鼻咽癌变过程基因组稳定与修复基因表达

[目的]研究鼻咽癌变过程中基因组稳定与修复基因的表达情况。[方法]在鼻咽癌高发区，选择鼻咽炎、鼻咽癌前病变及鼻咽癌患者的鼻咽组织作为研究对象，TRIZOL试剂抽提RNA．cRNA标记与合成、基因组稳定和DNA修复基因芯片（Oligo Genome Stability ＆ DNA Repair Microarray．美国SuperArray公司，CatalogNo．OHS-042）杂交，化学发光检查及l羽像采集和数据分析。[结果]在基因组稳定和DNA修复基因芯片128个基因中，对比于鼻咽炎患者．上调3倍以上的基因鼻咽癌前病变者有14个基因，鼻咽癌有8个基因，无下调1倍以上的基因：对比于鼻咽癌前病变者，上调3倍以上的基因鼻咽癌有14个，无下调1倍以上的基因。乳腺癌易感基因2、Ku70结合蛋白3基因在鼻咽癌变过程中呈现高表达。[结论]在鼻咽癌变过程中，基因组稳定与修复基因多表现为上调表达，下调表达很少。     

不同增殖状态下CNE-2细胞株DNA损伤修复相关基因表达差异的观察

目的:了解不同增殖状态鼻咽癌细胞(CNE-2)基因表达差异,探讨鼻咽癌放射治疗中加速再增殖的机制.方法:对不同增殖状态的CNE-2细胞,采用基因芯片技术、实时荧光定量PCR检测其DNA损伤修复相关基因的表达差异.结果:CNE-2细胞增殖活性最高时相(2 Gy连续照射第3天)与最低时相(2 Gy连续照射第5天)表达有差异的DNA损伤修复相关基因6条,占检测基因总数的5.9%(6/102),其中细胞增殖活性增高时上调基因为CDC25A,下调基因为DDIT3、GADD45、CDKN1A、BNIP3和FOXO3A.应用相对定量荧光实时PCR技术,对部分差异表达>2倍的基因(CCNE1、CDC25A、CDKN1A、DDIT3、GADD45和BNIP3)进行了mRNA水平的验证,结果显示实时PCR实验结果与芯片结果具有良好的一致性.结论:DNA损伤修复的某些基因如CDC25A、CDKN1A、DDIT3、GADD45、BNIP3和FOXO3A等可能参与了CNE-2细胞放射治疗过程中发生的加速再增殖过程,加速再增殖可能是一个复杂的、多基因协同作用的结果.     

人鼻咽与鼻咽癌cDNA阵谱中DNA修复相关基因表达差异的初步研究

目的 用cDNA阵卤咽癌组织及正常组织的基因表达谱,研究鼻咽癌组织内修复相关基因的表达差异。方法 Atlas human cancer cDNA expression array 7742-1杂交后,用Atlas Image 1.01a分析滤膜杂交结果,RT－PCR反应验证滤膜杂交结果。结果 在588个肿瘤相关基因中,共有134个基因表达上调,88个基因表达下调。在有DNA损伤应答、修复、重组相关基因的C区中,表达上调的基因有21个,与修复相关的有6个;表达下调的有44个,与修复相关的则有12个。结论 DNA修复相关基因的改变可能在鼻咽癌病理生理过程中起一定作用。     

基因表达谱芯片筛选宫颈癌放疗抵抗差异表达基因

目的 探讨基因表达谱芯片筛选宫颈癌放疗残留癌组织与放疗前宫颈癌组织的差异表达基因。方法 收集接受根治性放疗的宫颈癌患者3例,分别获取放疗至50 Gy残留癌组织和放疗前癌组织,通过基因表达谱芯片筛选出放疗前后的差异表达基因,应用荧光定量PCR对部分基因进行验证。结果 基因表达谱芯片检测显示,放疗后残留癌组织表达上调3倍以上的基因有111个,表达下调3倍以上基因有127个。这些基因主要涉及DNA损伤修复、细胞周期调控、细胞粘附、细胞凋亡及自噬、细胞能量代谢、血管生成以及细胞信号转导等功能。荧光定量PCR证实CXCL12、CD74、FGF7、COL14A1、ATM和CD44基因在放疗后表达明显上调（P＜0.05）,而PRC1、RAD54L基因在放疗后表达明显下调（P＜0.05）。结论 基因表达谱芯片能筛选出宫颈癌放疗抵抗差异表达基因,为放疗敏感性的研究提供参考。     

喹烯酮诱导HepG2细胞DNA复制相关基因表达水平的变化

目的：喹烯酮能诱导HepG2细胞S期阻滞,引起DNA和染色体损伤。本研究旨在对喹烯酮致HepG2细胞S期阻滞机制进行筛选和分析。方法：本研究对喹烯酮染毒后HepG2细胞和未染毒HepG2细胞进行了Agilent全基因组的表达谱芯片检测,应用Genespring软件对差异表达的基因进行相关通路分析,并使用荧光定量PCR技术对部分DNA复制相关表达差异基因进行验证。结果：在芯片点样的41000个寡聚核苷酸片段中,喹烯酮染毒HepG2后,差异表达基因共1750个,其中表达上调的基因共446个,表达下调的基因共1304个。差异表达基因通路分析结果表明,与细胞周期、MAPK通路、DNA复制及DNA修复等通路相关的基因表达差异显著。经荧光定量PCR验证,DNA复制相关基因表达变化趋势与芯片检测结果相一致。结论：DNA复制相关基因的下降导致S期DNA复制的不完全性以及DNA损伤后引起的DNA修复,使得HepG2细胞在喹烯酮染毒后引起S期阻滞。基因表达谱芯片检测分析的结果为喹烯酮致HepG2细胞S期阻滞机制的深入研究奠定了基础。     

AIF与Calpain-Ⅰ在胃癌组织中的表达及其临床意义

目的:检测胃癌组织中抑癌基因AIF与Calpain-Ⅰ mRNA水平的表达情况,探讨其在胃癌发生发展中的作用及其临床意义.方法:实时荧光定量PCR法检测64例胃癌组织及其对应的癌旁组织中AIF与Calpain-Ⅰ mRNA表达情况.结果:胃癌组织中AIF与Calpain-Ⅰ mRNA表达水平较癌旁组织上调,其阳性率分别为84％和75％,差异具有统计学意义(P＜0.05).早期胃癌中AIF与Calpain-Ⅰ mRNA表达水平增高,随着肿瘤恶性程度的增高、临床分期的变晚,逐渐表现出下调趋势.结论:在胃癌组织中,AIF与Calpain-Ⅰ mR-NA表达水平较癌旁正常组织上调,且与胃癌的临床分期显著相关.     

分化相关基因MIBP1的表达与人脑胶质瘤恶性程度的关系

目的:应用荧光定量实时PCR技术检测与肿瘤分化相关的基因MIBP1(c-myc内含子结合蛋白1)在不同恶性程度的人脑胶质瘤中的表达。方法:收集病理确诊的30例不同恶性程度胶质瘤以及5例正常脑组织手术标本,抽提RNA,应用荧光定量PCR技术检测MIBP1基因在人脑胶质瘤中的表达,并分析该基因在不同级别胶质瘤中的表达情况。结果:荧光定量PCR系统稳定,WHOⅣ级胶质瘤与正常对照及Ⅱ级胶质瘤比较有显著性差异,多形性胶质母细胞瘤MIBP1基因表达明显降低。2例自身对照标本分析,Ⅳ级肿瘤中表达亦降低。结论:c-myc调控基因MIBP1在高度恶性胶质瘤中表达受抑制,提示该基因的下调可能为癌变的晚期事件。MIBP1基因可能有抑癌作用。     

细胞周期基因芯片筛选不同增殖状态下CNE-2细胞的差异表达基因

目的:了解不同增殖状态鼻咽癌细胞(CNE-2)细胞周期基因表达差异,探讨鼻咽癌放射治疗中加速再增殖的机理.方法:对不同增殖状态的CNE-2细胞,采用基因芯片技术、实时荧光定量PCR检测其细胞周期相关基因表达差异.结果:细胞增殖活性最高时相(2Gy连续照射第3天)与最低时相(2Gy连续照射第5天)表达有差异的基因有3条,为检测基因总数的3%(3/100),其中细胞增殖活性增高时上调基因为CCNE1、CUL-5,下调基因为CDKNlA.应用相对定量荧光实时PCR技术对部分差异表达在2倍以上的基因(CCNE1、CDKNIA))进行了mRNA水平的验证,结果显示实时PCR实验结果与芯片结果具有良好的一致性.结论:某些细胞周期基因如CCNE1、CUL-5、CDKN1A等可能参与了鼻咽癌放射治疗过程中发生的加速再增殖过程,有必要对这些基因功能作进一步研究,以探明照射过程中肿瘤细胞加速再增殖发生的分子机制.     

用高密度cDNA微阵列技术检测鼻咽癌差异表达基因

背景与目的：鼻咽癌的发生与发展涉及多个步骤,多个因素的参与,对此目前尚缺乏了解,本研究试图通过大规模检测鼻咽癌的基因差异表达来揭示鼻咽癌的差异表达基因谱,以发现与鼻咽癌发生,发展相关的新的候选基因。方法：用由18000个基因构建的高密度cDNA微阵列对21例鼻咽癌分3个样本池分别检测并与鼻咽非癌组织作对比分析。随机选2个基因用半定量RT－PCR验证检测结果。结果：3个样本池鼻咽癌差异表达基因分别为186个,95个和36个,总数达317个,表达上调的277个,表达下调的40个,差异表达基因中2个样本池以上有共同差异表达的基因有23个,表达上调的16个,表达下调的7个,其中3个样本池表达均有差异者6个,5个上调,1个下调,5个上调的基因中2个是已知基因,3个是未知基因,1个下调的是未知基因。结论：本研究揭示了鼻咽癌的基因表达谱,为了解鼻咽癌发生,发展的分子机理提供了大量信息,为寻找鼻咽癌相关基因提供了重要线索。     

鼻咽癌易感基因定位的初步研究

目的 对鼻咽癌高癌家系进行基因扫描，从而找出鼻咽癌易感基因的位点。方法 收集了9个鼻咽癌高癌家系47例外周静脉血标本，其中鼻咽癌23例，健康者24例，以80个位于第5号和第6号染色体上荧光标记的微卫星DNA序列为引物，进行基因扫描和基因定型，并将其结果进行连锁分析。结果 在9个鼻咽癌家癌家系中，6个家系在第5号染色体的D5S2021位点存在连锁关系，3个家系拒绝连锁关系，其总的Lods值为2．1，而第6号染色体上未发现有价值的Lods值。结论 9个鼻咽癌高癌家系的连锁分析结果，支持D5S2021位点存在连锁分析，提示D5S2021位点可能隐藏着鼻咽癌易感基因。     

鼻咽癌高癌家系成员基因组稳定与修复基因表达的研究

Objective  

The aim of the study was to observe the expressions of genes related to genome stability and DNA repair in the members of nasopharyngeal carcinoma (NPC) clustering families.     

鼻咽癌高癌家系成员EB病毒VCA—IgA抗体水平分析

目的：探讨鼻咽癌高癌家系成员的ＥＢ病毒ＶＣＡ－ＩｇＡ抗体水平。方法：用免疫酶法分别检测高癌家系成员共４１６人和自然人群８７４人的ＶＣＡ－ＩｇＡ抗体。结果：高癌家系成员的ＶＣＡ－ＩｇＡ阳性率为２６．４４％（１１０／４１６）,明显高于自然人群的４．２３％（３７／８７４）。结论：鼻咽癌高癌家系成员中的高ＥＢ病毒感染率与鼻咽癌的高发病率相关。     

鼻咽癌组织差异表达cDNA序列的克隆与鉴定

目的：分析鼻咽癌组织中的差异基因,寻找与鼻咽癌病理过程相关的新的癌基因的抑癌基因。方法：应用抑制性消减杂交法,构建了鼻咽组织与正常鼻咽组织的消减库;用差异筛选技术筛选出阳性克隆;用Southern blot和Northern blot杂交证实了阳性克隆的可靠性,用序列分析确定了阳性克隆的性质。结果：从消减库中获得了12个阳性克隆;序列分析表明,8个克隆与已知基因高度同源,2个为新的候选基因,2个新的候选基因在两个不同的消减库中确实存在差异,而其中的一个新基因在鼻咽癌组织和细胞系中下调表达。结论：抑制性消减杂交是分析相关基因的较好的方法,发现了两个与鼻咽癌病理过程有关的新的cDNA。     

碱基切除修复基因在人鼻咽癌组织和鼻咽非癌组织中的表达及其意义

背景与目的:碱基切除修复基因对于维护基因组稳定性具有重要的作用,其表达异常与多种肿瘤相关。本实验研究7个重要的碱基切除修复基因(hOGG1,ADPRT,APE1,MBD4,POLB,XRCC1和LIG3)在鼻咽癌及鼻咽非癌组织中的表达及其意义。方法:用RT-PCR方法分析24例鼻咽癌组织和24例鼻咽非癌组织中hOGG1,ADPRT,APE1,MBD4,POLB,XRCC1和LIG3基因的表达。对有表达差异的基因hOGG1和ADPRT进一步用免疫组化的方法在99例鼻咽癌组织和28例鼻咽非癌组织中进行验证。结果:RT-PCR结果表明hOGG1,ADPRT,APE1,MBD4,POLB,XRCC1和LIG3基因在鼻咽癌和鼻咽非癌组织中均表达。其中,hOGG1和ADPRT在鼻咽癌组织中的mRNA水平显著低于鼻咽非癌组织(P<0.001)。免疫组化验证了两基因的蛋白水平在鼻咽癌组织中降低。在鼻咽癌组织和鼻咽非癌组织中,hOGG1基因高表达率分别50.5%和92.8%(P<0.001),而ADPRT基因分别是53.5%和96.4%(P<0.001)。但两基因的表达水平与鼻咽癌的临床分期和预后无关。结论:hOGG1和ADPRT基因的表达降低,可能与鼻咽癌的发生发展密切相关。     

Association of DNA Base-excision Repair XRCC1, OGG1 and APE1 Gene Polymorphisms with Nasopharyngeal Carcinoma Susceptibility in a Chinese Population

Background: Numerous carcinogens and reactive oxygen species (ROS) may cause DNA damage includingoxidative base lesions that lead to risk of nasopharyngeal carcinoma. Genetic susceptibility has been reported toplay a key role in the development of this disease. The base excision repair (BER) pathway can effectively removeoxidative lesions, maintaining genomic stability and normal expression, with X-ray repair crosscomplementing1(XRCC1), 8-oxoguanine glycosylase-1 (OGG1) and apurinic/apyimidinic endonuclease 1 (APE1) playingimportant roles. Aims: To analyze polymorphisms of DNA BER genes (OOG1, XRCC1 and APE1) and exploretheir associations, and the combined effects of these variants, with risk of nasopharyngeal carcinoma. Materialsand Methods: We detected SNPs of XRCC1 (Arg399Gln), OGG1 (Ser326Cys), APE1 (Asp148Glu and -141T/G)using the polymerase chain reaction (PCR) with peripheral blood samples from 231 patients with NPC and 300healthy people, furtherly analyzing their relations with the risk of NPC in multivariate logistic regression models.Results: After adjustment for sex and age, individuals with the XRCC1 399Gln/Gln (OR=1.96; 95%CI:1.02-3.78; p=0.04) and Arg/Gln (OR=1.87; 95%CI:1.29-2.71; p=0.001) genotype variants demonstrated a significantlyincreased risk of nasopharyngeal carcinoma compared with those having the wild-type Arg/Arg genotype. APE1-141G/G was associated with a significantly reduced risk of NPC (OR=0.40;95%CI:0.18–0.89) in the smokinggroup. The OR calculated for the combination of XRCC1 399Gln and APE1 148Gln, two homozygous variants,was significantly additive for all cases (OR=2.09; 95% CI: 1.27-3.47; p=0.004). Conclusion: This is the first studyto focus on the association between DNA base-excision repair genes (XRCC1, OGG1 and APE1) polymorphismand NPC risk. The XRCC1 Arg399Gln variant genotype is associated with an increased risk of NPC. APE1-141G/G may decrease risk of NPC in current smokers. The combined effects of polymorphisms within BERgenes of XRCC1 399Gln and APE1 148Gln may contribute to a high risk of nasopharyngeal carcinoma.     

THE INTRACELLULAR FORM OF EPSTEIN-BARR VIRUS GENOME IN NASOPHARYNGEAL CARCINOMA

ＴＨＥＩＮＴＲＡＣＥＬＬＵＬＡＲＦＯＲＭＯＦＥＰＳＴＥＩＮＢＡＲＲＶＩＲＵＳＧＥＮＯＭＥＩＮＮＡＳＯＰＨＡＲＹＮＧＥＡＬＣＡＲＣＩＮＯＭＡＷａｎｇＨｕｉｍｉｎ１汪慧民ＣｈｅｎＪｕｎ１陈军ＺｅｎｇＭｕｓｈｅｎｇ１曾木圣ＬｉＭａｎｚｈｉ１李满枝Ｊｉａ...     

Distribution and Haplotype Associations of XPD Lys751Gln,XRCC1 Arg280His and XRCC1 Arg399Gln Polymorphisms with Nasopharyngeal Carcinoma in the Malaysian Population

Background: DNA repair pathways play a crucial role in maintaining the human genome. Previous studiesassociated DNA repair gene polymorphisms (XPD Lys751Gln, XRCC1 Arg280His and XRCC1 Arg399Gln)with nasopharyngeal carcinoma. These non-synonymous polymorphisms may alter DNA repair capacity andthus increase or decrease susceptibility. The present study aimed to determine the genotype distribution of XPDcodon 751, XRCC1 codon 280 and codon 399 polymorphisms and haplotype associations among NPC cases andcontrols in the Malaysian population. Materials and Methods: We selected 157 NPC cases and 136 controls fromtwo hospitals in Kuala Lumpur, Malaysia for this study. The polymorphisms studied were genotyped by PCRRFLPassay and allele and genotype frequencies, haplotype and linkage disequilibrium were determined usingSNPstat software. Results: For the XPD Lys751Gln polymorphism, the frequency of the Lys allele was higher incases than in controls (94.5% versus 85.0%). For the XRCC1 Arg280His polymorphism, the frequency of Argallele was 90.0% and 89.0% in cases and controls, respectively and for XRCC1 Arg399Gln the frequency of theArg allele was 72.0% and 72.8% in cases and controls respectively. All three polymorphisms were in linkagedisequilibrium. The odds ratio from haplotype analysis for these three polymorphisms and their associationwith NPC was 1.93 (95%CI: 0.90-4.16) for haplotype CGC vs AGC allele combinations. The global haplotypteassociation with NPC gave a p-value of 0.054. Conclusions: Our study provides an estimate of allele and genotypefrequencies of XRCC1Arg280His, XRCC1 Arg399Gln and XPD Lys751Gln polymorphisms in the Malaysianpopulation and showed no association with nasopharyngeal cancer.     

甲基丙烯酸环氧丙酯致人支气管上皮细胞恶性转化相关DNA修复基因表达改变的研究

目的：检测甲基丙烯酸环氧丙酯（glycidyl methacrylate,GMA）致人支气管上皮细胞（16HBE）恶性转化相关DNA修复基因表达改变的情况,以探讨GMA致细胞癌变的机制。方法：采用＂基因组稳定和DNA修复基因芯片＂分析检测GMA诱导16HBE细胞恶性转化过程中,经鉴定具备恶性细胞表型特征的第30代转化细胞DNA修复基因表达的改变。结果：GMA转化第30代细胞与同代龄对照细胞比较,在113个基因中有8个基因的表达有显著差异,其中7个基因表达上调（ratio〉2）,分别是NBN、RAD50、RAD51、OGG1、XAB2、TOP3A、TNKS;NEIL2基因表达下调（0〈ratio〈0.5）。结论：GMA致16HBE细胞恶性转化是一个多基因参与涉及多通路的复杂过程,DNA修复基因表达的改变可能是该过程中重要的分子事件。     

人类错配修复基因在HNPCC家系中的突变研究

目的 了解２９个遗传性非息肉病性结直肠癌（ＨＮＰＣＣ０这 中ｈＭＬＨＩ和ｈＭＳＨ２基因的种系突变状况。方法 ＨＰＣＲ－ＳＳＣＰ和ＤＮＡ测序的方法进行突变筛选。结果 （１）在２９个家系中,ｈＭＬＨ１和ｈＭＳＨ２两个基因的总突变率为３１．０％,与对照组（２％）相比差异有极显著性,其中ＨＭＬＨ１基因是主要的相关基因。（２）１０名患大肠癌的家系成员均含有与先证者相同的突变,反映了突变与在肠癌的主要的相关基