鼻咽癌核酸适配子的筛选及鉴定

目的利用指数富集的配套系统进化技术(SELEX)筛选人类疱疹病毒(EB病毒)阳性鼻咽癌细胞核酸适配子。方法体外合成长度为78个核苷酸的随机DNA文库,通过SELEX技术,以正常鼻咽上皮细胞为靶标进行消减筛选,以EB病毒阳性低分化鼻咽癌细胞为靶标进行10轮的筛选,克隆、测序,并对适配子进行鉴定。结果流式细胞仪检测亚文库与靶细胞的结合能力随着筛选轮数的增加荧光强度增强。聚类分析显示,适配子可以分为3个家族,1、2家族具有保守序列。结论初步建立EB病毒阳性鼻咽癌细胞适配子库,筛选到具有亲和力和特异性的核酸适配子。     

核酸适配子及其筛选进展

随着对单链DNA/RNA的不断研究,人们发现这些单链的寡核苷酸序列具有特殊的三维结构,能高亲和力和高特异性地结合各类靶标.根据单链DNA/RNA的这一性质.人们应用指数富集配体的系统进化技术在体外进行数轮筛选和扩增到特异性高、亲和性强的寡核苷酸序列,即核酸适配子,也称为适配子.基于适配子的化学结构和特点.稳定性的不断提高和筛选的方法不断改进,适配子被广泛运用于早期临床诊断和治疗等生物医学研究领域,并不断取得进展.本文就适配子技术及其筛选进展作一综述.     

SELEX技术及寡核苷酸适配体的近期研究进展

指数富集的配体系统进化（SELEX）技术是一类具备蓬勃发展前景的体外筛选技术,在生物学、药学及化学领域已引起广泛关注。本文即针对2004年以来SELEX技术的发展特点,主要介绍两类新型SELEX策略,即毛细管电泳-SELEX和针对复杂靶标的SELEX方法,并简要总结了寡核苷酸适配体在生物医学和药学相关方面的最新应用进展。     

SELEX技术筛选HCV非结构蛋白NS3的DNA适配子

目的 用配基指数富集的系统进化技术(SELEX)技术筛选丙型肝炎病毒(HCV)非结构蛋白NS3的DNA适配子.方法 构建随机ssDNA文库,两端为固定序列,中间为39 nt的随机序列,总长度为85 nt,将NS3蛋白包被在96孔板上,ssDNA与NS3蛋白进行亲和反应,洗去未结合的ssDNA,洗脱回收与NS3蛋白结合的DNA,PCR扩增后,磁珠法分离成单链.重复以上筛选步骤,直至筛选出高特异性和亲和力的核酸适配子.将核酸适配子连接质粒载体克隆转人大肠杆菌,挑选阳性克隆提取质粒外送到公司进行测序.结果 通过8轮筛选,成功筛选出DNA适配子,并获得其中6条克隆的DNA一级序列.6条适配子序列长度相同,均为85 nt,两端固定序列与设计相符,中间为随机序列,随机序列无共同保守系列.所有寡核苷酸适配子的二级结构以茎环和凸环为主.结论 以NS3蛋白作为药物研究的靶点,结合SELEX筛选技术研究其核酸适配子,具有巨大的潜力和研究价值.     

核酸适配子在疾病诊断研究中的应用

核酸适配子是通过指数富集的配体系统进化(systematic evolution of ligands by exponential enrichment,SELEX)
技术从单链随机寡核苷酸文库中筛选得到的单链寡核苷酸配体,其与靶标的结合具有高特异性及高亲和力等优点,
使其能广泛地应用于疾病诊断研究。适配子在生化检测、新肿瘤标志物发现、分子成像、病原微生物检测等领域的
研究应用中均有报道,并显示出良好的应用前景。     

利用细胞-指数式富集的配体系统进化技术筛选肿瘤细胞DNA适配子

目的建立一种通用的细胞-指数式富集的配体系统进化（Cell—SELEX）技术平台,用于筛选特异性结合于肿瘤细胞的DNA适配子。方法采用PCR法建立随机双链DNA（dsDNA）寡核苷酸文库,用卵白素包被的琼脂糖珠从dsDNA库分离单链DNA（ssDNA）文库;以体外培养的肿瘤细胞作为正筛选的靶标,以相同组织来源的正常对照细胞作为负筛选的靶标,消减法进行Cell—SELEX筛选和PCR扩增以获取DNA适配子;流式细胞仪监测适配子的富集效率（亲和力）;采用常规分子生物学技术进行适西亡子的克隆、测序和序列分析。结果成功建立了ssDNA库,经过12轮Cell—SELEX筛选,获得了特异性结合于肿熘细胞的DNA适配子;挑选120个阳性克隆送测序,鉴定出21个适配子,采用NCBI网站提供的B]astn程序进行精确比对末发脱相似序列。结论本实验建立的技术平台可在较短时间内获取特异性结合于特定肿瘤细胞的DNA适配子。     

癌胚抗原特异性寡核苷酸适配子的体外筛选及其意义

目的:通过体外筛选获得癌胚抗原(CEA)特异性适配子,为高表达CEA肿瘤的靶向奠定基础。方法:构建长度为81 bp的随机ssDNA文库,体外筛选、富集CEA特异性适配子,通过配体介导的靶蛋白纯化实验检测经筛选的适配子与纯化蛋白结合;提取LS174T细胞总蛋白,免疫共沉淀检测经筛选的适配子与细胞总蛋白的结合。结果:经体外7轮筛选富集及筛选条件的优化,配体介导的靶标分离实验证实了筛选出的适配子与纯化CEA蛋白的结合;免疫沉淀及Westem blot证实了其识别并特异性结合天然状态的CEA。结论:经过体外7轮筛选,证实了所获得的CEA适配子可特异性地与纯化CEA和天然状态的CEA蛋白结合,为后续高表达的CEA肿瘤的靶向诊断和治疗奠定了初步的实验基础。     

核酸适配体筛选方法研究进展

指数富集的配基数系统进化(SELEX)技术的基本过程是用化学方法合成一个单链寡核苷酸库,将之于与靶标物质混合,寡核苷酸链与靶标物质结合形成复合物,去除未结合的核酸链后,再将结合的核酸分子与靶标物质分离,以此寡核苷酸分子为模板进行PCR扩增,用其产物进行下一个循环的筛选。经过数次循环,即可得到能与靶标物质高亲和力高特异性结合的核酸适配体分子。本文综述了SELEX技术筛选核酸适配体技术的一些研究进展。     

大鼠骨髓间充质干细胞特异性核酸适配子的筛选和鉴定

目的 利用指数富集的配体系统进化技术(SELEX)筛选与大鼠骨髓间充质干细胞(BMSCs)特异性结合的核酸适配子,并对核酸适配子与大鼠BMSCs的结合方式及能力进行鉴定.方法 利用SELEX技术,以分离获取的大鼠BMSCs为靶点,从构建的核酸文库中最大程度富集与BMSCs特异性结合的核酸序列,流式细胞术检测文库富集的特...     

SELEX技术筛选特异性结合高转移性肺癌细胞Anip973的单链DNA适配子

目的:筛选获得一种高亲和力的能特异性结合高转移性肺癌细胞Anip973的单链DNA适配子.方法:体外合成全长88 nt的单链DNA文库,通过反复的SELEX筛选获得特异性结合Anip973细胞的单链DNA适配子,并通过生物素-辣根过氧化物酶-链霉亲和素系统初步测定筛选的适配子与细胞的亲和力,将结合力最高的适配子库进一步...     

琼脂磁珠消减SELEX技术筛选HIV gp41抗原适配体

目的 通过消减SELEX技术筛选得到高特异性、强亲和力的HIV gp41抗原适配体,为HIV的早期诊断提供了新的检测技术.方法 以琼脂磁珠为载体,HIV gp41抗原为靶标分子,利用消减SELEX技术和实时定量-PCR技术,筛选得到HIV gp41抗原适配体.结果 通过6轮筛选,筛选得到的次级ssDNA库通过PCR扩增得到dsDNA,dsDNA与pMDTM 18载体链接,进行克隆、测序,获得4条HIV gp41抗原适配体.获得的4条适配体亲和力(Kd)均在纳摩尔水平,其中15号适配体的亲和力最强,特异性检测表明筛选得到的适配体几乎只与HIV gp41抗原结合,不与其他非特异性蛋白结合.结论 利用随机单链寡核苷酸文库成功获得与HIV gp41抗原特异性结合的适配体,所获得的适配体具有拮抗HIV gp41抗原的能力.     

运用噬菌体展示随机肽库筛选与内毒素结合的高亲和性多肽

目的 从噬菌体展示随机肽库中筛选与内毒素结合的多肽序列,并进行鉴定.方法 以内毒素脂多糖(lipopolysaccharide,LPS)为靶分子对噬菌体展示随机十二肽库进行4轮亲和筛选,获得与LPS结合的噬菌体克隆,应用结合实验和克隆斑抑制实验进一步确证.挑选结合力强的克隆进行DNA测序,推导出呈现的多肽序列,应用生物信息学软件进行多肽序列分析和同源性分析.结果 经4轮亲和筛选从噬菌体展示随机十二肽库中筛选获得了86个克隆,挑选12个结合力强的克隆进行DNA序列测序及生物信息学分析,结合本项目组的噬菌体展示随机七肽库筛选结果推导出呈现的多肽序列为HWQWPHWSPPP(命名为P11肽).检索相关数据库发现此肽序列未被申请专利,体内约908种蛋白与其结构相匹配,其中包含有与LPS相互作用的位点.结论 通过对噬菌体展示随机肽库的淘选,获得与LPS结合的高亲和性多肽,为进一步以这些多肽为先导物进行定向进化研究提供了实验依据和结构基础.     

Screening and identification of mimotopes of LPS conservative epitope from random phage display peptide library

liPOpolysacchedde(ffe), or endototin, is a common component of the cell wall Of Grin negative bacterias, and is considered the initiative factor inducing endototic shock. The s~ture of LPS is so complicated thatthere is no ideal antagonist, anhbody or vaccine for thePunention and therapy of itS toxicity. Since LPS serotypesare abundant, the 'conservative anhgen epitopes includinglipid A and the inner core Oligosacchallde become the besttarget that may win a break~gh for developingnovel cr…     

LPS诱导RAW264.7细胞内HMGB1转位及释放实验研究

目的:观察LPS诱导RAW264.7细胞内HMGBl转位及其释放.方法:用不同浓度的LPS处理小鼠RAW264.7细胞20 h,用荧光显微镜观察LPS诱导RAW264.7细胞HMGB1的分布情况.用West-ern blot方法检测HMGB1在胞核及培养上清中的水平.结果:LPS处理小鼠RAW264.7细胞20 h后,培养上清中的HMGB1水平明显增加,胞核HMGBl含量减少,并存在剂量依赖关系.结论:LPS能诱导RAW264.7细胞释放HMGB1,存在剂量依赖关系.     

LPS等丝裂原所致THP-1细胞活化增殖的优化因素

目的 探讨LPS等丝裂原所致THP-1细胞增殖分化的优化因素.方法 利用MTT法及改良WST-8法测定,THP-1细胞的增殖情况,并对THP-1细胞生长特性及其曲线进行测定,同时测定成熟THP-1细胞的吞噬功能.由此探讨LPS、PHA、ConA对PMA诱导成熟的THP-1细胞活化增殖的最佳浓度及作用时间曲线.结果 WST-8法测定THP-1细胞增殖活性优于MTT法,比较敏感;THP-1细胞增殖测定表明LPS比PHA、ConA效果好;LPS浓度在1μg/ml、作用24 h可充分诱导活化巨噬细胞,同时巨噬细胞具有吞噬鸡红细胞的能力.结论 LPS可使巨噬细胞活化增殖,并且吞噬功能明显增强.     

广谱抗LPS mAb的生物学活性

目的 鉴定抗LPS mAb对不同种属细菌及共LPS的交叉反应性和保护性。方法 以间接ELISA,Western印迹试验鉴定mAb对不同种属细菌及其LPS的交叉反应性;检测不同浓度mAb对LPS诱导的淋巴细胞分泌TNF-a和IL-6的抑制作用;以大肠埃希菌、铜绿色假单胞菌、鼠伤寒沙门菌建立小鼠菌自症模型,鉴定mAb的保护作用,结果 在ELISA试验中,抗LPS mAb C3A2和H3D3可与鉴定所用的18株革兰阴性菌产生交叉反应;在Westen印迹试验中可与鉴定所用的全部7个种属的LPS产生交叉反应;随mAb浓度的提高,LPS诱导淋巴细胞分泌TNF-a和IL-6的作用受到抑制;在动物保护试验中,相对于生理盐水对照组,存活率提高30%～60%。结论 抗PLS mAb C3A2和H3D3不仅对众多革兰阴性菌LPS具有广泛交叉反应性,而且具有高保护活性。     

纳洛酮对少突胶质细胞的保护作用

目的 研究纳洛酮(naloxone)对脂多糖(lipopolysacchar,LPS)激活的小胶质细胞诱导少突胶质细胞损伤的影响.方法 共培养大鼠小胶质细胞和少突胶质细胞,用LPS(1μg·mL-1)刺激小胶质细胞,随后用0.1μM纳洛酮进行干预,应用免疫组化方法观察计数少突胶质细胞.结果 仅用0.1μM纳洛酮处理细胞,细胞活性基本保持不变,而当小胶质细胞被LPS激活后,与之共培养的大量的少突胶质细胞死亡(P<0.01);小胶质细胞被LPS激活,给予0.1μM纳洛酮处理后,少突胶质细胞的活细胞数显著升高(P<0.05).结论 纳洛酮能够抑制LPS激活的小胶质细胞引起的少突胶质细胞的损伤.     

用于筛选顺式反应元件的慢病毒启动子报告载体随机文库的构建

【摘要】 目的 建立含有随机序列与miniCMV融合的启动子,驱动抗生素耐药基因的表达;用于筛选和寻找不同处理条件下的反应性元件。方法 设计针对Puromycin抗性基因,即嘌呤霉素N 乙酰转移酶基因（puromycin N acetyl transferase gene, PAC）的引物,扩增目的条带并通过PacI+Pme1限制性内切酶克隆至目的载体pWPI;然后,设计并合成接头序列+20N随机序列+ miniCMV的融合片段,通过PCR的方法得到双链序列,并进行酶切,通过Cla1+PacI克隆入前述pWPI PAC载体。克隆得到的载体组合即为慢病毒反应元件筛选报告载体文库。在此基础上,我们将报告载体文库转染细胞,并进行超声照射。超声照射剂量为10min,100mW/cm2。每天一次,一共照射3天。每次超声照射后,对细胞进行puromycin处理。4天后,收集超声照射存活细胞,提取DNA,PCR扩增含有20N的序列并进行测序鉴定。结果 我们成功设计了一套文库构建方案,初步构建了20N随机序列+ miniCMV +Puromycin抗性基因的文库。将该文库转染细胞,超声照射后可以增加转染有对超声反应克隆细胞中抗性基因表达;我们通过获取Puromycin处理后的存活细胞,发现了潜在的对超声反应的调控元件。结论 我们构建的20N随机序列+ miniCMV +Puromycin抗性基因文库,可以用于筛选对超声等特定条件有表达调控反应的顺式反应元件;进而为该元件控制基因表达提供依据。