乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA荧光定量聚合酶链反应法的建立及应用

乙型肝炎病毒（HBV）共价闭合环状DNA（cccDNA）是HBV基因组复制中间体mRNA和前基因组RNA的合成模板，是HBV持续感染的关键。近期研究表明，cccDNA也是抗病毒治疗结束后乙型肝炎复发的主要原因。本研究旨在建立和应用荧光定量聚合酶链反应法（FQ-PCR）检测慢性乙型肝炎患者血清HBV cccDNA水平。     

乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA的研究进展

共价闭合环状DNA(covalently dosed circular DNA,cccDNA)在HBV的复制及感染状态的建立过程中起着非常重要的作用,现将cccDNA的研究进展总结如下. 一、HBV cccDNA的检测方法 1.PCR法:PCR法包括普通PCR和定量PCR.由于松弛环状DNA(relaxed circular DNA,rcDNA)在负链和正链上存在缺口,我们可以设计一对跨越两个缺口的引物,由于cccDNA有完整的双链,可以被有选择地扩增.但起始模板量不能太高,否则rcDNA也有可能被扩增,Kock等[1]发现,每个PCR反应管中HBV DNA量在6×105拷贝/ml时能达到最佳的灵敏度与选择性.     

改良聚合酶链反应检测HBV共价闭合环状DNA

目的:建立一种基于聚合酶链反应(PCR)的简便快速、具有较高敏感性和特异性的检测乙型肝炎病毒(HBV)共价闭合环状DNA(cccDNA)的方法.方法:分别提取HepG2.2.15细胞内的cccDNA及培养上清中的松驰环DNA(rcDNA)样品,试剂盒纯化;设计2对特异性引物,其扩增区域跨越rcDNA单链区;设计2对非特异性引物,扩增区域位于rcDNA双链区.经单链特异性绿豆芽核酸酶(MBN)分别消化cccDNA及rcDNA样品;以特异性引物和非特异性引物对消化前后的两种样品分别进行PCR扩增,并改变PCR扩增参数如底物数量、循环次数等,观察特异性引物能否顺利扩增消化后的cccDNA,同时又不扩增消化后的rcDNA.HBV基因组质粒样品作为对照.此外还采用实际乙型肝炎患者体内病毒样本检验此策略的实用性.结果:分别以非特异性引物和特异性引物扩增不同模板数的HBVrcDNA样品,2对非特异性引物可扩增出模板数在102以上的HBVrcDNA样品,2对cccDNA特异性引物也可以扩增出模板数在104以上的样品.特异性引物在PCR反应模板数较多时将不能区分消化前的rcDNA和cccDNA.不同数量HBVcccDNA和rcDNA模板在MBN消化前后,分别应用非特异性引物和特异性引物进行PCR扩增,发现不同数量的cccDNA模板分子经过MBN消化后,仍可用特异性引物和非特异性引物扩增出相应条带;rcDNA样品经过MBN消化后,非特异性引物可扩增出产物条带,而特异性引物无法扩增出条带.采用此种策略,我们发现慢性乙肝患者血清HBV核酸样品主要成份为rcDNA,并带有少量cccDNA,而肝细胞内HBV核酸样品富含cccDNA,与实际情况一致.结论:联合应用MBN选择性消化和cccDNA特异性引物的PCR检测法简便快速,敏感性和特异性均较满意.     

乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA检测方法的建立及应用

HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)主要位于受感染的肝细胞核内,微量HBV cccDNA在肝细胞内的持续存在,是导致HBV持续感染、抗病毒药物停用后乙型肝炎复发的主要原因[1].本研究旨在建立一种特异性较强、灵敏度较高、重复性较好的荧光定量PCR方法,真正实现对血清HBVcccDNA的检测.     

乙型肝炎患者血清中乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA的检测

目的 检测不同肝脏病变程度的乙型肝炎患者外周血中的HBV共价闭合环状DNA(HBV cccDNA),评价其相关的影响因素和临床意义.方法 共观察57例乙型肝炎患者,其中轻度慢性乙型肝炎患者26例,重型乙型肝炎患者31例.患者入院后行PT、肝功能、肝炎病毒血清标志物等常规检测,并进行总HBV DNA和HBV cccDNA检测.Logistic逐步回归分析影响血清HBVcecDNA检出率的相关因素.结果重型乙型肝炎组13份血清标本HBV cccDNA为阳性,轻度慢性乙型肝炎组仅1份血清标本HBV cccDNA为阳性,血清HBV cccDNA的含量为1.25×103～4.88×104拷贝/mL,两组患者血清HBV cccDNA检出率差异有统计学意义(P=0.0014).血清HBV cccDNA检测诊断重型乙型肝炎患者的灵敏度和特异度分别为41.94%和96.15%.Logistic逐步回归分析显示,血清HBV ccvDNA的检出率与PT有关(X<'2>=7.2192,P=0.0072),而与患者的年龄、性别、血清总HBV DNA、TBil和ALT水平无相关性.结论 部分乙型肝炎患者特别是重型肝炎患者外周血中可以检测出HBV cccDNA,血清HBV cccDNA的检出可作为支持重型乙型肝炎诊断的指标之一.     

乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA

HBV共价闭合环状脱氧核糖核酸（cccDNA）是嗜肝 DNA病毒基因组的复制中间体,是嗜肝 DNA 病毒部分基因的mRNA和前基因组 RNA的合成模板,在 HBV感染初期即能检测到,且长期存在于细胞核中。其在 HBV 复制过程中起着关键的作用,它的长期存在也是乙型病毒性肝炎慢性化的主要原因之一。HBV cccDNA肝细胞中持续感染及抗病毒治疗复发之间的关系受到广泛的关注与肯定,现就 HBV cccDNA 常用检测方法及其临床意义作一综述。     

应用滚环扩增技术检测乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA的研究

目的 应用滚环扩增(RCA)技术检测HBV共价闭合环状DNA(cccDNA),观察该方法的特异性和敏感性.方法 以HBV全基因质粒为模板,经酶切、连接、浓缩、胶回收纯化等步骤,构建和制备HBV cccDNA标准品.抽提7例慢性乙型肝炎患者肝组织总DNA,进行滚环扩增.用HBV cccDNA标准品、3.2 kb线性HBV DNA、健康肝组织总DNA及15例慢性乙型肝炎患者血清总DNA作为对照,验证此方法的特异性.将HBV cccDNA标准品进行系列稀释,了解该方法的敏感性.结果 成功构建了HBV cccDNA,并可用RCA方法进行扩增.RCA方法可从2 mg的慢性乙型肝炎患者肝组织中检测到HBV cccDNA,并可检测低至1×102拷贝/μL的HBV cccDNA.RCA方法不能检测3.2 kb线性HBV DNA,在健康肝组织及15例慢性乙型肝炎患者血清中亦检测不到HBV cccDNA.结论 RCA方法操作较方便,具有很高的特异性和敏感性.     

乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA的扩增与清除动力学

HBV基因组是一种松弛环状的双链DNA(relaxed circular DNA,rcDNA)分子,其两条链均不闭合,在病毒的复制过程中,病毒DNA进入宿主细胞核,两条链的缺口被补齐,形成超螺旋的共价闭合环状DNA(covalently dosed circular DNA,cccDNA).cccDNA是HBV在肝内进行复制的原始模板,虽然其含量较少,但对病毒在宿主细胞内感染状态的建立以及维持病毒在细胞内的复制过程具有十分重要的意义.     

抗病毒药物对肝组织乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA的影响

目的 探讨抗病毒药物对肝组织HBV共价闭合环状DNA(cccDNA)的影响.方法 71例HBeAg阳性的慢性乙型肝炎患者分别接受48周的拉米夫定-干扰素序贯治疗、单用拉米夫定治疗和24周的干扰素治疗,随访24周.检测治疗前、后肝组织HBV DNA和cccDNA水平;检测治疗前、后及停药24周时的血清HBV DNA和ALT水平.比较C、B基因型HBV感染患者肝组织HBV DNA和cccDNA水平.结果 治疗结束时,序贯治疗、拉米夫定治疗和干扰素治疗组患者肝组织HBV DNA分别为(4.7±1.1)log10、(4.6±1.5)log10和(5.6±1.5)log10,均低于治疗前水平(P＜0.05);cccDNA分别为(3.4±1.3)log10、(3.8±1.1)log10和(5.0±1.5)log10,均低于治疗前水平(P＜0.05).17例患者出现了HBeAg血清学转换,其肝组织cccDNA下降幅度明显大于HBeAg阳性患者(3.0 log10比1.6 log10,P＜0.05).停药24周,18例患者获得持续病毒学应答,其cccDNA基线值明显低于停药后出现病毒反跳患者(P＜0.05).肝组织cccDNA的变化与肝组织HBV DNA的改变正相关(P＜0.05);治疗结束时,肝组织cccDNA水平与血清HBeAg滴度正相关(P＜0.01).C基因型与B基因型HBV感染患者治疗前、后肝组织HBV DNA和cccDNA的变化无统计学意义(P＞0.05).结论 48周的拉米夫定-干扰素序贯治疗和拉米夫定治疗对肝组织cccDNA抑制作用强于24周的干扰素治疗.肝组织cccDNA低水平患者易获得较好的抗病毒疗效.HBV基因型对肝组织cccDNA含量无明显影响.     

54例慢性乙型肝炎患者肝组织乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA与血清HBsAg定量检测结果分析

目的 检测慢性乙型肝炎患者肝组织HBV共价闭合环状DNA (cccDNA)和血清HBsAg,分析两种定量指标之间及其与血清HBV DNA载量的相关性.方法 应用PSAD消化+滚环扩增+跨缺口实时荧光PCR方法,定量检测54例慢性乙型肝炎患者甲醛固定石蜡包埋肝组织HBV cccDNA水平;用化学发光试剂定量检测患者血清HBsAg.用Pearson检验及直线回归分析方法 对数据进行分析.结果 患者肝组织HBV cccDNA与血清HBsAg定量水平之间呈正相关(r=0.459,P＜0.01),但与血清HBV DNA载量相关性无统计学意义;血清HBsAg定量水平与血清HBV DNA载量呈正相关(r=0.328,P＜ 0.05),与病毒复制效率呈负相关(r=-0.373,P＜0.05).结论 慢性乙型肝炎患者肝组织HBV cccDNA载量与血清HBsAg定量水平相关,结合血清HBVDNA定量检测,可以更全面的反映HBV的复制水平,评价抗病毒疗效.     

乙型肝炎病毒cccDNA巢式-实时荧光定量PCR法的建立及应用

目的建立检测HBV共价闭合环状（cccDNA）的巢式-荧光定量PCR法,检测外周血单核细胞（PBMC）及骨髓单核细胞（MMNC）中cccDNA。方法根据HBV cccDNA与松弛结构DNA（rcDNA）结构上的差异,设计2对跨缺口的特异性引物及下游的特异性TaqMan探针。根据Mung Bean Nuclease对rcDNA与cccDNA作用的不同,使cccDNA扩增而使rcDNA降解,分别用外引物及内引物进行PCR反应,再用荧光探针进行实时荧光定量PCR,根据阳性参照物,计算出检测标本定量值。结果成功建立了HBV cccDNA巢式-荧光定量PCR的检测方法,线性范围为5.0×102～3.9×107拷贝/ml。用上述方法检测25例慢性乙型肝炎（CHB）及肝硬化血清HBV DNA阳性患者PBMC中cccDNA,7例MMNC中cccDNA,21例健康献血者PBMC cccDNA,骨髓标本中有3例cccDNA阳性,25例外周血标本中有9例cccDNA阳性。结论巢式-荧光定量PCR法可检测乙型肝炎患者PBMC及MMNC中的HBV cccDNA含量。PBMC及MMNC中可检测到HBV cccDNA。     

肝组织cccDNA水平与血清病毒学应答后治疗时间的关系

目的 探讨慢性乙型肝炎(CHB)患者肝组织cccDNA水平与外周血HBV DNA<1000 拷贝/ml后继续治疗时间的关系.方法 分别采用荧光定量PCR、酶联免疫吸附分析法检测58例CHB患者肝组织HBV cccDNA水平、肝组织和血清HBV DNA载量、HBV标志物,分析肝组织HBV cccDNA水平、肝组织总HBV DNA水平、HBeAg血清学转换与血清病毒学应答后继续治疗时间的关系.组间比较采用Nemenyi法,相关分析采用Spearman法.结果 肝组织HBVcccDNA水平在血清HBV DNA两阳性组间尢明显差异,而阴性组明显低于阳性组(χ2=9.6948,P<0.01;χ2=9.2824,P<0.01).35例达到血清病毒学应答后行肝活组织检查的患者,肝组织cccDNA水平随继续治疗时间的延长而降低(χ2≥6.4674,P<0.05),肝组织cccDNA水平在抗-Hbe(+)组明显低于HBeAg(+)组、HBeAg(-)/抗-Hbe(-)组(χ2=10.7482,P<0.01;χ2=11.7549,P<0.01).14例肝组织cccDNA水平低十检测限的患者,有12例已经发生HBeAg血清学转换,占抗-Hbe(+)组的2/3,其在血清病毒学应答后继续治疗时间平均为35个月,发生HBeAg血清学转换后继续治疗时间平均为30个月.结论 当患者发生血清病毒学应答后,肝组织cccDNA水平随继续治疗时间延长而降低;继续治疗35个月以上且血清抗-Hbe持续(+)30个月以上时,有2/3的患者肝组织cccDNA定量低于检测限水平.     

应用竞争性荧光定量聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒DNA

目的:建立竞争性荧光定量聚合酶链反应(CFQ-PCR),并探讨CFQ-PCR在乙型肝炎病毒(HBV)临床检测中的意义.方法:根据HBV病毒adr亚型基因组序列合成一对HBV特异的引物,和一条特异的TaqMan探针;根据上述引物序列,采用分子克隆技术制备内对照DNA;再根据内对照序列合成一条内对照DNA特异的与上述TaqMan探针不同标记的TaqMan探针;将适量的内对照DNA加入到PCR反应体系中,使其与HBV靶序列共扩增.结果:在30μL CFQ-PCR反应体系中,加入约20拷贝内对照DNA能够稳定地获得共扩增曲线;经琼脂糖凝胶电泳分析,加入约100-500拷贝内对照DNA能够有效地获得共扩增产物条带信号;在210个临床HBsAg阳性血清标本的CFQ-PCR扩增中识别出8个未能有效扩增的标本,60份HBsAg阴性血清标本中识别出2个内对照未能有效扩增的标本,后经DNA纯化处理,上述全部标本的内对照均获得阳性扩增结果,其中有7个HBsAg阳性血清标本获得HBV DNA扩增阳性结果.结论:CFQ-PCR能够有效地提示临床标本HBV DNA体外扩增时由于扩增失败导致的假阴性,适合临床推广应用.     

Rapid quantification of semen hepatitis B virus DNA by real-time polymerase chain reaction

AIM: To examine the sensitivity and accuracy of real-time polymerase chain reaction (PCR) for the quantification of hepatitis B virus (HBV) DNA in semen. METHODS: Hepatitis B viral DNA was isolated from HBV carriers' semen and sera using phenol extraction method and QIAamp DNA blood mini kit (Qiagen, Germany). HBV DNA was detected by conventional PCR and quantified by TaqMan technology-based real-time PCR (quantitative polymerase chain reaction (qPCR)). The detection threshold was 200 copies of HBV DNA for conventional PCR and 10 copies of HBV DNA for real time PCR per reaction. RESULTS: Both methods of phenol extraction and QIAamp DNA blood mini kit were suitable for isolating HBV DNA from semen. The value of the detection thresholds was 500 copies of HBV DNA per mL in the semen. The viral loads were 7.5x10~7 and 1.67x10~7 copies of HBV DNA per mL in two HBV infected patients' sera, while 2.14x10~5 and 3.02x10~5 copies of HBV DNA per mL in the semen. CONCLUSION: Real-time PCR is a more sensitive and accurate method to detect and quantify HBV DNA in the semen.     

乙型肝炎病毒共价闭合环状DNA与松弛环状DNA对核苷(酸)类药物耐药变异的比较

目的 了解肝细胞内HBV共价闭合环状DNA( HBV cccDNA)核苷(酸)类药物耐药变异的情况,并比较其与松弛环状DNA(rcDNA)耐药变异的异同.方法 取40例慢性HBV感染肝移植患者的部分肝组织,采用十二烷基硫酸钠-蛋白质沉淀法结合DNA提取试剂盒分离提取肝内的HBV cccDNA和rcDNA.将抽提产物用不降解质粒的ATP依赖DNA酶酶切纯化后,用跨HBV基因组双链缺口并涵盖常见核苷类耐药位点(rt169～rt250)的引物行单轮PCR或套式PCR选择性扩增cccDNA.另用不跨双缺口的引物PCR扩增肝组织内的HBV rcDNA和患者肝移植术前的血清HBV rcDNA.用直接测序法对上述扩增产物进行基因测序并分析核苷(酸)类药物耐药位点的检出情况.结果 40例患者中,31例肝组织内检测到HBV cccDNA,35例肝组织检测到HBV rcDNA,21例肝移植术前血清中检测到HBV rcDNA.测序结果显示,2例肝组织内cccDNA、rcDNA和血清rcDNA均检测到rtM204Ⅰ变异;有2例患者肝内cccDNA、rcDNA分别存在rtM204Ⅰ、rtQ215H变异,而血清rcDNA未检测到相应变异;3例血清中分别存在rtM204V、rtM204V、rtV173L+ rtL180M+rtM204V变异,而肝内cccDNA和rcDNA未检测到相应变异.结论 慢性HBV感染者肝细胞内cccDNA可出现核苷(酸)类药物耐药变异,且肝组织内的cccDNA、rcDNA耐药变异株与血清中的rcDNA耐药变异株不完全一致.