结肠黏膜vimentin降解在溃疡性结肠炎发病机制中的作用

背景 溃疡性结肠炎发病率呈逐年上升趋势,但发病机制不明,众多基于基因水平的研究不能完全阐明蛋白质水平的变化,差异蛋白质组学是从蛋白质水平研究溃疡性结肠炎发病机制的新方法 .目的 运用蛋白组学方法 探讨溃疡性结肠炎的发病机制.方法 选取12例活动期溃疡性结肠炎患者及12例正常肠黏膜为研究对象,提取组织蛋白做2-D电泳,银染,胶图分析找差异点,质谱鉴定蛋白质,最后Western-blot验证差异点.结果 差异蛋白组学共鉴定出蛋白质30个(上调16个,下调14个),成功选取其中的vimentin,并得到Western-blot方法 的验证.结论 溃疡性结肠炎患者肠黏膜存在vimentin降解片段蛋白水平的高表达,这种改变可能在在溃疡性结肠炎的发病机制中起重要作用.     

慢性乙型肝炎患者的差异表达基因筛选及相关信号通路预测

目的:研究慢性乙型肝炎发病的分子机制.方法:通过基因表达谱芯片,运用Gene Spring软件筛选慢性乙型肝炎患者的差异表达基因;运用Gene Trail软件,对差异表达基因进行信号通路富集分析.结果:发现417个差异表达基因,其中表达上调的基因数目为205个,表达下调的基因数目为212个;下调基因的显著性信号通路为ErbB、非小细胞肺癌、mTOR、RNA降解、T细胞受体、慢性粒细胞白血病、肾细胞癌信号通路,上调基因的显著性信号通路为趋化因子、溶酶体、霍乱弧菌感染、IgGFc受体介导的吞噬作用信号通路.结论:PI3K/AKT下调可能是乙型肝炎患者持续感染的主要分子机制之一.     

急性主动脉夹层与正常对照主动脉组织基因的差异表达

目的通过组织芯片技术分析急性主动脉夹层患者主动脉组织差异表达基因探讨主动脉夹层发病的分子机制。方法取急性主动脉夹层患者及健康对照（各4例）的主动脉组织,通过组织芯片筛选急性主动脉夹层患者和健康对照差异表达的基因。利用生物信息学技术分析差异表达的基因参与的信号通路。结果实主动脉组织芯片分析结果显示,急性主动脉夹层患者与正常对照差异表达大于2倍的基因有129个,其中83个基因表达下调,46个基因表达上调。差异表达的基因主要编码与细胞、细胞外基质粘附相关的蛋白。信号通路分析显示,主动脉夹层中受影响最大的两条通路是粘附斑和肌动蛋白骨架调节相关通路。结论通过组织芯片分析筛选到的急性主动脉夹层差异表达基因可能参与了主动脉夹层的病理过程,为研究其致病机制奠定了荩础。     

溃疡性结肠炎与肠应激综合征间差异基因表达

目的: 观察溃疡性结肠炎(UC)和肠易激综合征(IBS)之间基因表达上的差异, 从基因水平探讨UC的病理机制及其与IBS的区别.方法: 从GEO下载UC和IBS基因芯片资料, 用BRB-ArrayTools 3.6软件对该数据进行挖掘,并对差异表达基因进行生物信息学分析.结果: 两者具有131条差异基因, 涉及炎症反应、免疫、信号传导、细胞外分泌、基因转录调节、细胞结构、细胞死亡等. 与IBS 相比,UC上调基因124条, 下调基因7条. 聚类分析发现, 两类样品可根据基因表达进行区分.结论: 与IBS相比, UC肠黏膜在炎症、分泌、细胞生长和增殖等的相关基因表达增高;利用基因芯片能够对两种疾病进行区别.     

约氏疟原虫血淋巴子孢子诱导斯氏按蚊免疫基因分析

目的对约氏疟原虫感染后8、 11和14 d的斯氏按蚊进行转录组测序,分析约氏疟原虫血淋巴子孢子诱导斯氏按蚊的免疫信号通路及效应机制。方法约氏疟原虫BY265株按常规腹腔接种感染健康昆明小鼠,3 d后选择血液内有配子体的小鼠供斯氏按蚊雌蚊吸血,于吸血感染后8、 11和14 d各取斯氏按蚊20只,提取总RNA进行高通量转录组测序,分析按蚊基因表达情况;使用统计算法Bray Curtis进行层级聚类,分析各样本间基因表达的差异;根据每百万转录本(TPM)值进行差异基因分析;使用gplots package软件绘制聚类热图,分析感染后8、 11和14 d, Toll信号通路(Toll)、免疫缺陷信号通路(Imd)、信号转导和转录激活因子(STAT)和c-Jun氨基末端蛋白激酶(JNK)通路,效应分子如含硫酯蛋白家族分子(TEP)、抗菌肽、一氧化氮合酶(NOS)、硝化反应相关分子等的表达情况;利用实时荧光定量PCR (qPCR)扩增Rel1、 Rel2转录因子、含硫脂蛋白分子(TEP1)和血红素过氧化物酶(HPX8)进行验证。结果层级聚类分析显示,斯氏按蚊感染后11 d与8 d和14 d的基因表达变化差异较大。差异基因分析结果显示,斯氏按蚊感染后11 d与8 d相比,有1 109个基因上调,257个基因下调;感染后14 d与8 d相比,有62个基因上调,136个基因下调;感染后14 d与11 d相比,有174个基因上调,196个基因下调。聚类热图分析结果显示,在感染后11 d与8 d和14 d的比较中,斯氏按蚊Rel1转录因子、 Toll5A和Toll1A受体分别上调约1.9、 1.8和2.1倍;双过氧化物酶和双氧化酶均上调约2倍;HPX8上调约1.5倍。qPCR验证结果显示,感染后11 d Rel1、 Rel2和HPX8的相对表达量为3.43、 3.95和4.01,与对照组的0.82、 0.88和1.01差异有统计学意义(P 0.01)。结论约氏疟原虫血淋巴子孢子可诱导斯氏按蚊Toll信号通路通过直接或协调其他通路调控硝化反应相关分子表达。     

青黛颗粒对溃疡性结肠炎大鼠结肠黏膜MUC2和iNOS基因表达的影响

目的:观察青黛颗粒对TNBS诱导的溃疡性结肠炎(UC)大鼠结肠黏膜黏蛋白(MUC2)及诱导型一氧化氮合成酶(iNOS)基因表达的影响,探讨其治疗UC的可能作用机制.方法:将54只SD实验大鼠随机分为正常对照组、模型对照组、阳性药物治疗组(SASP,500 mg/kg)、青黛颗粒600、900、1 200 mg/kg治疗组.造模后第3天开始灌胃给药,共给药10d.实验第14天,处死大鼠,剖取其病变结肠组织,比较各组大鼠的DAI积分和CMDI评分,用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测MUC2及iNOS基因的表达.结果:较模型组青黛颗粒900、1200 mg/kg治疗组能显著降低实验大鼠DAI积分和CMDI评分,上调结肠组织中MUC2的基因表达(2.06±0.70 vs 1.24±0.47;2.34±0.86 vs 1.24±0.47.均P<0.01),且青黛颗粒1 200 mg/kg治疗组能下调iNOS的基因表达(0.35±0.12vs 0.62±0.31.P<0.05).结论:青黛颗粒可能通过上调结肠黏膜MUC2的基因表达并下调iNOS的基因表达而起到抗TNBS诱导的大鼠溃疡性结肠炎的作用.     

中医药对溃疡性结肠炎TLR/MyD88信号通路NF-κB的干预研究

溃疡性结肠炎（ulcerative colitis,UC）是一种病因及发病机制尚不清楚的慢性非特异性肠道炎症性疾病[1].近年研究表明,TLR/MyD88炎症信号通路在溃疡性结肠炎发病机制中起重要作用.现针对TLR/MyD88信号通路在UC中的作用机制和中医药对该通路的干预作一综述.     

溃疡性结肠炎患者结肠黏膜5-HT信号通路的变化特点

目的研究溃疡性结肠炎(UC)患者结肠黏膜5-羟色胺(5-HT)信号通路的变化,进一步了解UC的发病机制。方法经结肠镜检查获得UC患者和健康对照者的结肠黏膜活组织检查标本。用免疫荧光法和ELISA法分别检测肠嗜铬(EC)细胞数、5-HT含量和5-HT释放量。用RT-PCR和免疫荧光检测5-HT合成酶色氨酸羟化酶1(TPH1)和5-羟色胺再摄取转运蛋白(SERT)的基因表达。分析5-HT释放量与UC疾病活动度的相关性。结果与健康对照组相比,UC患者结肠黏膜嗜铬细胞数、5-HT含量、5-HT释放量和TPH1表达均显著增加,而SERT表达显著减少(P均0.01)。此外,5-HT释放量与UC疾病活动度呈正相关(P0.01)。结论 UC患者结肠黏膜5-HT信号通路有多个环节发生变化,这些变化有助于了解UC的发病机制和开发新的治疗方法。     

慢性血栓栓塞性肺动脉高压基因表达谱的研究

目的 利用基因表达谱芯片研究慢性血栓栓塞性肺动脉高压病变组织中差异表达的基因,从多基因角度研究疾病发生的分子机制。 方法 选取5例慢性血栓栓塞性肺动脉高压病人的肺动脉内膜组织作为实验组,并选择年龄和性别相匹配的5例肺移植供体的正常肺动脉内膜组织为对照组。分别提取、纯化RNA,反转录为cDNA,与Affymetrix 2.0 ST基因芯片进行体外杂交,通过扫描信号及数据处理,分析出CTEPH肺动脉内膜的差异基因表达谱,并选择部分基因进行反转录聚合酶链反应(RT-PCR)验证。 结果 通过对两组基因表达谱比较分析,筛选出有统计学差异的1614个基因。其中880个基因表达上调,734个基因表达下调。筛选出差异最显著的5个上调基因和5个下调基因, RT-PCR验证TBX15、FMO3、ITIH3、CHRDL1、ACADL表达与芯片结果符合。 结论 慢性血栓栓塞性肺动脉高压存在显著的差异基因表达谱,筛选出来的差异基因涉及炎症反应、细胞粘附、血栓形成、平滑肌增殖、血管生成等功能,而完整的基因功能信息、传导通路、信号网络等,尚需进一步研究。     

腺苷A3受体在溃疡性结肠炎患者结肠黏膜中的异常表达和作用

目的研究腺苷A3受体/核因子-κB(NF-κB)信号通路在溃疡性结肠炎(UC)发病机制中的作用。方法经结肠镜获取UC患者结肠黏膜组织,采用免疫荧光和免疫印迹方法检测腺苷A3受体的分布和表达。采用免疫荧光方法检测腺苷A3受体与NF-κB p65信号分子在结肠黏膜上皮细胞的共定位表达。检测腺苷A3受体激动剂2-Cl-IB-MECA对人结肠上皮细胞系HT-29的NF-κB信号通路的激活及其下游炎性因子白细胞介素-8(IL-8)和IL-1β的表达水平的作用。结果 UC患者结肠黏膜上皮中腺苷A3受体表达显著下调,与正常对照比较差异有统计学意义(P0.01),腺苷A3受体与NF-κB p65信号分子共定位表达于结肠黏膜上皮细胞,NF-κB p65信号分子从上皮细胞质移位至细胞核。2-Cl-IB-MECA可下调肿瘤坏死因子-α(TNF-α)诱导的人结肠上皮细胞NF-κB p65的核转移和细胞核中的表达水平,也可明显降低IL-8和IL-1β蛋白分泌,与对照组比较差异均有统计学意义(P均0.05)。结论 UC患者结肠黏膜上皮细胞中腺苷A3受体表达下调,且NF-κB信号分子核转移。腺苷A3受体激活可抑制人结肠上皮细胞NF-κB信号通路及其下游炎性因子的表达,发挥抗炎效应。腺苷A3受体可能是UC患者的治疗靶标。     

移植雄性骨髓的雌性小鼠肝组织肝再生相关基因的信号通路

目的:探讨骨髓形成肝细胞的分子机制.方法:采用移植♂骨髓的♀小鼠模型,♀Balb/c小鼠随机分为模型组和正常对照组,选用小鼠基因表达谱寡核苷酸芯片,利用反转录酶合成掺有荧光标记的cDNA探针,将探针与基因表达谱芯片杂交观察小鼠肝组织基因表达谱的变化,筛选样本之间杂交信号比值有差异表达的基因.采用生物信息学方法分析模型组中小鼠肝组织再生相关基因的信号通路变化规律.结果:♀小鼠在移植♂骨髓6 mo后肝组织的基因表达谱显著不同,对照组相对于正常组的差异表达基因有865条,已知功能基因有447条,其中上调基因92条,下调基因355条.与肝再生相关基因信号通路涉及HGF,TGF-β,Focal Adhesion,JAK-Stat,VEGF等信号通路,他们相关基因的上调表达促进肝细胞的增殖分化.TGF-β信号通路中相关基因下调,抑制信号通路的激活,减弱肝再生的负性作用,利于肝细胞的增殖分化.结论:♀小鼠移植♂骨髓后的肝组织基因表达谱显著变化,有可能通过其肝再生相关基因的信号通路激活或抑制调节肝再生.     

cDNA微阵列分析BALB/c小鼠肝脑组织中差异性表达基因的研究

目的分析BALB/c小鼠肝、脑组织差异基因表达谱。方法TRIZOL法提取总RNA,反转录cDNA,采用36K小鼠全基因组寡核苷酸芯片,运用荧光双交换方法分析BALB/c小鼠肝脑组织中mRNA转录本含量。经芯片扫描、图像采集后,运用MAS2.0软件对差异基因进行基因功能分析(GO)和KEGG通路分类。结果基因芯片结果表明与脑组织相比,在肝组织中共发现差异表达基因6 132个,其中包括上调基因2 974个,下调基因3 158个,GO分析上述差异表达基因主要涉及代谢、细胞信号转导、DNA结合与转录、细胞周期、细胞骨架、细胞粘附和发育等。KEGG信号通路分析显示:上调差异基因中71个通路的改变差异具有统计学意义(P0.05),下调差异基因中有80个通路的改变差异具有统计学意义(P0.05)。结论小鼠肝与脑组织基因表达谱的差异涉及多个基因表达调控途径,研究这些基因分子功能有助于深入了解各组织独特的功能表达系统。     

活动性肺结核患者与潜伏感染者差异表达基因的生物信息学分析

目的寻找活动性肺结核患者与潜伏感染者免疫功能差异的重要分子。方法收集活动性肺结核患者和潜伏感染者PBMCs进行转录组测序,分析数据获得差异表达基因,对差异表达基因使用软件MeV进行聚类分析,用DAVID数据库进行GO分析,用STRING数据库进行蛋白相互作用网络分析,用Cytocapase软件进行KEGG分析和蛋白质复合物分析。结果共获得差异表达基因98个,其中上调基因67个,下调基因31个;GO分析生物进程富集的词条是“免疫反应”、“天然免疫反应”和“中性粒细胞趋化”;KEGG分析结果显示富集词条是“自然杀伤细胞介导的细胞毒作用”、“抗原处理和递呈”和“IL17信号通路”等信号通路,其中IFNG、ITGAM、MMP1和FOS基因连接多个信号通路;构建蛋白相互作用网络,筛选到聚集程度高的分子ELANE、ITGAM、MMP9和ARG1;而蛋白复合物分析显示由上调基因组成的复合物1和复合物2、由下调基因组成的复合物3。结论连接多个信号通路或者聚集程度高的重要分子和大分子复合物可能在活动性肺结核患者与潜伏感染者免疫功能差异具有重要的作用,有待我们进一步的实验验证及功能研究。     

基于microRNA调控的轻度慢性乙型肝炎发生的分子机制

目的从microRNA(miRNA)调控角度揭示轻度慢性乙型肝炎发病的分子机制。方法收集2013年7月-2014年2月成都市传染病医院门诊就诊的患者共16例,分为轻度慢性乙型肝炎组与正常组,借助Agilent Human miRNA 8×60 k微阵列芯片检测血浆中miRNA表达谱,求得两组间差异表达的miRNA谱,借助miRNA生物信息学分析软件预测其靶基因并对靶基因进行GO功能富集分析和pathway分析。两组间比较采用t检验,多组间比较采用方差分析。结果两组间的差异表达miRNAs共54条(P值均0.05),30条上调,24条下调;其功能主要涉及细胞增殖、转录正/负调控、生物合成过程的正/负调控、蛋白质定位、Wnt受体信号通路、转录正/负调控、基因表达的正/负调控、酶联受体蛋白信号通路、蛋白氨基酸的磷酸化等生命过程。Pathway分析得到其主要涉及Wnt信号通路、Notch信号传导途径、Hedgehog信号通路、p53信号通路、B淋巴细胞受体信号通路等。结论轻度慢性乙型肝炎发生受到特异性miRNA调控,涉及多个生命过程及通路。     

氟中毒患者外周血淋巴细胞基因表达水平的研究

目的探讨氟对人体外周血淋巴细胞基因表达水平的影响.方法从病情程度不同的氟中毒患者和正常对照者外周血淋巴细胞中提取RNA,进行逆转录和33P-探针标记,纯化后与cDNA基因芯片杂交,杂交信号扫描成像后输入Pathway 3.0分析软件中进行数据处理,既可获得差异表达基因.结果用t检验(Confidence level 95 %)和Ratio值进行差异表达基因的筛选:与对照组比较,轻度组有32个基因表达上调(Ratio值为2.003 9～4.046 7),有32个基因表达下调(Ratio值为0.091 8～0.501 0);重度组有53个基因表达上调(Ratio值为2.004 0～3.718 0),有20个基因表达下调(Ratio值为0.088 6～0.503 4);重度组与轻度组比较仅有4个基因表达上调(Ratio值为2.363 0～2.704 0),11个基因表达下调(Ratio值为0.334 1～0.495 0); 同时 Ras-related GTP-binding protein 和 Transmembrane 9 superfamily member 1 这两个基因在轻度组和重度组与对照组比较时均呈现出上调(Ratio值为2.046 2～2.993 6),有14个基因表达均出现下调(Ratio值为0.091 8～0.503 4). 结论高氟可以对人体基因表达水平产生一定影响,尤其是与信号传导有关的Ras蛋白和跨膜蛋白基因过度表达在氟中毒发生发展过程中可能起着重要的作用,可从分子水平进一步探讨氟对人体损伤的作用机制.     

复方黄柏液通过PI3K/Akt/NF-κB信号通路逆转大鼠溃疡性结肠炎

目的 探讨复方黄柏液逆转溃疡性结肠炎(UC)的作用机制。方法 免疫复合法建立溃疡性结肠炎大鼠模型，将50只Wistar大鼠随机分为对照组、模型组、复方黄柏液组，治疗14 d后，采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清及结肠黏膜白细胞介素(IL)-1β、IL-6、肿瘤坏死因子(TNF)-α水平，Western印迹检测大鼠结肠黏膜磷酸化核转录因子(NF)-κB、磷酸化磷酸肌醇3激酶(p-PI3K)、磷酸化蛋白激酶B(p-Akt)蛋白表达水平。结果 复方黄柏液可有效抑制p-PI3K、p-Akt、p-NF-κB蛋白的表达，通过抑制PI3K/Akt/NF-κB信号通路的异常激活减轻炎症反应。结论 复方黄柏液能通过调节NF-κB介导PI3K/Akt信号通路逆转溃疡性结肠炎的炎性病变，化瘀解毒法是其起效关键。     

左归丸对同种异性骨髓移植小鼠肝组织Wnt信号通路的影响

目的：探讨左归丸对同种异性骨髓移植小鼠肝组织wnt信号通路的影响。方法：建立同种异性骨髓移植小鼠模型,随机分为补肾组和对照组,每组40只,分别给予左归丸汤剂和生理盐水灌胃,给药6个月后处死小鼠,取小鼠肝组织,采用基因芯片技术检测同种异性骨髓移植小鼠肝组织基因表达谱,采用WesternBlot检测β-catenin蛋白表达。结果：补肾组相对于对照组小鼠肝组织Wnt信号通路中上调表达的基因有Wntl、分泌型Frz相关蛋白（secreted frizzled—related sequence protein,sfrp）1、sfrp5,下调表达的基因有Gsk3b、Wnt10a、Rac1、Mapk9、Prkcc、Frat1、Nfatc4、Csnk2b、Ppard等。补肾组比对照组小鼠肝组织中β—catenin蛋白表达明显增强。结论：左归丸可通过激活Wnt信号通路经典途径,游离β-catenin蛋白积累并进入细胞核激活下游靶基因,这可能是“补肾生髓成肝”调控肝再生的重要分子机制之一。     

基于生物信息学的胃癌核心miRNA筛选和调控网络分析

背景:Micro RNAs(miRNA)是多种真核生物基因表达的负调节因子,在RNA沉默和基因转录后调控中发挥作用。几乎所有类型的恶性肿瘤中均发生miRNA失调,可影响多种基因表达。目的:构建胃癌核心miRNA调控网络,为解析miRNA在胃癌发生、发展中的分子机制提供理论依据。方法:利用miRNA和m RNA表达谱芯片筛选差异表达miRNA和m RNA,应用miRWalk 2. 0预测miRNA相互作用的基因,并与表达谱芯片筛选出的基因进行交叉匹配,确定核心差异表达miRNA,构建miRNA-m RNA调控网络。对靶基因进行GO分析和KEGG分析。结果:表达谱芯片筛选出21个上调miRNA和36个下调miRNA,交叉匹配后发现1 042个低表达基因和711个高表达基因,最终确定10个核心miRNA-m RNA调控网络。受核心miRNA调控的差异表达基因主要参与肿瘤相关通路,高表达基因主要富集于ECM-受体作用通路等9个信号通路,而低表达基因主要富集于神经活性配体-受体相互作用等5个信号通路。GO分析结果显示上调基因涉及315个功能、下调基因涉及88个功能,其中细胞外基质组织的相关性最高。结论:基于生物信息学的miRNA-m RNA调控网络分析为研究胃癌提供了新的视角,有助于系统性阐明miRNA在胃癌发生、发展中的分子作用机制,可为胃癌诊断标志物的筛选和药物治疗精准靶点的选择提供理论基础。     

mTOR信号通路在胰腺癌发病中的作用

目的 检测mTOR信号通路在胰腺癌组织中的表达,探讨其在胰腺癌发病中的作用.方法 选择经手术、病理证实的6例胰腺癌及相应癌旁组织,抽提RNA,应用Agilent人全基因表达谱芯片进行检测,生物信息学分析mTOR信号通路在胰腺癌组织中的表达.结果 总共筛选到1276个差异基因,其中癌组织上调的有691个,下调的有585个.KEGG通路的Enrichment和基因计数两项指标得分最高的是mTOR信号通路中的hsa04150,其Enrichment为4.5622519,基因计数为9,基因计数百分率为1.15%,EASE Score P值为6.23E-04,最有生物学意义,其中ULK2、PIK3R3、PDPK1、EIF4EBP1、PGF、VEGFB、ULK3、RICTOR与PIK3R5等9个关键基因具有显著性差异(P值均＜0.05).结论 胰腺癌发病与mTOR信号通路激活密切相关.     

Toll样受体4的信号转导与溃疡性结肠炎的研究进展

溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)的发病机制尚不明确,目前研究表明,Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)与UC的发病密切相关,TLR4通过髓样分化因子88 (myeloid differentiation factor 88, MyD88)依赖性和非依赖性等途径激活下游信号分子,引发肠黏膜释放TNF-α、IL-1、IL-6等炎症介质,最终导致UC的发生,同时对此信号转导通路的阻断研究为临床治疗UC带来了新的契机.