非小细胞肺癌驱动基因检测及其与临床病理特征的相关性

目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)驱动基因的变化情况及其与临床病理特征的相关性。方法:回顾性分析我院2016年01月至2020年07月NSCLC患者607例临床及病理学特征资料,采用扩增阻滞突变系统(ARMS)荧光PCR法检测EGFR突变,RT-PCR法检测ALK、ROS1基因融合,荧光原位杂交法（FISH）检测MET基因扩增。结果:607例NSCLC组织中325例(53.5%,325/607)检测到基因改变,分别为EGFR突变（45.5%,276/607）、ALK融合（5.1%,31/607）、ROS1融合（1.3%,8/607）和MET扩增（2.8%,17/607）,EGFR双位点突变15例（2.5%,15/607）,双驱动基因改变7例（1.2%,7/607）,其中EGFR突变与ALK融合阳性共存3例,EGFR突变与ROS1融合阳性共存2例,EGFR突变与MET扩增阳性共存2例。EGFR在女性、非吸烟、腺癌患者中突变率更高（P＜0.05）,EGFR突变更容易发生在以贴壁为主型、腺泡为主型、乳头为主型、微乳头为主型腺癌中（P＜0.05）;ALK融合多见于女性、年轻、非吸烟、实性为主型的腺癌患者（P＜0.05）;MET基因扩增在老年男性患者中发生率更高（P＜0.05）。结论:在NSCLC中EGFR突变率较高,驱动基因联合突变不容忽视,基因分型对临床治疗具有重要指导意义。     

肺癌驱动基因与非小细胞肺癌生存关系的相关性研究

目的探讨非小细胞肺癌驱动基因EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、MET、HER-2、RET、ROS-1与患者预后相关性,寻找更有效防治分子靶标。方法利用Kaplan-Meier(KM)plotter在线数据库分析EGFR、KRAS、BRAF、PIK3CA、ALK、MET、HER-2、RET、ROS-1表达与非小细胞肺癌患者总生存期(overall survival OS),性别与吸烟状态等参数的相关性,并得出相应的危险比(Hazard ratio,HR)、95%置信区间(CI)和P值。结果研究结果显示:高表达EGFR、BRAF、MET、RET、ROS-1的患者有较好的OS。进一步引入吸烟状态和性别参数显示,BRAF、MET,PIK3CA、HER-2、ALK的表达与患者的吸烟状态存在相关性(P<0.05)。BRAF、MET、EGFR、ALK表达与OS的相关性存在性别差异(P<0.05)。结论各驱动基因在患者预后评判中既是独立因素,又相互作用,吸烟状态与性别也是决定患者预后的关键因素,提示临床治疗时要对患者进行综合的评判,要进行多基因的共同分析、多靶点的联合治疗才能使病人获得更大的收益。     

SM-PCR技术检测血浆ctDNA在晚期肺腺癌患者治疗中的应用

  目的  探讨单分子PCR（single molecule-PCR，SM-PCR）技术检测血浆ctDNA在晚期肺腺癌患者治疗中的应用。  方法  分析2017年6月至2018年5月就诊于天津医科大学肿瘤医院的晚期肺腺癌患者30例，使用SM-PCR技术富集血液样本目标基因（EGFR、KRAS、BRAF、ALK、HER2、TP53）区域的ctDNA片段，构建测序文库，进行高通量测序；使用基于扩增阻滞突变系统（amplication refractory mutation system，ARMS）实时荧光PCR法进行肿瘤组织样本EGFR检测，比较血浆与组织表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor，EGFR）突变检测结果的一致性。  结果  SM-PCR与ARMS-PCR两种方法检测结果一致性较好（Kappa= 0.867，P < 0.001）；McNemar检验亦提示检测结果差异无统计学意义（P=0.500）。  结论  SM-PCR技术可用于血浆EGFR突变检测，其目标检测位点更全面，且可同时检测多种突变，分析结果更为精细，可实现绝对定量。      

皮肤黑色素瘤基因突变类型及基因拷贝数变异分析

  目的  对比肢端黑色素瘤（acral melanoma, AM）与非肢端黑色素瘤（non-acral melanoma, NAM）的基因突变类型及基因拷贝数变异（copy number variation, CNV）的差异,讨论并分析其基因突变类型及拷贝数变异的意义。  方法  收集2018年1月至2021年1月新疆医科大学附属肿瘤医院收治的73例皮肤黑色素瘤患者的资料,所有患者均采用二代测序技术对46个癌症相关基因进行了全面的基因组检测。根据解剖部位分为肢端组（AMs）和非肢端组（NAMs）,比较并讨论两组患者的临床病理特征、基因突变类型及CNV的差异。  结果  两组患者在性别、年龄、肿瘤厚度、溃疡、淋巴结状态和分期等方面无显著性差异（P>0.05）。73例患者最常见的基因突变类型为BRAF突变（20.5%）、KRAS/NRAS突变（17.8%）、KIT突变（13.7%）。与AMs相比,NAMs的BRAF突变频率呈显著性差异（P<0.05）。年龄≤65岁的患者BRAF突变率与年龄>65岁的患者相比呈显著性差异（P<0.05）。此外,无溃疡的黑色素瘤比有溃疡的黑色素瘤更易出现BRAF突变（P<0.05）。两组患者中KRAS/NRAS和KIT突变率无显著性差异（P>0.05）。影响细胞周期畸变基因（CDK4/6、CCND1/2、CDKN2A）、受体酪氨酸激酶基因（EGFR、MET、ERBB2、ERBB3、PDGFRA）及抗细胞凋亡基因（BIRC2/3/5）的CNV在AMs和NAMs之间呈显著性差异（P=0.019、0.002、0.027）。  结论  通过对AMs和NAMs基因突变类型及CNV的分析,能为深入了解皮肤恶性黑色素瘤致癌模式和临床病理特征提供帮助。      

存在驱动基因突变肺鳞癌患者的临床病理特征及预后分析

背景与目的表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor, EGFR）、间变淋巴瘤激酶（anaplastic lymphoma kinase, ALK）以及KRAS基因是非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer, NSCLC）常见的驱动基因。多项临床研究已证实,EGFR敏感突变及棘皮动物微管相关类蛋白4-间变淋巴瘤激酶（echinoderm microtubule-associated protein like 4-anaplastic lymphoma kinase,EML4-ALK）基因重排的晚期肺腺癌患者,一线治疗选择靶向药物优于化疗,其在总缓解率（overall response rate, ORR）、无进展生存期（progression-free survival, PFS）及生活质量方面均有明显优势。然而,在肺鳞癌患者中,目前尚无明确的基因检测位点及靶向药物来指导临床治疗。本研究旨在分析肺鳞癌患者EGFR、ALK以及KARS基因的突变状态,以及相关的临床病理特征,从而为今后的治疗提供相应指导。方法回顾性分析已行相关驱动基因检测的肺鳞癌患者90例,利用突变扩增阻滞系统（ampliifcation refractory mutation system, ARMS）的方法进行EGFR及KRAS基因检测,荧光原位杂交（fluorescencein situ hybridization, FISH）技术进行ALK基因融合检测。结果90例患者均进行了EGFR及KRAS基因检测,8例患者为EGFR基因突变（8.8%）;2例患者为KRAS基因突变（2.2%）;18例患者通过FISH方法进行了ALK基因融合检测,1例患者存在EML4-ALK基因融合（5.6%）。女性患者的EGFR基因突变率高于男性（P=0.022）。EGFR突变及野生型患者在病理分期（P=0.042）及分化程度（P=0.003）上均有差异。以胸膜为首发转移部位的EGFR突变患者比率高于EGFR野生型患者（P=0.013）。靶向治疗与化疗对EGFR突变患者的PFS无影响（P=0.607）。结论 ALK基因融合患者应用靶向治疗后可获得理想疗效。     

基于cSMART技术检测ctDNA驱动基因突变指导非小细胞肺癌精准治疗的疗效研究

目的  探讨非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）基于环化单分子扩增和重测序技术（cSMART）检测循环肿瘤DNA（ctDNA）驱动基因突变，并指导其治疗的疗效。方法 选取2016年7月至2018年12月于辽宁省肿瘤医院治疗的NSCLC患者107例，采用cSMART技术检测患者血清中EGFR，ALK，KRAS，BRAF，PIK3CA，ERBB2，ROS1，RET和MET  共9种ctDNA驱动基因的突变情况。每2~4个治疗疗程后评估9种ctDNA驱动基因突变分布，并基于NCCN指南和9种基因检测结果指导患者用药。将生存信息完整且完成后续治疗的57例NSCLC患者，按照是否遵循指导方案治疗，分为规范治疗组（n=39）和非规范治疗组（n=18），比较其疗效。 结果 基于cSMART技术检测ctDNA 9种驱动基因突变78例，无突变28例。驱动基因突变的78例患者中，单基因突变27例，双基因突变24例，3基因突变11例，4基因突变5例，5基因突变5例。106例NSCLC患者无突变26人次，累计突变160人次，其中EGFR突变61人次，ALK突变11人次（包括ALK融合和点突变），TP53和KRAS突变分别为54人次和26人次，罕见突变PIK3CA发生基因突变5人次， BRAF、MET和ERBB2发生基因突变各1人次。规范治疗组患者的中位无进展生存期较非规范治疗组患者长（10.0个月vs 5.5个月，χ2=6.420，P=0.011）。结论 基于cSMART技术测定ctDNA识别NSCLC驱动基因突变简便、无创，其中EGFR及ALK为NSCLC常见驱动突变，针对其进行靶向治疗疗效较好。     

非小细胞肺癌十基因突变联合检测分析

目的：探讨运用扩增阻滞突变系统(Amplification Refractory Mutation System, ARMS)法检测EGFR、ALK、ROS1、RET、KRAS、NRAS、PIK3CA、BRAF、HER2和MET十基因在非小细胞肺癌的突变情况,分析其与临床病理的关系,探索十基因突变联合检测的临床应用价值。方法：收集2019年5月至2019年10月在四川省肿瘤医院病理确诊为非小细胞肺癌患者406例,其中石蜡包埋样本400例,细胞涂片6例,采取柱提法提取DNA和RNA,突变检测采用ARMS法。结果：非小细胞肺癌十基因联合检测的总突变频率为73.2%（297/406）,各驱动基因突变分布为：EGFR：51.0%（207/406)、KRAS：9.6%（39/406）、ALK融合：6.2%（25/406)、ROS1融合：2.5%（10/406）、RET融合 ：2.2%（9/406）、NRAS：0.2%（1/406）、PIK3CA：2.2% （9/406）、BRAF：1.0% （4/406）、HER2：2.2% （9/406）、MET 14外显子跳跃：0.7% （3/406）。肺腺癌EGFR突变频率高于肺鳞癌;女性患者EGFR与HER2 20ins突变频率高于男性,男性患者KRAS突变频率高于女性;年龄低于60岁的患者ROS1突变频率高于60岁以上的患者。十基因突变率在原发灶和转移灶之间无差异,冰冻后样本突变检出率高于其他类型样本。另外在30例样本中检出双突变,突变类型为18种,突变率达到7.4%;57%的双突变样本来源于初诊患者,没有观察到独特的组织病理特征。双突变患者在年龄和病理组织学分型上与单突变患者无差异,但易发生于女性患者。结论：ARMS法非小细胞肺癌十基因联合检测可一次获得更多基因突变信息,为分子靶向用药提供更加全面的指导信息,对于临床取材量少标本意义重大,多基因联合检测提供的共突变信息能够更全面地指导临床治疗。     

430例中国非小细胞肺癌患者EGFR、KRAS、BRAF和PIK3CA基因突变状态及其临床意义

目的： 探讨非小细胞肺癌（non-small cell lung cancers,NSCLC）患者表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor, EGFR）信号通路中EGFR、Kirsten鼠肉瘤病毒癌基因(Kirsten rat sarcoma viral oncogene homolog, KRAS)、B-Raf原癌基因丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶(B-Raf proto oncogene serine/threonine protein kinase,BRAF)和磷脂酰肌醇-3-激酶α亚单位(phosphatidylinositol -4,5- bisphosphate 3-kinase catalytic subunit alpha,PI3KCA)基因的突变状态及其临床意义,为酪氨酸酶抑制剂（tyrasin kimase inhibitor, TKI)临床用药与科学研究提供依据。方法：采用SurPlex-xTAG70plex液相芯片技术平台检测中国430例NSCLC患者的福尔马林固定石蜡包埋(formalin fixed paraffin embedded, FFPE)组织中EGFR、KRAS、BRAF和PIK3CA基因的突变状态,分析基因的突变率及其与临床病理特征的关系。结果： EGFR、KRAS、BRAF和PIK3CA的突变率分别为41.2%,79%,0.7%和3.7%。EGFR外显子19、21在女性患者中的突变率明显高于男性（P<0.01）, 在肺腺癌患者中的突变率明显高于其他类型肺癌（P<0.01）,在无吸烟史患者中的突变率高于有吸烟史的患者（P<0.01）。相反地,KRAS突变在男性患者中的突变率高于女性（P<0.05）,在肺腺癌中的突变率高于肺鳞癌（P<0.005）,有吸烟史患者的突变率高于无吸烟史患者（P<0.01）。在肺腺癌患者中PIK3CA的突变率明显低于其他类型肺癌（P<0.01）。结论： EGFR和KRAS基因突变率与性别、组织学类型及吸烟史密切相关。在检测中发现EGFR和KRAS双突变,此外PIK3CA突变并非与EGFR和KRAS突变互斥。     

共突变基因与晚期非小细胞肺癌靶向治疗预后生存的相关性分析

目的:进一步验证晚期表皮生长因子受体（epidermal growth factor receptor,EGFR）突变非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)靶向治疗预后生存情况,探讨共突变基因与患者预后生存的相关性。方法:回顾性分析2016年01月至2019年12月我院经病理确诊为晚期NSCLC,二代测序（next-generation sequencing,NGS）为EGFR突变阳性,且使用表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（epidermal growth factor receptor-tyrosine kinase inhibitor,EGFR-TKI）一代药物作为一线治疗的102例患者的病历和随访资料。收集其临床病理特征、治疗前的检验结果、基因检测报告、共突变基因和随访信息。采用Cox回归模型分析共突变基因与无疾病进展生存期（progression-free survival,PFS）的相关性。通过基因表达谱数据动态分析（Gene Expression Profiling Interactive Analysis,GEPIA）公共数据库分析磷脂酞肌醇-3-激酶催化亚单位α基因（phosphoinositide-3-kinase catalytic alpha polypeptide gene,PIK3CA）、人类表皮生长因子受体2（human epidermal growth factor receptor 2,HER-2）、间质表皮转化因子（mesenchymal-epithelial transition factor,MET）三种共突变基因与肺癌总生存期（overall survival,OS）和无病生存期（disease-free survival,DFS）的相关性。结果:102例一线靶向治疗的晚期NSCLC患者中位PFS为10个月。单因素分析表明,EGFR突变合并PIK3CA突变的患者一线靶向治疗的中位PFS为8个月,不合并PIK3CA突变患者的中位PFS为11个月,差异有统计学意义（P=0.037）;EGFR突变合并T790M突变患者的中位PFS为6个月,不合并T790M突变患者中位PFS为10个月,差异有统计学意义（P=0.043）;EGFR突变合并HER-2扩增的患者中位PFS为7个月,不合并HER-2扩增的患者中位PFS为10个月,差异有统计学意义（P=0.048）;EGFR突变合并MET扩增的患者中位PFS为3个月,不合并MET扩增的患者中位PFS为10个月,差异有统计学意义（P=0.001）。多因素分析显示,合并PIK3CA突变（HR=0.536,95%CI:0.302~0.951,P=0.033）、HER-2扩增（HR=0.359,95%CI:0.142~0.909,P=0.031）、MET扩增（HR=0.139,95%CI:0.042~0.464,P=0.001）是PFS的独立预后因素。PIK3CA基因与晚期NSCLC的DFS有相关性（P<0.05）。结论:晚期NSCLC靶向治疗前合并PIK3CA突变、HER-2扩增、MET扩增是患者PFS的独立影响因素。     

细胞学标本在非小细胞肺癌基因检测中的应用

<正>肺癌是全世界发病率和死亡率最高的癌症,由于环境污染(如雾霾)的日益严重,使肺癌的发病率日益增高~[1-3]。非小细胞肺癌是肺癌的主要亚型,占85.0%,它携带有200多个突变基因。目前定义了至少18个不同的驱动基因,如EGFR、KRAS和Her-2基因突变,ALK、ROS1和RET基因融合,c-Met基因扩增等。KRAS、EGFR突变和EML4-ALK融合是     

Genomic Landscape of Non-Small Cell Lung Cancer (NSCLC) in East Asia Using Circulating Tumor DNA (ctDNA) in Clinical Practice

Plasma-based next-generation sequencing (NGS) has demonstrated the potential to guide the personalized treatment of non-small cell lung cancer (NSCLC). Inherent differences in mutational genomic profiles of NSCLC exist between Asian and Western populations. However, the published mutational genomic data of NSCLC has largely focused on Western populations. We retrospectively analyzed results from comprehensive NGS of plasma (Guardant360^®) from patients with advanced non-squamous NSCLC, as seen in clinical practice. Tests were ordered between January 2016 and December 2020 in Hong Kong, Korea, Taiwan, Japan and Southeast Asia. The assay identified single-nucleotide variants (SNV), insertions and deletions, and fusions and amplifications in 74 genes. In total, 1608 plasma samples from patients with advanced non-squamous NSCLC were tested. The median turnaround time for test results was 7 days. Of the samples with detectable ctDNA (85.6%), 68.3% had alterations in at least one NCCN-recommended NSCLC biomarker. EGFR driver mutations were most frequent (48.6%), followed by alterations of KRAS (7.9%), ERBB2 (4.1%) and ALK (2.5%). Co-mutations of EGFR and KRAS occurred in 4.7% of samples. KRAS G12C was identified in 18.6% of all samples with KRAS mutations. Common mutations, such as exon 19 deletions and L858R, accounted for 88.4% of EGFR driver mutations. Among the samples with any EGFR driver mutation, T790M was present in 36.9%, including 7.7% with additional alterations associated with osimertinib resistance (MET amplification, C797X). Comprehensive plasma-based NGS provided the timely and clinically informative mutational genomic profiling of advanced non-squamous NSCLC in East Asian patients.     

754例Ⅰ期-Ⅲa期可手术切除非小细胞肺癌患者EGFR和KRAS基因突变状态及其临床意义

背景与目的 表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)和KRAS基因是非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)重要的分子靶点,但目前研究主要集中在晚期NSCLC组织和血浆标本的EGFR检测,早期NSCLC组织样本中EGFR和KRAS突变特征尚不清楚.本研究将探讨Ⅰ期-Ⅲa期NSCLC EGFR和KRAS基因突变与相关临床病理特征的关系.方法 采用突变扩增系统(amplification refractory mutation system,ARMS)PCR方法检测北京协和医院病理科提供的754例Ⅰ期-Ⅲa期NSCLC组织样本的EGFR和KRAS基因突变状况,分析基因突变率及其与临床病理特征的关系.结果 EGFR和KRAS基因热点突变的突变率分别为34.5％和13.1％,其中有3例样本具有EGFR和KRAS基因的双突变.EGFR基因在女性中的突变率高于男性(39.5％vs 29.4％,P=0.076),在腺癌中的突变率(38.7％)高于鳞癌、腺鳞癌、大细胞癌(P＜0.01),但仍明显低于其他研究报道的亚裔晚期腺癌突变率(-50％).KRAS基因突变在男性中的突变率高于女性(16.6％vs 9％,P=0.048),且在腺癌中的突变率也高于其他类型,但差异不显著(P=0.268).与KRAS基因突变阳性组相比,EGFR基因突变阳性组在年龄分布上有年轻化的趋势(P=0.031,5),在性别分布上有显著性差异(P＜0.01).结论 Ⅰ期-Ⅲa期NSCLC EGFR基因突变率较晚期患者低,且EGFR和KRAS基因双突变的发生率为0.9％.     

Association between certain non–small cell lung cancer driver mutations and predictive markers for chemotherapy or programmed death‐ligand 1 inhibition

This study aimed to analyze the association between driver mutations and predictive markers for some anti–tumor agents in non–small cell lung cancer (NSCLC). A cohort of 785 Chinese patients with NSCLC who underwent resection from March 2016 to November 2017 in the First Affiliated Hospital of Guangzhou Medical University was investigated. The specimens were subjected to hybridization capture and sequence of 8 important NSCLC‐related driver genes. In addition, the slides were tested for PD‐L1, excision repair cross‐complementation group 1 (ERCC1), ribonucleotide reductase subunit M1 (RRM1), thymidylate synthase (TS) and β‐tubulin III by immunohistochemical staining. A total of 498 (63.4%) patients had at least 1 driver gene alteration. Wild‐type, EGFR rare mutation (mut), ALK fusion (fus), RAS mut, RET fus and MET mut had relatively higher proportions of lower ERCC1 expression. EGFR 19del, EGFR L858R, EGFR rare mut, ALK fus, HER2 mut, ROS1 fus and MET mut were more likely to have TS low expression. Wild‐type, EGFR L858R, EGFR rare mut and BRAF mut were associated with lower β‐tubulin III expression. In addition, wild‐type, RAS mut, ROS1 fus, BRAF and MET mut had higher proportion of PD‐L1 high expression. As a pilot validation, 21 wild‐type patients with advanced NSCLC showed better depth of response and response rate to taxanes compared with pemetrexed/gemcitabine (31.2%/60.0% vs 26.6%/45.5%). Our study may aid in selecting the optimal salvage regimen after targeted therapy failure, or the chemo‐regimen where targeted therapy has not been a routine option. Further validation is warranted.     

非小细胞肺癌原发灶与淋巴结转移灶中KRAS和EGFR基因状态的比较及其临床意义

  目的  比较表皮生长因子受体(EGFR)基因和KRAS基因在非小细胞肺癌原发灶及其淋巴结转移灶之间突变状态的差异, 并分析其与吉非替尼治疗非小细胞肺癌(NSCLC)疗效之间的关系。   方法  收集天津医科大学附属肿瘤医院2010年5月至2010年11月间手术切除的80例NSCLC病例标本, 利用直接测序和实时荧光定量PCR的方法分别检测原发灶和相应淋巴结转移灶中EGFR基因第18、19、20、21外显子及KRAS基因第12、13密码子的突变情况; 其中5例在淋巴结转移灶中检出EGFR酪氨酸激酶抑制剂(EGFR-TKI)敏感型基因突变的患者接受了吉非替尼的新辅助靶向治疗。   结果  80例患者中, 检出原发灶携带KRAS和EGFR基因突变分别为1例和21例, 检出转移灶携带KRAS和EGFR基因突变分别为7例和26例; 分别有6例(7.50%)和7例(8.75%)患者其KRAS和EGFR基因状态在原发灶和转移灶之间不一致。直接测序法和实时荧光定量PCR法的检测结果一致。在5例接受吉非替尼治疗的患者中仅1例原发病灶中未检出EGFR-TKI敏感型基因突变, 并表现为疾病进展。   结论  部分NSCLC患者中KRAS和EGFR的基因状态在肿瘤转移过程中会发生改变, 在给予患者靶向治疗时不应忽视这一现象的存在。实时荧光定量PCR法比直接测序法更适用于临床的快速检测工作。