肾透明细胞癌的生物信息学分析

目的 研究肾透明细胞癌与癌旁组织的基因表达差异,探讨差异表达基因在肾透明细胞癌发生发展中的作用.方法 高通量测序分析肾透明细胞癌组织和癌旁组织的基因差异表达;实时荧光定量PCR及Western blot验证与代谢相关的基因.结果 生物信息学显示肾透明细胞癌中有40个ATP合成酶相关基因表达增加,实时荧光定量PCR及We...     

肾透明细胞癌hsa-miR-193a的生物信息学分析及靶基因预测

目的：分析肾癌组织中miR-193a的表达情况,预测其靶基因,探讨其参与恶性肿瘤调控的分子机制。方法：利用癌症基因组图谱（TCGA）数据库,分析miR-193a在肾透明细胞癌组织与正常组织之间的表达差异。利用Kaplan-Meier plotter数据库,对存在差异表达miR-193a的肾透明细胞癌患者进行生存分析。采用TargetScan7.2、miRDB、PicTar和miRTarBase进行靶基因预测,利用metascape网络在线分析数据库对hsa-miR-193a-3p的靶基因集合进行GO功能注释和KEGG通路富集分析。结果：miR-193a在肾透明细胞癌等多种肿瘤中表达上调,且其表达量与患者总生存时间存在显著负相关。hsa-miR-193a-3p靶基因GO功能主要包括发育过程、细胞成分组织或生物发生、生物过程的正负调节、节律过程等,KEGG信号通路主要富集在肾细胞癌、PI3K-Akt信号通路等方面。结论：hsa-miR-193a-3p可能通过调控多个靶基因参与肾透明细胞癌发生发展相关信号通路的调节,是一个非常具有研究价值的生物学靶标。     

应用生物信息学方法分析肾透明细胞癌中FKBP11的表达

目的 探讨FK506结合蛋白11(FKBP11)在肾透明细胞癌(ccRCC)中的表达,并分析FKBP11表达水平与患者临床病理特征之间的相关性。 方法 利用Ualcan、GEPIA 数据库和HPA数据库分析FKBP11在ccRCC 组织中mRNA和蛋白表达水平的变化、FKBP11表达与ccRCC 临床及病理特征的相关性及其对患者预后的影响,通过这几个维度分析FKBP11在ccRCC中的作用。 结果 FKBP11在ccRCC中mRNA的表达较正常肾组织升高,通过Ualcan数据库检测发现FKBP11在ccRCC病理分级中正常肾组织与Grade1、Grade2、Grade3、Grade4中表达差异分别为P=5.78E-05、P=1.62E-12、P=1.11E-16、P=1.63E-12,在ccRCC亚型(ccA和ccB)中正常与ccA及ccB中表达差异均为P=1.62E-12, TNM分期中正常与N0及N1分期各亚组之间的表达有差异(P<1E-12、P=8.26E-05),以上差异均具有统计学意义(P<0.05),且随着ccRCC病理分级的升高,FKBP11的表达存在上调趋势,其表达水平与ccRCC的进展相关,而FKBP11的表达水平与年龄、性别、人种各亚组之间相互比较差异均无统计学意义(P>0.05)。FKBP11高表达患者的总生存率较低表达组患者差异有统计学意义(P<0.01)。 结论 通过检索分析数据库信息发现FKBP11在ccRCC中呈高表达,其在ccRCC的不同分期、病理分级及亚型各亚组之间存在表达差异,较差的病理分级及分期FKBP11的表达较高,且高表达的FKBP11的ccRCC患者预后较差。     

生物信息学分析肾透明细胞癌相关分子标志物及其关键通路

目的 生物信息学可以从基因组相关数据库中获取海量数据,从而系统、全面地揭示肿瘤的发生、发展的规律。本研究通过生物信息学分析肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)相关分子标志物及其调控的关键通路。方法从TCGA网站下载ccRCC RNA测序数据,运用生物信息学方法比较ccRCC及其配对癌旁组织两者差异表达基因,接下来通过DAVID分析ccRCC形成的关键通路。另外,通过对一部分代表性基因进行ROC曲线与生存曲线分析探讨其对ccRCC诊断及预后的价值。结果我们筛选到3318个ccRCC高表达基因及2817个ccRCC低表达基因。发现ccRCC高表达基因主要涉及信号通路有signal、Secreted、disulfide bond、acute phase等。ccRCC低表达基因主要涉及信号通路有glycoprotein、ion transport、Sodium transport、signal等。通过ROC曲线分析发现CA9、FABP6、NDUFA4L2、CRP、BIRC7、CCL18对ccRCC均有很好的诊断价值。同时发现FABP6作为一个ccRCC高表达新基因,其表达量的高低与ccRCC患者中位生存时间的长短明显相关(P=0.0048)。结论我们通过生物信息学筛选了一批ccRCC新的肿瘤标志物,这为肾透明细胞癌诊断、预后及后续靶向治疗研究提供了基础。     

肾透明细胞癌PDCD5表达及与预后的关系

目的探讨PDCD5在。肾透明细胞癌发生、发展巾的作用及与预后关系。方法采用免疫组织化学方法．对46例肾透明细胞癌组织中PDCD5表达进行研究，对患者存活率进行回顾性随访：结果癌旁。肾组织中PDCD5阳性表达率显著高于肾癌组织。PDCD5阳性表达率随肾透明细胞癌病理分级和临床分期的上升而下降，染色强度也减弱。PDCD5阳性表达组3年及5年存活率高于阴性表达组：结论PDCD5为肾透明细胞癌的负性调节因子，对抑制肾透明细胞癌的恶性转化和进展可能有重要的意义。     

MXD3基因在肾透明细胞癌中的表达及临床意义

目的 研究MXD3基因在肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)中的表达情况,初步评价其与临床病理学参数之间的关系及对患者预后的影响。方法 从癌症基因组图谱数据库(The Cancer Genome Atlas,TCGA)和基因表达汇编数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)下载ccRCC中MXD3表达数据和临床病理参数,分析MXD3表达与肾透明细胞癌临床病理学参数之间的相关性及对预后的影响。结果 在TCGA数据库(P=0.000)与GEO数据库(P=0.000)中,MXD3在ccRCC组织中的表达量较癌旁组织显著增加,其差异表达可以作为ccRCC的潜在诊断标志物。同时,MXD3表达与T分期(P=0.001)、M分期(P=0.001)、TNM分期(P=0.000)以及病理分级(P=0.001)均密切相关。除此之外,MXD3高表达患者总生存率(overall survival,OS)较低表达患者明显缩短(P=0.000)。单因素(HR=2.287,95%CI:1.670~3.132,P=0.000)和多因素(HR=2.249,95%CI:1.387~3.648,P=0.000)COX回归分析表明MXD3表达是ccRCC患者的独立预后指标。结论 在肾透明细胞癌中,MXD3高表达与肿瘤的恶性程度呈正相关,是一个预后不良因素,有望作为判断患者预后的潜在生物学标志物。     

垂体肿瘤转化基因在人肾透明细胞癌中的表达及意义

目的 探讨垂体肿瘤转化基因(PTTG)在人肾透明细胞癌中的表达及其意义.方法 采用免疫组织化学法分别检测正常肾脏组织及肾透明细胞癌组织中PTTG蛋白的表达.结果 在正常肾脏和肾透明细胞癌组织中PTTG蛋白的表达存在显著差异(P<0.001),肾透明细胞癌中PTTG蛋白表达率(74.56%)明显高于正常肾组织(11.11%).在肾透明细胞癌组织中,PTTG蛋白表达阳性率与肾透明细胞癌的肿瘤大小、临床分期和Fuhrman分级呈正相关,差异具有显著性(P=0.009、0.008和0.035).结论 PTTG在肾透明细胞癌组织中高表达,与肾透明细胞癌的发生、发展密切相关.     

miR-21-5p在肾透明细胞癌组织中的表达及临床意义

目的 分析miR-21-5p在肾透明细胞癌组织和癌旁正常肾组织中的表达情况及其临床意义.方法 收集27例肾透明细胞癌患者临床相关资料及其肾透明细胞癌和癌旁正常肾组织27对.采用RT-PCR法检测miR-21-5p在肾透明细胞癌和癌旁正常肾组织中的表达水平,进一步分析其表达水平与临床及病理特征的关系.应用生物信息学分析方...     

SMO在肾透明细胞癌中的表达

目的 观察肾透明细胞癌(Renal clear cell carcinoma,RCCC)及正常肾组织中SMO 的表达,探讨RCCC中SMO 的异常激活与肾癌之间的关系.方法 采用免疫组织化学技术检测 RCCC 及正常肾组织中SMO蛋白的表达.结果 在正常肾组织中SMO 轻微表达,而在RCCC中SMO 高表达,且其表达与患者的年龄、性别及肿瘤大小均无关.结论 Hedgehog信号通路中SMO 表达上调可能参与了RCC的发病,其在肾细胞癌的发生、发展等方面可能具有重要作用.     

肾透明细胞癌组织Osteopontin表达及临床意义分析

目的：探讨骨桥蛋白（Osteopontin,OPN）在肾透明细胞癌（Clear Cell Renal Cell Carcinoma,CRCC）组织中的表达及临床意义.方法：SP免疫组织化学法检测OPN在90例CRCC组织及正常肾组织中的表达,分析其与CRCC临床特征的关系.结果：OPN在CRCC和正常肾组织中的表达率分别为81.1％（73/90）与4.3％（1/23）;OPN的表达与CRCC患者的性别、年龄、肿瘤大小及分化程度无明显关联（P＞0.05）,但与患者TNM分期、有无淋巴结转移及肿瘤包膜显著相关,差异具有统计学意义（P＜0.05）.结论：OPN在CRCC组织中呈高表达,可能参与了CRCC的发生及进展.     

凋亡抑制基因XIAP在肾透明细胞癌中的表达

目的研究凋亡抑制基因XIAP在肾透明细胞癌组织的表达情况,以探讨其与肾癌临床病理特征的关系。方法应用反转录-聚合酶链反应和免疫组织化学法,检测XIAP在70例肾透明细胞癌中的表达情况。结果70例肾癌组织中XIAP基因高表达,XIAP蛋白阳性表达率74.2%,10例非肿瘤肾组织无1例XIAP表达阳性;随着病理分级和临床分期的逐渐升高,XIAP蛋白的表达也愈高,差异有统计学意义(P<0.05);XIAP的表达与肾癌的病理分级、临床分期相关(P<0.05)。结论XIAP的表达与肾癌的病理分级、临床分期密切相关,XIAP可作为反映肾癌生物学行为的指标之一,有可能用于肾癌预后的判断。     

肾透明细胞癌中survivin和PCNA表达及其相关性研究

目的 探讨survivin基因表达与肾遗明细胞癌生物学行为及与PCNA表达的关系。方法 利用免疫组化法检测58例肾透明细胞癌和10例正常肾组织中survivin和PCNA的表达。结果 survivin和PCNA的表达阳性检测率分别为65．5％（38／58）和77．6％（45／58），而在10例正常肾组织阳性表达率分别为0（0／10）和30．0％（3／10）。survivin和PCNA的阳性表达均与肾透明细胞癌病理分级、临床分期、有无淋巴结转移密切相羌。survivin的阳性表达与PCNA的阳性表达呈正相关。结论 survivin和pCNA基因在肾透明细胞癌的发生、发展中起着协同的作用。它们的检测可能对肾透明细胞癌恶性程度的判定、预后和进一步治疗提供有效的依据。     

基于TCGA数据库分析PODNL1基因在肾透明细胞癌中的表达及临床价值

目的 探讨Podocan样1(PODNL1)基因在肾透明细胞癌(KIRC)中的表达和临床价值.方法 从TCGA数据库下载KIRC患者的PODNL1基因转录本测序数据和临床资料;利用WilCox检验分析比较PODNL1基因在KIRC组织和正常组织样本中的表达;Kaplan-Meier方法分析PODNL1的表达与KIRC患...     

抑癌基因Pdcd4在肾透明细胞癌中的表达及生物学意义

目的研究Pdcd4 mRNA及蛋白在肾透明细胞癌中的表达及探讨其与肾肿瘤分期分级的关系。方法采用逆转录-聚合酶链反应（半定量RT-PCR）及免疫组织化学方法同时检测肾脏透明细胞癌及癌旁正常组织Pdcd4 mRNA及蛋白的表达情况。结果 Pdcd4 mRNA在肾癌及癌旁正常组织中均有表达,透明细胞癌中的表达低于癌旁正常组织。肾透明细胞癌Pdcd4蛋白表达阳性率为37.5%（15/40）,显著低于癌旁正常肾脏组织阳性表达率90%（18/20）,G1~G2期Pdcd4蛋白表达阳性率为56.5%（13/23）高于G3~G4期Pdcd4蛋白表达阳性率为11.7%（2/17）,两者差异有显著性（P〈0.05）。结论 Pdcd4基因在肾透明细胞癌中呈低表达,与肾癌的发生及恶性分化程度相关,作为抑癌基因,Pdcd4蛋白表达可作为判定肾透明细胞癌生物学行为的客观指标。     

透明细胞乳头状肾细胞癌的研究进展

2016年WHO正式将透明细胞乳头状肾细胞癌作为一种肾细胞癌新类型。该肿瘤可以为散发性也可以发生于终末期肾病或Von Hippel?Lindau综合征（VHL综合征）,具有相对特征性的病理组织学形态、免疫表型和分子遗传学特点,诊断时应与透明细胞肾细胞癌、乳头状肾细胞癌以及Xp11.2易位/TFE3基因融合相关性肾癌相鉴别。鉴于透明细胞乳头状肾细胞癌生物学行为相对惰性或低度恶性,因此准确诊断对指导临床治疗和判断预后具有十分重要的意义。     

基于生物信息学分析筛选肾上腺皮质癌核心基因

目的 通过生物信息学方法研究肾上腺皮质癌发生、恶化的核心基因,探索可能的预后评估、筛选诊断的分子生物学标志物,为肾上腺皮质癌潜在治疗靶点提供了生物信息学证据支持。方法 从GEO数据库下载GSE14922、GSE19750和GSE90713芯片数据,利用一系列生物信息学方法对GSE14922芯片进行处理、分析并筛选差异基因。再通过CytoHuhha插件筛选出核心基因,最后分别利用在线分析工具GEPIA和GSE19750、GSE90713芯片数据对核心基因进行生存分析与诊断试验分析。结果 从GSE14922芯片获得90个差异基因。通过CytoHuhha插件获得了6个核心基因分别为BUB1、CDK1、CENPF、NDC80、ASPM和DLGAP5。Kaplan-Meier生存曲线分析的结果表明上述核心基因对肾上腺皮质癌患者的诊断及生存预后具有显著影响。ROC分析的结果表明上述核心基因对肾上腺皮质癌患者具有较好的诊断意义。结论 通过生物信息学分析获得6个核心基因在肾上腺皮质癌的发生、进展中发挥重要作用,并为揭示肾上腺皮质癌潜在的诊断、预后标志物和治疗靶点提供了新的理论依据。     

肾透明细胞癌相关特异miRNAs的筛选及分子网络调控机制分析

目的 miRNAs(microRNAs)是肿瘤重要的调节因子,对细胞增殖、细胞周期的控制、逃避细胞凋亡、组织侵袭及转移、血管形成、无限复制潜力均起到重要的调节作用。文中对肾透明细胞癌(clear cell renal cell carcinoma,ccRCC)与癌旁正常肾组织的差异miRNAs表达谱进行分子网络调控机制分析,找到关键miRNA并验证其靶基因。方法通过TargetScan预测得到差异miRNA调控的所有靶基因,并在筛选后利用GO显著性功能分析和KEGG Pathway显著性分析,构建差异miRNA与靶基因的调控网络。筛选关键miRNA及其靶基因,对miR-199a-5p调控的靶基因进行验证。结果 miR-22、miR-199a-5p、miR-429是调控网络的关键miRNA。转化生长因子β受体1(transforming growth factor-βreceptor 1,TGFBR1)、jun B原癌基因(jun B proto-cologene,JunB)是miR-199a-5p的靶基因。结论 miR-199a-5p通过抑制TGFBR1、JunB的表达在ccRCC进展过程中起到重要的调控作用。