不同VNTR位点组合用于北京基因型结核分枝杆菌基因分型的研究

目的评价不同串联重复序列（VNTR）位点组合在北京地区北京基因型结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法采用多位点数目可变串联重复序列分析（MLVA）技术对72株北京地区北京基因型菌株的24个VNTR位点进行分析，基因多态性分析采用BioNumerics软件。结果24个位点的多态性差异较大，位点QUB-11b（HGI 0．651）、Mtub 21（HGI 0．556）和QUB-26（HGI 0．518）的多态性较高，有两个位点（MIRU2和MIRU24）则不具有多态性；不同VNTR位点组合（12位点，15位点，24位点）在北京基因型菌株中的分辨指数依次升高，分别为0．788，0．990．0．992，后两个组合的差异仅是由位点Mtub 29引起的。结论不同的VNTR位点在北京地区北京基因型菌株中的分辨力存在差异；推荐的基础VNTR15位点与Mtub 29组合可作为北京地区结核分枝杆菌分子流行病学研究的一线方法。     

新疆结核分枝杆菌临床分离株VNTR基因型的初步研究

目的研究新疆结核分枝杆菌可变数目串联重复序列（variable number tandem repeats,VNTR）基因分型,初步了解其基因型多态性状况及主要流行株。方法在新疆维吾尔自治区胸科医院收集一个连续时间段的结核分枝杆菌临床分离菌株,采用多位点可变数目串联重复序列分析（the Multiple Loci VNTR Analysis, MLVA）方法进行基因分型研究。基因聚类分析采用BioNumerics 5.0数据库软件。结果共收集到结核分枝杆菌临床分离菌株175株,运用MLVA 175株菌可分为8个基因群（分别为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ、Ⅵ、Ⅶ、Ⅷ）119种基因型,其中Ⅰ群所占比例最大,达69.14%,经与Spoligotyping结果综合分析,I群即是北京家族,Ⅱ群为CAS家族。结论新疆结核分枝杆菌临床菌株存在明显的VNTR基因多态性,主要流行菌株为VNTR Ⅰ群（北京基因型）,首次发现新疆临床菌株中存在CAS家族。     

IS6110-限制性片段长度多态性和间隔区寡核苷酸分型技术在结核分枝杆菌菌株鉴定中的应用

目的评价IS6110-限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）和间隔区寡核苷酸分型技术（spoligotyping）两种方法在结核病流行病学中的应用，探讨我国各地区的结核分枝杆菌菌株特点。方法收集158株结核分枝杆菌临床分离株，分别应用IS6110-RFLP和Spoligotyping两种方法进行鉴定。结果①IS6110-RFLP的分辨力大于spoligotyping分型。②将本次实验结果与国际spoligotype数据库进行比较。结果有14个类型属于共有类型，其中类型1为流行的类型，分布广泛，即所说的北京基因型。③广东地区与其他地区成簇率和北京基因型所占比例差异有统计学意义（P〈0．05）。广东地区成簇率和北京基因型所占比例均显著低于其他地区。结论同时应用IS6110-RFLP分型和Spoligotyping两种方法进行结核病流行病学调查研究非常有效，在中国不同地区的菌株具有不同的特点。     

Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究

目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。     

结核分枝杆菌北京基因型菌株rpoB基因突变特征研究

目的分析结核分枝杆菌临床分离株北京基因型的rpoB基因突变特点。方法同时采用IS6110-限制性片段长度多态性（IS6110-RFLP）,间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）方法对102株结核分枝杆菌临床分离株进行基因分型,确定北京基因型。采用反相斑点杂交方法检测ropB基因突变。结果 73.5%（75/102）的临床分离株是北京基因型,62株（60.8%,62/102）利福平耐药株中有52株（83.9%,52/62）为北京基因型,10株为非北京基因型;40株利福平敏感株中北京基因型23株,非北京基因型17株。47株北京基因型和7株非北京基因型存在ropB基因突变,最普遍的点突变发生在526位点。结论尽管北京基因型与非北京基因型在ropB基因突变特征上无显著性差别,但北京基因型菌株利福平耐药率和rpoB基因突变率显著高于非北京基因型菌株;以PCR为基础的反相斑点杂交方法具有较高的敏感度和特异度,适用于大批量结核分枝杆菌利福平耐药性的初筛。     

分枝杆菌散在重复单位对结核分枝杆菌分型的研究

目的 评价分枝杆菌散在重复单位（MIRU）分型方法在结核病流行病学上的应用,探讨该方法的应用前景。方法采用MIRU分型对158株结核分枝杆菌进行基因分型,这些菌株均已进行IS6110-RFLP分型。结果MIRU分型结果产生只需1d。158株结核分枝杆菌共产生105个类型,其中65个为独特类型。在MIRU 的12个区中,重复区4、 10、26、40具有较高的多态性。用Hunter-Gaston Index（HGI）对2种方法进行评价,IS6110-RFLP的分辨指数为99.4%,MIRU技术的分辨指数为97.8％。当IS6110拷贝数小于等于10个时,IS6110-RFLP的分辨指数为98％,MIRU的分辨指数达到98.2％。结论MIRU 分型方法具有快速、简便、分辨力较高的特点,便于普及,可在结核病分子流行病学研究中发挥重要作用。     

天津地区临床分离株结核分枝杆菌分子流行病学研究

目的探讨天津地区结核分枝杆菌临床分离株分子流行病学特征。方法连续收集天津市海河医院2005年8月16日～11月25日就诊病人痰培养阳性的结核分枝杆菌100株，采用间隔区寡核苷酸分型（Spoligotyping）和数目可变串联重复序列（VNTR）两种方法进行基因分型，并运用软件对二者的结果进行分析。依据北京分化支的定义。运用多重和实时定量PCR方法将其区分为W菌/典型北京家族菌株和非典型北京菌株，x^2检验分析两种亚群与患者年龄和耐药性之间的联系。结果排除污染菌株，共对96株结核分枝杆菌临床分离株进行两种方法的基因分型，Spoligotyping结果为91．7％为北京基因型（含3株类北京基因型）结核分枝杆菌（88／96）。VNTR分型可将北京基因型分为60种基因型。在北京分化支结核分枝杆菌中，W菌/典型北京家族菌株占93．2％（82／88）。两种北京分化支亚群与患者年龄和耐药性没有显著性统计学差异（P〉0.05）。结论天津地区结核病患者临床分离的结核分枝杆菌中，北京基因型呈现较为明显的优势。VNTR的分辨率明显高于Spoligotyping。北京分化支的两种亚群在天津地区临床结核病患者中均存在流行，但以W菌/典型北京家族菌株为主。     

220株结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型研究

目的了解结核分枝杆菌北京临床分离株的基因分型种类和特征,为结核病防治研究提供基础科学依据。评价两种分型方法在北京地区结核病分子流行病学中的应用。方法收集北京市结核分枝杆菌临床分离株,应用间隔区寡核苷酸分型(Spoligotyping)及多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)二种分型方法进行基因分型,结果聚类分析采用BioNu-merics(Version5.0)软件。结果共在北京地区收集到220株结核分枝杆菌临床分离株。采用Spoligotyping分型方法,220株菌可分为2个基因群,即北京家族(Beijing family)和非北京家族(non-Beijing family),20种基因型。其中北京家族含有202株菌,占91.82%。北京家族菌株中,典型北京家族菌株占95.05%(192/202),非典型北京家族占4.95%(10/202)。北京家族菌株的耐药率为22.55%(22/98),非北京家族菌株的耐药率为16.67%(1/6),两者间的差异无统计学意义(fisher analysis,P=0.5835>0.05)。采用MLVA分型方法,202株菌可分成5个基因群59种基因型,主要为Beijing family、China2和China3,分别占91.37%、2.73%和4.55%。结论北京地区结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,其主要流行型为北京家族。北京家族菌株与耐药性无明显相关性。     

大理地区结核分枝杆菌MIRU-VNTR位点的多态性分析

目的了解大理地区结核分枝杆菌基因组中的数目可变串联重复序列（variable number tandem repeat,VNTR）即MIRU（mycobacterium interspersed repetitive unit）基因多态性,探讨MIRU-VNTR位点多态性的应用价值。方法采用PCR和琼脂糖凝胶电泳检测大理地区临床分离的60株结核分枝杆菌7个VNTR位点,采用MIRU-VNTR技术进行分型,利用Hunter-Gaston指数（HGI）对各MIRU进行分辨力评价,并应用Quantity one软件和BioNumerics6.6软件进行数字化和聚类分析。结果 60株结核分枝杆菌分为5个基因群（Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ群）52个基因型。Ⅰ群占56.77%,含有29个基因型;Ⅱ群占25.00%,含有13个基因型;Ⅲ群占8.33%,含有5个基因型;Ⅳ群占6.67%,含有3个基因型;Ⅴ群占3.33%,含有2个基因型。7位点组合总分辨力为0.900,最高ETR-E位点0.735,最低ETR-C位点0.455。结论大理地区分离株结核分枝杆菌存在基因多态性,7位点MIRU-VNTR分型简便快速,分辨力高,适合用于大理地区结核分枝杆菌的基因分型检测。     

北京基因型结核分枝杆菌的研究

结核分枝杆菌,尤其耐药结核分枝杆菌已对公众健康造成了严重危害,给结核病的防治带来了更大的挑战。其中,北京基因型结核分枝杆菌达到全球分离结核菌株的13%[1],全世界有1/3的结核病由北京基因型结核分枝杆菌引起。该菌株已在世界很多地区传播。因此,北京基因型结核分枝杆菌的研究已成为结核相关研究的热点课题之一。一、北京基因型结核分枝杆菌的识别20世纪90年代以来,随着DNA指纹技术的采用,人们对结核分枝杆菌有了更加深入的认识。发现了多种具有不同毒力的结核分枝杆菌菌株。结核分枝杆菌的北京基因型家族于1995年被中国、蒙古首次报道[2],美国的1株高耐药结核分枝杆菌(W)也属于北京基因型家族。北京基因型家族具有相同的基因标记,即相同的IS6110限制片段长度多态性(IS6110RFLP)和间隔寡核苷酸分型(spoligotyping)的特征。Spoligotyping是一种分子基因分型技术,用于监视某些菌株尤其北京基因型菌株引起感染性疾病的传播,本方法以PCR为基础,分析结核分枝杆菌的直接短重复序列(DR)的染色体区域的株依赖多态性。与最后9个间隔寡核苷酸序列(间隔序列35~43)均杂交的菌株为北京基因型菌株,只有部分...     

Evaluation of 24-locus MIRU-VNTR in extrapulmonary specimens: study from a tertiary centre in Mumbai

Genotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates is a useful tool for epidemiological control of tuberculosis (TB) and phylogenetic exploration of the pathogen. There is a lack of information on the discriminatory power of standard 24-locus mycobacterial interspersed repetitive unit (MIRU) - variable number tandem repeats (VNTR) in India, which has the highest tuberculosis (TB) burden worldwide. Therefore, we assessed its utility on 69 M.?tuberculosis (MTB) isolates from patients with extrapulmonary tuberculosis, in comparison to standard insertion sequence (IS) 6110-Restriction fragment length polymorphism (RFLP) fingerprinting and spoligotyping. IS6110-RFLP (HGDI, 0.9987) identified a single cluster of 3 (4.3%) single-copy IS6110 isolates. Spoligotyping showed 69.5% clustering (HGDI, 0.8857). In contrast, MIRU-VNTR analysis identified 69 (100%) unique strains (HGDI, 1.0000). Within the study limits, this observed high discriminatory power suggests that 24-locus MIRU-VNTR genotyping could potentially be used to study long-term transmission of MTB infection in Mumbai. Moreover, high congruence between the MIRU-VNTR-based and spoligotyping-based strain groupings suggests that CAS, EAI and Beijing are the predominant strain lineages in the Mumbai TB patient population. The Beijing lineage isolates were found to be more significantly associated with multi-drug resistance (p?相似文献   

IS6110-RFLP and spoligotyping of Mycobacterium tuberculosis isolates in Iran

To evaluate and compare the usefulness of IS6110-restriction fragment length polymorphism (RFLP) and spoligotyping in the epidemiology of tuberculosis in Iran, Mycobacterium tuberculosis complex strains, isolated in 2 different areas of Iran, were subjected to RFLP and spoligotyping. The average number of IS6110 copies per strain was 11 and ranged from 5 to 18 among the M. tuberculosis strains. In total, among the 62 isolates, 56 different patterns were observed. 50 strains had unique RFLP patterns (89%) and 12 (11%) revealed patterns that were found among at least 1 other isolate. Spoligotyping of 97 isolates resulted in 42 different patterns, of which 72% were found in 15 clusters. 14 (29%) out of 48 investigated isolates were resistant to 1 or more antituberculosis drugs and 57% of the resistant isolates were isolated from Afghan immigrants. Ten percent of the isolates represented the Beijing genotype, including 4 of the 14 (36%) resistant strains. Three of these resistant Beijing strains were isolated from Afghan patients. IS6110-RFLP typing could be useful for studying the epidemiology of tuberculosis in Iran. IS6110 patterns were polymorphic and the average IS6110 copy number was high.     

IS6110-限制性片段长度多态性DNA分型在结核分子流行病学研究中的应用

目的 建立宁夏、北京和上海等地结核分支杆菌发离株IS6110－RFLP DNA指纹图谱，观察其流行病学特征。方法 提取结核分支杆菌基因组DNA，经限制性内切酶PvuⅡ切割、琼脂糖凝胶电泳和Southern转印后，用荧光标记的IS6110DNA序列中245bp探针杂交，以核酸化学发光试剂盒探测荧光信号，比较各菌株指 IS6110拷贝数和带型，分析不同地理区域流行菌株的特点。结果 103例结核患的临床分离株，经245bp探针杂交后的指纹图谱显示大部分菌株含8－21个IS6110拷贝，在宁夏和北京地区流行的结核分支杆菌带型具有共同特点，并有成簇分布的现象，在上海分离株中发现1株零拷贝株和1株单拷贝株。结论 IS6110－RFLP DNA分型方法可用于我国流行的结核分支杆菌分子流行病学研究；宁夏分离株与北京分离株在基因上亲缘关系较相近。     

High-resolution minisatellite-based typing as a portable approach to global analysis of Mycobacterium tuberculosis molecular epidemiology

The worldwide threat of tuberculosis to human health emphasizes the need to develop novel approaches to a global epidemiological surveillance. The current standard for Mycobacterium tuberculosis typing based on IS6110 restriction fragment length polymorphism (RFLP) suffers from the difficulty of comparing data between independent laboratories. Here, we propose a high-resolution typing method based on variable number tandem repeats (VNTRs) of genetic elements named mycobacterial interspersed repetitive units (MIRUs) in 12 human minisatellite-like regions of the M. tuberculosis genome. MIRU-VNTR profiles of 72 different M. tuberculosis isolates were established by PCR analysis of all 12 loci. From 2 to 8 MIRU-VNTR alleles were identified in the 12 regions in these strains, which corresponds to a potential of over 16 million different combinations, yielding a resolution power close to that of IS6110-RFLP. All epidemiologically related isolates tested were perfectly clustered by MIRU-VNTR typing, indicating that the stability of these MIRU-VNTRs is adequate to track outbreak episodes. The correlation between genetic relationships inferred from MIRU-VNTR and IS6110-RFLP typing was highly significant. Compared with IS6110-RFLP, high-resolution MIRU-VNTR typing has the considerable advantages of being fast, appropriate for all M. tuberculosis isolates, including strains that have a few IS6110 copies, and permitting easy and rapid comparison of results from independent laboratories. This typing method opens the way to the construction of digital global databases for molecular epidemiology studies of M. tuberculosis.     

利用多重PCR方法快速鉴定结核分枝杆菌北京基因型菌株

目的 建立结核分枝杆菌北京基因型菌株快速鉴定方法 ,研究该家族在人群中的流行传播的规律和特点。 方法 采用间隔区寡核苷酸（spoligotyping）分型与多重PCR方法 分别对临床分离的112株结核分枝杆菌进行北京基因型菌株鉴定。 结果在分析的112株结核分枝杆菌中,107株为北京基因型,多重PCR鉴定结果与Spoligotyping分型符合率为100%。 结论 与spoligotyping分型相比,多重PCR技术可以快速地区分北京基因型与非北京基因型株,且方法 简单,更适于基层试验室中对北京基因型结核分枝杆菌在人群中的流行进行大规模监测。     

多种基因分型技术在识别结核分枝杆菌基因型的联合应用

京基因型MTB(分辨力分别为0.9930和0.9933)的分型中.结论 MIRUs分型的方法简便、快速,结果有效、可靠,在大规模的结核病分子流行病学研究中,可先采用MIRUs,再对成簇MTB菌株进行IS6110-RFLP二次分型的联合分型策略.     

中国东部农村地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的成簇性及耐药特征研究

目的 探讨MTB北京基因型在人群中的分布及其耐药类型和相关分子特征.方法 江苏省灌云县和浙江省德清县1年内登记确诊的结核病患者399例,分离出MTB菌株者351例,其中男237例,女114例;年龄18～82岁,平均(46±35)岁.采用比例法确定分离株对一线抗结核药物的耐药类型,用直接基因测序识别耐药相关的基因突变,用间隔区寡核苷酸分型技术识别MTB北京基因型,以IS6110限制性内切酶片段长度的多态性(IS6110 IS6110-RFLP)技术确定MTB基因型及其成簇性和惟一性.结果 在分离得到的351株MTB菌株中北京基因型243株,北京基因型患者中耐多药、耐异烟肼和耐利福平分别占18.5%(45/243)、43.2%(105/243)和22.2%(54/243),明显高于非北京基因型[7.4%(8/108)、24.1%(26/108)和12.0%(13/108)];北京基因型菌株中rpoB和katG基因的联合突变率较高,分别为13.2%(32/243)和 4.6%(5/108),OR=2.553,95%CI为1.031～6.324;北京基因型菌株的成簇率[41.2%(100/243)]明显高于非北京基因型[11.1%(12/108)],OR=5.503,95%CI为2.851～10.622.结论 在我国东部农村地区,感染北京基因型菌株的结核病患者发生耐异烟肼、耐利福平和耐多药结核病的危险性较大,其发病有可能由于近期传播所致.

Abstract：

Objective To investigate the distribution of Mycobacterium tuberculosis (MTB) Beijing genotype, which was isolated from tuberculosis (TB) patients registered in local TB dispensaries in Deqing and Guanyun county respectively within 1 year, as well as its drug-resistant phenotypic and genotypic profiles and genotyping features. Methods A total of 399 TB patients were enrolled from 2 counties. Of the 351 TB patients with MTB isolates available, 237 were male, and 114 were female; aged from 18-82 (46±35) years . The proportion method and DNA sequencing were used to define the susceptibility of the isolates to 4 first line anti-TB drugs and the related mutation. Beijing genotype MTB strains were identified by Spoligotyping, while the "cluster" strains and the "unique" strains were defined by IS6110 restriction fragment length polymorphism (RFLP). Results Beijing genotype MTB strains were identified in 243 of the 351 strains isolated, and the proportion of multi-drug resistance, mono-resistance to rifampin and isoniazid among Beijing genotype MTB was 18.5% (45/243), 43.2% (105/243) and 22.2% (54/243) respectively, all being significantly higher than the non-Beijing genotype MTB, 7.4% (8/108), 24.1% (26/108) and 12.0% (13/108) respectively. katG and rpoB mutations were observed more common among Beijing genotype MTB than among non-Beijing genotype MTB, 13.2% (32/243) and 4.6% (5/108) respectively, OR=2.553, 95%CI: 1.031-6.324. The Beijing genotype MTB was more likely to be clustered than non-Beijing genotype MTB, 41.2% (100/243) and 11.1% (12/108) respectively, OR=5.503, 95%CI: 2.851-10.622. Conclusions In eastern rural China, TB patients infected with the Beijing genotype MTB may have a higher risk to develop isoniazid-or rifampin-resistance and multi-drug resistance. The disease is more likely due to recent transmission.