乙型脑炎病毒减毒活疫苗生产株SA_(14)-14-2基因组全序列的测定

目的　对乙型脑炎减毒活疫苗SA14 1 4 2生产株进行全序列测定和分析 ,为进一步了解其基因组结构与疫苗减毒机制的关系及研究疫苗生产的遗传学质控标准奠定基础。方法　根据已发表的SA14 1 4 2株及SA14株的序列 ,设计 6对相互重叠片段的引物 ,通过RT PCR扩增出SA14 1 4 2疫苗生产株的cDNA片段 ,分别克隆到pGEM T载体 ,转化至TG1受体菌中 ,挑取阳性克隆进行鉴定后测定全序列。结果　SA14 1 4 2生产株基因组全序列长 1 0 976个核苷酸 ,96到 1 0 3 94为一个长开放读码框 ,编码 3 43 2个氨基酸。与国外测定的SA14和SA14 1 4 2株的核苷酸序列和氨基酸序列相比 ,同源性均在 99%以上 ,突变位点分散于各个区域 ,以往推测的 7个可能与减毒相关的位点均未发生改变。1 2 96～ 1 50 6间有 4个突变位点 ,有可能作为疫苗质控的遗传学标记。结论　乙脑减毒活疫苗生产株的基因组全序列基本类似于已发表的序列 ,若干不同位点产生的原因可能在于病毒株的不同传代。全序列的测定对于研究疫苗株的减毒机理及疫苗的遗传学质控标准具有一定意义。     

乙型脑炎病毒减毒活疫苗生产株SA14—14—2基因组全序列的测定

目的：对乙型脑炎减毒活疫苗SA14－14－2生产株进行全序列测定和分析,为进一步了解其基因组结构与疫苗减毒机制的关系及研究疫苗生产的遗传学质控标准奠定基础。方法：根据已发表的SA14－14－2株及SA14株的序列,设计6对相互重叠片段的引物,通过RT－PCR扩增出SA14－14－2疫苗生产株的cDNA片段,分别克隆到pGEM-T载体,转化至TG1受体菌中,挑取阳性克隆进行鉴定后测定全序列。结果：SA14－140－2生产株基因组全序列长10976个核苷酸,96到10394为一个长开放读码框,编码3432个氨基酸。与国外测定的SA14和SA14－14－2株的核苷酸序列和氨基酸序列相比,同源性均在99％以上,突变位点分散于各个区域,以往推测的7个可能与减毒相关的位点均未发生改变。1296－1506间有4个突变位点,有可能作为疫苗质控的遗传学标记。结论：乙脑减毒活疫苗生产株的基因组全序列基本类似于已发表的序列,若干不同位点产生的原因可能在于病毒株的不同传代。全序列的测定对于研究疫苗株的减毒机理及疫苗的遗传学质控标准具有一定意义。     

乙型脑炎减毒活疫苗SA14-14-2感染性克隆的构建、鉴定及稳定性分析

目的 构建稳定的乙型脑炎病毒(JEV)疫苗SA14-14-2感染性克隆.方法 用基因重组技术把SA14-14-2全长 cDNA克隆到质粒pACNR中,并以其为模板转录RNA,将RNA电转导入BHK21细胞包装病毒,用蚀斑实验和间接免疫荧光法检测病毒,对病毒进行传代实验及序列分析,并比较恢复病毒和疫苗株在蚀斑大小、神经毒力等方面的差别.结果 酶切及测序表明质粒模板成功构建,用免疫荧光技术检测到恢复病毒蛋白表达,恢复病毒感染BHK21后可致细胞病变效应(CPE),传代实验表明病毒可以稳定感染BHK21细胞,测序表明:除人为引入的突变外(碱基473 A→C)无任何碱基突变,并发现恢复病毒在蚀斑形成、小鼠的神经毒力等特性方面同疫苗株相同.结论 成功构建了稳定的JEV感染性克隆,建立了用于JEV研究的反向遗传学方法,为研究JEV的致病机理、疫苗的减毒机制以及嵌合病毒疫苗的研发奠定基础.     

乙脑病毒SA14-14-2株复制子载体的构建及鉴定

目的 构建乙脑病毒SA14-14-2株复制子载体,为进一步研究以乙脑病毒为载体的新型疫苗奠定基础.方法 (1)构建了两个乙脑病毒复制子:一个为完全缺失PrM/E基因(命名为Full △prM/E Replicon);一个保留E基因C端213 bp(命名为Partial △prM/E Replicon),并代之以多克隆位点.(2)将复制子RNA转染BHK-21细胞,于24、48、72、96 h采用Real-time PCR验证复制子的自主复制能力.(3)于复制子多克隆位点处插入YFP报告基因,并将含报告基因的复制子RNA转染BHK-21细胞,采用荧光显微镜观察及流式细胞仪检测验证YFP的表达.结果 (1)两个复制子RNA转染BHK-21细胞后,RNA有随时间增加而不断增多的趋势.(2)含报告基因的复制子RNA转染BHK-21细胞后,荧光信号持续增强,表达YFP的阳性细胞率也逐渐增多.结论 构建的乙脑病毒SA14-14-2株复制子载体Full △prM/E Replicon及Partial △prM/E Replicon具有自主复制能力及对外源蛋白的表达能力.     

由构建的基因组全长cDNA所回收的我国登革2型病毒株的鉴定

目的 由构建的病毒基因组全长cDNA回收具有感染性的我国登革2型病毒株，为进一步阐明登革2型病毒的致病机制及其新型疫苗的研制奠定基础。方法 用SP6 RNA聚合酶系统制备我国登革2型病毒（D2－43）株基因组全长cDNA的体外RNA转录物，纯化后经电穿孔法转染C6／36细胞，观察致细胞病变作用以判断其感染性。从病变的细胞和培养上清中提取总RNA，通过RT－PCR扩增及克隆测序的方法证实细胞病变确为RNA转录物感染所致。同时收集可产生细胞病变的培养上清，再感染C6／36细胞以进一步证实所回收的登革2型病毒感染的稳定性。结果 以我国D2－43病毒株基因组全长cDNA为模板制备的体外RNA转录物可使C6／36细胞产生病变，从病变细胞和培养上清中可扩增获得病毒特异的基因片段。在培养细胞中进行连续传代仍可产生细胞病变作用。结论 构建的我国D2－43株基因全长cDNA的体外RNA转录物对传代蚊细胞具有感染性，表明可产生完整的病毒颗粒。本研究可为阐明登革2型病毒的致病机理及探索新的预防和治疗措施奠定基础。     

从病毒性脑炎患者标本分离的基因I型乙脑病毒全基因组序列特征研究

目的通过现代分子生物学理论与技术测定和分析了从脑炎患者脑脊液标本分离的基因I型乙脑病毒（GZ56株）全基因组序列特征,以了解其致病性的分子基础。方法采用RT．PCR法和核酸序列测定法获得病毒基因组全序列,并利用DNASTAR、ClustalX version2．0．9及MEGAversion4．1等生物学软件分析该乙型脑炎病毒核苷酸序列、氨基酸序列及系统进化等。结果研究结果表明从病毒性脑炎患者脑脊液标本分离的基因I型乙脑病毒（GZ56株）基因组全长为10965nt,编码3432个氨基酸。病毒全基因组分子进化分析显示GZ56株全基因组与国际上第一株从蚊虫分离的基因I型乙脑病毒（M-28株）处于同一进化分支。GZ56株与其他基因I型乙脑病毒核昔酸和氨基酸序列同源性分别为96．2％～98．6％和98．2％～99．7％。病毒E基因与乙脑病毒灭活疫苗株P3相比存在11个氨基酸差异位点,而与乙脑病毒减毒活疫苗株SA14-14-2相比,在E蛋白上存在14个氨基酸差异位点。结论本研究提示,从病毒性脑炎患者标本分离的基因I型乙脑病毒全基因组未见明显变化,从基因组水平可以推测该病毒可以被现行的乙脑疫苗所保护。     

我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA的构建

目的 构建我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA,为进一步研究其体外RNA转录产物的感染性,阐明致病机理及探索新型疫苗奠定基础。方法 根据登革2型病毒参考株NGC株的核苷酸序列,利用DNASTAR软件设计覆盖登革2型病毒43株基因组的6对重叠引物。从感染登革2型病毒43株的乳鼠脑中提限病毒基因组RNA,采用RT－PCR分别扩增6条基因片段,并将其分别与pGEM－T载体进行连接。重组质粒用PCR进行快速鉴定,并在377A型自动测序仪进行序列分析。然后利用单一酶切位点,分别自阳性重组子上切下各基因片段,在体外分别进行5′半分子和3′半分子的连接,最后将5′和3′半分子连接成基因全长的cDNA。扩增各接头两侧长约457－691bp的基因片段,连接至T载体后测序,从而对全长cDNA进行鉴定。结果 共扩增出6条约1．5－2．5kb的基因自然,并在体外进行连接,获得了全长cDNA。结论 通过测序证实成功地构建了我国登革2型病毒43株基因组全长cDNA分子。本研究结果将为阐明我国登革病毒株的毒力及致病机理奠定基础。     

冠状病毒全长cDNA感染性克隆研究进展

冠状病毒是已知RNA病毒中基因组最大的一类病毒,其基因组复制不涉及DNA中间体,所以要进行病毒分子水平上的研究,必须将病毒基因组RNA转换成cDNA,然后构建出cDNA克隆,通过对cDNA克隆的操作间接实现对病毒基因组RNA的操作,从而为冠状病毒基因组研究提供易于操作的技术平台,大大提高了病毒的研究潜力.本文就构建冠状病毒基因组全长cDNA感染性克隆的最新进展做一综述.     

冠状病毒全长cDNA感染性克隆研究进展

冠状病毒是已知RNA病毒中基因组最大的一类病毒，其基因组复制不涉及DNA中间体，所以要进行病毒分子水平上的研究，必须将病毒基因组RNA转换成cDNA，然后构建出cDNA克隆，通过对cDNA克隆的操作间接实现对病毒基因组RNA的操作，从而为冠状病毒基因组研究提供易于操作的技术平台，大大提高了病毒的研究潜力。本文就构建冠状病毒基因组全长cDNA感染性克隆的最新进展做一综述。     

The stability of E protein gene of the Japanese encephalitis live attenuated vaccine virus SA_(14)-14-2

Japanese encephalitis (JE) virusis one of the ma-jor causes of serious encephalitis throughout Eastand South Asia .Itistransmittedto humans mainlyby infected mosquitoes . Nowadays there are twokinds of Japanese encephalitis vaccines ,inactivat-ed vaccine and live attenuated vaccine , on themarket in China . The Japanese encephalitis wildstrain SA14wasisolatedforthefirsttimein Xi-an,China in1954 .Threelive attenuated vaccine can-didates,SA14-14-2 [1] ,SA14-5-3 [2] and SA14-2-8 [3] , wer…     

流行性乙型脑炎病毒活疫苗株SA14-14-2基因稳定性研究

目的 通过研究流行性乙型脑炎活疫苗减毒株基因稳定性，从分子水平证实流行性乙型脑炎活疫苗的遗传稳定性。方法分析流行性乙型脑炎活疫苗主种子、工作种子及其相应的疫苗病毒E蛋白基因核苷酸和氨基酸序列，并与其强毒株和基因库中乙脑病毒减毒株(AF15119)比较。结果乙脑活疫苗主种子、工作种子及其相应的疫苗病毒的E蛋白基因核苷酸序列完全相同。这些病毒E蛋白的氨基酸序列与基因库中乙脑病毒弱毒株(AF315119)比较显示第E447位点氨基酸有差异。结论乙脑病毒活疫苗减毒株遗传学特性稳定。     

乙型脑炎野毒株和弱毒株（SA14-14-2）在豚鼠体内的病毒血症比较试验

目的 利用豚鼠病毒血症的产生强度对乙型脑炎野毒株和弱毒株病毒毒力进行评价.方法 以不同乙脑野毒株和减毒株及其母株病毒分别接种豚鼠,观察不同时间产生病毒血症的水平.结果 接种后1 d和3 d,不同乙脑野毒株均可检测到不同水平的病毒血症（1.00～3.40 lg pfu）,以相同滴度（104pfu）的病毒接种豚鼠时,疫苗株母株SA14产生较高水平的毒血症（2.41～3.40 lg pfu）并至少持续3 d,而SA14-14-2疫苗株未产生毒血症.结论 豚鼠病毒血症的产生强度可以作为一种新的方法对乙型脑炎病毒的减毒和疫苗株的毒力进行评价.     

中国基因3型乙型脑炎病毒E基因分子特征

目的 以减毒活疫苗(SA14-14-2株)为对照,分析我国分离的基因3型乙脑病毒E基因区段核苷酸及氨基酸序列分子特征.方法 从GenBank中获取相应乙脑病毒株E基因区段核苷酸序列,通过Clustal X(1.81)、DNAStar、GENEDOC(3.2)等生物学软件进行核苷酸和氨基酸位点差异分析.以蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白氨基酸位点分析.结果 我国不同地域、不同宿主分离的基因3型乙脑病毒与SA14-14-2株核苷酸同源性分别在96%和95%以上,氨基酸同源性在95%和94%以上.在同一地域、同一宿主类型分离的毒株之间核苷酸和氨基酸同源性非常高.在E基因区段存在10处共同的氨基酸位点差异,在结构域Ⅰ(E160)、结构域Ⅱ(E123和E227)和两个未在结构域中的氨基酸位点(E441和E487)等5个位点在部分基因3型乙脑病毒中存在差异.结论 我国分离的基因3型乙脑病毒与减毒活疫苗株(SA14-14-2株)E基因区段同源性高,存在5处基因3型乙脑病毒特异的氨基酸位点差异,但现行减毒活疫苗株理论上可以保护我国分离的基因3型乙脑病毒野毒株.     

武汉市新分离2株乙型脑炎病毒E基因分型及序列分析

目的 对2009年武汉市新分离的2株乙型脑炎（简称乙脑）病毒进行基因分型和序列分析,了解本地乙脑病毒株的分子生物学特性。方法 将2009年从三带喙库蚊中分离的两株乙型脑炎病毒用RT-PCR法扩增E基因,将其进行测序,并用DNAstar and MegAlign软件与其他基因型代表株进行比对。结果 16组样品检出两株阳性（WHJX9-09、WHJX10-09）,这两株阳性均属于GI型。两株新分离JEV之间的核苷酸和氨基酸同源性分别为98.9％和100％。同目前在武汉市使用的疫苗株SA-14-14-2相比,核苷酸同源性分别为87.4％、87.9％,氨基酸同源性为96.9％。共有15个氨基酸发生变异分布在3个不同结构域,中和位点没有变异但是神经毒力位点仍然存在。结论 武汉市本地新分离乙脑病毒基因型为GI型,不同于1988年在武汉检出的GⅢ型的基因型,和疫苗株SA-14-14-2相比,其神经毒力并没有减弱,但疫苗产生的抗体对新出现的GI型乙脑病毒仍有中和作用。因此提高乙脑疫苗的接种率并配合防蚊灭蚊措施对控制乙脑疫情依然至关重要。同时有必要对本市蚊虫及乙脑患者进行长期的病原学监测工作,为乙脑预测预警体系的建立提供科学依据。     

四川省分离的基因1型乙型脑炎病毒分子特征分析

目的 从四川省巴中市采集的蚊虫标本中分离乙型脑炎(简称乙脑)病毒(JEV),确定其基因型别,并分析相关的基因1型乙脑病毒PrM和E基因区段氨基酸序列特征.方法 对2004年采集蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的乙脑病毒进行生物学、血清学及分子生物学鉴定.逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X软件做碱基配对分析,MEGA4软件完成病毒进化分析,GENEDOC(3.2)软件完成氨基酸位点分析,根据蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白三维结构模拟预测分析.结果 共采集4668只蚊虫标本,主要是骚扰阿蚊和库蚊,分离到6株病毒,经鉴定均属于基因1型的乙脑病毒.将四川省分离的6个毒株结合我国新分离的基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株SA14-14-2株的PrM区段和E区段氨基酸比较,发现PrM区段在PrM2、64和65位存在基因1型乙脑病毒独有的氨基酸位点差异,E区段存在14处共同的氨基酸位点差异,其中在E129、222、327和366位点为中国目前分离到的基因1型乙脑病毒所特有的位点特征.结论 从四川省巴中市首次分离到基因1型的乙脑病毒,并发现基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株之间PrM、E基因区段存在氨基酸差异,但现行疫苗株理论上可以保护新分离的基因1型乙脑病毒.     

四川省分离的基因1型乙型脑炎病毒分子特征分析

目的 从四川省巴中市采集的蚊虫标本中分离乙型脑炎(简称乙脑)病毒(JEV),确定其基因型别,并分析相关的基因1型乙脑病毒PrM和E基因区段氨基酸序列特征.方法 对2004年采集蚊虫标本进行病毒分离,对新分离的乙脑病毒进行生物学、血清学及分子生物学鉴定.逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)扩增新分离JEV的PrM、E区段核苷酸序列,测序后应用Clustal X软件做碱基配对分析,MEGA4软件完成病毒进化分析,GENEDOC(3.2)软件完成氨基酸位点分析,根据蜱传脑炎病毒可溶性蛋白晶体结构为模板进行乙脑病毒E蛋白三维结构模拟预测分析.结果 共采集4668只蚊虫标本,主要是骚扰阿蚊和库蚊,分离到6株病毒,经鉴定均属于基因1型的乙脑病毒.将四川省分离的6个毒株结合我国新分离的基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株SA14-14-2株的PrM区段和E区段氨基酸比较,发现PrM区段在PrM2、64和65位存在基因1型乙脑病毒独有的氨基酸位点差异,E区段存在14处共同的氨基酸位点差异,其中在E129、222、327和366位点为中国目前分离到的基因1型乙脑病毒所特有的位点特征.结论 从四川省巴中市首次分离到基因1型的乙脑病毒,并发现基因1型乙脑病毒与减毒活疫苗株之间PrM、E基因区段存在氨基酸差异,但现行疫苗株理论上可以保护新分离的基因1型乙脑病毒.