基于网络药理学和分子对接技术的银翘清热片治疗上呼吸道感染机制研究

摘要：目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制。方法:依托TCMSP和SwissTargetPrediction数据库检索银翘清热片的化合物和作用靶点,利用GeneCards、OMIM、DisGeNet数据库检索上呼吸道感染的疾病靶点,取药物和疾病的交集靶点作为潜在靶点。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建潜在靶点的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,利用R包“clusterProfiler”进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路分析。采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点-通路”网络,选择关键化合物和靶点通过Autodock Tool软件进行分子对接。结果:筛选出银翘清热片的化合物494个,作用靶点1 259个。PPI网络显示,肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素6（IL-6）、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶（AKT1）、白蛋白（Alb）、表皮生长因子受体（EGFR）等为核心靶点。KEGG富集分析显示,C型凝集素受体信号通路、Toll样受体信号通路、甲型流感、新型冠状病毒肺炎（COVID-19）、人类巨细胞病毒感染等为显著富集的通路。分子对接结果显示,共14组化合物与靶蛋白对接效果良好。结论:本研究初步揭示了银翘清热片治疗上呼吸道感染的作用机制,可为后续实验研究和临床应用提供理论基础。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芪甲苷抗抑郁的作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术研究黄芪甲苷抗抑郁的潜在作用机制。方法 通过GEO、DrugBank、TTD、DisGeNet、GeneCards数据库获得抑郁症疾病靶点,检索PharmMapper和SwissTargetPrediction数据库获得黄芪甲苷的预测靶点。使用R软件Venn包获取黄芪甲苷与抑郁症的交集靶点基因,利用STRING网站与Cytoscape软件获得蛋白相互作用（PPI）网络,并通过R软件clusterprofile包对潜在作用靶点进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析;使用Autodock Vina 1.1.2软件进行分子对接。结果 黄芪甲苷治疗抑郁症的相关靶点共107个,主要为丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、表皮生长因子受体（EGFR）和胱天蛋白酶3(CASP3)。这些核心靶点作用于钙离子信号通路、MAPK信号通路、磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)信号通路以及神经活性配体–受体相互作用信号通路等发挥抗抑郁作用,分子对接显示黄芪甲苷能与核心靶点均能较好的结合。结论 黄芪甲苷治疗抑郁症具有多靶点、多通路...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨京尼平苷治疗脑缺血的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接方法研究京尼平苷治疗脑缺血潜在作用机制。方法 通过PubChem、PharmMapper、GeneCards、OMIM数据库分别对京尼平苷和疾病的靶点进行预测,借助Venny 2.1.0工具将二者取交集获取共有靶点,通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用（PPI）网络,随后通过Cytoscape 3.7.2软件对核心靶点进行网络拓扑分析;基于核心靶点基因开展基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）基因富集分析。利用AutodockTool软件对所筛选的核心靶点分别与京尼平苷进行分子对接。结果 通过STRING数据库构建交集靶点的PPI网络,获得173个交集靶点,包括酪氨酸蛋白激酶（SRC）、蛋白激酶B1(AKT1)、热休克蛋白90α家族A级成员1(HSP90AA1)、PIK3R1、表皮生长因子受体（EGFR）等。京尼平苷治疗脑缺血可能通过调控磷脂酰肌醇-3-羟激酶（PI3K）–蛋白激酶B(Akt)信号通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）–晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、...     

基于网络药理学和分子对接探究山茱萸-虎杖抗三阴性乳腺癌的作用机制

目的 利用网络药理学方法结合分子对接探究山茱萸-虎杖药对治疗三阴性乳腺癌的作用机制。方法采用TCMSP数据库获取药物的化学成分及其相关靶点;选择Gene Cards和OMIM数据库收集疾病的相关靶点,筛选出二者的共同靶点后可绘制蛋白质互作（PPI）网络;对关键靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因组与基因组百科全书通路（KEGG）通路富集分析,最后进行分子对接验证。结果 筛选得到药物有效成分共20个;疾病相关靶点1512个,与药物共同靶点47个。通过PPI网络得出ESR1、EGFR和PTGS2为关键靶点。GO通路和KEGG富集分析显示,山茱萸-虎杖药对通过参与多种生物学过程抗三阴性乳腺癌;通过PI3K-Akt等信号通路调控病理进程。分子对接显示活性成分与核心靶点之间有较好的结合力。结论 山茱萸-虎杖可以通过多成分、多靶点、多途径发挥抗三阴性乳腺癌的作用,从而为其临床应用及相关机制的研究提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨阿拉坦五味丸治疗慢性胃炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术研究阿拉坦五味丸治疗慢性胃炎的分子机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM数据库和中国知网、维普、万方检索库确定阿拉坦五味丸活性成分,并从Swiss Targer Prediction、SEA、Pharm Mapper平台中预测活性成分相关靶点,在DisGeNET和GeneCard数据库中收集慢性胃炎相关靶点。将活性成分靶点与疾病靶点取交集,并构建“药物–活性成分–核心靶点”相互作用网络,利用STRING数据库构建蛋白相互作用（PPI）网络;应用Metascape数据库进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;使用AutoDock 4.2.6软件对阿拉坦五味丸的关键活性成分和PPI网络中的核心靶点进行分子对接,以评价其结合能力。结果 共获得阿拉坦五味丸活性成分30个,治疗慢性胃炎的核心靶点106个。分析PPI网络获知肿瘤坏死因子（TNF）、白蛋白（ALB）、白细胞介素（IL）-6、蛋白激酶B1（Akt1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、表皮生长因子受体（EGFR）起主要作用。GO富集分析主要涉及对无机物的反应、磷酸化的正调控和细胞死亡的正调控等生物过程,蛋白激酶活性、蛋白激酶结合和蛋白酪氨酸激酶活性等分子功能,膜筏、薄膜侧面、囊泡腔及受体复合物等细胞组分。KEGG通路分析主要涉及癌症通路、癌症中的蛋白聚糖、糖尿病并发症中的糖基化终末产物-糖基化终产物受体（AGE-RAGE）信号通路等。分子对接结果显示,阿拉坦五味丸中五灵脂二萜酸、鞣花酸、槲皮素与关键靶点之间具有较好的亲和力。结论 阿拉坦五味丸可能通过五灵脂二萜酸、鞣花酸、槲皮素等主要活性成分作用TNF、ALB、IL-6等靶点,可能通过参与癌症的发病途径、糖尿病并发症中的AGE-RAGE、低氧诱导因子-1（HIF-1）、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B（PI3K/Akt）等信号通路有效治疗慢性胃炎。     

基于网络药理学和分子对接技术研究槲皮素治疗宫腔黏连的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究槲皮素治疗宫腔黏连的潜在作用机制。方法 在TCMSP数据库查找槲皮素的作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank和PharmGKB数据库,获取宫腔黏连的相关靶基因。取两者交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并根据拓扑参数分析得到核心靶点。利用Metascape平台及微生信平台对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后利用分子对接技术验证槲皮素与核心靶点之间的结合能力。结果 槲皮素与宫腔黏连的共同靶点有105个,其中核心靶点为低氧诱导因子-1α（HIF-1α）、蛋白激酶B1（Akt1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、转录因子AP-1（JUN）等。槲皮素治疗宫腔黏连所涉及的主要生物学过程为对细菌源性反应、对脂多糖的反应、氧化应激及活性氧代谢过程等,关键通路为磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与HIF-1α分子对接效果最好。结论 槲皮素通过作用于HIF-1α、Akt1、MAPK1等关键靶点,参与PI3K/Akt、TNF、IL-17等信号通路的调控,抑制炎症反应及氧化应激,从而发挥治疗宫腔黏连的作用。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制

目的 应用网络药理学和分子对接技术,探讨肾炎康复片治疗IgA肾病的作用机制。方法 通过数据库筛选肾炎康复片的主要活性成分,进行靶点预测。收集IgA肾病相关靶点,并与肾炎康复片活性成分靶点基因交集,选取共同靶点。构建蛋白质-蛋白质互作网络图和药物-活性成分-共同靶点网络图筛选出药物主要活性成分。通过MetaScape数据库进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因百科全书（KEGG）通路富集分析并构建主要活性成分-靶点-信号通路网络图。选取关键成分和核心靶点,使用Pymol、MGLTools、AutoDock等软件做分子对接。结果 肾炎康复片的活性化合物共有182个,涵盖310个作用靶点,IgA肾病相关疾病靶点有1190个。筛选出共同靶点119个,主要涉及肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇3-激酶/蛋白激酶（PI3K/Akt）、白细胞介素17(IL-17)、细胞衰老、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等信号通路。网络分析和分子对接结果提示肾炎康复片中关键成分豆甾醇、β-谷甾醇可能通过作用于核心靶点B细胞淋巴瘤-2基因（BCL2）、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、胱天蛋白酶3(CASP3)发...     

基于网络药理学和分子对接技术的金卷升板胶囊治疗血小板减少症作用机制探讨

目的 运用网络药理学和分子对接技术预测金卷升板胶囊治疗血小板减少症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）及GeneCards数据库筛选金卷升板胶囊治疗血小板减少症的相关化合物及其靶点。利用Cytoscape 3.9. 1软件构建活性成分-靶点网络;利用String数据库构建蛋白-蛋白互作（PPI）网络;利用Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;利用Autodock Vina软件进行分子对接。结果 共获得88个活性成分及159个共有靶点;关键通路包括癌症通路、糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物的多配体受体（AGE-RAGE）信号通路及脂质和动脉粥样硬化信号通路等。获得槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇3个重要化合物,以及TP53,AKT1,JUN 3个核心靶点;分子对接最小结合能均小于-5.0 kcal/mol。结论 金卷升板胶囊可能通过槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇等关键活性成分,作用于TP53,AKT1,JUN等潜在核心靶点,调控癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路...     

基于网络药理学及分子对接技术分析丹参-川芎-葛根抗高血压的分子机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究丹参-川芎-葛根有效活性成分抗高血压的相关靶点及分子机制。方法 通过检索TCMSP、Uniport数据库,获得丹参-川芎-葛根的主要活性成分和相关靶点。通过Genecards数据库获得高血压相关靶点。运用Venny数据库构建丹参-川芎-葛根和疾病靶点韦恩图,得到交集靶点;并将得到的交集靶点导入STRING数据库得到蛋白质相互作用关系。使用RStudio 1.4.1106软件对交集靶点进行GO功能富集和KEGG信号通路富集分析。并利用Cytoscape 3.6.0软件对“药材-活性成分-靶点”、蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）、“活性成分-靶点-通路”网络进行可视化。采用AutoDock Tools 1.5.6软件将关键活性成分和核心靶点进行分子对接,运用PyMOL对对接结果进行可视化。结果 通过筛选共获得68个活性成分,759个高血压相关靶点,62个交集靶点。经KEGG通路富集分析发现,丹参-川芎-葛根通过调节流体剪切应力和动脉粥样硬化、钙信号通路、AGE-RAGE、松弛素、cGMP-PKG等通路起到抗高血压的作用。分子对接结果显示,丹参酮ⅡA、隐丹参酮、β-谷甾醇与NOS3、FOS、VEGFA、AKT1等核心靶点结合能力较好。结论 证实了丹参-川芎-葛根多成分、多靶点、多途径的作用规律。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制

目的：通过数据挖掘,运用网络药理学方法探讨如意金黄散抗炎作用的分子机制。方法：利用GeneCards数据库获取炎症相关靶点,运用BATMAN-TCM数据库获取如意金黄散中药物的活性成分及其相对应的靶点;将疾病靶点和药物靶点取交集后,构建药物-成分-靶点调控网络和蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;运用R软件进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后使用AutoDock Vina软件进行分子对接,验证结果的可靠性。结果：经过筛选共得到217个药物活性成分,159个炎症-如意金黄散交集基因,通过GO功能和KEGG通路富集分析得到2 051个GO条目和149条信号通路。如意金黄散可能是通过香芹酮、黄体酮和姜黄酮等多种酮类活性成分参与动脉粥样硬化信号通路、神经活性配体-受体相互作用信号通路、雌激素信号通路和肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等多个途径作用于胰岛素、蛋白激酶B1、白蛋白、丝裂原激活的蛋白激酶1和TNF等多个关键靶点,从而发挥抗炎作用。分子对接结果显示,研究结果具有一定的可靠性。结论：本研究初步揭示了如意金黄散发挥抗炎作用的分子机制,为后...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制

目的 运用网络药理学结合分子对接技术探讨蛇床子治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法 借助TCMSP数据库获取蛇床子的活性成分及潜在作用靶点;检索GeneCards、OMIM、DisGeNET数据平台得到阿尔茨海默病的潜在作用靶点,筛选两者共同靶点;应用Cytoscape 3.7.1构建蛋白相互作用（PPI）网络图并筛选发挥治疗作用的关键靶点,再借助R语言进行基因本体（GO）功能分析、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;运用AutoDock Vina软件,对核心靶点和药物主要活性成分进行分子对接,验证网络分析结果。结果 蛇床子包含主要活性成分20个,化学成分与疾病共同靶点56个,网络拓扑分析显示B淋巴细胞瘤-2(Bcl-2)、雌激素受体α(ESR1)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、糖原合成酶激酶3β(GSK3B)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)为关键靶点,通过调控神经活性配体-受体的相互作用、钙信号通路、p53信号通路、多种细胞凋亡、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路等发挥治疗作用。分子对接验证中...     

基于网络药理学与分子对接的黄芩-白芍治疗慢性结肠炎的研究

摘要：目的:探讨黄芩-白芍药对治疗慢性结肠炎的作用机制。方法:采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）对黄芩、白芍活性成分进行收集、筛选,并对活性成分潜在靶点进行预测与筛选,用Cytoscape 3.6.1软件构建活性成分-潜在靶点网络;用DisGeNET数据库预测慢性结肠炎的作用靶点,将其导入蛋白质相互作用网络数据库（STRING 11.0）分析其靶点蛋白质-蛋白质的相互作用（PPI）,导入Cytoscape 3.6.1软件构建慢性结肠炎相关的PPI网络。用Merge工具将黄芩-白芍药对活性成分-作用靶点网络与慢性结肠炎的靶点PPI网络进行合并,构建黄芩-白芍药对活性成分-潜在靶点网络。用ClueGo插件进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,并绘制活性成分-作用靶点-信号通路作用网络。选取PPI网路度值前3的蛋白与黄芩-白芍共有成分以及成分靶点网络度值靠前的10个成分进行分子对接验证,在Protein Data Bank数据库中检索获得受体蛋白白细胞介素6（IL-6）、过氧化物酶体增殖物激活受体γ（PPARg）、肿瘤坏死因子（TNF）,利用PyMOL 2.3.4软件对受体蛋白进行去水、去配体等操作,采用AutoDockTools软件对12个受体蛋白进行加氢、平衡电荷等修饰,用Grid程序对每个受体蛋白进行处理,利用AutoDock Vina 1.1.2对3个受体蛋白与10个主要配体小分子分别进行分子对接,通过结合能评分对受体与配体的结合进行初步验证。结果:得到黄芩-白芍药对治疗慢性结肠炎潜在活性成分31个,作用靶点11个,分别为对氧磷酶1（PON1）、芳香烃受体（AhR）、过氧化氢酶（CAT）、纤维连接蛋白1 （FN1）、前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、磷酸肌醇-3-激酶（PIK3CG）、PPARg、趋化因子CCL2、肿瘤蛋白p53（TP53）、IL-6、TNF。GO功能富集分析得到有8条生物学过程,KEGG通路注释分析获得肌萎缩性脊髓侧索硬化症（ALS）、白细胞介素-17信号通路（IL-17 signaling pathway）、糖尿病并发症中的糖基化终产物和受体信号通路（AGE-RAGE signaling pathway in diabetic complications）、疟疾（malaria） 4条信号通路。结论:黄芩、白芍治疗慢性结肠炎主要作用靶点为IL-6、PPARg、TNF,结合最紧密的成分分别为黄芩素、β谷甾醇、谷甾醇,主要作用通路为IL-17信号通路。     

基于网络药理学和分子对接探究川芎-丹参药对治疗心脑血管疾病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学和分子对接探究川芎-丹参药对治疗心脑血管疾病（CCVD）的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库分析平台（TCMSP）收集到川芎和丹参的成分,并与Gene Cards、OMIM、NCBI Gene数据库搜索CCVD的靶点取交集,用STRING数据库分析关键靶点间蛋白相互作用,利用Cytoscape3.7.1软件进行可视化,用DAVID数据库对相关潜在作用靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因与基因组百科全书（KEGG）代谢通路富集分析,对潜在活性成分和关键靶点利用Autodock软件进行分子对接。最后通过检测细胞存活率、乳酸脱氢酶（LDH）释放相对抑制率及肿瘤坏死因子α（TNF-α）、白细胞介素6（IL-6）含量对网络药理学和分子对接的结果进行验证。结果:共筛选出川芎-丹参药对有效成分49个和中药-疾病靶标78个,核心靶点涉及肿瘤蛋白P53（TP53）、原癌基因蛋白C-jun（JUN）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、肿瘤坏死因子（TNF）和信号转导与转录激活因子3（STAT3）等。GO功能富集分析得到375个GO条目,KEGG通路富集得到90条与CCVD密切相关的信号通路,其中包括神经活性配体-受体相互作用、缺氧诱导因子1（HIF-1）信号通路、TNF信号通路和雌激素信号通路等。分子对接结果显示川芎-丹参药对核心成分与CCVD关键靶点亲和力良好。体外验证实验表明川芎、丹参能有效提高HCM细胞的存活率,减少H/R损伤后LDH释放,并抑制HCM细胞的炎症反应、细胞凋亡等。结论:该研究预测了川芎-丹参药对的药效物质及作用机制,以期为其临床应用研究提供参考。     

基于生物信息学和分子对接技术研究当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎潜在活性成分及分子机制

目的 采用生物信息学和分子对接技术,探讨当归六黄汤（DGLHD）治疗溃疡性结肠炎（UC）的作用机制。方法 采用公共数据库(TCMSP、DrugBank和UniProt)寻找当归六黄汤的有效活性成分和相应的靶基因,构建DGLHD活性成分-靶蛋白相互作用网络。基于DisGeNET数据库、Genecards数据库和DrugBank数据库检索溃疡性结肠炎相关基因,获取当归六黄汤与溃疡性结肠炎的交集靶点基因。利用STRING在线数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用关系（PPI）分析,获取核心靶点基因。采用Metascape在线数据库进行基因本体（GO）功能注释及KEGG通路富集。通过DiscoveryStudio 2016进行分子对接,确定药物活性成分与核心靶标相互作用的分子基础。结果 共筛选出82种活性化合物和132个交集靶基因。核心靶点基因涉及信号传导与转录激活因子3（STAT3）、TP53、AKT1、MAPK1、JUN和血管内皮生长因子A（VEGFA）;通路富集主要为“肿瘤信号通路”、“糖尿病并发症中晚期糖基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路”“内分泌抵抗”、“NF-κB信号通路”、“Th17细胞分化”。分子对接结果表明,当归六黄汤核心活性成分可以通过氢键等相互作用与核心靶基因形成稳定的对接模式。结论 基于生物信息学和分子对接技术,筛选出当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎的活性成分、核心靶点及主要信号通路,为当归六黄汤治疗溃疡性结肠炎提供了新的理论基础。     

基于网络药理学及分子对接探讨加味六安煎治疗咳嗽变异性哮喘的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨加味六安煎（JWLAD）治疗咳嗽变异性哮喘（CVA）潜在的作用机制。方法:采用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选JWLAD的活性成分及其潜在靶点,利用Genecards、Drugbank、OMIM、Disgenet、TTD数据库检索CVA相关靶点。运用Cytoscape及STRING平台构建活性成分-靶点、蛋白质互作（PPI）网络,借助Metascape对共同靶点进行基因本体（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,最后由Autodock Vina实现主要活性成分及核心靶点的分子对接。结果:最终得到中药活性成分64种涉及348个潜在靶点,CVA相关靶点1 290个,两者共同靶点167个。GO分析过程涉及2 336条生物过程、112条细胞组分和118条分子功能。KEGG共富集169条主要涉及各种癌症通路,白细胞介素17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、神经活性配体和受体相互作用、细胞凋亡,Toll样受体信号通路、磷脂酰肌醇3激酶（PI3K）/蛋白激酶B（Akt）信号通路等。分子对接结果提示主要活性成分与核心靶点均有较强的亲和能力。结论:JWLAD通过多成分-多靶点-多通路综合调控网络发挥治疗CVA的作用,为后期临床和实验研究提供理论基础。     

基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的作用机制

摘要：目的:基于网络药理学及分子对接技术探讨天麻眩晕宁颗粒治疗梅尼埃病的机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、台湾中医药数据库收集天麻眩晕宁颗粒的活性成分及作用靶点,通过OMIM、DisGeNET、TTD和DrugBank数据库检索梅尼埃病疾病靶点。利用Cytoscape 3.9.0构建“药物-成分-预测靶点”网络、“药物-成分-潜在靶点”网络、梅尼埃病的蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络、“药物-成分-靶点-通路”网络。利用R软件RStudio对潜在靶点进行基因本体功能富集分析（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。应用Autodock对筛选出的有效成分和关键靶点进行分子对接。结果:筛选得到天麻眩晕宁颗粒的活性成分191种,以及梅尼埃病潜在靶点117个。GO分析过程涉及2 263条生物过程、108条细胞组分和196条分子功能。KEGG富集分析得到人类巨细胞病毒感染、钙离子信号通路、C型凝集素受体信号通路和甲状腺激素信号通路等158条通路。分子对接结果显示关键成分与相关靶点之间结合能较低,亲和力较好。结论:本研究验证和预测了天麻眩晕宁颗粒中的活性成分谷甾醇、泽泻醇C和去氢钩藤碱等能作用于多个靶点,调控多条通路实现对梅尼埃病的治疗,为其作用机制的研究与临床应用提供思路。     

基于网络药理学和生物信息学探究桑叶-桑寄生治疗糖尿病肾病的机制

目的：运用网络药理学和生物信息学探讨桑叶-桑寄生治疗糖尿病肾病(DN)的潜在机制。方法：从中药系统药理学数据库与分析平台、GeneCards等数据库获取桑叶-桑寄生的成分及DN的基因,从GEO数据库筛选DN与健康人差异基因,利用Cytoscape、R语言等将共同基因、差异基因进行基因本体(GO)功能富集分析、京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,将两者KEGG的结果取交集,利用分子对接方法加以验证。结果：桑叶-桑寄生的有效成分有31种,对应204个基因,DN相关基因3 566个,共同基因139个。GSE142153数据集符合条件,获得113个差异基因。KEGG通路富集分析结果显示,主要涉及的通路为糖尿病并发症中的晚期糖基化终末产物-糖基化终末产物受体信号通路、肿瘤坏死因子信号通路等。分子对接结果显示,山柰酚、槲皮素与环氧合酶2、蛋白激酶B和半胱氨酸-天冬氨酸蛋白酶等具有良好的结合活性。结论：桑叶-桑寄生可通过多靶点、多通路的复杂机制发挥抗炎、维持足细胞稳态等作用来治疗糖尿病肾病。     

基于网络药理学的金花葵抗心肌缺血的作用机制研究

摘要：目的:基于网络药理学的方法研究金花葵抗心肌缺血的作用机制。方法:通过查找文献挖掘金花葵中有效成分,利用数据库（PubChem、Swiss Target Prediction）搜集整理化合物并根据口服生物利用度（OB）、类药性（DL）值进行筛选,用Gene Cards、Drug Bank筛选心肌缺血的靶点,利用Venn diagram做出"化合物-靶点-疾病"间的韦恩图,进一步利用Cytoscape 3.2.1构建"活性成分-靶点"之间的网络关系图。构建蛋白质与蛋白质相互作用（PPI）网络,进行基因本体论（GO）功能、京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路的富集分析,进行分子对接验证。结果:金花葵中化合物共72个,有效成分18个,共预测出83个金花葵抗心肌缺血的共同作用靶点,GO功能富集分析显示金花葵有效成分潜在作用靶点多分布于膜筏和膜微区中,KEGG富集通路共66条,其中神经信号传递通路、糖尿病并发症中晚期糖基化终末产物-晚期糖基化终末产物受体（AGE-RAGE）信号通路、Rap1信号通路、钙信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等通路对抗心肌缺血有明显作用,分子对接中表明发挥抗心肌缺血作用的相关靶蛋白有醛糖还原酶（AKR1B1）、腺苷A2A受体（ADORA2A）、血管紧张素转化酶（ACE）、半胱氨酸天冬氨酸特异性蛋白酶9（CASP9）、基质金属蛋白酶9（MMP9）。结论:通过网络药理学的方法预测金花葵抗心肌缺血的关键作用靶点及相关通路其结果与相关文献结论相一致,可为进一步研究金花葵抗心肌缺血提供参考依据。     

基于网络药理学和分子对接探讨鼻炎数据挖掘核心方苍耳子散作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究苍耳子散（CRZS）治疗异质性鼻炎的作用机制以及“多成分-多靶点-多通路”的整体药理作用特征。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索CRZS的活性成分及靶点;从GeneCards、DisGeNET、Phenopedia、TTD和PharmGKB数据库获取相关鼻炎的基因。通过STRING数据库与Cytoscape软件构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络;利用STRING数据库对核心基因进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。通过Cytoscape软件构建“中药成分-靶点-信号通路”网络并筛选核心靶点;采用AutoDock软件对筛选得到的关键通路靶点进行分子对接。结果 CRZS有131个核心基因,鼻炎相关靶点756个,交集靶点41个。GO生物富集条目2005条,KEGG通路富集条目151条,HIF-1、Lipid and atherosclerosis、Fluid shear stress and atherosclerosis等通路最具连接可能。分子对接显示,CEZS靶点的有效成分与3...     

基于网络药理学和分子对接探讨大黄治疗脓毒症的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接技术探究大黄治疗脓毒症的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取大黄的有效活性成分及其作用靶点;应用Cytoscape 3.9.1构建大黄-活性成分-靶点的网络图;检索GeneCards、OMIM、Drugbank、TTD数据库,得到脓毒症相关靶点;通过建立维恩图获得中药与疾病交叉的关键靶点;应用STRING平台构建关键靶点蛋白质相互作用(PPI)网络图;使用DAVID数据库对关键靶点进行基因本体(GO)生物学富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。最后,应用PyMOL软件和AutoDock Vina软件对大黄活性成分及其关键靶点进行分子对接验证。结果 获得大黄10种有效活性成分,其中重要的成分包括β-谷甾醇、芦荟大黄素、泽兰黄醇素等;药物靶点与疾病靶点交集后获得34个关键靶点,核心靶点有肿瘤坏死因子(TNF)、白细胞介素-1B(IL-1β)、肿瘤蛋白p53(TP53)、原癌基因(MYC)、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3(CASP3)、前列腺素内过氧化物合酶2(PTGS2)、过氧化物酶体增殖物激活受体G(PPARG)、转录因子AP-1(JUN)、雌激素受体1(ESR1)、半胱氨酸蛋白酶8(CASP8)。GO富集分析表明大黄的关键靶点主要富集于306个生物过程、29个细胞组成和61个分子功能;KEGG通路富集分析确定了111条相关信号通路,包括磷脂酰肌醇-3-羟激酶(PI3K)-蛋白激酶B(Akt)信号通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、糖尿病并发症相关的晚期糖基化终末化产物(AGE)-晚期糖基化终末产物受体(RAGE)信号通路等;分子对接结果显示,大黄的主要活性成分芦荟大黄素与关键蛋白TNF、IL-1β、TP53、MYC、CASP3拥有良好的结合能力。结论 大黄通过多成分、多靶点和多通路治疗脓毒症。