尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞 白血病表达谱的影响

目的 探索尼洛替尼和伊马替尼对慢性粒细胞白血病（CML）细胞基因表达谱的影响,阐明酪氨酸 激酶抑制剂（TKI）抑制白血病的分子机制。方法 从在线基因表达数据库中下载表达谱数据集GSE19567, 利用BRB-ArrayTools 软件进行质量控制并筛选差异表达基因（DEGs ）,然后分别对差异基因进行GO 功能 富集分析、KEGG 通路富集分析、pathway 互作网络和基因互作网络分析。结果 共筛选出差异基因519 个, 其中177 个上调表达,342 个下调表达。GO 富集分析发现DEGs 主要涉及小分子代谢、血液凝固、转录调控、 细胞增殖与凋亡调控等生物过程,发挥的分子功能集中在蛋白结合、蛋白二聚化、序列特异性DNA 结合和 ATP 结合等。KEGG 富集分析发现代谢通路、PI3K-Akt 信号通路、Jak-STAT 信号通路和HIF-1 信号通路 等pathway 显著富集。网络分析挖掘出的核心基因有SHMT 2、CBS 、CTH 、HK 2,核心pathway 包括MAPK 信号通路、细胞周期和细胞凋亡等。结论 酪氨酸激酶抑制剂影响了CML 细胞代谢通路和信号转导通路的相 关基因,通过细胞周期阻滞和诱导凋亡等机制抑制白血病,为白血病的靶向治疗提供了基础。     

六价铬暴露人支气管上皮细胞致DNA损伤相关差异表达基因筛选

目的 建立六价铬Cr（Ⅵ）暴露人支气管上皮细胞（16HBE）的基因差异表达谱,并分析其致DNA损伤修复相关差异基因表达改变,筛选该毒性作用产生过程中的关键基因,为研究六价铬毒性机制提供新的思路和理论依据。方法 采用Affymetrix 3′IVT基因芯片检测Cr（Ⅵ）急性暴露16HBE细胞诱导的差异基因表达谱,运用生物信息学方法分析差异基因的相关生物学功能;进一步用Western blot蛋白电泳技术验证差异基因的蛋白表达水平。结果 Affymetrix 3′IVT基因芯片结果显示约200个基因表达变化大于2倍以上;生物信息学分析提示差异基因主要富集在DNA损伤与修复、转录与翻译等通路;DNA损伤修复通路中,FEN1、PCNA和APX1的mRNA表达水平均呈上升趋势,其中FEN1和PCNA基因的表达量均增加了约100%,差异有统计学意义（P<0.01）;Western blot结果显示FEN1、PCNA和APX1表达水平均呈上升趋势,与基因表达变化一致,其中FEN1的表达变化差异有统计学意义（P<0.05）。结论 Cr（Ⅵ）急性暴露人支气管上皮细胞可激活DNA损伤修复信号通路,使DNA损伤修复基因FEN1表达上调,DNA损伤修复通路可能在Cr（VI）诱导16HBE细胞毒性中发挥重要作用。     

新疆维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因分析

目的 分析研究维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者差异表达基因,筛选胃癌发生发展过程中的关键基因和信号通路。方法 对2017年1-12月新疆维吾尔自治区人民医院的5名维吾尔族胃癌合并幽门螺旋杆菌感染患者胃癌组织和癌旁组织进行基因芯片检测,获取胃癌合并幽门螺旋杆菌感染的基因表达谱,并进行差异表达基因筛选。采用基因本体（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析了解差异基因的功能,并通过STRING数据库和Cytoscape分析差异基因编码蛋白之间的互作网络进一步筛选调控关键基因,qRT-PCR对挑选的基因进行表达量验证分析。结果 通过比较分析胃癌组织和癌旁组织芯片数据,共筛选出差异表达基因919个（P<0.05,Fold change≥2）,其中上调251个,下调668个。GO分类注释显示,差异基因与胃酸分泌、甲状腺激素代谢、氧化还原酶活性、细胞稳态、磷脂易位、鞘磷脂代谢等生物功能存在密切关联。KEGG通路分析显示,细胞周期、P53信号通路、Nothch信号通路、鞘糖脂生物合成、DNA复制、错配修复、细胞粘附分子、脂肪消化吸收等信号通路可能在胃癌合并幽门螺旋杆菌感染过...     

糖尿病足溃疡的hub基因及其生物学功能的生物信息学分析

目的 通过对转录组测序数据的生物学分析探寻与糖尿病足溃疡发病以及愈合相关的关键（hub）基因及其生物学功能。方法 从GEO数据库筛选糖尿病足溃疡的数据集,数据标准化后再分组并进行生物信息学分析。分别对糖尿病足溃疡患者与非糖尿病足溃疡患者,以及糖尿病足溃疡部位创缘皮肤与糖尿病足患者非溃疡部位皮肤转录组测序数据进行组间差异表达基因鉴定、通路富集和蛋白质互作（PPI）分析,通过节点分析找到hub基因,并在测试集中以受试者工作特征（ROC）曲线验证筛选出的hub基因对糖尿病足溃疡的诊断效能。通过两组分析的交集基因再次进行通路富集以及PPI分析,筛选与糖尿病足溃疡创面愈合相关hub基因。最后对相关样本进行GSEA分析寻找全转录组基因在糖尿病足溃疡中可能的作用。结果 从糖尿病足溃疡与非糖尿病患者皮肤的测序分析中,得到上调的差异基因620个,下调的差异基因196个。这些基因的功能集中在萜类化合物和聚酮类化合物的代谢、分子和相互作用、磷脂酶D信号通路、丙酸酯代谢、PI3K-Akt信号通路、Toll样受体信号通路、嘧啶代谢、IL-17信号通路、Rap1信号通路等。PPI网络确定了10个hub基因,其中B...     

原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因

目的：探讨原发性肝癌肝肾阴虚证患者外周血单个核细胞的特征性差异基因。方法：选取肝肾阴虚证与非肝肾阴虚证肝癌患者作为研究对象,以肝肾阴虚证肝癌患者为试验组,以非肝肾阴虚证肝癌患者作为对照组;选用全基因组表达谱芯片,研究肝肾阴虚证的基因表达谱,并进行差异表达基因分析,基于GeneOntology（http：／／www．geneontology．org／）和KEGG（http：／／www．genome．jp／kegg／）数据库对差异基因进行功能（geneontology,GO）和通路（pathway）注释,并选取显著性差异基因构建共表达网络图。扩大样本量,运用实时荧光定量聚合酶链反应与蛋白质印迹法分别从mRNA及蛋白层面对显著性差异基因进行验证。结果：肝肾阴虚证组和非肝肾阴虚证组间存在差异基因表达特征图谱,获得差异表达的基因共615个。GO注释后,差异基因表达具有278个显著性功能差异,主要涉及跨膜转运、细胞周期停滞、细胞转录、诱导凋亡等。Pathway标记后,上调差异基因参与显著性信号转导通路16项,下调差异基因参与显著性信号转导通路10项,包括抗原加工与递呈转导通路、代谢途径转导通路、细胞周期转导通路、蛋白质输出转导通路等。用差异基因构建共表达网络图,筛选出3个显著性差异基因（SEC62[SEC62homolog（S．cerevisiae）]、CCNBl[cyclinB1]、BIRC3[baculovirallAPrepeat-containing3]）。扩大样本量进行验证,肝肾阴虚证肝癌患者SEC62、CCNBl、BIRC3基因的mRNA（P〈0．01）和蛋白（P〈0．01）表达水平均显著低于非肝肾阴虚证肝癌患者。结论：本研究从基因组学的角度反映出肝肾阴虚证肝癌患者与非肝肾阴虚证肝癌患者之间存在着差异表达基因,进一步证实了“证”是多基因在mRNA和（或）蛋白质水平发生改变并导致人体偏离正常状态的假说。     

生信筛选肝癌患者TACE治疗效果相关基因

目的 筛选与肝癌经肝动脉化疗栓塞治疗效果相关的基因及信号通路,预测肝癌经肝动脉化疗栓塞(transcatheter arterial chemoembolization, TACE)疗效的预后基因。方法 选取GEO数据库中的基因表达数据集“GSE104580”,使用R软件筛选差异基因;Metascape在线工具对差异基因进行GO和KEGG富集分析;使用STRING在线数据库构建差异基因的PPI网络,用Cytoscape软件进行可视化处理并筛选关键基因;使用Kaplan-Meier Plotter在线平台和GEPIA在线工具评估关键基因表达和生存分析,应用HCCDB数据库分析关键基因在肝癌患者中的预后价值。结果 筛选出261个差异基因,其中有118个上调基因,143个下调基因;这些基因主要参与了氧化还原酶活性、单羧酸代谢过程、小分子分解代谢过程等GO基因功能,主要调控化学致癌作用、胆汁分泌、甾类激素生物合成等;构建出PPI网络模型筛选出10个关键基因,这10个关键基因在肝癌中均存在差异表达并且与患者总体生存密切相关,CDC20、UBE2C、CYP3A4可作为肝细胞癌预后基因。结论 TACE有反应组和无反应组存在差异基因,这些基因富集分析的结果有助研究治疗效果产生差异的原因和分子机制,关键基因对判断肝癌TACE预后具有重要意义。     

基于转录组数据识别代谢综合征与结直肠癌的共同基因特征和分子机制

目的：识别代谢综合征（metabolic syndrome,MetS）与结直肠癌（colorectal cancer,CRC）共同的基因特征和生物学通路,并筛选与MetS相关的CRC预后生物标志物。方法：对MetS、CRC和相应的对照样本进行差异分析,以识别表达差异的基因作为与疾病相关的基因。根据这些基因的表达特征进行功能富集分析,以识别受调控的生物学功能。利用单因素Cox回归鉴定与CRC预后相关的MetS基因,并使用LASSO和多因素Cox回归分析构建CRC的预后预测模型。基于汇总数据的孟德尔随机化分析（Summary-data-based Mendelian Randomization,SMR）进一步确认MetS基因与CRC预后的因果关系。结果：325个基因在MetS和CRC中表达上调,281个基因表达下调。研究还发现,Apelin信号和胞吐等通路在2种疾病中被抑制,而核酸修复通路则被激活。其中,有60个与MetS和CRC共享的基因与CRC的预后相关。18个基因被用于构建预测模型,在TCGA数据库的CRC队列中,模型在1～5年的曲线下面积（area under the curve,...     

儿童肥胖症相关基因的生物信息学分析

【摘要】 目的 筛选儿童肥胖症相关基因,探索儿童肥胖症的发病机制。方法 从基因表达公共数据库（GEO）下载儿童肥胖症基因表达谱数据集GSE9624,采用BRB Array Tools软件包筛选差异表达基因（DEGs）,并对差异基因进行GO功能分析、KEGG通路富集分析和pathway相互作用网络分析。结果 共筛选出564个DEGs,其中上调基因333个,下调基因231个。GO富集分析发现DEGs主要参与代谢、细胞因子反应、信号转导、血液凝固等生物学过程,发挥的分子功能包括蛋白结合、蛋白二聚化、离子结合、RNA结合和ATP结合等。KEGG通路分析发现DEGs显著富集的pathway有代谢通路、MAPK信号通路、吞噬体、内质网蛋白加工、T细胞受体通路等。结论 儿童肥胖症患者代谢通路和信号转导通路的相关基因表达水平发生了改变,为进一步阐明儿童肥胖症的分子机制和靶向治疗提供了基础。     

新生大鼠缺氧缺血性脑损伤后差异性表达基因的生物信息学分析

目的 分析新生大鼠缺氧缺血性脑损伤（hypoxic-ischemic brain damage,HIBD）后7周大脑皮层与对照组脑皮层的基因表达差异,探讨其生物学意义。 方法 从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus database,GEO）中获取新生Wista大鼠缺氧缺血性脑损伤后7周大脑皮层基因表达芯片数据集GSE37777。该数据集共8个样本,4个样本为HIBD组,4个样本为对照组。采用R软件包对数据做预处理和差异性表达基因（differentiallyexpressed genes,DEGs）的筛选,应用Cytoscape 插件ClueGO+Cluepedia构建DEGs功能分组通路网络。通过相互作用基因库检索工具（Search Tool for the Retrieval of Interacting Genes,STRING）数据库和Cytoscape软件进行DEGs的蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction,PPI）网络分析。结果 HIBD组共发现 973 DEGs,其中599个基因表达上调,374个基因表达下调。DEGs功能分组通路网络分析显示Hedgehog信号通路是最显著的差异性表达基因通路。HIBD组中Hedgehog通路相关基因Shh及Dhh表达上调,Wnt通路相关基因Wnt1、Wnt2B及Wnt5表达上调。PPI网络分析显示Ccnd1、Shh、 Ret及Gli3是主要的中心蛋白,Shh和Ret表达上调,Ccnd1和Gli3表达下调。 结论 生物信息学分析显示,新生大鼠HIBD后7周脑皮层可能存在Hedgehog和Wnt信号通路的激活,与细胞修复相关的蛋白Shh及Ret的表达上调。新生大鼠HIBD 7周后脑皮层可能存在持续修复过程。     

小鼠烧伤后免疫细胞多功能紊乱的基因表达谱生物信息学分析

目的：探讨小鼠烧伤后外周血免疫细胞基因表达差异,并对差异基因行生物信息分析,从分子水平全面探讨烧伤后免疫细胞功能变化情况,为临床治疗提供新靶点。方法在GEO数据库中下载基因芯片数据（GSE7404,小鼠,25％TBSA,3度）,经过芯片质量评估后,获取差异基因,分别应用go－function数据集及DAVID Bioinformatics Resources 6．7对差异基因进行基因本体、生物学通路分析,获得差异基因相关功能的功能富集类。结果在烧伤后第1天筛选到1825个差异基因,其中上调基因658个,下调基因1167个。 Gene Ontology分析显示小鼠烧伤后免疫细胞与免疫系统过程、细胞过程、代谢过程、应对刺激反应、生物调节及死亡等功能高度相关。KEGG通路分析显示上调基因主要富集到免疫系统、细胞生长与死亡及代谢相关通路;而下调基因则主要与免疫及代谢通路相关。结论烧伤是一个复杂的病理生理过程,会引起多种基因表达调控的改变。基因芯片表达谱的生物信息学分析可以在转录水平反映免疫细胞在烧伤后的分子生物学过程,有助于全面认识烧伤后免疫细胞功能紊乱的发生机制。     

2型糖尿病患者心肌间充质细胞基因表达变化及相关环境化学物的筛选

目的基于全基因组高通量测序数据研究2型糖尿病(T2DM)患者心肌间充质细胞的基因表达情况,筛选差异表达基因,采用生物信息学分析评估T2DM心肌间充质细胞的遗传规律及环境因素对上述规律的影响。方法从高通量基因表达公共数据库中获得数据集GSE106177,采用Network Analyst、Cytoscape、String11.0、CTD、HMDD等分析软件或数据库对数据进行预处理,筛选差异表达基因,进行生物学功能与信号通路富集分析,建立差异基因蛋白质相互作用(PPI)网络,筛选相关环境化学物。结果 T2DM患者心肌间充质细胞的基因表达模式与对照组明显不同,共有135个差异表达基因,其中上调基因58个(42.96%),下调基因77个(57.04%);差异表达基因主要参与多细胞生物发育、解剖结构发展和系统发育等生物学过程,主要涉及肝细胞癌、库欣综合征、胆固醇代谢等通路。PPI网络显示,UBC为核心蛋白节点;microRNA-Gene交互作用网络显示,以hsa-mir-8485为代表的7个microRNA与差异表达基因具有交互作用关系;UBC、DNER、CNTN1等T2DM重要相关基因均与双酚...     

髓系KLF5基因缺失小鼠腹主动脉瘤形成的生物信息学分析

背景　腹主动脉瘤（AAA）是一种老年常见高死亡率的心血管系统疾病，发病机制不明确，临床上无有效治疗药物。本课题组前期研究发现，KLF5基因在人和小鼠AAA组织中表达升高，但是对于详细的KLF5基因调控炎症相关基因表达的网络分析未见报道。目的　利用基因芯片技术对髓系KLF5基因表达缺失（LyKLF5-/-）小鼠AAA的差异表达基因进行生物信息学分析，探讨KLF5基因在AAA中的调控机制。方法　研究时间为2015年1月-2019年4月。将SPF级KLF5-flox小鼠和SPF级LysM-cre小鼠杂交培育的雄性髓系遗传性LyKLF5-/-小鼠与同笼野生型（WT）C57BL/6小鼠各3只作为实验动物。通过CaPO4诱导小鼠AAA模型，并提取肾下腹主动脉组织总RNA行mRNA芯片筛查。对于筛选出的差异表达基因，利用在线数据库Metascape进行GO功能富集分析和KEGG富集分析，再利用STRING在线数据库进行蛋白互作网络分析。结果　mRNA芯片共筛选到上调表达基因646个，下调表达基因1 410个（|FC|≥2，P<0.05）。与WT小鼠比较，抑制炎症的基因在LyKLF5-/-小鼠表达增加，Bcas3、Hck基因表达分别上调3.96、3.14倍；促进炎症的基因在LyKLF5-/-小鼠表达降低，Retnla、Olig1、Tnfrsf11a分别下调7.68、5.07、3.66倍。GO功能富集分析显示上调差异基因主要参与多肽抗原合成和表达的调控、核苷二磷酸代谢过程、肌节组织的正向调节等过程；下调差异基因主要参与生长发育、细胞对葡萄糖刺激反应的胰岛素分泌调节、平滑肌细胞迁移的正调控等过程。KEGG富集分析显示上调差异基因主要影响破骨细胞分化、吞噬小体、氨基酸的生物合成等通路；下调差异基因主要影响血管平滑肌收缩、泛素介导的蛋白水解作用以及肌动蛋白细胞骨架的调控等通路。蛋白互作网络分析证实，小鼠髓系LyKLF5-/-导致参与血管炎症相关基因Bcas3、Hck表达上调和Retnla、Olig1、Tnfrsf11a表达下调。结论　Bcas3、Hck、Retnla、Olig1、Tnfrsf11a基因可能是参与血管炎症和AAA形成的重要候选基因。     

生物钟相关基因在原发性肝细胞癌中的表达及临床意义——基于TCGA数据集分析

目的：探究生物钟相关基因在原发性肝细胞癌（简称肝癌）中的表达及意义。方法：从美国癌症和肿瘤基因图谱数据库（The Cancer Genome Atlas,TCGA）中下载肝癌数据424例,包括374例肝癌患者样本及50例正常对照样本。运用DECenter软件对51个生物钟相关基因进行差异表达分析,比较生物钟基因在肝癌患者及正常样本之间的表达情况。运用DAVID在线工具分析差异基因的GO及KEGG功能富集通路,并通过STRING数据库构建差异基因之间蛋白质相互作用网络。了解生物钟基因肝癌发生发展过程中的主要作用。结果：在374例肝癌患者样本的51个生物钟相关基因中,有21个基因在肝癌样本中表达上调（P<0.05）,3个基因表达下调（P<0.05）。生物钟基因高表达样本主要富集于Wnt信号通路、Hedgehog信号通路及Hippo信号通路（P<0.001）。参与调节昼夜节律和细胞代谢的10个生物钟基因在蛋白质相互作用网络中相关性最为紧密（P<0.001）。GO分析差异基因集中作用于调节昼夜节律、细胞代谢过程、基因表达等通路（P<0.001）。结论：生物钟相关基...     

乙型肝炎病毒相关肝细胞癌关键基因筛选及其与预后关系的生物信息学分析

目的：采用生物信息学方法识别与乙型肝炎病毒相关肝细胞癌（HBV-HCC）的早期诊断和不良预后相关的关键基因,阐明HBV-HCC发生发展的潜在分子机制。方法：从基因表达综合数据库（GEO）中检索“hepatitis Binduced HCC”,下载基因数据集GSE121248,通过R软件中的“limma”数据包筛选差异表达基因（DEGs）,采用“clusterProfiler”数据包对DEGs进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,采用STRING数据库和Cytoscape软件建立蛋白-蛋白互作（PPI）网络并筛选关键基因。采用基因表达水平值的交互式分析（GEPIA）、Kaplan Meier-Plotter和人类蛋白质图谱（HPA）数据库验证关键基因及其蛋白质表达水平,采用“CIBERSORT”数据包分析免疫细胞的浸润情况。结果：共筛选出574个DEGs,其中上调基因173个,下调基因401个。GO功能富集分析,DEGs主要富集于小分子代谢、信号转导、免疫应答和炎症反应等生物学过程;KEGG通路富集分析,DEGs主要富集于视黄醇代谢、细胞...     

基于生物信息学筛选并综合分析肝细胞癌关键基因

目的：通过生物信息技术,检索肝细胞癌（LIHC）相关基因及对相关基因进行深入分析。方法：利用基因数据表达库（GEO）检索“LIHC“词条,下载GSE109903芯片数据,通过生信分析筛选对照组及组差异表达基因,对所获得差异表达基因进行GO功能分析、KEGG通路分析、差异基因特征表达分析并作可视化处理;蛋白互作网络分析并作可视化处理,筛选与LIHC相关性较强的核心基因EEF1A1与HK2。通过GEPIA、Kaplan-Meier plotter、GeneMANIA、Timer2.0数据库进行分析,明确LIHC关键基因的差异表达、预后价值和免疫细胞浸润情况。结果：共筛选到1 059个差异表达基因,包括637个上调基因、872个下调基因;功能分析显示差异基因主要参与以DNA为模版的正向转录调控、核体功能、核染色质功能、RNA结合等过程;通路分析显示差异基因参与系统性红斑狼疮、酒精中毒等疾病通路与RNA聚合酶Ⅰ启动子开放通路等;差异基因特征表达分析显示与差异基因特征相似的药物主要有CDC抑制剂、前列腺素、血清素受体拮抗剂、BAF转录阻遏抑制剂、酪氨酸磷酸酶抑制剂等;蛋白互作网络分析显示与LIH...     

炎症通路在强直性脊柱炎发病中作用的转录组学研究

目的：研究强直性脊柱炎（AS）的转录组学以阐释该疾病发病中涉及的关键基因和通路。方法：收集AS患者及健康对照外周血单个核细胞,提取RNA,通过高通量RNA测序的方法得到基因表达谱。采用生物信息学方法,比较AS患者及健康对照者的基因表达情况,选差异基因,并进行GO功能注释、KEGG通路富集分析、蛋白互相作用网络分析（PPI）及表型分析。并用ELISA方法在AS患者和健康对照者外周血中进一步验证通路中涉及的重要细胞因子的水平。结果：AS患者和健康对照者存在153个差异表达基因（DEGs）,其中149个基因上调,4个基因下调,这些基因相互之间密切联系。通过上调基因的生物功能分析后发现,其主要与TNF信号通路、趋化因子信号传导等炎症通路相关。另外,在外周血浆中验证到,AS患者较健康对照者炎症细胞因子IL-2、IL-6、IL-10、TNF-α和IFN-γ的表达水平显著升高（P＜0.05）。结论：TNF、趋化因子信号传导等信号通路以及IL-2、IL-6、IL-10、TNF-α和IFN-γ等炎症因子与AS发病有关。     

IFN-γ调节间充质干细胞免疫应答的分子机制

目的通过基因芯片数据,比较不同浓度的炎症因子IFN-γ预处理对间充质干细胞（mesenchymal stem/stromal cells, MSCs）免疫应答的影响。方法从GEO数据库下载GSE77814骨髓间充质干细胞经不同浓度的IFN-γ预处理及未处理的基因表达数据,借助GEO2R分析差异基因（differentially expressed genes, DEGs）。随后对差异基因进行GO富集分析（DAVID数据库）、KEGG通路富集分析（KEGG Mapper/GSEA）、蛋白分析（Uniprot数据库）、并构建差异基因蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）,筛选hub基因。结果IFN-γ低浓度组与未处理组相比,共筛选出152个差异基因（以下简称IFN-γ-L DEGs）,其中133个为上调基因,19个为下调基因。IFN-γ高浓度组与未处理组相比,共筛选出648个差异基因（以下简称IFN-γ-H DEGs）,其中431个为上调基因,217个为下调基因。差异基因多与免疫反应、炎症、病毒反应相关。IFN-γ高浓度处理比低浓度处理上调表达更多趋化因子和抑炎因子。IFN-γ-H DEGs同IFN-γ-L DEGs在GO富集分析、KEGG通路富集分析、蛋白分析上的结果接近,但IFN-γ-H DEGs在代谢通路上富集显著。结论炎症因子IFN-γ对MSCs的转录组具有较大影响,尤其是对免疫应答相关的基因,并且与处理浓度有密切关系。此外,MSCs行使免疫抑制能力可能需要较高浓度的炎症因子授权。     

Hedgehog及Wnt信号通路交互作用与宫颈癌发生的关系

目的探讨宫颈癌发生的可能机制。方法对2例宫颈癌、2例癌旁组织及1例正常宫颈组织进行人全基因组芯片检测,使用RT-PCR方法验证芯片结果,并分析其中主要的信号传导通路及关键基因、转录因子。结果通过对芯片差异基因筛选及信号通路分析,发现FORKHEAD转录因子家族为差异基因重要调控因子。癌旁组织与正常组织比较中Hedgehog信号通路激活（=0.018,包含7个差异基因）;癌组织和正常组织比较Wnt信号通路出现激活（=0.032,包含7个差异基因）。宫颈癌患者Hedgehog通路中Gli-1表达下调;Wnt信号通路抑制基因SFRP-1基因表达静默,Fra-1基因表达上调。结论Wnt和Hedgehog信号通路差异性激活及两者的信号交互在宫颈癌发生过程中起着重要作用。     

肺腺癌相关基因及其与代谢通路关系的研究

目的利用基因芯片技术研究肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常及胚胎肺组织中的基因表达差异,并利用代谢通路数据库分析这些基因与代谢通路相关性信息。方法分别抽取肺腺癌、转移淋巴结、癌旁正常和胚胎肺组织的总RNA并纯化mRNA,用逆转录的方法,将各mRNA的两种荧光Cy5和Cy3标记的cDNA链做探针,并与含有1152条人类全长基因芯片上进行杂交。用计算机处理和分析。将实验所得基因映射到（Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG）通路数据库的基因表达调控通路上,检测同一基因表达调控通路内基因的共表达趋势。结果4例肺腺癌组织和癌旁正常组织比较共表达差异基因25个;3例肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较共表达差异基因8个;1例胚胎肺组织和癌旁正常组织比较差异表达基因316个,且与肺腺癌组织和癌旁正常组织比较16个基因有共同表达差异。在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中的基因与疾病组织中的基因显著相关（P〈0.05）,而与癌旁组织和淋巴结组织中的基因无关（P〉0.05）。结论肺腺癌组织与癌旁正常组织比较、肺腺癌组织和转移淋巴结组织比较均存在共表达差异基因,这些基因可能与肺腺癌的发生、发展有关。代谢通路分析结果提示,在β-丙氨酸代谢通路和丁酸代谢通路中存在着肺腺癌疾病相关的基因,且在同一通路中的基因有共表达趋势。     

骨髓脂代谢紊乱与原发性骨质疏松症的关系及临床意义研究

目的 探讨骨髓脂代谢紊乱与原发性骨质疏松症(OP)的相关性,研究脂代谢相关基因对原发性OP的调控作用和临床意义。方法 利用公共数据集GSE35959获得OP的差异表达基因,结合人类脂代谢相关基因列表,筛选出OP患者差异表达的脂代谢基因。利用STRING 11.0数据库建立蛋白-蛋白互作(PPI)网络,采用受试者操作特征(ROC)曲线分析PPI中关键蛋白对OP的鉴别诊断意义。结果 OP患者骨髓间充质干细胞中共鉴定出2 105个差异表达基因(上调基因1 940,下调基因165个),其中75个与脂代谢相关,主要参与机体细胞脂代谢、小分子脂代谢等过程,主要涉及花生四烯酸代谢、甘油磷脂代谢等信号通路。OP脂代谢相关基因PPI网络共包含75个节点,65条互作关系(P<0.01);其中互作关系≥5的节点为7个,分别为HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4F2、ALOX12B、FABP4;OP患者上述基因表达水平高于健康对照组(P<0.05);ALOX5基因与HELZ2基因表达呈负相关(P<0.05);HELZ2、CYP4A11、ALOX5、PTGS2、CYP4...