用文献轮廓挖掘大肠癌转移芯片表达谱

目的 寻找新的大肠癌转移相关基因。方法 根据大肠癌转移芯片的表达谱，采用基于文献轮廓的数据挖掘方法，从Medline文献数据库中提取基因的相关文献并分析词的频率，再基于重复发生和共发生的过滤标准提取功能相关的词，最后基于词的发生频率对基因进行功能聚类，进一步结合文献及已有的分子生物学检测结果进行分析。结果 发现两个新的可能与大肠癌转移相关的基因TL4M1和NM23HI。     

用文献轮廓挖掘鼻咽癌微阵列表达数据

目的 探索鼻咽癌异常信号通路。方法 根据鼻咽癌微阵列表达谱,采用基于文献轮廓的数据挖掘方法,从Medline文献数据库中提取与基因相关的文献并分析词的频率,再根据重复发生和共发生的过滤标准提取功能相关的词,最后根据词的发生频率对基因进行功能聚类。结果 基因表达谱的112个差异表达基因聚成16组功能类别:4组暗示EBV感染、6组显示鼻咽癌变过程、2组参与能量代谢、1组提示蛋白的异常磷酸化、2组与其它疾病相关、1组与肌肉组织活性相关。肿瘤发生发展过程中常见的P53和Rb信号通路的异常在本研究中则未发现。结论 鼻咽癌的发生发展可能由特殊的信号通路引起。     

用文献轮廓挖掘鼻咽癌微阵列表达数据

目的 探索鼻咽癌异常信号通路。方法 根据鼻咽癌微阵列表达谱，采用基于文献轮廓的数据挖掘方法，从Medline文献数据库中提取与基因相关的文献并分析词的频率．再根据重复发生和共发生的过滤标准提取功能相关的词，最后根据词的发生频率对基因进行功能聚类。结果 基因表达谱的112个差异表达基因聚成16组功能类别：4组暗示EBV感染、6组显示鼻咽癌变过程、2组参与能量代谢、1组提示蛋白的异常磷酸化、2组与其它疾病相关、1组与肌肉组织活性相关。肿瘤发生发展过程中常见的P53和Rb信号通路的异常在本研究中则未发现。结论 鼻咽癌的发生发展可能由特殊的信号通路引起。     

共词分析及网络分析法探测乳腺癌转移相关基因

目的：探测乳腺癌转移相关的基因,为乳腺癌转移的早期诊断和个性治疗提供参考。方法：检索PubMed数据库获取文献,利用MetaMap进行概念匹配,下载匹配结果,并导入到数据分析软件,得到乳腺癌转移相关基因和基因-基因矩阵;使用Ucinet6建立乳腺癌转移相关基因的相互作用网络,分析网络的相关指标。结果：tp53、thra、erbb2、esr1、cdh1、egfr、nr4a1、cd69等是乳腺癌转移核心基因。结论：基于共词分析法能获得乳腺癌转移相关基因,但cd69对于乳腺癌转移的具体过程尚不明确,需要进一步验证。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异，筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA，逆转录成cDNA探针，经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交．用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异，其中有104个基因的表达值有意义，包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的，高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

高低转移人大肠癌细胞系基因表达谱差异

目的 用自制肿瘤转移相关基因cDNA微阵列研究人大肠癌高转移细胞系Lovo、SW620及低转移细胞系SW480、LS174T的基因表达谱差异,筛选与大肠癌转移相关的特异基因。方法 分别提取4种大肠癌细胞系及对照的正常大肠上皮组织的mRNA,逆转录成cDNA探针,经cy3和cy5标记后分别与含有399个肿瘤转移相关基因的微阵列杂交,用专用软件分析杂交信号强度。结果 高转移细胞系与低转移细胞系的基因表达谱有显著差异,其中有104个基因的表达值有意义,包括上调基因44个、下调基因60个。结论 大肠癌转移是由其发生过程中多个基因表达的复杂变化决定的,高转移细胞系与低转移细胞系比较存在差异的基因可能与高转移特性有关。     

细胞毒性T细胞相关抗原4基因+49位点多态性与大肠癌相关性研究

目的通过对细胞毒T淋巴细胞相关抗原4(CTLA-4)基因+49位点多态性与大肠癌易感性相关性研究,帮助临床早期发现大肠癌,识别大肠癌相关分子靶点及指导患者的个性化治疗。方法选取大肠癌病例291例;正常对照组352例,试剂盒提取DNA后,利用聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术进行CTLA-4基因第1外显子区+49位点DNA扩增,所得产物用限制性片段长度多态性(re-striction fragment length polymorphism,RFLP)方法检测CTLA-4第1外显子区+49位点多态性,分析大肠癌患者与正常对照组的差异,进而分析CTLA-4,+49位点多态性与大肠癌发生的相关性。结果大肠癌患者组和正常对照组CTLA-4基因第1外显子+49位点,GG、AA纯合子和AG杂合子基因型发生频率在大肠癌患者组与正常对照组间无显著差异(P>0.05);G等位基因和A等位基因在大肠癌患者组与正常对照组间无显著差异(P>0.05)。结论就目前的研究结果来看,CTLA-4第1外显子区域+49A/G基因多态性与黑龙江省地区汉族人群中大肠癌的发病无相关性。     

应用抑制消减杂交技术克隆人大肠癌转移相关新基因

目的 克隆新的大肠癌转移相关基因，为进一步阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 利用抑制消减杂交技术，以1对来自同一亲本、转移能力不同的大肠癌细胞株SW620和SW480为研究对象．构建2种大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的cDNA消减库。随机挑取库克隆进行差异筛选．对所得的差异片段进行测序和同源性分析，利用Northern Blot对新基因的表达情况进行验证。结果 两种消减库分别含有235和232个白色克隆．90％以上的白色克隆含有插入片段。随机挑取约200个阳性克隆进行差异筛选．共获得29个差异片段。测序及同源分析发现15个为未知基因，GenBank登陆号为CD485499-CD485513。其中与5号染色体序列同源的基因有6个。结论 抑制消减杂交技术是筛选、克隆大肠癌转移相关新基因的有效手段：5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点：筛选到的新基因片段为进一步克隆基全长、研究基因功能提供了实验基础。     

应用抑制消减杂交技术克隆人大肠癌转移相关新基因

目的 克隆新的大肠癌转移相关基因,为进一步阐述大肠癌转移的分子机制提供线索。方法 利用抑制消减杂交技术,以1对来自同一亲本、转移能力不同的大肠癌细胞株SW620和SW480为研究对象,构建2种大肠癌转移促进基因和转移抑制基因的cDNA消减文库。随机挑取文库克隆进行差异筛选,对所得的差异片段进行测序和同源性分析,利用Northern Blot对新基因的表达情况进行验证。结果 两种消减文库分别含有235和232个白色克隆,90%以上的白色克隆含有插入片段。随机挑取约200个阳性克隆进行差异筛选。共获得29个差异片段。测序及同源分析发现15个为未知基因,GenBank登陆号为CD485499-CD485513。其中与5号染色体序列同源的基因有6个。结论 抑制消减杂交技术是筛选、克隆大肠癌转移相关新基因的有效手段;5号染色体上可能存在多个与大肠癌转移相关的新基因位点;筛选到的新基因片段为进一步克隆其全长、研究基因功能提供了实验基础。     

Ｋａｉ-１基因外显子缺失与大肠癌的临床关系

目的:探讨Kai-1基因的缺失在结直肠癌演进与转移中的意义.方法:提取40例结直肠癌患者的肿瘤组织(24例无淋巴转移,16例有淋巴转移),15例癌旁正常组织的RNA,RT-PCR扩增,电泳检测,测序验证Kai-1基因的缺失情况.结果:40例组织标本中18例出现Kai-1基因exon 9缺失(16例杂合缺失,2例纯合缺失),15例癌旁正常组织中有2例出现Kai-1基因exon 9缺失(2例杂合缺失);在大肠癌组织中Kai-1基因缺失频率显著高于在癌旁正常组织中(P＜0.05);在有淋巴转移的结直肠癌组织中,缺失的频率明显高于无淋巴转移的结直肠癌组织(P＜0.05),在大肠癌中晚期(DukesC期)明显高于早期(DukesA-B期)(p＜0.05),而Kai-1基因的缺失频率与结直肠癌患者的年龄、性别、组织学类型以及分化程度无关(P＞0.05).结论:Kai-1基因缺失可能与在大肠癌演进、转移有关,检测其缺失可作为判断大肠癌的演进与转移的客观临床指标.     

结直肠癌转移相关基因PCR芯片的建立及初步应用

摘要：目的建立同时检测表达多个结直肠癌转移相关基因的PCR芯片,用于诊断结直肠癌转移和预测转移。方法通过
严格设计基因引物,探索各基因同时达到特异性扩增的PCR反应条件;应用基因芯片筛选获得的29个结直肠癌转移相关
基因,结合3个看家基因,建立同时检测32个基因的PCR芯片;应用该芯片检测不同转移潜能的结直肠癌细胞和临床直肠
癌组织、癌旁正常粘膜。结果成功构建同时检测32个基因的PCR芯片,各基因均获得特异性扩增;29个转移相关基因
PCR芯片检测结果与基因芯片检测结果的吻合率为86%;PCR芯片检测伴有转移的结直肠原发癌与不伴有转移的结直肠
癌组织,结果显示14个基因表达一致,15个基因表达有差异。结论结肠癌转移PCR芯片结果可靠,可用于预测结直肠癌
转移的研究。     

SERPINE1在结直肠癌中的表达及其预后意义

目的 通过生物信息学鉴定结直肠癌的差异表达基因，并研究候选基因在结直肠癌中表达情况以及其病理特征和预后意义。 方法 通过分析来自GEO数据库的基因表达数据集来鉴定结直肠癌中的差异表达基因，构建蛋白互作网络，找到核心蛋白，进行基因集富集分析，明确蛋白作用通路，通过免疫组织化学检测结直肠癌组织及正常组织中核心蛋白表达水平，生存分析进一步明确核心基因与结直肠癌的预后关系。 结果 通过筛选标准鉴定出89个差异表达基因，构建蛋白互相作用网络筛选出核心基因SERPINE1，基因富集分析表明SERPINE1表达与炎症反应及血管生成有关。SERPINE1的高表达与结直肠癌的浸润深度（P=0012），淋巴结转移（P=0025），远处转移（P=0040）和TNM分期（P=0016）显著相关。生存分析显示SERPINE1的高表达与结直肠癌的整体生存期较差有关（P=0002）。 结论 SERPINE1可能是结直肠癌发展过程中的致癌基因，SERPINE1高表达是结直肠癌预后不良的因素。     

基因芯片技术筛选和鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因

目的筛选CD133+CD200+大肠癌细胞并鉴定其相关基因的表达。方法流式细胞术分选CD133+CD200+和CD133-CD200-
大肠癌细胞,应用Affymetrix 人类全基因组表达谱芯片检测这两群细胞的基因表达谱,初步筛选CD133 +CD200 +与
CD133-CD200-大肠癌细胞之间的差异表达基因,进而寻找与大肠癌干细胞特异性相关的主效基因,最后利用qRT-PCR实验对
部分差异表达基因进行验证,以确定芯片检测结果的可靠性。结果芯片结果显示差异在3倍以上的基因共655个,CD200+细胞
表达上调的基因290 个,表达下调的基因共365 个,通过生物信息学分析和GENEMANIA共表达构建,筛选出3 条（MDM2;
PRKACG;CACNA1G）有特异相关的差异基因进行qRT-PCR验证,结果与芯片结果完全相符。结论基因芯片技术通过筛选和
鉴定CD133+CD200+大肠癌干细胞相关基因,建立了特异性大肠癌干细胞基因表达谱,为大肠癌基因靶向治疗及进一步研究提
供依据。
     

基于PPI网络预测和验证结直肠癌相关Hub基因

目的:通过PPI网络分析确定CRC相关Hub基因,为CRC靶向治疗提供一定参考。方法:从OpenTargets数据库获得CRC相关基因,使用Metascape对基因集进行富集分析,确定基因集富集术语。采用STRING数据库及CytoScape构建PPI网络,采用MCODE寻找PPI网络中的功能模块（子网）。根据功能模块中节点的网络属性确定Hub基因,通过文献法和GEPIA数据库对Hub基因进行验证。结果:共得到CXCL8、ERBB2、CYCS 3个Hub基因,它们均与CRC的发生和发展有一定关系,。它们均在CRC组织与正常组织中存在差异表达,并与CRC患者的总体生存时间相关。结论:基于PPI的网络分析可准确预测CRC相关Hub基因和为CRC靶向治疗提供参考。     

人肺腺癌转移相关基因的初步筛选及验证

目的 利用建立的人肺癌高转移细胞系筛选转移基因,为研究肺癌转移的分子标志奠定基础. 方法 人肺癌细胞系SPC-A-1和相应的高转移细胞系SPC-A-1sci常规培养后提取总RNA,采用cDNA芯片技术检测两种细胞中差异表达基因,对部分有差异表达的基因进行蛋白免疫印迹（Western blot）分析验证. 结果 通过基因芯片技术筛选出了7 649个可能与肺癌转移相关的基因,其中上调基因3 891个,下调基因3 758个,功能涉及细胞黏附、凋亡、转录、信号传导、细胞周期和代谢等.经过Western分析,CD44与CDC42EP3在SPC-A-1sci中的表达明显高于SPC-A-1,而FNI的结果则相反.这与基因芯片的结果相一致. 结论 基因芯片高通量筛选提示7600余条基因可能与人肺癌转移相关,为进一步研究肺癌的转移机制和发现新的转移相关基因提供了较为有价值的线索.