HCV及HIV二联病毒核酸荧光PCR检测方法的建立

目的建立多联病毒核酸荧光PCR检测方法,为我国核酸检测技术的应用前景提供技术支持。方法使用逆转录实时荧光PCR定量方法（QRT。PCR）检测HCV、HIV病毒,在成功扩增定量单一病毒的基础上,通过主要调整Mg2＋离子、dNTPs、Taq的浓度等优化反应体系,建立同时检测两种病毒核酸的逆转录实时荧光PCR定量检测方法（一步法双检）,并分析双检体系的扩增灵敏度。结果通过优化筛选反应条件,使用QRT．PCR方法成功扩增双模板HCV／HIVRNA,且检测特异性好,灵敏度较高,能达到HCVRNA20IU／ml与HIVRNA80IU／ml的检测灵敏度。结论本试验成功建立能同时检测两种病毒核酸的QRT．PCR方法,为后续研究HBV、HCV、HIV多联荧光病毒核酸检测系统提供了理论依据与技术支持。     

结核病早期诊断技术组合的临床应用评价

目的 评价浓缩涂片法、噬菌体生物扩增法、实时荧光定量PCR法3种方法组合（下简称组合法）对结核病早期诊断的应用价值。方法 应用浓缩涂片法、噬菌体生物扩增法、实时荧光定量PCR法3种方法组合测定926份临床标本,并与涂片法、BACTEC MGIT-960快速培养法结果进行比较。 结果 组合法的阳性检出率30.6%,显著高于涂片法的19.1%（χ2=32.5,p<0.01）,而接近于BACTEC MGIT-960培养法的32.7%（χ2=1.0,p>0.05）,而且检测时间明显缩短为24 h;以BACTEC MGIT-960培养结合菌种鉴定方法为标准,组合法的敏感性为91.2％（248/272）,特异性为94.5％（589/623）,准确性为93.5％（837/895）。结论 组合法具有很高的敏感性和特异性,用于结核病早期快速诊断有重要的临床价值。     

HBV DNA免提取核酸荧光定量PCR检测法应用评价

目的评价乙型肝炎病毒核酸免提取荧光定量PCR方法(一步法)对不同病毒载量时检测性能。方法评价试剂为圣湘公司HBV DNA荧光定量PCR检测免提取试剂盒,对照试剂为匹基公司、科发公司、达安公司3家煮沸核酸提取法试剂盒。将4种试剂盒按各自要求对配套的不同浓度标准品、阴性、临界值的反应曲线考核其线性和灵敏度。另检测1份已知浓度质控品、5份未知浓度样本血清考核其准确性、可比较性。检测仪器为瑞士罗氏公司Light Cycler荧光定量仪。结果一步法、匹基公司、科发公司、达安公司4家标准品浓度相关性R2分别为0.992、0.998、0.999及0.963,线性均满意。4个不同浓度标准品扩增曲线图形:一步法曲线比其他3家更为光滑,呈间距均匀的S形抛物线,2次结果重复曲线更趋重迭。对已知定值为(1.5E+06)IU/mL的质控品检测:一步法、匹基公司、科发公司、达安公司相应结果为(1.16E+06)、(5.27E+05)、(4.32E+05)及(4.90E+06)IU/mL,一步法最接近靶值。5份血清结果显示:4种试剂盒除P公司对2号样本结果为低于检出下限外,其他对1号、2号、3号、5号检出结果均与其他3家接近,可为临床接受。4号样本为一个低值临界范围,出现低于报告限、低值及临界追踪值3种结果现象。结论 4家HBV DNA荧光定量PCR检测检测试剂线性结果均满意,对中、高浓度样本检测结果较接近,但在低浓度临界范围检测报告可能会对临床诊断带来误导,需追踪复查。HBV PCR一步法检测技术免除了核酸高温裂解提取步骤,操作简便,人为误差减少,性能稳定,有利提高检测灵敏度、结果准确性。     

3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙肝患者血清中HBV的比较

目的 比较3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙肝患者血清中HBV的灵敏度和特异性,初步探讨其用于乙肝病毒检测的临床价值。 方法 用3种免核酸提取PCR试剂盒分别检测30例慢性乙型肝炎病人及30例阴性参比血清标本中的HBV,以荧光定量PCR结果为标准,比较三种试剂检测灵敏度和特异性。结果 3种试剂盒的HBV检出率分别为93.3%（28/30）、96.7%（29/30）、100%（30/30）;3种试剂检测HBV的特异度均为100%;3种试剂检测灵敏度A公司为103 IU/ml,B、C公司均为102 IU/ml。结论 本研究使用免核酸提取PCR试剂检测HBV快速、简便、高效,可用于临床HBV快速检测。     

锁核酸探针多重荧光定量PCR检测HBV基因变异

[摘要] 目的 描述并评价锁核酸（locked nucleic acid,LNA）探针实时荧光定量聚合酶链反应（Real-Time PCR）检测乙型肝炎病毒（HBV）204位基因突变的方法及特点。方法 分别用直接测序法、锁核酸（LNA）探针实时荧光定量PCR检测109例接受拉米夫定（LAM）治疗6个月以上的慢性乙型肝炎患者的血清样本。结果 LNA探针实时荧光定量PCR能检测HBV野生型YMDD和其突变型YVDD,YIDD。而且,这种方法还可以检测HBV野生型和变异型的混合。LNA探针相比普通探针在检测野生型和突变型混合样本方面,更敏感,区分度更好。结论 LNA探针实时荧光定量PCR检测YMDD变异具有快速,灵敏,等特点,可以用于大量临床样本的快速筛查,在监测拉米夫定治疗疗效及发现新耐药突变型等方面具有广泛的应用前景。     

GeneXpert MTB/RIF Ultra在结核病特殊标本检测中的应用价值

目的 比较全自动荧光定量PCR系统超强版本（GeneXpert MTB/RIF Ultra,GeneXpert Ultra,GeneXpert）、全自动荧光定量PCR系统（GeneXpert MTB/RIF,Xpert,GeneXpert）、DNA实时荧光定量核酸检测（FQ-PCR）、结核分枝杆菌RNA实时荧光恒温扩增（SAT-RNA）、DNA实时荧光恒温扩增检测（恒温扩增法）及传统BACTEC MGIT 960液体培养（培养法）对结核病特殊标本的诊断效能，为临床诊疗提供依据。方法 收集2021年1—9月西安市胸科医院特殊标本共170例（包括胸腹水标本47例，24 h尿沉渣标本34例，组织标本49例，脓液标本40例），分别采用GeneXpert Ultra、Xpert、FQ-PCR、SAT-RNA、恒温扩增法及传统培养法进行检测，以临床诊断为标准，对比其灵敏度、特异度、阳性预测值、阴性预测值、符合率及Kappa值。结果 GeneXpert Ultra、Xpert、FQ-PCR、SAT-RNA、恒温扩增法及传统培养法的灵敏度分别为65.18%(73/112)、49.11%(55/112)...     

应用MGB探针检测人丙型肝炎病毒的基因型

目的检测血浆或血清样本中人丙型肝炎病毒（HCV）的基因型,建立了基于MGB探针的实时荧光定量PCR检测体系。方法在HCV基因组型特异性碱基的聚集区域设计荧光定量PCR引物及探针,为保证特征特异性及高分辨率,选择设计MGB探针,然后将PCR扩增的产物先进行基因克隆,而后制备病毒样颗粒做为阳性质控品,从而建立完整的MGB探针法的荧光定量PCR检测体系,最后对该检测体系进行方法学评价。结果成功建立了基于MGB探针的HCV荧光定量PCR的基因分型检测体系。方法学评价显示,该检测体系的灵敏度达100IU/mL;重复性好;特异性良好,以多种血浆病毒的核酸样品为模板进行检测时结果全为阴性。结论本研究建立基于MGB探针的HCV荧光定量PCR的基因分型检测方法,可定性检测血浆或血清样本及血液制品中的人丙型肝炎病毒HCV的基因型及含量,对于该疾病的研究及临床治疗都具有重要的意义。     

基于自动化提取HCV RNA荧光定量检测系统的性能验证

目的　基于Stream SP96 全自动核酸提取仪、ABI7500 实时荧光定量PCR仪对丙型肝炎病毒（HCV）RNA 定量检测系统的性能指标进行验证。方法　依据《临床实验室对商品定量试剂盒分析性能的验证》WS/T 420-2013 性能 验证方案,采用Stream SP96 全自动核酸提取平台及ABI7500 荧光定量PCR仪检测HCV RNA,对其准确度、精密度、线性 区间、检测限、定量限和抗干扰能力等进行方法学性能验证。结果　低、高浓度标准物质的均值与靶值的误差分别为 0.20 和 0.25,均小于靶值对数值±0.4 log;低浓度样本的批内、批间不精密度变异系数值分别为 0.79%、1.01%,高浓度样本的 批内、批间不精密度变异系数值分别为 0.52%、1.22%,均<5%;线性相关系数r>0.980,线性区间可达 20~1.0×10 8 ,呈良好 线性（R 2 =0.997 3）;检出限为 20 IU/mL,最低定量限为 50 IU/mL;含胆红素（300 mg/L）、血红蛋白（300 g/L）、甘油三酯 （3 000 mg/L）的干扰物质对样本检测结果无影响。结论　HCV RNA 实时荧光PCR定量法检测系统准确度、精密度、线 性范围、检出限、定量限、抗干扰能力均符合厂家声明,能够满足临床对HCV RNA定量检测的需求。     

临床研究3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中HBV DNA的比较

目的 比较3种免核酸提取PCR试剂盒检测乙型肝炎患者血清中乙型肝炎病毒(HBV) DNA的灵敏度和特异度,初步探讨其用于HBV DNA检测的临床价值.方法 用3种免核酸提取PCR试剂盒分别检测30例慢性乙型肝炎患者及30例阴性参比血清标本中的HBV DNA,以荧光定量PCR结果为标准,比较3种试剂检测灵敏度和特异度.结果 3种试剂盒的HBV DNA阳性检出率分别为93.3%(28/30)、96.7%(29/30)、100%(30/30);3种试剂检测HBV阴性的特异度均为100%;3种试剂检测灵敏度A公司为103 IU/mL,B、C公司均为102 IU/mL.结论 使用免核酸提取PCR试剂检测HBV快速、简便、高效,可用于临床HBV DNA快速检测.     

咸阳市甲型H1N1流感病例的实时荧光定量RT-PCR检测

目的 对咸阳市首例甲型H1N1流感病例进行病毒核酸检测,为此后疫情的防控提供参考;方法采集病人1份咽拭子标本,使用两种不同厂家试剂,利用实时荧光RT-PCR法检测[1]进行甲型H1N1流感病毒核酸检测;结果结果显示两种试剂RTPCR反应体系扩增曲线都有明显对数增长,且Ct值符合质量控制的标准,为甲型H1N1流感病毒核酸阳性,同一份咽拭子标本送陕西省疾控中心复检,结果为甲型H1N1流感病毒核酸检测为阳性;结论这名病人为1例甲型H1N1流感病毒感染者的密切接触者,由于及时采用灵敏度高,特异性强,检测时间短的实时荧光定量R T-P C R方法检测,快速确诊了病例,为疫情的控制争取了时间,防止了2代病例的出现.     

Recent advances and perspectives of nucleic acid detection for coronavirus

The recent pneumonia outbreak caused by a novel coronavirus(SARS-CoV-2)is posing a great threat to global public health.Therefore,rapid and accurate identification of pathogenic viruses plays a vital role in selecting appropriate treatments,saving people's lives and preventing epidemics.It is important to establish a quick standard diagnostic test for the detection of the infectious disease(COVID-19)to prevent subsequent secondary spread.Polymerase chain reaction(PCR)is regarded as a gold standard test for the molecular diagnosis of viral and bacterial infections with high sensitivity and specificity.Isothermal nucleic acid amplification is considered to be a highly promising candidate method due to its fundamental advantage in quick procedure time at constant temperature without thermocycler opera-tion.A variety of improved or new approaches also have been developed.This review summarizes the currently available detection methods for coronavirus nucleic acid.It is anticipated that this will assist researchers and clinicians in developing better techniques for timely and effective detection of coro-navirus infection.     

新型等温扩增技术应用于疟原虫等寄生虫快速诊断的研究进展

当前常用基于PCR原理的核酸检测技术来检测疟原虫,疟原虫检测方法主要包括镜检法、抗原免疫检测法和核酸检测法等。但由于存在检测时间长、人员和设备要求高等缺点,限制了其在基层的推广应用。特别是基层普遍缺乏经验丰富的专业技术人员和高端仪器设备,此外在极端环境下快速检测大规模样品的需求等对现存疟原虫检测方法造成了挑战。近年来发展起来的等温扩增技术由于具有简便、快速、灵敏性和特异性高等优点,具有潜在的应用前景。本综述介绍了试对各类等温扩增技术的原理、特点和前景等,并在此基础上重点综述重组酶聚合酶扩增技术（recombinase polymerase amplification, RPA）与重组酶介导的等温扩增技术（recombinase-aided isothermal amplification assay, RAA）,并提出利用这类重组酶扩增技术,实现常见疟原虫种快速、精确诊断的可能。     

用于新型冠状病毒核酸检测的即时检测方法研究进展

新型冠状病毒(SARS-CoV-2)引起的新型冠状病毒肺炎(corona virus disease 2019,COVID-19)在全世界范围内快速传播,截至2020年9月30日全球感染人数已达3 300万人,造成100多万人死亡,给公众的生命健康造成严重威胁。基于实验室的标准化核酸检测方法周转时间长、成本高,因此急需开发便捷检测新冠病毒的方法,实现在资源有限的情况下快速测试以及时控制疫情。本文从提取、扩增、检测3个方面总结了针对新型冠状病毒所开发的核酸即时检测方法(point-ofcare testing,POCT),并对整合了这3个步骤的商业化即时检测装置进行简要介绍,以期为COVID-19及其他新兴传染病的紧急应对和快速部署提供参考。     

PCR-核酸飞行时间质谱系统检测新型冠状病毒方法的建立及应用研究

背景　新型冠状病毒肺炎（COVID-19）在全球暴发,实验室检测结果是疾病诊断的重要依据,检测方法的灵敏度和特异度是影响实验结果的关键因素,现实时荧光定量聚合酶链反应（PCR）核酸检测方法是COVID-19确诊的通用方法,但其检测灵敏度有方法局限性,依赖标本病毒含量。通过对PCR-核酸飞行时间质谱检测方法的优化,从而提高对低新型冠状病毒（SARS-CoV-2）含量病例检测的灵敏度,可为现有方法做有效补充。目的　应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI-TOF MS）原理,在Clin-ToF Ⅱ飞行时间质谱系统上,建立PCR-核酸飞行时间质谱（PCR-TOF MS）系统检测SARS-CoV-2的方法,并评估其实际应用价值。方法　2020年2-3月于上海市临床检验中心室间质评阳性样本40份、阴性样本7份,国家卫生健康委员会室间质评阳性样本41份、阴性样本33份,本实验室购买阳性质粒及稀释样本32份,健康人样本28份,空白对照超纯水5份,共186份样本作为建立PCR-TOF MS系统数据。于2020年1-2月收集安徽省内临床送检到安徽省疾病预防控制中心的疑似COVID-19患者上呼吸道样本80份（咽拭子样本55份、痰液样本25份）及健康人群样本20份（均为咽拭子样本）作为评估PCR-TOF MS系统效果的数据。建立PCR-TOF MS系统试验体系步骤,包括PCR扩增、虾碱性磷酸酶（SAP）消化、单碱基延伸和质谱检测;并基于阳性质粒优化模版量,根据186份样本检测质谱峰的信噪比（SNP）确定该方法在SARS-CoV-2检测时的判读标准。对80份疑似SARS-CoV-2样本和20份健康人群样本进行检测分析,并与实时荧光定量PCR法进行对比。结果　通过对PCR-TOF MS 模板条件的优化,模版量6 μl时,扩增产物可获得典型的质谱峰图。建立的PCR-TOF MS反应体系可以对SARS-CoV-2核酸的开放读码框1ab（ORF1ab）基因和核壳蛋白（N）基因进行有效扩增检测。本研究PCR-TOF MS方法对临床疑似病例样本的检出率为90.00%,高于实时荧光定量PCR法的75.00%,同时,结果显示,实时荧光定量PCR法检出中含有25.00%的可疑结果,而PCR-TOF MS则无可疑结果。对于痰液和咽拭子两种样本的检出率,PCR-TOF MS法分别为100.00%和85.45%,高于荧光定量PCR法的64.00%和43.64%。阴性样本两种方法均未检出。结论　通过PCR技术与飞行时间质谱技术的结合,使得检测SARS-CoV-2目标片段指数级扩大,从而提高样本的检测灵敏度。MALDI-TOF MS技术通过对离子分子量的检测分析,具有较高的准确性和特异性,同时证实了痰液样本优于咽拭子样本。该方法可作为实时荧光定量PCR法的补充和协同,在一定程度上有利于弥补假阴性的问题,从而降低临床漏诊率,提高检测效率,为疫情的研判缩短时间。     

Development of a Recombinase-aided Amplification Combined With Lateral Flow Dipstick Assay for the Rapid Detection of the African Swine Fever Virus

Objective To establish a sensitive, simple and rapid detection method for African swine fever virus(ASFV) B646 L gene.Methods A recombinase-aided amplification-lateral flow dipstick(RAA-LFD) assay was developed in this study. Recombinase-aided amplification(RAA) is used to amplify template DNA, and lateral flow dipstick(LFD) is used to interpret the results after the amplification is completed. The lower limits of detection and specificity of the RAA assay were verified using recombinant plasmid...     

阴道分泌物念珠菌感染检测方法对比分析

目的 分析常规镜检、荧光PCR核酸扩增法和真菌显色培养法在阴道分泌物真菌检测结果的相关性.方法 选取2014-2016年于该院就诊的疑似阴道炎患者,收集镜检阴道分泌物真菌阳性和阴性标本各500例,用荧光PCR核酸扩增法鉴定念珠菌类型,并将100份荧光PCR核酸扩增法检测结果阳性标本进行真菌微生物培养,验证分型结果的正确率.结果 荧光PCR核酸扩增法和常规镜检一致性检验Kappa值为0.632,二者一致性差.500例患者阴道分泌物常规镜检阳性标本,荧光PCR核酸扩增法测得白色念珠菌感染382例(76.4％),光滑假丝酵母菌感染73例(14.6％),热带假丝酵母菌感染10例(2.0％),白色念珠菌合并光滑假丝酵母菌感染3例(0.6％),其他真菌感染32例(6.4％).500例患者阴道分泌物常规镜检阴性标本,荧光PCR核酸扩增法鉴定阳性共152例,其中白色念珠菌130例,光滑假丝酵母菌16例,热带假丝酵母菌6例.荧光PCR核酸扩增法与CHROMAgar快速显色法检测结果比较,差异无统计学意义(x2 =0.131,P=0.936).结论 对于有临床表现而镜检阴性的患者,建议行荧光PCR核酸扩增快速分型鉴定或真菌培养鉴定.     

实时荧光核酸恒温扩增技术在淋球菌检测中的应用分析

目的采用统计学方法评价实时荧光核酸恒温扩增技术(SAT)在临床淋球菌检测中的应用。方法以淋球菌培养法为标准对照,采用实时荧光核酸恒温扩增技术同时对150例疑似患者的生殖道拭子标本和尿液标本进行检测,对结果进行统计学分析比较,并用PCR法进行验证。结果使用SAT检测的生殖道拭子和尿液阳性检出均为110例,培养法阳性检出为108例,其中培养法检出阴性的2例通过PCR验证为阳性。两种取样方式的SAT检测法和培养法三者阳性率差异均无统计学意义(P0.05);以培养法为金标准,SAT检测拭子的敏感度为100.0%,特异度为95.2%;SAT检测尿液标本的敏感度为100.0%,特异度为95.2%。结论采用实时荧光核酸恒温扩增技术对生殖道拭子和尿道标本的检测效果与培养法相比,阳性率高,敏感度较高,且尿道标本收集方法比较简便,患者依从性好,可代替拭子道取样方法,此方法可在临床推广应用。     

利用逆转录环介导恒温扩增技术建立新型冠状病毒核酸快速检测方法

  目的  利用逆转录环介导恒温扩增技术建立新型冠状病毒核酸快速检测方法。  方法  针对新型冠状病毒的特征核壳蛋白N基因和开放阅读框1ab（ORF1ab）基因序列保守区设计引物，获得了 RT-LAMP 检测体系，并评价该体系的特异性、最低检测限、抗干扰能力和最佳反应时间。  结果  经检测新型冠状病毒核酸标准物质，其结果与预期相符，证实了该检测体系的可行性。  结论  利用逆转录环介导恒温扩增技术快速检测新型冠状病毒核酸的反应体系特异性好、灵敏度高，适用于边境条件有限地区。     

RT—LAMP检测甲型HIN1病毒核酸几种结果判定方法

目的比较RT—LAMP检测甲型H1N1流感病毒核酸几种不同的结果判定方法的差异,优化检测方法。方法利用已知的阳性病毒样本,对比电泳、直接观察、加入SYBRGREENI核酸染料和优化后的预染核酸染料和的检测灵敏度。结果电泳检测的灵敏度最高,加入SYBR GREEN I染料的灵敏度略低,而直接的肉眼观察灵敏度低约2个数量级。加入优化后的预染染料其检测灵敏度与加入SYBR GREEN I核酸染料相当。结论电泳法检测的灵敏度最高,可通过加入优化后的预染染料提高目测判定反应结果的灵敏度,增强反应的特异性,并可降低气溶胶污染。