个,包含185种化学成分;筛选出6种有效成分:6'-阿魏酰基长春花苷内酰胺、金合欢素-7-O-β-D-吡喃葡萄糖苷、芹菜素-7-O-β-D-吡喃葡萄糖苷、糖脂、16α-羟基齿孔酸、脑苷脂;药效团包含5个药效特征:2个疏水基团、2个氢键给体和1个氢键受体。结论:通过研究筛选的活性成分可能是治疗高血压的有效天然成分,并为治疗高血压和新型药物的研制提供参考。     

分子对接虚拟筛选六味地黄方中α-葡萄糖苷酶抑制剂

目的:传统名方六味地黄方(LWDH)对治疗2型糖尿病具有较好疗效,α-葡萄糖苷酶(α-GC)是2型糖尿病发生发展的关键靶点,该文采用虚拟筛选技术分析LWDH中抑制α-GC活性的有效成分。方法:从文献中获取LWDH中己知的21种主要化学成分及代谢产物结构组成配体分子库,采用分子对接法将配体与α-GC的C端,N端分别逐一对接后,进行复合物自由结合能的数据分析;并以α-GC抑制剂阿卡波糖(ACR)的结合能作为阈值,预测LWDH中抑制α-GC活性潜在的有效成分。结果:与ACR和α-GC之N端,C端的结合能(-38.38,-36.38 J·mol-1)相比较,分别有2种LWDH的主要成分与α-GC的N端或C端结合能较低,其作用力主要为氢键和范德华力,且这几种成分均属于组成药物泽泻中的四环三萜类化合物。结论:基于分子对接的虚拟筛选可推断LWDH中抑制α-葡萄糖苷酶活性的有效物质,为深入开展六味地黄方治疗2型糖尿病的机理研究提供了科学数据。     

整合化学物质组学和网络生物学分析鬼箭羽治疗肾炎的潜在药效物质基础

该文旨在整合化学物质组学和网络生物学以探究中药鬼箭羽治疗肾炎的潜在药效物质基础。通过查阅文献和利用在线数据库自建鬼箭羽化学成分数据库,采用UPLC-Q-TOF/HRMS~E技术和UNIFI软件对其化学成分进行鉴定,在此基础上,运用网络生物学方法对其化学成分作用靶点及肾炎疾病作用靶点进行比对、分子对接研究和深入的分析,并结合已有文献的报道,得到鬼箭羽治疗肾炎的潜在药效物质基础。自建鬼箭羽化学成分数据库共收载62个化学成分,运用质谱鉴定出24个化学成分,基于网络生物学方法,反向筛选得到22个重要的化学成分和5个潜在关键靶点。分子对接研究发现槲皮素、山柰酚、儿茶素等11个化学成分可能是鬼箭羽治疗肾炎的潜在药效物质基础。该研究从化学物质组学入手,联合运用网络生物学技术,将药物成分和疾病的作用靶点建立起网络互作模型,通过复杂网络中各靶点间的相互作用,可方便且快速地找到其关键靶点,将关键靶点与药物小分子进行分子对接,即可筛选出其潜在药效物质基础,为后续的活性成分与分子机制的研究提供了参考。     

基于网络药理学的牛膝防治阿尔茨海默病的物质基础与作用机制研究

目的基于网络药理学及分子对接技术预测牛膝防治阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)的主要活性成分及作用靶点,探讨其"多成分-多靶点-多通路"的作用机制。方法收集DrugBank和文献报道中AD的治疗靶点,依据中药系统药理学技术平台(TCMSP)构建牛膝的化学成分库;运用DiscoveryStudio3.5软件进行分子对接,虚拟筛选牛膝中与AD的靶点结合的化学成分集;通过KEGG数据库对虚拟筛选到的关键靶点进行通路富集分析,采用Cytoscape 3.2.1软件构建牛膝的"成分-靶点-通路"网络。结果从牛膝中筛选出58个化合物,多为小分子烷烃、酯类和羧酸类化合物,其次为黄酮类、蒽醌类等。这些有效成分可能通过调节Ca MK-IIα、Ca MK-IIβ、Ca MK-IIγ、Akt1和TNF-α等36个AD发病机制的潜在靶蛋白而发挥作用,涉及MAPK signaling pathway、Wnt signaling pathway等12条通路。结论牛膝中黄酮类、蒽醌类等活性成分可能是其治疗AD的物质基础,其作用机制涉及抗炎、抗细胞凋亡等。     

基于药效团和分子对接技术对甘草中AChE抑制成分的虚拟筛选

该文对甘草中潜在作用于乙酰胆碱酯酶(acetylcholinesterase,AChE)靶点的抗痴呆活性物质进行研究,阐明其药效物质基础。通过收集文献中报道的具有AChE抑制活性的化合物信息,建立基于AChE配体的HipHop药效团模型,收集文献中报道的甘草中的成分并建立化合物库,对甘草中的成分与药效团进行匹配,随后采用柔性对接(flexible docking)手段对匹配到的小分子化合物与AChE靶点(PDB ID:4EY7)进行对接并评估其相互作用。通过文献检索共得到甘草中所包含的化学成分44种,建立甘草化合物库。随后通过测试集验证选出优选药效团04用于对甘草化合物库的虚拟筛选,经过匹配后得到6种甘草中潜在的抗AChE成分。随后通过分子模拟对接分析了6种化合物与AChE的相互作用情况,预测所得甘草抗AChE成分与已有文献相符,表明基于药效团和分子对接技术手段探讨甘草中AChE抑制作用的成分具有一定的准确性。     

基于网络药理学方法探讨通塞脉片治疗动脉粥样硬化的作用机制

该研究利用网络药理学方法探索通塞脉片治疗动脉粥样硬化的药效物质和分子作用机制。经分子对接、分子-靶蛋白网络分析发现,通塞脉片中有97个分子可与动脉粥样硬化相关靶蛋白产生较好的相互作用(对接得分大于等于7),其中37个分子可作用于2个以上靶点,且具有较高的介数,推测这37个分子可能是通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要活性成分群。同时,所预测活性成分中含有较多的黄酮类和皂苷类化合物,提示该2类成分应在药效物质基础和质量标准研究中重点关注。靶点网络特征分析显示,通塞脉片主要活性成分可通过与Toll样受体(TLR1,TLR2)、基质金属蛋白酶(MMP1,MMP2,MMP3,MMP9)、血管紧张素转化酶(ACE)、白三烯A4水解酶(LTA4-H)、5-脂氧酶(5-LOX)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARα,PPARγ)等22个主要靶蛋白作用,起到调节炎症、增加斑块稳定性、保护内皮细胞、参与血脂调节及抗凝等作用,从而参与对动脉粥样硬化病理过程不同环节的调控,最终实现对动脉粥样硬化的治疗。该研究揭示了通塞脉片治疗动脉粥样硬化的主要药效物质及其可能的分子作用机制,印证了通塞脉片多成分、多靶点、整体调节的作用特点,为后续系统进行通塞脉片药效物质基础和作用机制实验研究提供了理论依据。     

分子对接在中药开发的应用现状与挑战

中医药学是中国古代科学的瑰宝,也是打开中华文明宝库的钥匙。为将其“说清楚,讲明白”,相关药效物质基础及调控靶点的研究一直备受关注。分子对接技术是一种计算机辅助的药物设计方法,能够直观展示成分与靶点蛋白之间的相互作用关系。随着中药现代化的需求以及算法算力的更新,分子对接作为先导研究是中药新药研发的必然需求。该文总结近年来分子对接技术在中医药开发的研究进展,对于进一步推动中药活性成分的分子对接筛选研究提供一定的参考价值,为提高中药新药的研发提供思路与方法。     

基于网络药理学和分子对接探讨肿节风的活性成分及药效机制

目的:运用网络药理学方法预测中药肿节风的药效物质基础与潜在机制。方法:选用TCMSP等数据库搜集肿节风的化学成分,并筛选活性成分;预测活性成分潜在的靶点;应用CTD匹配靶点对应的疾病;采用Cytoscape构建和分析网络;采用STRING进行靶点蛋白质相互作用(PPI)分析;应用GlueGO行基因本体(GO)及京都基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;采用iGEMDOCK进行分子对接。结果:筛选出22个肿节风活性成分,可作用于116个靶点治疗18类疾病。淫羊藿素、苯二甲酸等8种活性成分为肿节风的主要药效物质基础;ALB、EGFR、CASP3及MAPK8等为其关键靶点;分子对接验证了大部分关键活性成分能与关键靶点紧密结合;肿瘤、心血管及消化系统疾病是其主要针对的疾病。靶点富集到92个GO条目和43个KEGG通路上,功能涉及激素相关通路、VEGF信号通路和血小板功能等。结论:本研究运用网络药理学方法探究了肿节风的药效物质基础及其多维药理作用机制,为推广其临床应用和进一步的研究提供了思路。     

利用单克隆抗体特异性敲除技术解析中药药效物质基础的新方法

中药药效物质基础研究是实现中药现代化的关键问题之一。作者将小分子单克隆抗体技术引入中药药效物质基础研究,利用中药活性成分的单克隆抗体制备相应的免疫亲和色谱柱,实现从药材或复方中特异性地"敲除"该化合物,而"原样"保留其他成分在量和比例关系上不变,通过药理药效的比较研究,来明确揭示该成分与整体中药或复方功能主治的关联度。利用单克隆抗体特异性敲除技术解析中药药效物质基础,是符合中药自身特点的药效物质基础研究新方法,获得的研究结果不仅有助于从全新的角度理解物质基础,而且有助于理解中药单味药内部,或复方药味之间"配伍"的现代科学意义。     

中药药效物质筛选与辨识的研究思路及进展

中药及其复方所含化学成分复杂多样,药理作用具有多途径、多靶点协同作用的特征,中药药效物质基础研究是中药现代化的重点和难点。目前,中药药效物质基础研究思路和研究方法不断创新,综述并归纳了中药药效物质筛选与辨识的思路及进展,指出应建立多学科交叉、多维立体筛选和评价的研究模式,以期为深入和全面地揭示中医药作用机制和配伍规律,以及构建中药质量评价体系等提供参考。     

基于体内外相结合的中药大品种二次开发物质基础研究思路

中药大品种二次开发是中药现代化、科学化、标准化进程的重要环节之一。如何准确有效地识别原方有效物质基础是二次开发中最首要的难题,同时也是中药现代化发展的瓶颈。该文在目前已有的试验方法的基础上,根据中药复方多成分、复杂作用需要综合多学科的方法与技术协同研究的思路,提出基于体内外相结合的中药大品种二次开发物质基础研究思路,认为物质基础研究需要分为识别、筛选、验证3个环节,每个环节设计相应的体内、外的研究方法相互补充、相互验证,最终筛选正确可靠的复方物质基础。该思路为中药大品种二次开发以及复方物质基础研究提供参考。     

熊胆药用特殊价值及其药效物质基础研究

近20年来熊胆的药效作用及药效物质基础研究取得了丰硕的成果,在肝胆系统,心脑血管系统及抗肿瘤、祛痰镇咳、清热明目等方面展示出良好的药效活性,具有独特的药用价值;熊胆的主要药效物质基础除以往认识的熊去氧胆酸及牛磺熊去氧胆酸等胆汁酸成分外,还有具有良好抗丙型肝炎活性的熊胆大分子成分-熊胆蛋白,以及多肽等,是人工能够合成的熊去氧胆酸类成分所不能替代的,为熊胆的药用不可替代性提供了依据。     

中药药效物质基础研究进展

中药药效物质基础研究是中药现代研究的关键点之一,是阐释中药整体功效及其作用本质的核心环节,是中药安全、有效和质量控制的重要基础。但由于中药多成分和药效作用的复杂性,以及中药各有效成分的协同作用,使得中药药效物质基础的阐明成为难题,制约着中医药的现代化进程。因此,中药药效物质基础目前已受到学术界的广泛重视,许多专家学者对此进行了大量的研究和实践。本文通过回顾、分析近年来中药药效物质基础研究的相关文献,综述了中药药效物质基础的内涵、研究思路和方法,并探讨了目前研究中存在的一些问题,以期对中药药效物质基础研究提供参考。     

联合体内外多维化学物质组和分子对接策略的炮附子抗炎药效物质基础研究

目的 挖掘炮附子Aconiti Lateralis Radix Praeparata潜在的抗炎药效物质基础。方法 采用超高效液相色谱-质谱联用法（UPLC-MS）鉴别炮附子的体内外多维化学物质组;通过蛋白互作网络、拓扑学分析以及相关文献筛选疾病靶点并结合分子对接技术筛选与目标蛋白结合良好的化合物。结果 鉴定了炮附子中53个化学成分、37个入血成分;确定Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)、基质金属蛋白酶9(matrix metalloprotein 9,MMP9)受体、纤溶酶原（plasminogen,PLG）受体为关键靶蛋白,发现卡拉可林、宋果灵、海替生、易混翠雀花碱、黄草乌碱丁、绣线菊碱C、苯甲酰新乌头原碱、苯甲酰乌头原碱、苯甲酰次乌头原碱、三小叶翠雀碱E、裸翠雀亭等21个化合物为炮附子潜在的抗炎药效物质。结论 所建立的方法充分考虑中药饮片化学成分的复杂性,从多个层次逐步推进,方便快捷地筛选出炮附子潜在的抗炎药效物质,可为中药药效物质筛选提供借鉴。     

中药谱效学的应用进展

中药谱效学是针对中药药效物质基础及其作用机制研究的一种有效方法,即首先采用不同现代分析手段获取中药的化学成分信息,并选取适当的动物模型进行药理活性评价,再根据统计学方法的结果将上述2种实验数据加以分析整合,从而找出发挥作用的关键药效物质。目前中药谱效学的应用十分广泛。主要就谱效学在中药的质量评价研究、中药的提取纯化工艺研究以及中药炮制前后活性物质变化研究等方面的应用进行总结,为中药的进一步相关研究提供参考。     

栀子大黄汤血清药物化学的初步研究

目的 对栀子大黄汤(Zhizi Dahuang Decoction,ZDD)的入血成分进行分析研究,进而探讨其药效物质基础.方法 采用血清药物化学研究方法,建立口服ZDD后大鼠血清的超快速液相色谱(UFLC)指纹图谱;通过比较ZDD、缺味方、单味药以及各组给药后所得血清样品,初步确定口服ZDD后大鼠血中移行成分及其来源生药.结果 口服ZDD后在大鼠血中发现了21个入血成分,其中12个为代谢产物,9个为原型成分;经与对照品比对,指认了3个原型入血成分,分别为京尼平苷、芦荟大黄素和大黄酸.结论 初步确定了ZDD的入血成分,为其药效物质基础的阐明奠定了基础.     

UPLC-ESI-MS n 法测定糖痹康颗粒入血成分研究

目的：通过UPLC-ESI-MS n 方法定性分析糖痹康颗粒（TBK）的入血成分,初步阐明糖痹康颗粒的药效物质基础。方法：采用UPLC-LTQ-Orbitrap高分辨液质联用仪,在电喷雾离子源的正、负离子模式下,对空白血清、糖痹康颗粒经大鼠给药后的含药血清进行检测。根据离子碎片信息,偶电子规律,氮规则等并结合相应参考文献,定性分析并鉴定入血成分。结果：糖痹康颗粒灌胃给药后,在大鼠血清中发现15个入血成分,其中13个是以原型成分被吸收,其余2个可能为代谢产物。结论：糖痹康入血成分是各组方药味配伍后共同作用的结果,在大鼠血清中,多数成分已经被大鼠代谢吸收,少数以原型成分吸收。本实验为糖痹康颗粒的药效物质基础和体内代谢研究提供参考。