仙台病毒核酸测序检测方法的建立

目的 建立仙台病毒(SeV)的核酸测序检测方法.方法 根据SeV序列设计覆盖不同毒株的通用引物,然后优化成测序引物并摸索建库条件,进行核酸测序和结果分析.结果 获得1对特异性强的通用引物,序列为:上游引物5’-GCTGCAAAACGCTGTGGG-3’,下游引物5’-TGGRACYTCAGAAAGAATRGG-3’;建库条件优化为:第一轮以cDNA为模板用通用引物扩增,第二轮以第一轮产物为模板用测序引物扩增.测序分析可以有效地将SeV与其他微生物区分开,并且精确到TianJin亚株.结论 建立了SeV核酸测序检测方法,为后续SeV感染实验动物的检验检疫提供依据.     

仙台病毒RT-PCR检测方法的建立与应用

目的建立仙台病毒的RT—PCR方法并应用于常规检测。方法根据仙台病毒（gi：9627219）F蛋白的基因序列，设计Ff和Fr引物，以仙台病毒总RNA逆转录的cDNA为模板扩增出约609bp预期条带；将建立的RT—PCR方法应用于人工感染小鼠和送检细胞样品检测。结果八份感染小鼠样品中全部扩增出约609bp目的条带，16份肿瘤细胞样品有12份扩增出609bp目的条带。结论建立的仙台病毒RT—PCR方法是一种灵敏、快速、特异的方法，能够用于常规检测。     

仙台病毒RT-PCR检测方法的建立及灰仓鼠中流行情况调查

目的建立仙台病毒(SV)RT-PCR检测方法,并对灰仓鼠仙台病毒感染情况进行调查。方法根据NCBI发表的SV(gi:9627219)基因组序列设计引物,建立RT-PCR方法,对方法的特异性和灵敏性进行验证,并用该方法检测60份灰仓鼠的肺脏样本。结果建立的SV RT-PCR方法显示有较好的敏感性和特异性:以仙台病毒为模板扩增产生197 bp的单一目的条带,经测序比对与NCBI数据库中SV相关序列的一致率为98%,而以猴副流感病毒(SV5)、犬瘟热病毒、小鼠肺炎病毒、呼肠孤病毒III型及腮腺炎病毒为对照无任何条带产生;能检出的SVcDNA最低浓度是96.8 ng/mL;用该方法检测60份灰仓鼠,SV的感染率为3.33%(2/60)。结论建立的SV RT-PCR方法可用于实验类啮齿动物动物SV的常规检测,自然条件下灰仓鼠感染SV的问题不容忽视。     

光激化学发光免疫分析技术在仙台病毒检测中的应用

目的 应用光激化学发光免疫分析技术(AlphaLISA)建立仙台病毒检测方法。方法 通过方阵实验筛选仙台病毒AlphaLISA检测的最佳抗原浓度以及供体微珠与受体微珠的最佳受试浓度及比例, 对大鼠血清进行测试, 确立血清检测浓度;对40份大鼠血清分别使用AlphaLISA检测方法和ELISA检测方法进行检测, 并对检测结果进行比较。结果 生物素化标记的仙台病毒多肽类抗原的最佳测试浓度为250 nmol/L, 供体微珠与受体微珠的最佳比例为1:1, 使用浓度为20 μg/mL, 在AlphaLISA检测方法中大鼠血清测试最佳使用浓度1:10000;共检测40份大鼠血清, ELISA方法检出阳性7份, 阳性率为17.5%, AlphaLISA方法检出阳性8份, 阳性率为20.0%, ELISA检测阳性的7份血清经AlphaLISA方法检测均为阳性, AlphaLISA检出的另外一份样品经IFA方法验证为阳性。结论 初步建立了仙台病毒光激化学发光免疫分析技术(AlphaLISA)的检测方法, 该方法敏感性堪比经典ELISA方法, 且血清样本的用量减少, 无需洗涤等步骤, 在方法的简并性及准确性上有一定优势。     

仙台病毒高滴度病毒制备方法的建立

目的：建立使用传代细胞稳定大量地制备高滴度的仙台病毒（SeV）的方法,取代成本高、周期长、操作繁琐、易污染的鸡胚制备仙台病毒的方法,用于实验研究。方法：首先观测不同细胞感染仙台病毒后发生病变的时间、程度以及产毒量,确定仙台病毒敏感细胞株并确定病毒产量高峰期,连续在细胞中传3代测量上述指标。其次观测染毒时病毒吸附时间不同对病毒滴度的影响。综合分析后建立制备高滴度仙台病毒的方法。结果：大鼠脑胶质瘤细胞C6株对仙台病毒高度敏感,细胞出现病变所需时间短且明显,病毒产量最高。仙台病毒滴度与染毒时的吸附时间呈正相关,病毒最佳吸附时间为90min。接种病毒后72h收获的病毒滴度最高,平均为11 TCID50,并且病毒可以在细胞内连续稳定传代。结论：确认大鼠脑胶质瘤细胞C6株为仙台病毒的敏感细胞。且病变快、明显,病毒产量高。为在体外深入研究仙台病毒和大量繁殖高滴度仙台病毒提供了实验方法。     

小鼠仙台病毒ELISA抗体检测规范化试剂盒的研制与应用

目的按照实验动物国家标准和农业部对于兽医诊断制品的要求研制小鼠仙台病毒抗体检测试剂盒,并在临床检测中分析其适用性。方法建立仙台病毒的种子批和BHK-21细胞的细胞库;标化仙台病毒生产工艺、抗原蛋白纯化工艺;优化ELISA反应板体系;标化质控血清。使用规范化的ELISA试剂盒对我单位672份送检血清样品进行检测,使用IFA和Western blot方法进行复检。结果病毒的种子批检验表明在-80℃保存半年以上毒力稳定;病毒生产和抗原纯化工艺的标准化提高了抗原生产的稳定性;对照体系的设定降低了环境等变量对于结果判定的影响。在对临床样本的检测过程中发现3种方法的灵敏度ELISA高于Western blot高于IFA。结论规范化的小鼠仙台病毒ELISA抗体检测试剂盒能对小鼠仙台病毒感染状况作出准确判断,具有一定的稳定性和结果可重复性。     

仙台病毒的分子生物学研究进展

仙台病毒属于副粘病毒科,副粘病毒属。1953年首次于日本仙台发现,并分离出了第一株病毒Fushimi株,之后人们对仙台病毒进行了广泛的研究和报道。     

大鼠仙台病毒ELISA、间接免疫荧光和免疫印迹三种检测方法的比较

目的比较ELISA(enzyme-linked immunosorbent assay)、IFA(immuno-fluorescence assay)和WB(Western blot)三种方法在大鼠仙台病毒血清学检测中的差异。方法仙台病毒蛋白抗原经凝胶电泳分离转移后用于血清学检测的WB方法;使用IFA、ELISA方法对20份无菌大鼠、227份SPF大鼠以及63份清洁级大鼠送检血清样品进行检测,阳性及可疑样品用WB方法进行了验证。结果 20份无菌大鼠血清样品被3种方法检测为仙台病毒抗体阴性;SPF级大鼠样品被IFA方法判定为阴性,1.32%(3/227)被ELISA方法判定为阳性,其中有2/3被WB确认为阳性;ELISA、IFA和WB在清洁级大鼠样品中检出仙台病毒的阳性率分别为为18.12%、11.34%和15.87%。结论三种检测方法灵敏度从高到低依次为ELISA、WB和IFA。WB方法可作为IFA和ELISA难以确定结果的替代方法。     

仙台病毒抗肿瘤的研究进展

仙台病毒是实验大、小鼠的常见病原之一.大、小鼠感染仙台病毒后,可通过诱生Ⅰ型干扰素、调节免疫应答和致肿瘤细胞凋亡等干预肿瘤生长,该病毒已逐渐被开发为一种新型、高效的抗肿瘤制剂.本文综述了仙台病毒抗肿瘤、对科学研究的干扰作用等方面进展.     

犬瘟热病毒RT-LAMP检测方法的建立和初步应用

目的利用环介导等温扩增(LAMP)技术建立一种检测犬瘟热病毒感染的新方法。方法根据GenBank中NP基因序列,设计4条LAMP特异性引物,对反应条件、特异性、可视化效果和应用效果进行研究。结果在60℃等温的条件下、1 h内可完成RT-LAMP扩增过程;特异性和可视效果良好;对63份临床标本进行检测,阳性检出率为71.4%(45/63),检出率高于RT-PCR的63.5%(40/63)。结论建立的RT-LAMP检测方法,显示了较高的特异性和敏感性,而且兼具高效、快捷、可视化的优势,为临床检测犬瘟热病毒感染提供了一种快速简便的新途径。     

基于环介导等温扩增技术建立的假丝酵母菌快速检测方法

目的  基于环介导等温扩增技术（LAMP）建立一种假丝酵母菌的快速检测方法。方法  依据假丝酵母属18 S rDNA基因保守序列,采用Primer Explorer V4软件设计引物,建立LAMP扩增方法和反应体系,对体系的4种关键参数和3项性能指标进行优化和探讨,并用临床样本进行方法验证。结果  6种常见假丝酵母菌LAMP法检测均为阳性;最适扩增条件为：温度63～65℃、Bst酶活性4 IU、Mg2+浓度4 mol/L、扩增时间1 h;7种对照菌种及人全血DNA样本LAMP扩增结果均为阴性;检测限为102～107 CFU/ml。经52例临床样本验证,该法敏感性为100%,特异性为95%。结论  该研究建立的LAMP假丝酵母菌检测方法具有实用、简便、快速、特异和敏感的特点,可为临床提供一种新的假丝酵母菌诊断方法。

     

环介导等温扩增快速检测HIV一1DNA病毒

目的建立一种快速、敏感度高的HIV．1DNA病毒检测方法。方法针对HIV一1型病毒序列的特点寻找6个相对保守的区域设计4条环介导等温扩增（LAMP）引物,建立HIV一1DNA—LAMP快速检测方法,并评价其特异性和灵敏度。结果200例HIV感染者外周淋巴细胞中,应用LAMP法检测出195例HIV一1DNA阳性（阳性率为97．5％）,50例健康对照结果阴性。采用10倍稀释法,LAMP技术的最低检出限为50copies／m1的HIV一1DNA病毒。对乙型肝炎病毒、疱疹病毒、丙型肝炎病毒进行交叉实验结果均为阴性。结论LAMP是一种快速、敏感度高、特异性强的方法,适合各级医院的临床检测。     

嗜肺军团菌环介导等温扩增检测法的建立

目的:建立一种快速简便的嗜肺军团菌分子检测方法.方法:运用环介导等温扩增技术(loop-mediated isothermal amplification,LAMP),设计一套引物特异性识别嗜肺军团菌毒力基因--mip基因的6个特殊区域,在恒温条件下,对8株嗜肺军团菌和5株其它细菌进行检测,并与普通PCR方法进行比对,验证该方法的特异性和灵敏度.结果:所有嗜肺军团菌扩增产物均产生肉眼可见的白色沉淀,而其它不同菌株均不产生沉淀;加入荧光染料smart green后,嗜肺军团菌扩增产物均产生强绿色荧光,其它菌株呈弱荧光.与普通PCR(检出限约为57.6 pg,)比,LAMP扩增反应的灵敏度大100倍左右,基因组DNA检出限为576 fg,阳性水样检出限为8 cfu/ml.结论:LAMP技术可在简易的实验环境中快速、特异、灵敏地检测嗜肺军团菌.     

Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) for diagnosis of dengue

Background

Dengue is an emerging public health problem causing serious morbidity and mortality in tropical developing countries. Early, sensitive and specific diagnosis is paramount for clinical decision making. Currently available diagnostic tests are limited in scope and utility. This study highlights applicability of RT-LAMP in dengue diagnosis.

Methods

100 dengue confirmed cases, 100 dengue negative cases and 79 healthy negative controls from dengue epidemic between Sep 2009 to Jul 2011 were included. Dengue cases were profiled using WHO guidelines 2006, haematological and biochemical parameters evaluated and diagnosed using NS1 antigen, IgM and IgG enzyme immunoassay, RT-PCR and RT-LAMP. Positive cases were serotyped, genotyped and various tests were compared.

Results

Mean haematocrit, PT, PTT, platelet count, activated lymphocytes, serum fibrinogen, transaminases, bilirubin, lactate dehydrogenase, protein and sodium were significantly elevated in DHF/DSS as compared to DF. NS1 antigen, RT-PCR and RT-LAMP were sensitive during 1–3 days while μ-capture IgM EIA was specific after 5–7 days of initial infection. DEN-1 genotype III was predominant.

Conclusion

Deranged haematocrit and liver function tests are indicators of the severity of the disease. RT-LAMP is rapid, cost effective, highly sensitive and specific qualitative and quantitative technique which can detect dengue infection in both early and intermediary stages when NS1 antigen titres are not in the detectable range and the IgM antibody titres have just started to rise. Its superiority over existing techniques, amenability for automation and promising utility in low resource healthcare setups and field conditions raise it as the new gold standard for dengue diagnosis.     

Reverse transcription loop-mediated isothermal amplification (RT-LAMP) for diagnosis of dengue

Background

Dengue is an emerging public health problem causing serious morbidity and mortality in tropical developing countries. Early, sensitive and specific diagnosis is paramount for clinical decision making. Currently available diagnostic tests are limited in scope and utility. This study highlights applicability of RT-LAMP in dengue diagnosis.

Methods

100 dengue confirmed cases, 100 dengue negative cases and 79 healthy negative controls from dengue epidemic between Sep 2009 to Jul 2011 were included. Dengue cases were profiled using WHO guidelines 2006, haematological and biochemical parameters evaluated and diagnosed using NS1 antigen, IgM and IgG enzyme immunoassay, RT-PCR and RT-LAMP. Positive cases were serotyped, genotyped and various tests were compared.

Results

Mean haematocrit, PT, PTT, platelet count, activated lymphocytes, serum fibrinogen, transaminases, bilirubin, lactate dehydrogenase, protein and sodium were significantly elevated in DHF/DSS as compared to DF. NS1 antigen, RT-PCR and RT-LAMP were sensitive during 1–3 days while μ-capture IgM EIA was specific after 5–7 days of initial infection. DEN-1 genotype III was predominant.

Conclusion

Deranged haematocrit and liver function tests are indicators of the severity of the disease. RT-LAMP is rapid, cost effective, highly sensitive and specific qualitative and quantitative technique which can detect dengue infection in both early and intermediary stages when NS1 antigen titres are not in the detectable range and the IgM antibody titres have just started to rise. Its superiority over existing techniques, amenability for automation and promising utility in low resource healthcare setups and field conditions raise it as the new gold standard for dengue diagnosis.     

环介导等温扩增技术检测铜绿假单胞菌的研究

用环介导等温扩增技术(LAMP)快速、灵敏地检测铜绿假单胞菌.利用铜绿假单胞菌gbca基因,特异性设计3对LAMP引物,在反应体系中添加羟基萘酚蓝(HNB)荧光染料,通过反应前后颜色的变化肉眼观察结果,并用琼脂糖凝胶电泳加以验证.对临床标本利用LAMP和PCR法平行检测,验证该法灵敏度、特异性.针对铜绿假单胞菌DNA特异性引物的LAMP法可以扩增,其他无扩增产物.本实验建立的LAMP法具备简便、快速、特异性强和灵敏度高的特点,适于实际应用.     

LAMP方法检测霍乱弧菌的研究

目的建立一种快速检测霍乱弧菌的方法。方法利用霍乱弧菌的hlyA基因设计特异性引物,建立LAMP检测方法,以及优化反应体系,并进行LAMP的特异性和灵敏度实验,同时与普通PCR和荧光定量PCR进行比较。结果成功建立霍乱弧菌的LAMP检测方法,得到最优的反应体系,在特异性实验中,霍乱弧菌均呈阳性,而副溶血弧菌、溶藻孤菌、最小孤菌、1梅氏孤菌等均为阴性;在灵敏度实验中,霍乱弧菌的最低检测限为6.2pg／tube,是普通PCR的1000倍。比荧光定量PCR低一个数量级。结论LAMP方法具有很高的特异性和灵敏度,可用于霍乱孤菌的检测。     

LAMP技术检测弓形虫感染方法的建立

目的建立一种快速、简便的检测弓形虫感染的环介导等温扩增方法(LAMP)。方法根据弓形虫RH株SAG1基因序列合成2对特异性LAMP引物,优化扩增体系与参数。通过与常规PCR方法的比较,评估优化后的LAMP反应的特异性和灵敏性。利用建立的LAMP初步检测人工感染弓形虫4 d后白兔与大鼠的肌肉组织。结果 LAMP法检测弓形虫基因组DNA的灵敏度是传统PCR方法的100倍。LAMP法检测与其他常见寄生原虫、寄生虫无非特异性阳性结果。LAMP法检测人工接种动物的肌肉组织,阳性率达到100%,对照组为0,差异有统计学意义(P0.01)。结论 LAMP法检测弓形虫感染快速简便、敏感性高、设备要求低,具有较好的应用前景。     

基于颜色判定的环介导恒温扩增技术快速检测铜绿假单胞菌的研究

目的建立了一种基于颜色判定的,能够快速准确地检测铜绿假单胞菌的LAMP方法。方法针对铜绿假单胞菌OprL基因设计3对LAMP引物,通过引物特异性识别OprL的8个独立区域来快速检测铜绿假单胞菌。如果在反应前添加荧光染料羟基萘酚蓝(HNB)或钙黄绿素(Calcein),其结果可以通过肉眼观察反应前后颜色变化来判定并经琼脂糖凝胶电泳验证。对该技术进行特异性、灵敏度分析,利用LAMP和PCR同时检测临床标本。结果设计出针对铜绿假单胞菌OprL基因的恒温扩增检测方法。本恒温扩增检测法只扩增铜绿假单胞菌DNA,对其他菌不扩增,显示出良好的特异性。其最低检测限为17.414 pg/μl,PCR方法最低检出限为174.414 pg/μl,LAMP方法检测灵敏度是PCR方法检测灵敏度的10倍,灵敏度高。LAMP法对临床阳性标本检出率与PCR法相当(27/27)。结论 LAMP方法用于快速检测铜绿假单胞菌具有检测过程简单、实验装置简便、反应结果肉眼可辨别、灵敏度高和特异性强的特点,适合用于现场和基层检疫及医疗单位的快速诊断。