绞股蓝的RAPD指纹图谱鉴定及其特异DNA片段克隆、序列分析

目的:在DNA分子水平上鉴定绞股蓝及其伪品乌蔹莓.方法:用筛选出的两条随机引物(WGS001,WGS004)对不同采集地绞股蓝及乌蔹莓基因组DNA进行PCR扩增,将引物WGS004扩增7份绞股蓝样品中的具有相同迁移率的1条500 bp左右的DNA片段进行克隆、测序、一致性分析,并在NCBI上作Blastn比对检索.结果:以上两条引物能分别扩增得到绞股蓝与乌蔹莓样品基因组的差异性DNA片段,这些片段可以明确区别绞股蓝与乌蔹莓.经克隆获得的7条绞股蓝DNA序列间的一致性在45.7%～94.5%之间,在NCBI上检索后未见相似序列的报道,为新序列.结论:RAPD技术可有效地鉴别绞股蓝和乌蔹莓,本研究克隆得到一段绞股蓝DNA序列,为绞股蓝的品种鉴定、辅助选择育种等研究奠定了基础.     

3种DNA分子标记法联合鉴别草珊瑚及其混伪品

目的采用18 S rRNA基因、ITS2序列、SCAR标记等3种DNA分子标记法鉴别草珊瑚,为其分子鉴定提供依据。方法通过PCR扩增、克隆测序后获得草珊瑚18 S rRNA基因序列,并进行Blast比对;通过PCR扩增、测序并注释后获得草珊瑚ITS2序列,从GenBank上收集混伪品和其他植物的ITS2序列,使用MEGA5.5软件,计算种内种间遗传距离,构建系统聚类树;通过RAPD法获得草珊瑚SCAR分子标记,克隆测序后,设计特异性引物扩增草珊瑚及其混伪品。结果获得的草珊瑚18 S rRNA基因长度为1 820 bp,Blast比对显示草珊瑚与金粟兰科同源性最高,同源性为99%,证明其为草珊瑚的18 S rRNA基因。获得的草珊瑚ITS2序列长度为500 bp,草珊瑚与其混伪品之间的遗传距离为0.190～0.219,混伪品之间的遗传距离为0～0.074,聚类分析显示草珊瑚聚为一支,混伪品聚为一支,与其他植物距离较远。获得草珊瑚的SCAR分子标记,用特异性引物扩增出现草珊瑚特异性产物,混伪品未出现特异性产物。结论 3种分子标记法联合可更有效地鉴别草珊瑚及其混伪品,从而建立一套新的鉴别草珊瑚与混伪品的方法,为其鉴别提供新的思路。     

基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别

目的:建立基于matK基因的高良姜及其同属混伪品的分子鉴别方法。方法:采用通用引物对高良姜样品matK基因进行PCR扩增和双向测序,并从Gen Bank下载10种同属混伪品的matK基因序列。采用Clustal X、MEGA软件进行序列比对分析、计算遗传距离以及构建聚类树。结果:获得的高良姜及其同属混伪品matK基因序列长度为732 bp,变异位点41个。高良姜种内遗传距离为0.000,与混伪品之间的最小遗传距离为0.003。基于matK序列构建的系统发生树显示高良姜样品聚在一起,能直观地与混伪品区分。结论:matK基因可以有效地鉴别高良姜及其同属混伪品。     

远志药材及其混伪品的DNA条形码鉴定

目的：对中药材远志及其混伪品进行分子鉴定,保障药材质量及用药安全。方法：对46份样品进行DNA提取,通过聚合酶链式反应（PCR）扩增其psbA-trnH序列并双向测序,应用CodonCode Aligner V3.7.1对测序峰图校对拼接,去除低质量区和引物区,得到psbA-trnH序列,用MEGA 6.0对序列进行比对分析,基于K2P遗传距离构建系统聚类树。结果：通过相似性搜索法能准确鉴别远志及其混伪品,远志两个基原的种内最大K2P距离分别为0.004和0,均小于其与混伪品的种间最小K2P遗传距离（0.010 和0.005）,基于psbA-trnH序列的系统发育树可将远志药材及其混伪品明显区分开。结论：psbA-trnH序列能有效鉴别远志药材及其混伪品,为中药材的质量控制提供新方法。     

基于DSS标记特异性PCR鉴别冷背药材木槿皮基原植物及其混伪品

目的 冷背药材作为宝贵的药材资源，但因其本身的特殊性和复杂性，导致其鉴别成为中药鉴定中的难题，因此亟需建立冷背药材的鉴别方法。该研究利用DNA特征序列（DSS）标记，建立一种冷背药材木槿皮基原植物木槿及其混伪品的特异性聚合酶链式反应（PCR）鉴别方法。方法 基于叶绿体基因组序列分析获得木槿皮的候选DSS标记，使用DNA测序手段对DSS标记进行验证，基于得到的可靠DSS标记设计木槿皮基原植物特异性鉴别引物，对PCR反应条件进行优化，并进行耐受性和适用性的考察。结果 将扩增产物的测序结果与DSS比对后得到了1个可用于鉴定木槿的DSS标记，揭示了木槿正混伪品的区别特征，根据DSS标记设计出一对木槿正品特异性鉴别引物，使用该引物进行PCR扩增和凝胶电泳后木槿均出现约270 bp的单一明亮条带，而其4种混伪品均无此条带。结论 该研究得到的1个DSS标记可用于木槿的真伪鉴定，基于此DSS标记设计的特异性鉴别引物可准确、简便的鉴别木槿皮的基原植物及其混伪品，为木槿正伪品的分子鉴定提供了新的方法与思路。     

肿节风SCAR分子标记克隆与验证

目的探讨肿节风SCAR分子标记克隆与验证。方法从随机引物库中挑选出45条10碱基的随机引物,采用RAPD方法对4种不同产地肿节风基因组DNA进行扩增,从中筛选出S₄₁号引物扩增的RAPD分子标记,克隆测序后,经比对确定其同源序列获得SCAR分子标记,设计引物,对9种不同产地的肿节风和3种同科混淆品鸡爪兰、及己与金粟兰进行特异PCR扩增,验证引物特异性。结果 RAPD扩增获得中药肿节风的SCAR分子鉴定标记,据此设计出鉴定肿节风的特异引物,PCR扩增显示肿节风在500 bp左右处均出现有条带,与预期扩增长度基本相符,而3种同科植物均未出现条带。结论本研究获得肿节风SCAR分子标记,并设计出特异引物,可用于鉴别该药材与其混淆品。     

基于ITS2序列的积雪草及其混伪品的分子鉴定

目的：快速准确的鉴别中药积雪草及其混伪品。方法：采用ITS2序列片段,对其进行PCR扩增、测序,运用Codon CodeAligner、MEGA4．1等软件进行序列拼接和分析,构建积雪草及其混伪品的NJ树。应用Koetschan等建立的ITS2数据库及其网站预测ITS2二级结构。结果：积雪草及其混伪品ITS2序列之间存在明显差异,不同积雪草样品在NJ树上独立聚为一支。结论：运用ITS2序列可以准确鉴定积雪草及其伪品。     

中国不同地区绞股蓝ITS序列分析

目的 比较中国不同地区绞股蓝的nrDNA ITS碱基序列的差异,以期分析绞股蓝的地理分布与ITS基因型的相关性,为我国不同地区绞股蓝的鉴别提供分子依据.方法 PCR克隆测序,MegAlign(DNASTAR)软件对序列进行对位排列,PAUP4.0b10软件进行系统发育分析,构建最大简约树.结果 绞股蓝ITS区长度为658～659 bp,变异位点为8.48%,信息位点为2.72%.不同地区的样品在碱基的量、信息位点的碱基位置和遗传距离等方面存在一些差异.系统发育分析表明ITS基因型与绞股蓝的地理分布具有一定的相关性,但也有部分不一致,可能主要是因为纹股蓝种内复杂的倍性.结论 ITS序列可作为中国不同地区绞股蓝的一种良好的分子标记,而要确定不同地区的绞股蓝合理的亲缘关系还需要结合其他方面的证据.     

基于ITS2序列的藁本与常见混伪品的分子鉴定

本文对药材藁本及其常见混伪品的rDNA ITS2进行了PCR扩增、测序,并运用MEGA软件对该区进行序列分析,比较了ITS2碱基序列的差异及其规律,同时为药材藁本及混伪品的指纹图谱鉴别提供分子标记。结果显示辽藁本的种内差异较小,而与其主要混伪品间存在较大的变异,差异性范围为5.7%~35.3%。根据ITS2序列特征构建的系统树,药材藁本的样品紧密的聚在一起,和其混伪品可以明确区分,支持率为100%。此外,ITS2的二级结构可作为鉴定药材藁本及混伪品种的一个方法,具有一定的系统学及分类学意义。本研究表明rDNA ITS2序列分析可作为药材藁本与混伪品的一种有效的分子鉴定方法,具有重要的应用价值。     

威灵仙一种新伪品的生药学和分子生药学鉴别

目的:运用生药学和分子生药学研究思路和方法,对市场上一种威灵仙新伪品进行鉴别,为保障威灵仙药材的安全使用提供实验依据。方法:对威灵仙及其伪品进行性状、显微等生药学研究,描述威灵仙及其伪品的生药学鉴别特征。对威灵仙及其伪品的分子生药学研究,通过试剂盒提取样品的DNA,聚合酶链式反应(PCR)扩增及双向测序获得其内转录间隔区(ITS)序列,根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中已收录的ITS序列进行相似度分析及DNA条形码溯源。结果:威灵仙及伪品的生药学鉴别特征主要有外皮颜色以及有无茎节等;横切面显微特征区别主要为有无髓。分子生药学研究表明,该伪品的基原植物为紫金牛科紫金牛Ardisia japonica。结论:该威灵仙伪品为紫金牛的茎及根茎,该伪品与威灵仙在成分、功能主治方面差别较大,在临床应用上应严格区分。     

绞股蓝叶片分化与植株再生

目的 建立高效稳定的绞股蓝受体系统,为绞股蓝基因转化研究奠定基础.方法 以五叶绞股蓝Gynostemma pentaphyllum叶片作为外植体,采用不同配比激素的MS培养基进行诱导培养获得丛生芽,进而生根获得再生植株.结果 采用MS 6-BA 1.0 mg/L培养基时,绞股蓝叶片分化频率最高(40%),MS 6-BA1.0 mg/L适合绞股蓝丛生芽继代增殖,1/2 MS适宜诱导生根获得健全再生植株.结论 为利用根癌农杆菌介导法进行绞股蓝基因转化建立了稳定的直接分化再生系统.     

基于SCAR分子标记的头花蓼分子鉴定研究

目的: 建立快速准确的头花蓼与尼泊尔蓼药材的分子标记鉴定方法。方法: 通过RAPD随机引物筛选,获得头花蓼特异的RAPD 分子标记片段,经克隆、测序,重新设计特异性引物转化形成稳定的SCAR标记。结果: 获得2条稳定扩增的头花蓼特异片段Z300,Z1100,根据该2特异片段序列设计4对特异引物,分别对头花蓼与尼泊尔蓼药材DNA进行扩增,其中引物Z1-2可从头花蓼药材中扩增获得约300 bp 的片段,而尼泊尔蓼药材则未扩增出该片段。结论: 引物Z1-2成功将Z300片段转化为SCAR分子标记,可作为头花蓼与近缘种尼泊尔蓼药材分子鉴定的依据。     

野生红景天的RAPD和ISSR遗传多样性分析

目的采用RAPD和ISSR分子标记进行野生红景天种间亲缘关系及种内的遗传多样性分析。方法用CTAB法提取基因组DNA,然后通过筛选得到的11个RAPD及11个ISSR引物对不同采集地的4种野生红景天进行遗传多样性分析。结果 11条RAPD引物共扩增出96条条带,多态性百分比为90.62%;11条ISSR引物共扩增出102条条带,多态性百分比为100%。ISSR多态性的检测能力优于RAPD;聚类分析结果表明,ISSR法、RAPD和ISSR联用法均将17个样品聚为3大类;RAPD将样品聚为4大类。结论 2种标记均可用于红景天属植物种间亲缘关系与种内遗传多样性研究;4种红景天种内存在一定的遗传差异,种间基因流较小。     

吴茱萸RAPD体系构建及道地性遗传背景研究

目的建立吴茱萸的RAPD分子标记技术并对吴茱萸的道地性遗传背景进行探讨。方法应用试剂盒法提取吴茱萸基因组DNA;筛选RAPD引物;对全国3个省市5个吴茱萸产区采取的48份样品进行RAPD分子标记,应用NTSYS-PC软件进行聚类分析。结果获得了吴茱萸的RAPD分子标记方法 ;通过对RAPD扩增结果进行聚类分析,发现不同品种吴茱萸差异较大,浏阳地区的吴茱萸和其他石虎品种在相似度系数为0.68时聚集为两个类群;而同一品种的石虎遗传背景差异明显,在相似度系数为0.78时,铜仁、浏阳、建德、温州的样品各自聚集在相同地域的族群。结论吴茱萸遗传背景差异明显,RAPD技术是一种可用于吴茱萸道地性遗传背景分析的有效手段。     

野葛种质资源的随机扩增多态性DNA技术分析

目的:建立野葛RAPD分子标记技术并对野葛种质资源遗传背景进行探讨。方法:结合葛根素的测定,应用RAPD技术对11个产地野葛进行遗传多样性分析。结果:葛根素含量在3.26%~7.10%,8条引物共扩增出45条带,其中37条呈多态性,发现RAPD多态位点为82.22%,证明在野葛种质资源中存在较丰富的遗传多样性。结论:我国野葛具有明显的遗传分化,这些遗传分化是野葛种质资源筛选的关键。     

金线莲RAPD-SCAR标记的开发和种质遗传多样性评价

目的研究不同种质资源金线莲Anoectochilus roxburghii的遗传进化关系,开发高效、实用的分子标记方法。方法在20个不同产地金线莲种质资源的基础上开发RAPD标记,并将其换成特异SCAR标记。结果从100条RAPD随机引物中筛选出28条具有显著多态性的引物,扩增得到135条多态性位点。RAPD聚类分析显示,当20个金线莲种质资源平均遗传距离为0.748时,可以聚为6类,同一区域起源金线莲基本归为一类,表明不同区域金线莲种质资源存在着显著遗传差异。在此基础上,从多态性RAPD条带中挑选出5个特异位点转换为SCAR标记,并在不同金线莲种质资源中进行验证,结果显示5条SCAR标记具有显著的种质资源特异性和扩增模式。结论所筛选的特异RAPD-SCAR标记为加快金线莲优良品种选育进程奠定坚实基础。     

铁皮石斛人工栽培居群的遗传多样性研究

目的了解铁皮石斛人工栽培居群的遗传多样性,为种质资源的保护与新品种的选育提供基础。方法利用RAPD分子标记对浙江义乌、天台、建德、武义,云南麻栗坡、勐海的14个居群的铁皮石斛和1个居群的紫皮石斛进行遗传多样性分析。结果从225个RAPD引物中筛选出15个引物,对105个铁皮石斛和3个紫皮石斛样本进行PCR扩增,共扩增出138条带,其中133条为多态性条带,多态性条带比率(PPB)为96.38%;14个铁皮石斛居群的多态位点(PPL)在10.79%～76.26%,平均为45.32%。结论全国主产区人工栽培的铁皮石斛遗传多样性丰富,铁皮石斛种质的亲缘关系远近与其地理种源具有显著的相关性,与栽培地点无关。     

中药山茱萸SCAR标记的研究

目的:建立山茱萸的SCAR标记,为山茱萸药材分子鉴定提供科学依据.方法:用随机引物进行RAPD筛选,获取特异的RAPD标记条带,分离提取RAPD标记条带,进行克隆和测序,根据测定RAPD标记条带的两端序列设计1对特异引物进行常规PCR反应,获得SCAR标记.结果:根据RAPD标记条带的序列设计筛选了4对特异引物,其中YST38,YST43分别对7个山茱萸品种样本的DNA进行SCAR扩增,7个山茱萸栽培品种均能产生单一的PCR条带,可以用作山茱萸的鉴别;而YST38对圆柱形果型、长梨形果型还有1条特异性条带,可以做为这2个品种的鉴别依据;YST39对7个山茱萸品种进行扩增,纺锤形果型样本的谱带大小(350～400 bp)比其余6个果型的谱带大小(650～700 bp)短了300 bp左右,这条谱带可以做为纺锤形果型的鉴别依据;YST92对圆柱形果型、长梨形果型均产生了1条600～700 bp的条带,椭圆形果型、短圆柱形果型产生了1条200～300 bp的条带,长圆柱形果型、纺锤形果型、短梨形果型3个果型无扩增,YST92可用来筛选山茱萸的几种果型.结论:建立的SCAR标记,条带清晰明亮,结果稳定,可作为山茱萸品种选育和药材分子鉴定的依据.     

基于SNP分子标记的甘草产地鉴别研究

目的：应用单核苷酸多态性（SNP）分子标记技术鉴别甘草产地。方法：参考甘草全基因组序列,对不同产地甘草的重测序数据进行比较分析,挖掘可鉴别不同产地甘草的SNP位点信息。结果：不同产地甘草的重测序数据存在差异,找到可鉴别新疆、内蒙古及甘肃产甘草的SNP位点信息及方法。结论：基于甘草基因组的SNP分子标记技术可鉴别不同产地甘草,为甘草产业健康有序发展提供技术依据。