激光捕获显微切割技术纯化的肺鳞癌原发灶与淋巴结转移灶肿瘤细胞的比较蛋白质组学

目的：筛选肺鳞癌淋巴结转移相关的蛋白质。方法：采用激光捕获显微切割技术（lasercapture microdissection,LCM）分别从肺鳞癌原发灶组织和匹配的淋巴结转移灶癌组织中切割纯化鳞癌细胞;应用二维凝胶电泳（two-dimensional electrophoresis,2-DE）分离LCM纯化细胞的蛋白质;图像分析识别差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点,Western印迹验证差异蛋白Rho-GDIα在LCM纯化的肺鳞癌原发灶肿瘤细胞（lung primary tumor cells,LPTC）和匹配的淋巴结转移灶肿瘤细胞（lymph node metastatic tumor cells,LNMTC）中的表达。结果：建立了LCM纯化的LPTC和匹配的LNMTC的2-DE图谱,质谱鉴定了22个差异蛋白质,与LPTC相比,8个蛋白质在LNMTC中表达明显增高。结论：22个差异蛋白可能与肺鳞癌淋巴结转移有关,为筛选肺鳞癌转移标志物奠定了基础。     

激光捕获显微切割技术纯化的肺鳞癌原发灶与 淋巴结转移灶肿瘤细胞的比较蛋白质组学

目的：筛选肺鳞癌淋巴结转移相关的蛋白质。 方法：采用激光捕获显微切割技术(laser capture microdissection,LCM)分别从肺鳞癌原发灶组织和匹配的淋巴结转移灶癌组织中切割纯化鳞癌细胞;应用二维凝胶电泳(two-dimensional electrophoresis,2-DE)分离LCM纯化细胞的蛋白质;图像分析识别差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点,Western印迹验证差异蛋白Rho-GDIα在LCM纯化的肺鳞癌原发灶肿瘤细胞（lung primary tumor cells, LPTC）和匹配的淋巴结转移灶肿瘤细胞（lymph node metastatic tumor cells, LNMTC）中的表达。结果：建立了LCM纯化的LPTC和匹配的LNMTC的2-DE图谱,质谱鉴定了22个差异蛋白质,与LPTC相比,8个蛋白质在LNMTC中表达明显增高。结论：22个差异蛋白可能与肺鳞癌淋巴结转移有关,为筛选肺鳞癌转移标志物奠定了基础。     

应用激光捕获显微切割和蛋白质组学技术筛选鼻咽癌的差异表达蛋白质

目的:筛选鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)的差异表达蛋白质,为寻找NPC的分子标志物提供科学依据. 方法:采用激光捕获显微切割技术(laser capture microdissection,LCM)分别从NPC组织和正常鼻咽上皮组织(normal nasopharyngeal epithelial tissue,NNET)中纯化NPC细胞和正常鼻咽上皮细胞(normal nasopharyngeal epithelial cells,NNEC),应用二维凝胶电泳(2-DE)分离LCM 纯化细胞的蛋白质,图像分析识别差异表达的蛋白质点,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)和电喷雾电离串联质谱(ESI-Q-TOF-MS)鉴定差异蛋白质点,Western 印迹和组织芯片(tissue microarray,TMA)免疫组织化学验证差异蛋白鳞状细胞癌抗原1(SCCA1)在两种组织中的表达水平.结果:建立了LCM 纯化的NPC细胞和NNEC的2-DE图谱,质谱鉴定了36个差异蛋白质,其中20个蛋白只在NPC表达或表达上调,16个蛋白在NPC中表达下调或缺失. Western 印迹和组织芯片免疫组织化学结果显示:SCCA1在NPC中的表达水平较NNET明显下调,与比较蛋白质组学结果一致.结论:36个差异蛋白可能与NPC的发病有关,为筛选NPC分子标志物奠定了基础.     

RASSF1A表达或缺失的两类早期肺腺癌组织差显蛋白的筛选与鉴定

目的:建立RASSFlA表达或表达缺失的两类不同早期肺腺癌组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱.筛选并鉴定存在明显表达差异的蛋白质.方法:采用Western印迹技术,从RASSFlA转录缺失和RASSFIA转录正常的早期肺腺癌标本中筛选出RASSFlA表达和表达沉默的癌组织各5例.提取组织可溶性总蛋白,采用固相pH梯度双向凝胶电泳技术分离总蛋白,建立两类不同早期肺腺癌组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱;PDQuest凝胶图像分析软件比较分析,筛选出差异表达的蛋白质点;基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱获得相应蛋白质点的肽质量指纹图谱;搜索蛋白质数据库鉴定差异表达的蛋白质.结果:建立了重复性较好的RASSFIA表达或表达缺失的两类不同早期肺腺癌组织蛋白质双向电泳凝胶图谱;筛选出存在明显表达差异的蛋白质点17个,挖取其中的9个进行质谱分析,9个蛋白质点均得到了满意的肽质量指纹图谱;搜索蛋白质数据库鉴定出5种蛋白质,分别是:细胞色素b5(cytochrome b5),60S磷酸核楮体蛋白P2(60S acidic ribosomal protein P2),碳酸酐酶1(carbonic anhydrase-1),5-吡咯啉羧酸还原酶1(pyrroline-5-carboxylate reductase-1)和载脂蛋白A-I前体蛋白(apolipoprorein A-I precursor).结论:成功建立了RASSFlA表达或表达缺失的两类不同早期肺腺癌组织蛋白质的双向电泳凝胶图谱,从中鉴定出5种存在明显表达差异的蛋白质,为进一步研究RASSFIA作用的信号转导途径奠定了初步的基础.     

特发性间质性肺炎蛋白质组学初步研究

目的应用蛋白质组学的方法筛选出特发性间质性肺炎(IIP)相关蛋白质,为阐明IIP的发病机制和预后提供理论依据。方法收集8例通过小切口开胸肺活检获取的新鲜肺组织及5例远离肺部良性病变的肺组织,提取组织总蛋白,运用固相PH梯度(IPG)双向凝胶电泳(2-DE)技术分离组织总蛋白,图象分析软件识别差异表达的蛋白质点,运用基质辅助电离解析飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)获取肽质量指纹图谱(PMF),检索数据库鉴定差异表达的蛋白质点,明确其生物学功能。结果建立双向电泳图谱,质谱分析鉴定出7个差异表达的蛋白质,分别为热休克蛋白70、膜联蛋白Ⅱ和触珠蛋白等。结论建立了重复性较好的IIP与正常肺组织的双向电泳图谱,并鉴定出一些与IIP发病机制相关的蛋白质,为进一步寻找IIP特异分子标志物和靶向治疗打下坚实的基础。     

胃癌及慢性胃炎幽门螺杆菌的蛋白质组学研究

目的:建立胃炎与胃癌相关幽门螺杆菌的双向凝胶电泳图谱,识别鉴定其差异表达的蛋白质,探讨细菌本身因素在发病过程中的作用.方法:利用固相pH梯度双向凝胶电泳分离胃炎与胃癌相关幽门螺杆菌菌株的总蛋白质,凝胶经蓝银显色后,采用PDQuest图像分析软件比较、分析、识别差异表达的蛋白质,应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱得到相应的肽质指纹图谱,然后搜索数据库鉴定部分差异蛋白质点.结果:获得分辨率较高、重复性较好的胃炎与胃癌相关幽门螺杆菌双向凝胶电泳图谱,鉴定出14个差异蛋白质,包括抗氧化作用、分子伴侣、解毒和DNA修复相关蛋白质、三大代谢相关酶类、细胞结构相关蛋白质以及信号传导相关蛋白质.结论:建立了分辨率高且重复性较好的胃炎与胃癌相关幽门螺杆菌双向凝胶电泳图谱,并识别鉴定出了两种不同疾病来源幽门螺杆菌差异表达的蛋白质,其蛋白质表达的差异可能在胃癌的发生中起重要作用.     

中国汉族肢端恶性黑素瘤的差异蛋白质组学研究

目的：研究恶性黑素瘤与正常皮肤组织的蛋白质表达差异,寻找可能的恶性黑素瘤的诊断标志蛋白和治疗靶点。方法：选取经病理确诊的3例恶性黑素瘤切除标本,提取样本的总蛋白质,运用差异凝胶电泳技术分离蛋白质,DeCyder软件分析蛋白图谱的差异,以基质-辅助激光解吸/电离飞行时间串联质谱(MALDI-TOF/TOF-MS)对差异表达蛋白质进行质谱鉴定。结果：质谱鉴定出差异蛋白质点12个,按功能分为4类,其中上调蛋白质3类,为14-3-3蛋白sigma、角蛋白和serpin B3;下调蛋白质1类,为白蛋白。结论：14-3-3蛋白sigma和serpin B3可能参与恶性黑素瘤的发生和发展,其差异表达提示了可能的恶性黑素瘤的发病机制。     

应用基质辅助激光解吸质谱的源内衰变及串联质谱技术测定重组人纽兰格林的C端序列

目的测定重组人纽兰格林的C端序列。方法用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI—TOF-MS）的源内裂解（ISD）及串联质谱技术（TOF—TOF,LIFT）,测定重组蛋白纽兰格林的C端序列。结果用该方法鉴定了重组蛋白纽兰格林C端序列的10个氨基酸残基。结论与现有的C-端序列测定方法比较,该方法简便快捷,可适用于部分重组蛋白药物的质量控制。     

应用MALDI-TOF-MS技术分析转移和非转移黑色素瘤患者外周血清蛋白的差异表达

目的：应用蛋白质组学技术分析转移性和非转移性黑色素瘤患者外周血清中差异表达的蛋白质,初步探讨其对转移性黑色素瘤患者的诊断及治疗指导意义。方法：共收集101例患者外周血清,包括25例转移性黑色素瘤患者及76例对照者（31例非转移性患者和45例健康者）。从中随机抽取73例（18例转移患者,20例非转移患者和35例健康者）用于建立区分模型,其余28例（7例转移患者,11例非转移患者和10例健康者）用来对区分模型进行盲法验证。运用基质辅助激光解离飞行时间质谱技术,对外周血清蛋白质进行检测,应用Ciphergen蛋白质芯片软件对蛋白质谱进行分析。结果：黑色素瘤转移患者外周血清与对照组外周血清蛋白质谱相比,质荷比为2 598.33、3 646.79、4 605.48、8 603.10、7 756.64 m/z和9 598.82 m/z,共6个蛋白质峰呈表达有明显差异（P均=0.000）,以此构建出转移性黑色素瘤的诊断模型,它的诊断敏感性为83.33%,特异性为74.55%。另外对该模型进行了盲法验证,其诊断转移性黑色素瘤的敏感性为71.43%,特异性为76.19%。结论：黑色素瘤转移患者外周血清蛋白质表达谱与对照组相比有明显变化,相对分子质量为2 598.33、3 646.79、4 605.48、8 603.10、7 756.64 m/z和9 598.82 m/z的蛋白质点可以作为黑色素瘤转移患者诊断的潜在生物学标志物。     

原发免疫性血小板减少症激素敏感与抵抗者血清蛋白质组学的研究

目的 探讨原发免疫性血小板减少症（ITP）糖皮质激素治疗敏感与治疗抵抗患者血清蛋白质组学的差异。方法 选择2016年3月~2017年3月我院住院ITP患者60例,其中激素敏感组32例,激素抵抗组28例。收集治疗前和随访4周后血清,利用弱阳离子磁珠联合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术（MALDI-TOF-MS）方法,寻找差异蛋白。结果 两组患者治疗前血清蛋白指纹图谱相比较,在分子量700～10000 Da范围内共得到41个差异蛋白表达峰,但差异均无统计学意义（均P＞0.05）。敏感组患者激素治疗前后比较,在分子量700～10000 Da范围内有5个差异蛋白（P＜0.05）,激素治疗后表达上调的蛋白有4个,相对分子量分别为9289.84、4644.96、7764.95和4964.12 Da,下调的蛋白有1个,分子量为6666.94 Da。激素抵抗患者激素治疗前后比较,在分子量700～10000 Da范围内共得到56个差异蛋白质表达峰,差异无统计学意义（P＞0.05）。结论 激素敏感者治疗前后存在5个差异表达的蛋白,可能与ITP的激素治疗效果密切相关。     

肺癌相关蛋白的筛选与鉴定

目的:应用蛋白质组学方法筛选肺癌相关蛋白,为阐明肺癌发生的分子机制和预后研究提供理论依据. 方法: 收集8例手术切除的新鲜肺癌组织及同一患者手术切缘的癌旁组织,提取可溶性总蛋白. 应用等电聚焦(IEF)电泳和十二烷基磺酸钠聚丙烯酰凝胶电泳(SDS-PAGE)技术将可溶性总蛋白分离,得到肺癌的蛋白质组分析型双向电泳图谱,经PDQuest凝胶图像分析软件分析后找出差异蛋白点. 胶内酶解差异表达的蛋白点,基质辅助电离解析飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)获得肽质量指纹图谱(PMF),搜寻蛋白质数据库,并运用生物信息学鉴定蛋白质,分析蛋白的生物学意义和生物学功能,作为肺癌标志物的候选蛋白. 结果: 分别将8例肺癌组织及配对的癌旁组织可溶性总蛋白经过重复3次双向电泳,建立了肺癌组织蛋白质表达谱. 经PDQuest凝胶图像分析软件进行分析后, 12个蛋白质斑点只在肺癌组织有表达;6个蛋白质斑点只在癌旁表达. 对高丰度的肺癌特异表达的蛋白点进行鉴定,结果表明这些特异蛋白分别为钙粒蛋白B,Calgizzarin,载脂蛋白A-I,载脂蛋白E,Ras相关蛋白Rab-14,亲环素. 结论: 建立了人肺癌组织和癌旁组织的双向电泳图谱,为建立相应的蛋白质数据库提供了基础数据;鉴定了钙粒蛋白B等肺癌相关蛋白质,为进一步寻找肺癌蛋白标志物奠定了基础,对阐明肺癌发生的分子机制和预后研究有重要理论意义.     

蛋白质组学在肝癌研究中的应用

蛋白质组学以细胞组织或器官表达的所有蛋白质为研究对象,通过双向凝胶电泳生物质谱技术及生物信息学等方法,达到分离、鉴定、分析蛋白质的目的.在我国肝癌死亡率高,位居第二,预后差.以蛋白质组学的方法,通过比较肿瘤与正常肝组织之间蛋白质组的表达差异,发现新的肝癌肿瘤标志物,寻找与肝癌发生、发展、转移的相关蛋白,为肝癌治疗提供新的靶点.     

Alpha B-crystallin基因在胃癌组织中的表达及其意义

目的：探讨alpha B-crystallin基因在胃癌组织中的表达及其与胃癌的相关性。方法：采用RT-PCR方法检测64例胃癌组织及其癌旁正常组织中alpha B-crystallin基因的表达,计算其阳性率。结果：Alpha B-crys-tallin基因在胃癌组织中表达的阳性率明显高于癌旁正常组织（P〈0.01）,其浆膜外转移者的表达阳性率明显高于浆膜内者（P〈0.05）,较大肿瘤者的表达阳性率明显高于较小肿瘤者,有淋巴结转移者的表达阳性率明显高于无淋巴结转移者（P〈0.05）,但与患者的性别、年龄、肿瘤的分化程度无关（P〉0.05）。结论：Alpha B-crystallin基因的高表达可能与胃癌的发生及转移有关。     

慢传输型便秘大鼠结肠黏膜下调蛋白质组的分离鉴定及其功能分析

目的 研究慢传输型便秘大鼠结肠黏膜下调蛋白质的整体变化特性,并对明确的蛋白质进行功能分析,为探讨慢传输型便秘大鼠结肠黏膜损害的发病机制提供理论依据.方法 利用复方苯乙哌啶建立大鼠慢传输型便秘模型,利用高分辨双向电泳(2-DE) 对STC大鼠结肠黏膜组织进行蛋白质分离, ImageMaster 2D Elite 图像分析软件进行分析,应用生物质谱、蛋白质库及文献分析等技术对差异蛋白质中的下调蛋白质组进行鉴定、功能和临床意义分析.结果 慢传输型便秘在其发生过程中有显著的蛋白质表达差异.主要差异表达的蛋白质有肥大细胞蛋白酶(A1)、非特异性二肽酶(A2)、线粒体脱氢酶前体(A3), A1、A2、A3在便秘大鼠的胶图中表达明显下调.结论 这些下调的蛋白质的表达改变提示慢传输型便秘大鼠结肠组织免疫反应性减弱,线粒体氧化还原功能障碍在慢传输型便秘的发生、发展中可能起重要作用,慢传输型便秘大鼠肠道蛋白质的消化、吸收功能可能存在一定程度的障碍.     

血清蛋白质组双向凝胶电泳技术的建立

目的：建立血清蛋白质组双向凝胶电泳（2-DE）技术。方法：对血清蛋白质2-DE的各种条件进行调整、优化。结果：建立了稳定的2-DE技术。结论：已建立的血清蛋白质2-DE技术，将为进一步开展疾病的血清蛋白质组学研究奠定基础。     

人耐药肺腺癌A549/DDP细胞株的差异蛋白质组学

目的：建立A549与A549/DDP两组细胞株的双向凝胶电泳图谱,识别并鉴定其差异表达的蛋白质,筛选肺腺癌耐药相关蛋白质。方法：收集A549与A549/DDP两组细胞株的总蛋白质,应用二维凝胶电泳（two-dimensional gel electrophoresis,2-DE）进行分离应用,图像分析识别差异表达的蛋白质点,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定差异蛋白质点。使用Western免疫印迹对其中4个蛋白质进行验证。结果：建立了A549与A549/DDP细胞蛋白质的2-DE图谱,识别了40个差异表达的蛋白质点,鉴定了23个差异表达蛋白质。Western免疫印迹证实了差异蛋白质热休克蛋白β1,膜联蛋白A4,丝切蛋白l和波形蛋白在A549与A549/DDP细胞中的差异表达水平。结论：23个差异表达蛋白质为研究肺腺癌耐药机制提供了实验依据。     

蛋白质组学的研究现状及其在2 型糖尿病中的应用

蛋白质组学是对基因编码蛋白质进行大规模分析的一门新兴学科。本文概述蛋白质组学的基本 技术：双相凝胶电泳、多维液相色谱、生物质谱技术及蛋白质芯片在2 型糖尿病（T2DM）中的应用,从而 探讨T2DM 中与炎症及脂代谢紊乱相关的生物蛋白：C 反应蛋白、α2- 巨球蛋白、载脂蛋白A1、Clusterin 及锌-α-2 糖蛋白的研究进展,发现早期诊断T2DM 新的特异性标志物及药物作用靶点。     

肺癌与良性胸腔积液蛋白质双向电泳图谱差异分析

目的:建立肺癌与肺良性胸腔积液的双向电泳图谱,分析二者表达蛋白质的差异及特点。方法:利用固相pH梯度双向聚丙烯酰胺凝胶电泳法分离肺癌和肺良性胸腔积液中的总蛋白质。凝胶经银染色后用PDQUEST6.2.1电泳分析软件对胸水中的蛋白质谱进行分析,识别差异表达的蛋白质。结果:肺癌与肺良性胸腔积液的蛋白质组分布的基本框架很相似,并可发现二者之间有差异蛋白点;两种胸腔积液电泳图谱平均蛋白质点数分别为326±16和343±12,平均匹配点数为286±14和298±21,匹配率87.7%,86.9%.差异蛋白点82个,其中37个在肺癌胸腔积液中高表达,24个在肺癌胸腔积液中低表达。有17个点仅在良性胸腔积液表达,4个点仅在肺癌胸腔积液表达。结论:用双向电泳法得到了分辨率较高且重复率较好的肺癌与肺良性胸腔积液蛋白质组图谱,二者存在一些表达差异蛋白质。     

血清蛋白质组学研究中白蛋白和IgG去除方法的建立与评价

目的 建立和评价血清蛋白质组学研究中白蛋白和IgG的去除方法。方法 应用Micro Bio-Spin column过滤纯化血清蛋白,去除白蛋白和IgG,利用双向凝胶电泳(2-DE)分析评价血清蛋白过滤效果。结果 建立了血清白蛋白和IgG去除方法;过滤后大部分血清白蛋白和IgG能够去除,2-DE图谱中低丰度蛋白质分辨率增加。结论 本研究建立的血清蛋白质纯化技术,可有效应用于疾病的血清蛋白质组学研究。     

乳腺癌血清标志物的TMT标记定量蛋白质组学筛选及分析

目的 探讨乳腺癌患者血清中蛋白的表达变化,筛选并分析乳腺癌诊断的生物学标志物.方法 采用定量蛋白质组学串联质量标签(TMT)标记技术对68例Ⅱ期乳腺癌患者及62例健康女性的血清蛋白进行检测,并进行蛋白质定量分析,筛选乳腺癌患者血清中发生显著变化的差异蛋白.利用UniProt数据库和Proteome Discoverer软件及在线工具STRING对差异蛋白进一步行生物信息学分析,应用蛋白质印迹法和qPCR对变化倍数显著的差异蛋白VIME(上调为健康对照女性的3.918倍)和RAF1(下调为健康对照女性的0.251)进行验证.结果 共获得67种差异蛋白,其中26种表达上调,41种表达下调.基因本体论(GO)注释分析和功能聚类分析显示上述差异蛋白与肿瘤的血管生成、新陈代谢进程、生物黏附能力等相关.蛋白质印迹法和qPCR验证结果显示RAF1蛋白和mRNA在Ⅱ期乳腺癌患者血清中的表达水平均低于健康对照女性,而VIME蛋白和mRNA的表达均高于健康对照女性,与筛选结果一致.结论 定量蛋白质组学TMT法能有效筛选Ⅱ期乳腺癌患者血清中的差异蛋白,其中VIME和RAF1蛋白有望成为乳腺癌淋巴结转移的候选血清标志物.