基于网络药理学和分子对接探究甘草附子汤治疗类风湿关节炎的机制

目的：通过网络药理学结合分子对接的研究方法,预测甘草附子汤治疗类风湿关节炎的作用靶点,探究其治疗类风湿关节炎的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索甘草附子汤中包含的4种中药的有效成分及其靶基因。GEO数据库下载类风湿关节炎数据,筛选差异基因(DEGs)并与甘草附子汤有效成分靶基因取交集,获得甘草附子汤治疗类风湿关节炎的潜在靶点。通过Cytoscape软件构建中药-活性成分-疾病靶点网络,PPI网络分析得到甘草附子汤治疗类风湿关节炎的关键靶点并通过Metascape数据库对核心靶点进行基因本体（GO）分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,预测其作用机制,最后应用AutoDuck及PyMOL进行分子对接,验证其结合能力。结果：中药-活性成分-疾病靶点网络包含药材节点4个,活性成分节点95个,作用靶基因节点44个。Network Analysis显示槲皮素、山萘酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮,柚皮素及芒柄花素为可能的关键活性成分。甘草附子汤活性成分作用于类风湿关节炎可能主要通过IL-17 信号通路,TNF 信号通路,破骨细胞分化等信号通路。分子对接结果显示甘草附子汤中的活性化合物与关键靶点分子 MMP9、CXCL8、PPARG、EGFR具有较高的亲和力。结论：甘草附子汤中的活性成分可能通过与MMP9、CXCL8 、PPARG、EGFR等靶点调节多条信号通路,从而发挥对类风湿关节炎的治疗作用,为研究甘草附子汤治疗类风湿关节炎分子机制提供新思路。     

基于网络药理学与分子对接技术分析活血利水方治疗前部缺血性视神经病变急性期的作用机制

目的 运用网络药理学方法,探讨活血利水方治疗前部缺血性视神经病变(Anterior ischemic optic neuropathy, AION)急性期的活性成分、潜在靶点和作用机制。方法 通过中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索活血利水方有效活性成分和作用靶点,根据文献报道补充未预测到的活性成分的已知靶点;采用Cytoscape 3.9.0软件进行可视化;采用GeneCards数据库、OMIM数据库获取AION急性期靶点;通过STRING数据库构建活血利水方治疗AION急性期PPI网络,并借助Cytoscape软件筛选关键靶点;DAVID数据库进行功能富集分析。利用AutoDock Vina 1.1.2对关键活性成分与作用靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出活血利水方活性成分159个,筛选的关键靶点主要涉及MAPK14、FOS、MYC、ESR1等。KEGG富集分析显示AGE-RAGE信号通路、MAPK信号通路、PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、HIF-1信号通路等信号通路可能是活血利水方治疗AION急性期的关键信号通路。分子对接结果显示活血利水方的关键活性成分可以对MA...     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪建中汤治疗腹泻型肠易激综合征的作用机制研究

背景 肠易激综合征（IBS）是一种常见的复杂性功能性胃肠病，临床治疗效果欠佳。中药黄芪建中汤治疗腹泻型肠易激综合征（IBS-D）临床运用普遍且疗效肯定，但确切机制尚不十分明确，相关研究亦不多见。 目的 通过运用网络药理学和分子对接技术，初步探讨黄芪建中汤治疗IBS-D的潜在作用机制。 方法 通过TCMSP数据库获取黄芪建中汤的活性成分和潜在作用靶点，利用GeneCards、OMIM、TTD、Drug Bank、PharmGKB数据库获取IBS-D靶点，对疾病靶点和药物靶点取交集，获取黄芪建中汤治疗IBS-D的潜在靶点。使用Cytoscape软件、String数据库、Metascape数据库分别绘制"药材-活性成分-靶点"网络图、构建蛋白相互作用（PPI）网络和基因本体论（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析，利用AutoDock Vina和PyMOL进行分子对接和结果的可视化。 结果 最终得到黄芪建中汤活性成分123个，潜在靶点247个，IBS-D相关靶点3 486个，药物与疾病的交集靶点180个。GO功能富集分析中生物过程得到2 376个条目，分子功能得到194个条目，细胞成分得到115个条目；KEGG信号通路富集分析获得丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）信号通路、核因子κB（NF-κB）信号通路、cAMP信号通路、雌激素信号通路等通路。分子对接显示，黄芪建中汤治疗IBS-D的主要活性成分槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、异鼠李素、刺芒柄花素、豆甾醇、毛蕊异黄酮、7-O-甲基-异微凸剑叶莎醇与核心蛋白丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、细胞肿瘤抗原p53（TP53）、肿瘤坏死因子（TNF）、白介素（IL）-6、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶3（CASP3）、IL-1B、表皮生长因子受体（EGFR）、连环蛋白β1（CTNNB1）有较好的结合性。 结论 黄芪建中汤可能通过增强肠屏障功能、降低内脏敏感性、减轻炎性反应、调节肠道菌群起到治疗IBS-D的作用。     

独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎的网络药理学机制及实验验证

【目的】应用网络药理学及分子对接技术探讨独活-牛膝药对治疗膝骨关节炎（KOA）的作用机制，并通过体外实验进行验证。【方法】检索TCMSP、中国药典、BATMAN-TCM数据库获取独活、牛膝的活性成分，筛选去重后应用TCMSP数据库确定作用靶点，运用GeneCards和OMIM数据库筛选KOA相关的靶点。采用Cytoscape构建药物活性成分-KOA-靶点网络模型并进行分析；运用STRING数据库构建蛋白质相互作用（PPI）网络，通过R 4.0.2软件对交集靶点进行基因本体论（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集；运用AutoDockTools对前5位的核心靶点进行分子对接。进而通过体外细胞实验验证有效成分槲皮素对核心靶点的调控作用。【结果】通过筛选得到14个有效活性成分、171个活性成分靶点、2 040个KOA靶点和99个交集靶点。GO分析结果显示独活-牛膝药对治疗KOA关键靶点的生物功能主要涉及炎症反应、细胞代谢、调节蛋白激酶及磷酸酶活性等。KEGG通路主要富集到肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素17(IL-17)信号通路、癌症通路等。分子对接结果显示独活...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的: 利用网络药理学和分子对接技术对葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤（ALI）的潜在作用机制进行研究。方法: 先利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Swiss数据库搜集与葛花、枳椇子药材相关的化学成分及作用靶点,并以口服利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18对化合物进行筛选;同时,使用GeneCard、DrugBank数据库获取与ALI相关的靶点,借助韦恩图映射葛花-枳椇子治疗ALI的潜在作用靶点,再采用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络及“药材-潜在活性成分-作用靶点”相互作用网络;接着在DAVID和Reactome数据库中对潜在作用靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后,使用AutoDock Vina软件将潜在活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果: 在葛花-枳椇子中,共筛选出21个与疾病相关的潜在活性成分和431个潜在作用靶点,涉及蛋白结合、ATP结合等273种生物功能及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、TNF信号通路等90条KEGG代谢通路和信号转导、免疫系统等362条Reactome通路。分子对接结果显示,21个潜在活性成分与核心靶点蛋白激酶B（Akt）1、肿瘤蛋白p53（TP53）、IL-6均有较好的亲和力。结论: 本研究结果揭示了葛花-枳椇子治疗ALI的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了可能的药效物质、关键靶点和作用通路,为其新药开发和作用机制研究提供了理论基础。     

基于网络药理学探究当归补血汤治疗肺纤维化的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接研究当归补血汤治疗肺纤维化的有效成分及其作用机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）检索当归补血汤的活性成分及其对应靶点,分别运用GeneCards数据库和DisGeNET数据库搜索肺纤维化相关靶点,将药物有效分成分和疾病靶点取交集得到核心靶点。利用Cytoscape 3.9.0软件构建药物-成分-疾病-靶点网络,使用R语言ClusteProfiler程序包对核心靶点分别行GO富集分析和KEGG通路富集分析,对KEGG通路构建药物-成分-靶点-通路图,用Autodock Vina对核心靶点和药物活性成分行分子对接验证,预测二者之间的相互作用。结果：获得当归补血汤中22种有效活性成分,115个潜在靶点,其中与肺纤维化密切相关的重要成分为β-谷甾醇和槲皮素,核心靶点BCL2、CHRM3、PLAU、HSP90AA1和PRKCA,通过GO功能富集分析和KEGG代谢通路富集分析发现,这些核心靶点主要参与PI3K-Akt信号通路等。通过分子对接验证表明部分活性成分与核心靶点之间具有良好的结合性。结论：系统阐述了当归补血汤治疗肺纤维化的潜在药理机制,...     

基于参芪地黄汤治疗膜性肾病作用机制的网络药理学和分子对接技术分析

目的 基于网络药理学与分子对接技术探讨参芪地黄汤治疗膜性肾病（MN）的作用,并阐明其机制。 方法 通过中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选参芪地黄汤中7味中药所含有效成分及相应的靶蛋白,采用GeneCards数据库、孟德尔OMIM数据库和Drugbank数据库获取MN的相关基因靶点,采用Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络,采用STRING 数据库和 Cytoscape 软件制作蛋白相互作用（PPI）网络,并进行拓扑学分析寻找核心靶点,采用分子对接软件对核心靶点与作用于核心靶点的活性成分进行分子对接,筛选出参芪地黄汤治疗MN的核心成分,采用 Bioconductor R 软件进行靶点基因本体论（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。 结果 经筛选后获得参芪地黄汤的有效活性成分55个,药物作用靶点214个,MN相关靶点3 655个,获得药物疾病共同靶点144个,其中核心靶点5个,分别为蛋白激酶B1（AKT1）、表皮生长因子（EGF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、肿瘤蛋白P53（TP53）和表皮生长因子受体（EGFR）;基于分子对接技术筛选出3个潜在核心成分,包括槲皮素、木犀草素和薯蓣皂素;GO富集分析得出2 268个生物学过程、53 个细胞组成、175个分子功能;KEGG通路富集分析发现169条相关信号通路。 结论 参芪地黄汤可能通过降低炎症水平、抑制肾脏纤维化和维持肾小球滤过屏障的完整性等机制发挥对MN的治疗作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨土茯苓-车前子干预尿酸性肾病作用机制

目的 通过网络药理学方法和分子对接研究土茯苓-车前子干预尿酸性肾病的可能机制。方法 使用TCMSP数据库筛选土茯苓-车前子化学成分及作用靶点,利用GeneCards、OMIM、TTD数据库筛选尿酸性肾病相关靶点,获取药物-疾病交集靶点,利用STRING11.0数据库构建蛋白相互作用网络,利用Cytoscape3.7.2软件构建活性成分-靶点网络,利用DAVID6.8数据库对药物-疾病交集靶点进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用AMDock1.0软件对主要活性成分与核心靶点进行分子对接。结果 获得土茯苓活性成分15个,车前子9个,活性成分与尿酸性肾病交集靶点59个,核心靶点有IL6、TNF、PPARG、TP53等。GO功能分析得到生物过程238个,细胞组分39个,分子功能46个;KEGG通路富集分析得到84条通路,包括AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路等。分子对接结果显示,主要活性成分与核心靶点之间有较强亲和力。结论 土茯苓-车前子干预尿酸性肾病与调节肝、肾细胞相关细胞因子,激活AGE-RAGE、IL-17、TNF信号通路,影响肝、肾细胞生物活性有关。     

基于网络药理学研究金银花干预心力衰竭的作用机制

目的：运用网络药理学方法研究金银花干预心力衰竭的主要活性成分及潜在靶点,探讨金银花干预心力衰竭的作用机制。方法：利用TCMSP数据库检索关于金银花中的化合物,口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18作为筛选金银花活性成分的标准。在Genecards数据库和OMIM数据库中输入关键词—“Heart Failure”,筛选心力衰竭相关靶点。将金银花作用的靶点与心力衰竭相关的靶点取交集,得到金银花干预心力衰竭的靶点。通过STRING数据库构建交集基因的蛋白互作网络（PPI）,应用Cytoscape3.8.2软件分析PPI网络中核心靶点,然后进行基因GO功能和KEGG 通路富集分析,构建“成分-靶点-通路”网络。使用Autodock Vina 1.2.0、Discovery Studio 2021、PyMol 2.2进行分子对接,验证网络药理学分析结果。结果：检索TCMSP 数据库得到金银花的23个化学活性成分,共有213个与心力衰竭相关的作用靶点。经GO功能和KEGG 通路富集分析显示,金银花主要参与癌症通路、内分泌抵抗等多种生物途径,主要涉及PI3K-Akt信号通路、cAMP 信号通路、TNF信号通路等。通过构建“成分-靶点-通路”网络,显示金银花干预心力衰竭的主要成分是secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside,排名较高的靶点有AKT1、PIK3R1、PIK3CA。分子对接结果显示上述两种成分与AKT1和PIK3R1结合活性较好。结论：金银花的主要活性成分secologanicdibutylacetal_qt和dinethylsecologanoside可能是通过参与调节AKT1、PIK3R1基因,干预PI3K-Akt 、cAMP、TNF等信号通路实现多靶点、多通路干预心力衰竭。     

基于黄芩汤治疗结直肠癌作用机制的网络药理学和分子对接分析

目的：通过网络药理学和分子对接技术分析黄芩汤治疗结直肠癌（CRC）的潜在作用靶点,阐明其相关分子机制。方法：基于中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）构建黄芩汤活性成分和作用靶点数据集,通过GeneCards、人类在线孟德尔遗传（OMIM）、药物遗传学和药物基因组学知识库（PharmGKB）等数据库构建CRC疾病相关靶点数据集。利用R软件、Cytoscape软件和STRING数据库构建药物-疾病靶点交集、黄芩汤中药复方调控网络和蛋白-蛋白互作（PPI）网络。利用R软件和Metascape平台进行基因本体论（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析。采用AutoDock和PyMol软件进行分子对接验证,评估配受体结合情况。结果：筛选黄芩汤有效活性成分136个,黄芩汤治疗CRC的潜在靶点242个,核心靶点18个,基于信号通路分析获得CRC密切相关核心关键靶点5个,分别为蛋白激酶B1 (AKT1)、丝裂原活化蛋白激酶3 (MAPK3)、原癌基因FOS、肿瘤蛋白P53 (TP53)和原癌基因MYC。GO功能富集分析,主要参与多种细胞应激反应的生物过程。KE...     

基于网络药理学及分子对接探讨湿润烧伤膏促进糖尿病溃疡愈合的作用机制

目的：利用网络药理学和分子对接技术对湿润烧伤膏治疗糖尿病溃疡的主要活性成分和潜在作用机制进行探讨。方法：基于TCMSP数据库筛选湿润烧伤膏主要活性成分和作用靶点，从GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、DrugBank数据库中查找糖尿病溃疡相关靶点，使用STRING 11.5数据库构建蛋白互作（PPI）网络筛选核心靶点，在Cytoscape 3.8.2软件中制作“药物-靶点-疾病”网络图筛选核心活性成分，使用R语言软件进行基因GO功能和KEGG通路富集分析，最后应用分子对接对筛选结果进行初步验证。结果：筛选出湿润烧伤膏37个活性成分映射100个作用靶点，糖尿病溃疡疾病靶点5 527个，交集靶点77个，PPI网络拓扑分析提示TP53、TNF、HSP90AA1等为关键靶点；“药物-靶点-疾病”网络图显示刺槐素、汉黄芩素、槲皮素、吴茱萸次碱等为核心活性成分；GO功能分析主要涉及血管生成、离子转运、管径调节、细胞因子受体结合等过程，KEGG富集分析主要包括PI3K-Akt、AGE-RAGE等信号通路；分子对接显示核心活性成分和关键靶点均具有较好的对接活性。结论：湿润烧伤膏治疗...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎的潜在作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨解毒活血汤治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)多成分、多靶点、多通路的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索解毒活血汤中除生地黄外9味中药的活性成分及靶点,查阅文献筛选生地黄的活性成分,使用GeneCards数据库获取COVID-19的靶点,通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用Cytoscape 3.7.2软件构建药物-化合物-靶点网络,通过R软件的ClusterProfiler包对关键靶点进行基因本体(GO)富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,最后对严重急性呼吸综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)3CL水解酶(Mpro)、血管紧张素转化酶Ⅱ(ACE2)及关键靶点与显著化合物进行分子对接。结果 解毒活血汤包含了10味中药、153个化合物和253个靶点,将解毒活血汤主要活性成分调控的靶点与COVID-19的治疗靶点取交集,得到51个潜在靶点,GO功能富集分析得到82个条目(P<0.05),KEGG通路富集分析筛选得到154条信号通路(P <0...     

基于网络药理学和分子对接探讨鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制

目的 基于网络药理学、芯片分析和分子对接方法探究鳖甲煎丸抗肝癌的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中药高通量实验和参考指南数据库（HERB）和中国知识资源总库（CNKI）收集鳖甲煎丸活性成分及作用靶点,在GeneCards、OMIM和DrugBank数据库收集肝癌疾病靶点,取二者交集靶点作为潜在靶点并进行GO功能和KEGG通路富集分析。利用Cytoscape3.7.2软件构建鳖甲煎丸-活性成分-潜在靶点-肝癌网络和蛋白相互作用（PPI）网络并筛选核心成分和核心靶点,结合GEO芯片筛选核心作用靶点,与核心成分进行分子对接验证。结果 筛选得到鳖甲煎丸活性成分152个,治疗肝癌潜在靶点221个,GO功能富集分析主要涉及细胞凋亡等生物过程,细胞核、细胞质等细胞组分,蛋白结合、酶结合、蛋白丝氨酸/苏氨酸/酪氨酸激酶活性等分子功能,KEGG富集分析涉及PI3K-Akt、MAPK等信号通路。核心成分槲皮素、β-谷甾醇、山柰酚、木犀草素与核心作用靶点MAPK1、MYC、EGFR、FOS对接结合稳定。结论 鳖甲煎丸可能通过PI3K-Akt、MAPK等信号通路,作用于MAP...     

基于锦灯笼对白血病作用机制的网络药理学和分子对接技术的生物信息学分析

目的 基于网络药理学探讨锦灯笼（PCF）在白血病发生发展过程的作用,阐明其生物活性成分主要作用靶点和信号通路相关机制。 方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库以“锦灯笼”为关键词检索其生物活性成分及对应的潜在靶点,并采用蛋白质数据库（PDB）和小分子药物靶点预测在线平台（Swiss Target Prediction）网站对其潜在靶点进行评估预测。采用GeneCards、OMIM和DrugBank数据库以“Leukemia”为关键词对相关靶点进行检索。利用Draw Veen Diagram在线软件将PCF生物活性成分靶点与白血病靶点交集,得到的交集靶点即为PCF作用于白血病的靶点;利用基因/蛋白相互作用检索搜查工具（STRING）数据库获取交集靶点蛋白的蛋白-蛋白互作（PPI）网络信息并进行可视化处理;采用注释可视化和集成发现数据库（DAVID）对交集基因进行基因本体（GO）生物功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）信号通路富集分析,并利用Cytoscape 3.7.2软件对PPI网络进行拓扑分析筛选核心靶点和核心活性成分,采用 AutoDock 和PyMol软件进行分子对接验证。 结果 对TCMSP数据库检索结果进行筛选后得到6个PCF活性成分,收集PCF与白血病的共同靶点29个。GO富集分析主要涉及造血或淋巴器官的发育、蛋白代谢调控和细胞凋亡等生物进程;KEGG信号通路富集分析主要包括癌症通路、肿瘤坏死因子 （TNF）和T细胞受体 （TCR） 等信号通路。拓扑网络分析得到蛋白激酶B1 （AKT1）、含半胱氨酸的天冬氨酸蛋白水解酶3 （Caspase-3） 等10个核心靶点,结合KEGG信号通路筛选出核心活性成分谷甾醇和禾本甾醇。分子对接,PCF活性成分谷甾醇与原癌基因 JUN及禾本甾醇与AKT1和Caspase-3对接能均<－6.0 kcal·mol^－1,表明对接较好。 结论 PCF的主要活性成分谷甾醇和禾本甾醇可能通过调控JUN、AKT1和Caspase-3等基因参与癌症通路和TCR等信号通路,进而影响白血病的发生发展。     

基于网络药理学与分子对接探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制

目的 运用网络药理学及分子对接技术探究银杏叶提取物治疗动脉粥样硬化的作用机制。方法 在TCMSP平台筛选出银杏叶的活性成分,在Swiss Target Prediction数据平台和GeneCards数据库收集活性成分对应的靶点,在GeneCards和DisGeNET数据库检索“动脉粥样硬化”的相关靶点,通过Venny平台获得两者间的共同靶点。将共同靶点导入STRING数据库,利用Cytoscape 3.8.0构建蛋白互作网络和核心靶点网络,并获取拓扑参数。利用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,并对结果运用微生信和OmicShare平台进行图像可视化处理。采用Cytoscape 3.8.0软件进行“活性成分-靶点-疾病”网络模型构建与分析,最后使用AutoDock、Pymol软件进行重要成分和核心靶点的分子对接并预测其结合能力。结果 从银杏叶中筛选出27个活性成分,动脉粥样硬化和活性成分的共同靶点有163个,其中核心靶点有7个,主要有关通路有PPAR信号通路、TNF信号通路以及Proteoglycans in cancer信号通路等。分子对接结果显示,所有核心靶点与活性成分的分...     

基于网络药理学筛选天麻抗心肌缺血的分子机制研究

目的基于网络药理学筛选天麻抗心肌缺血的分子机制研究。方法借助化学专业数据库获取天麻活性成分,基于CTD(Comparative Toxicogenomics Database)筛选心肌缺血靶点,基于DAVID数据库对靶点进行生物过程(biological process,BP)、细胞成分(cellular component,CC)以及分子功能(molecular function,MF)分析,借助STRING软件对心肌缺血靶点进行相互作用分析,通过分子对接(SYBYL2.1,Tripos)将天麻活性成分与白细胞介素-6(IL6)、肿瘤坏死因子(TNF),血管内皮生长因子A(VEGFA),白细胞介素1β(IL1B)进行能量匹配。结果天麻活性成分11个,涉及149条(P0.01)通路分析,心血管相关通路24条,包括TNF信号通路、PPAR信号通路、PI3KAkt信号通路、p53信号通路、Ras信号通路等,TNF信号通路为最显著信号通路。通过分子对接发现天麻11个活性成分与TNF,IL1B,VEGFA和IL6有较好的结合。进一步明确天麻是通过多成分作用在同一靶点或单成分调节多个靶点发挥抗心肌缺血的作用。结论从分子层面筛选出天麻抗心肌缺血的活性成分及关键靶点,为临床有效应用天麻提供理论依据。     

基于网络药理学探讨石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制

目的 结合网络药理学和实验验证研究石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎的作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选石丹颗粒的活性成分,并预测其作用靶点;通过GeneCards、OMIM数据库筛选整合慢性萎缩性胃炎相关靶点;将活性成分靶点与慢性萎缩性胃炎靶点取交集后,通过String11.0数据库构建蛋白互作网络,并运用Cytoscape 3.9.0软件筛选核心靶点;通过DAVID数据库对核心靶点进行GO和KEGG富集分析以预测作用机制;通过AutoDock平台进行分子对接验证。构建慢性萎缩性胃炎细胞模型,通过ELISA、qPCR以及Western blot检测验证网络药理学分析结果。结果 共筛选得到石丹颗粒活性成分靶点268个,CAG相关靶点484个,取交集后共得到石丹颗粒治疗慢性萎缩性胃炎靶点82个,其中核心靶点是IL-6、Akt1和TNF等。GO和KEGG富集分析提示石丹颗粒主要通过IL-17信号通路、TNF信号通路和PI3K-Akt等信号通路发挥作用。分子对接显示,大部分核心靶点与活性成分有较高的结合活性。细胞实验表明,石丹颗粒能通过调节IL-6、Akt1和TNF-α改善慢性萎缩性胃炎。结论...     

基于网络药理学和分子对接法探索玉屏风散治疗非小细胞肺癌作用机制研究

目的:通过网络药理学和分子对接法,分析玉屏风散治疗非小细胞肺癌的作用机制。方法:检索相关文献和TCMSP数据库,查询玉屏风散的化学成分和作用靶点,查询Genecards、OMIM、DisGeNET、Drugbank等疾病数据库,以"non-small cell lung cancer"为关键词搜索疾病相关靶点,选取与玉屏风散靶点的交集靶点作为研究靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络图。利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络图,进一步通过拓扑参数筛选出治疗核心靶点,并进行GO分析和KEGG信号通路富集分析,最后加以分子对接验证。结果:筛选得到玉屏风散37个活性成分,与疾病共同靶点146个,核心靶点44个。GO分析和KEGG分析表明核心靶点参与影响血管生成、细胞增殖等多种生物过程,作用于AGE-RAGE、IL-17、TNF、MAPK等多种信号通路,分子对接显示核心化合物与靶点具有良好的对接活性。结论:网络药理学分析显示玉屏风散治疗非小细胞肺癌涉及多靶点,多通路作用机制,药物与靶点具有良好的对接活性,可为后续试验研究提供理论依据。     

基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的作用机制

目的 基于网络药理学研究“当归-鸡血藤”药对治疗肾性贫血的活性成分、潜在靶点及可能作用机制。方法利用TCMSP数据库和Uniprot数据库检索并筛选得到“当归-鸡血藤”药对主要活性成分及其作用靶标。通过Drugbank、Genecards及OMIM数据库收集肾性贫血相关靶标,对肾性贫血药物靶标和相关基因取交集,运用STRING数据库构建蛋白质互作（PPI）网络图,利用Cytoscape 3.6.0软件构建“药物-活性成分-靶点”网络模型。使用DAVID数据库对交集靶点进行基因本体（GO）分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析并可视化,并用Autodock＿vina和Pymol软件对蛋白和活性成分进行分子对接。结果 获得“当归-鸡血藤”药对中24个活性成分,相关潜在靶点140个,肾性贫血相关靶点992个,交集靶点44个;其主要作用于MAPK1、TP53、TNF、CASP3等多个靶标,涉及包括HIF-1、PI3K/Akt、TNF在内的99条信号通路发挥治疗肾性贫血作用。分子对接结果显示木犀草素与TP53、STAT3等关键靶点有较好的结合能力。结论 从网络药理学的角度对“当归...     

基于网络药理学与分子对接探讨紫草治疗银屑病的作用机制

目的运用网络药理学与分子对接探索紫草治疗银屑病的作用机制。方法通过TCMSP、PubChem及Swiss Targe Prediction数据库和Gene Cards、OMIM数据库筛选紫草活性成分、疾病靶点,运用Cytoscape软件构建药物与疾病间相互作用网络,筛选紫草治疗银屑病的活性成分及靶点;基于R软件进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;将活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果预测得到17个紫草治疗银屑病的活性成分和55个差异基因,并推断其作用机制可能与乙型肝炎、糖尿病并发症、胰腺癌、PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路、Rap1信号通路、IL-17信号通路等有关。其中TNF、EGFR、MMP3、PTGS2等基因可能为关键靶点;分子对接结果显示:去氧紫草素与PTGS2蛋白的亲和力较好。结论紫草治疗银屑病具有多成分-多靶点-多通路的作用特点,为阐述紫草治疗银屑病的作用机制和开展进一步的研究提供依据。