不同海拔地区藏族胃癌患者miRNA的初步筛选

目的 筛选不同海拔地区生活的藏族患者的胃癌组织微小RNA(miRNA)差异表达,探讨高原地区外环境缺氧是否参与调控肿瘤的发生、侵袭和转移等.方法 选择5对不同海拔地区生活的藏族胃癌患者作为研究对象(其中海拔﹥3500 m者5例,海拔﹤2450 m者5例),对胃癌组织及其配对癌旁组织进行miRNA芯片检测,分析差异miRNA,查询差异miRNA-靶基因,预测的靶基因应用DAVID数据库进行功能富集分析(GO分析)和pathway富集分析.结果 在5对不同海拔地区生活的藏族胃癌患者的胃癌组织及其配对癌旁组织中找出16个差异表达的miRNA,在海拔﹥3500 m组均上调,仅有hsa-miR-1260b、hsa-miR-130b-3p、hsa-miR-3648、hsa-miR-4284预测到验证的靶基因,其中hsa-miR-1260b预测118个,hsa-miR-130b-3p预测151个.这些靶基因富集在细胞增殖、基因表达调控、转录调控、细胞周期、细胞内信号传导等生物学过程和功能上;pathway富集到癌症通路上.结论 在高原藏族胃癌患者的肿瘤生长、侵袭、转移及肿瘤耐药等过程中,hsa-miR-1260b、hsa-miR-130b-3p可能发挥着重要的作用.     

miRNA在肝癌侵袭转移及预后预测中的研究进展

 miRNA是一类广泛存在于体内的小RNA,其片段 19～22 bp,可以调节基因转录后表达。通常认为,miRNA常表现为抑制靶基因表达,在肿瘤发生过程中,通过调节癌基因或抑癌基因表达影响肿瘤生物学行为。根据其促癌或抑癌作用miRNA也可分为癌基因和抑癌基因。肝癌是预后极差的恶性肿瘤,相同分期患者可有截然不同的预后,miRNA在肝癌预后的预测方面的研究逐渐增多,组织或外周血中miRNA作为肝癌诊断、治疗及预后预测的特异性标志物得到不断重视, 文章对miRNA在肝癌侵袭转移及预后预测中的研究进展进行综述。     

微小RNA在肿瘤基因中的研究进展

微小RNA(miRNA)是近年来发现的一类长度为19～25碱基的非编码小分子单链RNA,普遍存在于生物界,在不同物种间具有高度的保守性,其表达具有细胞特异性或组织特异性.通过与miRNA特异性的碱基完全或不完全的互补配对,降解其靶基因miRNA或抑制其翻译,从而参与肿瘤细胞的增殖、分化和细胞凋亡过程.miRNA可通过调控其靶基因,影响肿瘤的发生和发展,发挥着类似于癌基因或抑癌基因的功能.目前研究表明,miRNA与肿瘤的发生相关.阐明miRNA与肿瘤基因的关系,对其作为癌症潜在的治疗靶点具有重要意义.     

miRNA let-7f-1-3p在伯基特淋巴瘤中的差异性分析

目的 研究伯基特淋巴瘤（BL）中差异表达的miRNA,探讨可用于BL鉴别诊断的miRNA标志物.方法 收集BL病例,miRNA芯片筛选其与淋巴结反应性增生之间的差异miRNA表达谱;运用miRWalk数据库对差异miRNA进行靶基因预测;利用MAS3对靶基因进行GO注释和KEGG信号通路分析.结果 与淋巴结反应性增生组织相比,BL中共有46个表达异常的miRNA,包括3 1个上调miRNA和15个下调miRNA;对miRNA let-7f-1-3p靶基因预测得到2837条靶基因,与BL密切相关的基因有16个：CENPC1、FANCF、IL4R等;GO注释显示主要涉及多细胞器官发育,RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控等生物学过程,KEGG分析显示主要涉及癌症信号通路,TGF-beta信号通路中.结论 在BL中发现了表达异常的miRNA,生物信息学分析对差异miRNA分析结果提示,这些差异miRNA可以作为BL鉴别诊断的新肿瘤标志物.     

miR-218在子宫颈癌组织中的表达及预测的靶基因的生物信息学分析

目的 探讨miR-218在子宫颈癌组织中的表达,并对其预测的靶基因进行生物信息学分析,为miR-218在子宫颈癌发生中的作用机制研究提供理论基础.方法 利用miRNA芯片技术检测3份子宫颈癌组织及3份正常子宫颈组织中miRNA表达谱,用实时定量聚合酶链反应（PCR）法在55例子宫颈组织中进行验证.通过生物信息学预测miR-218的靶基因,并对其靶基因进行基因本体（G0）功能富集分析及KEGG信号转导通路富集分析.结果 芯片结果显示子宫颈癌组织中有15个miRNA表达上调（＞2倍）,10个miRNA表达下调（＜0.5倍）,其中miR-218下调最明显.miR-218预测靶基因集合功能富集于生物学调控、蛋白代谢、细胞迁移和黏附、细胞分化等生物学过程,以及蛋白结合、连接酶活性等分子功能上;KEGG通路分析涉及癌通道、黏附连接、胰岛素信号通路、凋亡等信号转导通路及前列腺癌、急性和慢性髓系白血病等疾病通路.结论 miR-218在子宫颈癌组织中呈低表达,miR-218预测靶基因集合显著富集在与肿瘤发生相关的信号通路中.     

微小 RNA 在结直肠癌治疗中的研究进展

结直肠癌以微小 RNA（miRNA）为例的分子靶向治疗方法已经逐渐进入人们的视野。miRNA通过在肿瘤细胞或其所处微环境中异常表达,影响着结直肠癌的生物学进展。miRNA 在特异组织中的高或低表达,可以通过影响癌基因、抑癌基因的表达,或影响肿瘤微环境、肿瘤转移性、肿瘤耐药性等方面达到治疗结直肠癌的效果。现今许多 miRNA 已经进入动物实验阶段。     

肺鳞癌组织Hsa-mir-182差异表达的研究

目的:寻找肺鳞状细胞癌组织中与正常组织中差异表达的微小RNA(miRNA),并对其进行生物学功能的预测及验证。方法:应用芯片技术筛选30例肺鳞癌组织中与正常组织中差异表达的miRNA。选取差异表达的mir-182家族进行定量PCR验证,通过生物信息学网站预测其靶基因,并在体外进行荧光素酶报告基因验证。结果:Hsa-mir-182家族在肺鳞癌组织中表达丰度较正常组织明显升高。生物信息学网站预测发现,RASA1可能是mir-182的靶基因。体外过表达mir-182后,发现RASA1表达量显著下降,验证了RASA1确实为mir-182的靶基因。结论:Hsa-mir-182家族在肺鳞癌组织中显著高表达,而且RASA1基因系mir-182的靶基因。     

基于circRNA芯片数据的肺癌生物信息学分析

目的：环状RNA（circRNA）在肿瘤的发展过程中起着重要作用，但具体作用机制并不明确。本文旨在寻找肺癌与癌旁正常组织的差异表达circRNA并预测与其结合的MicroRNA（miRNA）的靶基因。方法：从基因表达数据库（Gene Expression Omnibus，GEO）下载circRNA表达谱数据，芯片GSE101684与GSE112214共包含7例肺癌患者样本与７例肺癌患者癌旁正常样本。首先，利用R软件筛选出样本中差异表达的circRNA；接着，在癌症特异性数据库（Cancer-Specific circRNADatabase，CSCD）中找到与差异表达显著的circRNA结合的miRNA；然后，利用Perl编程预测miRNA的靶基因；最后，利用生物学信息手段对靶基因进行基因本体论（Gene Ontology，GO）生物学功能富集分析与京都基因与基因组大百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，KEGG）信号通路富集分析。结果：共筛选出350个差异表达的circRNA，上调的circRNA有169个，下调的circRNA有181个，其中hsa_circ_0039908上调最明显。与hsa_circ_0039908结合的miRNA共有35个，对这些miRNA进行靶基因预测。GO富集分析结果显示与hsa＿circ＿0039908结合的miRNA靶基因主要参与肌肉组织发育、对类固醇激素的反应与细胞酰胺代谢过程的负调控等生物学过程。KEGG富集分析结果显示与hsa_circ_0039908结合的miRNA靶基因主要富集的信号通路有调节干细胞多能性的信号通路、FoxO信号通路与AMPK信号通路等。结论：hsa_circ_0039908在肺癌组织中显著上调，可能通过与其结合的miRNA间接调控靶基因SOCS7、BTG2与RLF等在肺癌中的作用。     

宫颈癌及癌前病变组织中microRNAs的差异表达

目的 寻找与宫颈癌及宫颈癌前病变相关的microRNA。 方法 利用miRNA芯片,筛查宫颈 癌组织、宫颈上皮内瘤变及正常宫颈组织中差异表达的miRNA,并用实时定量RT-PCR在60份宫颈组 织标本中对4个miRNA进行验证。利用生物信息学对部分差异表达的miRNA的靶基因进行功能分析。 结果 与正常宫颈组织比较,宫颈癌及高级别宫颈病变（HSIL）中存差异表达的miRNAs,其中在宫 颈癌中下调最明显的是miR-218（下调倍数为0.175）,上调最明显的是miR-21（上调倍数为5.68）。 实时定量RT-PCR验证结果与miRNA芯片结果基本一致。功能分析显示预测的miR-218及miR-21的靶基 因与肿瘤的生长、侵袭转移有关。结论 宫颈癌及癌前病变中存在异常表达的miRNA,它们在宫颈癌 发生过程中可能起癌基因或抑癌基因的作用。     

基于生物信息学分析的食管鳞状细胞癌关键枢纽基因的筛选及验证

[摘要] 目的: 采用多种生物信息学分析工具,筛选与食管鳞状细胞癌（esophageal squamous cell carcinoma, ESCC）发生发展相关的枢纽基因（Hub gene）,并分析其生物学功能。方法：选取GEO食管鳞状细胞癌芯片数据GSE100942 为研究对象,采用GEO2R软件对数据进行处理和分析,筛选差异表达基因,并通过生物信息学工具DAVID、String、Cytoscape 构建差异表达基因的蛋白互作网络并筛选Hub基因;应用GO及KEGG进行生物功能富集分析;同时通过网络工具MiRDB寻找可能调控Hub基因的miRNA,并构建Hub 基因-miRNA调控网络;利用GEPIA在线分析工具对筛选基因的表达和患者生存情况进行验证。结果：分析GSE100942 芯片数据共筛选出1229 个表达差异达2 倍以上及223 个表达差异达4 倍以上的差异基因,以及在食管癌组织中表达均上调的20 个Hub基因;功能富集分析显示这些差异基因主要富集到了癌症相关通路,并主要参与了细胞分裂及有丝核分裂等生物学过程;从Hub基因进一步鉴定了DLGAP5、BUB1B、TPX2、TTK、CDC20、CCNB2、AURKA、DEPDC1 为食管鳞状细胞癌相关的8 个关键Hub基因,他们参与了细胞增殖、细胞周期、信号通路等重要生物学过程。通过构建的miRNA调控网络分析,鉴定了CEP55、ECT2、NEK2、DEPDC1 及NUSAP1 等5 个Hub 基因受该网络高度调控。结论：基因芯片结合生物信息学方法能够有效分析与食管鳞状细胞癌发生发展相关的差异表达基因,筛选出的20 个Hub基因和其中的8 个关键基因可为进一步研究食管鳞状细胞癌发病的分子机制及分子标志物的筛选提供理论指导。     

多发性骨髓瘤相关微小RNA的研究进展

微小RNA（miRNA）是一类非编码的小分子RNA,其可通过抑制特异靶基因的翻译或直接降解靶基因,实现基因的转录后调控.大量研究显示,miRNA的异常表达与多系统肿瘤相关,对多发性骨髓瘤（MM）的研究发现,miRNA的异常表达参与了MM细胞的增殖、分化、凋亡及耐药等过程,并可作为MM的诊断标志物;某些miRNA甚至可能作为MM的有效治疗靶点.文章就MM相关miRNA的异常表达与MM的诊断、发病机制、耐药形成及其作为治疗靶点潜力的研究进展进行综述.     

结直肠癌相关成纤维细胞的microRNA的差异表达谱

目的:分析结直肠癌相关成纤维细胞(carcinoma associated fibroblasts,CAFs)与正常成纤维细胞(normal fibroblasts,NFs)的微小RNA(miRNA)表达谱差异。方法:收集结直肠癌组织和癌旁正常肠黏膜共3对,抽提、纯化RNA,加入荧光标记后与miRNA寡核苷酸基因芯片杂交,应用SAM软件进行数据分析,对有显著差异的miRNA进行实时荧光定量PCR验证,采用靶基因分析软件分析miRNA功能。结果:hsa-miR-138,hsa-miR-210,hsa-99a等12个miRNA在肿瘤组织中显著上调,中位假基因验出率(FDR)<5%;has-miR-29b、has-miR-494、has-miR-126等28个miRNA显著下调(FDR<5%)。结论:结直肠癌与正常结肠黏膜之间存在明显的miRNA差异表达谱,这些miRNA的差异性表达可能与结直肠癌的发病、侵袭、转移相关。     

骨肉瘤miRNA分子共调控网络的构建北大核心CSCD

目的探讨骨肉瘤潜在的miRNA分子调控网络,为解析骨肉瘤发生发展的分子机制提供理论支撑。方法通过差异表达分析获得骨肉瘤组织表达水平发生显著性改变的miRNA,并找到具有显著差异的miRNA靶基因;再通过KEGG代谢通路富集分析以及GO基因功能注释,探究骨肉瘤组织与正常组织相比表达水平发生显著性改变基因的功能,构建分子共调控网络。结果筛选差异表达miRNA52例,其中31例miRNA上调表达,21例miRNA下调表达;参与肿瘤通路的miRNA共有5例,其关联靶基因共有314个。KEGG代谢通路富集分析结果与GO基因功能分析结果显示,差异表达基因主要参与肿瘤相关的代谢通路。基于差异表达基因及TRED数据库中所收录的人类转录因子信息,对差异表达基因进行分子偶联,构建了分子共调控网络。结论基于分子共表达网络,对骨肉瘤发生发展的分子作用机制进行了系统性挖掘。     

胃癌弱差异基因表达谱中DNMT3A基因表达和生物学作用的探讨

目的:明确胃癌差异基因表达谱中弱差异表达基因的敏感性和特异性;探讨胃癌弱差异表达基因DNMT3A在胃癌发生发展中的生物学作用和意义.方法:利用半定量RT/PCR方法验证了胃癌弱差异基因表达谱中DNMT3A基因的表达水平,并利用GoMiner软件研究了DNMT3A的生物学功能.结果:DNMT3A基因在胃癌组织中比癌旁正常组织表达微弱升高,基因表达变化倍数为1.13,与基因芯片的表达变化(1.10)一致GoMiner软件功能注释表明DNMT3A在甲基化和转录调控等方面具有重要生物学功能.结论:可以在实验室中利用分子生物学方法验证胃癌差异基因表达谱中的弱差异表达基因;弱差异表达基因DNMT3A的异常表达与多种肿瘤的发生有密切的联系,并且可能在胃癌的发生发展中具有重要的生物学作用.     

miR-100抑制肝癌细胞恶性生物学行为的分子机制

目的:研究miR-100对肝癌细胞恶性生物学行为的影响及其分子机制。方法:采用实时定量PCR检测miR-100在36例原发性肝细胞癌和对应癌旁组织中的表达及其与患者临床病理参数之间的关系;在肝癌细胞系中上调/下调miR-100的表达,检测其对肝癌细胞增殖能力及成瘤能力的影响。miRNA靶基因预测软件分析miR-100下游靶基因。结果:miR-100在肝癌组织中低表达并且与肝癌的恶性程度与患者的预后相关。过表达miR-100能够抑制肝癌细胞的恶性生物学行为;干扰miR-100促进肝癌细胞的恶性生物学行为。靶基因预测软件分析显示miR-100能够靶向IGF1R抑制该基因的表达。结论:miR-100在肝癌组织中低表达,能够抑制肝癌细胞的恶性生物学行为并且与患者的预后相关,有望成为潜在的肝癌治疗的分子靶点。     

miR-10a-5p基因甲基化对卵巢癌铂类耐药的影响

目的 卵巢癌是死亡率最高的妇科肿瘤,较强的化疗耐药性是其预后差的主要原因之一,为了阐明卵巢癌对铂类药物的耐药机制,本研究探讨miRNA基因的甲基化水平对卵巢癌铂类耐药的影响.方法 将卵巢癌组织分为敏感组和耐药组,每组各3例;采用基因芯片技术,对比分析了两组微RNA(microRNA,miRNA)的表达差异;采用实时荧光定量PCR,分别在6例敏感和3例耐药组织、铂类药物敏感(CoC1)和耐药的卵巢癌细胞系(CoC1/DDP),检测了候选miRNA的表达差异;应用Massarray技术,检测敏感组织(15例)与耐药组织(6例)中miRNA基因启动子的甲基化差异;应用生物信息学分析,鉴定目标miRNA的潜在靶基因.结果 以铂类药物敏感的卵巢癌组织样本为对照,利用基因芯片筛选,鉴定了6条在耐药组织样本中出现表达上调的miRNA(miR-493-3p、miR-10a-5 p、miR-16-2-3p、miR-1248、miR-451a、miR-628-3p)和6条表达下调的miRNA(miR-509-3p、miR-1197、miR-376a-3p、miR-1273a、miR-550a-3p、miR-19b-3p).组织验证发现,miR-509-3p、miR-493-3p、miR-10a-5p、miR-16-2-3p和miR-451a,与芯片结果一致;培养细胞研究发现,4条miRNA的表达调控方式与组织芯片结果一致,miR-10a-5p、miR-16-2-3p、miR-1248和miR-628-3p在耐药细胞系中高表达.进一步研究发现,与敏感肿瘤组织相比,耐药组织中miR-10a-5p基因启动子的甲基化水平出现显著降低,P=0.04.结合生物信息学预测HOXA1和USF2为miR-10a-5p与耐药相关的靶基因.结论 与敏感组相比,耐药组miR-10a-5p基因启动子甲基化水平显著降低,miR-10a-5p表达升高,通过抑制 HOXA1和USF2,抑制细胞凋亡,导致铂类化疗药物耐受.     

MicroRNA对肿瘤基因的调控及其临床意义

微小RNA(microRNA,miRNA)通过调控基因的表达,参与细胞生命过程中一系列重要的进程,包括胚胎发育、细胞增殖和分化、细胞死亡与凋亡、体内生化代谢等。成熟miRNA通过RNA诱导的沉默复合体(RNA-induced silencing complex,RISC)结合到靶mRNA上,依赖于序列的互补性机制、剪切或阻遏靶mRNA、沉默基因的表达。miRNA与肿瘤等疾病的发生、发展密切相关。miRNA的表达谱在肿瘤细胞与正常细胞之间具有明显差异,起到类似于癌基因或抑癌基因的作用。miRNA通过沉默肿瘤侵袭转移相关基因的表达,参与肿瘤侵袭转移过程。肿瘤细胞在miRNA表达谱上的特异性为肿瘤的诊断提供了一项生物标志物,同时也为调控miRNA表达以治疗肿瘤提供了新的靶点。以miRNA为基础的抗肿瘤治疗还可与传统的化疗结合起来,提高肿瘤的治疗效果,为肿瘤的生物治疗开拓新视野。     

微小RNA在肿瘤血管生成中的信号调控作用

微小RNA(miRNA)在转录后水平通过降解或抑制靶标信使RNA的翻译来介导基因的表达.肿瘤的血管生成涉及了一系列的信号调控通路,miRNA可能通过调控其靶基因所参与的信号通路影响肿瘤的血管生成.因此,研究肿瘤血管生成相关miRNA调控其靶基因所参与的信号通路在肿瘤的诊断及治疗中具有较高的价值.     

微小RNA在伴遗传学异常的急性白血病中的研究进展

微小RNA（miRNA）是一类长度为19～25 nt的单链小分子非编码RNA,通过与靶基因mRNA 3＆#39;端非翻译区结合引起mRNA的剪切、降解及翻译抑制,参与基因的转录后调控.近年来的研究发现,miRNA的异常表达可参与部分癌基因或抑癌基因的表达调控,影响造血细胞的发育和分化,导致血液肿瘤的发生和发展.不同的miRNA表达谱与特异的遗传学异常及编码基因突变相关,能够为不同类型白血病的生物学研究提供新的依据.文章就近年来miRNA在伴不同细胞及分子遗传学异常的急性髓系白血病及急性淋巴细胞白血病中的研究进展作一综述.     

肾透明细胞癌中miRNA-224-5p靶向NEDD4L调控轴的识别与研究

目的基于生物信息学方法筛选肾透明细胞癌关键基因, 识别可能的微RNA(miRNA)-mRNA作用轴, 探讨相关基因在肾透明细胞癌组织和细胞中的表达。方法选取基因表达综合(GEO)数据库基因表达谱GSE40435、GSE71302数据集, 肾透明细胞癌TCGA-KIRC数据集来自癌症基因组图谱(TCGA)数据库。采用R软件筛选差异表达的mRNA和miRNA, 并对mRNA进行功能富集分析。采用STRING数据库和Cytoscape软件进行蛋白质互作分析。采用Oncomir数据库筛选预后相关的差异表达miRNA。采用TargetScan和miRDB靶基因预测工具筛选miRNA可能调控的靶基因。收集2021年6月至12月山西医科大学第一医院收治的34例肾透明细胞癌患者的组织样本及临床资料, 并选择正常肾细胞株293T和肾透明细胞癌细胞株786O。采用实时荧光定量聚合酶链反应检测基因的相对表达量;蛋白质印迹法、免疫组织化学染色法检测目的蛋白的表达水平;双荧光素酶报告基因实验验证基因间的靶向关系。结果差异分析筛选得到1 351个差异表达mRNA和50个差异表达miRNA。功能富集分析提示肾透明细...