颅内动脉瘤信号传导相关基因的筛选

【目的】基因芯片技术建立颅内动脉瘤患者血液单核细胞基因表达谱，筛选与信号传导相关的基因表达情况。【方法】50例颅内动脉瘤患者外周血，10例正常成人作为对照组，分离血液单核细胞，提取总RNA，与含22215个人类基因的Affymetrix寡核苷酸基因芯片杂交、洗脱、染色和扫描，分析检测的数据。荧光定量RT—PCR验证芯片结果。【结果】检测的22215个基因中，颅内动脉瘤共差异表达的基因有325个，差异水平均达2倍以上的基因有35个，生物信息学分析发现信号传导相关基因有7个，其中上调基因5个，下调基因2个。【结论】血液单核细胞基因表达谱是研究颅内动脉瘤发病机制的新策略，多个信号传导相关基因参与颅内动脉瘤的形成和发展。     

应用寡核苷酸芯片鉴别肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因

目的建立Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌的基因表达谱并筛选肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因。方法收集肺正常、临床Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌组织,分别组成样品池,提取其总RNA并制备cDNA,合成生物素标记的cRNA探针,与人U133A寡核苷酸基因芯片进行杂交,以MSV5．0软件对其结果进行分析处理,在Affymetrix数据库进行信息查询,并以逆转录-聚合酶链反应（RT—PCR）验证芯片检测结果。结果按照多组平行比较的原则进行共筛选,以信号值对数比（signal log ratio,SLR）均大于1为筛选标准,肺鳞癌差异表达基因：Ⅰb期共计1764个,其中上调571个,下调1193个;Ⅲa期共计554个,上调128个,下调426个。相对于Ⅲa期基因表达谱,Ⅰb期特异的差异表达基因共有1329个,其中上调482个,下调847个,对其进行生物学功能分类,其中代谢相关480个,信号转导227个,细胞增殖136个,免疫相关136个,细胞黏附94个,转录调控88个,细胞周期86个,细胞骨架73个,细胞分化45个,细胞凋亡42个,胞外基质31个。FOXM1和TNXB基因的RT—PCR检测结果与基因芯片检测结果一致。结论在全基因组范围内建立了Ⅰb和Ⅲa期肺鳞癌的基因表达谱并筛选了肺鳞癌Ⅰb期特异相关基因,为进一步的癌变机制研究和鉴定肺鳞癌早期诊断分子标记物奠定了基础。     

结直肠癌转移相关基因PCR芯片的建立及初步应用

摘要：目的建立同时检测表达多个结直肠癌转移相关基因的PCR芯片,用于诊断结直肠癌转移和预测转移。方法通过
严格设计基因引物,探索各基因同时达到特异性扩增的PCR反应条件;应用基因芯片筛选获得的29个结直肠癌转移相关
基因,结合3个看家基因,建立同时检测32个基因的PCR芯片;应用该芯片检测不同转移潜能的结直肠癌细胞和临床直肠
癌组织、癌旁正常粘膜。结果成功构建同时检测32个基因的PCR芯片,各基因均获得特异性扩增;29个转移相关基因
PCR芯片检测结果与基因芯片检测结果的吻合率为86%;PCR芯片检测伴有转移的结直肠原发癌与不伴有转移的结直肠
癌组织,结果显示14个基因表达一致,15个基因表达有差异。结论结肠癌转移PCR芯片结果可靠,可用于预测结直肠癌
转移的研究。     

宫颈鳞癌组织转移相关基因的初步筛查

目的: 应用基因芯片检测盆腔淋巴结转移组和无转移组宫颈鳞癌组织中差异表达基因,从中筛选肿瘤转移相关基因。方法: 利用基因芯片技术对4例盆腔淋巴结转移组和6例无转移组宫颈鳞癌组织标本进行差异表达基因检测,并用Real-time PCR对部分差异表达基因进行验证。通过基因库检索、PUBMED文献检索和基因本体分析从差异表达基因中筛选肿瘤转移相关基因。结果: 从盆腔淋巴结转移组及无转移组宫颈鳞癌组织中筛选出表达差异明显的基因329个,通过Real-time PCR验证,基因芯片结果可靠。从差异表达基因中筛选出与肿瘤转移相关基因44个。结论: 通过基因芯片筛查,初步建立了宫颈鳞癌转移相关差异基因表达谱,说明宫颈鳞癌的转移过程受多基因调控。     

应用基因芯片技术筛选生长激素腺瘤相关基因

目的应用基因芯片技术筛选人生长激素腺瘤发生、发展相关基因,为后续研究奠定基础。方法应用人全基因组寡核苷酸芯片HG-U133 Plus2.0检测8例生长激素腺瘤组织、2例混合正常垂体组织的基因表达谱,差异表达基因进行筛选和生物信息学分析。Real-time qPCR验证芯片结果。结果筛选出与生长激素腺瘤相关的上调基因187条,下调基因899条;差异表达基因功能主要涉及分子结合、凋亡或肿瘤相关、代谢、信号转导、细胞周期、物质运输等多个生物过程。结论基因芯片技术可初步筛选出人生长激素腺瘤相关基因;生长激素腺瘤的发生、发展是多基因、多分子、多通路的网络调控过程。     

HDAC3基因在β-地中海贫血中甲基化状态及其意义研究

目的 通过寡核苷酸芯片寻找和分析β-地中海贫血DNA甲基化相关的基因位点,进一步探讨早期诊断β-地中海贫血的新方法.方法 利用含有人30 178个DNA甲基化探针的寡核苷酸芯片,对2例β地中海贫血患儿脐血与2例正常脐血分别配对检测差异基因DNA甲基化情况,并用甲基化特异PCR(MSP)和DNA荧光定量PCR验证芯片结果.结果 两组芯片结果显示,差异基因共209条(ratio≥2.0 or≤0.50);其中上调基因共113条,下调基因共96条.验证结果显示,DNA甲基化相关基因组蛋白甲基转移酶3(HDAC3)与正常血样比较呈高甲基化状态.结论 高通量的DNA甲基化基因芯片技术能够筛选出大量的地中海贫血差异表达基因,DNA甲基化相关基因HDAC3在地中海贫血中呈高甲基化.预示着利用DNA甲基化芯片分析地中海贫血中甲基化特异相关分子的规律和特点为临床上早期诊断地中海贫血开拓了新的思路和方法.     

联合运用基因芯片和反义寡核苷酸技术筛选骨肉瘤转移相关基因

目的探讨联合运用基因芯片和反义寡核苷酸技术筛选转移相关基因.方法分别提取两种具有不同转移能力的骨肉瘤细胞总RNA,反转录cDNA,用基因芯片筛选差异表达基因;从基因芯片筛选结果中选择适当基因,设计相应的反义寡核甘酸进行体外实验,观测其对细胞生长特性的影响.结果基因芯片筛选出11个差异表达基因,多与肿瘤发生发展有关.BRCA1和BLCAP基因反义寡核苷酸均可引起骨肉瘤细胞生长速度变快、克隆形成率增高、增殖活性增强.结论联合运用基因芯片和反义寡核苷酸技术可以有效地筛选转移相关基因,为进一步研究提供有益的参考.     

SiRNA真核表达载体阻断HeLa细胞stathmin基因表达研究

目的：构建人stathmin基困的siRNA真核表达载体,探讨其对HeLa细胞中stathmin基因表达的干涉作用．方法：将合成的siRNA寡核苷酸链退火形成双链,连接入经BamHⅠ和HindⅢ双酶切后的pSilencer4．1-CMV neo真核表达载体,酶切及测序鉴定．脂质体法转染重组质粒入HeLa细胞,G418筛选后RT—PCR检测其对stathmin基因mRNA的干涉效果．结果：经酶切及测序鉴定,成功构建siRNA真核表达载体＋经脂质体转染HeLa细胞后,RT—PCR显示所构建的干涉stathmin基因的真核表达载体成功地抑制了目的基因的表达,HeLa细胞中stathmin基因的mRNA表达水平明显降低．结论：成功构建了人stathmin基因的RNA干涉真核表达载体pSilencer—S1和pSilencer—S2,并在HeLa细胞中有效地发挥了对stathmin基因表达的干涉作用．     

老年人睾丸组织退化的基因表达谱研究

目的：研究老年人睾丸组织基因表达谱变化，为研究老年人睾丸功能衰退机制奠定基础。方法：知情同意下获取正常青年人和老年人睾丸组织标本各3例，采用QIAGEN RNA提取试剂盒提取总RNA，分别等量混合后制备探针。利用ClonTech公司生产的包含8000个已知基因的人类cDNA基因芯片[Atlas Plastic Human 8K Microarray(cat．#7905—1)]筛选差异表达基因。按基因功能分类方法对老年睾丸组织中差异表达的基因进行归类分析。用RT—PCR、T—A克隆测序等方法选择目的基因，验证基因芯片结果。结果：筛选到差异表达基因117个(1．46％)，83个基因在老年睾丸组织中表达下调，34个基因表达上调。在表达下调的基因中，代谢相关基因16个(19．3％)，与基因和蛋白表达相关的基因18个(21．7％)，信号通路相关基因16个(19．3％)，细胞分化相关基因19个(22．9％)，细胞结构和运动相关基因6个(7．2％)，细胞或内环境稳态相关基因4个(4．8％)，未知功能基因4个(4．8％)。在表达上调的基因中，代谢相关基因3个(8．8％)，与基因和蛋白表达相关的基因10个(29．4％)，信号通路相关基因2个(5．9％)，细胞分化相关基因11个(32．4％)，细胞结构和运动相关基因8个(23．5％)。RT—PCR及T—A克隆测序进一步证实呼吸链相关的基因cox7a2在老年睾丸组织显著上调，atp50显著下调。结论：老年人的睾丸组织中基因表达谱发生了明显变化，老年人睾丸功能衰退与多种基因表达变化有关，其中呼吸链功能相关cox7a2、atp50基因的显著差异表达可作为重要目的基因，可能对进一步研究睾丸功能衰退的机制具有重要意义。     

卵巢癌血管内皮细胞化疗敏感性相关基因的筛选

目的本研究旨在探讨卵巢癌血管内皮细胞化疗药物处理后基因表达改变的情况,为调节卵巢癌的血管生成机制提供新的治疗方法。方法使用免疫磁珠从卵巢癌新鲜组织中提取血管内皮细胞,经紫杉醇/卡铂化疗药物处理后,使用寡核苷酸微阵列筛选差异表达的基因,并且经实时定量PCR方法验证基因芯片结果。结果提取的卵巢癌血管内皮细胞有接触性抑制现象,经免疫荧光鉴定证实其表达内皮细胞特异性v WF因子。基因芯片技术检测显示,经紫杉醇/卡铂处理后从4组样本中共筛选出136个差异表达基因,其中57个为上调基因、79个为下调基因。上调基因超过5倍的基因包括MMP-9,SPP1,LOX和ESM1在内的11个基因。下调基因超过5倍的基因包括HMGB1,FOS,CAPG,EGFL6,TMEM101,CXCL1和COL3A1在内的7个基因。经体外实验PCR技术验证,基因芯片检测结果与PCR结果具有良好的一致性。结论卵巢癌血管内皮细胞经紫杉醇/铂类药物化疗后基因表达有显著差异,其中部分明显差异表达的基因可能为提高卵巢癌化疗敏感性及抗血管生成治疗提供新的治疗靶点。     

基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞差异表达基因

目的：应用基因芯片技术筛选2型糖尿病伴远端对称性多神经病变患者外周血单个核细胞（PBMC）与不伴远端对称性多神经病变糖尿病患者以及正常个体相比的差异表达基因.方法：采用包含5 075个功能已知人类基因的cDNA芯片检测2名2型糖尿病并发远端对称性多神经病变患者（DSPN组）,2名2型糖尿病不伴远端对称性多神经病变患者（DM组）以及2名年龄和性别匹配的正常个体（C组）PBMC基因表达谱,分析差异表达基因,并选择其中有差异表达的部分基因进行实时定量RT-PCR验证.结果：基因芯片技术筛选出22条差异表达基因,涉及细胞代谢与信号转导基因,原癌与抑癌基因,DNA合成和修复基因,离子通道与运输蛋白基因,DNA结合、转录和转录因子基因,细胞骨架组成基因等.其中上调基因4条,下调基因18条.实时定量RT-PCR测定下调基因中的AK1和FBXO7,与基因芯片技术结果一致.结论：2型糖尿病伴DSPN患者PBMC基因表达谱存在差异;DSPN可能涉及细胞代谢,信号转导和DNA合成等多个方面.     

利用mRNA差异显示和基因芯片技术联合筛选乳腺原发癌与淋巴结转移癌患者的差异表达基因

目的 通过乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的比较研究筛选乳腺癌转移相关基因。方法 首先利用mRNA差异显示（mRNA DD）技术筛选乳腺原发癌与其配对的淋巴结转移癌的差异表达基因片段,将差异基因片段克隆、测序并与GenBank同源性比较;然后利用同位素标记的反向斑点杂交和荧光标记的基因芯片杂交方法验证筛选得到的差异基因;采用实时定量逆转录聚合酶链反应（real-time RT—PCR）方法检测差异表达基因在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的mRNA表达。结果 乳腺癌的淋巴结转移癌与其原发癌的基因表达谱具有高度一致性,但也有少量差异表达的基因;mRNADD筛选得到16个差异基因,包括4个未知基因并已登录在GenBank,序列号为BG518428、BG518429、BM005520、BM005521,4个已知序列未知功能基因和8个已知基因。其中驱动蛋白样DNA结合蛋白（KNSL4）和二氢嘧啶脱氢酶（DYPD）为在同位素标记的反向斑点杂交和基因芯片杂交的验证结果中证实在转移癌中的表达较原发癌下调的基因。KNSL4 mRNA在7个不同生物学行为乳腺癌细胞系的表达,随着细胞转移能力的增强呈下调趋势。结论 乳腺原发癌与配对的淋巴结转移癌基因表达谱的相似性证实,淋巴结转移癌是其原发癌的转移亚克隆,二者的差异表达基因可能与细胞的转移表型相关;KNSL4和DYPD为3种方法均证实的在转移癌中表达下调的基因,是潜在的乳腺癌转移相关基因;KNSL4与乳腺癌细胞转移的生物学行为相关,提示其可能在乳腺癌转移中起重要作用。     

基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的比较系统性红斑狼疮（SLE）患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变，筛选SLE差异表达基因。方法采集静脉血5ml提取总RNA后，反转录合成、标记cDNA探针，与基因芯片杂交后检测。结果9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个，涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性，但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

基因芯片技术分析系统性红斑狼疮患者外周血白细胞基因表达谱的初步研究

目的 比较系统性红斑狼疮(SLE)患者与正常对照外周血白细胞的基因表达谱的改变,筛选SLE差异表达基因。方法 采集静脉血5ml提取总RNA后,反转录合成、标记cDNA探针,与基因芯片杂交后检测。结果 9例患者与正常人对照均有相似差异表达的基因共89个,涉及细胞因子及受体相关基因、免疫相关基因、细胞信号和传递蛋白、蛋白翻译合成、离子通道和运输蛋白、凋亡相关基因、DNA和RNA结合、转录蛋白、细胞的外基质成分等。聚类分析结果显示在不同病人间尽管存在个体差异性,但是在其基因表达变化模式上仍然具有极大的相似性。结论 基因芯片技术筛选出的差异表达基因可能为进一步研究SLE的发生和发展以及寻找分子诊断标志和药物治疗靶标提供线索。     

瘢痕疙瘩的差异表达基因谱研究

目的 应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因。探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法 应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片,检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化,筛选出差异表达基因,应用RT-PCR验证芯片结果;建立与瘢痕疙瘩形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果 与正常皮肤组织相比,瘢痕疙瘩组织中发生显著性差异表达变化的基因有277个,其中上调163个、下调114个,涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论 创面过度愈合形成瘢痕疙瘩是一个复杂的病理生理过程,受多种基因表达调控：差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了瘢痕疙瘩发生的分子生物学概貌,有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

基因表达谱芯片在小鼠乳腺癌组织中基因差异性表达

目的：在TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型上，采用了基因芯片技术，比较TA2小鼠低转移MA737模型与高转移BCML模型基因表达的差异。以期从基因水平上揭示乳腺癌的转移机制并为进一步寻找其新的防治手段打下基础。方法：采用上海联合基因公司提供的含2048个小鼠cDNA的C57BL-6的基因芯片，研究对象为TA2小鼠自发乳腺癌肺转移BCML模型。同时设TA2小鼠自发乳腺癌MA737模型为实验对照组。结果：筛选出包括与DNA结合，转录和转录因子，蛋白翻译，细胞周期，转移等相关的表达差异有基因共457个，其中210个表达上调，247个表达下调。结论：乳腺癌在转移过程中存在许多基因表达调控的改变，对于相关基因的研究有助于认识乳腺癌转移的分子机制。为进一步探讨乳腺癌的预防提供新的思路与实验依据。     

基因表达谱芯片技术筛选乙型肝炎病毒DNA多聚酶P结构域反式调节基因

目的：应用基因芯片技术，对乙型肝炎病毒DNA(HBVDNA)聚合酶P结构域蛋白／逆转录酶(PR)的基因表达谱进行分析，探索PR对肝细胞基因表达的调节机制及其生物学功能。方法：设计并合成PR基因序列特异性的引物，应用聚合酶链反应(PCR)技术扩增PR蛋白编码基因片段，以常规的分子生物学技术将获得的PR编码基因片段克隆到TA载体中进行核苷酸序列的测定，构建真核表达载体pcDNA3．1(-)-PR。以脂质体转染肝母细胞瘤细胞系HepG2，提取mRNA，逆转录为cDNA，与转染空白表达载体pcDNA3．1(-)的HepG2细胞进行DNA芯片分析。结果：基因芯片技术所检测的1152个基因表达谱的筛选中，79条基因表达水平上调，90条基因表达水平下调。结论：应用基因表达谱芯片成功筛选了HBVDNA聚合酶PR转染细胞后差异表达基因，为进一步阐明PR蛋白可能的分子生物学机制提供依据。     

应用寡核苷酸芯片筛选宫颈癌患者外周血生物标志物的研究

目的 应用人类全基因组寡核苷酸芯片技术在宫颈癌患者外周血中确定生物分子标志物.方法 从24例早期宫颈癌患者和18例正常对照者的外周血淋巴细胞中提取总RNA.应用微阵列技术,采用人类全基因组寡核苷酸芯片检测4例宫颈癌患者和3例正常对照者的差异表达基因,再对20例宫颈癌患者和15例正常对照者将初步筛选出的5个候选基因用实时定量逆转录多聚酶链反应(RT-PCR)的方法进行验证.结果 筛选得到57个差异表达基因,其中38个基因表达上调,19个基因表达下调;对初步筛选出的5个候选基因经实时定量逆转录多聚酶链反应的方法进行验证后发现黏合素-C、核仁素和磷酸丙酮酸水合酶2(enolase 2,ENO2)基因在宫颈癌患者中较之在正常对照者中有显著的上调表达.结论 黏合素-C、核仁素和ENO2基因在宫颈癌患者外周血中的上调表达可能为确定宫颈癌外周血的生物标志物提供有益的依据.     

基质金属蛋白酶1/组织金属蛋白酶抑制因子1在常染色体显性遗传性多囊肾组织中的表达

目的:探讨基质金属蛋白酶1(MMP1)/组织金属蛋白酶抑制因子(TIMP1)在正常肾脏、常染色体显性遗传性多囊肾病(ADPKD)肾脏以及肾移植平均(2.5±1.2)年后切除的ADPKD肾组织中的表达差异.方法:用基因表达谱芯片筛选正常肾脏、ADPKD肾脏及肾脏移植后ADPKD肾脏的差异表达基因;以RT-PCR法验证其中差异表达的MMP1/TIMP1.结果:基因芯片筛选发现在正常肾组织与ADPKD肾组织中存在463条差异表达基因,肾移植后ADPKD肾组织对比ADPKD肾组织存在130条差异表达基因.筛选结果表明ADPKD以及肾移植后ADPKD肾脏MMP1/TIMP1表达较正常肾组织明显上调(P＜0.05),而前两者间无显著差异.RT-PCR法证实MMP1/TIMP1在ADPKD肾脏以及肾移植后ADPKD肾组织中的表达均明显上调,明显高于正常肾脏组织(P＜0.05),而前两者间无显著差异.结论:ADPKD的病理改变可能与MMPs/TIMPs基因表达失衡有关,MMPs抑制剂可能会对其有一定的治疗作用.     

利用全基因组寡核苷酸筛选大肠癌差异表达基因

目的筛查人大肠癌组织与相应正常大肠粘膜差异表达基因。方法应用美国AffymetrixHG—U133寡核苷酸芯片（代表迄今所知的32264个人类全基因．包括19308个已知的人类基因和12956个EST簇）检测9例大肠癌组织及相应正常大肠粘膜基因表达谱，并以实时荧光定量PCR技术对基因芯片检测结果进行验证；综合运用交集补集、秩和检验及t检验比较两组表达谱数据结果获得大肠癌组织与正常大肠粘膜组织差异表达基因和ESTs3125个（包括肿瘤上调基因ESTs974个、下调基因ESTs2151个）；大肠癌组织表达而相应正常粘膜不表达的ESTs245个：大肠癌组织不表达而正常粘膜表达的ESTs162个；最重要的大肠癌差异表达基因ESTs17个。本研究所筛得之大肠癌差异表达基因80．1％未见报道。结论综合运用交集补集分析、t检验、秩和检验对基因谱数据进行挖掘的策略，可为寻找大肠癌分子标记物和从整体上探讨大肠癌发生的分子机制奠定基础。