人类白细胞抗原新等位基因DRB1*1219的确认及其序列分析

目的 鉴定分析1个白血病患者家庭HLA-DRB1位点1个新等位基因.方法 应用PCR-序列特异性引物及Luminex DNA杂交流式分型技术进行HLA分型,发现1个与HLA-DRB1*120201相关的未知基因.应用DNA测序技术进行鉴定分析并与已知序列比对分析.结果 先证者DRB1位点有1个等位基因的核苷酸序列与所有已知基因序列均不相同,与同源性最高的DRB1*120201相比,第2外显子第341位核苷酸碱基发生了C→T,结果导致相应85位密码子编码的丙氨酸变为缬氨酸.结论 测序表明被测样本含有1个HLA-DRB1新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-DRB1*1219(序列号EJ374889).

Abstract：

Objective To identify a novel HLA DRB1 allele in a Chinese leukemia family. Methods A new HLA-DRB1 allele was initially detected by polymerase chain reaction-sequence specific primer and unusual reaction pattern by Luminex RSSO, then DNA sequencing was performed to identify the sequence of the novel allele. Results The DNA sequencing revealed the presence of the new allele which differs from the closest macthing HLA- DRB1 * 120201 by a single nucleotide substitution at position (341 C→T in exon 2),resulting in an amino acid change from Ala to Val at coden 85. Conclusion A novel allele was confirmed by DNA sequencing and has been designated HLA-DRB1 * 1219 by the WHO Nomenclature Committee.     

新等位基因HLA-B*9526的确认和序列分析

目的 鉴定中国人群中人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA-B*9526,并进行核苷酸序列分析.方法 使用序列特异性寡核苷酸PCR技术进行HLA基因分型,发现1个反应格局异常的等位基因,应用分子克隆和DNA双向测序技术测定新等位基因的核苷酸序列,并与已知等位基因进行序列比对分析.结果 检出反应格局异常的DNA样本,经过克隆测序得到两个等位基因,分型结果一个为B*5403,另一个的核苷酸序列与已知的HLA等位基因均不同,该基因序列与同源性最高的HLA-B*1507基因序列相比在第3外显子区域中425位碱基发生A→G突变,导致142位编码氨基酸由酪氨酸变成半胱氨酸.结论 一个新的HLA-B等位基因被确认,并被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*9526.     

HLA-B新等位基因B*9536和B*4612的测序分析和确认

目的 研究人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因HLA_B*9536和B*4612的分子机制.方法 采用Invitrogen抽提试剂盒抽提标本DNA,利用单链特异性引物PCR方法扩增样本HLA-B基因第2～4外显子,对PCR产物直接进行HLA-B基因第2、3、4外显子双向测序分析.结果 先证者标本存在2个HLA-B等位基因,经HLA Blast验证均为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EU081878和EU081879),经世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA-B*9536和HLA-B*4612.HLA-B*9536第2～4外显子序列与最接近的B*1505相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第544位G→A改变,导致第158位氨基酸Ala→Thr;HLA-B*4612第2～4外显子序列与最接近的B*4601相比,在第3外显子存在一个碱基的不同,即第363位G→C,导致第97位氨基酸Arg→Ser.结论 在同一标本中发现两个新的HLA-B等位基因,并被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名.     

人类白细胞抗原新等位基因B*55:35的鉴定及家系调查

目的 鉴定人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)基因B位点的1个新等位基因并调查其遗传情况.方法 应用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reactionsequence specific oligonucleotide probe,PCR-SSOP) HLA分型技术发现1个疑似的新HLA等位基因,通过DNA测序鉴定其序列,并与同源性最高的HLA基因进行核苷酸序列比对,对携带者家系进行调查.结果应用PCR-SSOP进行HLA基因分型时,该样本HLA-B位点反应格局异常.DNA序列分析证实其为1个新HLA-B等位基因.与同源性最高的等位基因B*55:02比较,在第2外显子区域中有7个碱基发生改变,导致6个密码子发生了变化,造成2个氨基酸改变,即第69位的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为甲硫氨酸(Met)、第70位的氨基酸由谷氨酸(Glu)变为丙氨酸(Ala).结论 发现并鉴定了HLA-B位点的1个新等位基因,GenBank注册号为FJ898284,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 55:35.     

人类白细胞抗原新等位基因HLA-A*3020的鉴定及确认

目的 鉴定及确认1名中国人的人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用聚合酶链式反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序方法,通过软件分析该基因序列及与最相近HLA等位基因序列的差异.结果 PCR-SSOP基因分型结果显示该样品HLA-A谱型为与已知HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型;测序结果显示该样品HLA-A位点第2外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致.软件分析表明该基因序列与序列最相近的等位基因A*300101,在所检测的第1～3外显子中的差异只是在第2外显子区域产生了nt 294 C→A一个碱基替代,并导致相应的密码子98由GAC(D)→GAA(E).结论 该基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子专用术语命名委员会正式命名为HLA-A*3020.     

人类白细胞抗原新等位基因B*54:09的序列分析

目的 鉴定1名中国人白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因.方法 应用基于Luminex平台的聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针(polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide probes,PCR-SSOP)方法对先证者进行HLA基因分型、PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析该基因序列并与同源性最高的HLA等位基因比较序列差异.结果 PCR-SSOP基因分型显示先证者HLA-B位点反应格局异常,疑为HLA新等位基因.基因克隆后测序结果显示,其中1个等位基因为B*59:01,另一个等位基因序列与所有已知HLA等位基因不同,与同源性最高的HLA-B* 54:06基因序列相比,在第3外显子有6个核苷酸不同(nt486G→C、nt527A→T、nt538T→C、nt539G→T、nt559 C→A和nt560 T→C),导致了3个氨基酸改变,152位氨基酸由Glu→Val,156位氨基酸Trp→Leu和163位氨基酸Leu→Thr.结论 该等位基因为HLA新等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B* 54:09.     

DNA序列分析鉴定HLA新等位基因B*4446

目的鉴定中国人群的HLA新等位基因。方法使用PCR-序列特异性引物及PCR-序列特异性寡核苷酸探针技术进行HLA分型。发现1个与HLA-B*44相关的未知基因,使用DNA序列分析技术鉴定并分析该基因与同源性最高的B*4409基因序列的差异。结果新基因第3外显子区域序列与所有已知的HLA-B等位基因序列均不相同,与同源性最高的HLA-B*4409基因序列相比有3个碱基发生替代。第538位碱基由G→C,第539位碱基A→T以及第540位碱基C→G,使编码产物180位氨基酸由天冬氨酸变成亮氨酸。结论发现一个新的HLA-B等位基因,于2005年9月由WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*4446。     

HLA-B新的等位基因B*5136的确认和分析

目的研究HLA-B新的等位基因B＊5136的分子机理。方法先证者为浙江省脐带血造血干细胞捐献者。盐析法抽提样本DNA，常规PCR反应扩增先证者HLA-B基因第2～4外显子的编码序列，PCR产物经TOPO试剂盒克隆转染到质粒载体中，分离其两个等位基因，对所得的克隆用第2、3、4外显子引物进行双向测序分析。结果先证者HLA-B基因经TOPO克隆后得到两个等位基因，一个为HLA-B＊4601，另一个经BLAST HLA验证为新的等位基因，其序列已递交GenBank（AY601729，AY610730，AY601731）。新的等位基因与最接近的B＊5108等位基因比较，在第3外显子上有4个核苷酸的差异：第527位T→A，导致第177位氨基酸Val→Glu；第583位C→T，导致第195位氨基酸His→Tyr；在第559位C→A和第560位T→C，导致第187位氨基酸Leu→Thr。结论该脐血捐献者的HLA-B为新的等位基因，被世界卫生组织HLA命名委员会正式命名为HLA→B＊5136。     

测序确定人类白细胞抗原新等位基因DRB1*1461

目的 确定HLA-DR位点的一个新等位基因.方法 应用聚合酶链反应-序列分型(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT)方法对1例白血病患者HLA-DR位点进行基因分型.结果 新等位基因碱基序列与已知的HLA-DR位点的等位基因都不相同,同源性最高是HLA-DRBl*1404,只有1个碱基的差别,以第2外显子第1位为起点,第33位T→C,17位密码子编码的氨基酸由酪氨酸(Tyr)变为组氨酸(His).结论 该等位基因为HLA-DR位点新等位基因,2006年5月被世界卫生组织命名委员会正式命名HLA-DRB1*1461.     

新等位基因人类白细胞抗原B*15:133的鉴定及其原核表达

背景：国际上至2010-04共报告人类白细胞抗原4 633个等位基因,中国自2000年至少发现200个新的等位基因,由于资金和时间有限,大部分新等位基因未作血清分型、家系研究以及进一步的功能性研究。 目的：在健康志愿者人群中发现新等位基因,并对其进行家系研究,同时构建重链胞外区多肽的原核细胞表达载体,鉴定其在原核细胞中是否表达。 方法：利用PCR-SSO和PCR-SBT技术,对人群的人类白细胞抗原进行筛选。使用血清学和SBT技术对拥有新等位基因的供者进行家系分析。用分子克隆的方法构建表达载体转染原核细胞,运用Western-blot鉴定是否表达。 结果与结论：发现一个新等位基因与人类白细胞抗原B*15:18:01在第419位相差一个核苷酸,C->T, 即Codon116位 TCC->TTC,导致氨基酸由丝氨酸改变成苯丙氨酸。最终确定命名为人类白细胞抗原B*15:133。血清学表达B71(70)抗原。发现此供者的新等位基因来自于母亲。表达载体pET30a(+)- B*15:133在原核细胞中表达的多肽可被抗HIS标签单克隆抗体特异性识别。结果表明,使用分子生物学技术在大样本的筛查下发现了新等位基因人类白细胞抗原B*15:133,利用分子克隆的方法成功构建表达载体pET30a(+)- B*15:133,并在原核细胞中有大量高纯度蛋白表达。     

A novel HLA-B*46 allele, B*4609, identified by sequence-based typing in a Chinese donor

A novel human leukocyte antigen-B allele, B*4609, has been identified. The B*4609 allele has one nucleotide change from the closest matching allele B*460101 resulting in an amino acid change from E (GAG) to V (GTG) at codon 176.     

HLA新等位基因B*5827核苷酸序列的分析

目的 确认人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新等位基因B*5827并分析其核苷酸序列.方法 用聚合酶链反应-序列特异性寡核苷酸探针对1份HLA分型反应异常的血样进行基因分型,并用基因克隆测序技术正反向测定DNA序列.结果 测序结果显示HLA-B位点有1个与已知HLA等位基因序列均不同的新等位基因,该等位基因与HLA-B*5820序列同源性最高.但在第3外显子存在8个碱基的差异,分别为nt 290(G＞C)、nt 346(T＞A)、nt 390(A＞C)、nt 404(G＞C)、nt 413(C＞G)、nt 471(A＞G)、nt 486(A＞G)和nt 487(C＞A).碱基的不同导致了氨基酸不同nt 97(ser＞arg)、nt115(phe＞tyr)、nt 130(ser＞arg)、nt 157(thr＞ala)和nt 162(thr＞glu),其中nt 404和nt 413是同义突变.结论 该等位基因为HLA新等位基因,基因序列已提交至GenBank数据库,提交号为GU071234,于2010年1月被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-B*5827.

Abstract：

Objective To investigate the molecular basis for a novel human leukocyte antigen(HLA)allele B * 5827. Methods DNA from the proband was analyzed by polymerase chain reaction-sequence specific oligonucleotide (PCR-SSO) typing. The amplified product was sequenced bidirectionally. Results Abnormal HLA-B locus was observed and its nucleotide sequence was different from the known HLA-B allele sequences, with highest homology to HLA-B * 5820 allele. It differs from HLA-B * 5820 by 8 nucleotide substitutions in exon 3, i. e. , nt 290 (G＞C), nt 346 (T＞A), nt 390 (A＞C), nt 404 (G＞C),nt 413 (C＞G), nt 471 (A＞G), nt 486 (A＞G) and nt 487 (C＞A), resulting in an amino acid change from ser＞arg at nt 97, phe＞tyr at nt 115, ser＞arg at nt 130, thr＞ala at nt 157 and thr＞glu at nt 162.Nucleotide differences of nt 404(G＞C) and nt 413(C＞G) did not change amino acid. Conclusion The sequences of the novel allele have been submitted to GenBank (access No. GU071234). A novel HLA class Ⅰ allele B * 5827 has been officially assigned by the WHO HLA Nomenclature Committee in Jan 2010.     

Identification of a novel HLA-Cw*08 variant allele, Cw*0821

The novel human leukocyte antigen-Cw*0821 allele differs from the closest allele Cw*080101 by single nucleotide change at genomic DNA nucleotide 419 A>G (codon73 ACT>GCT) in exon 2, which results in an amino acid change Thr73Ala.     

Identification of a novel HLA-Cw*08 variant allele, Cw*0824

A novel HLA-C allele, Cw*0824, which was identified from an individual of the Han Chinese, differs from Cw*080101 at codon 222 (GAG > AAG ) in exon 4, which results in an amino acid change Glu222Lys.
In recent years, many human leukocyte antigen (HLA)-C alleles have been identified. Up to date, 23 different Cw*08 alleles have been identified according to the IMGT/HLA Database release 2.25.2 May 2009 (1) . Here, we describe the identification of the novel allele HLA-Cw*0824 that was found during routine high resolution sequence-based typing (SBT) of a Chinese stem cell voluntary donor. The HLA alleles of the donor were typed as A*11, 24; B*15, 46; and DRB1*09, 12.     

Identification of a novel HLA-B*40 allele, HLA-B*4071, by sequence-based typing

HLA-B*4071 allele shows six nucleotides difference from B*4005 allele in exon 3 at nucleotides 419A>T, 420C>A, 463C>A, 477C>G, 486G>C and 527A>T, resulting in three amino acid changes Tyr116Leu, Arg131Ser and Glu152Val.     

一例HLA-A新等位基因HLA-A*9206的测序分析

目的 研究人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)新的等位基因HLA-A*9206的序列及其分子机制.方法 样本DNA抽提采用PEL-FREEZ抽提试剂盒,应用PCR方法扩增先证者HLA-A等位基因的第1～8外显子,进行第2-4外显子双向测序分析,发现突变位点.应用序列特异性引物PCR方法获得等位基因的单链,测序后确定双链测序所发现的突变.结果 先证者样本单链测序得到两个等位基因,其中一个等位基因为A*1101,另一个经Blast验证其为新的等位基因,新的等位基因序列已递交GenBank(EFD62306).与最接近的A*0206等位基因序列相比,新的等位基因在第3外显子上有1个核苷酸不同,第530位C→T,导致第153位丙氨酸→缬氨酸.结论 该等位基因为新的HLA-A等位基因,被世界卫生组织HLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*9206.     

Identification of a novel HLA-B allele HLA-B*9526 in a Chinese donor

A novel human leukocyte antigen-B (HLA-B) allele, B*9526, was identified. The B*9526 allele has one nucleotide change from the closest matching allele B*1507 resulting in an amino acid change from Y(TAC) to C(TGC) at codon 142.