基于网络药理学探讨加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制

目的 基于网络药理学探讨加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制。方法 获取药物活性成分及关键靶点,然后运用相应数据库预测支气管哮喘的相关靶点,两者取交集后,运用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1软件构建蛋白相互作用网络及药物-靶点网络,进行基因本体（GO）功能富集和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果 筛选出核心药物的活性成分404个,交集靶点202个。GO功能分析得到180条分子功能,KEGG通路富集分析得到179条通路。结论 通过网络药理学分析,预测了加味止哮平喘汤治疗支气管哮喘的作用机制,为临床研究提供了参考。     

基于网络药理学和分子对接探究柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的作用机制。方法 利用TCMSP数据库和Uniprot数据库筛选柴胡清肝汤的有效活性成分和作用靶点信息,利用GeneCards数据库获取肉芽肿性乳腺炎的相关靶点,并利用Cytoscape 3.9.1软件构建药物-成分-共同靶点关系网络。通过Venny 2.1.0构建韦恩图获取药物和疾病的共同靶点,利用STRING数据库获取核心蛋白的相互作用网络,运用DAVID数据库对关键靶点进行GO富集和KEGG通路富集分析,运用AutoDock及Pymol对关键靶点与相应活性成分进行分子对接验证,分析柴胡清肝汤治疗肉芽肿性乳腺炎的潜在作用机制。结果 共获得柴胡清肝汤有效活性成分199个,药物-疾病作用靶点23个,其中槲皮素、山柰酚、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素等关键有效活性成分与IL-6、TNF、ALB、IL-1β、CXCL8、STAT3、CCL2、IL-4等靶点相互作用,调控IL-17、Toll样受体、细胞因子受体相互作用、NF-κB、TNF等信号通路,分子对接结果显示筛选的主要活性成分与其对应靶蛋白具有较好的结合活性。结论 柴胡清肝...     

基于网络药理学和分子对接研究黄芩治疗白癜风的作用机制

目的 利用网络药理学方法研究黄芩治疗白癜风的作用靶点和机制。方法 使用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选得到黄芩中的活性成分及其作用靶点,通过SwissTargetPrediction数据库检索补充各个活性成分的作用靶点;通过OMIM、GeneCards数据库获取白癜风的相关靶点,与活性成分作用靶点取交集;将黄芩活性成分和白癜风的交集靶点导入String数据库构建靶点间的蛋白相互作用(PPI)网络;利用Cytoscape 3.9.1软件,构建"黄芩-活性成分-白癜风靶点"网络并筛选核心靶点;使用Metascape数据库对潜在作用靶点进行基因本体论(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;使用AutoDockTools 1.5.7软件进行分子对接验证并使用PyMol软件对结果进行可视化处理。结果 共筛选得到黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮等36个活性成分,作用于3 868个潜在靶点,白癜风相关靶点1 349个,黄芩-白癜风的交集靶点113个;PPI网络分析得到肿瘤蛋白P53(TP53)、丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)、肿瘤坏死因子(TNF)、丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1)、白细胞介素-6(IL-6)、胱天蛋白酶3(CASP3)、雌激素受体(ESR1)共8个核心作用靶点;GO和KEGG富集分析显示,黄芩治疗白癜风主要涉及胰腺癌、内分泌抵抗、神经营养素信号通路、细胞凋亡、乙型肝炎、细胞衰老等信号通路。分子对接结果显示黄芩素、汉黄芩素、刺槐素、木蝴蝶素a、表小檗碱、去甲汉黄芩素、5,7,4''-三羟基-8-甲氧基黄酮7个核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论 黄芩可能通过调控内分泌、神经、细胞衰老和凋亡以及炎症等方面发挥治疗白癜风的作用,为后续研究黄芩治疗白癜风提供参考。     

基于网络药理学-分子对接探析灭幽汤“异病同治”慢性萎缩性胃炎和胃溃疡的作用机制（英文）

本研究旨在运用网络药理学分析方法与分子对接技术研究灭幽汤异病同治慢性萎缩性胃炎和胃溃疡的作用机制。运用TCMSP和BATMAN-TCM数据库筛选出灭幽汤的有效成分,Genecards、OMIM、Disgenet、Drugbank数据库筛选出慢性萎缩性胃炎和胃溃疡的相关靶点;采用Cytoscape 3.9.1软件绘制“方剂-药物-活性成分-核心靶点-疾病”的网络拓扑图;采用STRING数据库构建蛋白互作网络;运用David数据库对核心靶点进行GO富集分析及KEGG通路分析;采用Auto Dock4软件进行分子对接预测药物与疾病靶点的结合性,通过Py MOL2.2软件实现对接结果可视化。结果得到灭幽汤有效成分73个, CAG相关靶点761个, GU相关靶点640个,通过Venny图取交集后得到54个靶点, Cytoscape筛选后得核心靶点37个。分子对接结果显示,TP53、IL6等5种蛋白与木犀草素(luteolin)、金合欢素(acacetin)、柚皮素(naringenin)、黄芩苷(baicalein)、汉黄芩素(wogonin)有较好的结合活性;KEGG富集分析主要得到癌症通路、...     

基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨黄芩治疗糖尿病的作用机制。方法 从中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库中筛选黄芩的主要生物活性成分及其作用靶点,在GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb等数据库中获取与糖尿病相关的疾病靶点。构建糖尿病与黄芩的作用靶点韦恩图,获得两者之间的共有靶点。借助STRING数据库生成黄芩治疗糖尿病的蛋白互作网络（PPI）,导出核心靶点,并通过Cytoscape 3.9.1软件绘制“疾病–药物–有效成分–作用靶点”网络图。结合Bioconductor数据库和R 4.3.2软件,对黄芩与糖尿病的交集基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析。为了进一步验证药物与靶点之间的相互作用关系,采用分子对接技术进行深入研究。结果 经过筛选,成功识别了36个黄芩主要活性成分,19 201个与疾病相关的靶点基因,96个药物靶点以及94个共有靶点,核心靶点主要涵盖蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-6（IL-6）、JUN、环加氧酶2（PTGS2）和雌激素受体1（ESR1）等关键蛋白。GO富集结果显示有1 368个生物过程、165个分子功能、29个细胞组成。KEGG富集分析得到150条通路。分子对接结果显示,黄芩主要活性成分为汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇,与疾病核心靶点Akt1、IL-6、JUN对接情况良好。结论 黄芩可能通过主要活性成分汉黄芩素、黄芩素、豆甾醇调节Akt1、IL-6、JUN等靶点治疗糖尿病,初步阐明了黄芩治疗糖尿病可能的作用机制,为糖尿病的临床治疗及预防提供理论依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的作用机制

目的：基于网络药理学和分子对接技术,探讨丹灯通脑软胶囊治疗中风的活性成分和作用机制。方法：借助中药系统药理学数据库与分析平台、中国台湾中医药资料库、BATMAN-TCM数据库以及文献,筛选丹灯通脑软胶囊相关成分,在成分靶点预测数据库中预测其作用靶点,结合药物与疾病数据库、人类孟德尔遗传综合数据库、治疗靶点数据库和DisGeNET数据库中得到的中风靶点构建网络,通过STRING数据库对共同靶点进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,筛选关键靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并利用Autodock Tools 1.5.7软件进行分子对接,预测核心成分和关键靶点间的结合活性。结果：共检索到丹灯通脑软胶囊相关成分161个,对应靶点856个,中风相关靶点234个,取交集得到86个共有靶点,构建PPI网络并进行拓扑学分析得到30个关键靶点,其富集分析得到2 712个GO功能进程和122条KEGG通路。分子对接结果显示,核心成分槲皮素、木犀草素可以与核心靶点前列腺素内过氧化物合酶2、蛋白激酶B、基质金属蛋白酶(MMP)9、半胱天冬酶-3和MMP...     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

平喘止咳方治疗慢性阻塞性肺疾病的网络药理学与分子对接研究

目的 基于网络药理学探讨平喘止咳方治疗慢性阻塞性肺疾病（COPD）的分子机制。方法 以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为筛选条件,通过TCMSP数据库获取平喘止咳方的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards,OMIM,DisGeNET数据库获取COPD的主要作用靶点;通过Venn 2.0. 2数据库得到平喘止咳方和COPD的共有靶点,并通过Cytoscape 3.8. 0软件构建活性成分-共有靶点网络,根据度值筛选核心成分;利用String数据库进行蛋白互作网络（PPI）分析,并借助Cytoscape 3.8. 0软件,根据度值筛选核心靶点;利用DAVID数据库对共有靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。最后,采用Autodock Vina软件对核心成分与核心靶点进行分子对接验证。结果 共筛选得到平喘止咳方的活性成分216个及相应靶点286个,与586个COPD靶点取交集,得到89个共有靶点。其中,核心成分为槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-胡萝卜素、汉黄芩素、黄芩素等;核心靶点为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1(AKT1)、白细胞介素6(IL-6)、信号...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

基于网络药理学及分子对接的紫草治疗乳腺癌作用机制研究

目的 利用网络药理学分析方法和分子对接探讨紫草多靶点、多通路抗乳腺癌作用机制.方法 通过TCMSP数据库收集紫草的活性成分与靶点,GeneCard与DisGeNET数据库检索与乳腺癌相关的靶点,基于Cytoscape 3.6.1软件及STRING数据库构建活性成分与作用靶点的网络与蛋白相互作用PPI网络,利用David6.8数据库进行GO生物功能分析和通路富集,阐述紫草治疗乳腺癌的机制.Autodock软件进行药物分子与蛋白的对接.结果 得到紫草活性成分11个.通过Venn图获得46个与疾病相关的靶点,ESR1、AR、PTGS2、HSP90AA1、NCOA1等可能为其关键靶点.GO功能分析与KEGG通路分析表明紫草对治疗乳腺癌涉及多个生物合成过程与通路.分子对接中以紫草素、谷甾醇与乙酰紫草素为例,表明其与关键蛋白对接较好.结论 通过网络药理学证明紫草治疗乳腺癌具有多成分、多靶点、多通路的特性.     

基于网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的作用机制

目的：运用网络药理学与分子对接技术探讨黄芪治疗鼻炎的分子作用机制。方法：通过TCMSP、Swiss Target Prediction、Similarity ensemble approach、Pharm Mapper数据库挖掘黄芪的活性成分及作用靶点,通过Gene Cards数据库筛选鼻炎相关靶点,将两者靶点取交集,得到黄芪治疗鼻炎的预测靶点;运用Cytoscape软件构建可视化“活性成分-靶点”网络;应用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点蛋白互作网络（PPI）;使用R软件对靶点进行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析;运用Cytoscape软件构建可视化“通路-靶点”网络;通过vina软件将筛选的主要活性成分与核心靶点进行结果验证。结果：筛选得到黄芪相关活性成分16个,涉及靶点147个,其中主要活性成分包括槲皮素、山奈酚、芒柄花黄素、异鼠李素等,关键靶点包括TP53、AKT1、TNF、IL-6、VEGFA等;GO功能富集分析共得到2385条生物过程（BP）,75条细胞组分（CC）,140条分子功能（MF）;KEGG通路富集分析共得到166条信号通路,涉及动脉粥样硬...     

基于UHPLC-Q-TOF-MS技术和网络药理学的金莲花抗炎药效物质基础及作用机制研究

目的 基于超高效液相色谱–四级杆–飞行时间串联质谱（UHPLC-Q-TOF-MS）法、网络药理学和分子对接验证探讨金莲花抗炎的药效物质及机制。方法 根据质谱信息结合对照品、文献和数据库指认金莲花中化学成分信息;借助Swiss ADME平台及查询文献来筛选金莲花潜在活性成分;通过Swiss Target Prediction数据库预测金莲花活性成分的作用靶点;采用OMIM、GeneCards、DrugBank、DisGeNET数据库获取炎症的相关靶点;利用Venn图取药物活性成分靶点与疾病靶点交集后,用STRING数据库构建蛋白质相互作用网络（PPI）;用Metascape数据库对核心靶点进行基因本体论（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析;借助Cytoscape软件构建“活性成分–炎症靶点–富集通路”网络;采用分子对接技术进行初步验证。结果 从金莲花中共鉴别出38个化合物,包括黄酮类23个,有机酸类10个,香豆素类1个,单糖2个以及苯乙素类2个;网络药理学研究表明,金莲花可能通过鼠尾草素、蓟黄素、香叶木素、阿魏酸、槲皮素和芹菜素等成分,作用于肿瘤坏死因子（TNF...     

猪肺磷脂注射液联合高频振荡通气治疗新生儿呼吸衰竭的临床研究

目的 基于网络药理学方法探讨麻杏石甘汤的主要活性成分及治疗支气管哮喘的作用机制。方法 在中药系统药理学分析平台（TCMSP）数据库中检索麻杏石甘汤的化学成分及靶点,采用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-预测靶点网络图。在Genecards数据库中获取支气管哮喘疾病靶点,与药物靶点映射获得麻杏石甘汤作用于支气管哮喘的预测靶点。通过STRING数据库构建靶点相互作用网络,导入Cytoscape 3.7.2中筛选麻杏石甘汤的核心靶点。利用DAVID数据库及Cytoscape3.7.2对麻杏石甘汤的核心靶点进行KEGG信号通路和GO生物过程富集分析,并构建麻杏石甘汤活性成分-核心靶点-信号通路网络图。结果 预测结果显示,麻杏石甘汤中136个主成分可靶向98个哮喘相关靶点,关键有效成分包括麻黄碱、槲皮素、木犀草素、山柰酚等,核心靶点包括IL-6、MAPK3、TNF、TP53、VEGFA、JUN、EGFR、EGF、NOS3、CAT,涉及HIF-1、PI3K-Akt、MAPK、雌激素等71个信号通路和RNA聚合酶II启动子转录、细胞凋亡过程、ERK1和ERK2级联的正调控、上皮细胞增殖、平滑肌细胞增殖等20个生物过程。结论 初步揭示了麻杏石甘汤的药效物质基础及治疗支气管哮喘的机制,为麻杏石甘汤治疗支气管哮喘的研究提供参考。     

贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症作用机制的网络药理学预测

目的运用网络药理学分析方法预测贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症的潜在机制。方法运用TCMSP数据库检索贝母瓜蒌散中6味中药的化学成分和相关靶点蛋白。通过DisGeNet和GeneCards数据库确定支气管扩张症相关治疗靶点。合并化学成分靶点和治疗靶点并去重,运用Cytoscape 3.7.1软件建立化合物-靶点-疾病网络。依据拓扑学参数,基于STRING数据库分析上述靶点的相关性并进一步确认关键靶点。为推测贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症的分子机制,运用DAVID数据库进行GO富集分析和KEGG通路分析。最后运用SystemsDock数据库与AutoDock软件进行虚拟分子对接,从而验证化合物与关键靶点之间的亲和力。结果检索得到385个贝母瓜蒌散的药物靶点和51个支气管扩张症的治疗靶点。根据度(degree)、紧密度(closeness)、中心度(betweenness)等拓扑学参数筛选出18个位于关键节点的基因。通过GO分析预测得到与贝母瓜蒌散治疗支气管扩张症相关的454个生物学过程、33个细胞成分和18个分子功能三个维度的生物学功能指标。通过KEGG富集分析得到27个相关信号通路。最终通过分子对接可视化验证贝母瓜蒌散活性成分和主要靶点的结合力。结论运用网络药理学和可视化分子对接方法揭示了贝母瓜蒌散治疗支气管扩张的潜在机制,为深入实验研究奠定预测基础。     

基于网络药理学和反向分子对接的西红花抗肿瘤作用机制研究

目的 运用网络药理学和反向分子对接技术探讨西红花抗肿瘤的作用机制。方法 通过检索文献和从中药系统药理学数据库（TCMSP）获取西红花的主要化学成分,利用PharmMapper服务器预测西红花活性成分的潜在靶点,通过UniProt数据库将西红花潜在靶点转换为对应的靶标基因,与GeneCards、OMIM和TTD数据库获得的肿瘤相关靶点进行映射分析,得到西红花抗肿瘤的潜在作用靶点。采用Cytoscape软件构建西红花“活性成分-靶点-疾病”相互作用网络,通过String数据库进行蛋白-蛋白相互作用分析,并利用Metascape平台进行GO功能和KEGG通路富集分析。使用AutoDock、Pymol软件对活性成分与关键靶点进行分子对接验证。结果 共筛选出西红花中槲皮素、山柰酚、异鼠李素、苦番红花素和西红花苷Ⅰ等9个活性成分,可能作用于AKT1、CCND1、MMP9、EGFR、TP53等37个关键靶点,涉及P53信号通路及TNF信号通路等。分子对接显示可通过氢键、疏水作用等产生稳定结合。结论 初步探讨了西红花抗肿瘤的主要活性成分、关键靶点及通路,提示可通过诱导细胞凋亡等方式发挥抗肿瘤作用,为后...     

基于网络药理学及分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘的作用机制

[摘要]目的：通过网络药理学和分子对接探究定喘汤治疗儿童咳嗽变异性哮喘（cough variant asthma,CVA）的作用机制。方法：基于文献研究和中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库挖掘定喘汤中各个药物的活性成分,并利用TCMSP数据库预测活性成分作用靶点,借用Uniprot数据库校正靶点蛋白对应基因;通过GeneCards、OMIM数据库获得咳嗽变异性哮喘的疾病靶点。取药物靶点和疾病靶点的交集靶点并制作韦恩图,运用Cytoscape 3.7.2软件制作“中药-活性成分-靶点”网络并进行网络拓扑分析,利用String数据库构建蛋白互作网络并筛选出核心靶点。基于DAVID对交集靶点进行GO生物过程分析和KEGG通路富集分析;通过AutoDock Vina和Pymol将得到的核心成分和核心靶点进行分子对接。结果：收集定喘汤复方中活性成分218个,得到相关潜在靶点452个,CVA相关靶点689个,得到交集靶点131个。核心靶点主要为丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶1（AKT1）、白细胞介素-6（IL-6）、肿瘤坏死因子（TNF）,共有靶点主要富集于PI3K-Akt信号通路、TNF信号通路、Toll样受体信号通路。分子对接结果显示核心成分与靶点具有较好的结合活性。结论：定喘汤治疗CVA具有多成分、多靶点、多通路的特点,为进一步研究定喘汤治疗CVA的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学探究筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的作用机制

目的　通过网络药理学对筋痛灵膏外用治疗肩关节周围炎的主要活性成分及其潜在的作用机制进行研究。方法　筋痛灵膏的主要活性成分和靶标于中药系统药理学分析平台（TCMSP）获取,肩关节周围炎的靶标通过五大疾病数据库查找获得。药物-疾病交互靶点在Venny平台上获取,并建立蛋白质相互作用网络来筛选出核心靶点。交集靶点在Metascape平台上进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组大百科全书数据库（KEGG）的富集分析。最后对药物主要成分和核心靶点进行分子对接。结果　共筛选出53个活性成分,121个重要靶点;其中,核心活性成分为槲皮素、β-谷甾醇、谷甾醇、黄芩素,关键靶点为JUN、ESR1、TP53。GO功能富集分析得出筋痛灵膏作用的生物途径包括对异生素刺激的反应、细菌来源分子的反应、伤口愈合以及氧气水平的反应等。KEGG通路富集分析表明筋痛灵膏治疗肩关节周围炎主要富集在白细胞介素17信号通路、肿瘤坏死因子信号通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路等。结论　筋痛灵膏通过核心成分调控JUN、ESR1、TP53关键靶点,作用于多种生物途径来参与调节免疫反应、减少炎性反应,以达到治疗肩关节周围炎的作用。     

基于网络药理学及分子对接探讨“白芍-牡蛎”药对治疗多囊卵巢综合征的作用机制

目的：运用网络药理学和分子对接方法,探讨“白芍-牡蛎”药对治疗多囊卵巢综合征(PCOS)的作用机制。方法：通过中药系统药理学数据库与分析平台、HERB和BATMAN-TCM数据库筛选并获取白芍、牡蛎的主要活性成分及其作用靶点;通过GeneCards数据库收集PCOS疾病靶点,获取“白芍-牡蛎”药对治疗PCOS的预测靶点,建立药物-成分-靶点-疾病网络;通过STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并采用Cytoscape软件进行可视化分析;使用DAVID数据库进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析;最后通过AutoDock软件进行分子对接,并采用PyMol软件进行可视化分析。结果：通过筛选,共得到15个活性成分,排序居前3位的核心成分为山柰酚、β-谷甾醇和(+)儿茶素;筛选得到71个潜在作用靶点,其中包含白细胞介素6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)和蛋白激酶B(Akt)1等11个核心靶点;GO富集分析主要集中于信号转导、膜整体组分和转录因子活性等方面;KEGG分析主要富集在磷脂酰肌醇3激酶-Akt(PI3K-Akt)通路...     

基于网络药理学的黄芩汤治疗溃疡性结肠炎的潜在机制研究

利用网络药理学和系统生物学方法探究黄芩汤治疗溃疡性结肠炎(ulcerative colitis, UC)分子机制。从中药系统药理学分析平台TCMSP挖掘黄芩汤中4味中药相关的化学成分和作用靶点;通过OMIM数据库、TTD数据库以及GeneCard数据库筛选UC的预测靶点。利用Cytoseape_v3.7.1软件构建化合物-靶点网络;基于STRING数据库,构建黄芩汤治疗UC靶点互作网络,根据拓扑学参数筛选黄芩汤治疗UC的核心靶点。利用Bioconductor中的R包clusterprofile version 3.12.0对疾病与药物交集靶点进行GO (gene ontology)生物学过程富集分析和KEGG (KEGG pathway analysis)通路注释分析。结果发现,黄芩汤化合物-UC靶点网络包含128个化合物和相应靶点141个,核心靶点涉及AKTI、IL6、PTGS2、IL10、IL1β等。GO功能富集分析得到151个GO条目, KEGG富集筛选得到33条和UC有关通路,主要涉及PI3K-AKT信号通路、NF-κB信号通路、TNF信号通路、Toll样受...     

基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接探讨菟丝子治疗胰岛素抵抗(IR)的分子机制。方法 运用中药系统药理学技术平台(TCMSP)数据库,筛选菟丝子的化合物和有效靶点;使用GeneCards、OMIM和DisGeNET数据库预测IR的相关靶点,并利用Uniprot数据库转换成相应的基因名称;选取Cytoscape软件构建菟丝子—活性成分—靶点网络关系图、String数据库构建靶点蛋白质—蛋白质相互作用(PPI)网络;利用David数据库进行GO生物学功能富集分析和KEGG通路富集分析,并绘制柱状图和气泡图;使用Autodocktools软件对活性成分与核心靶点进行分子对接分析。结果 获得菟丝子的关键化合物10个、药物靶点207个、疾病靶点1 279个、交集靶点122个,得到JUN、AKT1、TP53、RELA、MAPK1和TNF 6个PPI网络核心分子,网络药理学结果提示菟丝子可能通过TNF信号通路、PI3K-Akt信号通路和FoxO信号通路等121条信号通路参与调控IR。分子对接结果显示,菟丝子中活性成分槲皮素、苦参碱、β-谷甾醇与核心靶点JUN、TP53、MAPK1和RELA间存在结合位点。...