基因芯片技术筛选乳腺癌相关差异表达基因

目的 分析并探讨乳腺癌与自身正常乳腺组织的差异表达基因。方法 采用全人类基因组芯片检测技术,筛查3对乳腺癌及其自身正常乳腺组织的差异表达基因,并通过real time PCR对部分差异表达基因进行验证。结果 全基因组差异分析结果显示,乳腺癌及其自身正常乳腺组织间有427个差异表达基因,其中上调基因231个,下调基因196个。在这一组基因中,与细胞增殖有关的基因有27个（12个表达上调,15个表达下调）,与细胞黏附有关的基因有15个（4个表达上调,11个表达下调）,与细胞凋亡有关的基因有13个（6个表达上调,7个表达下调）。结论 乳腺癌组织与自身正常乳腺组织在基因表达水平上存在较大差异,这些差异存在于不同生物学过程（如细胞增殖、细胞黏附、细胞凋亡等）中。     

结合激光微切割与cDNA芯片技术筛选胃癌进展过程中差异表达的基因

目的:结合激光微切割(LMD)和基因芯片技术筛选胃癌淋巴结转移相关基因,从中进一步确定在胃癌发生和转移过程中都有差异表达的基因。方法:采用LMD技术,从17例胃癌患者手术标本中获取高纯度的正常胃黏膜细胞及原发灶和相应淋巴结转移灶中的肿瘤细胞。用基因芯片比较其中2例原发灶与淋巴结转移灶中肿瘤细胞基因表达谱的差异,半定量RT-PCR方法验证芯片结果;并在另15份标本中,进一步确定在胃癌发生和转移过程中都有差异表达的基因。结果:发现49个基因的表达在胃癌原发灶肿瘤细胞中比淋巴结转移灶明显上调,37个基因的表达明显下调,mRNA水平的验证结果与芯片结果相符。同时,筛选出4个在胃癌发生和转移过程中都有差异表达的基因,其中3个基因(OPCML,RNASE1和YES1)的表达规律与肿瘤抑制基因相似,即正常黏膜中表达最高,肿瘤原发灶次之,淋巴结转移灶表达最低;而另一个基因(AKC1)的表达规律则与癌基因相似。结论:采用LMD和基因芯片技术,成功筛选出胃癌进展过程中的差异表达基因,为进一步研究胃癌发生和转移的机制奠定了良好的基础。     

基因芯片筛选原发性肝癌患者的差异表达基因

目的利用基因表达谱芯片技术探讨原发性肝癌(PHC)不同阶段(癌组织、癌旁组织、正常组织)差异基因的表达,进一步寻找PHC不同阶段组织中的差异表达基因。方法提取20例肝癌癌组织、癌旁组织和正常组织的总RNA,应用Agilent人类全基因组4×44K基因芯片筛选差异表达基因,采用微阵列类分析(SAS)软件对芯片图像进行分析。结果筛选出癌组织与正常组织差异基因4 175个,其中上调基因1 850个,下调基因2 325个。对筛选出的差异基因进行GO分类,主要分为催化活性、信号转导、酶活性调节、转录活性调节、蛋白运输功能、细胞生长、凋亡等功能过程。结论利用基因芯片技术可高通量地筛选出PHC不同阶段组织的差异表达基因,为进一步阐明PHC的发生机制提供实验依据。     

基因芯片技术筛选大鼠ARDS差异表达基因的研究

目的 用全基因表达谱芯片技术筛选大鼠急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的差异表达基因并对其进行分析,以进一步阐明ARDS发病的分子机制.方法 分别从正常和ARDS大鼠肺组织中提取总RNA,分离纯化mRNA,经逆转录合成掺入生物素标记的cDNA探针,然后与基因芯片(涵盖27044转录本,代表22012个基因)杂交,扫描芯片荧光信号图像,用Sam3.0进行统计处理,用博奥生物分子功能注释系统V4.0进行功能分析.随机选择3个差异表达基因,用荧光定量KT-PCR.验证.结果 芯片检测结果显示,在ARDS大鼠肺组织中,表达上调1.5倍以上的基因有73个,下调1.5倍以上的基因有298个.其中,代谢相关基因上调的有1个,下调的有34个;免疫相关基因上调的有3个,下调的有7个;信号传导相关基因上调的有2个,下调的有9个;神经相关的基因上调的有3个,下调的有3个.结论 全基因表达谱芯片技术是筛选AR.DS差异表达基因的有效方法,用该法筛选出一些差异表达基因,为初步阐明ARDS的发病机制奠定了基础.     

利用基因芯片筛选动脉钙化大鼠差异表达基因

目的：利用基因芯片技术筛选正常大鼠和动脉钙化大鼠腹主动脉组织中差异表达基因及检测转化生长因子－β（TGF－β）、基质金属蛋白酶－2（MMP－2）和基质金属蛋白酶－9（MMP－9）的表达量,以探讨动脉钙化发病的可能机制。方法通过皮下注射大剂量维生素D3建立大鼠动脉钙化模型,采用Von Kossa染色观察动脉钙化程度,基因芯片技术筛选两组大鼠差异表达基因及检测TGF－β、MMP－2和MMP－9的表达量。结果与对照组相比,模型组差异表达的基因有710条,其中上调基因344条,下调基因366条。模型组TGF －β1、TGF－β3和MMP－2的表达均明显上调,差异具有统计学意义（P＜0.05）,而TGF－β2和MMP－9的表达则无明显差异（P＞0.05）。结论动脉钙化的形成是多基因共同作用的结果,其中TGF－β、MMP－2和MMP－9对动脉钙化的发生发展起着至关重要的作用,其机制还有待进一步研究。     

PTEN蛋白在胃癌、癌旁组织及癌前病变中的表达及意义

目的比较胃癌、癌旁组织、肠上皮化生和异型增生组织中的PTEN蛋白表达阳性率,探讨PTEN在胃癌发生、发展中的作用。方法利用免疫组化法测定141例胃癌及癌旁组织、慢性胃炎肠化组织30例、慢性胃炎不典型增生组织55例的PTEN蛋白表达阳性率,以浅表性胃炎20例作为对照,比较胃癌的不同临床病理分期、淋巴结转移情况、组织学分型、癌旁组织与肠上皮化生和异型增生组织的PTEN蛋白表达阳性率有无差异。结果胃癌组织的PTEN蛋白表达阳性率低于肠上皮化生、异型增生组织及正常胃黏膜组织(P<0.05),但胃癌组织PTEN蛋白表达阳性率与肿瘤TNM分期无关(P>0.05)。黏液腺癌PTEN表达阳性率低于管状腺癌(P<0.05);有淋巴结转移者PTEN表达阳性率低于无淋巴结转移者(P<0.05);癌旁不典型增生组织的PTEN蛋白表达阳性率低于浅表性胃炎组织及肠化组织(P<0.05),与慢性胃炎中不典型增生组织相比差异无统计学意义(P>0.05);肠化组织的PTEN蛋白表达率与浅表性胃炎组织差异无统计学意义(P>0.05)。结论PTEN蛋白表达下调在胃癌的发生、发展中有重要作用,并与肿瘤细胞的生物学行为有一定关系。     

胃粘膜不典型增生细胞表达胃癌相关抗原的研究

本文用胃癌单抗S_4(简称S_4)对慢性萎缩性胃炎伴轻至重度不典型增生的胃粘膜活检组织。胃癌术后大体组织细胞表面胃癌相关抗原的表达情况作了研究。156例不典型增生的胃粘膜组织。35.3%有胃癌单抗S_4相关抗原的表达,其中轻度不典型增生的阳性率为31.4%;中度不典型增生的阳性率为56.3%;而2例重度不典型增生均为阳性。胃癌大体组织S_4检测发现,以癌灶处阳性细胞最多、癌旁次之,远端更少。本文还证实了S_4相关抗原与癌胚抗原(CEA)是二种不同的表面抗原。     

P73蛋白在胃炎、不典型增生和胃癌中的表达及意义

目的探讨p73基因在胃癌发生、发展中的作用和意义。方法采用免疫组化技术检测胃炎、轻度不典型增生、中重度不典型增生和胃癌（均为外科手术患者）各30例组织中p73蛋白的表达。结果p73蛋白在胃癌组和不典型增生组中表达高于胃炎组，胃癌组中表达高于不典型增生组（P〈0．05）；p73蛋白的阳性表达率在胃癌的不同的分化度之间有差异，低分化腺癌组织中的阳性表达强度高于高、中分化腺癌（P〈0．05），p73蛋白在中、重度不典型增生组的阳性表达率与轻度不典型增生组无显著差异（P〉0．05）；在胃癌的不同TNM分期之间也有差异（P〈0．05），并且TNM分期越高，阳性表达率越高；均与淋巴结转移、肿瘤部位、胃癌侵及层次、肿瘤大小无关（P〉0．05）。结论p73的高表达可能参与了胃癌发生、发展，作为胃癌发生、发展及预后的肿瘤指标物。     

应用基因芯片技术筛选乳腺浸润性导管癌差异表达基因

目的：应用基因芯片技术研究乳腺浸润性导管癌（invasive ductal carcinoma,IDC）基因表达的改变。方法：收集手术切除3例IDC癌组织及癌旁对应正常组织标本,提取总RNA,逆转录合成cDNA,用荧光素Cy3通过体外转录分别将6份标本的cDNA标记成cRNA探针,并与6张基因芯片Illumina Human WG-6 expression beadchip杂交,利用荧光扫描仪扫描荧光强度并分析基因表达谱的差异。结果：按差异显著性标准,在3对标本中共同差异表达的基因有6 756个,表达上调3 927个,表达下调2 829个。结论：IDC的发生、发展存在多基因表达调控的改变,基因芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平,为认识肿瘤发病机制和个体化治疗提供生物学依据。     

利用基因芯片技术筛选重症肌无力差异表达基因

目的：筛查胸腺组织重症肌无力（MG）相关基因,探讨MG发生机制．方法：分别抽提6例MG患者胸腺组织及正常胸腺组织总RNA,逆转录合成相应以Cy5和Cy3标记的cDNA-链做探针,在含有14000点人类基因组芯片BiostarH-140s上进行杂交,ScanArray4000扫描仪扫描芯片荧光信号图像,用GenePixPr03．0软件对扫描图像进行数字化处理和分析．利用实时荧光定量PCR技术,对筛选出的部分差异表达基因变化水平,在39例MG胸腺组,10例正常对照胸腺组中进行分析验证．结果：筛选出差异表达的基因254个,其中MG胸腺组中表达上调的基因82个,表达下调的基因172个．这些异常表达的基因按照功能,可以分为原癌基因和抑癌基因（3／3,即上调基因3个／下调基因3个,下同）、免疫相关蛋白（1／9）、细胞受体（1／2）、离子通道和运输蛋白（2／3）、细胞信号和传递蛋白（8／13）以及未知功能基因．验证实验显示,MG胸腺组天冬氨酰氨基葡糖苷酶（AGA）和分拣微管连接蛋白17（SNX17）相对表达量分别为[（0．671±0．078）,（0．698±0．085）,n=39],与正常胸腺组的[（0．611±0．043）,（0．617±0．068）,n=10]相比较,差异有统计学意义（P〈0．05）．结果与基因芯片一致．结论：MG患者胸腺组织与正常胸腺组织之间存在明显的基因表达差异,为MG患者提供相当数量的与免疫、细胞受体和细胞信号传递等相关的差异表达基因,为MG早期诊断和治疗提供了线索．     

基因芯片技术筛选哮喘大鼠差异表达基因的研究

目的 利用基因芯片技术寻找哮喘大鼠与正常大鼠之间差异基因的动态变化,寻找参与哮喘发病的新基因.方法 分别于激发哮喘2、4、8周处死大鼠收集肺泡灌洗液行炎性细胞及嗜酸性粒细胞计数,取肺组织行HE染色、病理图像分析,提取肺组织RNA行基因芯片筛选及实时定量PCR验证.以基因表达倍数值2.0和基因表达倍数值-2.0为阈值来确定差异表达基因,然后用GO及Pathway分析对差异表达基因进行功能分类分析,结果以P ＜0.05为差异显著性标准.结果 从24 358条表达基因谱中,筛选出哮喘大鼠与正常大鼠持续性差异表达2倍以上的基因有13条,其中发现Mal和TPD52L1等新基因参与哮喘疾病过程.结论 Mal、TPD52L1基因在肺组织中异常表达,影响哮喘的病程进展.     

利用基因芯片技术筛选不同转移能力骨肉瘤细胞差异表达基因

目的：运用基因芯片技术研究骨肉瘤转移相关基因表达．方法：提取具有不同转移特性的骨肉瘤细胞总RNA，反转录制备杂交探针，应用基因芯片筛选与骨肉瘤转移相关的基因．杂交信号用ScanArray3000扫描，结果用ImaCene3．0软件分析．结果：对原位及转移骨肉瘤细胞基因表达诺分析，发现两种肿瘤细胞中存在差异表达基因，其中有抑癌基因、转移相关蛋白基因、细胞周期蛋白基因等，与肿瘤发生发展密切相关．结论：基因芯片技术对肿瘤转移机制研究有重要意义。     

表达谱基因芯片筛选前体脂肪细胞分化相关基因的研究

目的:运用基因芯片技术研究前体脂肪细胞分化相关基因表达谱的变化。方法:体外培养前体脂肪细胞(3T3-L1),诱导分化为成熟脂肪细胞。提取脂肪细胞总RNA,纯化mRNA后逆转录制备目标序列,应用含有45038种小鼠基因cDNA的表达谱芯片Mouse430_2进行差异表达谱分析。结果:在前体脂肪细胞分化的基因表达谱中差异表达基因共有640条,其中表达水平显著变化的有38条(表达水平改变5倍以上),上调基因24条,下调基因14条。差异表达基因中有细胞凋亡相关基因、原癌基因和抑癌基因、细胞信号和传递蛋白基因等多种基因。这些基因可能与脂肪细胞分化相关疾病的发病机制有关。结论:采用基因芯片技术筛选脂肪细胞分化相关基因,可能为脂肪细胞分化相关疾病病因和发病机制的研究提供新思路。     

应用表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因

目的：采用表达谱芯片对病理性瘢痕组织和正常人皮肤组织进行检测,筛选病理性瘢痕组织的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片筛选病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织的差异表达基因,对差异表达基因数据进行Go和Pathway分析。结果：病理性瘢痕组织与正常人皮肤组织相比,差异表达2倍以上基因5 001个,差异表达5倍以上基因956个,差异表达20倍以上基因144个。结论：病理性瘢痕组织与正常皮肤组织在基因表达上,存在显著差异。病理性瘢痕的发生是由多种基因、多条通路共同参与作用的,基因通路间呈网络样动态连接。     

基因芯片在胃癌研究中的应用

基因芯片，又称DNA芯片、DNA微阵列，是指将大量特定的寡核苷酸片段或基因片段作为探针，有规律地排列固定于硅片、玻片、塑料片等固相支持物上制成的芯片。将此芯片与标记好的待测样品的基因按碱基配对的原理进行杂交，再通过激光共聚焦荧光检测系统对芯片进行扫描。并配以计算机系统对每一探针上的荧光信号作出检测和比较，即能迅速得出所要的信息。     

基因芯片技术筛选移位耳廓软骨细胞差异表达基因的研究#

目的：应用基因芯片技术对移位后的弹性软骨进行基因表达差异研究,并分析弹性软骨特征蛋白基因的差异,筛选出与弹性软骨特征相关的关键核心基因。方法：取健康8周龄C57BL/6小鼠,随机分为正常侧耳廓弹性软骨组、对侧耳廓缺损弹性软骨移植组、背部耳廓弹性软骨移植组。取移植后软骨分析移植后弹性软骨的基因表达以及基因表达差异。结果：差异基因pathway分析可见,与氧化应激相关基因NDUFB1,NDUFB2,COX7A1,UQCRQ;与磷酸化相关NDUFA2,NDUFA3,COX7C,NDUFA1,COX17,ATP5H,C OX6C,NDUFB6,COX6B1,COX5B,COL2A1,COL10A1,ALP,Runx2,ZHD-1,CPD;与再生相关NDUFB1,NDUFB2,COX7A1,UQCRQ,ND UFA2,NDUFA3,COX7C,NDUFA1,ATP5H,COX6C,NDUFB6,COX6B1,COX5B,COL2A1,COL10A1,ALP,Runx2,ZHD-1,CPD;与迁移相关基因COL2A1,COL10A1,ALP,Runx2,ZHD-1,CPD,NDUFB1,NDUFB2,COX7A1,UQCRQ,NDUFA2,NDUFA3,COX7C,NDUFA1,AT P5H,COX6C,NDUFB6,COX6B1,COX5B;与核蛋白体相关基因RPL3I,RPL37A,RPS19,RPL39,RPS11,PRS13,RPS25,RPL27,RPS23,RP LP2;与RNA多聚酶相关POLR2I。差异基因共计23个,上调17个,下调6个。结论：通过动物模型筛选出表达差异基因可为进一步干预弹性软骨移位后的转归提供参数和依据,为临床耳再造提供最为生理的支架材料。     

基于GEO数据库筛选胃癌差异表达基因及其功能和通路富集分析

目的 基于基因表达数据库（GEO）运用生物信息学方法挖掘胃癌诊断和预后相关的核心基因,筛选参与胃癌发生发展的分子靶标。方法 从GEO数据库中下载胃癌基因芯片数据GSE118916、GSE54129和GSE79973,筛选差异表达基因（DEGs）并进行分子功能和信号通路的富集分析,构建蛋白质互作网络（PPI）,根据网络节点和位置筛选出核心基因,利用癌症基因图谱（TCGA）中胃腺癌（STAD）的全基因组测序数据对核心基因进行表达水平和诊断预后的验证分析,最后通过qRT-PCR检测核心基因在不同胃癌细胞株中的表达水平。结果 共筛选出77个DEGs,主要位于细胞外基质（ECM）与基底膜,具有氧化还原酶和ECM受体配体活性,参与机体消化和激素代谢等生物学过程,与胃酸分泌、视黄醇和激素代谢等信号通路相关。共获得9个核心基因,其中SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3和THY1在胃癌中表达上调（P<0.05）;而TFF1、GKN1、TFF2、PGC在胃癌中下调（P<0.05）。生存预后分析显示,SPARC、TIMP1、THBS2、COL6A3、TFF2、THY1的异常表达与胃癌...     

BCL-2和P53蛋白表达在胃癌发生中的意义

探讨ＢＬＣ－２蛋白在胃癌及癌前病变中的表达规律和意义以及与Ｐ５３表达之间的关系。方法：采用免疫组化检测ＢＣＬ－２和Ｐ５３蛋白的表达,结果：在胃癌的发生发展过程中,ＢＣＬ－２表达中重度不典型增生中显著高于轻度不典型增生,而低于早期胃癌。Ｐ５３蛋白表达在中重度不典型增生的阳性率大于轻度不同典型增长（Ｐ〈０．０５）与早期胃癌比较则无统计学差异。不典型增生组织中ＢＣＬ－２和Ｐ５３蛋白 阳性率之间无统计学差     

表达谱基因芯片筛选大隐静脉曲张致病相关基因的初步研究

目的:运用基因芯片技术研究曲张大隐静脉基因表达谱的变化.方法:选取原发性大隐静脉曲张病人隐-股交界瓣膜区静脉6条,取6条正常静脉作对照.提取血管组织总RNA,纯化mRNA后逆转录制备目标序列,应用含有4096种人类基因cDNA的表达谱芯片进行差异表达谱分析.结果:在原发性大隐静脉曲张的基因表达谱中差异表达基因共有168条,上调基因96条,下调基因72条,共存性差异表达基因39条,其中上调基因28条,下调基因11条.差异表达基因中有细胞凋亡相关基因、原癌基因和抑癌基因、细胞信号和传递蛋白基因等多种基因.这些基因可能与原发性大隐静脉曲张的发病机制有关.结论:采用基因芯片技术筛选大隐静脉曲张的致病相关基因,可能为其病因和发病机制的研究提供新思路.