基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤治疗雷诺病的作用机制

目的:运用网络药理学方法探讨黄芪桂枝五物汤治疗雷诺病的作用机制.方法:通过TCMSP数据库检索黄芪、桂枝、白芍、大枣、生姜的活性成分及其靶点,通过Geencards、OMIM数据库获取雷诺病主要靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集得到黄芪桂枝五物汤治疗雷诺病的靶点,利用STRING数据库分析蛋白质相互作用,构建PPI网络图...     

黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变靶点预测与机制探讨

目的:通过网络药理学的方法对黄芪桂枝五物汤治疗糖尿病周围神经病变(DPN)的相关靶点进行预测与机制探讨。方法:利用中药网络药理学分析平台(TCMSP)数据库筛选出黄芪桂枝五物汤中有效成分和相关靶标蛋白;运用网络可视化软件Cytoscape 3.5.1构建黄芪桂枝五物汤有效成分-靶标相互作用网络进行拓扑学分析;借助STRING在线数据库进行蛋白质与蛋白质相互作用(PPI)网络的构建与分析;从Uniprot数据库中获取靶标蛋白的基因名称后,借助David数据库进行KEGG通路功能富集分析,研究黄芪桂枝五物汤在治疗DPN上的作用机制及原理。结果:黄芪桂枝五物汤的核心化合物有槲皮素(quercetin),山柰酚(kaempferol),β-谷甾醇(beta-sitosterol),7-O-甲基异丙醇胺(7-O-methylisomucronulatol),异鼠李素(isorhamnetin)等,核心靶标有前列腺素G/H合酶2(prostaglandin G/H synthase2),热休克蛋白HSP90(heat shock protein HSP90),核受体共激活因子2(uclear receptor coactivator2)等;PPI网络图显示黄芪桂枝五物汤有效成分中关键蛋白主要有CJun氨基端激酶(JUN),肿瘤蛋白p53(TP53),FOS,丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),转录因子P65(RELA),白细胞介素-8(IL-8)等;KEGG结果表明黄芪桂枝五物汤主要作用与肿瘤坏死因子信号通路(TNF signaling pathway),Toll样受体信号通路(Toll-like receptor signaling pathway)等信号通路有关。结论:黄芪桂枝五物汤主要通过多种途径,多种信号通路作用于多种靶点发挥其药物功效,利用网络药理学通过多种数据库与统计分析软件可以有效预测与分析药物的潜在作用与起效机制。     

基于网络药理学与细胞实验探讨加味黄芪桂枝五物汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的：基于网络药理学与细胞实验探讨加味黄芪桂枝五物汤治疗类风湿关节炎(rheumatoid arthritis, RA)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform, TCMSP)、BATMAN-TCM数据库检索并筛选加味黄芪桂枝五物汤的活性成分和作用靶点。在GeneCards数据库、OMIM数据库检索RA的作用靶点,将加味黄芪桂枝五物汤与RA的靶点取交集。通过Bioconductor平台和R软件对交集基因进行基因本体(Gene Ontology, GO)分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)分析。将20只SD大鼠随机分为加味黄芪桂枝五物汤组(1.8 g·kg^-1)和正常组,每组各10只。灌胃7 d后,制备体积分数为5%、10%、20%的含药血清。利用CCK-8法检测MH7A细胞的增殖情况;Annexin V-P...     

基于网络药理学探讨黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病的作用机制

目的：基于网络药理学分析黄芪桂枝五物汤治疗颈椎病的分子生物学机制。方法：通过中药系统药理数据库和分析平台、疾病靶点数据库分别获取黄芪桂枝五物汤的药物成分、成分靶点及颈椎病疾病靶点并获取交集靶点,使用STRING数据库对交集靶点构建蛋白质相互作用关系网络并获取关键靶点,应用Cytoscape软件分别构建化合物靶点网络图及蛋白质互相作用关系(protein–protein interaction, PPI)网络,通过DAVID平台进行基因本体功能(gene ontology, GO)和通路分析。结果：筛选出中药活性成分41个,交集靶点187个,其中PPI网络分析中排名靠前的靶点包括丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(RAC serine/threonine-protein kinase, AKT)1、肿瘤坏死因子(tumor necrosis factor, TNF)、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor, EGFR)、半胱氨酸蛋白酶(Caspase, CASP)3等;GO及通路富集分析结果,关键蛋白富集在细胞核、细胞质、质膜等位置,参与RNA聚合、DNA...     

基于网络药理学和分子对接探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制

目的:运用网络药理学和分子对接技术探讨桃红四物汤治疗类风湿关节炎的作用机制,为临床应用提供理论依据.方法:运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索桃红四物汤的有效成分及作用靶点,通过GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb、DrugBank数据库收集疾病相关靶点.运用Cytoscape 3.6...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨桂枝附子汤“异病同治”类风湿关节炎与冠心病的作用机制

目的 运用网络药理学的方法探讨桂枝附子汤“异病同治”类分湿关节炎(RA)与冠心病(CHD)的潜在作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选桂枝附子汤的主要活性成分和作用靶点,通过Genecards、TTD、OMIM、PharmGkb、DrugBank数据库数据库搜集RA和CHD的相关疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点通过Uniprot校正后,取交集靶点,利用Cytoscape3.9.1软件构建药物-活性成分-靶点网络,获取关键活性成分;通过STRING数据库构建交集靶点的蛋白相互作用网络,并利用Cytoscape3.9.1中的CytoNCA插件对交集靶点进行分析,筛选出核心靶点;运用R4.1.3软件进行GO功能富集和KEGG通路分析,比较关键靶点及KEGG通路富集基因,选取关键活性成分及核心靶点,应用AutoDock vina进行分子对接验证。结果 筛选出桂枝附子汤活性成分154个,主要成分包括槲皮素、柚皮素、山奈酚等;疾病交集靶点146个,核心靶点为AKT1、STAT3、MAPK1、MAPK3、TP53等;GO分析结果表明桂枝附子汤治疗RA与CHD主要涉及氧化应激反应、活性氧代谢过程、脂代...     

基于网络药理学探讨党参治疗2型糖尿病的作用机制

目的:基于网络药理学方法探讨党参治疗2型糖尿病(T2DM)的潜在作用机制.方法:通过中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)及OMIM、TTD、Drugbank等网络数据库分别获取药物有效成分、活性靶点、疾病靶点,并取药物成分和疾病的交集靶点,构建药物活性成分与关键靶点网络、蛋白质相互作用(PPI)网络,并对靶蛋白进...     

基于网络药理学探讨宣白承气汤治疗急性呼吸窘迫综合征的作用机制

目的 基于网络药理学探讨宣白承气汤治疗急性呼吸窘迫综合征(ARDS)的可能作用机制.方法 检索TCMSP数据库获得宣白承气汤的活性成分及靶点,检索GeneCards、OMIM、TTD和DrugBank数据库获得ARDS的疾病靶点,得到药物-疾病共有靶点.通过STRING数据库构建蛋白互作(PPI)网络模型,通过Meta...     

基于网络药理学和实验验证分析鸡血藤治疗卵巢癌的分子机制

通过网络药理学和分子对接及体外细胞实验,对鸡血藤Spatholobi Caulis治疗卵巢癌(ovarian cancer,OC)的主要活性成分及其潜在的作用机制进行探讨.运用中药药理学数据库与分析平台(TCMSP)获取鸡血藤的主要活性成分及其预测靶点,通过GeneCards、OMIM、PharmGkb、TTD、Dru...     

基于网络药理学-分子对接探讨黄芪桂枝五物汤治疗腰椎间盘突出症的作用机制＊

目的 使用网络药理学及分子对接技术研究探讨黄芪桂枝五物汤治疗腰椎间盘突出症下肢疼痛、麻木的分子机制。方法 以甘肃省中医院脊柱骨科为依托，选取符合《腰椎间盘突出症》（第3版）腰椎间盘突出症的诊断标准的100例患者作为研究对象，统计分析其治疗前后主要临床症状的改善情况。利用TCMSP数据库检索并筛选获得黄芪桂枝五物汤的有效成分及其对应靶标，并检索OMIM、GeneCards、DrugBank及PharmGkb数据库筛选合并获得腰椎间盘突出症疾病相关基因，然后将药物靶点与疾病相关基因进行交集得到黄芪桂枝五物汤治疗腰椎间盘突出症的靶点基因。利用Cytoscape_v3.8.0软件构建中药复方调控网络，通过STRING网络平台构建PPI网络关系并利用Cytoscape_v3.8.0软件筛选出核心基因；利用R语言软件进行GO与KEGG富集分析；登录PubChem与PDB数据库下载基因小分子配体2D结构及蛋白三维结构并用PyMol软件删除三维结构的水分子和小分子配体；最后利用AutoDock Vina软件进行分子对接。结果 ①本研究通过临床观察，证实黄芪桂枝五物汤治疗腰椎间盘突出症疗效确切；②黄芪桂枝五物汤中共筛选出74种有效成分和251个相关靶标，与腰椎间盘突出症的靶点取交集后得到80个药物治疗疾病的靶标，进一步筛选获得其中排名前5的关键成分（槲皮素、山奈酚、β-胡萝卜素、异鼠李素、芒柄花素）与10个核心靶标（JUN、MAPK14、RELA、TNF、AKT1、MYC、FOS、TP53、CCND1、MAPK1）；③GO富集分析显示，黄芪桂枝五物汤主要涉及细胞对化学应激的反应、对细菌来源分子的反应等生物过程；参与转录调节复合物、膜区、膜微区及RNA聚合酶Ⅱ转录调节复合物等分子组成；对DNA结合转录因子结合、RNA聚合酶II特异性DNA结合转录因子结合等分子功能有影响；④KEGG通路富集分析表明，黄芪桂枝五物汤主要通过PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路及IL-17信号通路等来发挥抗炎镇痛的效果；⑤分子对接结果显示，黄芪桂枝五物汤中槲皮素、山奈酚及β-胡萝卜素等关键成分与核心靶标结合紧密，为进一步发挥黄芪桂枝五物汤抗炎镇痛作用提供必要条件。结论 上述数据证实，黄芪桂枝五物汤主要通过多成分-多靶点-多通路的特点来发挥抗氧化、消炎及调节免疫反应的作用，初步阐释了黄芪桂枝五物汤治疗腰椎间盘突出症的作用机制。     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库(OMIM)数据库、治疗靶点数据库(TTD)数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络数据库(STRING)构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体(GO)及京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子(TNF)信号通路等相关靶点起...     

大柴胡汤治疗结石性胆囊炎的网络药理学研究及分子对接验证

目的:基于网络药理学和分子对接的方法探讨大柴胡汤治疗胆囊炎(Cholecystitis)的作用机制.方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索相关文献获得大柴胡汤所含中药的主要化学成分,收集其相对应的靶点;胆囊炎疾病靶点来源于GeneCards、在线人类孟德尔遗传(OMIM)、PharmGkb数据库.结...     

基于网络药理学和细胞生物学研究黄芪治疗糖尿病肾病的作用机制

目的 运用网络药理学和细胞生物学验证探讨黄芪治疗糖尿病肾病的分子作用机制.方法 通过中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选出黄芪有效成分;利用Drugbank数据库、GeneCards和OMIM数据库筛选黄芪有效成分和糖尿病肾病的相关靶点;应用String数据库绘制PPI网络;通过Cytoscape软件绘制黄芪-成分-...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产作用机制

目的:采用网络药理学和分子对接技术探讨杜仲-续断治疗复发性流产(RSA)的作用机制.方法:利用中药系统药理学数据库(TCMSP)检索杜仲-续断的活性成分和基因靶点.在GeneCards、OMIM和PharmGkb数据库收集RSA疾病靶点,在Cytoscape 3.7.2软件中构建活性成分-靶点网络,基于STRING数据...     

基于网络药理学探讨消痛汤治疗痛风的作用机制

目的:通过网络药理学方法探讨消痛汤治疗痛风的物质基础和作用机制。方法:通过中药系统药理学分析平台(TCMSP数据库)、SwissTarget Prediction数据库和Uniprot数据库获取并筛选消痛汤活性成分及靶点。通过Genecard数据库、OMIM数据库、PharmGkb数据库、TTD数据库、DrugBank数据库收集痛风的相关基因。将所得到的消痛汤的药物靶点与痛风相关靶点进行映射,得到交集基因后,通过Cytoscape 3.8.0软件构建"成分-靶点"网络,通过String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络。通过R 4.0.2软件对消痛汤治疗痛风的交集靶点进行基因本体论(GO)与京都基因和基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:获得药物-疾病交集基因146个。通过拓扑分析和CytoNCA分析筛选出槲皮素、山柰酚、木樨草素等关键活性成分15个,IL1B、IL6、TNF等12个核心基因。通过GO分类富集分析确定了2319个条目,其中涉及生物过程的2 160条,涉及细胞组分的有44条,涉及分子功能的有114条。通过KEGG通路富集分析,找到了112条信号通路。结论:消痛汤中的关键成分可能为槲皮素、山柰酚、木樨草素等活性物质,主要作用于IL1B、IL6、TNF等靶点,并推断可能通过调控IL-17信号通路、TNF信号通路、JAK-STAT信号通路等发挥治疗痛风的作用。     

采用网络药理学和分子对接技术研究麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹的作用机制

通过网络药理学和分子对接的方法研究麻黄连翘赤小豆汤治疗湿疹(eczema)的作用机制.首先利用TCMSP数据库挖掘麻黄连翘赤小豆汤中各个药物的活性成分并预测其作用靶点,借用Uniprot数据库将靶点蛋白名称标准化.然后通过GeneCards,OMIM,PharmGkb,DrugBank等数据库获得湿疹的疾病靶点.取药物...     

苗药定痛汤治疗偏头痛网络药理学研究

目的:基于网络药理学初步筛选苗药定痛汤治疗偏头痛的作用靶点并探索其可能的分子机制.方法:通过TCMSP筛选苗药定痛汤潜在活性成分和作用靶点,利用TTD、GeneCards、OMIM数据库整理偏头痛疾病靶点,STRING数据库进行蛋白互作分析,Cytoscape_v3.8.0构建药物-疾病-靶点多维网络,再利用DAVID...     

基于网络药理学和分子对接探讨防己黄芪汤治疗肾性水肿的机制与通路

[目的]基于网络药理学探讨防己黄芪汤治疗肾性水肿的潜在作用机制,并通过分子对接技术进行验证.[方法]运用中药系统药理学数据库(TCMSP)筛选防己黄芪汤所含有效化合物,分别运用Uniprot、Swiss target predic-tion数据库获取防己黄芪汤作用靶点,根据Gene Card和OMIM数据库获取肾性水肿...     

基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌分子机制

目的：基于网络药理学探讨三物黄芩汤治疗乳腺癌的作用机制。方法：利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选三物黄芩汤有效活性成分及潜在靶点,在Genecard、OMIM和TTD数据库中寻找乳腺癌相关靶点基因,取三物黄芩汤靶点基因与乳腺癌相关靶点基因共同靶点。通过Cytoscape 3.5.0软件构建“三物黄芩汤活性成分-潜在靶点-乳腺癌”网络图。运用String数据库构建构建蛋白质互作（PPI）网络图。对潜在靶点基因进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路分析。结果：TCMSP数据库筛选得到三物黄芩汤有效活性成分83个,主要包括有木犀草素、槲皮素、菜豆素、汉黄芩素、黄芩素、黄芩苷以及地黄多糖等。与乳腺癌相关潜在作用靶基因99个,KEGG富集通路分析主要包括脂质-动脉粥样硬化信号通路、化学致癌作用-受体激活通路、PI3K/Akt信号通路以及IL-17信号通路等。结论：三物黄芩汤具有多活性成分,能通过多靶点、多通路发挥乳腺癌治疗作用。     

基于网络药理学探讨石菖蒲有效成分治疗神经退行性疾病的研究

目的 基于网络药理学分析石菖蒲主要成分治疗神经退行性疾病(neurodegenerative diseases, ND)的作用靶点和机制。方法 利用TCMSP(traditional Chinese medicine systems pharmacology database and analysis platform)数据库检索和既往文献证明得到石菖蒲的主要有效成分。在GeneCards, OMIM(Online Mendelian Inheritance in Man),TTD(Therapeutic Target Database)数据库检索ND的相关靶点,并用Uniprot数据库进行标准化。构建ND和石菖蒲有效成分的共有靶点韦恩图和PPI网络图,进行GO(Gene ontology)注释和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes, KEGG)通路富集分析,展示石菖蒲有效成分在治疗ND过程中疾病-靶点的关系。结果 石菖蒲和ND的共有靶点总计为41个,关键靶点主要有FOS、ACHE、SLC6A4、ADRA1B、ADRA...