基于权重基因共表达网络分析挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因

目的 通过权重基因共表达网络分析（weighted gene co-expression network analysis,WGCNA）挖掘人参皂苷Rh1生物合成相关基因。方法 以种植于吉林省人参主产区304个农家品种的转录组测序数据为基础,以人参皂苷Rh1含量为表型进行差异表达基因的挖掘。结果 通过WGCNA获得6个与人参皂苷Rh1含量密切相关的基因共表达模块,根据关联分析结果确定Green模块为与人参皂苷Rh1含量显著相关的关键模块。功能注释结果显示Green模块内的基因富集到m RNA结合、蛋白修饰等多个相关途径。通过构建基因互作网络筛选获得7个核心基因,功能预测表明这些基因可能在人参皂苷Rh1的生物合成途径中起着重要作用。对7个候选基因进行茉莉酸甲酯（methyl jasmonate,Me JA）体外调控分析。对人参不定根进行MeJA诱导处理,随Me JA的诱导,comp9517＿c0＿seq1、comp10896＿c0＿seq1、comp43180＿c0＿seq2、comp64014＿c0＿seq8的表达量与人参皂苷Rh1的含量同时呈现显著变化,但只有comp64014＿c0...     

老鸦瓣实时定量PCR内参基因的筛选和验证

药用植物老鸦瓣供需矛盾日益凸显,但分子生物学方面研究基础还较薄弱。为开展老鸦瓣相关功能基因表达量的分析检测,需要选择适宜的内参基因以提高实验结果准确性。从老鸦瓣转录组数据中筛选出8个候选内参基因(ACT,TUA,CYP,GAPDH,UBQ,UBI,EF1α,UBC),利用实时荧光定量技术检测候选内参基因在老鸦瓣鳞茎、叶、花以及芽茎不同发育阶段中的表达水平。应用GeNorm,NormFinder和BestKeeper软件以及RefFinder网站综合评估内参基因稳定性。结果表明8个候选内参基因中UBC的Ct变化范围最小,表达水平最稳定,适合作为内参基因;GeNorm和NormFinder软件分析结果显示UBC和UBI的稳定性相对较好;BestKeeper评估CYP和UBC表达较稳定;RefFinder网站综合排序稳定性最好的基因为UBC和UBI,而ACT在所有软件评估中稳定性最差。分别以稳定性最好的UBC,UBI和最差的ACT为内参基因检测老鸦瓣GBSS基因的表达,GBSS基因在UBC和UBI校正下表达模式相同,以ACT为内参时表达趋势有较大差异,进一步验证了筛选结果的可靠性,表明UBC和UBI均适合作为老鸦瓣不同器官和芽茎不同发育时期基因表达研究的内参基因。该研究筛选得到的稳定内参基因UBC和UBI为后续开展老鸦瓣中关键基因表达分析研究奠定了基础。     

基于转录组测序和WGCNA分析挖掘黄芪三七合剂治疗IRI急性肾损伤的关键基因

目的:基于高通量转录组测序以及加权基因共表达网络(Weighted gene co-expression network, WGCNA)分析挖掘黄芪三七合剂治疗肾缺血再灌注(IRI)急性肾损伤的关键靶基因。方法:将27只C57BL/6小鼠随机分成假手术对照组、模型对照组和黄芪三七合剂3.9 g/kg组,采用夹闭双侧肾蒂处肾动静脉血管45 min后恢复血供的方法建立急性肾损伤模型。术后给予黄芪三七合剂连续灌胃3d后检测肾功能、肾脏病理、炎症因子含量等综合评估黄芪三七合剂对IRI急性肾损伤的治疗效果。此外,每组各随机选取3个肾皮质样本,提取总RNA后进行高通量转录组测序。对测序获得的基因表达数据,使用R中的DESeq2包进行差异分析,WGCNA包执行加权基因共表达分析,确定与黄芪三七合剂治疗IRI急性肾损伤相关的共表达模块及关键基因。对挖掘出的关键核心基因进行荧光定量聚合酶链式反应(Real-time PCR)验证。同时,还对共表达模块中的核心基因进行基因本体(GO)和京都基因组百科全书注释系统(KOBAS)通路进行富集分析,描述关键核心基因的生物学功能,以揭示黄芪三七合剂治疗急性肾损伤的...     

基于加权基因共表达网络分析和机器学习筛选肾母细胞瘤特征基因及其靶向中药预测

目的：本研究旨在确定肾母细胞瘤的潜在生物标志物,并预测其靶向中药。方法：从NCBI基因表达综合数据库下载4个微阵列数据集（GSE4530、GSE11151、GSE66405和GSE73209）。采用差异表达分析、加权基因共表达网络分析（Weighted Gene Co-expression Network Analysis,WGCNA）和最小绝对收缩和选择算子（Least Absolute Shrinkage and Selection Operator,LASSO）回归算法筛选肾母细胞瘤的核心标志物并对差异表达基因（Differentially Expressed Genes,DEG）进行功能和通路富集分析。随后,绘制箱线图展示核心基因在样本中的表达模式,构建受试者工作特征曲线（Receiver Operating Characteristic curve,ROC）验证核心基因的诊断效能。最后,通过HERB数据库检索核心基因潜在靶向中药。结果：204个DEGs和15个关键模块基因交集得到14个枢纽基因。DEGs主要富集于羧酸生物合成过程、细胞-细胞连接组装、轴突引导、癌症中的微小核糖...     

老鸦瓣芽茎发育相关MYB转录因子家族鉴定与分析

目的 鉴定老鸦瓣Amana edulis MYB转录因子家族成员并分析其表达模式,以期发现老鸦瓣芽茎发育相关MYB基因.方法 利用老鸦瓣转录组数据经Pfam和PlnTFDB数据库鉴定含有MYB保守结构域的MYB转录因子,通过构建系统进化树并根据拟南芥MYB分组信息为老鸦瓣R2R3-MYB基因划分亚组,进行2R-MYB结...     

老鸦瓣芽茎发育相关转录因子AeMYB4克隆及表达分析

芽茎是药用植物老鸦瓣重要繁殖器官,前期老鸦瓣转录组数据显示MYB是芽茎发育过程中表达最活跃转录因子家族之一。为研究MYB转录因子在芽茎发育阶段可能发挥的作用,该研究基于老鸦瓣MYB基因家族表达谱数据,筛选并克隆得到1个高效响应芽茎发育的MYB转录因子,命名为AeMYB4。该基因开放阅读框为756 bp,编码251个氨基酸,预测的氨基酸序列中包含2个高度保守的SANT结构域和冷胁迫因子CBF结合位点,系统进化分析结果显示AeMYB4和拟南芥AtMYB15聚为一类,属于S2亚家族R2R3-MYB,该亚族转录因子多数和低温胁迫应答相关。构建GFP-AeMYB4融合表达载体转入根癌农杆菌后瞬时侵染本氏烟草叶片后显微观察,发现AeMYB4蛋白定位于细胞核;构建pGBKT7-AeMYB4融合表达载体转入酵母菌中进行转录活性检测,结果表明AeMYB4为转录激活因子。基因表达分析显示AeMYB4表达具有组织特异性,主要在芽茎发育阶段表达,且在芽茎发育中期表达最活跃,推测AeMYB4可能在芽茎发育过程中发挥重要作用。该研究为进一步探讨AeMYB4转录因子在芽茎中的功能提供了研究基础。     

TDZ和NAA对老鸦瓣不定芽诱导和丛生芽增殖的影响

以老鸦瓣鳞茎芯芽和子茎（芽茎顶端膨大形成的子鳞茎）为外植体,探索噻苯隆（TDZ）和α-萘乙酸（NAA）诱导老鸦瓣外植体直接成芽的方法,建立老鸦瓣器官途径丛生芽组培体系。研究结果表明,芯芽和子茎在MS+ TDZ 2.0 mg·L^-1+NAA 2.0 mg·L^-1和MS+TDZ 2.0 mg·L^-1+NAA 4.0 mg·L^-1培养基中可直接诱导不定芽,芽诱导率分别为72.92%,79.22%;利用子茎不定芽在MS+TDZ 0.2 mg·L^-1+ NAA 0.2 mg·L^-1培养基中可进行丛生芽增殖,增殖系数2.23,形成的芽体健壮,叶色嫩绿;增殖后的丛生芽在含有IBA 1.0 mg·L^-1的MS培养基中即可生根,生根率52.6%,平均3~5条根。利用老鸦瓣芯芽和子茎,筛选出了老鸦瓣芯芽和子茎直接诱导不定芽及丛生芽增殖和生根的最适培养基,建立了器官途径丛生芽组培体系。     

应用基因芯片技术研究冠心病秽浊痰阻证差异表达基因及其通路

目的?探索冠状动脉粥样硬化性心脏病（CHD）秽浊痰阻证患者差异表达基因及相关信号通路，从分子水平阐明CHD秽浊痰阻证的生物学特点。方法?纳入2015年2月— 2016年3月就诊于新疆医科大学附属中医医院明确诊断为CHD的患者24例，其中秽浊痰阻证组12例、非秽浊痰阻证组12例，另纳入经冠脉造影术排除CHD的12例受试者为对照组。采集外周血并提取总的RNA，通过Human Genome U133 Plus2.0芯片检测获取基因，使用R语言limma软件包筛选差异表达基因，利用STRING构建差异基因编码蛋白互作网络（PPIs），应用Cytoscape插件识别差异表达基因的核心模块，应用Clusterprofiler软件包对差异表达基因进行GO和KEGG功能富集分析。结果?与对照组比较，CHD患者共筛选出184个差异表达基因，其中165个差异基因表达上调，19个差异基因表达下调。CHD秽浊痰阻证组与非秽浊痰阻证组差异表达基因42个，其中34个差异基因表达上调，8个差异基因表达显著下调，GO和KEGG富集分析中，7个模块显著富集了固有免疫调节、固有免疫正向调节、固有免疫的激活和Fc受体信号通路，模块基因参与了MAPK、NF-κB、PI3K/Akt等信号通路、Ⅰ型糖尿病相关通路、C-型凝集素受体信号通路、剪切应力与动脉粥样硬化相关通路等与CHD有密切关联的信号通路。结论?CHD秽浊痰阻证与冠心病非秽浊痰阻证患者存在显著的差异表达基因，这些差异表达基因显著富集在与冠心病相关的多条功能通路中。     

金钗石斛根茎叶转录组测序及木脂素合成相关基因分析

目的 研究金钗石斛根、茎、叶基因表达差异情况,同时分析木脂素合成途径关键酶基因表达特性,为金钗石斛木脂素合成分子机制研究提供参考。方法 以金钗石斛为材料,分别提取根、茎、叶的总RNA,利用DNBSEQ平台进行转录组测序及生物信息学分析。结果 金钗石斛根和叶相比差异表达基因较多,叶和茎相比差异表达基因较少,有879个基因是3个样本比较组所共有的。GO分类中差异表达基因主要富集在生物学过程中,KEGG富集分析中差异表达基因主要被富集到α-亚麻酸代谢途径、甘油磷脂代谢途径、氰基氨基酸代谢途径等途径中。在木脂素合成相关基因中,发现2个CAD基因、1个DIR基因、4个UGT基因在根、茎、叶中的表达模式与木脂素含量分布一致。结论 该研究获得了金钗根、茎、叶中差异表达基因信息,筛选到了与木脂素合成相关基因,初步构建了金钗石斛木脂素合成网络图,为开展金钗石斛木脂素合成分子机制研究提供数据支持。     

基于网络药理学和生物信息学筛选小青龙汤治疗支气管哮喘的关键基因和通路

目的 运用网络药理学与生物信息学方法构建“疾病-基因-靶点-成分-药物”网络以探索小青龙汤治疗支气管哮喘的关键基因和信号通路。方法 基于高通量基因表达（GEO）数据库筛选哮喘与健康人差异基因,通过TCMSP数据库检索小青龙汤中药物活性成分,筛选疾病基因和药物成分靶点作为交集基因,采用R语言,Cytoscape 3.7.2软件中不同软件包分别对交集基因进行蛋白互作（PPI）分析,基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 GEO数据库中编号为Series GSE43696符合研究要求,内含108张芯片数据,通过筛选得到差异表达基因820个;小青龙汤中共含有活性成分169个,对应作用靶点246个;通过小青龙汤靶基因与疾病基因取交集共获得25个交集基因;PPI网络结果提示91个靶点可能参与小青龙汤作用机制中;GO富集分析共涉及包括氧化应激、炎症反应、细胞外基质调控、血管内皮生长因子功能调控在内的180条基因功能;KEGG富集分析共获得包括辅助性T细胞17（Th17）分化调控,白细胞介素-17（IL-17）,肿瘤坏死因子（TNF）,低氧诱导因子-1α（HIF-1α）在内的39条信号通路。结论 小青龙汤在哮喘干预中体现了多成分、多靶点、多通路特征,该研究结果可为小青龙汤机制挖掘提供重要依据。     

基于加权基因共表达网络分析和分子对接分析荔枝核干预结肠腺癌的黄酮类成分及靶点

目的 探讨荔枝核干预结肠腺癌（COAD）进展和转移的黄酮类成分和作用靶点。方法 通过DRAR-CPI和SWISS数据库检索荔枝核中19个黄酮类化合物的潜在作用靶点。从TCGA数据库下载COAD基因表达数据和临床特征数据,采用加权基因共表达网络分析（WGCNA）法建立COAD的基因共表达网络和识别共表达模块,以共表达模块和潜在作用靶点中共同靶点作为化合物干预COAD的作用靶点。通过String数据库进行蛋白互作网络分析、KEGG和GO分析。通过cytoHubba插件提取Hub基因作为COAD潜在生物标志物,通过Cytoscape建立成分、靶点、通路的互作网络。HPA数据库验证潜在生物标志物的表达,通过分子对接技术虚拟筛选与潜在生物标志物作用的化合物。结果 经WGCNA分析得到18个共表达模块,其中7个模块与生存时间、肿瘤分期等临床特征相关,turquoise模块与COAD进展转移相关。荔枝核中19个黄酮类化合物作用于380个潜在作用靶点,选择与turquoise模块重复的34个靶点作为作用靶点,GO分析结果显示作用靶点富在304个GO条目,其中生物过程229条、细胞组成31条、分子功能44条;KEGG分析结果显示作用靶点富集在癌症通路、细胞周期、孕酮介导的卵母癌症途径、细胞衰老、p53信号通路等40条通路。CytoHubba筛选得到CDC25A、CDC25C、CCNB2、AURKB基因作为COAD进展转移相关的潜在生物标志物。HPA数据库免疫组化结果显示,与癌旁组织相比,COAD组织中CDC25C、AURKB、CCNB2蛋白表达升高（P<0.05）,与TCGA数据集中基因表达量一致。通过分子对接初步筛选得到柚皮芸香苷、原花青素A2、根皮苷、表儿茶素可通过氢键等与CDC25A、CDC25C、AURKB结合较好。结论 CDC25A、CDC25C、CCNB2、AURKB可作为COAD进展和转移密切相关的潜在生物标志物。荔枝核黄酮类化合物干预COAD进展和转移的机制可能与黄酮类化合物调控细胞分裂、细胞周期G2/M期转变等生物过程进而调节癌症途径、p53信号通路等信号通路有关,其中柚皮芸香苷、原花青素A2、根皮苷、表儿茶素、芦丁可能是CDC25A、CDC25C、AURKB的潜在抑制剂。     

基于生信分析和动力学模拟鉴定阿尔茨海默病免疫标志物及靶向药食同源中药预测

目的 分析阿尔茨海默病(Alzheimer’s,AD)免疫相关的生物标志物、发病机制、免疫浸润水平和潜在的靶向药食同源中药。方法 从GEO数据库中下载GSE5281、GSE132903数据集的表达谱,获得AD差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)。采用加权共表达算法鉴定出AD重要模块基因,再从Imm Port Portal数据库获取免疫相关基因(immune-related genes,IRGs),将这些基因取交集得到免疫重要差异基因;随后应用最小绝对收缩和选择算法(least absolute shrinkage and selection operator,LASSO)及机器学习-支持向量机递归特征消除(support vector machine-recursive feature elimination,SVM-RFE)方法进行分析,筛选出AD共同的免疫相关标志物,并通过基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)...     

基于转录组测序揭示光质对刺五加实生苗基因表达的调控作用

目的 对刺五加Acanthopanax senticosus实生苗进行转录组测序,分析其响应不同光质调控的分子机制。方法 以生长60 d的刺五加实生苗为材料,设置不同光质处理组（LED-1、LED-2）和对照组[高压钠灯（high pressure sodium,HPS）],应用Illumina HiSeq^TM对其叶片进行转录组测序,对测序后的结果进行基因功能注释、差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）筛选和共表达网络分析。结果 转录组测序共获得126 252条Unigene。其中92 681条被注释,3个处理组中筛选出DEGs 7664个。基因本体（gene ontology,GO）富集结果表明,DEGs在代谢过程、刺激响应、细胞结构、催化活性等功能中得到显著富集。京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）途径富集分析表明,DEGs显著富集在植物激素传导、糖代谢、苯丙烷类生物合成、类黄酮生物合成。适度光质胁迫可以促进刺五加实生苗中苯丙素类化合物生物合成途径关键酶基因的表达,是促进刺五加有效成分累积的基础。结论 通过高通量转录组测序,揭示了不同光质对刺五加实生苗基因表达的调控特征,可为深入研究刺五加药效成分的生物合成机制及栽培中的光环境设置提供科学依据。     

皮肤黑色素瘤差异表达基因的生物信息学分析及调控中药预测

目的 通过生物信息学技术分析皮肤黑色素瘤患者皮肤组织与非癌皮肤组织的基因表达微阵列数据,筛选出皮肤黑色素瘤的差异表达基因,预测可用于诊断和治疗皮肤黑色素瘤的生物标志物及潜在中药。方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus,GEO）提取GSE3189、GSE114445、GSE46517基因芯片,使用GEO2R工具筛选差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）。利用DAVID数据库对DEGs进行基因本体论（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析;使用String数据库构蛋白-蛋白互作网络,应用Cytoscape软件及其插件筛选PPI网络中关键基因,应用GSCA数据库进行关键基因的突变分析。通过Gepia 2.0数据库结合癌症基因组图谱数据集（Cancer Genome Atlas,TCGA）对关键基因进行生存分析。根据度（degree）值和生存分析结果综合筛选出核心基因（集）,应用GSCA数据库对核心基因（集）进行泛癌分析和免疫浸润分析,并使用TIMER 2.0数据库对核心基因分别进行免疫浸润分析。使用Coremine Medical数据库预测作用于关键基因的潜在中药。结果 共筛选出DEGs 114个,其中上调基因36个,下调基因78个。上调DEGs主要富集在细胞因子-细胞因子受体相互作用、Toll样受体信号等通路,下调DEGs主要富集在细胞黏附、细胞增殖的正调控等方面。15个关键基因为EGFR、KPNA2、GATA3、AURKA、TYMS、PKP1、SPP1、MMP1、KLF4、EPCAM、KIF23、DTL、CLDN1、LCP2、FGFR2,其中共3个基因KPNA2、AURKA、DTL被视为核心基因（集）。潜在治疗中药有丹参、人参、构皮、高良姜、甘草、蓖麻子、油桐叶等。结论 皮肤黑色素瘤中关键基因的突变以FGFR2的错义突变为主,突变方式多为胞嘧啶（C）向胸腺嘧啶（T）的转换。EGFR、KPNA2、GATA3、AURKA、PKP1、DTL、LCP2对皮肤黑色素瘤的生存预后存在显著影响。核心基因集在多种癌症中显著上调,并与自然调节性T细胞（natural regulatory T-cells,nTreg）细胞、树突状细胞、单核细胞等免疫细胞的浸润有关。潜在调控中药包括补虚药、清热解毒药、拔毒生肌药、消肿拔毒药、温里药、健脾利湿药、利水渗湿药、活血化瘀药、安神药9类,在相关古籍中存在对应的中医内外治经验记载,其中药活性成分亦被证明对皮肤黑色素瘤存在一定的调控和抑制作用。     

基于生物信息学探讨胃癌相关基底膜基因及中药预测

目的 探究胃癌患者的基底膜差异基因之间以及与预后的相关性,并预测调控差异基因表达的中药,通过统计分析中药的性味归经、药物分类为中医药治疗胃癌提供理论支持,有利于后续中医药开发及中西医联合治疗策略的制定。方法 下载TCGA数据库中胃癌患者的转录组数据,通过检索文献获取基底膜相关基因并筛选、分析其在胃癌的表达量及共表达情况,并对差异基因进行基因本体（gene ontology,GO）功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析和疾病本体（disease ontology,DO）富集分析。通过GEPIA数据库对差异倍数大的基底膜差异基因进行预后分析,再通过CTD数据库查找对基因有调控作用的化学成分。应用COREMINE数据库查找相关中药,并通过古今医案云平台统计高频中药的性味归经、药物分类。结果 共筛选出15个与预后相关的基底膜基因,根据参考文献筛选出45种化学成分,得到高频中药为茶树根、姜皮、干姜、丹参、人参等;药性以平、温为主;药味以甘、苦为主;归经以脾、肺、肝经居多;以补虚药、收涩药、清热药、活血化瘀药、理气药、化痰止咳平喘药为主。结论 通过生物信息学分析得出胃癌相关基底膜基因及对应的高频中药,为治疗胃癌的中药新药开发及中医药理论的微观挖掘提供思路。     

基于生物信息学分析湿性年龄相关性黄斑变性的氧化应激相关基因及靶向防治中药筛选

目的 利用生物信息学方法筛选湿性年龄相关性黄斑变性（wet age-related macular degeneration,w AMD）的氧化应激相关差异表达基因及靶向中药，以期为wAMD的预防和治疗提供新思路。方法 从GEO数据库中筛选数据集，利用R软件limma包筛选差异基因，从Genecard数据库筛选氧化应激差异基因，并利用韦恩图得到共有基因。应用Metascape对氧化应激差异基因进行基因本体（gene ontology,GO）和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）分析，并通过String数据库构建蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络，再通过Cytoscape软件筛选出wAMD中氧化应激的关键（Hub）基因。采用GSE103060数据集验证Hub基因的差异表达。利用Coremine Medical预测靶向中药。结果 经筛选共得到差异表达基因1 874个，其中上调基因747个，下调基因1 127个。KEGG富集分析表明，差异表达基因主要富集于细胞外基...     

钩枝藤总生物碱对非小细胞肺癌细胞系表达谱及免疫微环境的影响

目的 研究钩枝藤总生物碱对非小细胞肺癌细胞系表达谱的影响,筛选出差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）并对功能基因进行分析和挖掘,以期为钩枝藤抗肺癌的分子机制提供理论依据。方法 将非小细胞肺癌NCI-H1975细胞分为对照组和钩枝藤总生物碱处理组,使用RNA-Seq技术开展全转录组测序,获取DEGs;对DEGs进行基因本体（gene ontology,GO）功能及京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路富集分析;筛选差异基因核心模块并分析其影响功能,进一步分析关键基因对非小细胞肺癌生存期的影响;通过分析钩枝藤总生物碱对非小细胞肺癌免疫细胞肿瘤浸润的情况,确定关键基因表达与免疫浸润水平的相关性。结果 对照组和药物组共检测到2976个DEGs,其中药物组664个DEGs上调,2312个DEGs下调。钩枝藤总生物碱对铁死亡、氧化磷酸化、线粒体、溶酶体、细胞间隙连接、核苷酸结合寡聚化结构域（nucleotide binding oligomerization domain,NOD）样受体等介导的信号通路产生重要影响。在DEGs核心模块中,白细胞介素11（interleukin 11,IL11）的高表达可显著影响非小细胞肺癌患者的生存期,是非小细胞肺癌患者不良预后的关键因素之一;角形四肽重复干扰素诱导蛋白3（interferon induced protein with tetratricopeptide repeats 3,IFIT3）、白细胞介素7受体（interleukin 7 receptor,IL7R）、2'',5''-寡腺苷酸合成酶2（2'',5''-oligoadenylate synthetase 2,OAS2）、S-腺苷甲硫氨酸基结构域蛋白2（radicalS-adenosyl methionine domain containing 2,RSAD2）、受体转运蛋白4（receptor transporter protein 4,RTP4）、不育α基序结构域9样（sterile alpha motif domain containing 9-like gene,SAMD9L）、X染色体连锁凋亡抑制蛋白相关因子1（X-linked inhibitor of apoptosis associated factor 1,XAF1）的表达水平影响了非小细胞肺癌组织的纯度和免疫细胞浸润的类型,可能改变非小细胞肺癌的免疫微环境。结论 钩枝藤总生物碱能够影响非小细胞肺癌细胞的转录谱,具有潜在的抗非小细胞肺癌活性作用。     

基于生物信息学分析肝癌差异基因及潜在的中药干预

目的 探究肝癌患者的差异基因表达量与预后的相关性,以及差异基因在多种癌症的调控作用,并寻找潜在的治疗靶点以及对应中药,为临床中药的使用、中医药组方及加减用药提供依据.方法 从TCGA数据库下载肿瘤患者的转录组数据以及相应临床数据,使用R语言的edgeR包分析得出差异表达基因,并筛选、分析关键基因在泛癌的表达量及共表达情...