实时荧光定量PCR检测人apoM方法的构建

目的 建立检测人载脂蛋白M(apoM)的实时荧光定量PCR技术.方法 采用Primer Express Versions 2.0设计引物及TaqMan探针,检测apoM基因.将扩增的apoM基因片段纯化后与pMD19-T载体连接,克隆构建含apoM基因片段的重组质粒,作为定量检测apoM基因表达的标准品.结果 PCR扩增产物经测序分析证实为apoM特异性片段.本法灵敏度为40 copies/μl,线性范围为4.00×10~1～4.00×10~8copies/μl,相关系数为1.000,扩增效率E为90.5%,批间变异系数为6.38%～17.9%.结论 成功建立了检测人apoM的实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好,灵敏度高.     

实时荧光定量PCR检测沙门菌flor基因和sul2基因方法的建立

目的 建立一种flor基因和sul2基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR方法,为检测沙门菌的耐药性以及耐药基因分子流行病学调查奠定基础.方法 以氟苯尼考、复方磺胺甲噁唑抗性的沙门菌菌株为材料,根据GenBank中登陆的沙门菌flor和sul2基因序列,设计并合成引物,建立基于SYBR Green Ⅰ染料技术的Real-Time PCR检测体系,绘制出标准曲线并对其溶解曲线进行分析.结果 以pMD 18-T为载体构建的标准品的Ct值与样品的浓度的对数在一定范围内呈现良好的线性关系,两基因的检测域值较小,flor基因可以检测到102 copies/μL的样品,sul2基因可以检测到103 copies/μL的样品,经耐药性与基因表达量相关分析,耐药性较高的菌株其flor基因、sul2基因表达量也较高.结论 建立的检测沙门菌中flor因和sul2基因的荧光定量PCR方法具有很好的灵敏性、特异性和重复性,可以广泛用于临床中lor和sul2两种基因的检测以及沙门菌耐药分子流行病学的调查.     

大肠埃希菌耐喹诺酮类抗菌药的相关耐药基因检测及耐药机制分析

目的 探讨大肠埃希菌耐喹诺酮类抗菌药的相关耐药基因检测及耐药机制.方法 选取我院尿液等排泄物和分泌物标本中分离出的150株大肠埃希菌株,应用纸片扩散法进行药敏试验,采用PCR技术检测qnr以及aac(6')-Ib-cr质粒基因的表达,并对PCR产物进行DNA测序分析.结果 150株大肠埃希菌对喹诺酮类抗菌药物的耐药率均超过50％,20株菌检出阳性基因qnrB,qnrS以及aac(6')-Ib-cr的阳性率分别为12.20％、9.76％、13.41％,共有8株菌同时携带超过2种质粒基因,其对喹诺酮类药物均耐药,同时合并有其他类型抗菌药物的耐药情况,12株菌检出单个质粒基因,其中4株对喹诺酮类敏感.结论 大肠埃希菌的耐药情况十分严重,存在qnrB、qnrS、aac(6')-1b-cr流行,并存在两种及多种耐药基因共存于同一细菌中的现象,质粒介导的喹诺酮耐药基因数量与耐药种类数量呈正相关.     

实时荧光定量PCR检测人组织因子及其剪切体方法的构建

目的建立检测人组织因子(flTF)及其剪切体(asTF)的实时荧光定量PCR检测技术。方法分别采用文献报导及自行设计的检测人flTF和asTF的引物及TaqMan探针,经优化反应体系及反应条件后,用于检测人flTF和asTF基因。将扩增的人flTF和asTF的基因片段纯化后分别与pMD19-T载体连接,分别克隆构建含flTF和asTF基因片段的重组质粒,作为实时荧光定量PCR检测flTF和asTF基因表达的标准品。结果 PCR扩增产物分别经测序证实为flTF和asTF的特异性片段。本法检测flTF和asTF基因表达的灵敏度均为40拷贝/μl,线性范围均为4.00×101~4.00×107拷贝/μl,相关系数均为1.000;扩增效率分别为flTF 91.15%,asTF 90.53%,批间变异系数分别为flTF 3.04%~9.31%,asTF 3.01%~9.64%。结论成功建立了检测人flTF和asTF的实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好,灵敏度高。     

乙肝血清学标志物与荧光PCR检测HBV-DNA结果分析

目的探讨荧光PCR法检测乙肝病毒DNA含量与乙肝病毒感染血清学标志物模式之间的相关关系。方法对437份血清标本以酶联免疫吸附试验(ELISA)法检测乙型肝炎病毒标志物(HBVm),同时用实时荧光PCR法对乙肝病毒定量检测,两种检测结果进行相关性分析。结果 126例大三阳(HBsAg、HBeAg、HBcAb为阳性)标本中,检出HBV-DNA阳性率为94.4%,拷贝数为(4.13±1.57)×107/mL。在107例小三阳(HBsAg、HBeAb、HBcAb为阳性)标本中,检测出HBV-DNA阳性率42.1%,拷贝数为(3.76±1.94)×105/mL。在74例HBsAg、HBcAb为阳性标本中,检测出HBV-DNA阳性率为35.1%,拷贝数为(2.39±1.74)×104/mL。在41例HBsAb阳性标本中,有1例标本检出HBV-DNA阳性,阳性率为2.4%,拷贝数为(3.27±1.03)×103/mL。而在78例全阴标本中,也检测出2例HBV-DNA阳性,阳性率为2.6%,拷贝数为(3.55±1.46)×103/mL。结论 HBV-DNA在各种乙肝血清学标志物模式中,均可检出,但检出阳性率相差甚大,而血清中未检测出HBVm者不能排除HBV感染。     

荧光定量聚合酶链反应检测乙型肝炎病毒DNA及其与血清标志物的关系探讨

目的　用荧光定量聚合酶链反应 (fluorescence quantitative polymerase chain reaction,FQ- PCR)方法定量检测血清中乙型肝炎病毒 (hepatitis B virus,HBV)的数量及探讨其与 HBV标志物 (HBV M)表现模式的关系 ,以指导临床。方法　共 2 4 4份临床血清标本 ,HBV DNA定量采用荧光定量 PCR分析系统 ,HBV M采用 EL ISA法。结果　经 FQ- PCR检测 ,99例 HBs Ag(+) / HBe Ag(+) / HBc Ab(+)的标本 ,其血清标本 HBV DNA亦全部阳性 ,平均 HBV DNA拷贝数为 1.82× 10 7copies/ ml;96例 HBs Ag (+) / HBe Ab (+) / HBc Ab (+)的标本 ,其 HBV DNA检出率为 6 6 .7% (6 4例 ) ,平均拷贝数为 1.82× 10 4 copies/ m l;11例 HBs Ag (+) / HBc Ab (+)的标本其 HBV DNA检出率为 6 3.6 % (7例 ) ,平均拷贝数为 7.94× 10 4 copies/ ml。结论　血清 HBV DNA水平与 HBV M表现模式有关 ,HBs Ag (+) / HBe Ag (+) / HBc Ab (+)的标本 HBV DHA值显著高于 HBs Ag (+) / HBe Ab (+) / HBc Ab (+)的标本和 HBs Ag (+) / HBc Ab (+)的标本 ,提示 HBs Ag与 HBe Ag的存在影响 HBV DNA水平。 FQ- PCR能实现准确定量 ,可以检测 HBV的真实感染和复制情况 ,对于乙型肝炎的临床诊断、治疗方案的选择和疗效考察有较大的指导意义     

荧光定量PCR和抗酸染色检测结核杆菌的相关性

目的 探讨荧光定量PCR检测IS6110基因拷贝数和抗酸染色涂片检查阳性分级间的对应关系.方法 对本院250例疑似结核病患者分别行荧光定量PCR检测、抗酸染色涂片镜检,按抗酸染色涂片检查±、1+、2+、3+和4+结果分类统计荧光定量PCR检测结果.结果 250例疑似结核病患者中,荧光定量PCR检测阳性者为85例,其中26例涂片镜检为阴性;抗酸染色涂片镜检阳性者为84例,其中25例的荧光定量PCR检测结果为阴性.在抗酸染色涂片检查±、1+、2+、3+和4+的样本中,荧光定量PCR检测ISS6110基因拷贝数的平均值分别为5.476E+03 copies、5.713E+04 copies、2.349E+05 copies、8.448E+05 copies和8.866E+06 copies.结论 抗酸染色涂片检查±、1+、2+、3+和4+的样本中IS6110基因拷贝数呈现5~10倍的增幅,两种方法对菌量的判定具有较好的对应关系.     

抗生素压力下铜绿假单胞菌耐药机制变化的动态研究

目的 探索抗生素压力下铜绿假单胞菌在患者呼吸道内耐药性的动态改变.方法 以同一患者不同时期下呼吸道分离铜绿假单胞菌为对象,E-test检测细菌对常用抗菌药物的敏感性;三维水解实验检测目标菌的β-内酰胺酶表型特征;普通PCR检测ESBL、AmpC、碳青霉烯水解酶、膜孔蛋白OprD2等耐药基因;荧光定量RT-PCR检测细菌的AmpC和OprD2的表达情况.结果 筛查到1例因慢性阻塞性肺病急性发作(AECOPD)患者3次入院、下呼吸道分离的属同一克隆的9株铜绿假单胞菌,药敏试验提示细菌的药敏谱存在由单一耐药逐渐转化为泛耐药的模式.三维水解实验显示,5株多重耐药株和泛耐药株高产AmpC酶.所有9株菌的ampC和oprD2基因都为阳性,碳青霉烯水解酶均为阴性.荧光定量RT-PCR检测,多重耐药株和泛耐药株的ampC基因表达量是单一耐药株的1.7～18.7倍;亚胺培南耐药株的oprD2表达量则是敏感株的1/10～1/2000.结论 铜绿假单胞菌在治疗过程中可获得耐药性,其中ampC高表达和oprD2表达下降是导致细菌对亚胺培南、广谱头孢菌素(含酶抑制剂)耐药的主要原因.     

实时荧光定量PCR检测ESBLs基因型方法的研究

目的:建立一种快速检测革兰阴性杆菌产超广谱β内酰胺酶(ESBLs )耐药基因分型的SYBR GREEN Ⅰ实时荧光定量PCR方法.方法:针对临床常见ESBLs的耐药基因SHV、TEM、 CTX-M、OXA及其同源性分析,设计了SHV、TEM 、CTX-M-1、CTX-M-2、CTX-M-8、CTX-M-9、OXA-1、OXA-2及OXA-10 共9对特异性引物,煮沸法提取DNA模板,建立并优化SYBR GREEN I实时荧光定量PCR反应体系,并对其精密度、线性范围进行测定.利用建立方法对51株表型阴性的多重耐药的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌进行ESBLs耐药基因检测,并与改良三维实验进行对比.结果:从39株ESBLs表型阳性菌株及51株ESBLs表型阴性多重耐药菌株中扩增出除OXA-2外共8种耐药基因型并经测序证实.线性检测范围3×10~3~3×10~8拷贝/mL , r ＝ -0.994 7 ;批间重复性试验变异系数(CV)为9.6%.荧光定量PCR方法与改良三维实验方法比较差异无统计学意义( χ2 = 1.125,P > 0.05).结论:SYBR GREEN Ⅰ实时荧光定量PCR检测ESBLs的耐药基因具有特异性强、灵敏度高、快速、简便的特点,适于临床监测革兰阴性杆菌产ESBLs 基因型.     

腺病毒载体HIV疫苗在C57BL/6小鼠体内的生物分布评价

目的:建立腺病毒载体HIV疫苗检测的实时荧光定量PCR方法,并评价疫苗在C57BL/6小鼠体内的生物分布。方法:以gag基因片段为检测对象,建立绝对定量PCR方法。C57BL/6小鼠单次肌内注射5×109vp HIV疫苗,给药后d 3,15,30,60,85收集组织脏器,用建立的荧光定量PCR方法定量检测HIV疫苗。结果:检测方法线性范围为1×102～1×107copies.μL-1,特异性强,重复性较好。HIV疫苗主要分布在注射位点,淋巴结、脾脏和肝脏也有少量分布;疫苗的量随时间延长逐渐减少。结论:肌内注射HIV疫苗后导致广泛的分布,分布的量呈时间依赖性减少,没有生殖细胞转移的危险,HIV疫苗在小鼠体内是安全的。