2018-2020年上海市登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的 研究2018-2020年上海市本地感染及输入性来源登革1型病毒(Dengue Serotype 1 virus, DENV-1)分离株全基因组序列特征。方法 收集登革热疑似病例血清样本,对DENV-1阳性样本进行病毒分离、全基因组扩增与测序,进一步通过构建进化树对全基因组序列进行同源性分析、核苷酸序列及氨基酸序列相似性分析、编码蛋白氨基酸位点差异分析。结果 从88份DENV-1阳性样本中获得31株分离株的全基因组核苷酸序列,其中3株为本地感染病例来源,28株为输入病例来源。进化分析显示,28株分离株的基因型为G-I型,与G-I型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.47%~97.37%(98.78%~99.16%);3株分离株的基因型为G-IV型,与G-IV型参考序列的核苷酸(氨基酸)相似性均值为96.66%~96.86%(99.01%~99.26%);3株本地感染病例来源分离株均为G-I型,根据同源性分析,存在输入性病例引起本地感染可能。分离株与对照株比较各结构蛋白与非结构蛋白氨基酸位点均存在差异,其中E蛋白的495个氨基酸位点中,有31个位点存在差异。结论 2018-2020年上海市DENV-1包含G-I与G-IV两种基因型,以G-I型为主;首次分离得到3株上海市本地感染病例来源DENV-1,为G-I型,存在输入性病例引起本地感染可能。     

云南省登革4型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因组序列特征及分子流行病学特点。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-4的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从2015年云南省瑞丽市登革热患者血清中分离到5株DENV-4(本地病例2株,来自缅甸腊戍和南坎市输入性病例3株)。经RT-PCR和序列测定,获得这5株DENV-4的全基因组序列(10 661nt),其开放读码框(103-10 264)编码3 386个氨基酸。全基因组或结构蛋白和非结构蛋白基因序列的系统进化和同源性分析表明,云南分离株间高度同源并聚集为一个进化支,并与泰国不同年代DENV-4基因I型(G-I)流行株具有较近的进化关系和较高的同源性,同属G-I。云南株和泰国株均与同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律宾)和中国广州1990年B5株亲缘性和同源性都较低。云南株与H241株在结构蛋白或非结构蛋白中分别存在21和45个氨基酸位点差异。结论首次获得云南省DENV-4分离株的全基因组序列并发现它们与近期东南亚DENV-4G-I流行株亲缘关系较近。首次证实云南省存在DENV-4本地流行,传播来源为相邻缅甸北部边境地区。云南分离株某些氨基酸位点的改变是否与其抗原性和毒力有关尚需进一步研究。     

2020年深圳地区4株冠状病毒HCoV-NL63基因组特征分析

目的 了解2020年深圳市冠状病毒HCoV-NL63全基因组序列的遗传特征和变异.方法 对HCoV-NL63核酸检测阳性的咽拭子标本进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析.结果 获得4株HCoV-NL63全基因组序列,均属于B基因型B2亚型,株间核苷酸(氨基酸)同源性为99.80％～99.98％ (99.64...     

2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析

目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。     

云南省输入性登革热病例登革病毒1型的分离研究

目的对2011年8月采集的从老挝输入的登革热病人急性期血清进行登革病毒分离,以找出病原学证据。方法用C6/36白纹伊蚊细胞进行病毒分离,对有细胞病变的标本进行RT-PCR,检测登革病毒RNA及型别,对PCR产物测序,进行比对分析和进化树分析。结果从8例输入登革热病人的血清中分离到4株能引起细胞病变的病毒,均为登革病毒1型,与泰国毒株的同源性99%。结论云南省首次从输入登革热病人血清中分离到登革病毒1型,为云南省登革热的防控提供了依据。     

2019年广州市甲型H1N1流感病毒全基因组序列的遗传特征分析

目的 对甲型H1N1流感病毒进行基因组全序列遗传特征分析,为流感的科学防控提供新数据.方法 选取7株2019年广州市甲型H1N1流感病毒进行全基因组序列测定,分析其遗传特征.结果 7株病毒的核苷酸同源性最高为PB2基因(98.8％～99.9％),最低为NA基因(97.3％～99.2％).总体上,不同月份的H1N1流感分...     

福建省登革1型病毒基因组序列测定及进化分析

目的对分离自福建省的1株登革1型病毒（FJ231／04）进行全基因组序列测定，并同其它病毒株全基因序列进行比较，了解其序列特征和可能的传播来源。方法采取分段扩增、克隆、测序的方案，设计10对引物分别扩增不同的片段，基因组5’末端序列采用RACE技术进行扩增，扩增产物随后克隆到质粒载体并测序。通过末端重叠序列进行拼按后组成全长病毒基因组序列。结果拼接后的病毒全基因组全长10735nt，编码一个长的开放读码框。参考已公布的登革1型病毒的全基因序列，对该病毒株进行进化分析。序列的进化分析表明，该福建省分离株属登革1型病毒中的第1群（基因1型）病毒。在遗传距离上，该毒株和2002年的泰国分离株最为接近（差异为0．53％）。根据病毒发现时间及其核酸差异，推测该病毒可能是通过在东南亚一带感染者或病人带入福建。结论通过对登革病毒金基因组序列的测定可以获得毒株的特征。此外病毒序列的进化分析，还可为了解病毒可能的来源以及传播途径，正确了解登革病毒在我省的流行病学概况提供重要的线索。     

一株埃可病毒16型510/YN/CHN/2010的全基因组分析北大核心CSCD

目的分析一株埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)云南分离株510/YN/CHN/2010全基因组序列及其遗传特性。方法设计针对E16的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒目的基因并测序,利用BioEdit 7.2.3、MEGA 7.0和Simplot 3.5.1软件分析其全基因组。结果E16510/YN/CHN/2010全基因组核苷酸序列全长7432 nt,是编码含2196个氨基酸的多聚蛋白。其全VP1和全基因组与原型株Harrington的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.68%、49.33%和81.26%、97.26%。与其他埃可病毒原型株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为75.72%~88.44%和83.01%~87.65%。系统进化分析将E16分为3个基因型,分离株510/YN/CHN/2010和其他中国分离株均属于B基因型。重组分析显示,510/YN/CHN/2010株可能在非结构编码区的P2段重组。结论510/YN/CHN/2010分离株为E16 B基因型,可能为重组株。     

云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株。经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸。系统进化和同源性分析表明,13株为基因I型(G-I),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-III(昆明的印度输入性病例)。云南13株G-I可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系。云南13株G-I的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02%-100%和98.78%-100%,它们与6株东南亚G-I参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53%-99.53%和97.33%-100%,与DENV-1原型株US_Hawaii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76%-94.45%和95.86%-96.91%。所有云南株和东南亚参考株与US_Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异。结论云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-I,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源。     

2012年1株南美洲输入登革1型病毒的基因组特征

目的 分析2012年1株从南美洲输入登革1型病毒的基因组特征,探索登革病毒的传播规律.方法 测定DF1203毒株的全长基因组序列,分析该毒株与97株南美洲登革1型毒株的遗传联系,同时比较该毒株与全球最相似毒株的遗传联系.结果 DF1203毒株的基因组全长10 735个核苷酸,编码区全长10 179个核苷酸.种系发生分析显示,该毒株与南美洲登革1型毒株存在一定差异,BLAST分析表明DF1203与东南亚毒株存在密切遗传联系,尤其与近年柬埔寨毒株在种系发生树上处于同一分支.结论 虽然DF1203的患者来自南美洲苏里南,毒株遗传背景分析却显示与东南亚毒株存在亲密遗传关系.由此表明连续有效的登革病毒监测,尤其是检测分离株的部分或全部基因组序列,对于研究登革病毒传播路径、遗传进化,具有重要意义.     

Isolation and partial characterization of dengue virus type 2 and 4 strains from dengue fever and dengue haemorrhagic fever patients from Mindanao, Republic of the Philippines

OBJECTIVE: Isolation of dengue virus from dengue fever and dengue haemorrhagic fever cases from Mindanao, Republic of the Philippines. METHODS: 12 patients with clinically suspected dengue fever (DF) or dengue haemorrhagic fever (DHF) presenting in four regional hospitals between August and September 1995 on Minadano were enrolled in the study. Dengue virus was isolated by inoculation of Vero/E6 or C6/36 cells with patient serum. IgM antibodies were measured using a commercial test system. Up to 454 bp of the capsid region and 240 bp of the E/NS1 gene junction of different viral isolates were sequenced and phylogenetically analyzed. RESULTS: Virus could be isolated from seven patients, five isolates were typed as dengue virus type 2 and two as dengue virus type 4 by immunostaining with monoclonal antibodies or by RT/PCR. Phylogenetic analysis confirmed a close relationship of the dengue virus type 2 isolates with viruses isolated in the Philippines in 1983 and 1988. CONCLUSION: As observed in studies from other parts of South East Asia, dengue virus type 2 was readily isolated from dengue haemorrhagic fever cases. Dengue virus type 2 and 4 circulate in Mindanao, Philippines, with dengue type 2 being responsible for most of our severe DF or DHF cases.     

广州地区2012年1、2型登革病毒基因型特征研究

目的 测定广州市2012年1、2型登革病毒(DENV 1、DENV 2)的E基因序列,探讨其来源及基因型。方法 收集广州市2012年478例登革热患者急性期血清478份,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发育树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析。结果 478例患者标本中分离到DENV 1 6株,DENV 22株,测序获得E基因序列,E基因长度均为1 485 bp,编码495个氨基酸,DENV 1碱基同源性为97.4%~99.9％,推导的氨基酸同源性为99.2%~100.0％,其同源性与2011、2006和2004年份的国内DENV 1流行株接近。DENV 2碱基同源性为91.3%,推导的氨基酸同源性为97.8%,其同源性与我国DENV 2流行株相对较远。进化分析发现,DENV 1均属于同一亚型,即亚洲型,DENV 2属于两个亚型,即马来西亚/印度次大陆和东南亚型。结论 推测广州市2012年DENV 1和DENV 2均为输入性,DENV 1可能由柬埔寨和广东佛山输入,DENV 2可能由孟加拉国和缅甸输入。     

2019年云南省玉溪市输入性登革热病例实验室检测结果分析

目的 分析2019年云南省玉溪市输入性登革病例的流行病学特征及其病毒分子遗传背景,为当地登革热防控提供科学依据。 方法 采集输入性登革热病例血清标本,用实时荧光RT-PCR进行登革病毒血清型检测,对E基因进行测序及系统进化分析。 结果 2019年玉溪市共监测到23例输入性登革热病例,其中,来自云南省景洪市18例、柬埔寨3例、缅甸和越南各1例。主要分布在江川区(9例)和红塔区(8例)。成年病例为主,以农民(11例)和家务及待业者(5例)为主。共检测20份样本, 17份景洪市输入样本检出11例DENV-1、5例DENV-2、1例DENV-3阳性;2份柬埔寨输入样本检出1例DENV-1阳性;1份缅甸输入样本为DENV阴性。从景洪市输入的DENV阳性样本中得到6条DENV-1、3条DENV-2和1条DENV-3 E基因序列。6株DENV-1 E基因核苷酸相似性为99.4%~100%,与2019年景洪市DENV-1本地流行株和柬埔寨输入株核苷酸相似性为100%,属于基因I型;3株DENV-2 E基因核苷酸相似性为91.1%~99.9%,与2019年景洪市DENV-2本地流行株的核苷酸相似性为99.8%~100%,属于Asian I基因型和Cosmopolitan基因型;1株DENV-3 E基因序列与2019年景洪市DENV-3本地流行株的核苷酸相似性为99.3%,属于基因III型。 结论 2019年云南省玉溪市存在境内外两个来源的登革热输入病例,病例中存在3种血清型登革病毒感染,输入性病例的登革病毒与东南亚地区流行株进化关系最近。今后应进一步加强登革热输入病例的检测与监测。     

2014年深圳市登革热疫情流行病学特点分析

目的掌握2014年深圳市登革热（denguefever,DF）暴发时期的疫情流行特征,为制定DF防控措施提供科学依据。方法收集深圳市疾病预防控制中心2014年度DF疫情相关数据,结合DF病例个案流行病学调查资料及病例临床信息,用描述性流行病学方法分析DF发病时间、地区、人群分布和血清型特征。结果20t4年深圳市共报告454例DE病例和2起DF暴发疫情,其中346例本地感染病例,108例输入性病例,无2代病例和死亡病例。发病人群以20～50岁青壮年人群为主,占病例总数的76．73％;男性患者所占比例为60．13％,略高于女性。疫情暴发时间主要集中于6～12月,其中9～11月病例报告数占总数的97．14％。全市各区均有疫情发生,以宝安区、福田区和南山区报告病例数最多,占总数的60．00％以上。从100份患者血液标本中分离到65株登革病毒（denguevirus,DENV）,其中登革Ⅰ型59株,登革Ⅱ型4株,登革Ⅲ型2株,登革IV型1株。2014年疫情暴发前、后共采集监测点正常群体血液样本352份,检出DF特异性抗体IgG阳性11份,整体抗体阳性率为3．13％。结论从2014年DF疫情流行特征来看,疫情暴发呈现时间、地域及年龄特征性,且发病人群的流行病学特征与正常人群血清抗体水平均未体现DF具有地方性特征。     

登革4型病毒深圳分离株E基因序列测定及其系统发生分析

目的对深圳市2005年从登革热患者急性期血液中分离到的1株登革病毒进行型别鉴定,从分子水平分析分离株的生物学特征,追踪其可能的地域来源。方法用C6/36细胞培养增殖病毒株SZ0524,收集病毒液。用逆转录-半套式PCR(RT-semi-nested-PCR)方法和荧光PCR方法对其进行型别鉴定。扩增病毒E基因后进行序列测定,并与不同国家和地区的登革病毒株进行同源性比较和进化树分析。结果深圳市登革病毒分离株用4型特异性引物扩增出392bp的特异性条带,荧光PCR进一步证实了分离的病毒株为登革4型病毒。SZ0524与登革病毒4型国际标准株H241株在E基因上核苷酸同源性为99.7%,而与登革病毒1、2、3型国际标准株HAWAII、NGC、H87同源性分别为57.0%、59.2%和56.2%。基因进化树显示SZ0524株与D4-73NIID株和D4-61NIID株亲缘关系最近,其次为H241,在进化树的同一分支上,属基因Ⅰ亚型。结论从分子水平证明从深圳市登革热患者血清中分离到的毒株确为DEN-4型病毒。结合流行病学调查资料,证实此病例为输入性感染病例,该毒株最有可能来源于东南亚一带。     

建国后首次登革热暴发分离的2株登革4型病毒prM和E基因序列测定及其系统发生分析

目的对建国后1978年广东佛山首次暴发登革热流行时从患者急性期血液中分离到的两株登革4型病毒（78-42、78—56）进行其分子特征研究并了解其可能来源。方法用Vero细胞培养1978年分离自广东佛山登革热病人的78—42、78—56两病毒株，RNA抽提后RT-PCR法扩增prM、E区基因，克隆至pGEM-TEasy载体后测序；利用DNASTAR软件预测其氨基酸序列并与其他国内外登革4型病毒株序列比较；运用CLUSTALX1．83和MEGA3．1软件绘制系统发生树。结果78—42、78—56两株高度同源，prM、E基因序列和氯基酸序列与其他登革4型病毒同源性很高并证实为登革4型毒株，与印度尼酉亚和马来西亚分离株同属基因ⅡA亚型，核苷酸同源性与印尼ID1973株最高。结论78-42、78—56两新分离病毒株为建国后首次分离到的登革4型毒株，其来源最可能来自印度尼西亚。     

2001-2016年广州市登革3型病毒E基因序列及系统进化树分析

目的 了解2001-2016年广州市登革3型病毒的流行情况,掌握毒株的进化情况和趋势。方法 将登革热确诊病例的血清用荧光PCR检测,阳性血清用C6/36细胞进行病毒分离,测定分离毒株的E基因序列,与NCBI的毒株序列相比较,利用Mega 4.0软件构建系统进化树。结果2001-2016年共分离到登革3型病毒24株,从基因型上分类属于基因亚型I、II、III和V型,基因亚型III在流行年份和分离毒株数上稍占优势。流行病学调查和序列分析均显示与东南亚国家流行的登革热相关度较高。结论 广州市登革3型病毒以输入为主,随着输入压力增大、基因亚型增多和转换,可能会使广州市登革热流行传播更为复杂,流行风险进一步增高。