2009甲型H1N1亚型流感病毒血凝素重链(HA1)基因分析

[目的]从基因层面初步探讨近8个月甲型H1N1流感病毒HA1基因变异情况。[方法]收集19株2009年5～12月欧美及亚洲最新上传的甲型H1N1流感流行株血凝素重链(HA1)区域的氨基酸序列,分析其与墨西哥城第一株流感病毒分离株A/MexicoCity/001/2009在HAl以及HAl抗原决定簇区域的氨基酸差异。[结果]与A/Mex-icoCity/001/2009比较,HA1区氨基酸序列的同源性为96.98%～99.7%;并且,A/Pennsylvania/09/2009、A/Fukuoka-C/1/2009和A/Milan/UHSR1/20093株流感流行株HA1区抗原决定簇B区197位氨基酸出现了A﹥T替换。[结论]2009甲型H1N1流感流行的近8个月HA1基因存在一定的变异。     

四川省甲型H1N1流感病毒血凝素基因特性和抗原性分析

目的 了解四川省甲型H1N1流感病毒的抗原性和血凝素(HA)基因的变异情况.方法 对四川省2009-2011年分离的流感病毒采用单项血凝抑制试验鉴定毒株型别,在此基础上选取分离自中国内地首发甲型H1N1流感病例、首起甲型H1N1流感疫情、甲型H1N1流感死亡病例以及哨点医院流感样病例标本的甲型H1N1流感病毒株共计11株,进行HA基因核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后进行基因特征分析.结果 与中国代表株A/四川/SWL1/2009(H1N1)相比,2009-2011年四川省甲型H1N1流感毒株单项血凝抑制效价均无4倍以上差异,与疫苗株A/California/7/2009(H1N1)相比,HA氨基酸具有高度同源性(96.6％ ～99.4％).结论 四川省甲型H1N1流感病毒的HA基因特性和抗原性没有发生明显变异.     

2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化与变异

目的 分析2011 - 2016年云浮地区新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因进化特征及抗原表位变异特征。方法 收集流感监测哨点医院流感样病例咽拭子标本,通过MDCK细胞对标本进行病毒分离。按时间顺序选取19株云浮地区新甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序。与Genbank中13株参考毒株相应序列比较,用BioEdit5.0、MEGA6.0软件构建HA基因系统进化树,进行核苷酸序列同源性和氨基酸位点变异分析。结果 19株毒株HA核苷酸序列高度相似;进化树可分为三大分支,各具基因特征。在19株毒株HA中发现45个氨基酸位点变异,其中有6个高频变异位点:P100S 、S202T/N、S220T、I338V、E391K、S468N;发生在抗原决定簇上的变异位点有位于Sa区的N142S、G172E、S179N、K180Q,Sb区的S202T/N和Ca区S220T;2016年分离的3株毒株中,抗原决定簇发生了Sa区S179N和K180Q、Sb区S202T和Ca区S220T变异。结论 云浮地区新甲型H1N1流感病毒HA蛋白在某些氨基酸位点发生了突变,抗原决定簇Sa、Sb 和Ca区的氨基酸位点发生了变异,2016年云浮地区可能出现了新甲型H1N1流感新变异株。     

2005～2006年流感季节河北省甲3亚型流感病毒血凝素重链区基因变异分析

目的：研究2005～2006年流感流行期河北省分离的甲3（H3N2）亚型流感病毒株血凝素重链（HA1）的基因特性,了解H3N2亚型流感病毒株HA1基因的变异及其与流感流行的关系。方法：用狗肾（MDCK）细胞分离培养流感病毒,提取病毒核糖核酸（RNA）,采用RT-PCR法扩增病毒HA1基因,纯化产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar软件作分析处理。结果：2005～2006年流感流行期在河北省分离到的H3N2亚型流感病毒株HA1与同时期的H3N2亚型流感疫苗株A/Calfornia/7/04相比其抗原性变异不大,核苷酸同源性为96.2%～98.2%,氨基酸同源性为98.7%～99.0%,3个位点发生了氨基酸替换,其中2个在抗原决定簇B区（188N〉D、193S〉F）,1个在受体结合位点（225D〉N）。结论：H3N2亚型流感病毒HA1尚未发生明显变异,与疫苗株同源性较高。人群对其已建立起较好的免疫屏障,这是河北省该流行期H3N2亚型活动水平低的主要原因。     

黑龙江省甲型H1N1流感病毒HA基因特性分析

目的测定流感病毒HA基因序列,从分子水平分析黑龙江省第1例甲型H1N1流感死亡病例病毒株以及2例2011年甲型H1N1流感病毒株HA基因的特点。方法采用MDCK细胞和Real-time PCR方法对甲型H1N1流感病毒HA基因片段进行分离、鉴定,并进行核苷酸序列测定和分析。结果将3例标本序列拼接后分别截取开放读码框内核苷酸同甲型H1N1代表株进行系统进化分析和同源性分析,结果显示新甲型H1N1流感病毒HA蛋白氨基酸与WHO推荐的疫苗株A/California/07/2009(H1N1)及中国的代表株A/Sichuan/1/2009(H1N1)亲缘关系最近,聚在一个分支上,同源性也较高,为98.6%～99.1%。结论目前的新甲型H1N1流感病毒的HA蛋白变异还很小,但应密切关注该病毒的变异情况。     

2009年上半年宁波市乙型流感病毒血凝素基因特征分析

目的:了解2009年上半年宁波市乙型流感病毒血凝素基因变异情况及种系分布。方法:采用狗肾传代细胞(MDCK)培养分离流感病毒,经血凝和血凝抑制试验鉴定后提取病毒RNA,经聚合酶链式反应扩增目的基因后进行乙型流感病毒的HA1区域基因片段的核苷酸序列测定。结果:2009年上半年宁波市共分离到的21株乙型流感病毒均为V ic-toria系毒株,在5、6月份出现流行高峰。血凝素基因重链区(HA1)基因片段的核苷酸序列测定结果,有两个不同的流行株同时存在,其中新的变异株与B/M alaysia/2506/2004相比已经有6个氨基酸被替代。结论:2009年宁波市乙型流感病毒为V ictoria系毒株,血凝素基因已经发生了一定的改变。     

1999-2012年浙江省乙型流行性感冒病毒血凝素与三个内部基因的变异分析

目的 探讨乙型流行性感冒病毒(简称乙型流感病毒)分离株血凝素(hemagglutinin,HA)、核蛋白(nucleoprotein,NP)、基质蛋白(matrix protein,M)和非结构蛋白(nonstructural protein,NS)基因的分子变异特征.方法 选取浙江省1999-2012年乙型流感病毒分离代表株31株,进行HA重链区(HA1)、NP、M和NS基因测序,并构建基因进化树,估算此4个基因的核苷酸进化速率并分析其氨基酸变异位点.结果 31株乙型流感病毒分离株在HA1基因进化树上分别处于Victoria系和Yamagata系两大分支,分别以B/Victoria/2/87和B/Yamagata/16/88为代表.2010年之后Victoria系分离株的NP基因与Yamagata系毒株高度同源,处于同一进化分支.估算HA1 、NP、M和NS基因的核苷酸年进化速率分别为2.29×10-3、1.39×10-3、1.78×10-3、1.30×10-3/位点.Victoria系分离株HA1氨基酸重要变异位点主要包括K48E、L58P 、N75K 、K80R、K129N/S、N165K、S172P、S197N/D和A202V,Yamagata系分离株HA1的变异位点包括R48K、S150I、N166Y、N203S、G230D和D233N.2010年之后的Victoria系分离株NP氨基酸序列与Yamagata系毒株类似,与之前的毒株存在4个特征性氨基酸位点的变异,分别为A60D、L233V、N513S和V534I.结论 1999-2012年浙江省乙型流感病毒分离株发生明显变异,表面抗原基因HA1进化速度快于内部基因,基因重配和基因突变是病毒发生变异的主要机制.     

2006年杭州余杭区甲1亚型流感疫情的应急检测及基因特性分析

目的:对6起流感样疫情进行应急检测并对分离到的流行株的基因特征进行分析。方法:应用荧光RT-PCR的方法对6起流感样疫情进行检测并进行病毒分离,挑选H1N1亚型流感病毒的代表株进行血凝素基因(HA1)片断的核苷酸序列测定,分析基因和氨基酸变异情况。结果:应用荧光PCR检出甲1型流感阳性样本12例;与当前疫苗株A/Newcaledonia/20/1999相比,新分离到的流感株氨基酸序列有较大的差异,两者为不同性状的毒株。结论:H1N1亚型流感病毒重新引起流行并成为优势株,与其抗原性的变异及人群中针对这一病毒的免疫力下降有关。     

2015年盐城市甲型H3N2亚型流感病毒HA1基因分子进化特征分析

目的了解盐城市2015年甲型H3N2流感病毒分离株表面血凝素HA1基因分子进化特征。方法对哨点医院流感样病例标本进行核酸检测、病毒分离;选取甲型H3N2毒株,采用一步法RT-PCR扩增其HA1区,并进行序列分析,采用DNAStar软件包中MegAlign进行核苷酸及氨基酸同源性分析,以MEGA6.0软件进行序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2015年盐城市流感样病例(ILI)监测样本中流感病毒核酸阳性率为8.36%,乙型、甲型H3N2、新甲H1N1型交替流行。抽取的7株甲型H3N2分离株,其HA1基因核苷酸同源性为98.7%~100.0%,氨基酸同源性为97.9%~100.0%;其HA1区氨基酸位点变异呈散在性分布,均未发生氨基酸的丢失和插入,氨基酸突变主要位于抗原决定簇的A、B和C区。除A/JSYC/11025/2015外,其余6株新增2个糖基化位点,其中158aa位点位于抗原决定簇B区。结论 2015年盐城市流感流行以甲型H3N2和乙型Yamagata系为主,具有典型的冬、夏双高峰特点。病毒HA1区基因特性逐渐发生变异,可能导致抗原变化,应进一步加强流感病原学监测。     

南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征研究

目的了解南平市2009年季节性H1N1流感病毒血凝素HA1基因特征。方法随机选取4株从哨点医院分离到的季节性H1N1流感毒株,进行核酸提取和RT-PCR扩增,获得HA1基因片段,测定核苷酸序列,分析其基因特征。结果 4株季节性H1N1流感病毒与A/California/01/2009（H1N1）高度同源,同源性高达99.1%;相对于当前疫苗代表株A/Brisbane/59/2007（H1N1）,其HA1区出现V131A、S141N、I184V、G185A、N186D、A189T和F260Y的氨基酸位点的改变;糖基化位点未发生改变。结论南平市2009年分离的季节性H1N1流感病毒抗原性发生一定的突变,但变异程度不大,应密切关注疫苗株对毒株的免疫效果。     

Inhibition of mTOR/S6K1/4E-BP1 Signaling by Nutraceutical SIRT1 Modulators

The mTOR pathway plays a crucial role in many human diseases, mostly associated with an over hyperactivity of the mTOR signaling, which makes its inhibitors potentially effective therapeutics. Thus, it is important to consider not only the mTOR pathway, but also all those factors that play a key role in its regulation, such as SIRT1 and AMPK. We previously demonstrated the role of some nutraceutical SIRT1 modulators in AMPK and mTOR pathway, showing the presence of a synergistic effect. Now we take further our research by evaluating the effect of berberine, quercetin, tyrosol, and ferulic acid on the mTOR/S6K1/4E-BP1 signaling, along with the existence of any synergistic effect between the following associations: berberine + tyrosol, tyrosol + ferulic acid, ferulic acid + quercetin. Our results indicate the existence of an important relationship between the substances tested and the pathway of mTOR/S6K1/4E-BP1, a report corroborated by the bond of mTOR with SIRT1/AMPK pathways and by their reciprocal regulation.     

Das pandemische H1N1-Influenzavirus/2009

The generation of pandemic influenza A viruses of the previous century as well as that of the current influenza A/H1N1/2009 pandemic appear to be governed and preceded by reassortment events in other mammalian species. So far, it could not be shown that transmission of avian influenza viruses to humans will directly cause a pandemic. Zoonotic transmissions of avian and also of porcine influenza viruses of diverse subtypes have been repeatedly described. However, these events did not lead to further spread and establishment of these viruses. This is in contrast to the current A/H1N1/2009 viruses which already have started to outcompete seasonal human influenza viruses. The actual molecular key factors required for a successful exchange of genome segments between different influenza virus strains and which factors foster the consecutive spread of certain reassortant viruses in the human population remain to be pinpointed. It has been elucidated so far that newly introduced genome segments need to be compatible with both the remaining original segments and the human hosts.     

PD-1/PD-L1与脓毒症的免疫紊乱

脓毒症(sepsis)在1991年初次被定义为感染所致的机体全身炎症反应综合征(SIRS).2016年脓毒症国际共识更新至Sepsis 3.0,即由感染所致宿主免疫反应失调引起的威胁生命的器官功能障碍.在脓毒症免疫抑制阶段,程序性死亡受体1(programmed cell death protein-1,PD-1)与程...     

In vitro antiviral activity of hypothiocyanite against A/H1N1/2009 pandemic influenza virus

Influenza virus spreads via small particle aerosols, droplets and fomites, and since it can survive for a short time on surfaces, can be introduced into the nasal mucosa before it loses infectivity. The hypothiocyanite ion (OSCN⁻), product of the lactoperoxidase/H₂O₂/SCN⁻ system of central airways, is emerging as an important molecule for innate defense mechanism against bacteria, fungi and viruses. Here we demonstrated that OSCN⁻ displays virucidal activity in vitro against the A/H1N1 2009 pandemic influenza virus. The concentration required to inhibit viral replication by 50% was 2 μM when virus were challenged directly with OSCN⁻ before cell inoculation. These values were even lower when inoculated cells were maintained in contact with enzyme free-OSCN⁻ in the culture medium. The last experimental conditions better reflect those of tracheobronchial mucosa, where HOSCN/OSCN⁻ is retained in the air–liquid interface and inactivates both the viruses approaching the epithelium from outside and those released from the inoculated cells after the replication cycle. Importantly no OSCN⁻ cytotoxicity was observed in the cellular system employed. The lack of toxicity in humans and the absence of damage on surfaces of fomites suggest a potential use of OSCN⁻ to avoid mucosal and environmental transmission of influenza virus. Since hypothiocyanite is normally present in human airways a low risk of viral resistance is envisaged. In vivo confirmatory studies are needed to evaluate the appropriate dose, regimen and formulation.     

新型冠状病毒肺炎实验室诊断技术研究进展

 

2019年12月,湖北省武汉市发现以肺部病变为主的新型冠状病毒感染,2020年2月11日世界卫生组织（WHO）将由新型冠状病毒引发的疾病正式命名为2019冠状病毒病（coronavirus disease 2019,COVID-19）,该病毒称为严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）。COVID-19短时间内扩散到全国,3月11日WHO宣布COVID-19已构成全球大流行。实验室检测是确诊COVID-19的重要依据,对于该病的治疗和防疫工作至关重要。本文对COVID-19实验室临床诊断技术相关进展进行整理综述。

     

广西地区人群gstM1和gstT1编码基因型多态性与肝细胞癌易感性分析

目的探讨解毒酶基因gstM1和gstT1的空白基因型（null）与黄曲霉毒素B1（AFB1）相关肝细胞癌（HCC）的易感性。方法应用聚合酶链反应技术对广西地区AFB1高污染区140例HCC患者和536例对照人群的gstM1和gstT1基因多态性进行检测，进行以医院为基础的病例对照研究。结果①gstM1-present基因型和gstT1-present基因型为HCC保护基因型，而二者的null基因型为HCC风险基因型，其校正OR值（95％CI）分别为2．07（1．20～3．57）和1．44（0．85～2．45）；②在同时有gstM1和gstT1两个基因缺失的个体中其患癌风险比单一缺失者大（校正OR=2．43，95％CI：1．19～4．97）；③gstM1-和gstT1-null基因型与AFB1暴露程度在HCC发病中具有协同作用，从中低度至高度AFB1暴露时，其校正OR值（95％CI）分别升高达12．76（5．38～30．24）和7．82（3．61～16．90）。结论解毒酶基因gstM1和gstT1多态性与HCC易感性相关，二者的null基因型均增加患HCC风险，二者同时出现时患HCC风险更为明显；gstM1和gstT1的null基因型在HCC发病中与AFB1暴露程度呈正相关。