应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测载脂蛋白E基因多态性

【目的】应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测人类载脂蛋白E(apoE)基因的多态性。【方法】用PCR扩增出含apoE两个单核苷酸多态性(SNPs)位点(334T／C和472C／T)的DNA片段作为模板，经延伸反应，产物纯化后利用MALDI-TOF MS进行检测。从而确定样本apoE基因型。【结果】应用本技术对50例广东地区无关个体进行apoE基因多态性检测，共检出3种常见的apoE基因型，其中以apoE∑3／3型最多，占总数的74．00％；等位基因频率分布以ε3(87．00％)最高。【结论】本实验建立的基于MALDI-TOF MS与引物延伸技术检测apoE基因多态性的方法，具有快速、准确和可靠的特点。     

MicroRNA-146a前体区基因多态性与江苏地区汉族人群喉癌遗传易感性的关联性分析

目的探讨microRNA-146a（miR-146a）前体区基因多态性位点rs2910164 G〉C与喉癌的关联性。方法建立病例一对照研究,选取204例喉癌患者和440例健康对照者,收集一般人口学资料和临床病理学特征,采用TaqMan探针对miR-146a rs2910164位点进行基因分型,logistic回归模型用于评价rs2910164位点与喉癌发病风险的关联性强度。结果rs2910164多态性位点与增加罹患喉癌风险显著相关（GC/CCVS．CC：OR调整=2．49,95％CI=1．57-3．94）。分层分析显示,与携带GG基因型个体相比,携带C等位基因的吸烟、饮酒以及无肿瘤家族史个体罹患喉癌风险显著增加（P均〈0．05）,吸烟、饮酒与miR-146a rs2910164位点的共同作用效应更加显著（吸烟与rs2910164GC/CC：OR=6．39,95％CI=2．72-15．0;饮酒与rs2910164GC/CC：OR=4．19．95％CI=2．24-7．83）。结论miR-146ars2910164C等位基因与增加罹患喉癌风险有关,可以作为预测喉癌发病风险的潜在生物标志物。     

基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术早期筛查耐万古霉素屎肠球菌

目的探讨基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)快速筛查耐万古霉素屎肠球菌(vancomycin resistant enterococcus faecium,VRE)。方法收集2009至2012年临床分离的150株屎肠球菌为研究对象。其中实验组为60株万古霉素耐药屎肠球菌,对照组为90株万古霉素敏感屎肠球菌(vancomycin susceptible enterococcusfaecium,VSE)。通过PCR方法对所有菌株进行万古霉素耐药基因检测。应用MALDITOF MS检测2组菌株,随机选取实验组30株VRE和对照组30株VSE的质谱峰,应用ClinPro Tools软件统计分析两组之间差异质谱峰的受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线。用筛选的差异质谱峰来鉴别余下的实验组30株VRE及对照组60株VSE。结果 MALDI-TOF MS鉴定所有菌株均为屎肠球菌,60株VRE均携带vanA基因,90株VSE不携带任何万古霉素耐药基因,两组菌株之间存在2个差异蛋白质谱峰,相对分子质量分别为3 516.14和3 644.12,其曲线下面积(area under curve,AUC)分别为0.782、0.767。同时采用这2个质谱峰时,MALDI-TOF MS检测VRE的敏感度为80%,特异度为90%,假阳性率为10%,假阴性率为10%,阳性预测值为80%,阴性预测值为90%。结论 MALDI-TOF MS能够在药敏结果报告前,菌株鉴定同时快速筛查VRE,据此建立新型报告流程即时指导临床合理使用抗生素。     

miRNA－146a基因多态性与儿童癫痫的相关性研究

目的：探讨我国汉族儿童中miRNA－146a（miR－146a）基因SNP位点（rs2910164和rs57095329）基因多态性与癫痫和难治性癫痫（ RE）易感性的关系。方法采用病例对照研究方法,选取癫痫患儿264例（癫痫组）,其中包括RE组患儿94例,非RE组患儿170例;健康对照者303例（对照组）。利用PCR－RFLP方法检测rs2910164和rs57095329两个SNP位点的多态性分布,并进行统计分析。结果癫痫组患儿中miR－146a基因SNP位点rs57095329基因型（ GG、AG、AA）频率和SNP位点rs2910164的基因型（ CC、CG、GG）频率与对照组相比差异均无统计学意义（ P＞0.05）。在RE组中,rs57095329 SNP位点基因型频率与对照组相比差异有统计学意义（P＝0.016）,G等位基因频率显著高于对照组（OR＝1.677,95％CI：1.146～2.424, P＝0.007）;而rs2910164 SNP位点基因型以及等位基因频率与对照组相比差异均无统计学意义（P＞0.05）;且SNP位点（rs57095329）多态性与RE的发作频率无关。结论位于miR－146a启动子区域的SNP位点（rs57095329）的多态性与RE发病相关,但与RE的发作频率无关,而SNP位点（ rs2910164）与癫痫的易感性不相关。     

miRNA-146a基因多态性与长江以南女性汉族人群系统性红斑狼疮(SLE)的病例对照研究

 目的   研究miRNA-146a (microRNA-146a)基因rs2910164、rs57095329、rs6864584多态性与中国长江以南汉族女性人群系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)易感性间的关系。方法    采用病例-对照研究设计纳入病例和对照各179例,应用限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)等分子生物学技术分型,利用单因素及多因素Logistic回归,在多个遗传模型(加性、隐性、显性)下,研究miRNA-146a基因多态性与SLE的关系,用χ2检验分析基因多态与临床表型的关系。结果    miRNA-146a基因rs2910164等位基因G相对于C可能增加SLE的患病风险(P=0.003,OR=1.572,95%CI:1.169~2.114);多因素Logistic回归提示rs57095329在3个模型下均与SLE相关(加性:P=0.007,OR=1.849,95%CI:1.182~2.893;显性:P=0.031,OR=3.478,95%CI:1.121~10.792,隐性:P=0.010,OR=2.081,95%CI:1.189~3.642 ),且相对于AA基因型来说,AG、GG基因型的个体患SLE的风险增加。单纯病例设计中,表型研究提示,rs2910164等位基因G相对于C增加肾脏损害风险及抗SM异常;rs57095329位点A相对于G等位基因降低肾脏、关节、神经系统损害风险;而 AA基因型携带者抗RNP异常风险下降。结论  miRNA-146a基因rs2910164位点与rs57095329位点多态在长江以南汉族女性人群中与SLE易感性存在相关性,且与临床表型(如肾损伤)和免疫学指标(抗RNP)存在相关,但是rs6864584位点多态性可能与SLE的易感性无关。     

MiR-146a rs2910164基因多态性与胃癌易感性的系统评价

目的 评价miR-146a rs2910164 G/C基因多态性与胃癌易感性的相关性.方法 全面检索Pubmed、Excerpta Medica Database （Embase）、Chinese Biomedical Literature Database （CBM） and the Cochrane Library、维普、万方数据库,收集研究miR-146a rs2910164 G/C基因多态性与胃癌易感性相关性的文献.对miR-146a rs2910164 G/C各基因型的比较模型（G vs C、GG vs CC、GG vs GC、GC vs CC、GG＋GC vs CC、GGvs GC＋CC）进行定量综合分析.结果 共纳入8篇文献,共有胃癌患者4198例,健康对照5853例.Meta分析结果发现MiR-146a rs2910164 G/C基因多态性与胃癌易感性之间具有相关性（GG vsGC：OR=1.14,95％ CI：1.03～1.27,P=0.01;GG vs GC＋ CC：OR=1.17,95％ CI：1.06 ～ 1.29,P=0.002）.在亚组分析中也有相似的结论.结论 本研究发现miR-146a rs2910164基因多态性与胃癌易感性之间具有相关性,并且miR-146a rs2910164的等位基因G可能是胃癌的危险因素.     

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测载脂蛋白 E基因多态性

[目的]应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测人类载脂蛋白 E(apoE)基因的多态性.[方法]用 PCR扩增出含 apoE两个单核苷酸多态性( SNPs)位点 (334 T/C和 472 C/T)的 DNA片段作为模板,经延伸反应,产物纯化后利用 MALDI-TOF MS进行检测.从而确定样本 apoE基因型.[结果]应用本技术对 50例广东地区无关个体进行 apoE 基因多态性检测,共检出 3种常见的 apoE基因型,其中以 apoEΣ 3/3型最多,占总数的 74.00%;等位基因频率分布以ε 3( 87.00%)最高.[结论]本实验建立的基于 MALDI-TOF MS与引物延伸技术检测 apoE基因多态性的方法 ,具有快速、准确和可靠的特点.     

生长激素1基因单核苷酸多态性与食管癌的关联研究

目的:检测生长激素1基因单核苷酸多态性rs2665802T/A与食管癌的关系.方法:应用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法对77名食管癌患者和461名正常对照进行基因分型,并用非条件性Logisac回归分析rs2665802与食管癌发病的关联性.结果:总体来说,rs2665802 对食管癌的发病没有影响,然而,在身体质量指数(BMI)低于24.9 kg/m2的人群中,基因型TA和AA可降低食管癌的发病风险.结论:在BMI低于24.9 kff/m2人群中,rs2665802与食管癌发病相关联.     

纳米金检测单核苷酸多态性的应用进展

单核苷酸多态性(single nucleoride polymorphism,SNP)与疾病发生的关系的重要性日益受到重视,探讨SNP与各种疾病发生的相关性研究已见于大量报道。传统的检测SNP的方法操作复杂,费时费力,假阳性高,新的SNP检测方法不断出现并应用。纳米金法是目前较为成熟的检测技术,文中介绍几种常见的SNP检测方法。     

Characterization of Staphylococcus aureus Isolated from Clinical Specimens by Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time-of-flight Mass Spectrometry

ObjectiveTo develop a matrix assisted laser desorption/ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF-MS) approach to identify Staphylococcus aureus (S. aureus) and differentiate methicillin-resistant S. aureus (MRSA) from methicillin-sensitive S. aureus (MSSA).MethodsA total of 100 S. aureus strains isolated from clinical specimens and farm workers were collected and analyzed by MALDI-TOF-MS. And data obtained were interpreted with biotyper software.ResultsNinety-two strains were identi?ed by MALDI-TOF-MS as S. aureus at a level of secure genus and probable species, and 4 strains were identified at probable genus after their cultivation, spectral collection and data preprocessing. One strain was identified as S. aureus with lower score. It was revealed that identification of S. aureus by MALDI-TOF-MS was highly correlated with typing by biochemical and serological methods with an accuracy as high as 97%. The biotyper cluster analysis showed that 100 isolates were divided into 2 types at the distance level of 400. Higher peak intensity in the mass of both 3784 Da and 5700 Da was observed in MRSA, whereas that was absent from MSSA.ConclusionMALDI-TOF-MS is considered as a simple, rapid and highly reproducible technique with high-throughput and accuracy for the identification of S. aureus and it can reliably differentiate MRSA from MSSA.     

应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱筛选大肠癌血清特异标志物

目的 采用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测大肠癌患者与健康对照者血清中蛋白的差异,为大肠癌的早期诊断提供理论依据.方法 应用SELDI-TOF-MS技术及弱阳离子蛋白质芯片(WCX2)检测36例健康成人(对照组)和36例大肠癌患者(大肠组)血清中蛋白含量.结果 在质荷比为2 000Da～30 000Da的范围内,两组样本检测到了对照组82个蛋白峰.其中3 604.240 Da蛋白峰大肠癌组明显高于对照组(P＜0.05),而12 861.368 Da的蛋白峰对照组明显高于大肠癌组(P＜0.05).利用这两个蛋白筛查大肠癌的特异度为86.11%(31/36),敏感度为77.78%(28,36),阳性预测值为87.5%.结论 质荷比为3 604.240 Da与12 861.368 Da的两个蛋白峰可以作为大肠癌早期诊断的备选标志物.     

激光捕获显微切割联合SELDI蛋白质芯片筛选肺腺癌早期诊断标志蛋白

目的 探讨应用激光显微切割(LCM)联合表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱蛋白质芯片(SEL,DI-TOF-MS)及模式识别分类技术-支持向量机(SVM)筛选肺腺癌标志蛋白的可行性.方法 将6例新鲜肺腺癌组织标本及其配对的4例正常肺组织制备8μm厚度冰冻切片,改良HE染色;用LCM技术选择性获取同质腺癌细胞和配对正常肺组织细胞.应用PBSⅡ+型SELDI-TOF-MS分析仪(IMAC芯片)分析腺癌及其配对正常细胞的蛋白质表达谱,比对差异点;应用SVM筛选并验证候选标志蛋白的判别效能.结果 平均每个LCM帽子的激光点数约4000 shots,获得了同质性>95%的肿瘤细胞和正常细胞.比较腺癌和配对正常细胞之间的SELDI谱图,共筛选出84个蛋白峰.将差异最明显的10个蛋白峰作为候选标志蛋白.和正常组织相比,6种蛋白在腺癌中呈低表达,4种蛋白在腺癌中呈高表达.差异有统计学意义(P<0.05).初步筛选出3191 m/z蛋白峰作为腺癌诊断标志蛋白.结论 LCM联合SEIDI蛋白质芯片技术有可能筛选出敏感性高、特异性强的肺腺癌标志蛋白;该技术将为肺腺癌早期诊断研究提供新的强有力的工具.     

ox-LDL对巨噬细胞表达miRNA-155和miRNA-146a／b的影响

目的：探讨氧化低密度脂蛋白（ox—LDL）刺激对巨噬细胞表达miRNA-155和miRNA-146a／b的影响。方法：培养人巨噬细胞,随机分为三组：空白对照组、ox-LDL（10μg／mL）组和OX—LDL（20μg／mL）组,刺激6h后,收集细胞,实时定量PCR方法检测miRNA-155和miRNA—146a／b的表达。结果：OX—LDL刺激可以增加巨噬细胞表达miRNA-155和miRNA-146a／b,且呈浓度依赖性。结论：miRNA-155和miRNA-146a／b可能参与ox-LDL致动脉粥样硬化过程。     

表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术筛选蕈样肉芽肿血清生物标志物

目的 应用表面增强激光解吸离子化飞行时间质谱技术(SELDI-TOF-MS)筛选蕈样肉芽肿患者血清中的生物标志物.方法 采用CM10蛋白质芯片捕获14例蕈样肉芽肿患者(研究组)和17例对照者(对照组)血清中的蛋白质,结合BiomarkerWizard软件进行分析.结果 所有标本在相对分子质量0～50000范围内均能检测出131个左右的蛋白峰.两组血清样本的蛋白质指纹图谱存在14个差异表达蛋白质峰,其中相对分子质量为7670的蛋白质峰与C-C基序趋化因子22相符.结论 SELDI-TOF-MS可用于蕈样肉芽肿患者血清生物标志物的筛选.     

应用SELDI-TOF-MS技术建立胃癌筛选血清蛋白质指纹图谱模型

目的 应用SELDI蛋白质芯片检测胃癌患者血清蛋白质指纹图谱,筛选候选肿瘤标志物以建立诊断模型,并探讨其诊断早期胃癌的临床意义.方法 表面加强激光解吸电离-飞行时间质谱(SEL-DI-TOF-MS)技术及其配套蛋白质芯片检测40例胃癌患者和30例健康人的血清蛋白质组图谱,运用判别分析处理数据筛选标志物并建立诊断模型.结果 8592m/z、13725m/z、8678m/z等3个蛋白质峰组合所构建的诊断模型能达到鉴别胃癌患者和健康人的最佳诊断效果,灵敏度为90%(36/40),特异性为86.5%(26/30).结论 该方法 在胃癌的诊断尤其是早期诊断、术前分期及候选肿瘤标志物筛选等方面具有一定价值,值得进一步研究.     

miR-146a在乳腺浸润性导管癌中的表达及临床意义

目的观察microRNA-146a（miR-146a）在乳腺浸润性导管癌及癌旁正常对照组织中的表达,探讨miR-146a的表达与乳腺癌临床病理特征的关系及其对乳腺癌发生发展的影响。方法采用组织芯片平台,应用原位杂交方法检测65例乳腺浸润导管癌及癌旁正常对照组织中miR-146a的表达。结果乳腺浸润性导管癌miR-146a阳性率低于癌旁正常对照组织（44.6%vs 66.2%,P〈0.05）;乳腺浸润性导管癌中miR-146a的表达与淋巴结转移有关联（P〈0.01）,与患者年龄、肿瘤大小、组织学分级、TNM分期、ER、PR、c-erbB-2、ki67、p53、E-cadherin过表达均无相关性（P〉0.05）。结论 miR-146a在乳腺浸润性导管癌中表达下调,提示其可能作为重要的抑癌因子参与乳腺癌的发生发展过程,并可能成为乳腺癌新的肿瘤标记物或预后因子。     

miRNA-146a在炎症与肿瘤之间的调节作用

越来越多的临床证据和研究显示,慢性感染和炎症可以导致癌变。其中,MicroRNA(miRNA)与炎症、肿瘤相关的信号转导通路具有密切的联系。miRNA是一种非编码的短链RNA,它在转录后水平调节多个靶基因的表达,进而参与机体诸多生理、病理过程。miRNA-146a更是今年来研究的热点,NF-κB依赖的miR-146a,在炎症与肿瘤之间可能具有桥梁作用;同时我们推测miR-146a对肿瘤相性巨噬细胞(TAM)的功能也有强烈的调控作用,miR-146a的过表达将有助于TAM对肿瘤的促发展作用。我们就miR-146a在炎症及肿瘤中调节作用的研究进展进行综述。