基于网络药理学和分子对接技术探讨三七-淫羊藿治疗股骨头坏死的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术探究三七‐淫羊藿治疗股骨头坏死（ONFH）的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台筛选三七‐淫羊藿的活性成分及其作用靶点,利用GeneCards~?数据库、OMIM~?数据库筛选ONFH的相关靶点,取交集后获得三七‐淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点。通过Cytoscape软件构建药物‐活性成分‐作用靶点网络,筛选关键活性成分。通过STRING数据库和Cytoscape软件构建蛋白‐蛋白相互作用网络,筛选核心靶点。使用DAVID数据库对潜在作用靶点进行功能富集分析和通路富集分析。最后,对关键活性成分与核心靶点蛋白进行分子对接验证。结果 最终获得三七‐淫羊藿活性成分30个及其作用靶点214个,ONFH的相关靶点2 112个。取交集后得到三七‐淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点131个。槲皮素、木犀草素、山柰酚、脱水淫羊藿素为三七‐淫羊藿治疗ONFH的关键活性成分,蛋白激酶B1、血管内皮生长因子A、原癌基因c‐Jun、肿瘤蛋白p53、白细胞介素1β为三七‐淫羊藿治疗ONFH的核心靶点。三七‐淫羊藿治疗ONFH的潜在作用靶点主要涉及对脂多糖的反应、对...     

三七花治疗阿尔兹海默病的网络药理学分析及分子对接

目的 用网络药理学及分子对接方法，研究三七花改善阿尔兹海默病(AD)的作用机制。方法 采用TCMSP数据库筛选三七花活性成分和相应靶点，利用DisGeNET数据库和GeneCards数据库查找AD的相关靶点、Cytoscape 8.0软件构建“活性成分-靶点”关联网络，并对关键靶点进行GO功能富集和KEGG通路分析。将筛选得到的三七花活性成分和作用靶点通过分子对接验证。结果 三七花活性成分中有23个成分对应AD靶点34个。主要通过西多糖苷(Sitogluside)、 β-谷甾醇(beta-sitosterol)、 β-榄香烯等活性成分调控CHRM1、CHRM2、PTGS2等靶点改善AD，特别是西多糖苷、 β-谷甾醇与PTGS2、CHRM2等靶点有较强的结合。结论 三七花的活性成分可能通过调控CHRM1、CHRM2、PTGS2、ADRB2、SLC6A4、PTGS1、RELA、IL10等靶标，PI3K-Akt信号通路等多个途径发挥干预AD的作用。     

基于网络药理学和分子对接研究平胃散治疗肥胖2型糖尿病的活性成分及作用机制

目的:利用网络药理学和分子对接技术研究复方平胃散治疗肥胖2型糖尿病的活性成分及作用机制。方法:通过TCMSP、ETCM、SwissTargetPrediction数据库及文献检索收集平胃散化学成分和靶点信息;通过GeneCards及DisGeNET数据库检索肥胖2型糖尿病靶点;通过STRING和David的数据库,对共有靶点进行PPI网络分析及GO和KEGG富集分析;使用Cytoscape软件构建“中药-成分-靶点-通路”网络图,筛选核心靶点及关键成分,使用Autodock软件进行分子对接验证。结果:共整理得到平胃散的70个化学成分及其对应的414个靶点,肥胖2型糖尿病靶点475个,共有靶点56个;PPI网络显示,AKT1、ESR1、NFKB1、PIK3CA等靶点可能是平胃散治疗肥胖2型糖尿病的关键靶点;KEGG富集分析发现共有靶点主要参与脂肪分解调节、TNF信号传导、胰岛素抵抗、胆汁分泌和cAMP信号传导等多种疾病通路;构建“成分-靶点-通路-疾病”网络发现苍术酮、茅苍术醇、β-桉叶醇、光甘草定、厚朴酚、异甘草素等成分是平胃散治疗肥胖2型糖尿病的主要活性成分;分子对接显示,7个关键成...     

基于网络药理学分析三七治疗肝细胞癌的作用机制

目的:预测三七主要活性成分治疗肝细胞癌的作用靶点,探讨其多成分-多靶点-多通路的作用机制。方法:通过TCMSP数据库筛选三七的主要活性成分,并利用SEA数据库预测上述成分的潜在作用靶点;从人类基因组注释(Genecards)数据库获得肝细胞癌相关靶点;利用Venn软件对两者取交集获得三七治疗肝细胞癌的作用靶点。使用Cytoscape3.7.1软件构建有效成分-靶点网络。应用R语言软件包clusterProfiler对上述靶点进行基因本体论(gene ontology,GO)与代谢通路(metabolic pathway,KEGG)富集分析。结合BioGrid、InWeb_IM、OmniPath数据库构建靶点蛋白相互作用(target protein interaction,PPI),由Cytoscape软件进行可视化并进行网络拓扑分析以获得核心靶点。利用SYBYL-X2软件对核心靶点和对应活性成分进行分子对接验证结合强度。结果:共获得槲皮素、β-谷甾醇、豆甾醇、人参皂苷rh2等7个主要活性成分,可作用于肝细胞癌相关的32个靶点;这些靶点显著富集于核受体活性、转录因子活性,直接配体调节序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、癌症中的蛋白多糖、EGFR酪氨酸激酶抑制剂耐药等多个GO和KEGG条目。结论:三七治疗肝细胞癌作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,为三七有效成分的筛选及深入研究提供一定科学依据。     

黄精治疗糖尿病的分子机制

目的:通过网络药理学和生物信息学方法探索黄精治疗糖尿病潜在的分子机制,为药食同源类中药治疗糖尿病的开发研究提供理论依据。方法:运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)筛选出黄精发挥治疗作用的活性成分,并检索黄精活性成分的效应靶点,Cytoscape构建黄精活性成分-靶点网络关系图。应用疾病数据库检索与糖尿病发生发展相关的疾病基因靶点。构建黄精活性成分靶点和疾病靶点的蛋白质交互作用关系网络。采用DAVID进行GO和KEGG通路富集分析,运用CytoHubba筛选出黄精治疗糖尿病的潜在关键靶点。结果:TCMSP筛选出黄精发挥治疗作用的活性入血成分12个,经配对分析得到黄精发挥治疗作用的活性成分6个,成分对应的基因靶点190个。运用疾病数据库检索到糖尿病相关疾病靶点基因134个。黄精治疗糖尿病的蛋白关系网络涉及的特征性基因靶点共101个,包含256个作用关系。GO富集分析显示生物学过程涉及细胞分裂、细胞基质黏附、细胞迁移等,分子功能涉及转录辅激活性、蛋白质结合、生长因子活性等;主要分布于细胞表面、细胞质、胞质溶胶、外泌体等位置发挥生理或病理作用。KEGG获得可能发挥作用的信号通路31条,这些信号通路集中在细胞周期、细胞信息传递、癌症信号分子及炎症、免疫应答等区域。CytoHubba工具进行拓扑进一步分析获得黄精治疗糖尿病的关键蛋白靶点10个。结论:黄精可通过黄芩素、谷甾醇等6个活性成分发挥药物治疗作用,其关键作用靶点为IL10、PPARG、CAV1等10个基因,主要分子机制涉及炎症及免疫应答、细胞周期、细胞传递和癌症相关通路。     

基于网络药理学探讨三七抗急性肺损伤相关分子机制

目的:利用网络药理学的方法研究三七抗急性肺损伤的相关分子机制。方法:利用TCMSP数据库获取三七的活性成分,再通过药物动力学参数筛选出主要活性成分,并通过文献予以补充;通过Swiss Target Prediction数据库获取各活性成分靶点;通过Gene Cards、OMIM、Dis Ge NET数据库获取急性肺损伤靶点;利用STRING数据库进行蛋白质相互作用分析,采用Cytoscape3.7.2构建PPI网络并挖掘出其潜在蛋白质功能模块;采用Metascape平台对三七抗急性肺损伤靶点进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。结果:共筛选出9个活性成分,槲皮素、人参皂苷Rh2和人参皂苷Rg1等可能为三七抗急性肺损伤作用的主要活性成分,核心靶点有PIK3CA、AKT1、PIK3R1、VEGFA、EGFR等。三七抗急性肺损伤作用可能涉及的通路有磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、血管内皮生长因子（VEGF）信号通路、Ras信号通路、Rap1信号通路等。结论:本研究初步揭示了三七抗急性肺损伤的多成分、多靶点、多通路的作用机制。     

基于网络药理学和分子对接对当归饮子治疗特应性皮炎的作用机制研究

目的:运用网络药理学方法筛选当归饮子的活性成分,预测其治疗特应性皮炎(AD)潜在的作用靶点及信号通路.方法:从中药系统药理分析平台(TCMSP)、化学专业数据库及文献资料中获取当归饮子的化学成分,运用TCMSP筛选有效成分及作用靶点;通过GeneCards、DisGeNET、TTD数据库检索AD的相关靶点,借助Unip...     

基于网络药理学探讨自拟桑蚕颗粒治疗2型糖尿病的作用机制

目的:运用网络药理学研究自拟桑蚕颗粒治疗2型糖尿病的作用机制,为新药研发提供支撑。方法:通过文献挖掘和数据库检索得到桑蚕颗粒活性成分及潜在靶点;在GEO数据库中筛选2型糖尿病基因芯片,经差异分析获取差异基因作为疾病靶点。应用Cytoscape3.7.2软件构建中药复方调控网络图。利用Cytoscape3.7.2插件Bisogenet构建蛋白质-蛋白质相互作用网络(PPI),CytoNCA插件对其进行拓扑分析,MCODE插件对PPI核心网络进行功能聚类,应用Bioconductor分别对各功能模块实现GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。结果:研究得到97个活性成分和42个关键靶点,PPI核心网络主要有4个功能模块,GO功能富集分析中生物学过程共涉及1396个条目,细胞组分共涉及113个条目,分子功能共涉及153个条目,KEGG富集分析共涉及17条通路。结论:自拟桑蚕颗粒有效成分可调控2型糖尿病发病重要通路中多个靶点。     

基于网络药理学和GEO数据研究三七、黄芪和丹参防治缺血性脑卒中作用机制

目的 基于网络药理学和GEO数据研究中药三七、黄芪、丹参防治缺血性脑卒中作用机制。方法 通过TCMSP数据库筛选得到三七、黄芪、丹参中活性成分以及潜在靶点,在OMIM和Genecards数据库中检索获取缺血性脑卒中疾病相关靶点,用Cytoscape软件构建“中药-活性成分-作用靶点”以及“疾病-中药-活性成分-作用靶点”网络图。将三七、黄芪、丹参有效成分靶点与缺血性脑卒中（ischemic stroke,IS）疾病靶点交集后所得相关靶点蛋白通过STRING平台以及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络和潜在核心靶蛋白。利用DAVID平台对潜在核心靶蛋白进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。同时结合GEO数据集对核心靶蛋白进行验证。结果 中药三七中活性成分为13个,黄芪活性成分为21个,丹参活性成分为65个。三七、黄芪、丹参活性成分在IS中的潜在作用靶蛋白160个,其中筛选得到潜在核心靶蛋白8个。核心蛋白在GO富集和KFGG通路富集中涉及脂多糖介导的信号通路、RNA聚合酶Ⅱ启动子对转录的正调控蛋白磷酸酶、MAPK信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等...     

基于网络药理学方法探讨败毒散治疗COVID-19的潜在性

目的 基于网络药理学方法筛选出败毒散的潜在成分、作用靶点及其信号通路,探讨败毒散治疗新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的潜在性。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)对败毒散的药材进行逐一的检索,筛选出潜在活性成分及其对应靶点,应用Cytoscape3.7.2软件对成分和靶点进行网络构建与分析。在GeneCards、TTD等数据库中筛选COVID-19的相关靶点。将通过药物筛选得到的靶点与通过疾病筛选得到的靶点进行交集,在DAVID数据库中进行基因注释的GO分析和信号通路的KEGG富集分析。结果 利用数据库的检索和分析,筛选得到败毒散潜在成分107个,对应靶点189个。GeneCards、TTD数据库中筛选到与COVID-19有关靶点736个,二者取交集得到靶点42个。GO分析条目161条,KEGG信号通路54条。结论 败毒散可能通过多成分、多靶点、多通路,对发挥抗COVID-19具有一定的潜在作用,潜在活性成分对ACE2具有一定的作用。     

基于网络药理学研究黄连温胆汤干预2型糖尿病作用机制

目的 利用网络药理学工具挖掘黄连温胆汤干预2型糖尿病的机制.方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台检索黄连温胆汤药物成分及作用靶点,检索基因卡片、人类在线孟德尔遗传平台和DisGeNET数据库获取2型糖尿病相关靶点,取交集后,获得黄连温胆汤干预2型糖尿病的作用靶点.利用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点-疾...     

基于网络药理学及分子对接技术探究知葛通脉颗粒治疗糖尿病下肢动脉粥样硬化性病变的作用机制

目的 借助网络药理学研究方法,初步探索知葛通脉颗粒治疗2型糖尿病下肢动脉粥样硬化性病变的靶点和机制,为进一步研究提供相关理论支持和线索。方法 通过TCMSP数据库检索、文献补充,筛选知葛通脉颗粒有效成分及效用靶点,通过GeneCards、OMIM等数据库挖掘2型糖尿病LEAD靶点,取药物与疾病的交集靶点;利用STRING11.5制作PPI网络图,并通过PPI网络拓扑关系分析知葛通脉颗粒治疗2型糖尿病LEAD的关键靶点;构建“药物-成分-靶点”关系图,筛选中药颗粒核心成分。在Metascape平台进行GO、KEGG富集分析,探索药物治疗疾病的潜在机制,构建“成分-靶点-通路”图。最后,通过AutoDockTools 1.5.6进行分子对接,验证药物活性成分与疾病靶点之间的反应活性。结果 研究获得知葛通脉颗粒有效成分71种,潜在靶点261个,与DLEAD交集靶点107个,筛选出核心成分槲皮素、木犀草素、山柰酚、芒柄花黄素、异鼠李素、去水淫羊藿黄素、薯蓣皂苷元、β-谷甾醇、金圣草素、豆甾醇,关键靶点AKT1、IL-6、TNF、TP53、VEGFA、IL-1B。相关作用通路有183条,作用通路...     

基于网络药理学和分子对接研究金丹健肝胶囊治疗肝纤维化的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术阐明金丹健肝胶囊治疗肝纤维化可能的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台（http://tcmspw.com/tcmsp.php）和HERB数据库（http://herb.ac.cn）检索金丹健肝胶囊活性成分和靶点，通过DisGeNET、药物靶点数据库（Therapeutic Target Database, TTD）筛选肝纤维化疾病靶点；将金丹健肝胶囊活性成分的药物靶点与疾病靶点匹配，所得共同靶点导入STRING数据库平台构建蛋白质相互作用（protein protein interaction, PPI）网络；利用Cytoscape3.9.1软件CytoNCA工具进行拓扑分析，筛选关键靶点；应用Cytoscape3.9.1软件构建“中药-关键活性成分-关键靶点”网络图；通过DAVID平台（https://david.ncifcrf.gov）对关键靶点进行KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)富集分析；采用LeDock软件对活性成分与靶点进行分子对接验证。结果 筛选获得金丹健肝胶囊180个...     

丹参治疗糖尿病肾病的网络药理学研究

【目的】采用网络药理学预测丹参治疗糖尿病肾病可能的作用机制。【方法】应用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)挖掘单味中药丹参的入血活性成分,检索与疾病靶点有关的数据库TTD、DrugBank、OMIM、GAD及Pharm GKB筛选糖尿病肾病的作用靶点,再基于生物信息学手段拓扑丹参防治糖尿病肾病的特异性靶点,然后采用ClueGO针对关键靶点进一步分析其可能的作用机制。【结果】通过中药系统药理学数据库和分析平台挖掘出202个丹参相关成分,根据OB和DL等参数筛选出65个入血活性成分,预测出103个可能的作用靶点;通过TTD、DrugBank、OMIM、GAD及Pharm GKB等数据库检索到113个与糖尿病肾病相关的已知靶点。利用Cytoscape软件拓扑分析筛选出112个关键靶点;基于上述靶点可知,丹参作用于糖尿病肾病的核心非广泛意义的信号通路共26条。【结论】丹参治疗糖尿病肾病具有多成分、多靶点的特点,可能与细胞增殖、分化及凋亡相关,通过调节糖脂代谢、炎症反应及氧化应激等保护肾小球滤过屏障,减轻肾损伤以达到延缓疾病发生发展的目的。     

基于网络药理学研究马钱子抗肿瘤的作用机制

目的:采用网络药理学方法研究马钱子抗肿瘤的作用机制.方法:通过检索中药系统药理数据分析平台,把生物利用度(oral bioavailability,OB)≥30％,类药性(drug-like,DL)≥0.18作为筛选条件,获得主要活性成分和相关作用靶点.通过UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,利用STRING网...     

基于网络药理学探讨葛根黄芩黄连汤治疗2型糖尿病的机制

目的 采用网络药理学和分子对接技术共同探讨葛根黄芩黄连汤（GHHT）对2型糖尿病及其并发症的治疗机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选葛根、黄芩、黄连、甘草4味中药所含的活性成分。利用GeneCards数据库搜索与2型糖尿病相关的蛋白靶点;利用Pharmmapper平台,预测GHHT所含活性成分所作用的人类蛋白靶点。分析二者靶点的重复情况,并将重复靶点进行靶点蛋白相互作用（PPI）分析,利用Cytoscape软件构建药物-成分-靶点的网络图。通过Enrichr平台对关键基因作用的靶向细胞进行富集分析。结果 筛选得到活性成分101种,相关靶点155种,与2型糖尿病相关靶点500种,共有26种靶点重复。结论 GHHT可通过调节胰岛素分泌水平、改善胰岛素抵抗等机制治疗2型糖尿病;并通过调节转化生长因子β(TGF-β)/转化生长因子β受体1(TGFβR1)改善糖尿病肾病;通过调节血管内皮生长因子（VEGF）/血管内皮生长因子受体（KDR）通路改善糖尿病视网膜病变和糖尿病血管并发症。     

基于网络药理学和分子对接探讨枳实治疗乳腺癌的作用机制

目的:探讨枳实治疗乳腺癌的有效活性成分及其潜在机制.方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(traditional Chinese medicine systems pharmacology,TCMSP)分析枳实中的化合物,筛选其活性成分和潜在靶标,采用Cytoscape 3.7.2软件对枳实化合物-靶点网络进行构建,...     

基于网络药理学的芪参益气滴丸治疗心肌梗死机制研究

目的采用网络药理学的方法探究芪参益气滴丸治疗心肌梗死(MI)的药理作用机制。方法使用中药系统药理学数据库及分析平台(TCMSP)检索芪参益气滴丸中药复方中四味草药的所有活性化合物成分和作用靶点;通过OMIM、TTD、PharmG KB、DisG inN ET及DrugB ank数据库对MI的相关疾病靶点进行检索,并与药物的治疗靶点进行映射,获得药物作用于疾病的靶点。用Cytoscape软件构建药物成分-疾病靶点网络,筛选药物治疗心肌梗死的核心靶点。利用DAVID数据库进行KEGG富集分析,Omicshare数据库进行GO二级分类富集并对KEGG富集的结果进行可视化处理。结果选择口服生物利用度(OB)≥30%,类药性(DL)≥0.18,肠上皮细胞膜渗透性(Caco-2)≥-0.4及半衰期(HL)≥4 h作为活性化合物的ADME筛选条件,共获得82个活性成分和610个成分靶点。五个疾病数据库共检索MI相关靶点1 713个,药物靶点映射到疾病中共获得103个靶点。对大于平均度值的27个核心靶点进行DAVID富集分析,发现ADRB2、CHRM3、CHRM2、NOS3、NOS2、ADRA1D、C...     

基于网络药理学探寻蛇床子改善睡眠的分子机制

目的：利用网络药理学的方法研究蛇床子改善睡眠的作用机制。方法：利用中药系统药理数据库和分析平台获取蛇床子的活性成分及活性成分的作用靶点;借助Uniprot数据库查询其活性成分对应靶点基因;在Drugbank、GeneCards数据库中检索失眠相关靶点;由Cytoscape 3.7.2构建催眠活性成分-失眠-靶点网络;String数据库构建PPI网络;基于Metascape数据库对靶点进行GO富集和KEGG富集分析,预测蛇床子改善睡眠的作用机制。结果：共从蛇床子中筛选出香叶木素、蛇床子素、欧前胡素等活性化合物共19个,预测得到有效靶点55个,筛选失眠相关靶点962个,做出药物失眠症靶点交集靶点27个。其中PTGS1、PIK3CG、GABRA1、CHRM1、CHRM3、ESR1等可能为蛇床子改善失眠的关键作用靶点。生物功能与通路富集分析表明蛇床子主要活性成分涉及到化学突触传递、G蛋白偶联受体信号通路、膜电位调节、神经递质运输、单胺运输、离子输运调节等生物过程。通过调节神经受体交互通路（neuroactive ligand-receptor interaction）、钙信号通路（calciu...     

基于网络药理学探讨牛大力治疗抑郁症的活性成分及分子机制

目的:采用网络药理学方法研究牛大力治疗抑郁症的活性成分及作用机制.方法:借助中药系统药理学数据库分析平台(TCMSP)与文献资料检索筛选出牛大力活性成分;运用Swiss Target Prediction预测成分靶点,并从Gene Cards数据库中预测抑郁症相关靶点;同时,采用Cytoscape 3.2.1软件构建活...