上海市医疗机构工作人员手污染金黄色葡萄球菌的分子生物学特征及耐药性

目的 分析上海市医疗机构工作人员手分离金黄色葡萄球菌的分子生物学特征及其耐药性。方法 选取2018—2020年上海市16所不同级别医院工作人员为研究对象,对医疗机构重点科室工作人员的手进行采样、分离、鉴定金黄色葡萄球菌,对金黄色葡萄球菌进行药敏试验、脉冲肠凝胶电泳(PFGE)和全基因组测序,利用BioNumerics软件对全基因组测序数据组装,对组装基因组开展多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)、毒力基因、耐药基因、耐消毒剂基因分析。结果 上海市2018—2020年医疗机构工作人员手金黄色葡萄球菌分离率为2.9%。其中MRSA占13.6%(3/22),MSSA占86.4%(19/22)。3株MRSA分别来源于医生、护士和护工,其中1株来源于医生的MRSA携带qacB基因。MSSA对红霉素、环丙沙星、四环素、左氧氟沙星有不同程度的耐药;PFGE和cgMLST显示金黄色葡萄球菌基因多样性,2株相同来源的ST72型金黄色葡萄球菌的PFGE带型高度相似,且仅有10个差异基因,提示为克隆株。结论 医疗机构中工作人员的手可作为金黄色葡萄球菌传播的载体,医疗机构内存在...     

山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌耐药基因特征及核心基因组特征分析

目的探究山东省潍坊市农村居民耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CR-ECL)耐药基因特征及核心基因组特征。方法收集2017年山东省潍坊市农村社区居民粪便标本, 使用耐碳青霉烯类肠杆菌显色培养基筛选耐药菌株, 通过激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOFMS)分析获得CR-ECL阳性菌株, 针对CR-ECL分离株, 采用微量肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验获得CR-ECL耐药表型, 开展全基因组测序(WGS)和分析、blaNDM基因周围环境及菌株间系统进化分析。结果共获得并检测628份粪便标本, 6份为CR-ECL阳性(检出率0.96%), 均表现为多重耐药(MDR)表型。6株CR-ECL共有4个MLST分型(ST), 均携带多种耐药基因(blaNDM-1、blaNDM-5等)和毒力基因(acrA、acrB、entB、fepC等), 且blaNDM基因周围遗传环境中均存在移动遗传元件ISAba125、TN3-IS3000、TN3及IS5。系统发育树显示, 核心基因组多位点序列分型(core genome multilocus sequence typing, cgMLST)与单核苷酸多态性(...     

一起输入型食源性疾病病原的实验室快速检测及分子溯源分析

目的 通过对一起输入型食源性疾病的病原学鉴定和分子溯源分析,为科学指导临床诊断治疗及流行病学调查工作提供参考。 方法 收集20例腹泻病患者粪便标本,分别采用Filmarray快速鉴定和分离培养的方法,对分离到的菌株进行血清分型、脉冲场凝胶电泳（PFGE）分型、全基因组测序（WGS）,通过基因序列比对对病原菌的毒力岛、毒力基因、耐药基因和质粒携带情况进行分析,通过多位点序列分型（MLST）和单核苷酸多态性（SNP）对菌株进行溯源。 结果 从2位患者粪便标本中分离培养得到的肠炎沙门菌PFGE型别一致,与本地沙门氏菌PFGE图谱有显著区别,分离株的毒力岛、毒力基因、耐药基因携带情况各不同,但都拥有一处非同义突变（gyrA基因）,可能影响萘啶酮酸、环丙沙星的耐药性, MLST均为ST11型,SNP聚类结果显示与泰国临床分离株较为接近。 结论 加强入境旅客的健康监测,进一步做好输入性传染病防控工作,建立健全输入型疾病预警机制,尤其注意防范耐药菌输入风险的发生。     

2017—2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌耐药与基因组特征

目的分析2017—2021年杭州市临床和食品来源伦敦沙门菌的耐药与基因组特征。方法对2017—2021年杭州市分离的91株伦敦沙门菌进行药敏分析、PFGE分型和全基因组测序;利用测序数据对菌株进行多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)和耐药基因识别, 并与公共数据库菌株比较进行系统发育分析。结果临床株和食品株对18种药物的耐药率差异均无统计学意义(均P>0.05), 其多重耐药率为75.8%(69/91), 以同时耐7类药物的菌株居多, 发现1株对多黏菌素E耐药且检出mcr-1.1基因的耐8类药物菌株;50.5%(46/91)的菌株对阿奇霉素耐药且检出mph(A)基因;91株伦敦沙门菌均为ST155型, 分为44种PFGE带型和82种cgMLST型别;系统发育分析显示, 大部分杭州菌株(83/91)自行聚集成簇, 簇内混杂少量来自欧洲和北美洲的人分离株以及湖北、深圳等省市的猪肉分离株;少数杭州菌株(8/91)与分离自东南亚、欧洲、北美洲的菌株进化距离较近;与临床株距离较近的主要是猪肉分离株。结论杭州市伦敦沙门菌的感染主要由ST155型菌株引起, 以本...     

云南省迪庆藏族自治州19株耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌分子流行病学分析

[目的]对云南省迪庆藏族自治州2012-2013年两家医院分离的金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株进行了分子流行病学分析,以此了解该地区MRSA耐药情况。[方法]采用脉冲场凝胶电泳(Pulsed-Feld Gel Electrophoresis,PFGE)、多位点测序分析(multilocus sequence typing,MLST),药物敏感试验和毒力基因检测等方法对19株MRSA进行分析研究。[结果]所有菌株对β-内酰胺类抗生素耐药,部分菌株对喹诺酮类、大环内酯类、四环素以及磺胺类药物耐药;毒力基因检测结果表明,所有菌株均携带有溶血素基因以及不同组合的肠毒素基因;PFGE结果显示19个菌株共产生11个PFGE带型,具有非常高的分辨率水平;MLST分型结果显示,19株MRSA共产生3个ST型别,其中以ST59和ST121型菌株为主。[结论]云南省迪庆藏族自治州MRSA菌株耐药水平不容忽视,菌株的毒力基因携带情况增加了病原菌的致病能力;MRSA的流行株在迪庆藏族自治州地区均有不同程度的分布,同时PFGE对MRSA的分型水平高于MLST,同时又与MLST分型方法具有良好的相关性。     

血流感染O139群霍乱弧菌的耐药性及基因组特征分析

目的分析1株从菌血症患者血液中分离到的O139群霍乱弧菌产毒株的耐药性及基因组特征。方法使用肉汤稀释法和全自动药敏分析仪测定菌株的抗生素敏感性, 使用二代基因测序和纳米孔测序获得菌株的完整基因组序列, 使用BLAST在线比对与CARD、Resfinder、ISfinder、VFDB等数据库进行比对分析, 明确菌株携带的耐药基因、插入序列和毒力基因等, 使用MEGA 5.1软件构建基于核心基因组单核苷酸多态性的遗传系统发生树。结果霍乱弧菌SH400为O139群产霍乱毒素的菌株, 携带了多个毒力相关基因和4个毒力岛。该菌株对链霉素、四环素、磺胺甲恶唑/甲氧苄啶耐药并携带了相应的耐药基因。该菌株携带了大小为172 914 bp并且含有10种耐药基因的IncA/C型质粒。结合基因组进化关系发现, 菌株间携带耐药基因和耐药质粒的情况呈现出一定聚集性。菌株SH400的传统ST型为ST69, cgMLST型为与cgST-252高度相似的新型别。结论该株O139群霍乱弧菌携带ctxAB毒力基因、多种耐药基因和IncA/C型质粒, 且存在多重耐药岛。     

北京市昌平区2012—2016年肠集聚性黏附大肠埃希氏菌耐药性、毒力基因及分子特征

目的了解昌平区肠集聚性黏附大肠埃希氏菌(EAEC)耐药性、毒力基因携带情况及分子特征。方法对2012—2016年北京市昌平区分离的15株EAEC毒株进行复核;以药敏实验检测菌株对16种抗菌药物的耐药性;以PCR法检测8种毒力的携带情况;采用多位点序列分型(MLST)及脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)进行分子分型分析。结果 15株EAEC耐药率为100.0%,耐多药率为80.0%。每株携带2~5个毒力基因,共有10种毒力基因谱;8个毒力基因阳性率由高到低分别为aap(100.0%)、CVD432(93.3%)、aggA(60.0%)、agg3A(40.0%)、astA(33.3%)、pic(20.0%)、aafA(13.3%),未检出pet阳性。MLST分型分析将15株EAEC菌分为9个ST型,其中有4个新ST型(STcpEC1、STcpEC2、STcpEC3、STcpEC4),以STcpEC1为优势ST型(占33.3%)。PFGE分析得到13种PFGE带型,相同ST型菌株PFGE带型、毒力基因相似系数均较高。结论北京市昌平区近5年EAEC菌耐药率、多重耐药率较高,毒力基因aap、CVD432、aggA检出率高,STcpEC1为优势ST型,PFGE带型具有高度多态性。     

血流感染金黄色葡萄球菌分子生物学特征

目的 了解血流感染金黄色葡萄球菌分子分型、毒力基因及耐药基因携带情况,为临床诊疗提供依据。方法 收集2018-2020年山东省某医院血流感染金黄色葡萄球菌,通过全基因组测序(WGS)和生物信息学分析得到多位点序列分型(MLST)、毒力基因和耐药基因。微量肉汤稀释法测试对常用抗菌药物耐药性。利用核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析菌株间相关性。结果 共收集62株血流感染金黄色葡萄球菌,其中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)15株,检出7种STs,优势型别为ST59;甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)菌株47株,检出11种STs,以ST22最多见。检出31种毒力基因和16种肠毒素基因。耐药基因携带率高达98.4%(61/62),检出率最高的耐药基因为blaZ(83.9%,52/62),其次为erm(c)(41.9%,26/62)、mecA(24.2%,15/62)。MRSA耐药基因检出率高于MSSA。对青霉素(96.8%,60/62)、红霉素(82.2%,51/62)、克林霉素(45.2%,28/62)耐药率较高。对利奈唑胺(1.6%,1/62)、替加环素(1.6%,1/62...     

广东地区耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药性及分子流行病学特征

目的 分析广东地区耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的耐药形势及分子流行病学特征。方法 对广东地区2019年收集分离的41株CRKP开展抗菌药物敏感性试验鉴定耐药表型,通过全基因组测序分析确定多位点序列分型(MLST)、耐药基因及毒力因子等分子特征,基于全基因组单核苷酸多态性(wgSNPs)分析菌株同源性及遗传进化关系。结果 41株CRKP均为泛耐药菌。耐药基因及可移动遗传元件(MGEs)种类多样,75.61%(31/41)菌株携带碳青霉烯酶基因,包括bla_KPC-2(18株)、bla_NDM-1(10株)、bla_NDM-5(2株)和bla_IMP-4(1株)四种类型。其中儿童CRKP主要携带bla_NDM-1,而成人则为bla_KPC-2。bla_NDM-1和bla_KPC-2分别主要通过质粒IncX3和IncFII传播。MLST分型共获得16种ST型,以ST11型(51.22%,21/41)为主,且均为非毒力株,而ST...     

肺炎克雷伯菌单基因分子进化分析及多位点序列分型与基因组系统学研究

目的比较7株已完成全基因组测序的肺炎克雷伯菌单基因分子进化分析及多位点序列(MLST)分型与基因组系统学研究的结果,研究其亲缘关系。方法采用Roche 454高通量测序技术对1株泛耐药肺炎克雷伯菌JM45株做全基因组测序(完成图),再与NCBI已完成全基因组测序的6株肺炎克雷伯菌9种看家基因进行单个基因分子进化分析,将该9个基因序列串联作MLST分型,并将7株肺炎克雷伯菌的全基因组序列作聚类分析(为Fast Minimum Evolutin法)。结果 JM45株测得一条完整的基因组(染色体)序列及两条质粒序列;因为不同的基因进化率不同,7株肺炎克雷伯菌9种看家基因单个基因序列的分子进化图并不一致;7株肺炎克雷伯菌MLST分型可见JM45株与HS11286株相同(即为同一型),1084株与NTUH-K2044株相同,但7株肺炎克雷伯菌基因组系统学分析可见,JM45株与HS11286株并不相同(即非为同一型),JM45株与HS11286株距离最近,与342株距离最远,其他各株介于二者之间。结论采用单个基因序列的分子进化分析法及MLST分型用作菌株亲缘性关系分析法并不可靠,本研究为国内首个单个看家基因分子进化分析及MLST分型与基因组系统学研究的比较报道。     

广东省2018-2022年侵袭性非伤寒沙门菌病原学特征分析

目的 了解2018-2022年广东省侵袭性非伤寒沙门菌（iNTS）的血清型分布、耐药性以及分子流行情况,为沙门菌侵袭性感染的防治提供科学依据。方法 对2018-2022年广东省分离自血液和粪便样本的沙门菌进行血清学鉴定、药敏试验、多位点序列分型（MLST）和全基因组测序。同时利用微生物基因注释系统对测序结果开展耐药基因与毒力因子注释。结果 136株iNTS分为25种血清型,肠炎沙门菌占38.24%（52/136）。以鼠伤寒变种沙门菌作为对照计算其余iNTS血清型的OR值,奥雷宁堡、里森和波摩那3种沙门菌血清型的OR值较高,分别为423.50、352.92和211.75。iNTS耐药率在0.74%~66.91%之间,普遍低于非iNTS株（3.90%~77.21%）。iNTS耐药以氨苄西林和四环素为主,耐药率分别为66.91%（91/136）和50.00%（68/136）,而对环丙沙星（5.88%,8/136）、头孢他啶（5.88%,8/136）、庆大霉素（5.13%,7/136）和头孢西丁（0.74%,1/136）耐药率较低。iNTS携带多种耐药基因与毒力因子,但尚未发现共同毒力因子分布特征。MLST聚类分析显示,iNTS分为26种序列型别,ST11型占38.24%（52/136）。结论 2018-2022年广东省iNTS以肠炎沙门菌为主,其中奥雷宁堡、里森和波摩那3种血清型可能与更高的侵袭性感染风险有关。iNTS对临床一线治疗药物（头孢类和氟喹诺酮类抗生素）敏感,序列呈现高度多样性且具有明确的系统发育分支,以ST11型为本地优势克隆群。     

上海市浦东新区食源性小肠结肠炎耶尔森菌耐药及分子流行病学特征

目的 了解上海市浦东新区食源性小肠结肠炎耶尔森菌耐药及分子流行病学特征。方法 2012-2016年主动、定点采集上海市浦东新区4类流通生鲜食品,使用冷增菌方法分离小肠结肠炎耶尔森菌,并分析菌株生物型、血清型、毒力基因型、耐药性和PFGE分子型别。结果 共采集食品3 900份（禽类590份、畜类1 074份、水产品1 488份、蔬菜748份）,其中111份（2.8%）检出小肠结肠炎耶尔森菌。禽类制品（5.3%,31/590）和畜类制品（4.5%,48/1 074）的检出率高于水产品（1.6%,24/1 488）和蔬菜制品（1.1%,8/748）。分离株以生物1A型（95.5%）和O：8血清型（42.3%）为主,且分离数与年总分离数呈正相关。所有菌株均缺失4种（ail、ystA、yadA和virF）产毒株标记的毒力基因,76株（68.5%）ystB基因阳性（其中35株属于1A/O：8/ystB）。分离株对氨苄西林（74.8%）和阿莫西林/克拉维酸（70.3%）的耐药率最高,对头孢西丁不敏感率超过50.0%;未发现三代头孢菌素或氟喹诺酮类抗菌药物耐药株,38.7%（43/111）的菌株为多重耐药。O：8和O：5血清型菌株分别存在44和18种PFGE分子型别。结论 上海市浦东新区食源性小肠结肠炎耶尔森菌暴露风险以禽类制品和畜类制品为主,优势菌型为1A/O：8/ystB,虽无典型产毒株特征但仍有潜在致病力。菌株耐药率处于较低水平但存在多重耐药株,PFGE分子型别提示菌株呈高度遗传多样性。     

非O1群非O139群霍乱弧菌血流感染的诊疗及防控2例报告

目的 对2例血流感染患者血培养标本分离的弧菌属进行鉴定和药敏试验,分析非O1群非O139群霍乱弧菌(NOVC)的微生物学特性,为霍乱弧菌感染的诊断和防控提供依据。 方法 通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、API细菌生化反应鉴定卡、VITEK 2 Compact鉴定仪和16S rRNA基因测序鉴定2株弧菌分离株,并进行血清学分型、毒力基因分子检测和耐药表型检测。 结果 2株菌株均鉴定为霍乱弧菌,血清学试验确定为NOVC,毒力基因ctxAB检测阴性;药敏试验显示1株菌对氨苄西林、阿奇霉素、多西环素和氯霉素敏感,对四环素和复方磺胺甲唑耐药,另一菌株对所有检测抗菌药物均敏感。 结论 NOVC所致的血流感染在中国少有报道,完善血培养标本分离霍乱弧菌的准确鉴定、分型和耐药表型检测,对诊断、治疗和防控霍乱弧菌感染具有重要价值。     

一起空肠弯曲菌导致急性胃肠炎暴发事件的病原特征分析

目的 对一起急性胃肠炎暴发事件进行实验室检测分析。方法 对暴发事件中采集的病例粪便标本、厨师粪便标本、环境涂抹、食品原材料等样本进行实时荧光定量PCR检测和细菌分离培养分析。对分离菌株进行PFGE分型分析并对病例分离株进行抗生素敏感性检测和全基因组测序分析。结果 4例病例粪便标本空肠弯曲菌核酸检测阳性,其中1例未服用抗生素的病例分离到空肠弯曲菌;从4份生鸡样本中获得12个空肠弯曲菌单菌落和7个结肠弯曲菌单菌落。病例分离株对萘啶酸、环丙沙星、氯霉素、氟苯尼考和四环素耐药;基因组测序分析确定该菌株为ST10075型,并确定其染色体上含有cmeABCR、tetO/M和blaOXA-61等耐药元件,而23S rRNA的2 074和2 075位点均未发生突变,gyrA基因的257位点发生了C-T的突变。结论 实验室检测结果表明空肠弯曲菌的感染可能是导致此次急性胃肠炎暴发的主要病原。     

2009－2015年深圳市不同来源样本中金黄色葡萄球菌毒力耐药特征及分子分型研究

目的 研究2009－2015年深圳市不同来源样本中金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus,SA)携带毒力、耐药基因、耐药表型情况和分子型别研究。 方法 2009－2015年期间,86株SA分离自医院病人、医院环境涂抹样、食物中毒等样品。PCR方法检测毒力基因、耐药基因以及耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(methicillin-resistant Staphylococcus aureus,MRSA)的SCCmec基因型,进行蛋白A基因多态性(single locus DNA-sequencing of the repeat region of the Staphylococcus protein A gene,Spa)以及多位点序列分型(multilocus sequencing typing,MLST)研究。按照美国临床和实验室标准协会(Clinical and Laboratory Standards Institute,CLSI)方法,对抗菌药物进行药敏试验。 结果 检出21种毒力基因,55株(64.0%)携带mecA基因。SCCmec分型结果,Ⅲ型为优势型别(60.0%,33/55)。86株SA分为24种Spa型,MRSA菌株Spa优势型别为t030与t437,甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌菌株(methicillin sensitive Staphylococcus aureus,MSSA)的优势型别为t091与t127。86株SA分为23种 MLST型,形成3个克隆复合体CC239(27.9%)、CCnew3(27.9%)与CC188(11.6%)。 结论 优势型别为ST239(Spa-t030)、STnew3(Spa-t437)具有多药耐药的特征,且携带多种毒力基因。MRSA流行株、非流行株与MSSA在携带毒力与耐药基因之间均存在差异。需要加强监测SA中的优势型别及MRSA菌株.关注其耐药的动态变化。     

Development and evaluation of a core genome multilocus sequence typing (cgMLST) scheme for Brucella spp.

Brucellosis is a zoonotic disease caused by Brucella spp. Brucella spp. can be sub-typed by multilocus sequence typing (MLST) method, which targets a set of housekeeping genes. We have developed a core genome MLST (cgMLST) typing scheme to distinguish and differentiate species of Brucella up to biovar level. A total of 407 whole (complete and draft) genome sequences of different Brucella strains were used in this study. Genome sequences were filtered using the BLAST score ratio (BSR)-based allele calling algorithm, and we found that 164 cgMLST target loci are shared in all the 407 genome sequences. These 164 loci were used to develop the cgMLST scheme and further evaluated to sub-type different species of Brucella. Based on our cgMLST scheme, Brucella spp. were classified into 287 sequence types (STs). A phylogenetic tree was constructed based on the STs derived from the cgMLST analysis. The phylogenetic tree differentiated all the 11 Brucella spp. and five biovars of B. suis. B. vulpis formed the outmost clade followed by B. inopinata and B. microti. Among the four subgroups of B. abortus, group A and B were differentiated based on their geographic origins. Similarly, three subgroups of B. melitensis were separated based on their geographical origins with few exceptions. B. neotomae that infect rodents were distinguished from other Brucella spp. B. canis showed the closest relationship with B. suis bv. 4, followed by B. suis bv. 3 and bv. 1. Brucella spp. associated with the marine mammals, such as B. ceti and B. pinnipedialis were closely related. Of these, B. ceti strains isolated from dolphins and porpoise were differentiated into two groups. We incorporated our cgMLST tool in BrucellaBase (http://www.dbtbrucellosis.in/brucella_cgmlst.html), which will be helpful to predict the cgMLST allelic profile and the ST of a newly sequenced genome.     

马鞍山地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的分子特征研究

目的 了解马鞍山地区耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(金葡菌)(MRSA)肠毒素、溶血素分布情况、菌株克隆群关系及其耐药性。方法 采用全自动酶联荧光免疫系统和PCR技术分别检测肠毒素和溶血素基因分布;选择金葡菌的7个管家基因作为目的基因,对34株MRSA和3株甲氧西林敏感金葡菌(MSSA)进行多位点序列分型(MLST),然后与网上数据库比对,获得序列型(ST),根据eBURST的ST进行亲缘性分析;采用琼脂稀释法检测MRSA对12种抗生素的耐药情况。结果 210株金葡菌肠毒素阳性率为50.9%,溶血素基因携带率为97.1%,其中51株MRSA全部含有溶血素基因。34株MRSA有10个ST,以ST239为主(47.1%,16/34),其次为ST5(17.6%,6/34);3株MSSA的ST为ST188、ST1281和ST7。17株患者来源菌株分为6个ST,以ST239为主(35.3%,6/17),其次为ST5(29.4%,5/17);20株食品来源菌株有9个ST别,以ST239为主(45.0%,9/20),其次为ST7(15.0%,3/20)。ST585、ST630以及ST239的亲缘关系较近,其他ST之间亲缘关系较远。除万古霉素外,所有菌株对10种抗生素有不同程度的耐药。结论 金葡菌溶血素普遍存在;ST239为马鞍山地区MRSA的主要优势菌株,各ST间亲缘关系较远。     

Phylogenetic relationship and genomic characterization of Salmonella Typhimurium strains isolated from swine in Brazil

Salmonella Typhimurium has been transmitted between humans and animals. Although, Brazil has been one of the largest pork meat exporters worldwide, there are few studies that characterized epidemiologically S. Typhimurium strains from swine. The aims of this work were to study the phylogenetic relationship of S. Typhimurium genomes isolated from swine in Brazil among themselves and with other genomes isolated from several sources and countries using wgMLST and cgMLST and to perform the search of Salmonella pathogenicity islands (SPIs). In addition, for S. Typhimurium strains from swine to compare the virulence and antimicrobial resistance genes by VFDB and ResFinder, genetic content by BLAST Atlas and orthologous proteins clusters by OrthoVenn. The constructed phylogenetic trees by wgMLST and cgMLST grouped the majority (92.3% and 80.7%, respectively) of the strains isolated from swine in Brazil into the same group. All the isolates contained important SPIs (SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-5 and SPI-9). A total of 100 and 31 virulence and resistance genes were detected in the S. Typhimurium strains isolated from swine, respectively. The BLAST Atlas and orthologous proteins analysis found regions of phages and differences in metabolic, regulatory and cellular processes among S. Typhimurium LT2 and S. Typhimurium isolates from swine. In conclusion, molecular typing based in the wgMLST and cgMLST suggested that the S. Typhimurium isolates from swine studied were genetically related. The pathogenic potential of the strains studied was corroborated by the presence of important SPIs and virulence genes. The high number of antimicrobial resistance genes detected is worrying and reinforced their potential risk in swine in Brazil. The comparison by BLAST Atlas suggested differences in mobile genetic elements among S. Typhimurium LT2 and S. Typhimurium isolates from swine in Brazil. The orthologous proteins analysis revealed unique genes related to important cellular processes in the strains from swine.     

MLST和PFGE在耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌医院感染监测中的应用

 目的 探讨某院重症监护病房(ICU)患者、医院环境中耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)菌株的同源性,为医院感染防控提供理论依据。方法 收集2017年9—12月某三甲医院ICU患者、环境中连续分离的CRKP菌株,进行耐药表型、碳青霉烯酶基因检测,采用多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子同源性分析。结果 共收集10株CRKP菌株,其中9株分离自5例患者的临床感染标本,1株分离自气压治疗仪面板。10株菌均携带产KPC酶基因;MLST分型均为ST11型;共有5种PFGE带型,其中5株带型完全一致,为流行菌株,1株菌株与流行菌株带型仅相差1条条带,其余4株菌带型相近,但与流行株带型差异较大。气压治疗仪面板分离的1株CRKP菌株与患者来源的4株CRKP菌株耐药表型、PFGE型别及ST型别完全一致,考虑为仪器共用造成的医院感染。分离自同一重症胰腺炎患者腹腔引流液、血标本的CRKP菌株PFGE带型完全一致,推测CRKP可能通过腹腔感染入血。结论 PFGE和MLST对明确医院感染细菌传播路径,个体细菌感染路径以及遗传变异有重要意义,有助于从切断感染途径方面入手指导控制多重耐药菌的传播。