原发性胆汁性胆管炎熊去氧胆酸治疗应答不佳的差异基因及免疫细胞浸润生物信息学分析

目的 分析熊去氧胆酸(UDCA)治疗应答不佳的差异表达基因,为原发性胆汁性胆管炎(PBC)的治疗提供理论依据.方法 通过检索基因表达数据集(GEO)数据库获得UDCA应答相关基因芯片数据集,筛选差异表达基因(DEG),构建蛋白相互作用网络图,利用注释、可视化和集成发现数据库DAVID进行生物学功能和信号通路的富集分析,...     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库，具有社区共建和数据共享的特征，为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具，体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因，提示细胞内的信号转导途径的变化，甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究，因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息，提高科研效率有重要的意义。     

表达谱数据库的原理与应用

表达谱数据库是近几年发展起来的一类生物信息数据库,具有社区共建和数据共享的特征,为生物学家提供丰富的基因表达数据及初步分析这些数据的生物信息工具,体现了高通量数据研究的发展趋势。表达谱数据能够提供组织特异性表达的基因,提示细胞内的信号转导途径的变化,甚至通过与基因组非翻译序列信息的结合进行协调表达的研究,因此有效地查询和利用表达谱数据对充分利用基因表达信息,提高科研效率有重要的意义。     

基因表达连续分析技术及应用研究的进展

随着功能基因组学研究的兴起 ,基因表达连续分析技术 (SAGE)已成为高通量研究基因表达谱的新手段。 SAGE技术不仅可以用来研究大部分基因组序列尚未鉴定的生物个体的基因表达谱 ,其实验结果还可以直接与发表在 SAGEmap表达数据库中不同来源的已知文库相比较 ,应用日益受到重视。     

SVIL基因在胃癌组织中的表达及预后价值的分析

目的 通过分析基因表达汇总(GEO)数据库中胃癌组织的数据,评估黏着斑蛋白(SVIL)基因在胃癌中的表达情况,探讨SVIL对胃癌患者预后的意义,并分析预测其作用机制.方法 通过GEO数据库下载基因芯片GSE84437数据,该数据内包含433例结直肠癌病例数据.使用卡方检验分析SVIL与临床特征之间的关系.通过Kapla...     

结肠癌免疫相关基因对预后模型构建及预后的相关性分析

目的 结肠癌作为常见的消化道恶性肿瘤,越来越多的证据表明结肠癌预后与免疫系统之间存在相关性.实验目的是建立一个稳健的免疫相关基因对(IRGP)预后模型来评估结肠癌患者的总生存期(OS).方法 从TCGA、GEO 2个数据库下载结肠癌患者的基因表达谱和临床信息,将两组数据分别规定为Training组和Testing组.按...     

视网膜母细胞瘤免疫细胞特征及关键基因的识别

目的 使用生物信息学手段探究视网膜母细胞瘤(retinoblastoma,RB)潜在肿瘤标志物和免疫细胞特征.方法 对GEO数据库的3个基因表达数据集(GSE24673,GSE97508和GSE1108113)进行差异分析,Gene Ontology (GO)功能注释和Kyoto Encyclopedia of Gen...     

生物信息学及其在肿瘤研究中的应用

生物信息学是利用计算机对于生物大分子的结构和功能信息进行整理、储存和分析的技术 ,它目前已经成为生命科学的一个重要研究手段。在肿瘤研究领域的应用主要包括构建肿瘤相关的数据库、开发肿瘤治疗药物以及系统分析肿瘤基因表达谱。     

良恶性乳腺肿瘤外周血基因差异表达研究

目的:利用基因表达谱数据,探讨良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达变化。方法:从GEO 数据库中获取良性和恶性乳腺肿瘤患者外周血单个核细胞(PBMCs)表达谱。GEO2R 在线工具筛选差异表达基因, DAVID 工具富集基因功能和通路。STRING 数据库构建差异表达基因蛋白产物相互作用的网络,筛选核心基因。结果:良恶性乳腺肿瘤分别筛选到563和237 个差异基因,乳腺癌差异基因涉及白细胞激活、血管生成等生物学过程以及白细胞跨内皮迁移信号通路。IL8、RHOB、ITGB1 等为关键基因。结论:良恶性乳腺肿瘤患者外周血基因表达模式存在明显差异,为将外周血作为替代材料应用于乳腺肿瘤的诊断及监测研究开辟了新思路。     

去分化脂肪肉瘤潜在核心基因的生物信息学预测及分析

目的 探讨去分化脂肪肉瘤的潜在核心基因在其恶性生物学行为中的作用.方法 获取基因表达数据库(gene expres-sion omnibus,GEO)数据库中GSE21122和GSE52390的芯片数据,通过GEO2R筛选差异表达基因,对差异表达基因进行GO功能、KEGG通路富集分析和蛋白互作分析,并用Cytoscap...